单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2024-08-07 |
Unveiling efferocytosis-related signatures through the integration of single-cell analysis and machine learning: a predictive framework for prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1237350
PMID:37575252
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞分析和机器学习技术，揭示了与肝细胞癌（HCC）预后和免疫治疗反应相关的吞噬作用相关基因（EFRGs）特征 | 首次系统地探讨了吞噬作用相关基因在肝细胞癌中的作用，并构建了一个预测模型，用于评估患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 发现新的早期生物标志物，以改善肝细胞癌相关的死亡率 | 肝细胞癌患者及其吞噬作用相关基因 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据, 临床特征数据 | 来自TCGA数据库的肝细胞癌患者数据 |
| 542 | 2024-08-07 |
Crosstalk between Placental Trophoblast and Decidual Immune Cells in Recurrent Miscarriage
2023, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.86533
PMID:37575278
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research paper | 本研究旨在识别复发性流产中滋养层细胞与蜕膜免疫细胞之间的功能障碍相互作用 | 通过单细胞RNA测序技术，揭示了复发性流产中母胎界面细胞组织的改变、细胞类型特异性转录组及免疫与非免疫细胞间的通讯 | NA | 识别复发性流产中滋养层细胞与蜕膜免疫细胞之间的功能障碍相互作用 | 滋养层细胞与蜕膜免疫细胞 | digital pathology | recurrent miscarriage | scRNA-seq | NA | single-cell RNA sequencing data | 22976个细胞，包括11种细胞类型 |
| 543 | 2024-08-07 |
Heterogeneity in quiescent Müller glia in the uninjured zebrafish retina drive differential responses following photoreceptor ablation
2023, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2023.1087136
PMID:37575968
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）探讨了斑马鱼视网膜中静息状态的Müller胶质细胞在光感受器选择性消融后的基因表达异质性及其对再生反应的影响 | 首次揭示了斑马鱼视网膜中静息状态的Müller胶质细胞在不同区域的基因表达异质性，并展示了这些细胞在神经消融后的独特激活和再生特征 | 尚未完全阐明Müller胶质细胞激活及视网膜再生的分子机制 | 探究斑马鱼视网膜中Müller胶质细胞在神经消融后的激活及再生特征 | 斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞及光感受器 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及斑马鱼视网膜中不同区域的Müller胶质细胞样本 |
| 544 | 2024-08-07 |
Integrative single-cell analysis of cardiac and pulmonary sarcoidosis using publicly available cardiac and bronchoalveolar lavage fluid sequencing datasets
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1227818
PMID:37576111
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研究论文 | 本研究利用公开的心脏和支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序数据集，对心脏和肺部结节病进行了综合单细胞分析 | 首次综合分析了心脏和肺部结节病的单细胞转录组数据，揭示了两种结节病之间的共享转录趋势 | 研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有相关细胞类型和病理情况 | 探讨心脏和肺部结节病的病理机制及其在转录水平上的差异和共性 | 心脏结节病（CS）和肺部结节病（PS）的细胞类型及其转录特征 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了两个公开的支气管肺泡灌洗单细胞RNA测序数据集和两个公开的心脏单核RNA测序数据集 |
| 545 | 2024-08-07 |
A Novel Prognostic Signature of comprising Nine NK Cell signatures Based on Both Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing for Hepatocellular Carcinoma
2023, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.85873
PMID:37576389
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一种基于九个NK细胞标志物的肝细胞癌预后模型 | 首次基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一种新的肝细胞癌预后标志物模型 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序识别NK细胞标记基因，并开发肝细胞癌的预后标志物 | 肝细胞癌的NK细胞标记基因及预后标志物 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO-COX算法 | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据来自10名患者，批量RNA测序数据来自786名患者 |
| 546 | 2024-08-07 |
Nicotinamide N-Methyl Transferase as a Predictive Marker of Tubular Fibrosis in CKD
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S420706
PMID:37576910
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研究论文 | 本研究旨在验证尼克酰胺N-甲基转移酶（NNMT）作为慢性肾脏病（CKD）进展的预测标志物 | 首次验证NNMT作为CKD进展的预测标志物，并探讨其在肾小管间质纤维化中的作用 | 研究样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 验证NNMT作为CKD进展的预测标志物 | NNMT表达与CKD相关结果变量的关系 | NA | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 37名CKD患者 |
| 547 | 2024-08-07 |
Identification of novel gene signature for lung adenocarcinoma by machine learning to predict immunotherapy and prognosis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1177847
PMID:37583701
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别出与肺腺癌（LUAD）免疫治疗和预后相关的新基因标志物，并构建了一个风险模型以指导LUAD患者的个性化治疗 | 本研究首次通过机器学习方法识别出27个与预后相关的免疫细胞标志基因，并构建了一个七基因风险模型，用于指导LUAD患者的免疫治疗和预后评估 | NA | 构建一个风险模型以有效指导肺腺癌（LUAD）患者的免疫治疗 | 肺腺癌（LUAD）患者的免疫治疗和预后 | 机器学习 | 肺腺癌 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微阵列数据分析 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、微阵列数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的LUAD Bulk RNA-seq数据、scRNA-seq数据（GSE203360）和微阵列数据（GSE31210） |
| 548 | 2024-08-07 |
Hepatocellular carcinoma cell differentiation trajectory predicts immunotherapy, potential therapeutic drugs, and prognosis of patients
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0656
PMID:37589009
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研究论文 | 本研究旨在探索肝细胞癌（HCC）细胞的新分类及其临床意义，通过分析综合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，将HCC细胞分为三个不同的分化状态子群，并基于HCC分化相关基因（HDRGs）识别出三种分子类别，揭示了免疫检查点基因表达和HCC患者的总体生存率 | 本研究通过细胞轨迹分析将HCC细胞分为三个不同的分化状态子群，并基于HDRGs识别出三种分子类别，进一步筛选出潜在的治疗药物，为HCC的个性化治疗提供了方向 | NA | 探索肝细胞癌细胞的新分类及其临床意义 | 肝细胞癌（HCC）细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | HCC样本 |
| 549 | 2024-08-05 |
Prognosis and therapeutic benefits prediction based on NK cell marker genes through single-cell RNA-seq with integrated bulk RNA-seq analysis for hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1208165
PMID:37554171
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和整合的批量RNA测序分析，研究NK细胞标记基因在肝细胞癌中的预后和治疗益处预测 | 首次鉴定了HCC的251个NK细胞标记基因，并开发了相关的预后特征NKPS | NA | 研究NK细胞标记基因与肝细胞癌的预后及治疗预测之间的关系 | 肝细胞癌患者及其NK细胞标记基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自不同临床亚组的多个外部数据集（共涉及多个样本） |
| 550 | 2024-08-05 |
Protoplast Isolation for Plant Single-Cell RNA-seq
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_14
PMID:37540365
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研究论文 | 本文描述了一种用于植物单细胞RNA测序的高效原生质体分离方案 | 提供了一种新颖的高效原生质体分离协议，以提高植物单细胞RNA测序的应用 | 文章未提及分离方法在不同植物种类中的适用性 | 研究植物细胞类型的基因表达多样性 | 关注植物的原生质体以进行单细胞RNA测序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 551 | 2024-08-05 |
sc-ImmuCC: hierarchical annotation for immune cell types in single-cell RNA-seq
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1223471
PMID:37545533
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研究论文 | 本文开发了一种工具sc-ImmuCC，用于从单细胞RNA-seq数据中对免疫细胞类型进行分层注释 | 创新点在于提出了一种基于优化基因集和ssGSEA算法的分层注释策略，能够注释九个主要免疫细胞类型和29种细胞亚型 | 该工具的准确性可能受到单细胞RNA-seq数据的异质性和稀疏性的限制 | 研究的目的是提高单细胞RNA-seq数据中免疫细胞类型的识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的免疫细胞类型 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及COVID-19、流感和健康捐赠者的数据集 |
| 552 | 2024-08-05 |
RobustCCC: a robustness evaluation tool for cell-cell communication methods
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1236956
PMID:37547470
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研究论文 | 开发了一种名为RobustCCC的工具，用于评估细胞间通讯方法的鲁棒性 | 创新性地集成了14种最先进的细胞间通讯方法，并使用6个模拟的单细胞转录组数据集进行鲁棒性评估 | 目前的研究主要关注于模拟数据集的鲁棒性，实际应用中可能存在不同的影响因素 | 评估细胞间通讯方法的鲁棒性 | 集成的14种细胞间通讯方法和6个模拟的单细胞转录组数据集 | 计算生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个模拟的单细胞转录组数据集 |
| 553 | 2024-08-05 |
Application of spatial transcriptomics analysis using the Visium system for the mouse nasal cavity after intranasal vaccination
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1209945
PMID:37545501
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研究论文 | 本研究使用Visium系统分析了小鼠鼻腔在抗原接种后的瞬时基因表达变化 | 建立了使用Visium系统进行小鼠鼻腔空间转录组学分析的方法，揭示了免疫细胞早期响应的基因表达变化 | 研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于其他动物或人体尚未验证 | 探讨新型鼻用疫苗在诱导黏膜免疫尤其是免疫细胞的早期激活方面的效果 | 小鼠疫苗接种后的免疫应答及其相关基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠耳内注射的疫苗样本数未具体说明 |
| 554 | 2024-08-05 |
