单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-05	Single-cell analysis reveals specific neuronal transition during mouse corticogenesis 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1209320 PMID:38020907	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠皮层发生过程中的特定神经元转变	发现一个特定的细胞群体D-T-U，显示出在小鼠皮层发育过程中直接的深层与上层神经元转变	研究主要集中在小鼠和人类胚胎皮层，未能涵盖其他物种或发育阶段	探索小鼠皮层发育中的神经元转变机制	小鼠和人类胚胎皮层的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及小鼠和人类胚胎皮层的多个单细胞样本
382	2024-08-05	Integrative analysis reveals a four-gene signature for predicting survival and immunotherapy response in colon cancer patients using bulk and single-cell RNA-seq data 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1277084 PMID:38023180	研究论文	本研究开发了一个新的四基因预后模型，以预测结肠癌患者的生存率和免疫治疗反应	提出了一个基于四个独立预后基因的风险模型，并通过多种数据验证其临床意义	尽管模型经过训练和验证，但对不同癌症类型的普适性仍需进一步研究	利用单细胞RNA测序和批量转录组测序数据开发结肠癌的预后模型	结肠癌样本中的细胞类型及其基因表达特征	数字病理学	结肠癌	RNA-seq	Cox回归模型	基因表达数据	33,213个细胞
383	2024-08-05	Multi-omics analysis reveals CLIC1 as a therapeutic vulnerability of gliomas 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1279370 PMID:38027011	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了氯离子通道1 (CLIC1) 在胶质瘤中的重要性和作为治疗靶点的潜力	通过多组学数据分析和实验验证，首次系统阐明了CLIC1在胶质瘤中的作用及其与治疗响应的关联	虽然揭示了CLIC1的治疗潜力，但受限于对肿瘤微环境和免疫反应的复杂性分析不足	研究CLIC1在胶质瘤中的功能及其作为潜在治疗靶点的可能性	主要研究对象为胶质瘤细胞系U251和U373	数字病理学	神经胶质瘤	多组学分析，包括转录组学和单细胞转录组学	NA	NA	来自多个公共队列的胶质瘤多组学数据
384	2024-08-05	A Macrophage-Related Gene Signature for Identifying COPD Based on Bioinformatics and ex vivo Experiments 2023, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S438308 PMID:38050560	研究论文	本研究旨在探讨免疫细胞与COPD发展的关联，并根据免疫微环境的变化提供COPD的诊断新方法	构建了一个新的基于M0巨噬细胞相关基因的COPD诊断模型，具有良好的预测价值	样本量的多样性和外部验证集的性能差异可能限制模型的广泛应用	研究COPD的免疫微环境变化以及其对COPD诊断的影响	主要研究巨噬细胞及其相关基因在COPD患者中的作用	数字病理学	COPD	生物信息学, 单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	多个数据集，包含GSE20257和GSE10006等
385	2024-08-05	Cellular crosstalk of macrophages and therapeutic implications in non-small cell lung cancer revealed by integrative inference of single-cell transcriptomics 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1295442 PMID:38044943	研究论文	本研究描绘了非小细胞肺癌中巨噬细胞的细胞间相互作用及其治疗意义	首次生成了398170个细胞的单细胞图谱，揭示了巨噬细胞在肿瘤微环境中的适应能力及其肿瘤相关巨噬细胞亚型	研究主要集中于特定的肿瘤细胞和巨噬细胞，可能未能涵盖所有可能的相互作用	探讨非小细胞肺癌中巨噬细胞的角色以及其对免疫治疗的影响	52名非小细胞肺癌患者的单细胞及巨噬细胞特征	数字病理	非小细胞肺癌	单细胞转录组测序	NA	细胞	52名非小细胞肺癌患者，398170个细胞
386	2024-08-07	Development of a diagnostic and risk prediction model for Alzheimer's disease through integration of single-cell and bulk transcriptomic analysis of glutamine metabolism 2023, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2023.1275793 PMID:38020758	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组分析谷氨酰胺代谢，开发了一种用于阿尔茨海默病诊断和风险预测的模型	本研究首次通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，结合机器学习算法，识别了与谷氨酰胺代谢相关的特征基因，并构建了风险模型	NA	提高阿尔茨海默病的诊断和风险预测效果	阿尔茨海默病患者	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法（Boruta, LASSO, SVM-RFE）	转录组数据	NA
387	2024-08-07	Analysis of Nucleoporin 107 Overexpression and Its Association with Prognosis and Immune Infiltration in Lung Adenocarcinoma by Bioinformatics Methods 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S441185 PMID:38021066	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了核孔蛋白107（NUP107）在肺腺癌（LUAD）中的过表达及其与预后和免疫浸润的关系	首次阐明了NUP107在肺腺癌中的作用及其与细胞周期调控和免疫浸润的关联	NA	探讨NUP107在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫浸润的影响	肺腺癌中的NUP107表达及其与预后和免疫浸润的关系	数字病理学	肺腺癌	实时定量聚合酶链反应（RT-qPCR），免疫组化（IHC）	NA	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	使用TCGA和多个GEO数据集进行分析
388	2024-08-07	SCALA: A complete solution for multimodal analysis of single-cell Next Generation Sequencing data 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.10.032 PMID:38022693	研究论文	本文介绍了SCALA，一个用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据分析和可视化的生物信息学工具	SCALA支持单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的独立或整合分析，并提供多种分析模块，如功能富集、细胞轨迹推断、配体-受体分析和调控网络重建	SCALA主要以独立版本提供，在线服务的功能有限	开发一个全面的解决方案，用于单细胞下一代测序数据的多模态分析	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	数据表，可视化图表	与TNF驱动的关节炎小鼠相关的两个用例
389	2024-08-07	Comprehensive bioinformatics analysis revealed potential key genes and pathways underlying abdominal aortic aneurysm 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.10.052 PMID:38022704	研究论文	本研究通过RNA测序和综合生物信息学分析，揭示了腹主动脉瘤潜在的关键基因和通路	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了关键基因在不同细胞类型中的差异分布模式，并发现了与这些基因相关的26种潜在药物	NA	识别腹主动脉瘤的潜在关键基因和通路，以开发治疗药物	腹主动脉瘤患者的腹主动脉组织和正常个体的腹主动脉组织	生物信息学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	1148个差异表达基因（631个上调，517个下调）
390	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis and Alzheimer's disease: a bibliometric analysis 2023, American journal of neurodegenerative disease PMID:38024391	研究论文	本文通过文献计量分析研究单细胞RNA测序在阿尔茨海默病中的应用	NA	NA	探讨单细胞RNA测序在阿尔茨海默病早期检测和基因组治疗中的应用	阿尔茨海默病	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
391	2024-08-07	Single-Cell Profiling of Tumor-Associated Neutrophils in Advanced Non-Small Cell Lung Cancer 2023, Lung Cancer (Auckland, N.Z.) DOI:10.2147/LCTT.S430967 PMID:38025400	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对晚期非小细胞肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞进行了全面的单细胞分辨率转录组分析	本研究首次定义了七种不同的肿瘤相关中性粒细胞亚型，并揭示了它们在肿瘤微环境中的相互作用	NA	旨在全面理解晚期非小细胞肺癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性	晚期非小细胞肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	9个新鲜获取的样本
392	2024-08-07	Single-Cell RNA-Sequencing Analysis of Colonic Lamina Propria Immune Cells Reveals the Key Immune Cell-Related Genes of Ulcerative Colitis 2023, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S440076 PMID:38026254	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析结肠固有层免疫细胞，揭示与溃疡性结肠炎相关的关键免疫细胞相关基因	通过单细胞RNA测序技术，本研究首次识别出与溃疡性结肠炎相关的关键免疫细胞相关基因，并验证了这些基因与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于小鼠模型和公共数据库中的微阵列数据，可能需要进一步的人体试验验证	探索溃疡性结肠炎的新诊断基因及其与免疫细胞的潜在关系	结肠固有层免疫细胞及相关基因	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了多个公共数据库中的微阵列数据集（GSE75214, GSE87473, GSE92415, GSE87466）以及DSS诱导的结肠炎小鼠模型
393	2024-08-07	A novel prognostic signature and immune microenvironment characteristics associated with disulfidptosis in papillary thyroid carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1308352 PMID:38033866	研究论文	研究基于单细胞RNA测序数据，探讨了二硫化物应激相关基因与甲状腺乳头状癌临床结果及其在肿瘤微环境中的相互作用	首次构建了基于二硫化物应激相关基因的4基因风险模型，并验证了其在甲状腺乳头状癌中的独立预后价值	NA	探索二硫化物应激相关基因与甲状腺乳头状癌临床结果及其在肿瘤微环境中的相互作用	甲状腺乳头状癌及其肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	LASSO分析	RNA测序数据	使用了来自GEO数据库的GSE191288数据集和TCGA-THCA数据库的数据
394	2024-08-07	Cascading effects of hypobaric hypoxia on the testis: insights from a single-cell RNA sequencing analysis 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1282119 PMID:38033870	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了低压低氧环境对睾丸的级联效应及其对生殖细胞发育的影响。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了低压低氧环境对生殖细胞形成的调控作用及精子分化的影响。	研究仅限于实验室条件下的细胞和基因水平分析，未涉及临床或实际环境中的应用。	旨在阐明低压低氧环境对生殖细胞发育的调控机制及其对精子分化的影响。	研究对象包括生殖细胞、体细胞以及低压低氧环境对其相互作用的影响。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	具体样本数量未在摘要中提及
