单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1189 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-12 |
Tick innate immune responses to hematophagy and Ehrlichia infection at single-cell resolution
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1305976
PMID:38274813
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了孤星蜱在未进食、部分进食和感染埃立克体时的血细胞反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示了蜱对埃立克体感染和吸血的先天免疫反应 | NA | 深入了解血细胞在蜱与蜱传微生物相互作用中的作用，揭示其在媒介传播能力中的功能 | 孤星蜱的血细胞及其在不同状态下的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未进食、部分进食和感染埃立克体的孤星蜱血细胞样本 |
| 2 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions
2023-01, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-022-00972-2
PMID:36414692
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用 | 本文总结了scRNA-seq技术及其在抗病毒免疫中的应用，强调了其在理解病毒基因组和宿主反应异质性、感染细胞与旁观细胞的差异反应以及细胞间通信网络方面的重要作用 | NA | 探讨scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用及其在抗病毒治疗策略开发中的潜力 | 病毒与宿主细胞的相互作用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 3 | 2024-11-23 |
SPICEMIX enables integrative single-cell spatial modeling of cell identity
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01256-z
PMID:36624346
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研究论文 | 介绍了一种名为SPICEMIX的计算方法，用于整合单细胞空间转录组数据，以揭示细胞身份 | SPICEMIX基于概率潜变量建模，能够显著改进细胞类型及其空间模式的推断，优于现有方法 | NA | 开发一种能够利用空间转录组数据独特性质揭示细胞身份的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型及其空间模式 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 概率潜变量模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠脑区的空间转录组数据，通过seqFISH+、STARmap和Visium技术获取 |
| 4 | 2024-11-22 |
Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016
PMID:36608902
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研究论文 | 研究探讨了肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 首次揭示了肠内分泌细胞在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能无法完全代表所有物种的肠道生理 | 探讨肠内分泌细胞在调节隐窝代谢和肠道干细胞功能中的作用 | 肠内分泌细胞、肠道干细胞、隐窝代谢 | NA | NA | 间接量热法、1H-核磁共振代谢组学、线粒体活体成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序 | NA | 代谢数据、单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类肠道类器官 |
| 5 | 2024-10-30 |
Systems biological assessment of the temporal dynamics of immunity to a viral infection in the first weeks and months of life
2023-Jan-31, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.01.28.23285133
PMID:36778389
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研究论文 | 本文通过多组学方法，对婴儿和幼儿在生命早期几周和几个月内对SARS-CoV-2感染的免疫动态进行了纵向分析 | 首次提供了生命早期几周和几个月内对病毒感染的免疫动态的快照 | NA | 研究婴儿和幼儿在生命早期对SARS-CoV-2感染的免疫动态 | 婴儿和幼儿对SARS-CoV-2感染的先天性和适应性免疫反应 | NA | NA | 多组学分析 | NA | 血液样本 | 感染前、感染期间和感染后收集的血液样本 |
| 6 | 2024-10-30 |
Targeting Immune-Fibroblast Crosstalk in Myocardial Infarction and Cardiac Fibrosis
2023-Jan-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2402606/v1
PMID:36747878
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研究论文 | 研究心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞之间的相互作用 | 首次揭示了人类心脏疾病中免疫细胞与成纤维细胞之间的分子机制，并展示了通过靶向炎症治疗组织纤维化的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类心脏样本，可能存在种属差异 | 探讨心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞的相互作用机制 | 心肌梗死和心脏纤维化中的免疫细胞与成纤维细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞基因表达分析、表位映射、染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据 | 38名急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏样本 |
| 7 | 2024-10-21 |
Virus infection pattern imprinted and diversified the differentiation of T-cell memory in transcription and function
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1334597
