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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-15 |
The current state and future of T-cell exhaustion research
2023, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqad006
PMID:37554723
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综述 | 本文回顾了T细胞耗竭的研究现状，讨论了其分子定义不一致的问题，并提出了通过系统遗传学方法（如单细胞RNA-seq和CRISPR筛选）达成共识的进展，同时强调了体外生成耗竭T细胞的研究重要性 | 提出了用一组基于代谢、表观遗传、转录和激活的表型标志物（称为M.E.T.A）来统一定义T细胞耗竭，旨在解决不同研究语境下耗竭定义不一致的问题 | 由于在体内环境中进行操作困难，理解耗竭如何发生仍具挑战性 | 探讨T细胞耗竭的当前知识、研究方法及未来方向，推动统一定义和标准化分析 | T细胞，特别是耗竭T细胞 | 机器学习 | 慢性病毒感染，癌症 | 单细胞RNA-seq，CRISPR筛选 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2 | 2026-05-11 |
Analysis of Single-Cell RNA-seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_6
PMID:36929075
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综述 | 描述了单细胞RNA测序数据分析的标准工作流程和相关工具，并提供使用建议 | NA | NA | 介绍单细胞RNA测序数据分析的标准工作流程和常用方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-09 |
Spatial transcriptomics reveals the heterogeneity and FGG+CRP+ inflammatory cancer-associated fibroblasts replace islets in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1112576
PMID:37124494
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示胰腺导管腺癌中肿瘤微环境的异质性及FGG+CRP+炎性癌相关成纤维细胞替代胰岛的现象 | 首次通过空间转录组学技术系统描绘胰腺癌组织中包括正常组织、癌组织、邻近肿瘤组织和肿瘤间质在内的空间基因表达特征，并发现FGG+CRP+炎性癌相关成纤维细胞替代胰岛这一新现象 | 样本量较小，仅涉及一份正常胰腺组织样本，且空间转录组学的分辨率可能限制对单细胞层面的深入分析 | 揭示胰腺导管腺癌肿瘤微环境的空间异质性，并阐明胰腺结构和功能损伤的动态变化 | 正常胰腺组织、胰腺癌组织、邻近肿瘤组织和肿瘤间质中的空间基因表达特征 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 一份正常胰腺组织以及胰腺癌组织的多个位点（共18,075个空间点） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-02 |
Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis
2023, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2023.1118024
PMID:36968839
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研究论文 | 利用数字空间转录组学技术分析SARS-CoV-2心肌炎患者冠状动脉内皮细胞的转录特征 | 首次在保留组织原位结构的情况下，通过空间转录组学分析SARS-CoV-2感染对心肌和冠状动脉血管内皮细胞的差异表达影响 | 样本量较小（4例对照，8例COVID-19患者）；未在大血管内皮观察到类似变化，限制了内皮炎作为COVID-19心血管事件关键驱动因素的结论 | 探讨重症COVID-19患者冠状动脉内皮和心肌的转录编程变化 | COVID-19患者和对照尸检心脏组织中的心肌及冠状动脉血管组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 12例尸检心脏组织样本（4例对照，8例COVID-19患者） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-04-24 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
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研究论文 | 开发了一种整合突变顺序和最优性原则的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断更准确和全面的细胞系统发育 | 首次将标准系统发育最优性原则与序列变异共现模式整合应用，可从错误和缺失碱基较多的单细胞序列数据中产生更扩展和准确的细胞系统发育 | 未提及 | 改进单细胞测序数据的细胞系统发育推断 | 肿瘤细胞和CRISPR/Cas9基因组编辑数据集 | 机器学习 | 癌症（肿瘤） | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA序列 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-04-22 |
ScRNA-seq revealed targeting regulator of G protein signaling 1 to mediate regulatory T cells in Hepatocellular carcinoma
2023, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.3233/CBM-220226
PMID:36938729
