单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Single-cell RNA-seq methods to interrogate virus-host interactions 2023-01, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00972-2 PMID:36414692	综述	本文总结了单细胞RNA测序技术在研究病毒与宿主相互作用中的方法与应用	强调了scRNA-seq在解析病毒基因组和宿主反应异质性、区分感染细胞与旁观者细胞差异反应以及揭示细胞间通讯网络中的关键应用	NA	探讨病毒与宿主相互作用的机制并促进抗病毒治疗策略的开发	病毒感染的宿主细胞	生物信息学	病毒感染性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
2	2025-09-11	RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Traumatic Spinal Cord Injury (Review) 2023, Sovremennye tekhnologii v meditsine DOI:10.17691/stm2023.15.6.08 PMID:39944372	综述	本文综述了基于单细胞和单核RNA测序及空间转录组学技术在创伤性脊髓损伤研究中识别细胞类型、揭示分子机制和治疗靶点方面的进展	整合单细胞/单核RNA测序与空间转录组学技术，实现细胞类型精确定位和分子病理分析，为神经连接重组和感觉运动功能恢复机制提供新视角	依赖实验模型数据，人类细胞群体特异性信息尚不完善，需进一步比较验证	通过转录组分析揭示创伤性脊髓损伤的细胞分子机制并探索治疗靶点	脊髓组织中的各类细胞（神经元、神经胶质细胞等）及其在创伤反应中的分子特征	数字病理	创伤性脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间信息数据	NA（综述文章未指定具体样本量）
3	2025-08-08	Adult skin fibroblast state change in murine wound healing 2023-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27152-4 PMID:36650180	研究论文	本研究通过分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的单细胞RNA测序数据，探讨了成纤维细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	发现了一个特定的成纤维细胞亚群（cluster 3），该亚群在伤口皮肤中显著增加，并具有促进上皮间质转化（EMT）和血管生成的特征	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的成纤维细胞	生物医学	伤口愈合	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个时间点（第2、4、7、14天）的小鼠皮肤样本
4	2025-07-24	HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938 PMID:37325659	研究论文	本研究利用人类扁桃体组织外植体模型，探究了HIV-1感染对不同淋巴组织细胞类型的转录组变化影响	首次揭示了HIV-1感染的CD4+ T细胞中线粒体氧化磷酸化途径的上调，以及未感染巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达的增加	研究仅使用了体外扁桃体组织模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究HIV-1感染在淋巴组织中诱导的特定转录组变化及其与慢性炎症的关系	健康人类供体的扁桃体组织外植体	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	人类扁桃体外植体模型	基因表达数据	NA
5	2025-07-23	Exploring the optimization of autoencoder design for imputing single-cell RNA sequencing data 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.041 PMID:37671239	研究论文	本文通过实证研究探讨了自编码器设计在单细胞RNA测序数据插补中的优化方法	首次系统地研究了自编码器网络结构、激活函数和正则化策略对单细胞RNA测序数据插补性能的影响，并提出了与计算机视觉领域不同的优化建议	研究结果主要基于特定数据集，可能在不同类型或规模的单细胞数据上表现不同	优化自编码器设计以提高单细胞RNA测序数据插补的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	多个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
6	2025-07-20	Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016 PMID:36608902	研究论文	研究探讨了肠内分泌细胞（EECs）如何通过调节隐窝代谢来保护干细胞微环境，以响应营养变化	揭示了EECs在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用，以及其对隐窝代谢的调控机制	研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能不完全反映人体内复杂生理环境	探究EECs在调节肠道干细胞微环境代谢中的作用	小鼠肠道上皮细胞和人类肠道类器官	细胞生物学	NA	间接热量测定、1H-NMR代谢组学、线粒体实时成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序	VillinCreERT2小鼠模型、NEUROG3-null人类多能干细胞衍生的肠道类器官	代谢数据、成像数据、单细胞转录组数据	NA
7	2025-07-20	A novel cuproptosis-related gene signature of prognosis and immune microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma cancer 2023-Jan, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04471-7 PMID:36376617	研究论文	本研究通过分析头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中铜死亡相关基因(CRGs)的差异表达和遗传变异，构建了预测HNSCC患者生存的CRG风险模型	首次系统评估了HNSCC中CRGs的差异表达和遗传变异，并构建了预测患者生存的CRG风险模型	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探索铜死亡相关基因在HNSCC中的预后价值和免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序、lasso回归、Cox分析	CRG风险模型	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的HNSCC样本
8	2025-07-20	CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis 2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201537R PMID:36468677	研究论文	该研究探讨了CD73在胰腺炎中通过生成细胞外腺苷促进中性粒细胞介导的组织损伤的解决和抑制化生的作用	揭示了CD73通过生成细胞外腺苷在胰腺炎炎症解决中的关键作用，并提出了CD73增强剂作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺炎中的效果尚需进一步验证	探究CD73在胰腺炎炎症解决和化生抑制中的作用机制	CD73敲除小鼠和野生型C57BL/6小鼠	基础医学研究	胰腺炎	免疫组织化学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	CD73敲除小鼠和野生型小鼠(具体数量未明确说明)
9	2025-07-20	The Simple prEservatioN of Single cElls method for cryopreservation enables the generation of single-cell immune profiles from whole blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1271800 PMID:38090590	研究论文	本文介绍了一种名为SENSE的单步冷冻保存全血方法，用于生成高质量的单细胞免疫图谱	开发了SENSE方法，简化了单细胞RNA测序前的样本处理步骤，无需特殊设备或训练有素的人员	仅在6个全血样本中进行了验证，样本量较小	开发一种简化的单细胞冷冻保存方法，促进临床转化研究	全血样本中的单细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	6个全血样本，共22,353个细胞
10	2025-07-20	EasyCellType: marker-based cell-type annotation by automatically querying multiple databases 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad029 PMID:36998720	研究论文	开发了一个名为EasyCellType的用户友好计算工具，用于自动比对输入标记列表与数据库，并提供图形化注释推荐	提出了一个自动化方法，结合两种统计测试（基因集富集分析和改进的Fisher精确检验），并支持自定义数据库和组织类型选择	未提及具体性能比较或在大规模数据集上的验证	简化单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释过程	单细胞RNA测序数据中的细胞标记	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未提及具体样本数量
11	2025-07-08	Epithelial Endoplasmic Reticulum Stress Enhances the Risk of Muc5b-associated Lung Fibrosis 2023-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0252OC PMID:36108173	研究论文	本文研究了MUC5B基因启动子变异与特发性肺纤维化(IPF)风险增加的关系，以及内质网应激在其中的作用	首次揭示了MUC5B过表达通过内质网应激途径加剧肺纤维化的机制，并证明ISRIB药物可缓解这一过程	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MUC5B基因变异导致肺纤维化的分子机制	MUC5B基因、内质网应激通路、特发性肺纤维化	分子病理学	肺纤维化	RNA测序(单细胞和批量)、转基因小鼠模型	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
12	2025-07-04	Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors 2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.1686 PMID:35906899	研究论文	本研究利用Visium空间转录组学平台分析了六例乳腺癌组织中286个药物基因的空间表达异质性	首次在乳腺癌组织中系统量化药物基因的空间表达异质性，并鉴定出与活性氧处理和解毒机制相关的高异质性基因	样本量较小（仅6例乳腺癌组织），且未进行化疗处理样本的对照研究	探究乳腺癌肿瘤区域内药物基因的空间表达异质性及其对化疗耐药性的潜在影响	乳腺癌组织中的药物基因表达	数字病理学	乳腺癌	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	6例乳腺癌组织（4例来自生物样本库，2例来自10× Genomics数据库）
13	2025-06-20	Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT) 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1 PMID:36747718	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从细胞内分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，能够检测基因对和模块在细胞内及跨细胞的共定位模式，使用专门的统计测试和图挖掘技术	未提及具体的技术限制或数据处理的挑战	开发新的分析工具以充分利用成像空间转录组技术的潜力	人类癌细胞系和小鼠脑下丘脑视前区的数据集	数字病理	NA	MERFISH	NA	空间转录组数据	未明确提及样本数量，涉及人类癌细胞系和小鼠脑区域
14	2025-05-24	Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy 2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S413569 PMID:37312900	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，结合多种机器学习方法，识别了糖尿病肾病中的新型免疫特征	首次从免疫学角度揭示了糖尿病肾病进展的关键免疫相关基因和潜在药物靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索糖尿病肾病中免疫调节的潜在治疗靶点和分子机制	糖尿病肾病患者的基因表达数据和免疫相关基因	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序, 大块RNA测序, WGCNA, CIBERSORT算法	随机森林(RF), 支持向量机(SVM), AdaBoost, KNN	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，包括GSE142025等
15	2025-05-23	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulated bone development 2023-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.20.524918 PMID:36711590	research paper	该研究探讨了YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及机械刺激响应的机制	揭示了YAP/TAZ信号在胚胎骨骼发育中通过调控Cxcl12表达，将成骨前体细胞动员与血管生成空间耦联的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类细胞实验数据有限	阐明胚胎骨骼发育过程中成骨前体细胞动员与血管生成的协调机制	小鼠胚胎骨骼和人类间充质基质细胞	发育生物学	骨骼发育异常	单细胞RNA测序、3D血管网络形成实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型和人类间充质基质细胞
16	2025-05-23	Single cell RNA-sequencing profiling to improve the translation between human IBD and in vivo models 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1291990 PMID:38179052	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在提高人类炎症性肠病（IBD）与体内模型之间转化研究中的应用	强调了scRNA-seq技术在识别IBD中新型细胞亚群及其在疾病过程中的重塑作用，以及如何利用该技术提高临床前模型的转化潜力	scRNA-seq技术在IBD临床前模型中的应用尚未广泛开展	提高人类IBD与体内模型之间的转化研究，选择最合适的模型来测试假设和新疗法	炎症性肠病（IBD）的临床前动物模型和人类IBD患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
17	2025-05-22	Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391 PMID:37334372	研究论文	研究揭示了SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部中的MDSCs细胞中的作用及其对GTPase通路的调控	首次发现SLFN4在MDSCs中调控GTPase通路，并揭示了其在幽门螺杆菌诱导的胃化生中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部MDSCs细胞中的身份和作用	幽门螺杆菌感染的小鼠胃部MDSCs细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、siRNA敲降、GTPase-Glo检测、DCF-DA荧光染色	Gli1CreERT2 x Slfn4 fl/fl小鼠模型	RNA测序数据、荧光信号数据	未感染和6个月幽门螺杆菌感染的小鼠
18	2025-05-18	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	本研究探讨了唾液腺梗阻性损伤后纤维化细胞的识别及其在纤维化过程中的作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了Gli1和PDGFRα基质细胞在唾液腺纤维化中的作用，并发现这些细胞对机械损伤诱导的纤维化变化贡献较小	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号和Gli1细胞对纤维化的贡献较小，可能需要探索其他信号通路	识别唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化的基质细胞和信号通路	雌性小鼠颌下唾液腺	细胞生物学	唾液腺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 导管结扎手术	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
19	2025-05-15	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	提供了针对基质细胞分离优化的组织解离方案，适用于高通量单细胞分析技术	未提及该方法在临床应用中的具体效果或限制	研究胸腺基质细胞的分离方法以支持T细胞分化的研究	人类和小鼠的胸腺基质细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	未明确提及样本数量
20	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.523391 PMID:36747870	research paper	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	解决单细胞组学数据稀疏性带来的挑战，识别调控细胞状态的隐藏驱动因子	单细胞RNA-seq数据中的转录和信号驱动因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	互信息（MI）框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量