单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-07 |
Mitochondrial energy metabolism correlates with an immunosuppressive tumor microenvironment and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.08.022
PMID:37664173
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研究论文 | 本研究探讨了线粒体能量代谢（MEM）在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其与预后的关系 | 首次研究了MEM在ESCC的TME中的作用，并发现了可能的新药物靶点 | 研究样本量较小，仅基于15名患者的cDNA微阵列数据 | 探讨线粒体能量代谢在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对预后的影响 | 食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境及其线粒体能量代谢 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 15名食管鳞状细胞癌患者 |
| 502 | 2024-08-07 |
Revealing the role of regulatory T cells in the tumor microenvironment of lung adenocarcinoma: a novel prognostic and immunotherapeutic signature
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1244144
PMID:37671160
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了调节性T细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为预后和免疫治疗标志物的潜力 | 首次构建了基于调节性T细胞标志物的风险模型，用于区分肺腺癌患者的风险亚组，并探讨了免疫治疗在不同风险组中的潜在益处 | NA | 研究调节性T细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为预后和免疫治疗标志物的潜力 | 调节性T细胞及其在肺腺癌肿瘤微环境中的相互作用 | NA | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个肺腺癌队列 |
| 503 | 2024-08-07 |
Exploring the optimization of autoencoder design for imputing single-cell RNA sequencing data
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.041
PMID:37671239
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研究论文 | 本文探讨了如何优化自编码器设计以填补单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的稀疏性问题 | 研究结果表明，更深且更窄的自编码器通常能带来更好的填补性能，sigmoid和tanh激活函数优于ReLU等常用函数，且正则化能提高填补准确性和下游细胞聚类及差异表达基因分析 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题 | 自编码器的神经网络架构、激活函数和正则化策略对填补精度和下游分析的影响 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 自编码器 | scRNA-seq数据 | 使用了多个真实和模拟的scRNA-seq数据集 |
| 504 | 2024-08-07 |
Single Cell RNA-Sequencing in Arabidopsis Root Tissues
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3354-0_4
PMID:37682468
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研究论文 | 本文描述了使用基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）处理拟南芥根组织并生成单细胞转录组的方法 | 利用scRNA-seq技术，提供了前所未有的分辨率进行转录组分析，有助于深入理解组织的细胞异质性、发育进程、应激反应动态等 | NA | 介绍和建立基于液滴的单细胞RNA测序工作流程 | 拟南芥根组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 505 | 2024-08-07 |
Gene Regulatory Network Modeling Using Single-Cell Multi-Omics in Plants
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3354-0_16
PMID:37682480
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研究论文 | 本文描述了一种用于分析单细胞数据以构建基因调控网络的计算流程 | 利用单细胞多组学技术在植物细胞中表征基因表达和开放染色质区域 | NA | 开发和测试一种计算流程，用于从单细胞多组学数据中构建基因调控网络 | 植物细胞中的基因表达和开放染色质区域 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 使用了模式物种拟南芥的数据 |
| 506 | 2024-08-05 |
Restoration of CPT1A-mediated fatty acid oxidation in mesothelial cells protects against peritoneal fibrosis
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.84921
PMID:37649600
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研究论文 | 这篇文章探讨了CPT1A介导的脂肪酸氧化在腹膜细胞中的恢复如何保护 against 腹膜纤维化 | 通过基因和药理手段调节CPT1A，改善腹膜细胞的代谢状态并逆转纤维化表型 | 尚未明确CPT1A在人类长时间PD中的具体治疗机制 | 研究脂肪酸氧化在腹膜纤维化中的作用和CPT1A的潜在治疗功能 | 腹膜透析患者和小鼠模型中的腹膜细胞 | 数字病理学 | 腹膜纤维化 | 单细胞测序、海马测试、实时定量PCR、西方印迹和免疫荧光染色 | NA | 细胞样本 | 来自长期PD患者的细胞和小鼠的细胞 |
| 507 | 2024-08-05 |
Identification and validation of potential hypoxia-related genes associated with coronary artery disease
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1181510
PMID:37637145
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研究论文 | 本文识别并验证了与冠状动脉疾病相关的潜在缺氧基因 | 首次系统地揭示缺氧在冠状动脉疾病(CAD)发展中的作用，并识别了4个重要的中心基因 | 研究主要基于微阵列数据，可能存在样本量不足和结果的普适性问题 | 探讨缺氧与冠状动脉疾病之间的关系 | 研究对象为93名冠状动脉疾病患者和48名健康对照者 | 数字病理 | 心血管疾病 | 微阵列分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | 共141个样本，包括93名CAD患者和48名健康对照 |
| 508 | 2024-08-05 |
Case Report: Molecular and microenvironment change upon midostaurin treatment in mast cell leukemia at single-cell level
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1210909
PMID:37638009
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案例报告 | 本案例报告了在中性细胞白血病患者中，米多佐仑治疗前后分子和微环境的变化。 | 这是第一个报告米多佐仑治疗前后中性细胞白血病患者临床、免疫学和分子变化的案例，揭示了米多佐仑抗药性的机制。 | 仅报告了一名59岁男性患者的案例，可能缺乏广泛推广到更大群体的可行性。 | 探究米多佐仑治疗对中性细胞白血病基因表达和微环境的影响。 | 一名带有F522C突变的中性细胞白血病患者。 | 数字病理学 | 中性细胞白血病 | 单细胞测序和全外显子组测序（WES） | NA | 血液和骨髓样本 | 1名患者 |
| 509 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals that immune cells induce human nucleus pulposus ossification and degeneration
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1224627
PMID:37638033
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫细胞诱导人类核髓质骨化和退化的分子机制 | 揭示了免疫细胞（巨噬细胞和T细胞）在核髓质骨化过程中的作用，以及干细胞向骨化表型分化的相互作用 | 研究仅基于4名退行性核髓质患者，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 阐明人类退化性核髓质的分子机制和骨化过程 | 研究目标是人类退行性核髓质细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 退行性椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 4名退行性核髓质患者 |
| 510 | 2024-08-05 |
Pan-cancer analysis of IFN-γ with possible immunotherapeutic significance: a verification of single-cell sequencing and bulk omics research
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1202150
PMID:37646041
|
研究论文 | 本研究探讨了干扰素-γ在多种癌症中的免疫治疗意义。 | 首次系统分析了干扰素-γ在全癌症中的作用，提供了新的免疫治疗指征。 | 研究基于已有数据，可能缺乏临床实证验证。 | 旨在阐明干扰素-γ在多种癌症中的角色及其对免疫治疗的影响。 | 分析干扰素-γ在不同癌症类型中的表达和预后相关性。 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA测序 | PPI网络分析 | RNA表达数据和临床数据 | 涉及TCGA中的多种肿瘤样本 |
| 511 | 2024-08-05 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell and spatial transcriptomics in plants
2023, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2023.1185377
PMID:37636094
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综述 | 本文回顾了植物单细胞和空间转录组技术的应用机会与挑战 | 提出了结合单细胞转录组、空间转录组及空间元素分布的研究方向 | 单细胞和空间转录组分析存在适用性不足、空间信息缺失或分辨率不高等挑战 | 探索单细胞和空间转录组技术在植物研究中的应用前景 | 植物单细胞和空间转录组技术的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组、空间转录组 | NA | NA | NA |
| 512 | 2024-08-05 |
Aligning the Cord Blood-Bone Marrow Differences and the Post-transplantation Clinical Manifestations by Single-Cell RNA-Seq
2023 Jan-Dec, Cell transplantation
IF:3.2Q2
DOI:10.1177/09636897231193067
PMID:37650431
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序比较脐血、骨髓和粒细胞集落刺激因子诱导的骨髓，探讨了这些移植物的差异。 | 研究首次从综合视角揭示了脐血与骨髓的关键生物特征差异，特别关注了造血干/祖细胞的归巢信号和分化潜力。 | 临床数据的样本量和多样性可能限制了结果的普遍适用性。 | 本研究旨在理解脐血与骨髓之间的生物学差异及其在临床表现中的关联。 | 研究对象为脐血、骨髓和粒细胞集落刺激因子诱导的骨髓样本，以及接受移植的患者的相关临床数据。 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | NA |
| 513 | 2024-08-07 |
Characterization of the pleural microenvironment niche and cancer transition using single-cell RNA sequencing in EGFR-mutated lung cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.85084
PMID:37649596
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肺癌患者的胸腔积液中的细胞转录组，揭示了胸膜微环境在肺癌转移中的细胞特异性机制 | 首次发现胸膜间皮细胞的间皮-间质转化（MesoMT）在胸膜转移中的作用，并验证了铁死亡抵抗在胸膜转移中的关键作用 | NA | 研究肺癌胸膜转移的细胞特异性机制 | 肺癌患者的胸腔积液细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自肺癌患者和充血性心力衰竭患者的胸腔积液细胞 |
| 514 | 2024-08-07 |
Histone deacetylase-mediated tumor microenvironment characteristics and synergistic immunotherapy in gastric cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.86928
PMID:37649598
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研究论文 | 本文通过构建基于组蛋白去乙酰化酶（HDAC）表达水平的HDAC评分（HDS）模型，研究了胃癌肿瘤微环境（TME）特征及其对免疫治疗的影响 | 本文创新性地构建了HDS模型，用于评估胃癌TME特征并预测免疫治疗效果，同时发现MIF信号通路抑制和GPX4表达可能是胃癌冷肿瘤协同免疫治疗的重要策略 | 本文仅基于HDAC表达水平构建模型，未考虑其他可能影响TME的因素 | 研究胃癌肿瘤微环境特征及其对免疫治疗的影响 | 胃癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | HDS模型 | 转录组数据 | 未明确具体样本数量 |
| 515 | 2024-08-07 |
Global analysis of HLA-A2 restricted MAGE-A3 tumor antigen epitopes and corresponding TCRs in non-small cell lung cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.84710
PMID:37649599
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研究论文 | 本研究全面筛选了HLA-A2限制的MAGE-A3肿瘤抗原表位，并使用人工抗原呈递细胞系统、单细胞转录组和TCR V(D)J测序以及机器学习技术，鉴定了相应的TCRs，并筛选和验证了具有杀伤能力的肿瘤反应性TCRs。 | 本研究首次系统分析了针对MAGE-A3抗原的T细胞免疫反应和相应的抗原特异性TCR，并鉴定了能够有效诱导CD8+ T细胞活化和细胞毒性的HLA-A2限制性T细胞表位。 | NA | 研究目的是鉴定适用于针对HLA-A2限制性MAGE-A3肿瘤抗原的TCR-T设计的候选TCRs。 | 研究对象包括HLA-A2限制的MAGE-A3肿瘤抗原表位及其相应的TCRs。 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组测序、TCR V(D)J测序、机器学习 | NA | 文本 | 一批HLA-A2+的非小细胞肺癌供体 |
| 516 | 2024-08-05 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
|
研究论文 | 本研究开发了一种计算方法，通过整合标准的系统发生最优性原则和序列变异共同出现的模式，改进细胞谱系推断 | 提出了一种新的计算方法，有效整合了标准系统发生学的最优性原则与序列变异的共同出现模式 | 单细胞序列数据中存在许多错误和缺失，可能影响结果的可靠性 | 改进单细胞序列数据的细胞谱系推断 | 单细胞序列数据集及CRISPR/Cas9基因组编辑数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 系统发生学方法 | 序列数据 | 多个经验数据集 |
| 517 | 2024-08-05 |
LIDER: cell embedding based deep neural network classifier for supervised cell type identification
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15862
PMID:37601262
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LIDER的新型深度学习方法，用于自动识别细胞类型 | LIDER结合了细胞嵌入和深度神经网络分类器，提高了细胞类型识别的自动化水平 | 本研究可能在某些特定情况下的适用性和范围有限 | 本研究旨在提高单细胞RNA-seq数据的自动细胞类型识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 堆叠去噪自编码器 | 单细胞RNA-seq数据 | 八种类型的单细胞数据 |
| 518 | 2024-08-05 |
MMP12 serves as an immune cell-related marker of disease status and prognosis in lung squamous cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15598
PMID:37601247
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研究论文 | 本研究揭示了基质金属蛋白酶12在肺鳞状细胞癌中的表达、临床意义和潜在分子机制 | 发现MMP12在肺鳞状细胞癌中表达上调，并与较差的临床预后和较高的免疫细胞浸润水平相关 | 未提及具体的局限性 | 研究MMP12在肺鳞状细胞癌中的角色及其相关的临床意义 | 主要研究肺鳞状细胞癌中的MMP12的表达和免疫相关功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化(IHC)，基因富集分析，单细胞测序 | NA | mRNA样本和组织样本 | 2,738个mRNA样本和125个组织样本 |
| 519 | 2024-08-05 |
Analyzation of the Peripheral Blood Mononuclear Cells Atlas and Cell Communication of Rheumatoid Arthritis Patients Based on Single-Cell RNA-Seq
2023, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2023/6300633
PMID:37600067
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研究论文 | 本研究描述了类风湿关节炎（RA）患者外周血免疫系统及细胞通讯的全景。 | 创新点在于识别出类风湿关节炎患者中双阴性T细胞（DNT）及经典单核细胞的关键角色，并发现多个特定基因的表达改变。 | 研究样本数量较少，仅使用了四个RA样本和四个健康对照样本，可能影响结果的普遍性。 | 研究类风湿关节炎外周血免疫机制与细胞通讯的变化。 | 研究对象为类风湿关节炎患者的外周血单核细胞和健康对照者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8个样本（4个RA样本和4个健康对照样本） |
| 520 | 2024-08-05 |
Immune cell type signature discovery and random forest classification for analysis of single cell gene expression datasets
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1194745
PMID:37609075
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研究论文 | 本文建立了一种新颖的工作流程，用于发现免疫细胞类型特征。 | 创新点在于利用多种集成的数据集发现免疫细胞特征，而不仅仅依赖单一基因表达数据集。 | 本文未提及特定的局限性 | 研究的目的是提高单细胞基因表达数据集的分析质量。 | 研究对象为七个来自六种不同癌症类型的单细胞基因表达数据集。 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 七个单细胞基因表达数据集 |