单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2024-08-07 |
Hepatocellular carcinoma cell differentiation trajectory predicts immunotherapy, potential therapeutic drugs, and prognosis of patients
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0656
PMID:37589009
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研究论文 | 本研究旨在探索肝细胞癌（HCC）细胞的新分类及其临床意义，通过分析综合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，将HCC细胞分为三个不同的分化状态子群，并基于HCC分化相关基因（HDRGs）识别出三种分子类别，揭示了免疫检查点基因表达和HCC患者的总体生存率 | 本研究通过细胞轨迹分析将HCC细胞分为三个不同的分化状态子群，并基于HDRGs识别出三种分子类别，进一步筛选出潜在的治疗药物，为HCC的个性化治疗提供了方向 | NA | 探索肝细胞癌细胞的新分类及其临床意义 | 肝细胞癌（HCC）细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | HCC样本 |
| 542 | 2024-08-05 |
Prognosis and therapeutic benefits prediction based on NK cell marker genes through single-cell RNA-seq with integrated bulk RNA-seq analysis for hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1208165
PMID:37554171
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和整合的批量RNA测序分析，研究NK细胞标记基因在肝细胞癌中的预后和治疗益处预测 | 首次鉴定了HCC的251个NK细胞标记基因，并开发了相关的预后特征NKPS | NA | 研究NK细胞标记基因与肝细胞癌的预后及治疗预测之间的关系 | 肝细胞癌患者及其NK细胞标记基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自不同临床亚组的多个外部数据集（共涉及多个样本） |
| 543 | 2024-08-05 |
Protoplast Isolation for Plant Single-Cell RNA-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_14
PMID:37540365
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研究论文 | 本文描述了一种用于植物单细胞RNA测序的高效原生质体分离方案 | 提供了一种新颖的高效原生质体分离协议，以提高植物单细胞RNA测序的应用 | 文章未提及分离方法在不同植物种类中的适用性 | 研究植物细胞类型的基因表达多样性 | 关注植物的原生质体以进行单细胞RNA测序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 544 | 2024-08-05 |
sc-ImmuCC: hierarchical annotation for immune cell types in single-cell RNA-seq
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1223471
PMID:37545533
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研究论文 | 本文开发了一种工具sc-ImmuCC，用于从单细胞RNA-seq数据中对免疫细胞类型进行分层注释 | 创新点在于提出了一种基于优化基因集和ssGSEA算法的分层注释策略，能够注释九个主要免疫细胞类型和29种细胞亚型 | 该工具的准确性可能受到单细胞RNA-seq数据的异质性和稀疏性的限制 | 研究的目的是提高单细胞RNA-seq数据中免疫细胞类型的识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的免疫细胞类型 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及COVID-19、流感和健康捐赠者的数据集 |
| 545 | 2024-08-05 |
RobustCCC: a robustness evaluation tool for cell-cell communication methods
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1236956
PMID:37547470
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研究论文 | 开发了一种名为RobustCCC的工具，用于评估细胞间通讯方法的鲁棒性 | 创新性地集成了14种最先进的细胞间通讯方法，并使用6个模拟的单细胞转录组数据集进行鲁棒性评估 | 目前的研究主要关注于模拟数据集的鲁棒性，实际应用中可能存在不同的影响因素 | 评估细胞间通讯方法的鲁棒性 | 集成的14种细胞间通讯方法和6个模拟的单细胞转录组数据集 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个模拟的单细胞转录组数据集 |
| 546 | 2024-08-05 |
Application of spatial transcriptomics analysis using the Visium system for the mouse nasal cavity after intranasal vaccination
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1209945
PMID:37545501
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研究论文 | 本研究使用Visium系统分析了小鼠鼻腔在抗原接种后的瞬时基因表达变化 | 建立了使用Visium系统进行小鼠鼻腔空间转录组学分析的方法，揭示了免疫细胞早期响应的基因表达变化 | 研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于其他动物或人体尚未验证 | 探讨新型鼻用疫苗在诱导黏膜免疫尤其是免疫细胞的早期激活方面的效果 | 小鼠疫苗接种后的免疫应答及其相关基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠耳内注射的疫苗样本数未具体说明 |
| 547 | 2024-08-05 |
The current state and future of T-cell exhaustion research
2023, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqad006
PMID:37554723
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研究论文 | 本文回顾了T细胞耗竭的当前研究状态及其未来发展。 | 提出了一种基于代谢、表观遗传、转录和激活的表型标记的统一定义方法'M.E.T.A'来明确T细胞耗竭的现象。 | 目前对耗竭的分子机制理解有限，且文献中存在不一致。 | 旨在整合关于T细胞耗竭的研究，促进其深入理解和分析。 | 集中研究原生和重定向的T细胞耗竭状态。 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序和CRISPR筛选 | NA | NA | NA |
| 548 | 2024-08-05 |
Aggrephagy-related patterns in tumor microenvironment, prognosis, and immunotherapy for acute myeloid leukemia: a comprehensive single-cell RNA sequencing analysis
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1195392
PMID:37534253
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性髓性白血病（AML）中与聚集自噬相关的细胞簇 | 首次在急性髓性白血病的肿瘤微环境中系统性地识别与聚集自噬相关的细胞簇 | 该研究可能未考虑到所有可能的细胞类型和致癌机制 | 探索急性髓性白血病中聚集自噬相关细胞簇的作用及其预后意义 | 急性髓性白血病患者的细胞群体 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 针对11种特定细胞类型进行的分析 |
| 549 | 2024-08-07 |
Mapping the tumor microenvironment in clear cell renal carcinoma by single-cell transcriptome analysis
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1207233
PMID:37533434
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，深入探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境（TME）的异质性 | 首次详细描述了ccRCC TME中免疫细胞的功能多样性，并揭示了肿瘤细胞与正常细胞在拷贝数变异（CNV）频率上的差异 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，可能无法全面反映所有细胞类型的功能和相互作用 | 旨在阐明ccRCC肿瘤微环境中的肿瘤内异质性，并寻找潜在的治疗靶点 | ccRCC肿瘤及其周围组织的单细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 51,780个单细胞，来自7个ccRCC肿瘤和5个周围组织样本 |
| 550 | 2024-08-07 |
The role of cellular crosstalk in the progression of diabetic nephropathy
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1173933
PMID:37538798
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综述 | 本文综述了糖尿病肾病（DN）发展过程中肾脏细胞间相互作用的特征及相关机制 | 利用单细胞转录组测序和单细胞蛋白质组学等医学实验技术，关注肾脏细胞相互作用引起的病理改变 | NA | 探讨糖尿病肾病进展中肾脏细胞间相互作用的特点及其潜在治疗效果 | 肾脏细胞如足细胞、内皮细胞、系膜细胞、周细胞和免疫细胞 | NA | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组测序、单细胞蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 551 | 2024-08-07 |
Integrated analysis of plasma proteome and cortex single-cell transcriptome reveals the novel biomarkers during cortical aging
2023, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2023.1063861
PMID:37539343
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研究论文 | 本文通过整合血浆蛋白质组和皮质单细胞转录组数据，揭示了皮质老化过程中的新型生物标志物。 | 本文创新性地采用多组学分析方法来描绘脑老化的血浆标志物。 | NA | 寻找大脑皮质老化过程中血浆中的特定老化标志物。 | 血浆中的差异基因/蛋白质与大脑皮质老化的关系。 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单核转录组测序（snRNA-seq），血浆蛋白质组测序 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据 | 65,064个核来自14个不同年龄阶段的受试者，2,925个血浆蛋白质来自4,263名18至95岁的个体 |
| 552 | 2024-08-07 |
Plant Nuclei Isolation for Single-Nucleus RNA Sequencing
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_15
PMID:37540366
|
研究论文 | 本文描述了一种从植物组织中准备用于后续文库构建和高通量测序的核的详细通用协议 | 引入了单核RNA测序（snRNA-seq）技术应用于植物研究，相比单细胞RNA测序（scRNA-seq），可以应用于更广泛的组织类型和植物种类 | 与scRNA-seq相比，从每个核中获得的转录本数量较少 | 解决植物单细胞RNA测序中依赖原生质体分离的问题，并扩展其应用范围 | 植物组织的单核RNA测序 | NA | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 553 | 2024-08-07 |
A Hands-On Guide to Generate Spatial Gene Expression Profiles by Integrating scRNA-seq and 3D-Reconstructed Microscope-Based Plant Structures
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_27
PMID:37540378
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研究论文 | 本文提供了一个实用指南，介绍如何通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和基于显微镜的三维重建表达谱来预测植物结构中的基因表达模式 | 本文提出了一种新的计算方法，通过整合少数标记基因的空间表达谱和scRNA-seq技术，解决植物领域中空间基因表达记录的局限性 | 目前的方法在植物领域的应用有限 | 研究植物细胞中基因表达变化的空间背景，并将其与潜在的形态变化联系起来 | 植物细胞的转录组和基因表达模式 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小部分参考基因 |
| 554 | 2024-08-07 |
[Identification of transcriptional features and surface markers of plasma cell clones in POEMS syndrome by single-cell RNA sequencing]
2023, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.64.581
PMID:37544716
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别和发现了POEMS综合征中克隆浆细胞的转录特征和表面标记 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了POEMS综合征克隆浆细胞的独特转录特征和表面标记 | 研究样本仅来自10名患者，可能影响结果的普遍性 | 识别POEMS综合征中克隆浆细胞的转录特征和表面标记 | POEMS综合征患者的骨髓浆细胞 | 数字病理学 | 浆细胞疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10名患者 |