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，发现RGS1在肝细胞癌的调节性T细胞中高表达，并与不良预后相关，提示RGS1可能通过CXCR4信号通路调节Treg功能，是潜在的免疫治疗靶点 | 首次在肝细胞癌中利用单细胞RNA测序数据揭示RGS1在调节性T细胞中的特异性高表达及其与CXCR4信号通路的关联，并发现其与患者临床预后的相关性 | 研究主要基于公共数据库的生物信息学分析和免疫荧光验证，缺乏直接的体内外功能实验验证RGS1的具体调控机制 | 识别肝细胞癌中调节性T细胞的靶向基因，以改善免疫治疗效果 | 肝细胞癌患者的CD4+ T细胞，特别是调节性T细胞 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫荧光分析，转录因子活性推断，基因共表达网络分析，生存分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据，免疫荧光图像数据 | 基于两个独立的公共单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-04-14 |
CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201537R
PMID:36468677
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研究论文 | 本研究探讨了CD73通过生成细胞外腺苷在胰腺炎中促进中性粒细胞介导的组织损伤消退和抑制化生的作用 | 首次揭示了CD73在胰腺炎中通过腺苷信号通路调控中性粒细胞浸润和化生过程的具体机制，并提出了CD73增强剂作为潜在治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；未详细探讨不同病因（如酒精性、胆源性）胰腺炎中CD73作用的异质性 | 阐明CD73在胰腺炎炎症消退和组织修复中的作用机制 | CD73基因敲除小鼠和野生型C57BL/6小鼠 | 单细胞组学 | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | CD73敲除小鼠和野生型小鼠的胰腺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-04-14 |
Cerebrospinal fluid immune cells appear similar across neuropathic and non-neuropathic pain conditions
2023, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20153.1
PMID:38707493
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研究论文 | 本研究通过分析脑脊液免疫细胞，探讨其作为神经病理性疼痛中微胶质细胞激活的替代指标的可能性 | 首次结合FACS、RNA测序和CITE测序技术，系统比较神经病理性与非神经病理性疼痛患者脑脊液免疫细胞的相似性，并挑战了脑脊液作为微胶质功能生物标志物的直接应用 | 样本量较小，且无法明确区分脑脊液蛋白质来源是循环单核细胞还是脊髓实质中的微胶质细胞 | 评估脑脊液是否可作为人类微胶质细胞激活的生物标志物，以研究神经病理性疼痛的病理机制 | 神经病理性疼痛患者（如带状疱疹后神经痛和背部手术失败后神经痛）的脑脊液免疫细胞 | NA | 神经病理性疼痛 | 荧光激活细胞分选（FACS）、RNA测序、CITE测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 包括神经病理性疼痛患者及与已发表单细胞RNA测序数据的比较，具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-04-14 |
Mast cell marker gene signature: prognosis and immunotherapy response prediction in lung adenocarcinoma through integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1189520
PMID:37256127
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一个基于肥大细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的生存和免疫治疗反应 | 结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建了包含九个肥大细胞相关基因的预后特征，并验证了其在预测免疫治疗反应方面的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于SYAP1基因的体外功能研究，缺乏临床样本的广泛验证 | 探究肥大细胞在肺腺癌预后和免疫治疗反应中的作用 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个外部队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-04-11 |
Targeting Immune-Fibroblast Crosstalk in Myocardial Infarction and Cardiac Fibrosis
2023-Jan-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2402606/v1
PMID:36747878
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研究论文 | 本研究通过多组学单细胞分析揭示了人类心肌梗死和心脏纤维化中免疫-成纤维细胞交互作用的分子机制 | 首次在人类心脏疾病中系统探索免疫-成纤维细胞交互的分子机制，并识别出由IL-1β信号驱动的促纤维化成纤维细胞亚群 | 样本量相对有限（38名捐赠者），且动物模型与人类疾病表型的完全重现性仍有待验证 | 探究心肌梗死和心脏纤维化中免疫细胞与成纤维细胞之间的交互作用机制 | 人类心脏组织（急性梗死和慢性衰竭心脏）以及小鼠心脏损伤模型 | 单细胞多组学 | 心血管疾病 | 单细胞基因表达分析、表位映射、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 38名捐赠者的人类心脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-04-08 |
Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2023-01-16, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05566-w
PMID:36646679
