单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-07 |
On the use of QDE-SVM for gene feature selection and cell type classification from scRNA-seq data
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0292961
PMID:37856458
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研究论文 | 本文研究了使用量子启发式差分进化（QDE）结合支持向量机（SVM）进行基因特征选择和细胞类型分类的方法 | 本文首次将基于分类的包装方法应用于scRNA-seq数据中的基因特征选择，特别是引入了QDE-SVM方法，显示出优于其他包装方法的细胞类型分类性能 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | scRNA-seq数据中的基因特征选择和细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 支持向量机（SVM） | 基因表达数据 | 十二个已知的scRNA-seq转录组数据集 |
| 442 | 2024-08-07 |
Coordination of Single-cell and Bulk RNA Sequencing to Construct a Cuproptosis-related Gene Prognostic Index for Endometrial Cancer Prognosis, Immune Microenvironment Infiltration, and Immunotherapy Treatment Options
2023, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.86325
PMID:37859813
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研究论文 | 本研究旨在识别子宫内膜癌的分子亚型，并开发与铜死亡相关的基因预后指数（CRGPI），同时描述免疫特征及免疫检查点抑制剂（ICI）疗法在CRGPI定义的子宫内膜癌亚组中的疗效 | 本研究首次构建了基于铜死亡相关基因的预后指数（CRGPI），并验证了其在预测子宫内膜癌免疫治疗效果中的应用 | NA | 识别子宫内膜癌的分子亚型，开发铜死亡相关基因预后指数，并评估其在免疫治疗中的应用 | 子宫内膜癌及其免疫微环境 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | RNA测序 | Cox回归方法 | RNA测序数据 | TCGA数据集（n=492），IMvigor210数据集（n=348），GSE78220数据集 |
| 443 | 2024-08-07 |
Formin protein FMNL1 is a biomarker for tumor-infiltrating immune cells and associated with well immunotherapeutic response
2023, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.86965
PMID:37859818
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研究论文 | 本研究通过分析公共数据、单细胞RNA测序和多重定量免疫荧光技术，验证了Formin蛋白FMNL1作为肿瘤浸润免疫细胞的生物标志物，并与良好的免疫治疗反应相关 | 首次深入验证了FMNL1在肿瘤微环境中的免疫相关性和细胞亚群表达模式，并证实其作为免疫治疗反应的预测标志物 | 需要进一步的研究来验证FMNL1在更多癌症类型中的作用，并探索其在肿瘤微环境中更深层次的功能 | 验证FMNL1作为肿瘤浸润免疫细胞的生物标志物，并探索其在免疫治疗反应中的作用 | Formin蛋白FMNL1在肿瘤微环境中的表达模式及其与免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 多重定量免疫荧光 | NA | mRNA | 涉及多种癌症类型 |
| 444 | 2024-08-07 |
Effect of methanol fixation on single-cell RNA sequencing of the murine dentate gyrus
2023, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2023.1223798
PMID:37860083
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研究论文 | 本研究评估了甲醇固定对小鼠齿状回单细胞悬液及其后续单细胞RNA测序分析的影响 | 首次深入评估甲醇固定对成年原代分离脑组织的影响，并展示了其在单细胞RNA测序中的适用性 | NA | 评估甲醇固定作为样本保存方法对单细胞RNA测序的影响 | 小鼠齿状回的单细胞悬液及其后续单细胞RNA测序分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CEL-seq2协议的机器人辅助版本（SORT-seq） | RNA | 数千个细胞 |
| 445 | 2024-08-05 |
Hypomethylation-induced regulatory programs in T cells unveiled by transcriptomic analyses
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1235661
PMID:37828996
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研究论文 | 这篇文章揭示了低甲基化诱导的调节性T细胞在转录组学分析中的特征 | 文章首次展示了HA诱导的G细胞在转录组层面的变化，阐明了其在调节性T细胞身份和功能中的作用 | 文章没有提供HA对其他类型T细胞影响的全面评估 | 探讨低甲基化如何影响调节性T细胞的转录组特征 | 主要研究HA诱导的调节性T细胞（HA-iTregs）和其特定的G细胞群体 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | HA诱导的G细胞和其对应的G细胞 |
| 446 | 2024-08-05 |
VISTA: visualizing the spatial transcriptome of the C.elegans nervous system
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad127
PMID:37810458
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研究论文 | 本文介绍了VISTA，一个可视化线虫神经系统空间转录组的方法 | VISTA利用现有数据集实现了单细胞分辨率的综合空间转录组可视化 | 该方法目前仅针对秀丽隐杆线虫的神经系统，可能不适用于其他动物物种 | 探讨空间转录组学中单细胞转录组分析与空间信息的结合 | 研究对象是秀丽隐杆线虫的神经系统及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞的转录组数据 |
| 447 | 2024-08-05 |
Construction of a prognostic model for colorectal adenocarcinoma based on Zn transport-related genes identified by single-cell sequencing and weighted co-expression network analysis
