单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-08	Epithelial Endoplasmic Reticulum Stress Enhances the Risk of Muc5b-associated Lung Fibrosis 2023-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0252OC PMID:36108173	研究论文	本文研究了MUC5B基因启动子变异与特发性肺纤维化(IPF)风险增加的关系，以及内质网应激在其中的作用	首次揭示了MUC5B过表达通过内质网应激途径加剧肺纤维化的机制，并证明ISRIB药物可缓解这一过程	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MUC5B基因变异导致肺纤维化的分子机制	MUC5B基因、内质网应激通路、特发性肺纤维化	分子病理学	肺纤维化	RNA测序(单细胞和批量)、转基因小鼠模型	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究
2	2025-07-04	Quantification of spatial pharmacogene expression heterogeneity in breast tumors 2023-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.1686 PMID:35906899	研究论文	本研究利用Visium空间转录组学平台分析了六例乳腺癌组织中286个药物基因的空间表达异质性	首次在乳腺癌组织中系统量化药物基因的空间表达异质性，并鉴定出与活性氧处理和解毒机制相关的高异质性基因	样本量较小（仅6例乳腺癌组织），且未进行化疗处理样本的对照研究	探究乳腺癌肿瘤区域内药物基因的空间表达异质性及其对化疗耐药性的潜在影响	乳腺癌组织中的药物基因表达	数字病理学	乳腺癌	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	6例乳腺癌组织（4例来自生物样本库，2例来自10× Genomics数据库）
3	2025-06-20	Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT) 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1 PMID:36747718	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从细胞内分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，能够检测基因对和模块在细胞内及跨细胞的共定位模式，使用专门的统计测试和图挖掘技术	未提及具体的技术限制或数据处理的挑战	开发新的分析工具以充分利用成像空间转录组技术的潜力	人类癌细胞系和小鼠脑下丘脑视前区的数据集	数字病理	NA	MERFISH	NA	空间转录组数据	未明确提及样本数量，涉及人类癌细胞系和小鼠脑区域
4	2025-05-24	Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy 2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S413569 PMID:37312900	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，结合多种机器学习方法，识别了糖尿病肾病中的新型免疫特征	首次从免疫学角度揭示了糖尿病肾病进展的关键免疫相关基因和潜在药物靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索糖尿病肾病中免疫调节的潜在治疗靶点和分子机制	糖尿病肾病患者的基因表达数据和免疫相关基因	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序, 大块RNA测序, WGCNA, CIBERSORT算法	随机森林(RF), 支持向量机(SVM), AdaBoost, KNN	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，包括GSE142025等
5	2025-05-23	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulated bone development 2023-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.20.524918 PMID:36711590	research paper	该研究探讨了YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及机械刺激响应的机制	揭示了YAP/TAZ信号在胚胎骨骼发育中通过调控Cxcl12表达，将成骨前体细胞动员与血管生成空间耦联的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类细胞实验数据有限	阐明胚胎骨骼发育过程中成骨前体细胞动员与血管生成的协调机制	小鼠胚胎骨骼和人类间充质基质细胞	发育生物学	骨骼发育异常	单细胞RNA测序、3D血管网络形成实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型和人类间充质基质细胞
6	2025-05-23	Single cell RNA-sequencing profiling to improve the translation between human IBD and in vivo models 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1291990 PMID:38179052	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在提高人类炎症性肠病（IBD）与体内模型之间转化研究中的应用	强调了scRNA-seq技术在识别IBD中新型细胞亚群及其在疾病过程中的重塑作用，以及如何利用该技术提高临床前模型的转化潜力	scRNA-seq技术在IBD临床前模型中的应用尚未广泛开展	提高人类IBD与体内模型之间的转化研究，选择最合适的模型来测试假设和新疗法	炎症性肠病（IBD）的临床前动物模型和人类IBD患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
7	2025-05-22	Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391 PMID:37334372	研究论文	研究揭示了SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部中的MDSCs细胞中的作用及其对GTPase通路的调控	首次发现SLFN4在MDSCs中调控GTPase通路，并揭示了其在幽门螺杆菌诱导的胃化生中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部MDSCs细胞中的身份和作用	幽门螺杆菌感染的小鼠胃部MDSCs细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、siRNA敲降、GTPase-Glo检测、DCF-DA荧光染色	Gli1CreERT2 x Slfn4 fl/fl小鼠模型	RNA测序数据、荧光信号数据	未感染和6个月幽门螺杆菌感染的小鼠
8	2025-05-18	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	本研究探讨了唾液腺梗阻性损伤后纤维化细胞的识别及其在纤维化过程中的作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了Gli1和PDGFRα基质细胞在唾液腺纤维化中的作用，并发现这些细胞对机械损伤诱导的纤维化变化贡献较小	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且Gli1信号和Gli1细胞对纤维化的贡献较小，可能需要探索其他信号通路	识别唾液腺梗阻性损伤后参与纤维化的基质细胞和信号通路	雌性小鼠颌下唾液腺	细胞生物学	唾液腺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 导管结扎手术	小鼠模型	基因表达数据	雌性小鼠颌下唾液腺样本
9	2025-05-15	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	提供了针对基质细胞分离优化的组织解离方案，适用于高通量单细胞分析技术	未提及该方法在临床应用中的具体效果或限制	研究胸腺基质细胞的分离方法以支持T细胞分化的研究	人类和小鼠的胸腺基质细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	未明确提及样本数量
10	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.523391 PMID:36747870	research paper	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	解决单细胞组学数据稀疏性带来的挑战，识别调控细胞状态的隐藏驱动因子	单细胞RNA-seq数据中的转录和信号驱动因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	互信息（MI）框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
11	2025-05-14	scMINER: a mutual information-based framework for identifying hidden drivers from single-cell omics data 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2476875/v1 PMID:36747874	研究论文	介绍了一种基于互信息的计算框架scMINER，用于从单细胞RNA-seq数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	scMINER能够捕获非线性的细胞-细胞和基因-基因关系，并推断驱动因子活性，不依赖于有限的转录因子结合基序	未明确提及具体局限性	开发一种计算框架，用于从单细胞组学数据中识别隐藏的转录和信号驱动因子	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于互信息(MI)的框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量
12	2025-05-14	Single-cell transcriptomics reveals correct developmental dynamics and high-quality midbrain cell types by improved hESC differentiation 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.016 PMID:36400027	研究论文	该研究通过改进人类胚胎干细胞（hESC）分化为功能性中脑多巴胺能神经元的方法，揭示了中脑发育的关键因素	发现了层粘连蛋白-511、双重WNT激活、GSK3β抑制和FGF8b等新因子对中脑模式化的改善作用，以及肝X受体激活和成纤维细胞生长因子信号抑制对神经发生和分化的增强作用	未提及具体样本量，且研究结果尚未在临床中验证	探索人类中脑发育的关键因素并提高hESC分化为功能性mDA神经元的效率	人类胚胎干细胞（hESC）及其分化的中脑多巴胺能神经元	干细胞研究	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
13	2025-05-08	Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics 2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.17.524455 PMID:36789425	研究论文	研究通过血液免疫单细胞转录组学预测头颈癌患者的肿瘤免疫微环境和检查点治疗反应	首次展示通过外周血单核细胞的单细胞RNA测序推断肿瘤免疫状态，并预测免疫治疗反应的能力	需要更大规模的测试验证方法的普适性	探索通过血液免疫状态预测肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的可行性	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者	数字病理学	头颈癌	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	两个HNSCC患者数据集
14	2025-04-22	KRT19 is a Promising Prognostic Biomarker and Associates with Immune Infiltrates in Serous Ovarian Cystadenocarcinoma 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S419235 PMID:37916194	research paper	该研究通过生物信息学分析探讨了KRT19在浆液性卵巢囊腺癌中的预后价值和与免疫浸润的关联	首次揭示了KRT19作为浆液性卵巢囊腺癌预后生物标志物的潜力及其与肿瘤免疫细胞浸润的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索KRT19在卵巢癌中的生物学功能和临床意义	浆液性卵巢囊腺癌患者样本	digital pathology	ovarian cancer	生物信息学分析（TCGA、GTEx、GEO、HPA数据库）	NA	基因表达数据	多个公共数据库中的卵巢癌样本（具体数量未明确说明）
15	2025-04-02	A single-cell atlas reveals shared and distinct immune responses and metabolic profiles in SARS-CoV-2 and HIV-1 infections 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1105673 PMID:36992700	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，揭示了两种病毒感染的共同和差异	提出了一种新颖的共识单细胞注释方法，整合了来自COVID-19和HIV-1患者的单细胞RNA测序数据，系统比较了两种病毒感染的免疫细胞表型特征和调控通路	样本量相对较小，仅包括7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照	比较SARS-CoV-2和HIV-1感染中的免疫反应和代谢特征，以理解疾病进展和开发有效的疫苗和治疗方法	SARS-CoV-2和HIV-1感染患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	COVID-19, HIV-1	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	111,566个单PBMCs，来自7例COVID-19患者、10例HIV-1患者和3例健康对照
16	2025-04-01	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化	首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程	小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	基于单细胞的回归模型	单细胞转录组数据	28只不同年龄的小鼠
17	2025-03-26	Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1285667 PMID:38149096	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别了参与原始卵泡形成的新基因和新配体-受体相互作用	发现了ANXA7和GTF2F1在生殖细胞中促进原始卵泡形成的新功能，以及配体Mdk与受体Sdc1在原始卵泡形成中的关键作用	研究主要基于小鼠和人类卵巢的公共单细胞RNA测序数据，样本量有限	探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系	小鼠和人类卵巢中的生殖细胞和颗粒细胞	生殖生物学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、全基因组测序(WGS)	NA	基因表达数据、测序数据	93例POI患者和465例对照的测序数据，25周人类胎儿卵巢样本
18	2025-03-06	Construction of a circRNA- lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network identifies genes and pathways linked to goat fertility 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1195480 PMID:37547465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，构建了ceRNA调控网络，并鉴定了与山羊生育力相关的基因和通路	首次利用单细胞RNA测序技术比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，并构建了ceRNA调控网络，鉴定了与生育力相关的关键基因和通路	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小，且仅限于Ji'ning Gray山羊	研究山羊生育力的遗传基础，特别是通过转录组分析揭示与生育力相关的基因和通路	高生育力和低生育力的Ji'ning Gray山羊的颗粒细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	30个样本（15个高生育力山羊和15个低生育力山羊）
19	2025-03-01	Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma 2023-Jan-26, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00340-x PMID:36702834	研究论文	本研究通过多中心单细胞RNA测序技术，探讨了快速进展型多发性骨髓瘤（MM）患者免疫微环境的特征	首次在多中心背景下使用单细胞RNA测序技术分析快速进展型MM的免疫微环境，揭示了与疾病快速进展相关的细胞类型和信号通路	样本量相对较小（18名患者），且仅分析了诊断时的骨髓样本，未涵盖疾病进展过程中的动态变化	探讨快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，以识别促进疾病快速进展的因素	18名多发性骨髓瘤患者的48个CD138骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	102,207个细胞，来自18名患者的48个骨髓样本
20	2025-02-19	A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy 2023-01-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac616 PMID:36631398	研究论文	本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性	提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法	未明确提及具体局限性	提高细胞类型去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	贝叶斯框架（tranSig）	RNA测序数据	外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据