单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-05-14 |
scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data
2023-Jan-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1
PMID:36747874
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研究论文 | 介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种计算框架，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基于互信息(MI)的框架 | 单细胞RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本量 |
| 22 | 2025-05-14 |
Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016
PMID:36400027
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研究论文 | 该研究通过改进人类胚胎干细胞（hESC）分化为功能性中脑多巴胺能神经元的方法，揭示了中脑发育的关键因素 | 发现了层粘连蛋白-511、双重WNT激活、GSK3β抑制和FGF8b等新因子对中脑模式化的改善作用，以及肝X受体激活和成纤维细胞生长因子信号抑制对神经发生和分化的增强作用 | 未提及具体样本量，且研究结果尚未在临床中验证 | 探索人类中脑发育的关键因素并提高hESC分化为功能性mDA神经元的效率 | 人类胚胎干细胞（hESC）及其分化的中脑多巴胺能神经元 | 干细胞研究 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23 | 2025-05-08 |
Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524455
PMID:36789425
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研究论文 | 研究通过血液免疫单细胞转录组学预测头颈癌患者的肿瘤免疫微环境和检查点治疗反应 | 首次展示通过外周血单核细胞的单细胞RNA测序推断肿瘤免疫状态，并预测免疫治疗反应的能力 | 需要更大规模的测试验证方法的普适性 | 探索通过血液免疫状态预测肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的可行性 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者 | 数字病理学 | 头颈癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 两个HNSCC患者数据集 |
| 24 | 2025-04-22 |
KRT19 is a Promising Prognostic Biomarker and Associates with Immune Infiltrates in Serous Ovarian Cystadenocarcinoma
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S419235
PMID:37916194
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research paper | 该研究通过生物信息学分析探讨了KRT19在浆液性卵巢囊腺癌中的预后价值和与免疫浸润的关联 | 首次揭示了KRT19作为浆液性卵巢囊腺癌预后生物标志物的潜力及其与肿瘤免疫细胞浸润的相关性 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探索KRT19在卵巢癌中的生物学功能和临床意义 | 浆液性卵巢囊腺癌患者样本 | digital pathology | ovarian cancer | 生物信息学分析（TCGA、GTEx、GEO、HPA数据库） | NA | 基因表达数据 | 多个公共数据库中的卵巢癌样本（具体数量未明确说明） |
| 25 | 2025-04-02 |
A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1105673
PMID:36992700
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，揭示了两种病毒感染的共同和差异 | 提出了一种新颖的共识单细胞注释方法，整合了来自COVID-19和HIV-1患者的单细胞RNA测序数据，系统比较了两种病毒感染的免疫细胞表型特征和调控通路 | 样本量相对较小，仅包括7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照 | 比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，以理解疾病进展和开发有效的疫苗和治疗方法 | SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | COVID-19, HIV-1 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 111,566个单PBMCs，来自7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照 |
| 26 | 2025-04-01 |
Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain
2023-01, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-022-00335-4
PMID:37118510
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研究论文 | 本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化 | 首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程 | 小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 基于单细胞的回归模型 | 单细胞转录组数据 | 28只不同年龄的小鼠 |
| 27 | 2025-03-26 |
Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1285667
PMID:38149096
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了参与原始卵泡形成的新基因和新配体-受体相互作用 | 发现了ANXA7和GTF2F1在生殖细胞中促进原始卵泡形成的新功能，以及配体Mdk与受体Sdc1在原始卵泡形成中的关键作用 | 研究主要基于小鼠和人类卵巢的公共单细胞RNA测序数据，样本量有限 | 探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系 | 小鼠和人类卵巢中的生殖细胞和颗粒细胞 | 生殖生物学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、全基因组测序(WGS) | NA | 基因表达数据、测序数据 | 93例POI患者和465例对照的测序数据，25周人类胎儿卵巢样本 |
| 28 | 2025-03-06 |
Construction of a circRNA- lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network identifies genes and pathways linked to goat fertility
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1195480
PMID:37547465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，构建了ceRNA调控网络，并鉴定了与山羊生育力相关的基因和通路 | 首次利用单细胞RNA测序技术比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，并构建了ceRNA调控网络，鉴定了与生育力相关的关键基因和通路 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小，且仅限于Ji'ning Gray山羊 | 研究山羊生育力的遗传基础，特别是通过转录组分析揭示与生育力相关的基因和通路 | 高生育力和低生育力的Ji'ning Gray山羊的颗粒细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 30个样本（15个高生育力山羊和15个低生育力山羊） |
| 29 | 2025-03-01 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
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研究论文 | 本研究通过多中心单细胞RNA测序技术，探讨了快速进展型多发性骨髓瘤（MM）患者免疫微环境的特征 | 首次在多中心背景下使用单细胞RNA测序技术分析快速进展型MM的免疫微环境，揭示了与疾病快速进展相关的细胞类型和信号通路 | 样本量相对较小（18名患者），且仅分析了诊断时的骨髓样本，未涵盖疾病进展过程中的动态变化 | 探讨快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，以识别促进疾病快速进展的因素 | 18名多发性骨髓瘤患者的48个CD138骨髓样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 102,207个细胞，来自18名患者的48个骨髓样本 |
| 30 | 2025-02-19 |
A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac616
PMID:36631398
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性 | 提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法 | 未明确提及具体局限性 | 提高细胞类型去卷积的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | 贝叶斯框架（tranSig） | RNA测序数据 | 外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据 |
| 31 | 2025-02-06 |
Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury
2023-Jan-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.157837
PMID:36472908
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系 | 首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性 | 样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性 | 研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制 | COVID-19患者的肺组织样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞 |
| 32 | 2025-02-06 |
Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression
2023-01-06, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723
PMID:36444722
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研究论文 | 本研究探讨了Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发了一种创新的纳米疗法，通过靶向巨噬细胞Epsins来治疗动脉粥样硬化 | 开发了一种新型的S2P共轭脂质纳米颗粒，用于封装小干扰RNA以抑制Epsins，并揭示了Epsins通过结合CD36促进脂质摄取和通过溶酶体促进ABCG1降解的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 研究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发针对Epsins的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化 | 巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、MEBOCOST算法、纳米颗粒技术 | LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型 | RNA测序数据、生物医学数据 | 使用LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型进行研究 |
| 33 | 2025-02-06 |
Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts
2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041
PMID:36239989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络 | 首次详细描述了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用及其在免疫抑制中的作用 | 研究主要关注微卫星稳定的结直肠癌肝转移，可能不适用于其他类型的结直肠癌 | 研究结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞变化及其对肿瘤生长的影响 | 结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织、正常肝组织和外周血单核细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重空间成像、细胞去卷积 | NA | RNA测序数据、空间成像数据 | 一系列微卫星稳定的结直肠癌肝转移样本及其配对的正常肝组织和外周血单核细胞 |
| 34 | 2025-01-25 |
Single-Cell RNA sequencing investigation of female-male differences under PAD conditions
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1251141
PMID:37745110
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了在PAD条件下男女之间的差异，特别是内皮细胞在受到不同机械刺激下的基因表达变化 | 首次结合d-flow和硬度两个因素，研究其对内皮细胞表型的影响，并探讨了性别在这些过程中的作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探索性别对PAD相关促动脉粥样硬化通路的影响 | 内皮细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 35 | 2025-01-19 |
Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281898
PMID:36827401
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研究论文 | 本文描述了一种从SARS-CoV-2感染的上皮细胞中制备非传染性单细胞RNA测序（scRNAseq）样本的方法 | 提出了一种在BSL2设施中安全进行scRNAseq分析的方法，使更多研究人员能够进行SARS-CoV-2细胞的分子分析 | 需要进一步验证该方法在其他类型细胞和病毒中的适用性 | 开发一种安全的方法，用于在较低生物安全级别的实验室中研究SARS-CoV-2感染的细胞 | SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和分化在气液界面上的人肺上皮细胞 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA数据 | 非洲绿猴肾上皮细胞和人肺上皮细胞 |
| 36 | 2025-01-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct T cell populations in immune-related adverse events of checkpoint inhibitors
2023-01-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100868
PMID:36513074
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）中T细胞的不同群体 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析抗PD-1治疗期间循环T细胞的细胞变化，识别出与不同irAEs相关的特定T细胞亚群 | 研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性 | 探讨抗PD-1治疗中免疫相关不良事件的细胞基础 | 癌症患者的循环T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | K近邻网络图绘制布局 | RNA序列数据 | 未明确说明 |
| 37 | 2025-01-16 |
The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656
PMID:37965335
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研究论文 | 本文通过转录组、蛋白质组、细胞表面标志物和细胞因子产生分析，比较了人类外周血中slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的特征，证明slan+/NC-单核细胞更符合非经典单核细胞的典型特征 | 首次通过转录组和蛋白质组分析，证明slan+/NC-单核细胞比slan-/NC-单核细胞更能代表非经典单核细胞的典型特征 | 研究未涉及slan+/NC-单核细胞在疾病中的具体功能和作用机制 | 研究人类外周血中非经典单核细胞的典型特征 | 人类外周血中的slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞 | 免疫学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表面标志物数据 | 人类外周血单核细胞样本 |
| 38 | 2025-01-12 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Global Markers of Transcriptional Diversity across Different Forms of Cellular Senescence
2023, Aging biology
DOI:10.59368/agingbio.20230008
PMID:39781544
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示了不同形式细胞衰老中的转录多样性全局标记 | 首次通过单细胞转录组学技术全面分析了不同形式细胞衰老中的细胞亚群及其表达谱，揭示了共同的转录特征和次级衰老现象 | 研究主要基于体外实验，未涉及体内复杂环境的影响 | 探究不同形式细胞衰老中的转录多样性及其共同特征 | 基因同源的克隆细胞系，包括癌基因诱导衰老、复制性衰老和DNA损伤诱导衰老 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA测序数据 | 多种形式的衰老细胞系 |
| 39 | 2024-12-12 |
Tick innate immune responses to hematophagy and Ehrlichia infection at single-cell resolution
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1305976
PMID:38274813
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了孤星蜱在未进食、部分进食和感染埃立克体时的血细胞反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示了蜱对埃立克体感染和吸血的先天免疫反应 | NA | 深入了解血细胞在蜱与蜱传微生物相互作用中的作用，揭示其在媒介传播能力中的功能 | 孤星蜱的血细胞及其在不同状态下的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未进食、部分进食和感染埃立克体的孤星蜱血细胞样本 |
| 40 | 2024-11-23 |
SPICEMIX enables integrative single-cell spatial modeling of cell identity
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01256-z
PMID:36624346
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研究论文 | 介绍了一种名为SPICEMIX的计算方法，用于整合单细胞空间转录组数据，以揭示细胞身份 | SPICEMIX基于概率潜变量建模，能够显著改进细胞类型及其空间模式的推断，优于现有方法 | NA | 开发一种能够利用空间转录组数据独特性质揭示细胞身份的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型及其空间模式 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 概率潜变量模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠脑区的空间转录组数据，通过seqFISH+、STARmap和Visium技术获取 |