| 555 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis and immune landscape of chemokines- and chemokine receptors-based signature in hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1164669
PMID:37545521
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研究论文 | 本研究旨在建立基于趋化因子和趋化因子受体的肝细胞癌（HCC）预后标志物，并探讨其与肿瘤免疫微环境的关系 | 成功建立了一个包含两个趋化因子（CCL14, CCL20）和一个趋化因子受体（CCR3）的预后标志物，并验证了其在HCC患者中的独立风险因素作用 | NA | 开发和验证一种新的预后生物标志物，深入探讨预后模型与肿瘤免疫微环境的关系 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），实时定量PCR（RT-qPCR） | Cox比例风险回归分析 | 基因表达数据 | 342名HCC患者 |
| 556 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing and Transcriptome Analysis Revealed the Immune Microenvironment and Gene Markers of Acute Respiratory Distress Syndrome
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S419576
PMID:37547124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转录组分析揭示了急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的免疫微环境和基因标志物 | 首次使用单细胞RNA测序技术比较了脓毒症诱导的ARDS（SEP-ARDS）和肺炎性ARDS（PNE-ARDS）患者的外周血单核细胞，并识别了ARDS中的分子失调机制 | NA | 探索ARDS患者的免疫微环境和基因标志物 | 急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者的免疫细胞和基因表达 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了GSE152978和GSE152979数据集，涉及ARDS患者和对照组的1939个差异表达基因 |
| 557 | 2024-08-07 |
Construction of a circRNA- lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network identifies genes and pathways linked to goat fertility
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1195480
PMID:37547465
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，构建了一个circRNA-lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络，并识别了与山羊生育力相关的基因和通路 | 首次构建了山羊生育力的ceRNA调控网络，并识别了关键基因和生物通路 | 研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据，样本量有限 | 探究山羊生育力的遗传基础，阐明分子ceRNA调控网络和差异表达基因的功能 | 高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 30个样本，其中高生育力15个，低生育力15个 |
| 558 | 2024-08-07 |
Immune landscape in rejection of renal transplantation revealed by high-throughput single-cell RNA sequencing
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1208566
PMID:37547477
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研究论文 | 本研究利用高吞吐量的单细胞RNA测序技术揭示了肾移植排斥反应中的免疫景观 | 首次在单细胞水平上分析了肾移植排斥反应中的细胞类型和分子机制，并识别了与排斥反应相关的特定细胞亚群和信号通路 | 研究样本仅包括三名抗体介导排斥反应患者和两名非排斥原因的急性肾损伤患者，样本量较小 | 探讨肾移植排斥反应中细胞层面的作用机制 | 肾移植组织活检样本中的单细胞 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从三名抗体介导排斥反应患者和两名急性肾损伤患者的肾移植组织活检中获得了81,139个单细胞 |
| 559 | 2024-08-07 |
BCR-ABL1-driven exosome-miR130b-3p-mediated gap-junction Cx43 MSC intercellular communications imply therapies of leukemic subclonal evolution
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.83178
PMID:37554265
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研究论文 | 本文研究了BCR-ABL1驱动的exosome-miR130b-3p介导的间隙连接Cx43 MSC细胞间通讯在白血病亚克隆进化中的作用及其治疗意义。 | 首次揭示了BCR-ABL1通过上调转录因子C/EBPβ诱导miR130a/b-3p表达，进而通过exosome介导的间隙连接Cx43 MSC细胞间通讯影响白血病微环境中的亚克隆进化。 | 研究主要集中在细胞和分子层面，临床应用的具体效果和安全性需要进一步验证。 | 探究BCR-ABL1驱动的exosome-miR130b-3p介导的间隙连接Cx43 MSC细胞间通讯在白血病亚克隆进化中的分子机制及其治疗潜力。 | 骨髓微环境中的间充质干细胞（MSCs）和白血病细胞。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 临床样本和细胞共培养实验 |
| 560 | 2024-08-07 |
Transcriptome sequencing reveals novel molecular features of SLE severity
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1121359
PMID:37554401
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研究论文 | 本研究利用RNA测序和单细胞RNA测序技术，结合临床参数，分析了45名系统性红斑狼疮（SLE）患者的转录组特征，以识别与SLE严重程度相关的分子特征和信号通路 | 本研究首次识别了12个在严重SLE中差异表达的基因，并发现Treg细胞数量与AMPH表达呈负相关 | NA | 旨在识别与系统性红斑狼疮严重程度相关的分子特征和信号通路 | 系统性红斑狼疮（SLE）患者的转录组特征 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 45名SLE患者 |