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序与多组学数据，揭示了SERPINE2作为晚期肾细胞癌转移的潜在治疗靶点 | 首次在晚期肾细胞癌中整合单细胞转录组、Hi-C、ATAC-seq和RNA-seq多组学数据，系统解析了恶性细胞与肿瘤微环境的相互作用，并鉴定出SERPINE2作为关键转移驱动因子 | 样本量相对有限（8例患者组织样本），主要基于细胞系验证，需要在更大规模临床队列中进一步验证 | 揭示晚期肾细胞癌进展中基因组、转录组和表观遗传改变的机制，并寻找转移治疗靶点 | 肾细胞癌患者组织样本、Caki-1肾癌细胞系、HK-2人肾小管上皮细胞系 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序, Hi-C, ATAC-seq, RNA测序, 微阵列, 组织芯片 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 三维基因组数据, 批量转录组数据 | 8例RCC患者组织样本（含2对原发-转移匹配样本）, 407例RCC患者微阵列数据, 两个组织芯片队列（TMA-30和TMA-2020） | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-04-06 |
Canine peripheral blood TCRαβ T cell atlas: Identification of diverse subsets including CD8A+ MAIT-like cells by combined single-cell transcriptome and V(D)J repertoire analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1123366
PMID:36911660
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组库测序技术，首次构建了健康犬外周血TCRαβ T细胞的详细图谱，并鉴定了包括CD8A+ MAIT样细胞在内的多种新亚群 | 首次在犬中结合单细胞转录组和V(D)J组库分析，揭示了犬T细胞多样性，特别是发现了犬黏膜相关恒定T细胞（MAIT）样细胞等先前未描述的亚群 | 研究仅基于健康犬外周血样本，未涉及疾病状态或其他组织，且犬特异性抗体的缺乏限制了传统流式细胞术验证 | 生成健康犬外周血TCRαβ T细胞的详细图谱，以增进对犬T细胞多样性的理解，并为人类疾病模型研究提供参考 | 健康犬的外周血TCRαβ T细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq），免疫组库测序 | NA | 单细胞转录组数据，V(D)J序列数据 | 未明确指定样本数量，但基于健康犬外周血 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-04-03 |
Targeting macrophagic 17β-HSD7 by fenretinide for the treatment of nonalcoholic fatty liver disease
2023-Jan, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2022.04.003
PMID:36815031
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研究论文 | 本研究揭示了17β-HSD7通过调节巨噬细胞极化在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）发病机制中的作用，并发现芬维A胺可通过抑制该靶点治疗NAFLD | 首次发现17β-HSD7通过增加游离胆固醇含量触发NLRP3炎症小体激活，从而促进巨噬细胞M1极化；首次将FDA批准药物芬维A胺重新用于靶向17β-HSD7治疗NAFLD | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证芬维A胺对NAFLD的疗效 | 探究巨噬细胞极化在NAFLD发病中的调控机制并寻找潜在治疗靶点 | 高脂饮食诱导的NAFLD小鼠模型、肝非实质细胞、巨噬细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型、细胞共培养模型 | 单细胞转录组数据 | 野生型同窝小鼠与巨噬细胞特异性17-HSD7敲除小鼠（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-29 |
Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281898
PMID:36827401
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研究论文 | 本文描述了一种从SARS-CoV-2感染细胞中制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法，使研究能在BSL2设施中安全进行 | 开发了一种使用甲醇-丙酮固定和灭活SARS-CoV-2的方法，使单细胞RNA测序分析能在较低生物安全级别的设施中进行，扩大了研究社区的可及性 | 方法仅在非洲绿猴肾上皮细胞和原代人肺上皮细胞上测试，可能不适用于所有细胞类型或病毒株，且未评估长期存储对样本质量的影响 | 开发一种安全制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法，以促进SARS-CoV-2宿主反应的高通量研究 | SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和原代人肺上皮细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、组织培养感染剂量测定（TCID50）、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量，但涉及两种细胞类型（Vero-E6细胞和原代人肺上皮细胞） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-03-25 |
Graph embedding and Gaussian mixture variational autoencoder network for end-to-end analysis of single-cell RNA sequencing data
2023-01-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100382
PMID:36814845