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1207499
PMID:37829346
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研究论文 | 本文构建了基于锌转运相关基因的结直肠腺癌预后模型 | 首次报告了锌转运途径在结直肠腺癌中的作用，并建立了相应的预后模型 | 研究中未充分探讨锌转运基因在结直肠腺癌中的具体机制 | 建立一个有效的预后模型来评估结直肠腺癌患者的免疫微环境与预后 | 结直肠腺癌患者及其相关的锌转运基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序、加权共表达网络分析 | Cox回归模型 | 基因组数据、细胞实验数据 | TCGA和GEO数据库中的结直肠腺癌患者数据 |
| 448 | 2024-08-05 |
Identification of molecular pattern and prognostic risk model based on ligand-receptor pairs in liver cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1187108
PMID:37818360
|
研究论文 | 本研究基于肝癌中的配体-受体对识别分子模式和预后风险模型。 | 结合单细胞测序和转录组测序，构建了用于肝癌的分子分类和风险模型。 | 未提及具体的样本量和外部验证数据，可能限制模型的普适性。 | 识别肝癌微环境中细胞间的相互作用和建立预后风险模型。 | 肝癌细胞系及其微环境中的配体-受体对。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序、转录组测序、qPCR | NA | 基因组数据、临床数据 | NA |
| 449 | 2024-08-05 |
A prognostic model related to necrotizing apoptosis of breast cancer based on biorthogonal constrained depth semi-supervised nonnegative matrix decomposition and single-cell sequencing analysis
2023, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:37818066
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研究论文 | 本研究提出了一种新的聚类算法用于乳腺癌亚型分析，并构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型 | 提出了一种新的聚类算法DO-DSNMF，能够挖掘样本间的非线性关系并改进预后模型 | 没有提供样本量和实验具体细节的限制信息 | 改善乳腺癌患者的预后并识别新兴生物标志物 | 乳腺癌患者的亚型及其与免疫相关的基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | 聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 450 | 2024-08-07 |
Inflammation-mediated fibroblast activation and immune dysregulation in collagen VII-deficient skin
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1211505
PMID:37809094
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了胶原VII缺陷皮肤中细胞的基因表达模式，揭示了炎症介导的纤维母细胞活化和免疫失调的复杂机制。 | 首次揭示了胶原VII缺陷皮肤中纤维母细胞的两种分化途径，并阐明了炎症细胞因子的动态变化及其在疾病进展中的作用。 | 研究仅基于小鼠模型，可能与人类疾病存在差异。 | 探讨炎症在胶原VII缺陷皮肤中的作用及其对组织微环境的影响。 | 胶原VII缺陷皮肤中的细胞和分子机制。 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的皮肤细胞 |
| 451 | 2024-08-05 |
Exploring the role of macrophages in the progression from atypical hyperplasia to endometrial carcinoma through single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics analysis
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1198944
PMID:37780629
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析识别了子宫内膜癌中的关键基因 | 识别了与巨噬细胞M0相关的关键基因，并提出这些基因可能影响从非典型子宫内膜增生向子宫内膜癌的转化 | 未提及具体的样本数量及其他潜在的生物标志物 | 研究巨噬细胞在非典型子宫内膜增生转化为子宫内膜癌中的作用 | 巨噬细胞及其相关基因在子宫内膜癌中的表达 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序和批量转录组分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 452 | 2024-08-05 |
TCL1A+ B cells predict prognosis in triple-negative breast cancer through integrative analysis of single-cell and bulk transcriptomic data
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0707
PMID:37791059
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研究论文 | 本文首次通过整合单细胞和全基因组转录组数据识别了TCL1A+ B细胞在三阴性乳腺癌中的预后相关功能 | 发现TCL1A+ B细胞在三阴性乳腺癌预后中的潜在重要性，并扩展了传统肿瘤浸润淋巴细胞的生存预测视角 | 需要进一步研究来验证我们的发现 | 研究TCL1A+ B细胞在三阴性乳腺癌中的作用及其与临床结果的关联 | 五名三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq | 无监督方法 | 转录组数据 | 5名三阴性乳腺癌患者 |
| 453 | 2024-08-05 |
Ferroptosis: A potential target of macrophages in plaque vulnerability
2023, Open life sciences
IF:1.7Q3
DOI:10.1515/biol-2022-0722
PMID:37791060
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研究论文 | 本文讨论了铁死亡在动脉粥样硬化斑块脆弱性中的作用，及其机制和调控 | 提出铁死亡可以作为调节巨噬细胞与斑块脆弱性之间平衡的潜在靶点 | 对此领域的未来研究方向仍需进一步探讨和验证 | 探讨铁死亡在动脉粥样硬化斑块脆弱性中的作用及其可能的治疗潜力 | 研究焦点是动脉粥样硬化模型中的巨噬细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | ApoE(-/-)小鼠 |