395	2024-08-07	Integrative analysis identified two subtypes and a taurine-related signature to predict the prognosis and efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.014 PMID:38034399	研究论文	本研究通过综合分析识别出两种异质性肝细胞癌亚型及与牛磺酸相关的特征，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗效果	本研究首次识别并验证了两种具有不同牛磺酸代谢特征的肝细胞癌亚型，并构建了一个基于牛磺酸代谢相关基因的风险模型，用于评估患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗反应和药物敏感性	NA	研究旨在识别能够预测肝细胞癌患者预后和免疫治疗反应的可靠生物标志物	肝细胞癌患者及其牛磺酸代谢特征	数字病理学	肝癌	转录组数据分析	风险模型	转录组数据	多个独立的外部队列
396	2024-08-07	Construction of EMT related prognostic signature for kidney renal clear cell carcinoma, through integrating bulk and single-cell gene expression profiles 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1302142 PMID:38035023	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞基因表达数据，构建了与肾透明细胞癌（KIRC）相关的上皮-间质转化（EMT）预测模型	本研究构建了一个新的EMT相关预测模型，并发现si-LGALS1能够抑制KIRC细胞的迁移和侵袭能力	NA	挖掘更多与EMT相关的细节，并为KIRC构建预测模型	肾透明细胞癌（KIRC）及其EMT过程	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	基因表达数据	2,249个显著差异表达基因（DEGs）在KIRC样本中，其中289个DEGs在上皮细胞中
397	2024-08-07	Insights on epithelial cells at the single-cell level in hepatocellular carcinoma prognosis and response to chemotherapy 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1292831 PMID:38044951	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌中的上皮细胞，旨在为肝细胞癌的预后和药物治疗反应提供靶点洞察	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肝细胞癌中上皮细胞的组成、分化演化和功能景观，并建立了一个与临床特征、上皮-间质转化及药物敏感性预测紧密相关的3基因风险模型	NA	专注于上皮细胞，为检测肝细胞癌的预后和药物治疗反应提供靶点洞察	肝细胞癌中的上皮细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GSE149614的数据，包括八个主要的细胞亚群
398	2024-08-05	Organotypic heterogeneity in microvascular endothelial cell responses in sepsis-a molecular treasure trove and pharmacological Gordian knot 2023, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2023.1252021 PMID:38020105	review	本文回顾了微血管内皮细胞在脓毒症相关多脏器功能障碍综合症中的异质性以及药物干预的潜在分子靶点	探讨了器官特异性微血管内皮细胞的分子异质性及其在脓毒症中的作用	未能将所获取的信息转化为有效的治疗方案	旨在深入理解脓毒症中内皮细胞的分子机制及其异质性	研究了脓毒症患者和动物模型中内皮细胞的响应	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	分子数据	NA
399	2024-08-07	Longitudinal multi-functional analysis identified responses of T cells, B cells, and monocytes as hallmarks of immunotherapy tolerance in patients with merkel cell carcinoma 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0293922 PMID:37983224	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对Merkel细胞癌患者的免疫治疗耐受性进行了纵向多组学分析，识别了T细胞、B细胞和单核细胞的反应特征。	首次通过纵向多组学研究揭示了Merkel细胞癌患者免疫治疗耐受性的细胞特征和动态变化。	研究样本量较小，仅包括四个时间点的外周血样本，可能影响结果的普遍性。	探究Merkel细胞癌患者免疫逃逸的机制及促进免疫逃避的恶性细胞条件。	Merkel细胞癌患者的免疫细胞反应和耐药性机制。	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个时间点的外周血样本
400	2024-08-05	The m6A/m1A/m5C-Related Methylation Modification Patterns and Immune Landscapes in Rheumatoid Arthritis and Osteoarthritis Revealed by Microarray and Single-Cell Transcriptome 2023, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S431076 PMID:37933335	研究论文	本研究探讨了RNA修饰相关基因的表达特征，揭示了免疫景观并识别了潜在的诊断生物标志物	识别了六个潜在的OA和RA发病机制生物标志物，首次结合了RNA修饰与细胞焦亡的关系	未提及具体的限制	探究OA和RA患者RNA修饰相关基因的表达特征	OA和RA患者的RNA修饰相关基因	数字病理学	关节炎	RNA微阵列和单细胞测序(scRNA-seq)	NA	RNA数据	人类膝关节滑膜组织和小鼠DMM模型中的样本