单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-10-16 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
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研究论文 | 本文通过多中心单细胞RNA测序研究了快速进展多发性骨髓瘤的免疫微环境 | 首次通过多中心单细胞RNA测序分析了快速进展多发性骨髓瘤患者的免疫微环境，发现了与疾病进展相关的特定细胞类型和信号通路 | 研究样本量较小，且仅包括快速进展和非进展两组患者，可能无法全面反映所有多发性骨髓瘤患者的免疫微环境 | 探讨快速进展多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，寻找促进疾病快速进展的关键因素 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 102,207个细胞，来自48个CD138骨髓样本，涉及18名患者 |
| 22 | 2024-10-14 |
Unveiling the novel immune and molecular signatures of ovarian cancer: insights and innovations from single-cell sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1288027
PMID:38022625
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在卵巢癌中的应用，揭示了其免疫和分子特征 | 单细胞测序技术能够提供比传统批量测序更详细的基因、转录组、蛋白质、表观基因组和代谢信息 | NA | 探讨单细胞测序技术在卵巢癌中的应用及其对诊断、治疗和预后指标开发的指导作用 | 卵巢癌的免疫和分子机制 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序 | NA | 基因、转录组、蛋白质、表观基因组和代谢数据 | NA |
| 23 | 2024-09-30 |
A marker gene-based method for identifying the cell-type of origin from single-cell RNA sequencing data
2023, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2023.102196
PMID:37424758
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研究论文 | 本文介绍了一种基于标记基因的单细胞RNA测序数据细胞类型识别方法Sargent | Sargent是一种无需转换和聚类的单细胞注释算法，能够快速准确地识别细胞类型起源，并保留了基于聚类的手动注释的灵活性和生物可解释性 | NA | 开发一种能够快速准确识别单细胞RNA测序数据中细胞类型起源的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据和来自人体器官（如PBMC、心脏、肾脏和肺）的单细胞RNA测序数据 |
| 24 | 2024-09-30 |
Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT)
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1
PMID:36747718
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研究论文 | 本文介绍了InSTAnT，一个用于从空间转录组数据中提取分子关系的计算工具包 | InSTAnT能够检测基因对和模块在细胞内和细胞间的有趣共定位模式，并使用专门的统计测试和图挖掘技术 | NA | 开发新的分析工具以实现空间转录组技术的全部潜力 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（如MERFISH） | NA | 空间转录组数据 | 人类癌细胞系和小鼠下丘脑前视区的数据 |
| 25 | 2024-09-30 |
Overview of single-cell RNA sequencing analysis and its application to spermatogenesis research
2023 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12502
PMID:36726594
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序分析及其在精子发生研究中的应用 | 单细胞RNA测序识别出成鼠睾丸中的间充质细胞和II型先天淋巴细胞作为新的睾丸细胞类型，以及详细的生殖细胞亚型 | 单细胞RNA测序分析需要广泛的实验技术和生物信息学知识，对许多实验生物学家和临床医生来说难以使用 | 使单细胞RNA测序分析更加普及，并总结了使用该技术在人类和小鼠精子发生研究中获得的最新见解 | 人类和小鼠的精子发生过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26 | 2024-09-28 |
Location, location, location: mapping the lymphoma tumor microenvironment using spatial transcriptomics
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1258245
PMID:37869076
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研究论文 | 本文总结了当前空间转录组技术及其在淋巴瘤研究中的应用，以揭示淋巴瘤肿瘤微环境中的复杂细胞相互作用 | 空间转录组技术提供了基因表达的全面分析，弥补了单细胞RNA测序缺乏空间信息的局限 | 目前研究主要集中在技术总结和初步应用，尚未深入探讨具体的治疗策略 | 深入理解淋巴瘤肿瘤微环境，识别关键的淋巴瘤与免疫细胞相互作用，为个性化治疗提供基础 | 淋巴瘤肿瘤微环境中的免疫与非免疫细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 27 | 2024-09-28 |
Vancomycin-induced gut microbial dysbiosis alters enteric neuron-macrophage interactions during a critical period of postnatal development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268909
PMID:37901245
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研究论文 | 研究万古霉素引起的肠道微生物失调如何影响新生期关键阶段的肠神经-巨噬细胞相互作用 | 首次揭示了新生期万古霉素暴露通过影响巨噬细胞数量和表型，进而改变肠神经系统发育的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨万古霉素引起的肠道微生物失调对新生期肠神经-巨噬细胞相互作用的影响 | 新生期小鼠的肠神经系统和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生期小鼠 |
| 28 | 2024-09-28 |
Using combined single-cell gene expression, TCR sequencing and cell surface protein barcoding to characterize and track CD4+ T cell clones from murine tissues
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1241283
PMID:37901204
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研究论文 | 本文描述了从鼠类组织中分离scRNA/TCR-seq兼容的CD4 T细胞的方法，并详细介绍了细胞处理、质量控制、样本多路复用和测序策略，以及从测序数据生成的生物信息学分析流程 | 本文结合了单细胞基因表达、TCR测序和细胞表面蛋白条形码技术，以无偏的方式研究细胞转录程序及其异质性 | NA | 开发和优化从鼠类组织中分离和分析CD4 T细胞克隆的方法 | 鼠类组织中的CD4 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR测序 | NA | 基因表达数据 | 鼠类皮肤、脾脏和淋巴结中的CD4 T细胞 |
| 29 | 2024-09-28 |
Single-cell profiling reveals immune disturbances landscape and HLA-F-mediated immune tolerance at the maternal-fetal interface in preeclampsia
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1234577
PMID:37854606
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研究论文 | 研究揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱以及HLA-F介导的免疫耐受 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中母胎界面免疫紊乱的图谱，并探讨了HLA-F在母胎免疫耐受中的作用 | 研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的临床数据或动物模型 | 探讨子痫前期中母胎界面免疫紊乱的机制及HLA-F的作用 | 子痫前期的母胎界面免疫状态及HLA-F的功能 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 101,250个细胞样本 |
| 30 | 2024-09-27 |
Independent prognostic biomarker FERMT3 associated with immune infiltration and immunotherapy response in glioma
2023, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2023.2264325
PMID:37795794
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研究论文 | 研究探讨了FERMT3作为胶质瘤独立预后生物标志物及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 首次揭示了FERMT3在胶质瘤中的独立预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关联 | 研究主要基于现有数据集和临床组织样本的分析，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨FERMT3在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系 | 胶质瘤患者的FERMT3表达及其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫组化、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本、基因表达数据 | 多个数据集和临床组织样本 |
| 31 | 2024-09-27 |
Preparing Arabidopsis thaliana root protoplasts for cryo electron tomography
2023, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2023.1261180
PMID:37810374
|
研究论文 | 本文描述了一种用于冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的拟南芥根原生质体制备工作流程 | 首次将原生质体用于冷冻电子显微镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）研究 | 整个工作流程从植物生长到倾斜系列采集可能需要几个月时间 | 开发一种新的方法，将植物原生质体作为冷冻电子断层扫描的工具 | 拟南芥根原生质体 | NA | NA | 冷冻电子显微镜（cryo-EM）、冷冻电子断层扫描（cryo-ET）、冷冻聚焦离子束铣削（cryo-FIB） | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-09-27 |
New insight into the role of fibroblasts in the epithelial immune microenvironment in the single-cell era
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1259515
PMID:37809065
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综述 | 本文综述了单细胞时代下成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了成纤维细胞在表皮免疫微环境中的功能和空间异质性及其与其他细胞类型的相互作用 | NA | 总结成纤维细胞在炎症性皮肤病表皮免疫微环境中的最新进展，并讨论其在纤维化和非纤维化炎症性皮肤病中的不同功能和分子机制 | 成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用 | NA | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST) | NA | RNA | NA |
| 33 | 2024-09-27 |
Spatially and temporally distinct patterns of expression for VPS10P domain receptors in human cerebral organoids
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1229584
PMID:37842085
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研究论文 | 研究了人类大脑类器官中VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式 | 首次在人类大脑类器官中详细描述了VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式，并揭示了其在不同细胞类型和亚细胞定位中的独特功能 | 研究主要基于类器官模型，可能与真实的人类大脑环境存在差异 | 探讨VPS10P域受体在人类大脑发育和神经退行性疾病中的作用 | VPS10P域受体在人类大脑类器官中的表达模式 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 34 | 2024-09-27 |
A hub gene signature as a therapeutic target and biomarker for sepsis and geriatric sepsis-induced ARDS concomitant with COVID-19 infection
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1257834
PMID:37822934
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研究论文 | 研究探讨了COVID-19感染与老年脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）之间的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点和生物标志物 | 揭示了COVID-19与脓毒症之间的189个差异表达基因，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出关键的枢纽基因和模块 | 研究主要基于生物信息学和系统生物学方法，缺乏临床试验验证 | 阐明COVID-19与脓毒症在老年患者中的相互作用，识别潜在的治疗干预措施 | COVID-19感染、脓毒症及其诱发的ARDS在老年患者中的分子机制 | 生物信息学 | 脓毒症 | 生物信息学、系统生物学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了小鼠脓毒症-ARDS模型和老年脓毒症诱发ARDS患者的血液样本 |
| 35 | 2024-09-26 |
Reconstruction of Single-Cell Trajectories Using Stochastic Tree Search
2023-01-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14020318
PMID:36833245
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机树搜索的单细胞轨迹重建方法 | 引入了一种基于惩罚似然框架的随机树搜索算法，旨在在大规模非凸树空间中寻找全局最优解 | NA | 提高单细胞轨迹重建的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机树搜索算法 | 基因表达数据 | NA |
| 36 | 2024-09-26 |
A review on deep learning applications in highly multiplexed tissue imaging data analysis
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1159381
PMID:37564726
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综述 | 本文综述了深度学习在高度多重组织成像数据分析中的应用及其对肿瘤学的影响 | 强调了使用高度多重图像（空间蛋白质组数据）相对于单染色传统组织病理学图像的优势，能够提供更深层次的机制性生物信息 | 未提及具体的技术局限性 | 探讨深度学习与空间组学技术结合在肿瘤学中的应用及其对临床决策和患者护理质量的影响 | 深度学习在生物医学图像分析中的应用，包括细胞分割、细胞表型识别、癌症预后和治疗预测 | 计算机视觉 | 肿瘤学 | 深度学习 | NA | 图像 | NA |
| 37 | 2024-09-26 |
Cell type-specific interaction analysis using doublets in scRNA-seq
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad120
PMID:37745004
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研究论文 | 本文开发了一种名为CIcADA的管道，用于在scRNA-seq数据中识别和分析具有生物学意义的二聚体 | 本文提出了一种新的方法CIcADA，用于分析scRNA-seq数据中的二聚体，揭示了这些二聚体在免疫反应基因表达上调中的作用 | 目前CIcADA方法的实现仅作为一个R包提供，尚未在CRAN上发布 | 研究scRNA-seq数据中的二聚体在细胞间信号和过程中的生物学意义 | scRNA-seq数据中的二聚体及其在肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用 | 单细胞测序 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq肿瘤数据集 |
| 38 | 2024-09-25 |
Radiation-induced circulating myeloid-derived suppressor cells induce systemic lymphopenia after chemoradiotherapy in patients with glioblastoma
2023-01-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abn6758
PMID:36696484
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研究论文 | 研究了胶质母细胞瘤患者在接受放化疗后出现的淋巴细胞减少症的生物学机制，并探讨了药物抑制MDSC对缓解这一现象的潜力 | 首次揭示了放疗诱导的循环髓源抑制细胞（MDSC）与系统性淋巴细胞减少之间的因果关系，并验证了药物抑制MDSC在临床前模型中的有效性 | 研究仅限于临床前模型和少量患者样本，需要进一步的临床试验验证 | 探讨胶质母细胞瘤患者在接受放化疗后淋巴细胞减少的生物学机制，并寻找潜在的治疗方法 | 胶质母细胞瘤患者的外周血样本和临床前小鼠模型 | 免疫学 | 脑癌 | RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、免疫监测数据 | 20名胶质母细胞瘤患者的外周血样本和临床前小鼠模型 |
| 39 | 2024-09-25 |
Multi-omics analysis identifies IgG2b class-switching with ALCAM-CD6 co-stimulation in joint-draining lymph nodes during advanced inflammatory-erosive arthritis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1237498
PMID:37691918
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研究论文 | 本文利用多组学空间和单细胞转录组学技术，研究了在严重类风湿性关节炎（RA）患者中，关节引流淋巴结中淋巴引流功能障碍的分子机制 | 首次整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了ALCAM-CD6共刺激在促进IgG2b类别转换中的作用 | 需要进一步研究免疫球蛋白克隆性和潜在的自身免疫后果，以及抗CD6疗法的有效性 | 探讨严重类风湿性关节炎中淋巴引流功能障碍的分子机制 | 关节引流淋巴结中的淋巴内皮细胞、巨噬细胞、B细胞和T细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型小鼠10只，TNF-Tg小鼠18只（早期6只，晚期12只） |
| 40 | 2024-09-25 |
scDemultiplex: An iterative beta-binomial model-based method for accurate demultiplexing with hashtag oligos
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.08.013
PMID:37664174
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研究论文 | 提出了一种基于beta-二项分布模型的迭代方法scDemultiplex，用于准确的多重样本解复用 | scDemultiplex采用beta-二项分布模型和迭代策略，相比现有七种方法在高质量和低质量数据中均表现出色，并能与其他方法结合以提升性能 | 未提及 | 开发一种准确的多重样本解复用方法，以提高单细胞测序数据的分析质量 | 单细胞测序中的多重样本解复用问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | beta-二项分布模型 | 单细胞测序数据 | 未提及 |