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当前共找到 1191 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-29 |
Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281898
PMID:36827401
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研究论文 | 本文描述了一种从SARS-CoV-2感染细胞中制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法，使研究能在BSL2设施中安全进行 | 开发了一种使用甲醇-丙酮固定和灭活SARS-CoV-2的方法，使单细胞RNA测序分析能在较低生物安全级别的设施中进行，扩大了研究社区的可及性 | 方法仅在非洲绿猴肾上皮细胞和原代人肺上皮细胞上测试，可能不适用于所有细胞类型或病毒株，且未评估长期存储对样本质量的影响 | 开发一种安全制备非传染性单细胞RNA测序样本的方法，以促进SARS-CoV-2宿主反应的高通量研究 | SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和原代人肺上皮细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、组织培养感染剂量测定（TCID50）、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量，但涉及两种细胞类型（Vero-E6细胞和原代人肺上皮细胞） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-03-25 |
Graph embedding and Gaussian mixture variational autoencoder network for end-to-end analysis of single-cell RNA sequencing data
2023-01-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100382
PMID:36814845
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研究论文 | 提出了一种名为autoCell的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的端到端分析，包括插补、特征提取和疾病相关网络识别 | 结合图嵌入和概率深度高斯混合模型的变分自编码网络，用于处理高维稀疏scRNA-seq数据，并应用于细胞发育轨迹分析和疾病相关细胞鉴定 | 未明确说明模型在大型数据集上的计算效率或与其他先进方法的全面比较 | 开发一种深度学习方法来改善单细胞RNA测序数据的分析，包括插补和特征提取 | 单细胞RNA测序数据，包括模拟数据集和生物学相关数据集，如人类胚胎和阿尔茨海默病样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器，高斯混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-19 |
Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma
2023-Jan-26, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00340-x
PMID:36702834
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研究论文 | 本研究通过多中心单细胞RNA测序，分析了快速进展型多发性骨髓瘤患者的骨髓免疫微环境特征 | 首次通过多中心协作的单细胞RNA测序研究，系统比较了快速进展与非进展多发性骨髓瘤患者的免疫微环境差异，并验证了不同研究中心数据的一致性 | 样本量相对有限（18名患者），且为横断面研究，无法确定观察到的细胞群变化与疾病进展的因果关系 | 探究多发性骨髓瘤快速进展的免疫微环境机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 48份骨髓样本（来自18名患者），共计102,207个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-18 |
An update on methods for detection of prognostic and predictive biomarkers in melanoma
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1290696
PMID:37900283
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综述 | 本文综述了黑色素瘤中预后和预测性免疫生物标志物检测的最新方法 | 整合了从批量组织基因表达谱到单细胞空间转录组学和基于人工智能的图像分析等多种技术，以全面表征黑色素瘤免疫微环境 | 作为综述文章，未提供原始实验数据或新方法验证，主要总结现有研究 | 改进黑色素瘤的免疫基础预测和预后生物标志物检测方法 | 黑色素瘤患者，特别是II-IV期患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 基因表达谱分析，空间转录组学，人工智能图像分析 | NA | 图像，文本（基因表达数据） | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-03-18 |
A novel lncRNA-mediated epigenetic regulatory mechanism in periodontitis
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.87977
PMID:37928259
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研究论文 | 本研究探讨了长链非编码RNA lncR-APDC在牙周炎进展中的调控作用及其治疗潜力 | 首次揭示了lncR-APDC在牙周炎中的关键调控作用，发现了一个新的上皮细胞亚群，并提出了lncR-APDC与特定蛋白直接结合的可能性 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证；部分分子相互作用机制尚未完全阐明 | 理解lncR-APDC在牙周炎进展中的调控作用 | lncR-APDC基因敲除小鼠、实验性牙周炎模型、牙周组织免疫细胞 | 表观遗传学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、基因敲除、AAV9介导的基因治疗 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-06 |
Compressed phenotypic screens for complex multicellular models and high-content assays
2023-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.23.525189
PMID:36747859
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研究论文 | 本文提出了一种通过合并扰动和计算反卷积来压缩高通量表型筛选的方法，以提高复杂多细胞模型和高内涵检测的筛选效率 | 建立了压缩筛选方法，通过合并扰动和计算反卷积，显著提高了复杂多细胞模型和高内涵检测的筛选效率，并证明了其在药物发现和基础生物学中的通用性 | 未明确说明方法在更广泛生物模型或不同扰动类型中的适用性限制，也未讨论计算反卷积算法的潜在误差来源 | 开发一种高效的压缩表型筛选方法，以克服传统高通量筛选在复杂多细胞模型和高内涵检测中的规模限制 | 小分子化合物库、患者来源的胰腺癌类器官、肿瘤微环境相关的重组蛋白配体库 | 计算生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、高内涵成像 | 计算反卷积模型 | 图像数据、转录组数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及小分子库和重组蛋白配体库的筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-02 |
Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data
2023-01-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-26434-1
PMID:36681709
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研究论文 | 本文提出了一种基于对应分析（CA）的维度降维方法，用于单细胞RNA-seq数据的处理，以替代常用的主成分分析（PCA），并展示了其在批次整合和可视化方面的优势 | 引入对应分析（CA）作为基于计数的PCA替代方法，避免了对数变换的扭曲，并提出了五种适应scRNAseq数据高稀疏性和过离散性的CA变体，提高了聚类准确性 | 在9个数据集中，CA变体在8个中表现优于或可比，但未在所有数据集中完全超越现有方法，且可能对特定数据分布敏感 | 开发更有效的维度降维方法，以改善单细胞RNA-seq数据的分析和可视化 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 对应分析（CA）及其变体 | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-02 |
HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938
PMID:37325659
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研究论文 | 本研究利用人扁桃体离体模型，通过单细胞RNA测序分析了HIV-1感染对不同细胞类型转录组的影响，发现感染CD4+ T细胞中氧化磷酸化基因上调，而暴露于病毒的巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达增加 | 首次在人类扁桃体离体模型中，利用单细胞RNA测序技术揭示了HIV-1感染诱导的CD4+ T细胞中氧化磷酸化基因上调及巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路激活的转录组变化 | 研究基于离体模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；样本来源有限，仅使用健康捐赠者的扁桃体组织 | 探究HIV-1感染在淋巴组织不同细胞类型中诱导的转录组变化及其在慢性炎症机制中的作用 | 人类扁桃体离体组织中的CD4+ T细胞和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自健康捐赠者的人扁桃体离体组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-01-03 |
Deciphering the immune landscape of head and neck squamous cell carcinoma: A single-cell transcriptomic analysis of regulatory T cell responses to PD-1 blockade therapy
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0295863
PMID:38096229
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了PD-1阻断疗法（Nivolumab）对头颈鳞状细胞癌中调节性T细胞（Treg）的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了Nivolumab治疗后HNSCC肿瘤微环境中Treg数量增加、抑制活性增强的机制，并识别了CD44-SSP1轴、NKG2C/D-HLA-E轴及KRAS信号通路等关键变化 | 样本量较小（仅4名供体的8个组织），且为观察性研究，需进一步验证机制 | 研究PD-1阻断疗法如何影响HNSCC肿瘤微环境中的Treg细胞 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4名HNSCC供体的8个组织（治疗前后配对样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-01-01 |
Longitudinal multi-functional analysis identified responses of T cells, B cells, and monocytes as hallmarks of immunotherapy tolerance in patients with merkel cell carcinoma
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0293922
PMID:37983224
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了默克尔细胞癌患者外周血中免疫细胞的动态变化，揭示了免疫治疗耐受的机制 | 采用纵向多组学方法，结合单细胞RNA测序和批量RNA数据验证，识别了T细胞耗竭、B细胞失调和单细胞亚群变化作为免疫逃逸的关键标志 | 样本量较小（仅基于四名患者的时间点数据），且主要依赖外周血分析，可能未完全反映肿瘤微环境的变化 | 探究默克尔细胞癌患者免疫治疗耐受的细胞机制和免疫逃逸条件 | 默克尔细胞癌患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌（默克尔细胞癌） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四名患者的外周血样本，采集自四个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-24 |
Systematic single cell RNA sequencing analysis reveals unique transcriptional regulatory networks of Atoh1-mediated hair cell conversion in adult mouse cochleae
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0284685
PMID:38079436
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠耳蜗中Atoh1介导的毛细胞转换过程中的独特转录调控网络 | 采用多种高通量测序分析工具（WGCNA、SCENIC、ARACNE和VIPER）构建独立的表达模块，并识别出多个转换阶段，发现了包括Nhlh1、Lhx3、Barhl1和Nfia在内的关键调控因子 | 研究基于现有数据集（Yamashita等人，2018年）进行分析，可能受限于原始数据的质量和样本量，且主要关注成年小鼠模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性需进一步验证 | 探究成年哺乳动物耳蜗中毛细胞再生的调控机制，特别是Atoh1诱导的支持细胞向毛细胞转换过程 | 成年小鼠耳蜗中的支持细胞和毛细胞 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基于Yamashita等人（2018年）和Kolla等人（2020年）的公开数据集，具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-12-23 |
Identification and validation of prognostic and tumor microenvironment characteristics of necroptosis index and BIRC3 in clear cell renal cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16643
PMID:38130918
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研究论文 | 本研究通过分析TCGA和GEO数据库，识别了与坏死性凋亡相关的基因簇和预后模型，并验证了枢纽基因BIRC3在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对细胞增殖、迁移和侵袭的调控作用 | 首次构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并深入探讨了BIRC3基因在ccRCC免疫微环境中的关键作用 | 研究主要依赖公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证，且实验部分仅限于细胞系水平 | 探索坏死性凋亡在透明细胞肾细胞癌中的调控机制及其临床意义 | 透明细胞肾细胞癌患者数据、细胞系及单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞测序、定量实时PCR、CCK8实验、transwell实验、伤口愈合实验 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库中的ccRCC患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-12-23 |
Proximal tubule cells in blood and urine as potential biomarkers for kidney disease biopsy
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16499
PMID:38077419
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了肾炎患者的肾脏组织、外周血单核细胞和尿液中的细胞异质性，发现近端小管细胞在血液和尿液中的存在可作为肾脏疾病潜在的微创诊断标志物 | 首次通过单细胞RNA测序在肾炎患者的外周血和尿液中鉴定出近端小管细胞，并发现其与肾脏组织中的炎症性近端小管细胞具有高度相似的基因表达谱，提出了替代侵入性肾活检的潜在微创诊断方法 | 研究样本量较小（仅4名患者），且仅针对肾炎患者，结果在其他肾脏疾病中的普适性有待验证 | 探索肾脏疾病的病理机制并开发微创诊断方法 | 肾炎患者的肾脏组织、外周血单核细胞和尿液样本 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名肾炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-12-20 |
Identification of cytokine-induced cell communications by pan-cancer meta-analysis
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16221
PMID:38054018
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研究论文 | 本研究通过单细胞和泛癌水平转录组学整合，识别了细胞因子介导的细胞间通讯，并构建了全面的细胞因子-受体图谱 | 开发了一种单细胞方法主动表达62对细胞因子-受体对，揭示了稳定的细胞因子介导的细胞通讯，涉及84种细胞因子和受体，并在泛癌水平进行了整合分析 | 研究基于转录组学数据，可能未完全捕捉蛋白质水平的相互作用；样本量虽大，但某些癌症类型可能代表性不足 | 揭示不同癌症中细胞因子介导的细胞间通讯机制及其在癌症发展和治疗反应中的作用 | 41,900个细胞，涵盖25种癌症类型，以及来自TCGA的10,967个样本，涉及32种癌症类型 | 生物信息学 | 泛癌 | 单细胞转录组学，泛癌meta分析，功能富集分析，共突变分析 | NA | 单细胞转录组数据，TCGA突变数据，临床生存数据 | 41,900个细胞（25种癌症类型），10,967个样本（32种TCGA癌症类型） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-12-20 |
Elucidating the role of nicotinamide N-methyltransferase-p53 axis in the progression of chronic kidney disease
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16301
PMID:37953778
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研究论文 | 本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在慢性肾病（CKD）进展中的作用，特别是其通过p53轴促进肾间质纤维化的机制 | 首次通过单细胞转录组测序（scRNA-seq）发现NNMT在纤维母细胞中特异性增加，并揭示了NNMT通过调节p53的DNA甲基化和磷酸化促进纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠UUO模型和体外细胞实验，尚未在人类临床样本中验证，且NNMT的具体下游信号通路仍需进一步阐明 | 阐明NNMT在慢性肾病肾间质纤维化中的作用机制，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠（UUO模型）和培养的肾间质纤维母细胞（NRK-49F） | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 小鼠肾脏组织（UUO与假手术组对比）及培养细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-13 |
Dipeptidyl peptidase 4 inhibition sensitizes radiotherapy by promoting T cell infiltration
2023, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2023.2268257
PMID:37849962
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研究论文 | 本研究揭示了放疗未能有效诱导T细胞浸润的机制，并提出通过抑制DPP4来增强放疗疗效的策略 | 首次发现树突状细胞在放疗后高表达DPP4是限制T细胞浸润的关键因素，并提出DPP4抑制剂联合放疗可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于临床前模型，尚未在大型临床试验中验证；机制研究主要聚焦于DPP4对趋化因子的调控 | 探究放疗联合免疫治疗的增效机制，寻找增强放疗诱导抗肿瘤免疫应答的新策略 | 肺癌和黑色素瘤患者样本、肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺癌、黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-12-07 |
Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts
2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041
PMID:36239989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移微环境中SPP1+巨噬细胞与成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络 | 首次在结直肠癌肝转移微环境中鉴定出具有代谢改变和泡沫细胞特征的SPP1+巨噬细胞，并发现其与成纤维细胞通过配体-受体对形成空间邻近的互作网络，共同促进免疫抑制 | 研究主要基于微卫星稳定型结直肠癌肝转移样本，可能不适用于其他亚型；样本量相对有限，需要更大队列验证 | 表征结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞组成和相互作用，以理解免疫抑制机制 | 结直肠癌肝转移组织、配对正常肝组织及外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、多重空间成像、批量基因表达与细胞反卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间成像数据、批量基因表达数据 | 一系列微卫星稳定型结直肠癌肝转移样本及配对组织 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2025-12-02 |
Multimodal characterization of antigen-specific CD8 + T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.525203
PMID:36747786
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研究论文 | 本文利用多模态测序技术对BNT162b2疫苗接种前后的循环白细胞进行纵向分析，揭示了抗原特异性CD8+ T细胞的亚群特征及其与临床预后的关联 | 首次结合转录组、染色质可及性、免疫表型和T细胞受体测序等多模态数据，系统表征了疫苗诱导的SARS-CoV-2抗原特异性CD8+ T细胞，并发现其频率可预测COVID-19临床结局 | 研究主要基于疫苗接种后的时间点分析，对感染后长期动态的覆盖有限；样本量相对较小，且未涵盖不同人群的异质性 | 深入表征SARS-CoV-2感染或疫苗接种后T细胞免疫应答，特别是抗原特异性CD8+ T细胞的特征 | 人类循环白细胞，特别是CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | COVID-19 | 多模态测序技术，包括scRNA-seq、ATAC-seq、T细胞受体测序和DNA寡核苷酸标记的肽-MHC多聚体技术 | NA | 单细胞多组学数据 | 疫苗接种前后采集的纵向人类白细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 19 | 2025-11-15 |
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice
2023-Jan-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.523241
PMID:36711968
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了凋亡识别受体在小鼠皮肤组织修复中的调控机制 | 首次在皮肤伤口炎症期间系统描绘细胞动态图谱，发现Axl和Timd4两种凋亡清除受体在组织修复中具有不同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口数据相对有限 | 探究凋亡细胞识别和清除机制如何调控组织修复过程 | 小鼠皮肤伤口模型和人类糖尿病足伤口 | 单细胞组学 | 皮肤创伤/糖尿病足 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-16 |
A Novel Prognostic Pyroptosis-Related Gene Signature Correlates to Oxidative Stress and Immune-Related Features in Gliomas
2023, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2023/4256116
PMID:36778205
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研究论文 | 构建并验证了一个基于焦亡相关基因的胶质瘤预后模型 | 首次将焦亡相关基因与胶质瘤预后关联，并构建了包含9个基因的预后特征 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发胶质瘤预后预测工具并探索潜在治疗靶点 | 胶质瘤患者和U87胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序，LASSO-Cox回归，Kaplan-Meier分析，KEGG/GO富集分析 | 预后风险模型 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA和CGGA队列的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |