单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell RNA sequencing and metabolomics decipher the imbalanced lipid-metabolism in maladaptive immune responses during sepsis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1181697
PMID:37180171
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研究论文 | 本文旨在识别与脓毒症免疫功能障碍相关的差异表达脂质代谢基因。 | 通过机器学习算法筛选出关键的脂质代谢相关中心基因，揭示了脓毒症中的免疫抑制微环境。 | 未提及具体的样本来源和大小，可能限制结果的普遍适用性。 | 探讨脓毒症中脂质代谢失衡与免疫反应的关系。 | 脓毒症患者与健康对照者的脂质代谢相关基因及相关免疫功能。 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE) | 基因数据 | 508个差异表达脂质代谢相关基因 |
| 182 | 2024-08-05 |
Cerebrospinal fluid immune cells appear similar across neuropathic and non-neuropathic pain conditions
2023, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20153.1
PMID:38707493
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研究论文 | 该研究调查了在神经性疼痛和非神经性疼痛情况下，脑脊液中的免疫细胞是否相似 | 结果表明，无论疼痛的病因如何，免疫细胞的数量和表型并没有明显差异，挑战了脑脊液作为微胶质细胞活化的生物标志物的有效性 | 该研究未能确定脑脊液中蛋白质的确切来源，是否直接来自于循环脑脊液单核细胞或源于脊髓微胶质细胞 | 本研究旨在探讨脑脊液是否可以用作人类微胶质细胞活化的代理测量 | 分析来自遭受神经性特征疼痛的个体的脑脊液免疫细胞群体 | 数字病理学 | 神经性疼痛 | RNA测序，CITE测序 | NA | 生物样本（脑脊液免疫细胞） | 分析了忍受神经性疼痛的个体的免疫细胞群体，样本大小未具体说明 |
| 183 | 2024-08-04 |
A Cdh3-β-catenin-laminin signaling axis in a subset of breast tumor leader cells control leader cell polarization and directional collective migration
2023-01-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.12.005
PMID:36626870
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研究论文 | 本文探讨了一组乳腺肿瘤领袖细胞如何通过Cdh3-β-catenin-laminin信号轴控制细胞极化和方向性集体迁移 | 提出了领袖细胞需要生成高推力并克服细胞外基质阻力以引导集体迁移的新机制 | 研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证 | 了解肿瘤细胞如何通过集体迁移进行扩散 | 乳腺肿瘤细胞及其微环境的相互作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | 3D计算模型 | 视频，细胞序列数据 | 包括多个小鼠和人类乳腺肿瘤类器官的样本 |
| 184 | 2024-08-04 |
Identification and Localization of Cell Types in the Mouse Olfactory Bulb Using Slide-SeqV2
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3425-7_13
PMID:37688732
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研究论文 | 本文记录了使用Slide-SeqV2技术在小鼠嗅球中可视化基因表达。 | 提出了一种无偏见的方法，通过空间识别的珠子定位和量化个体转录本，从而识别和定位个别细胞类型。 | NA | 研究小鼠嗅球中细胞类型的识别和定位。 | 小鼠嗅球中的细胞类型和亚型。 | 数字病理学 | NA | Slide-SeqV2 | NA | RNA分子 | NA |
| 185 | 2024-08-04 |
SUMA: a lightweight machine learning model-powered shared nearest neighbour-based clustering application interface for scRNA-Seq data
2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi
DOI:10.55730/1300-0152.2675
PMID:38681777
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研究论文 | 本文介绍了SUMA，一个轻量级的机器学习模型驱动的共享最近邻聚类应用界面，用于scRNA-Seq数据 | SUMA使用随机森林模型预测邻居的最优数量，从而获得最佳聚类结果，并集成了多种常用方法 | 主要依赖用户定义的参数，可能会影响聚类结果的有效性 | 开发一种有效的工具用于单细胞转录组数据的聚类和细胞类型标注 | 公开的scRNA-Seq数据集及三种不同的基于图形的聚类算法 | 机器学习 | NA | 随机森林 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的scRNA-Seq数据集 |
| 186 | 2024-08-05 |
StemnesScoRe: an R package to estimate the stemness of glioma cancer cells at single-cell resolution
2023, Turkish journal of biology = Turk biyoloji dergisi
DOI:10.55730/1300-0152.2672
PMID:38681778
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研究论文 | 本研究开发了一个用于估计胶质瘤癌细胞干性指数的R软件包StemnesScoRe，达到单细胞分辨率。 | 首次使用scATAC-seq数据构建了特定于胶质瘤的干性评分模型。 | 尚未提及本研究的具体局限性 | 旨在更好地理解胶质瘤细胞的干性特征。 | 研究对象为胶质瘤癌症干细胞。 | 机器学习 | 胶质瘤 | scATAC-seq | 随机森林、梯度提升、极端梯度提升 | 转录组和表观基因组数据 | 涉及多个患者的胶质瘤单细胞RNA-seq数据和scATAC-seq数据 |
| 187 | 2024-08-05 |
The interleukin-1 receptor type-1 in disturbed flow-induced endothelial mesenchymal activation
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1190460
PMID:37539090
