单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-04 |
Identifying the programmed cell death index of hepatocellular carcinoma for prognosis and therapy response improvement by machine learning: a bioinformatics analysis and experimental validation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1298290
PMID:38170006
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研究论文 | 本研究探讨了程序性细胞死亡与肝细胞癌之间的关联，并构建了用于预后和治疗反应预测的程序性死亡指数。 | 提出了一种基于机器学习的整合框架来构建程序性死亡指数（PCDI），超越了以往的预后模型。 | 研究可能存在数据来源的局限性，未提供样本具体数量的信息。 | 阐明程序性细胞死亡与肝细胞癌之间的关系，以改善临床管理及个体化治疗。 | 肝细胞癌患者，关注程序性死亡相关基因及其临床特征。 | 生物信息学 | 肝癌 | 单细胞测序，蛋白质组学 | 机器学习 | 基因数据，蛋白质组学数据 | NA |
| 202 | 2024-08-07 |
Immune and oxidative stress disorder in ovulation-dysfunction women revealed by single-cell transcriptome
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1297484
PMID:38116006
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了排卵功能障碍女性中免疫和氧化应激紊乱的情况 | 首次系统性地分析了排卵功能障碍女性中免疫图谱的变化，并揭示了cDC介导的信号通路对炎症反应的重要贡献 | NA | 深入了解排卵功能障碍的机制，为更好的诊断和治疗提供依据 | 排卵功能障碍女性中的免疫细胞和氧化应激 | NA | 排卵功能障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 80,689个PBMCs样本 |
| 203 | 2024-08-07 |
Lineage tracing of T cell differentiation from T-iPSC by 2D feeder-free culture and 3D organoid culture
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1303713
PMID:38162650
|
研究论文 | 本研究通过2D无饲养层培养和3D类器官培养追踪T细胞分化，分析了T-iPS-T细胞在不同培养阶段的单细胞水平数据，并识别了关键基因用于CD4+ T-iPS-T细胞的诱导。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，比较了2D无饲养层培养和3D类器官培养中T-iPS-T细胞的关键基因，为CD4+ T细胞的生成提供了新的见解。 | 研究主要集中在T-iPS-T细胞的基因表达分析，未涉及这些细胞在免疫治疗中的实际应用效果。 | 旨在通过追踪T细胞分化过程，优化T-iPS-T细胞的培养条件，以促进其在免疫治疗中的应用。 | 研究对象为从抗原特异性T细胞衍生的诱导多能干细胞（T-iPS-T细胞）。 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及多个T-iPS-T细胞样本和人类胸腺细胞数据集 |
| 204 | 2024-08-07 |
Elucidating common pathogenic transcriptional networks in infective endocarditis and sepsis: integrated insights from biomarker discovery and single-cell RNA sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1298041
PMID:38332910
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研究论文 | 本研究通过微阵列数据和单细胞RNA测序数据，揭示了感染性心内膜炎和脓毒症在转录水平上的共同致病机制，并发现了相关的生物标志物。 | 首次综合利用微阵列和单细胞RNA测序技术，揭示了感染性心内膜炎和脓毒症的共同致病机制，并发现了新的治疗靶点。 | 数据量有限，实验验证不足。 | 旨在揭示感染性心内膜炎和脓毒症的共同致病机制，并发现新的治疗靶点和生物标志物。 | 感染性心内膜炎和脓毒症的共同致病机制及相关的生物标志物。 | 数字病理学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 205 | 2024-08-04 |
Cellular and transcriptome signatures unveiled by single-cell RNA-Seq following ex vivo infection of murine splenocytes with Borrelia burgdorferi
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1296580
PMID:38149246
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠脾细胞在Borrelia burgdorferi感染后的特征 | 首次利用GFP标记的Borrelia burgdorferi对小鼠脾细胞进行单细胞RNA测序分析，揭示了免疫响应的分子和细胞特征 | 研究结果主要基于小鼠模型，可能无法完全转化至人类 | 揭示Borrelia burgdorferi感染后宿主的免疫反应和相关生物标志物 | 感染Borrelia burgdorferi的小鼠脾细胞 | 数字病理学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从小鼠中分离的GFP+和GFP-脾细胞 |
| 206 | 2024-08-07 |
Multi-omics analyses unravel DNA damage repair-related clusters in breast cancer with experimental validation
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1297180
PMID:38022619
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了乳腺癌中与DNA损伤修复（DDR）相关的特征，并通过实验验证了其分类 | 本研究首次构建了DDR分类，并通过多层队列分析验证了DDR评分，揭示了恶性细胞在单细胞水平上对DDR评分的贡献 | NA | 研究乳腺癌中DNA损伤修复的异质性，并探索其个性化分子和临床病理机制 | 乳腺癌中的DNA损伤修复相关特征 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学分析 | NA | 转录组学、基因组学、单细胞转录组数据 | 276个DDR相关基因，多个公共数据集包括SCAN-B数据集、METABRIC数据库和TCGA-BRCA数据库 |
| 207 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of disulfidptosis and immune microenvironment in hepatocellular carcinoma: a putative model and immunotherapeutic strategies
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1294677
PMID:38235128
|
研究论文 | 本文研究了肝细胞癌中二硫键死亡及其免疫微环境的整合分析 | 建立了一个新模型以预测肝细胞癌患者的预后，并探讨了可能的治疗靶点 | NA | 探索肝细胞癌细胞的二硫键死亡及其与免疫微环境的关系 | 肝细胞癌细胞及其免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序, 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 结合了多个RNA测序数据集 |
| 208 | 2024-08-04 |
MediMer: a versatile do-it-yourself peptide-receptive MHC class I multimer platform for tumor neoantigen-specific T cell detection
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1294565
PMID:38239352
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为MediMer的平台，用于肿瘤新抗原特异性T细胞的检测 | MediMer是一个多功能自制的pMHC-I多聚体平台，能够以较少的操作时间定制并生产用于个体化肿瘤患者的新抗原检测 | 未提及具体的局限性 | 提高针对个体肿瘤患者新抗原的T细胞受体的发现能力 | 主要研究人类抗原特异性T细胞，特别是针对黑色素瘤患者的新抗原特异性T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 重组MHC分子 | NA | 细胞 | 黑色素瘤患者血液样本中发现稀有T细胞亚群 |
| 209 | 2024-08-07 |
Characterisation of macrophage infiltration and polarisation based on integrated transcriptomic and histological analyses in Primary Sjögren's syndrome
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1292146
PMID:38022546
|
研究论文 | 本研究通过综合转录组学和组织学分析，探讨了原发性干燥综合征（pSS）中巨噬细胞浸润和极化的机制 | 首次详细描述了pSS患者中巨噬细胞的浸润和极化状态，并揭示了巨噬细胞与炎症微环境之间的双向关系 | 研究样本量较小，且仅使用了公开数据集中的样本，可能影响结果的普遍性 | 探究原发性干燥综合征中巨噬细胞浸润和极化的机制 | 原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞和唾液腺组织 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | 转录组数据 | pSS患者5例，健康个体5例，pSS唾液腺组织24例，非pSS唾液腺组织12例 |
| 210 | 2024-08-04 |
Corrigendum: Application of single-cell sequencing to the research of tumor microenvironment
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1345222
PMID:38116015
|
更正 | 本文更正了关于单细胞测序在肿瘤微环境研究中的应用的文章 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-04 |
Identification of TRDV-TRAJ V domains in human and mouse T-cell receptor repertoires
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1286688
PMID:38077312
|
研究论文 | 本文描述了在人类和小鼠T细胞受体库中识别含有TRDV基因的两种T细胞受体 | 首次在小鼠和人类中识别到包括TRDV基因的TRA链，展示了这些TRDV基因对TRA多样性的贡献 | TRDV-TRA链在最终结果中被排除，可能导致对其丰富性的低估 | 研究TRDV基因在T细胞受体中的角色及其对TRA多样性的影响 | 人类和小鼠的T细胞受体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 21个来自人类和23个来自小鼠的单细胞RNA-seq数据集 |
| 212 | 2024-08-04 |
Application of single-cell sequencing to the research of tumor microenvironment
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1285540
PMID:37965341
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综述 | 本文总结了单细胞测序及肿瘤微环境分析的最新进展 | 结合单细胞测序和肿瘤微环境分析为揭示肿瘤发展和进展的分子机制提供了独特机会 | NA | 探讨单细胞测序在肿瘤微环境研究中的应用 | 肿瘤微环境及其与单细胞测序的关系 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组，转录组和表观基因组 | NA |
| 213 | 2024-08-04 |
Examining the function of macrophage oxidative stress response and immune system in glioblastoma multiforme through analysis of single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1288137
PMID:38274828
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研究论文 | 该论文探讨了巨噬细胞在胶质母细胞瘤中的氧化应激反应和免疫系统的功能 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了巨噬细胞在胶质母细胞瘤微环境中的中心角色及其潜在的极化机制 | 对现有巨噬细胞在胶质母细胞瘤作用机制的理解仍然有限 | 旨在重新定义胶质母细胞瘤肿瘤核心和周边区域内的细胞景观 | 研究对象为胶质母细胞瘤中的巨噬细胞及其相关亚群体 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-04 |
Genetic and immunological insights into COVID-19 with acute myocardial infarction: integrated analysis of mendelian randomization, transcriptomics, and clinical samples
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1286087
PMID:38022594
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研究论文 | 本文探讨了COVID-19与急性心肌梗死之间的遗传和免疫学关联 | 采用两样本孟德尔随机化和机器学习发现TLR4和ABCA1作为相关性中心基因，具有高诊断价值 | 未能确认COVID-19与急性心肌梗死之间的直接因果关系 | 理解COVID-19与急性心肌梗死之间的分子机制 | 研究COVID-19患者中急性心肌梗死的遗传和免疫特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因组数据, 临床血样本 | 在研究中包含了多样本的RNA-seq数据和临床血液样本 |
| 215 | 2024-08-07 |
Crosstalk of disulfidptosis-related subtypes, establishment of a prognostic signature and immune infiltration characteristics in bladder cancer based on a machine learning survival framework
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1180404
PMID:37152941
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研究论文 | 本研究探讨了胱硫醚病相关基因（DRGs）对膀胱癌（BLCA）预后的影响，并开发了一种基于机器学习生存框架的预测模型，用于评估患者的预后、免疫特征和治疗反应 | 本研究首次将胱硫醚病相关基因与膀胱癌的预后和免疫浸润特征联系起来，并开发了一种新的预测模型 | NA | 研究胱硫醚病相关基因在膀胱癌中的作用，并开发一种新的预测模型以指导临床管理和个性化治疗 | 膀胱癌患者及其胱硫醚病相关基因的表达和突变特征 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA测序 | 机器学习算法 | RNA-Seq数据 | 三个膀胱癌队列 |
| 216 | 2024-08-07 |
Spatial modelling of the tumor microenvironment from multiplex immunofluorescence images: methods and applications
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1288802
PMID:38179056
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研究论文 | 本文探讨了通过多重免疫荧光（mIF）图像的空间建模方法来研究肿瘤微环境（TME）中的细胞相互作用及其在临床应用中的潜力 | 本文引入了多种数学模型，这些模型最初用于景观生态学和地理信息研究，现在应用于肿瘤微环境分析，以评估细胞群的空间聚集性 | NA | 提高基于免疫疗法的临床试验的成功率 | 肿瘤微环境中的细胞相互作用及其对治疗反应的影响 | 数字病理学 | NA | 多重免疫荧光（mIF） | 数学模型 | 图像 | 组织样本来自基线和治疗期间不同时间点的患者 |
| 217 | 2024-08-07 |
An integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome and bidirectional mendelian randomization analysis identified C1Q as a novel stimulated risk gene for Atherosclerosis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1289223
PMID:38179058
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量转录组数据，并使用双向孟德尔随机化分析，确定了C1Q作为动脉粥样硬化的新风险基因 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和批量RNA分析确定了C1Q相关的关键基因，并使用双向孟德尔随机化分析验证了C1Q与动脉粥样硬化的关联 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序和批量RNA分析确定C1Q相关的关键基因，以更有效地诊断和预测动脉粥样硬化患者，并研究C1Q与动脉粥样硬化（缺血性中风）的关联 | C1Q相关基因在人类动脉粥样硬化斑块中的作用 | 基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | 转录组数据 | 使用了来自RAW264.7巨噬细胞和apoE-/-小鼠的样本 |
| 218 | 2024-08-04 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals RNA N6-methyladenosine modification associated with prognosis and drug resistance in acute myeloid leukemia
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1281687
PMID:38022588
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研究论文 | 本文探讨了RNA N6-甲基腺苷修饰与急性髓系白血病的预后和耐药性的关系 | 该研究首次揭示了m6A修饰在急性髓系白血病中的作用，识别出与预后相关的特定亚型 | 研究仅基于m6A修饰情况，未深入探讨其他可能影响结果的因素 | 研究m6A修饰模式及其在急性髓系白血病中的临床意义 | 急性髓系白血病患者的细胞样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 基于急性髓系白血病患者的样本，具体样本数量未提及 |
| 219 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the heterogeneity of IL-10 producing regulatory B cells in lupus-prone mice
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1282770
PMID:38155972
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了易患狼疮小鼠中IL-10产生调节性B细胞的异质性 | 首次详细描述了狼疮易感小鼠中调节性B细胞亚群在疾病进展不同阶段的基因表达变化 | 研究仅限于狼疮易感小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病 | 探讨调节性B细胞在狼疮发病机制中的作用 | 狼疮易感小鼠的调节性B细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 狼疮易感小鼠的脾脏Breg亚群 |
| 220 | 2024-08-07 |
NMF Clustering: Accessible NMF-based Clustering Utilizing GPU Acceleration
2023, Journal of bioinformatics and systems biology : Open access
DOI:10.26502/jbsb.5107072
PMID:38390437
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研究论文 | 本文介绍了一种基于非负矩阵分解（NMF）的聚类方法，利用GPU加速技术提高计算效率 | 通过使用CuPy库和消息传递接口（MPI）在GPU计算节点上实现NMF聚类，显著减少了计算时间 | NA | 旨在解决NMF算法在处理大规模基因表达数据时的计算密集问题 | 大规模RNA测序和单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | NA | 基因表达数据 | 涉及数万个基因的数据集 |