PMID:38264657
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研究论文 | 研究比较了由不同病毒（CMV、EBV和SARS-CoV-2）诱导的记忆T细胞的转录组和功能差异 | 发现CD28和CTLA4可作为评估T细胞抗病毒能力的连续指标，并提出REL是CMV特异性T细胞产生细胞因子的主要调控因子 | NA | 理解不同病毒特异性记忆T细胞的差异，为开发新的抗病毒治疗策略提供基础 | 由CMV、EBV和SARS-CoV-2诱导的记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 由CMV、EBV和SARS-CoV-2诱导的记忆T细胞样本 |
| 8 | 2024-10-21 |
ATF5 promotes malignant T cell survival through the PI3K/AKT/mTOR pathway in cutaneous T cell lymphoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1282996
PMID:38223508
|
研究论文 | 研究探讨了转录因子ATF5在皮肤T细胞淋巴瘤中的作用及其通过PI3K/AKT/mTOR通路促进恶性T细胞生存的机制 | 首次揭示了ATF5在皮肤T细胞淋巴瘤中的肿瘤特异性高表达及其促进肿瘤生存的机制 | 研究仅限于两个CTCL细胞系，可能需要进一步的临床验证 | 识别皮肤T细胞淋巴瘤中肿瘤特异性的转录因子 | 皮肤T细胞淋巴瘤中的恶性T细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 两个CTCL细胞系Myla和H9 |
| 9 | 2024-10-21 |
Comprehensive analysis of senescence-associated genes in sepsis based on bulk and single-cell sequencing data
2023, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2023.1322221
PMID:38259686
|
研究论文 | 本文通过批量和单细胞测序数据分析了与脓毒症相关的衰老相关基因，并开发了一种基于关键基因的脓毒症诊断模型 | 本文首次通过综合分析批量和单细胞测序数据，揭示了衰老相关基因与脓毒症之间的关联，并开发了一种高可靠性的诊断模型 | 本文仅使用了两个RNA表达数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探讨衰老相关基因与脓毒症之间的关系，并开发一种新的脓毒症诊断模型 | 衰老相关基因、脓毒症患者、健康对照组 | 数字病理学 | 脓毒症 | RNA测序 | 无监督聚类分析、加权基因共表达网络分析 | RNA表达数据、单细胞RNA测序数据 | 两个RNA表达数据集（GSE28750和GSE57065），具体样本量未详细说明 |
| 10 | 2024-10-21 |
Single-cell sequencing reveals an important role of SPP1 and microglial activation in age-related macular degeneration
2023, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2023.1322451
PMID:38259505
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研究论文 | 研究衰老相关细胞因子在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 揭示了SPP1和微胶质细胞激活在年龄相关性黄斑变性中的重要作用，并提出SPP1可能成为潜在的治疗靶点 | 需要更多的体外和体内研究来验证结果和治疗效果 | 探讨衰老相关细胞因子在年龄相关性黄斑变性病理生理中的作用 | 人类视网膜神经节细胞和年龄相关性黄斑变性患者 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 118例人类黄斑神经视网膜样本 |
| 11 | 2024-10-21 |
Application progress of single-cell sequencing technology in mesenchymal stem cells research
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1336482
PMID:38264356
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用进展 | 单细胞测序技术揭示了间充质干细胞在基因表达异质性、分化过程中的动态转录变化以及调控因子在关键过程中的作用 | NA | 探讨单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用 | 间充质干细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12 | 2024-10-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in post-acute sequelae of SARS-CoV-2 patients with persistent respiratory symptoms
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268510
PMID:38259488
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研究论文 | 研究了COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的髓系细胞特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19后遗症患者中髓系细胞的转录组特征 | 样本量较小，仅包括3名患者和1名对照组 | 探讨COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的免疫反应和细胞特征 | COVID-19后遗症患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3名COVID-19后遗症患者和1名对照组 |
| 13 | 2024-10-21 |
nPCA: a linear dimensionality reduction method using a multilayer perceptron
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1290447
PMID:38259616
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研究论文 | 提出了一种使用多层感知器的线性降维方法nPCA，旨在保留原始数据的线性投影并生成更好的降维结果 | nPCA方法结合了深度学习和线性投影，能够在降维过程中保留更多原始数据的信息，是对传统PCA方法的改进 | 文章未详细讨论nPCA方法在处理大规模数据时的性能和计算效率 | 开发一种新的线性降维方法，能够在保留线性投影的同时生成更好的降维结果 | nPCA算法在10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集上的性能 | 机器学习 | NA | 多层感知器 | 多层感知器 | 数据集 | 10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集 |
| 14 | 2024-10-21 |
Revelations in Thymic Epithelial Cell Biology and Heterogeneity from Single-Cell RNA Sequencing and Lineage Tracing Methodologies
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2740-2_2
PMID:36374449
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研究论文 | 本文总结了通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术在胸腺上皮细胞生物学和异质性方面的发现 | 揭示了胸腺上皮细胞的异质性，包括新发现的mTEC亚群、mTEC基因表达的多样性以及从胚胎到成年阶段的TEC变化 | 需要实验方法如谱系追踪和重聚胸腺器官培养来验证scRNA-Seq数据的假说 | 探讨胸腺上皮细胞的生物学特性和异质性 | 胸腺上皮细胞（TECs）及其亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 多个胸腺上皮细胞样本 |
| 15 | 2024-10-20 |
A guidebook of spatial transcriptomic technologies, data resources and analysis approaches
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.01.016
PMID:38213887
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review | 本文详细介绍了空间转录组技术的开发、数据资源和分析方法 | 本文整合了大量空间转录组数据，并介绍了多种计算方法来分析空间转录组数据，为研究人员提供了全面的指导 | NA | 帮助研究人员选择最适合其目标的空间转录组技术，并整合数据以促进数据的可访问性和可用性 | 空间转录组技术、数据资源和分析方法 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16 | 2024-10-20 |
Role of mitochondria-bound HK2 in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1103231
PMID:37529037
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研究论文 | 研究线粒体结合的HK2在类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞中的作用 | 首次提出线粒体结合的HK2是类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞表型的关键调控因子 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨线粒体结合的HK2在类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞中的作用及其潜在治疗策略 | 类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 17 | 2024-10-20 |
A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1105673
PMID:36992700
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据构建了SARS-CoV-2和HIV-1感染的免疫反应和代谢特征图谱，比较了两种病毒感染的免疫细胞群和清除途径的异同 | 本文提出了一种新的共识单细胞注释方法，整合了来自COVID-19和HIV-1患者的单细胞RNA测序数据，构建了一个统一的细胞图谱，详细比较了主要免疫细胞群的表型特征和调控途径 | 本文仅比较了COVID-19和HIV-1感染的免疫反应和代谢特征，未涉及其他病毒感染的情况 | 揭示SARS-CoV-2和HIV-1感染的免疫反应和代谢特征的异同，为理解疾病进展和开发有效疫苗和疗法提供依据 | SARS-CoV-2和HIV-1感染的免疫细胞群和清除途径 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 111,566个单个PBMCs样本，来自7名COVID-19患者、10名HIV-1患者和3名健康对照 |
| 18 | 2024-10-20 |
Single cell RNA-sequencing profiling to improve the translation between human IBD and in vivo models
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1291990
PMID:38179052
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在炎症性肠病（IBD）及其体内模型中的应用，探讨了如何通过scRNA-seq提高临床转化 | 首次广泛应用scRNA-seq技术于IBD的临床前模型，揭示了免疫系统、基质细胞和上皮细胞之间的复杂相互作用 | NA | 探讨如何通过单细胞RNA测序提高炎症性肠病临床前模型的临床转化率 | 炎症性肠病（IBD）及其体内模型 | 基因组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2024-10-19 |
Application of single-cell RNA sequencing methods to develop B cell targeted treatments for autoimmunity
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1103690
PMID:37520578
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞RNA测序方法开发针对自身免疫病的B细胞靶向治疗 | 本文提出利用单细胞RNA测序技术识别自身免疫病中的致病性自身反应性B细胞，以开发更精确的靶向治疗 | NA | 开发针对自身免疫病的B细胞靶向治疗 | 自身反应性B细胞 | 数字病理学 | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 20 | 2024-10-17 |
Adversarial training improves model interpretability in single-cell RNA-seq analysis
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad166
PMID:38099262
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研究论文 | 本文探讨了通过对抗训练提高单细胞RNA测序数据分析中模型鲁棒性和可解释性的方法 | 本文首次展示了对抗训练不仅提高了模型的鲁棒性，还增强了模型的可解释性 | 本文仅在一个特定任务上验证了方法的有效性，需要在更多任务上进行评估 | 提高预测计算模型在生物学和医学领域的鲁棒性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型预测 | 机器学习 | NA | 对抗训练 | 深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |