单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-08	The dynamic dysregulated network identifies stage-specific markers during lung adenocarcinoma malignant progression and metastasis 2022-Dec-13, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2022.11.019 PMID:36514354	研究论文	本研究通过全面的单细胞转录组分析，揭示了肺腺癌（LUAD）进展过程中不同阶段的细胞组成异质性，并识别了与LUAD进展和转移相关的阶段特异性风险基因。	本研究构建了早期进展和转移失调网络，并揭示了LUAD进展过程中基因调控的动态变化，识别了不同阶段的预后标记基因。	NA	旨在深入理解肺腺癌进展和脑转移的分子机制。	肺腺癌（LUAD）的进展和脑转移。	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用了来自正常、早期阶段、晚期阶段和脑转移LUAD的数据
162	2024-08-08	Mucosal exposure to non-tuberculous mycobacteria elicits B cell-mediated immunity against pulmonary tuberculosis 2022-12-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111783 PMID:36516760	研究论文	研究探讨了非结核分枝杆菌（NTM）黏膜暴露对肺结核免疫保护的影响，特别是在BCG疫苗接种和持续NTM暴露的小鼠模型中。	首次揭示了NTM暴露与BCG疫苗对肺结核保护效果之间的直接关系，并强调了B细胞在此过程中的关键作用。	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	探索非结核分枝杆菌暴露对肺结核免疫保护的影响，以及B细胞在此过程中的作用。	研究对象包括非结核分枝杆菌、结核分枝杆菌以及BCG疫苗接种的小鼠。	免疫学	肺结核	空间转录组学、免疫组织化学	小鼠模型	血液和呼吸道样本	未具体说明小鼠数量
163	2024-08-08	Deep transfer learning enables lesion tracing of circulating tumor cells 2022-12-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35296-0 PMID:36509761	研究论文	本文设计了一种基于迁移学习的算法CTC-Tracer，用于校正原发癌细胞与循环肿瘤细胞（CTC）之间的分布偏移，从而将原发癌细胞图谱中的病变标签转移到CTC上	提出了CTC-Tracer算法，利用迁移学习技术解决CTC scRNA-seq数据积累不足和先验知识缺乏的问题	NA	开发一种算法以实现循环肿瘤细胞的病变追踪	循环肿瘤细胞（CTC）及其病变类型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	迁移学习	RNA测序数据	8个独立的标准数据集以及一个包含单个CTC、CTC簇和两个异种移植的复杂数据集
164	2024-08-08	scCapsNet-mask: an updated version of scCapsNet with extended applicability in functional analysis related to scRNA-seq data 2022-Dec-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-05098-8 PMID:36510124	研究论文	本文介绍了scCapsNet-mask，这是scCapsNet的更新版本，旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的解释性和非标准测试样本处理问题	scCapsNet-mask通过引入掩码机制，改善了模型的解释性，并能更合理地处理非标准样本	NA	开发一种新的深度学习模型，以提高单细胞RNA测序数据分析的解释性和处理非标准样本的能力	单细胞RNA测序数据及其在功能分析中的应用	机器学习	NA	深度学习	CapsNet	RNA测序数据	NA
165	2024-08-08	Construction and experimental validation of an acetylation-related gene signature to evaluate the recurrence and immunotherapeutic response in early-stage lung adenocarcinoma 2022-Dec-11, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-022-01413-7 PMID:36503492	研究论文	本文构建了一个与乙酰化相关的基因特征，用于评估早期肺腺癌的复发和免疫治疗反应，并通过实验验证了其有效性。	首次开发了一个包含RBBP7和YEATS2的乙酰化相关基因特征，用于评估早期肺腺癌的无复发生存率和免疫治疗反应。	NA	构建并验证一个乙酰化相关基因特征，以评估早期肺腺癌的复发和免疫治疗效果。	早期肺腺癌患者及其免疫治疗反应。	数字病理学	肺癌	转录组测序、基因组差异分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、Lasso回归、单变量Cox回归、多变量Cox回归、基因表达综合数据库检索、单细胞RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	23例早期肺腺癌样本，以及来自癌症基因组图谱和基因表达综合数据库的多个独立数据集
166	2024-08-08	Isolation of TTF-1 Positive Circulating Tumor Cells for Single-Cell Sequencing by Using an Automatic Platform Based on Microfluidic Devices 2022-Dec-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232315139 PMID:36499466	研究论文	本研究开发了一种基于微流控设备的自动化平台，用于分离TTF-1阳性循环肿瘤细胞（CTC）进行单细胞测序	本研究整合了自动CTC富集和染色机、AI辅助的自动CTC扫描和识别系统以及自动细胞挑选机，实现了对目标CTC的精确识别和分离	NA	研究目的是开发一种精确有效的CTC分离方法，以便进行下游的单细胞测序分析	研究对象包括来自三位癌症患者（两位患有肺癌，一位同时患有肺癌和甲状腺癌）的外周血中的循环肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	AI辅助系统	细胞	三位癌症患者的外周血样本
167	2024-08-08	Comprehensive multi-omics analysis of the m7G in pan-cancer from the perspective of predictive, preventive, and personalized medicine 2022-Dec, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-022-00305-1 PMID:36505892	研究论文	本研究通过综合多组学分析，探讨了m7G在泛癌中的作用，并评估了其在预测、预防和个性化医学中的应用潜力	首次探索了m7G在泛癌中的作用，并将其作为预测临床结果和免疫治疗效果的创新标志物	NA	旨在通过泛癌分析m7G，探索其潜在机制，并促进预测、预防和个性化医学的发展	m7G与肿瘤免疫的关系	数字病理学	泛癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	XGBoost和随机森林	基因表达、遗传变异、临床信息、甲基化和数字病理切片	33种癌症类型
168	2024-08-08	Primate gastrulation and early organogenesis at single-cell resolution 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05526-y PMID:36517595	研究论文	本文通过收集六个阶段8-11的食蟹猴胚胎，进行了56,636个单细胞的深度转录组分析，揭示了灵长类动物原肠形成和早期器官发生的主要细胞类型的转录组特征	首次提供了灵长类动物原肠形成和早期器官发生的全面单细胞转录组图谱，填补了该领域的知识空白	NA	旨在填补非人灵长类动物从原肠形成到早期器官发生阶段的体内数据空白，并提供对人类胚胎发育和发育障碍的理解	食蟹猴胚胎的单细胞转录组	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	六个食蟹猴胚胎，共56,636个单细胞
169	2024-08-08	Preconditioning of the immune system modulates the response of papillary thyroid cancer to immune checkpoint inhibitors 2022-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-005538 PMID:36521928	研究论文	本研究探讨了免疫系统预处理对甲状腺乳头状癌（PTC）对免疫检查点抑制剂（ICIs）反应的影响	首次揭示了免疫系统预处理对PTC对ICIs反应的影响，并展示了不同ICIs对甲状腺免疫细胞浸润的具体和共享效应	研究仅限于小鼠模型，结果需要进一步在人类患者中验证	测试免疫系统预处理是否调节ICIs的治疗效果	甲状腺乳头状癌（PTC）和碘加剧的甲状腺炎（IET）	NA	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	122只小鼠
170	2024-08-08	Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening 2022-12-20, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d2lc00888b PMID:36477690	研究论文	本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离（OPSI）系统，用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞	该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场，利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞，并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞，实现高纯度和高速度的单细胞分离	NA	开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法，适用于不同大小的细胞	细菌、酵母和人癌细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq	NA	图像	1至40微米大小的细胞
171	2024-08-08	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本文研究了线粒体功能障碍如何通过ALK5-SMAD2信号通路诱导小鼠视网膜血管发育迟缓和动静脉畸形	揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸形的新机制	NA	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三种突变小鼠的视网膜内皮细胞
172	2024-08-08	The establishment of COPD organoids to study host-pathogen interaction reveals enhanced viral fitness of SARS-CoV-2 in bronchi 2022-Dec-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35253-x PMID:36496442	研究论文	本文描述了从健康个体和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中建立鼻咽和支气管类器官的方法，并研究了宿主-病原体相互作用	首次建立了COPD类器官模型，用于研究宿主-病原体相互作用和新兴传染病	NA	研究COPD患者中宿主-病原体相互作用，特别是SARS-CoV-2在支气管中的复制能力	COPD患者的鼻咽和支气管类器官	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组学	类器官	细胞	健康个体和COPD患者的鼻咽和支气管类器官
173	2024-08-08	Rapid induction and long-term self-renewal of neural crest-derived ectodermal chondrogenic cells from hPSCs 2022-Dec-08, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00265-0 PMID:36477591	研究论文	本研究报道了从人多能干细胞（hPSCs）通过神经嵴（NC）诱导产生外胚层软骨细胞（ECCs）的双相过程，这些细胞能够长期自我更新并表达颅神经嵴来源的下颌髁软骨标志物	首次展示了ECCs能够长期自我更新，并在移植后形成类似下颌髁软骨的结构，为颅软骨损伤的细胞治疗提供了新的可能性	NA	开发一种新的细胞治疗方法，用于治疗颅软骨损伤	人多能干细胞（hPSCs）诱导产生的神经嵴来源的外胚层软骨细胞（ECCs）	干细胞研究	软骨损伤	NA	NA	细胞	NA
174	2024-08-08	Dysregulated thrombospondin 1 and miRNA-29a-3p in severe COVID-19 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-23533-x PMID:36481664	研究论文	研究通过分析外周血单个核细胞（PBMCs）的mRNA和micro-RNA表达谱，探讨了严重COVID-19患者中失调的基因表达情况	首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）和miRNA-29a-3p在严重COVID-19中的失调表达，并预测了它们与IL17RA mRNA 3'-非翻译区的结合	研究样本量较小，且仅基于RNA测序数据进行分析，缺乏功能验证实验	旨在阐明严重COVID-19患者中基因表达的失调机制	严重COVID-19患者的PBMCs	NA	COVID-19	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, micro-RNA测序	NA	mRNA, micro-RNA	5名COVID-19患者（2名严重，3名轻度）和3名健康对照
175	2024-08-08	A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25524-4 PMID:36481877	研究论文	本文提出了一种基于张量分解的无监督特征提取策略，用于整合多个独立研究中的基因表达谱，无需样本匹配或标签	该方法能够在没有样本匹配和共同标签的情况下，整合多个基因表达谱，并应用于阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	NA	开发一种新的方法来整合多个基因表达谱，以进行无监督的集成分析	多个独立研究中的基因表达谱，特别是阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	张量分解	无监督特征提取	基因表达谱	多个独立研究中的样本，具体数量未提及
176	2024-08-08	Transcriptomic changes underlying EGFR inhibitor resistance in human and mouse models of basal-like breast cancer 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25541-3 PMID:36482068	研究论文	本研究旨在识别表皮生长因子受体抑制剂（EGFRi）耐药性发展过程中基底样乳腺癌细胞的转录组变化，并识别在EGFRi耐药性发生后具有细胞毒性的药物。	研究发现了在EGFRi耐药性基底样乳腺癌中上调的五个基因（IL19, KLK7, LCN2, SAA1, SAA2），其中LCN2的敲除恢复了EGFRi敏感性。	研究未探讨这些基因签名在预测患者对EGFRi反应的实际应用，也未深入研究LCN2如何导致EGFRi耐药性的机制。	识别基底样乳腺癌细胞在EGFRi耐药性发展中的转录组变化及具有细胞毒性的药物。	基底样乳腺癌细胞及其对EGFRi的耐药性。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自基底样PDX WHIM2的乳腺肿瘤样本，并在免疫缺陷小鼠中进行了长期erlotinib治疗。
177	2024-08-08	The anterior gradient homologue 2 (AGR2) co-localises with the glucose-regulated protein 78 (GRP78) in cancer stem cells, and is critical for the survival and drug resistance of recurrent glioblastoma: in situ and in vitro analyses 2022-Dec-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-022-02814-5 PMID:36482387	研究论文	本文研究了前梯度同源物2（AGR2）和葡萄糖调节蛋白78（GRP78）在癌症干细胞中的共定位及其对复发性胶质母细胞瘤生存和药物抗性的影响。	首次探讨了AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用及其通过多种途径诱导细胞凋亡的机制。	NA	研究AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用。	AGR2和GRP78在癌症干细胞中的表达及其对胶质母细胞瘤细胞生存和药物抗性的影响。	数字病理学	脑肿瘤	免疫荧光、全外显子测序	NA	细胞	Jed66_GB和Jed41_GB复发性胶质母细胞瘤组织和细胞系
178	2024-08-08	An IGF1-expressing endometrial stromal cell population is associated with human decidualization 2022-12-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01483-0 PMID:36482461	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，探讨了IGF1+基质细胞在人类蜕膜化过程中的作用	发现了IGF1+基质细胞在启动蜕膜化中的独特作用，并开发了一个系统性的细胞间通讯数据库	NA	深入了解蜕膜化的分子和细胞特征，并为相关疾病的治疗提供平台	子宫内膜基质细胞和早期妊娠的蜕膜细胞	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
179	2024-08-08	Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors 2022-12-08, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-022-01585-1 PMID:36482488	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群，与ER阳性乳腺癌复发相关	发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群，并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性	NA	鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路	ER阳性乳腺癌干细胞样细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系
180	2024-08-08	Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients 2022-12-07, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02959-8 PMID:36476557	研究论文	研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义	首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低，并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联	NA	探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用	Sjögren's综合征患者的唾液腺	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, 免疫荧光检测	NA	RNA, 蛋白质	44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者