单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2024-08-07 |
Histone deacetylase-mediated tumor microenvironment characteristics and synergistic immunotherapy in gastric cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.86928
PMID:37649598
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研究论文 | 本文通过构建基于组蛋白去乙酰化酶（HDAC）表达水平的HDAC评分（HDS）模型，研究了胃癌肿瘤微环境（TME）特征及其对免疫治疗的影响 | 本文创新性地构建了HDS模型，用于评估胃癌TME特征并预测免疫治疗效果，同时发现MIF信号通路抑制和GPX4表达可能是胃癌冷肿瘤协同免疫治疗的重要策略 | 本文仅基于HDAC表达水平构建模型，未考虑其他可能影响TME的因素 | 研究胃癌肿瘤微环境特征及其对免疫治疗的影响 | 胃癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | HDS模型 | 转录组数据 | 未明确具体样本数量 |
| 522 | 2024-08-07 |
Global analysis of HLA-A2 restricted MAGE-A3 tumor antigen epitopes and corresponding TCRs in non-small cell lung cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.84710
PMID:37649599
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研究论文 | 本研究全面筛选了HLA-A2限制的MAGE-A3肿瘤抗原表位，并使用人工抗原呈递细胞系统、单细胞转录组和TCR V(D)J测序以及机器学习技术，鉴定了相应的TCRs，并筛选和验证了具有杀伤能力的肿瘤反应性TCRs。 | 本研究首次系统分析了针对MAGE-A3抗原的T细胞免疫反应和相应的抗原特异性TCR，并鉴定了能够有效诱导CD8+ T细胞活化和细胞毒性的HLA-A2限制性T细胞表位。 | NA | 研究目的是鉴定适用于针对HLA-A2限制性MAGE-A3肿瘤抗原的TCR-T设计的候选TCRs。 | 研究对象包括HLA-A2限制的MAGE-A3肿瘤抗原表位及其相应的TCRs。 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组测序、TCR V(D)J测序、机器学习 | NA | 文本 | 一批HLA-A2+的非小细胞肺癌供体 |
| 523 | 2024-08-05 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
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研究论文 | 本研究开发了一种计算方法，通过整合标准的系统发生最优性原则和序列变异共同出现的模式，改进细胞谱系推断 | 提出了一种新的计算方法，有效整合了标准系统发生学的最优性原则与序列变异的共同出现模式 | 单细胞序列数据中存在许多错误和缺失，可能影响结果的可靠性 | 改进单细胞序列数据的细胞谱系推断 | 单细胞序列数据集及CRISPR/Cas9基因组编辑数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 系统发生学方法 | 序列数据 | 多个经验数据集 |
| 524 | 2024-08-05 |
LIDER: cell embedding based deep neural network classifier for supervised cell type identification
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15862
PMID:37601262
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LIDER的新型深度学习方法，用于自动识别细胞类型 | LIDER结合了细胞嵌入和深度神经网络分类器，提高了细胞类型识别的自动化水平 | 本研究可能在某些特定情况下的适用性和范围有限 | 本研究旨在提高单细胞RNA-seq数据的自动细胞类型识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 堆叠去噪自编码器 | 单细胞RNA-seq数据 | 八种类型的单细胞数据 |
| 525 | 2024-08-05 |
MMP12 serves as an immune cell-related marker of disease status and prognosis in lung squamous cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15598
PMID:37601247
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研究论文 | 本研究揭示了基质金属蛋白酶12在肺鳞状细胞癌中的表达、临床意义和潜在分子机制 | 发现MMP12在肺鳞状细胞癌中表达上调，并与较差的临床预后和较高的免疫细胞浸润水平相关 | 未提及具体的局限性 | 研究MMP12在肺鳞状细胞癌中的角色及其相关的临床意义 | 主要研究肺鳞状细胞癌中的MMP12的表达和免疫相关功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化(IHC)，基因富集分析，单细胞测序 | NA | mRNA样本和组织样本 | 2,738个mRNA样本和125个组织样本 |
| 526 | 2024-08-05 |
Analyzation of the Peripheral Blood Mononuclear Cells Atlas and Cell Communication of Rheumatoid Arthritis Patients Based on Single-Cell RNA-Seq
2023, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2023/6300633
PMID:37600067
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研究论文 | 本研究描述了类风湿关节炎（RA）患者外周血免疫系统及细胞通讯的全景。 | 创新点在于识别出类风湿关节炎患者中双阴性T细胞（DNT）及经典单核细胞的关键角色，并发现多个特定基因的表达改变。 | 研究样本数量较少，仅使用了四个RA样本和四个健康对照样本，可能影响结果的普遍性。 | 研究类风湿关节炎外周血免疫机制与细胞通讯的变化。 | 研究对象为类风湿关节炎患者的外周血单核细胞和健康对照者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8个样本（4个RA样本和4个健康对照样本） |
| 527 | 2024-08-05 |
Immune cell type signature discovery and random forest classification for analysis of single cell gene expression datasets
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1194745
PMID:37609075
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研究论文 | 本文建立了一种新颖的工作流程，用于发现免疫细胞类型特征。 | 创新点在于利用多种集成的数据集发现免疫细胞特征，而不仅仅依赖单一基因表达数据集。 | 本文未提及特定的局限性 | 研究的目的是提高单细胞基因表达数据集的分析质量。 | 研究对象为七个来自六种不同癌症类型的单细胞基因表达数据集。 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 七个单细胞基因表达数据集 |
| 528 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq and bulk-seq identify RAB17 as a potential regulator of angiogenesis by human dermal microvascular endothelial cells in diabetic foot ulcers
2023, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkad020
PMID:37605780
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研究论文 | 本研究分析了糖尿病足溃疡患者和健康对照的皮肤微血管内皮细胞HDMECs，并识别了RAB17作为潜在的血管生成调节因子 | 首次明确了RAB17在糖尿病足溃疡中作为血管生成的潜在调节因子，并揭示了其表达下调与血管生成能力受损的关系 | 仅通过磁性细胞分选技术获取细胞样本，可能存在选择偏差，且部分结果需进一步通过临床实验验证 | 全面分析糖尿病足溃疡患者的HDMECs，以确认潜在的血管生成调节因子 | 糖尿病足溃疡患者和健康对照的皮肤微血管内皮细胞HDMECs | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序和传统RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从糖尿病足溃疡患者和健康对照中获取的皮肤样本 |
| 529 | 2024-08-05 |
Identification of cuproptosis and immune-related gene prognostic signature in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1179742
PMID:37622116
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研究论文 | 本研究旨在基于cuproptosis和免疫相关基因创建肺腺癌患者的生存预测模型 | 首次结合cuproptosis和免疫相关基因进行肺腺癌预后模型的建立 | 未提及具体的临床验证和临床应用效果 | 用于提高肺腺癌患者的个性化治疗效果 | 肺腺癌患者的RNA序列数据和相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | 比例风险回归模型 | RNA数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个肺腺癌患者的数据 |
| 530 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the transcriptomic characteristics of peripheral blood mononuclear cells in hepatitis B vaccine non-responders
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1091237
PMID:37593735
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了乙型肝炎疫苗无应答者外周血单个核细胞的转录组特征 | 首次揭示了乙型肝炎疫苗无应答者中抗原呈递细胞的活性、MAPK通路活性及效应T细胞活性显著降低，以及NKT细胞的细胞毒性显著增加 | 样本量较小，仅包括三名高应答者和三名无应答者 | 探究乙型肝炎疫苗无应答者的分子机制 | 外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名志愿者（3名高应答者和3名无应答者） |
| 531 | 2024-08-07 |
Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity, Tumor Microenvironment, and Immunotherapeutic Efficacy Based on Sialylation-Related Genes in Bladder Cancer
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S418433
PMID:37600224
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了膀胱癌中与唾液酸化相关基因的异质性、肿瘤微环境及免疫治疗效果 | 建立了基于唾液酸化相关基因的膀胱癌风险分层，并展示了其在预测患者预后、临床病理特征、免疫微环境和免疫治疗效果方面的良好准确性 | NA | 旨在基于唾液酸化相关基因建立膀胱癌风险分层，并阐明其在膀胱癌预后、肿瘤微环境和免疫治疗中的作用 | 膀胱癌样本及其唾液酸化相关基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 批量RNA测序样本分为3种肿瘤亚型，基于19个与预后相关的唾液酸化基因；单细胞RNA测序数据中识别出5种核心细胞类型 |
| 532 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies a novel proliferation cell type affecting clinical outcome of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1236435
PMID:37601684
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别出一种新的增殖细胞类型Prol，该细胞类型在胰腺导管腺癌中富集，并与患者的生存率降低相关 | 首次发现并描述了一种新的增殖细胞类型Prol，并证实其在胰腺导管腺癌中的作用及其与免疫抑制微环境的关联 | NA | 旨在识别影响胰腺导管腺癌患者临床结果的细胞类型 | 胰腺导管腺癌中的细胞类型及其对患者生存率的影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST） | 机器学习集成算法 | RNA测序数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）队列的批量RNA测序数据 |
| 533 | 2024-08-07 |
GADD45B regulates the carcinogenesis process of chronic atrophic gastritis and the metabolic pathways of gastric cancer
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1224832
PMID:37608794
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研究论文 | 本研究探讨了GADD45B在慢性萎缩性胃炎（CAG）致癌过程中的作用及其在胃癌代谢途径中的影响。 | 首次揭示了GADD45B在CAG致癌过程中的关键作用，并探讨了其在胃癌发展和代谢途径中的影响。 | 研究主要基于转录组数据分析，未来研究可结合更多实验验证。 | 探究GADD45B在慢性萎缩性胃炎致癌过程中的作用及其在胃癌代谢途径中的影响。 | 慢性萎缩性胃炎和胃癌的致癌机制及代谢途径。 | 数字病理学 | 胃癌 | hdWGCNA, LASSO, SVM-RFE, RF | NA | 转录组数据 | 涉及CAG、非萎缩性胃炎（NAG）和胃癌的组织样本 |
| 534 | 2024-08-05 |
Therapeutic implications for localized prostate cancer by multiomics analyses of the ageing microenvironment landscape
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.85209
PMID:37564213
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研究论文 | 本文探讨了衰老微环境在前列腺癌中的作用及其治疗意义 | 首次全面阐明了前列腺癌中衰老微环境的复杂特征，并建立了衰老微环境指数(AMI) | 缺乏大规模临床数据以进一步验证AMI的临床相关性 | 研究衰老微环境如何影响前列腺癌的进展及个性化治疗 | 813例前列腺癌患者及其衰老微环境特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | NMF算法、空间转录组学、GDSC、CMap和CellMiner数据库 | NA | 基因组数据、细胞实验数据 | 813例前列腺癌患者 |
| 535 | 2024-08-05 |
Machine learning-based integration develops a neutrophil-derived signature for improving outcomes in hepatocellular carcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1216585
PMID:37575244
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研究论文 | 本研究开发了一个基于中性粒细胞特征的风险模型，以改善肝细胞癌患者的预后 | 首次将中性粒细胞异质性用于肝细胞癌患者分层，并建立了新的风险模型 | 未详细讨论不同中性粒细胞特征对个体治疗决策的影响 | 探讨中性粒细胞在肝细胞癌免疫微环境中的作用，并开发相关的风险模型 | 肝细胞癌患者的中性粒细胞特征及其与预后的关系 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 肿瘤组织大规模测序、单细胞测序 | 机器学习模型 | 基因组数据 | 涉及了两组肝细胞癌患者 |
| 536 | 2024-08-05 |
Study on the cytokines related to SARS-Cov-2 in testicular cells and the interaction network between cells based on scRNA-seq data
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0661
PMID:37589002
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研究论文 | 本研究探讨了与SARS-Cov-2相关的细胞因子在睾丸细胞中的表达及其细胞间相互作用网络。 | 研究整合了单细胞测序数据，分析了睾丸细胞中的细胞因子表达和细胞间的通信机制。 | 关于睾丸细胞细胞因子表达的研究相对较少，尚需进一步探索其在其他生理和病理状态下的作用。 | 本研究旨在分析COVID-19中细胞因子风暴对男性生育的潜在影响。 | 研究对象为睾丸细胞及其间的细胞相互作用。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | NA | 20个细胞簇 |
| 537 | 2024-08-05 |
Integrative multi-omics analyses unravel the immunological implication and prognostic significance of CXCL12 in breast cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1188351
PMID:37564657
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研究论文 | 本研究综合分析CXCL12在乳腺癌中的免疫学意义和预后价值 | 通过整合多组学分析，识别出CXCL12相关的生物标志物并构建强有力的乳腺癌预后模型 | 尚未说明样本来源和选择标准的具体细节 | 探究CXCL12在乳腺癌中的作用及其相关生物标志物 | 乳腺癌患者的CXCL12表达水平及其与预后的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组织化学分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA分析 | Cox回归模型、LASSO回归 | RNA测序数据、基因表达数据 | 总共分析了402个基因，并包括了不同风险组的验前结果 |
| 538 | 2024-08-05 |
NR2F6, a new immune checkpoint that acts as a potential biomarker of immunosuppression and contributes to poor clinical outcome in human glioma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1139268
PMID:37575237
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研究论文 | 该研究系统地探索了NR2F6在胶质瘤中的临床特征和生物功能 | 首次调查了NR2F6在胶质瘤中的作用，并提出其可能作为免疫抑制的生物标志物 | 本研究的样本主要来自公共数据库，可能存在样本选择偏倚 | 研究NR2F6在胶质瘤中的作用及其作为免疫检查点的潜力 | NR2F6在663个胶质瘤样本中的表达及其相关临床特征 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 663个胶质瘤样本用于训练，325个样本用于验证，60个样本用于确认 |
| 539 | 2024-08-05 |
Molecular mechanisms regulating natural menopause in the female ovary: a study based on transcriptomic data
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1004245
PMID:37564980
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研究论文 | 本研究探讨了女性卵巢在自然绝经前后的分子和细胞变化 | 揭示了卵巢颗粒细胞的分化轨迹和调控其状态的基因，为理解绝经过程中的分子机制提供了新视角 | 研究中可能存在样本量不足，且仅基于特定人群的转录组数据 | 探究女性卵巢在自然绝经期间的分子机制和细胞变化 | 研究对象包括不同年龄段女性的卵巢组织与单细胞测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序、转录组测序 | NA | 转录组数据 | 总共112个个体，分为30-39岁(14个)，40-49岁(37个)和50-59岁(61个) |
| 540 | 2024-08-07 |
Prognostic and immunomodulatory roles of schizophrenia-associated genes HTR2A, COMT, and PRODH in pan-cancer analysis and glioma survival prediction model
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1201252
PMID:37564635
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研究论文 | 本研究探讨了与精神分裂症相关的基因HTR2A、COMT和PRODH在泛癌分析中的表达及其在胶质瘤生存预测模型中的作用 | 本研究首次在泛癌分析中探讨了精神分裂症相关基因HTR2A、COMT和PRODH的表达，并构建了一个胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤的生存预测模型 | 研究主要集中在基因表达和免疫细胞浸润分析，未涉及其他可能影响癌症发展的因素 | 探讨精神分裂症相关基因在癌症中的表达及其对生存的影响，并构建胶质瘤生存预测模型 | 精神分裂症相关基因HTR2A、COMT和PRODH在多种癌症中的表达及其对胶质瘤生存的影响 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | COX回归分析 | 基因表达数据 | 多个癌症类型的数据 |