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研究论文 | 本研究探讨了干扰流动（d-flow）诱导的内皮间充质转化（EndMT）中白细胞介素-1受体类型1（IL-1R1）的角色 | 发现IL-1R1作为内皮细胞中新型的机械敏感受体，连接d-flow与EndMT信号通路 | 不同血管细胞类型的IL-1R1信号数据不一致，尚需进一步验证 | 揭示IL-1R1在内皮细胞对干扰流动反应中的作用 | 研究动脉粥样硬化中内皮细胞和EndMT相关转录因子SNAI1的相互作用 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | scRNA-seq | Cre-lox系统小鼠 | 基因表达数据 | 人类动脉粥样硬化样本和特定小鼠模型 |
| 188 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human lung innate lymphoid cells in the vascular and tissue niche reveals molecular features of tissue adaptation
2023, Discovery immunology
DOI:10.1093/discim/kyad007
PMID:38650756
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研究论文 | 本研究利用人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序技术，揭示了人体肺部血管和组织微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的基因特征及其组织适应性的分子机制 | 首次在人源化小鼠模型中定义了肺部血管和组织微环境中人体ILCs的基因特征，并揭示了微环境信号对ILCs分子程序的塑造作用 | NA | 研究人体肺部不同解剖微环境中先天淋巴细胞（ILCs）的分子特征及其组织适应性 | 人体肺部的先天淋巴细胞（ILCs）及其在血管和组织微环境中的适应性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人源化MISTRG小鼠模型中的肺部ILCs和NK细胞 |
| 189 | 2024-08-04 |
The aryl hydrocarbon receptor cell intrinsically promotes resident memory CD8+ T cell differentiation and function
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111963
PMID:36640340
|
研究论文 | 该文章探讨了芳香烃受体(Ahr)在CD8 T细胞分化和功能中的内在作用 | 首次揭示了Ahr在CD8 T细胞蕴藏的记忆细胞分化和功能中的促进作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能在转化为人类时受到限制 | 研究Ahr在CD8 T细胞功能及其记忆细胞分化中的作用 | 小鼠CD8 T细胞及人类肠道内的CD8 T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及小鼠和人类的CD8 T细胞 |
| 190 | 2024-08-07 |
Friend leukemia integration 1 overexpression decreases endometrial receptivity and induces embryo implantation failure by promoting PART1 transcription in the endometrial epithelial cells
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16105
PMID:37780395
|
研究论文 | 本研究探讨了FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败（RIF）中的作用及其机制 | 发现FLI1通过结合PART1启动子区域促进PART1表达，从而抑制胚胎植入 | NA | 探索FLI1在子宫内膜容受性和反复植入失败中的作用及机制 | 子宫内膜细胞和胚胎植入 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、蛋白质印迹（western blotting）、细胞计数试剂盒（CCK）-8、划痕愈合试验、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告试验 | NA | RNA | 包括RIF患者和对照组的子宫内膜组织样本 |
| 191 | 2024-08-04 |
Compressed Perturb-seq: highly efficient screens for regulatory circuits using random composite perturbations
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525200
PMID:36747806
|
研究论文 | 本文提出了一种压缩的Perturb-seq技术，以提高功能基因组学中干扰电路的筛选效率 | 创新性在于通过算法对随机低维观察进行重新设计，显著降低了成本并提高了学习遗传互作的能力 | 该方法在规模上仍受到一定限制，具体的实验规模未在摘要中明确说明 | 研究旨在提高功能基因组学中基因调控电路筛选的效率 | 研究对象为与细菌脂多糖免疫反应相关的598个基因 | 功能基因组学 | 免疫疾病 | CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据 | 涉及598个基因 |
| 192 | 2024-08-07 |
Genomic characterization and therapeutic utilization of IL-13-responsive sequences in asthma
2023-Jan-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100229
PMID:36777184
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研究论文 | 本文利用多种基因组技术在支气管上皮细胞中识别IL-13响应的调控元件，并开发基于CRISPR干扰（CRISPRi）的治疗方法，以细胞类型特异性和IL-13特异性的方式下调引起气道阻塞的基因。 | 本文首次利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）在人类支气管上皮细胞中识别IL-13响应基因和调控元件，并通过大规模并行报告分析（MPRAs）验证和优化这些序列的IL-13诱导活性。 | NA | 研究IL-13在哮喘中的基因组特征及其在治疗中的应用。 | 支气管上皮细胞中的IL-13响应调控元件。 | 基因组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq），大规模并行报告分析（MPRAs） | CRISPR干扰（CRISPRi） | 基因组数据 | 人类支气管上皮细胞 |
| 193 | 2024-08-04 |
Neighbor-specific gene expression revealed from physically interacting cells during mouse embryonic development
2023-01-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2205371120
PMID:36595695