| 454 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of graft-infiltrating host cells identifies caspase-1 as a potential therapeutic target for heart transplant rejection
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1251028
PMID:37781362
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研究论文 | 本研究探讨了心脏移植早期拒绝阶段中移植物浸润细胞的单细胞组成及其潜在的治疗靶点 | 本研究首次揭示了caspase-1在介导心脏移植中的炎症性单核细胞浸润中的重要作用 | 研究仅限于早期拒绝阶段，缺少长期后果的评估 | 了解早期移植物拒绝的细胞机制以开发有效的免疫抑制策略 | 移植物浸润细胞及其相关的分子靶点 | 数字病理学 | 心脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 27,053个细胞 |
| 455 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of tumor-associated macrophages in a Drosophila model
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1243797
PMID:37795097
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研究论文 | 本研究使用果蝇模型对肿瘤相关巨噬细胞进行单细胞RNA测序，以探究其在肿瘤进展中的角色 | 首次通过单细胞RNA测序揭示果蝇中肿瘤相关巨噬细胞的分子特征与作用 | 本研究限制于果蝇模型，可能无法完全反映人类肿瘤微环境的复杂性 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤进展中的作用和分子机制 | 以果蝇中表达Ras-oncogene的幼虫作为研究对象 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 包含肿瘤相关细胞和循环细胞的手动提取样本 |
| 456 | 2024-08-05 |
Comprehensive pan-cancer analysis reveals NUSAP1 is a novel predictive biomarker for prognosis and immunotherapy response
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.80017
PMID:37781040
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研究论文 | 本研究分析了NUSAP1在不同癌症类型中的预后和免疫治疗反应的预测能力 | 首次系统分析了NUSAP1在肿瘤免疫微环境中的作用及其在多种癌症中的预后价值 | 未说明NUSAP1在特定癌症类型中的作用机制的深入研究 | 探讨NUSAP1作为预后生物标志物在免疫治疗中的潜在应用 | 人类正常及肿瘤组织中的NUSAP1 mRNA和蛋白表达水平 | 数字病理学 | 多种癌症 | RNA测序 | NA | tissue | 包括多种正常和肿瘤组织的临床样本及数据库数据 |
| 457 | 2024-08-05 |
Adult tissue-specific stem cell interaction: novel technologies and research advances
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1220694
PMID:37808078
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综述 | 本研究综述了成人组织特异性干细胞相互作用的最新方法学进展 | 文章介绍了双酶谱系追踪系统、合成受体系统、近距离标记、单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在研究成人组织特异性干细胞相互作用中的应用 | NA | 旨在阐述成人组织特异性干细胞之间相互作用的机制 | 成人组织特异性干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 458 | 2024-08-05 |
C5aR1 blockade reshapes immunosuppressive tumor microenvironment and synergizes with immune checkpoint blockade therapy in high-grade serous ovarian cancer
2023, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2023.2261242
PMID:37791232
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研究论文 | 本研究探讨了C5aR1在高分级浆液性卵巢癌中的免疫微环境和免疫治疗反应中的作用 | 揭示了C5aR1作为预测预后和指导治疗的新型生物标志物的潜力 | 未明确探讨不同免疫治疗组合的长远效果 | 识别C5aR1在高分级浆液性卵巢癌中的相关性及其在免疫微环境中的作用 | 高分级浆液性卵巢癌组织及其免疫细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 训练组120个样本和新鲜HGSC组织36个样本 |
| 459 | 2024-08-05 |
Novel insights from spatial transcriptome analysis in solid tumors
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.83098
PMID:37781515
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综述 | 本文总结了利用空间转录组学研究实体肿瘤的异质性和微环境的研究进展 | 提出了空间转录组学在研究肿瘤异质性和细胞相互作用等多个领域的应用突破 | NA | 探讨空间转录组学在研究肿瘤异质性及其微环境中的应用 | 主要关注实体肿瘤 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 460 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of bovine muscle-derived cell types for cultured meat production
2023, Frontiers in nutrition
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fnut.2023.1212196
PMID:37781115
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了牛肌肉来源细胞类型在培养肉生产中的异质性 | 本文通过单细胞RNA测序技术，识别了多种不同的细胞类型，并开发了有效的纯化和增殖协议，同时利用转录组学确定了在无血清培养基中促进卫星细胞生长的条件 | NA | 研究牛骨骼肌生物学及其在培养肉技术开发中的应用 | 牛肌肉来源的细胞类型，包括肌肉纤维、卫星细胞和成纤维脂肪前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多种牛肌肉来源的细胞类型 |