The current state and future of T-cell exhaustion research
2023, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqad006
PMID:37554723
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研究论文 | 本文回顾了T细胞耗竭的当前研究状态及其未来发展。 | 提出了一种基于代谢、表观遗传、转录和激活的表型标记的统一定义方法'M.E.T.A'来明确T细胞耗竭的现象。 | 目前对耗竭的分子机制理解有限，且文献中存在不一致。 | 旨在整合关于T细胞耗竭的研究，促进其深入理解和分析。 | 集中研究原生和重定向的T细胞耗竭状态。 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序和CRISPR筛选 | NA | NA | NA |
| 555 | 2024-08-05 |
Aggrephagy-related patterns in tumor microenvironment, prognosis, and immunotherapy for acute myeloid leukemia: a comprehensive single-cell RNA sequencing analysis
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1195392
PMID:37534253
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性髓性白血病（AML）中与聚集自噬相关的细胞簇 | 首次在急性髓性白血病的肿瘤微环境中系统性地识别与聚集自噬相关的细胞簇 | 该研究可能未考虑到所有可能的细胞类型和致癌机制 | 探索急性髓性白血病中聚集自噬相关细胞簇的作用及其预后意义 | 急性髓性白血病患者的细胞群体 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 针对11种特定细胞类型进行的分析 |
| 556 | 2024-08-07 |
Mapping the tumor microenvironment in clear cell renal carcinoma by single-cell transcriptome analysis
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1207233
PMID:37533434
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，深入探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境（TME）的异质性 | 首次详细描述了ccRCC TME中免疫细胞的功能多样性，并揭示了肿瘤细胞与正常细胞在拷贝数变异（CNV）频率上的差异 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，可能无法全面反映所有细胞类型的功能和相互作用 | 旨在阐明ccRCC肿瘤微环境中的肿瘤内异质性，并寻找潜在的治疗靶点 | ccRCC肿瘤及其周围组织的单细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 51,780个单细胞，来自7个ccRCC肿瘤和5个周围组织样本 |
| 557 | 2024-08-07 |
The role of cellular crosstalk in the progression of diabetic nephropathy
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1173933
PMID:37538798
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综述 | 本文综述了糖尿病肾病（DN）发展过程中肾脏细胞间相互作用的特征及相关机制 | 利用单细胞转录组测序和单细胞蛋白质组学等医学实验技术，关注肾脏细胞相互作用引起的病理改变 | NA | 探讨糖尿病肾病进展中肾脏细胞间相互作用的特点及其潜在治疗效果 | 肾脏细胞如足细胞、内皮细胞、系膜细胞、周细胞和免疫细胞 | NA | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组测序、单细胞蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 558 | 2024-08-07 |
Integrated analysis of plasma proteome and cortex single-cell transcriptome reveals the novel biomarkers during cortical aging
2023, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2023.1063861
PMID:37539343
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研究论文 | 本文通过整合血浆蛋白质组和皮质单细胞转录组数据，揭示了皮质老化过程中的新型生物标志物。 | 本文创新性地采用多组学分析方法来描绘脑老化的血浆标志物。 | NA | 寻找大脑皮质老化过程中血浆中的特定老化标志物。 | 血浆中的差异基因/蛋白质与大脑皮质老化的关系。 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单核转录组测序（snRNA-seq），血浆蛋白质组测序 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据 | 65,064个核来自14个不同年龄阶段的受试者，2,925个血浆蛋白质来自4,263名18至95岁的个体 |
| 559 | 2024-08-07 |
Plant Nuclei Isolation for Single-Nucleus RNA Sequencing
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_15
PMID:37540366
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研究论文 | 本文描述了一种从植物组织中准备用于后续文库构建和高通量测序的核的详细通用协议 | 引入了单核RNA测序（snRNA-seq）技术应用于植物研究，相比单细胞RNA测序（scRNA-seq），可以应用于更广泛的组织类型和植物种类 | 与scRNA-seq相比，从每个核中获得的转录本数量较少 | 解决植物单细胞RNA测序中依赖原生质体分离的问题，并扩展其应用范围 | 植物组织的单核RNA测序 | NA | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 560 | 2024-08-07 |
A Hands-On Guide to Generate Spatial Gene Expression Profiles by Integrating scRNA-seq and 3D-Reconstructed Microscope-Based Plant Structures
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3299-4_27
PMID:37540378
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研究论文 | 本文提供了一个实用指南，介绍如何通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和基于显微镜的三维重建表达谱来预测植物结构中的基因表达模式 | 本文提出了一种新的计算方法，通过整合少数标记基因的空间表达谱和scRNA-seq技术，解决植物领域中空间基因表达记录的局限性 | 目前的方法在植物领域的应用有限 | 研究植物细胞中基因表达变化的空间背景，并将其与潜在的形态变化联系起来 | 植物细胞的转录组和基因表达模式 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小部分参考基因 |