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研究论文 | 本文探讨了小鼠胚胎发育过程中物理相互作用细胞的邻特异性基因表达 | 提出了物理相互作用细胞RNA测序（PIC-seq）技术，以克服单细胞RNA测序中缺失空间信息的局限性，揭示了接触特异的基因调控机制 | 主要集中于小鼠胚胎的特定发展阶段，未涵盖其他发育阶段或物种 | 研究胚胎发育过程中邻近细胞之间的相互作用如何影响基因表达 | 小鼠胚胎发育过程中的物理相互作用细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎在胚胎日7.5到9.5期间产生的相互作用细胞 |
| 194 | 2024-08-04 |
Single cell and immunity: Better understanding immune cell heterogeneities with single cell sequencing
2023-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1159
PMID:36579366
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研究论文 | 单细胞测序在理解免疫细胞的异质性方面具有科学影响 | 探讨单细胞测序在免疫细胞功能多样性研究中的新进展和应用 | 需要更强的程序以及预临床和临床验证的确凿证据 | 旨在深入了解单细胞基础的免疫细胞异质性和功能 | 单细胞基础的免疫细胞在发展和疾病中的研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-04 |
Prioritization of Monogenic Congenital Anomalies of the Kidney and Urinary Tract Candidate Genes with Existing Single-Cell Transcriptomics Data of the Human Fetal Kidney
2023, Nephron
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000531770
PMID:37499630
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研究论文 | 本研究利用人类胎儿肾脏的单细胞转录组学数据，优先考虑单基因先天性肾脏和尿道异常（CAKUT）候选基因。 | 提出了通过时间轴上的共表达模式来优先选择CAKUT候选基因的独立方法，识别出新的CAKUT候选基因 | 仅分析了已知CAKUT基因的共表达，可能未考虑所有潜在的候选基因 | 优先考虑人类先天性肾脏和尿道异常的候选基因 | 已知的40个CAKUT基因及其在肾脏发育中的共表达模式 | 数字病理学 | 先天性肾脏和尿道异常 | 单细胞mRNA转录组学 | NA | RNA数据 | 研究了40个已知基因和100个在肾小管祖细胞中高表达的基因 |
| 196 | 2024-08-04 |
Stemness-related genes revealed by single-cell profiling of naïve and stimulated human CD34+ cells from CB and mPB
2023-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1175
PMID:36683248
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自脐带血和动员外周血的人类CD34+细胞中的干性相关基因 | 揭示了干性相关基因与细胞来源和培养时间的关系，并发现了小分子药物对扩展HSCs的有效性 | 本研究中样本数量相对较少，可能影响结果的普遍性 | 深入理解不同来源的造血干细胞的特性及其干性维持机制 | 脐带血和动员外周血的人类CD34+细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 超过16000个高质量单细胞数据 |
| 197 | 2024-08-04 |
Reconstruction of 3-dimensional tissue organization at the single-cell resolution
2023-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.04.522502
PMID:36711844
|
研究论文 | 这篇文章介绍了一种名为scHolography的新计算方法，用于在单细胞分辨率下重建三维组织结构 | scHolography使用深度学习将单细胞转录组数据映射到三维空间，克服了现有方法的限制 | 文章未具体提及方法的潜在局限性 | 该研究旨在提高对基因表达模式和细胞间相互作用的理解 | 研究对象包括人类皮肤、人类皮肤癌和小鼠大脑数据集 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 深度学习 | 神经网络 | 转录组数据 | 涉及人类皮肤和皮肤癌以及小鼠大脑的数据集 |
| 198 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Sequencing Reveals Molecular Mechanisms of Renal Injury in Essential Hypertension
2023, Kidney & blood pressure research
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000530624
PMID:37062270
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，探索了原发性高血压肾损伤的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了高血压肾损伤早期细胞特异性基因表达的变化 | 研究仅限于大鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证 | 识别高血压肾损伤的早期生物标志物和信号通路 | 高血压肾损伤的大鼠肾脏样本 | 数字病理学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 10,602个单细胞转录组来自2个对照组和2个早期高血压肾损伤样本 |
| 199 | 2024-08-07 |
Editorial: Spatial single-cell sequencing in studying solid cancer development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1342989
PMID:38149241
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-07 |
Single cell sequencing revealed the mechanism of CRYAB in glioma and its diagnostic and prognostic value
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1336187
PMID:38274814
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值 | 首次通过单细胞测序数据分析CRYAB在胶质瘤中的具体作用和机制，并建立了基于CRYAB的风险模型用于预测胶质母细胞瘤的预后 | 研究主要基于数据库中的数据和体外实验，尚未进行临床试验验证模型的有效性 | 探索CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其在诊断和预后中的应用 | 胶质母细胞瘤患者的单细胞分化数据和CRYAB表达 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO和逐步回归算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的数据以及GEO数据库中的胶质瘤患者单细胞测序数据 |