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研究论文 | 提出了一种名为autoCell的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的端到端分析，包括插补、特征提取和疾病相关网络识别 | 结合图嵌入和概率深度高斯混合模型的变分自编码网络，用于处理高维稀疏scRNA-seq数据，并应用于细胞发育轨迹分析和疾病相关细胞鉴定 | 未明确说明模型在大型数据集上的计算效率或与其他先进方法的全面比较 | 开发一种深度学习方法来改善单细胞RNA测序数据的分析，包括插补和特征提取 | 单细胞RNA测序数据，包括模拟数据集和生物学相关数据集，如人类胚胎和阿尔茨海默病样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器，高斯混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-19 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
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研究论文 | 本研究通过多中心单细胞RNA测序，分析了快速进展型多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境特征 | 首次通过多中心协作的单细胞RNA测序研究，系统比较了快速进展与非进展多发性骨髓瘤患者的免疫微环境差异，并验证了不同研究中心数据的一致性 | 样本量相对有限（18名患者），且为横断面研究，无法确定观察到的细胞群变化与疾病进展的因果关系 | 探究多发性骨髓瘤快速进展的免疫微环境机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 48份骨髓样本（来自18名患者），共计102,207个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-03-18 |
An update on methods for detection of prognostic and predictive biomarkers in melanoma
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1290696
PMID:37900283
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综述 | 本文综述了黑色素瘤中预后和预测性免疫生物标志物检测的最新方法 | 整合了从批量组织基因表达谱到单细胞空间转录组学和基于人工智能的图像分析等多种技术，以全面表征黑色素瘤免疫微环境 | 作为综述文章，未提供原始实验数据或新方法验证，主要总结现有研究 | 改进黑色素瘤的免疫基础预测和预后生物标志物检测方法 | 黑色素瘤患者，特别是II-IV期患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 基因表达谱分析，空间转录组学，人工智能图像分析 | NA | 图像，文本（基因表达数据） | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2026-03-18 |
A novel lncRNA-mediated epigenetic regulatory mechanism in periodontitis
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.87977
PMID:37928259
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研究论文 | 本研究探讨了长链非编码RNA lncR-APDC在牙周炎进展中的调控作用及其治疗潜力 | 首次揭示了lncR-APDC在牙周炎中的关键调控作用，发现了一个新的上皮细胞亚群，并提出了lncR-APDC与特定蛋白直接结合的可能性 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证；部分分子相互作用机制尚未完全阐明 | 理解lncR-APDC在牙周炎进展中的调控作用 | lncR-APDC基因敲除小鼠、实验性牙周炎模型、牙周组织免疫细胞 | 表观遗传学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、基因敲除、AAV9介导的基因治疗 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-03-06 |
Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525189
PMID:36747859
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研究论文 | 本文提出了一种通过合并扰动和计算反卷积来压缩高通量表型筛选的方法，以提高复杂多细胞模型和高内涵检测的筛选效率 | 建立了压缩筛选方法，通过合并扰动和计算反卷积，显著提高了复杂多细胞模型和高内涵检测的筛选效率，并证明了其在药物发现和基础生物学中的通用性 | 未明确说明方法在更广泛生物模型或不同扰动类型中的适用性限制，也未讨论计算反卷积算法的潜在误差来源 | 开发一种高效的压缩表型筛选方法，以克服传统高通量筛选在复杂多细胞模型和高内涵检测中的规模限制 | 小分子化合物库、患者来源的胰腺癌类器官、肿瘤微环境相关的重组蛋白配体库 | 计算生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、高内涵成像 | 计算反卷积模型 | 图像数据、转录组数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及小分子库和重组蛋白配体库的筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-03-02 |
Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data
2023-01-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-26434-1
PMID:36681709
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研究论文 | 本文提出了一种基于对应分析（CA）的维度降维方法，用于单细胞RNA-seq数据的处理，以替代常用的主成分分析（PCA），并展示了其在批次整合和可视化方面的优势 | 引入对应分析（CA）作为基于计数的PCA替代方法，避免了对数变换的扭曲，并提出了五种适应scRNAseq数据高稀疏性和过离散性的CA变体，提高了聚类准确性 | 在9个数据集中，CA变体在8个中表现优于或可比，但未在所有数据集中完全超越现有方法，且可能对特定数据分布敏感 | 开发更有效的维度降维方法，以改善单细胞RNA-seq数据的分析和可视化 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 对应分析（CA）及其变体 | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |