单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	Isolation of Nuclei from Flash-frozen Liver Tissue for Single-cell Multiomics 2022-12-09, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/64792 PMID:36571404	研究论文	本文介绍了一种从冷冻保存的肝脏组织中分离细胞核的稳健且可重复的协议	该方法能够产生高质量的细胞核，适用于下游单细胞组学方法，如单核RNA测序、转座酶可及染色质高通量测序（ATAC-seq）以及多模态组学（联合RNA-seq和ATAC-seq）	NA	研究肝脏在健康和疾病状态下的单细胞分辨率特征	从健康和疾病的人类、小鼠和非人类灵长类动物冷冻肝脏样本中分离的细胞核	数字病理学	NA	单核RNA测序、转座酶可及染色质高通量测序（ATAC-seq）	NA	细胞核	涉及健康和疾病的人类、小鼠和非人类灵长类动物的冷冻肝脏样本
122	2024-08-08	Improved Macrophage Enrichment from Mouse Skeletal Muscle 2022-Dec-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.4561 PMID:36561115	研究论文	本文详细描述了一种从年轻和老年小鼠骨骼肌中分离CD45/CD11b巨噬细胞富集细胞的优化方法	提出了一种新的方法来高效分离骨骼肌中的巨噬细胞，具有足够的纯度和产量，适用于各种下游分析	NA	研究骨骼肌中巨噬细胞的功能及其在骨骼肌老化中的作用	小鼠骨骼肌中的巨噬细胞	NA	NA	流式细胞术分析，荧光激活细胞分选(FACS)，单细胞RNA测序	NA	细胞	年轻和老年小鼠的骨骼肌巨噬细胞
123	2024-08-08	Multicenter dose-escalation Phase I trial of mitomycin C pressurized intraperitoneal aerosolized chemotherapy in combination with systemic chemotherapy for appendiceal and colorectal peritoneal metastases: rationale and design 2022-Dec, Pleura and peritoneum IF:1.4Q3 DOI:10.1515/pp-2022-0116 PMID:36560966	research paper	本研究旨在进行一项多中心剂量递增的I期试验，评估米托蒽醌加压腹腔内气雾化疗（MMC-PIPAC）与系统化疗（FOLFIRI）联合治疗阑尾癌或结直肠癌腹膜转移的效果	MMC-PIPAC是一种治疗腹膜转移的微创方法，本研究将探索其与系统化疗联合使用的推荐剂量和安全性	NA	确定MMC-PIPAC与FOLFIRI联合使用的推荐剂量，并评估其早期疗效信号	阑尾癌或结直肠癌腹膜转移患者	NA	colorectal cancer	PIPAC	NA	blood and tissue specimens	21名可评估患者
124	2024-08-08	Cellular features of localized microenvironments in human meniscal degeneration: a single-cell transcriptomic study 2022-12-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.79585 PMID:36548025	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法构建了健康和退化的人类半月板样本的细胞图谱，以探索半月板微环境的稳态及其在退化过程中的变化	研究发现了与退化相关的新型软骨细胞亚型，并提出了一个可能的退化机制模型	NA	揭示半月板退化的细胞机制	人类半月板的健康和退化样本	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个健康或退化的半月板样本，来自8名患者
125	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of immune cells in patients with acute gout 2022-12-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25871-2 PMID:36550178	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和生物信息学工具，分析了急性痛风患者血液和关节液中的免疫细胞亚群及其基因特征	首次详细描述了急性痛风患者血液和关节液中免疫细胞亚群的组成和相互作用	样本量较小，仅包括五名健康受试者和七名急性痛风患者	揭示痛风患者免疫细胞的分子和细胞学特征，为痛风治疗提供指导	急性痛风患者的血液和关节液中的免疫细胞亚群	数字病理学	痛风	单细胞RNA测序	NA	基因数据	五名健康受试者和七名急性痛风患者
126	2024-08-08	T-cell repertoire diversity: friend or foe for protective antitumor response? 2022-Dec-22, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02566-0 PMID:36550555	综述	本文综述了通过分析T细胞受体（TCR）库来研究自体和治疗诱导的抗肿瘤免疫反应的方法，并探讨了TCR库的多样性和克隆性与功能反应之间的关系	介绍了高通量下一代测序（NGS）和空间转录组学等技术突破，提供了对肿瘤免疫机制的深入见解	讨论了当前T细胞测序方法的优势和挑战	探讨TCR库的全球指标与功能反应之间的关系，以及特定TCR库对癌症患者预后或治疗反应的预测能力	T细胞受体库的多样性和克隆性	NA	NA	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	NA
127	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals core cell populations and androgen-RXFP2 axis involved in deer antler full regeneration 2022-Dec-21, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-022-00153-4 PMID:36542206	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了鹿角完全再生过程中的核心细胞群和雄激素-RXFP2轴的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了鹿角组织中的细胞组成和分子事件，并发现了雄激素-RXFP2轴在鹿角再生中的潜在作用	目前对鹿角组织细胞组成的详细解析仍不充分，且雄激素-RXFP2轴的具体作用机制尚需进一步研究	揭示鹿角完全再生过程中的细胞组成和分子机制	鹿角的完全再生过程及其相关细胞和分子机制	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及八种细胞类型和三种核心亚群的THY1细胞
128	2024-08-08	Robust generation of human-chambered cardiac organoids from pluripotent stem cells for improved modelling of cardiovascular diseases 2022-12-21, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-03215-1 PMID:36544188	研究论文	本文研究了从人类多能干细胞生成具有腔室结构的心脏类器官的过程，并探讨了其在心血管疾病模型中的应用	首次证明了心脏前体细胞数量对类器官腔室形成的重要性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏类器官随时间的成熟过程	NA	探索心脏类器官的形成机制及其在疾病模型和药物筛选中的应用	人类胚胎干细胞分化的心脏类器官	数字病理学	心血管疾病	定量PCR，单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	涉及第8天、第14天和第21天的心脏类器官样本
129	2024-08-08	Single-cell transcriptomics highlights immunological dysregulations of monocytes in the pathobiology of COPD 2022-Dec-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-022-02293-2 PMID:36539833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中巨噬细胞的免疫调节异常	发现了COPD中巨噬细胞在分子水平上的改变，以及这些改变如何促进COPD的发展	NA	探讨COPD的病理生物学机制，特别是与衰老和吸烟相关的免疫调节异常	COPD患者和年龄分层的对照组肺组织中的66,610个细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	共分析了110,931个细胞，包括9个个体的外部公开数据
130	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis reveals differential cell subpopulations and distinct phenotype transition in normal and dissected ascending aorta 2022-12-19, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-022-00584-4 PMID:36536281	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了正常和剥离升主动脉中的差异细胞亚群及独特的表型转变	发现了合成型血管平滑肌细胞的新标记物STEAP4，并提出了合成型血管平滑肌细胞可能通过CXCL12-CXCR4/ACKR3轴与中性粒细胞和成纤维细胞相互作用，从而恶化急性胸主动脉剥离进程的潜在机制	NA	研究正常和剥离升主动脉中的细胞亚群及其表型转变	正常和剥离升主动脉的细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括5名急性胸主动脉剥离患者和4名健康对照
131	2024-08-08	Integrated single-cell transcriptomics of cerebrospinal fluid cells in treatment-naïve multiple sclerosis 2022-Dec-19, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02667-9 PMID:36536441	研究论文	本文通过整合多个多发性硬化症（MS）患者早期复发缓解型（RRMS）的脑脊液（CSF）细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，提供了一个可搜索和交互的资源，以促进多样化的可视化和分析方法。	本文通过整合分析验证了MS患者CSF中细胞类型的多样性和B细胞的成熟，并提供了一个易于访问的数据资源。	并非所有研究中的改变在所有研究中都能复制。	旨在通过分析CSF细胞的单细胞转录组来识别与MS相关的变化，并提供一个交互式资源以促进数据的可访问性。	多发性硬化症（MS）患者的脑脊液（CSF）细胞。	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个MS患者早期复发缓解型（RRMS）的CSF细胞数据集
132	2024-08-08	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在阿尔茨海默病（AD）进展中，淀粉样β（Aβ）和tau病理如何协同调节小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理共同诱导的新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型，并揭示了Siglecs作为AD进展的生物标志物和潜在治疗靶点	NA	探讨Aβ和tau病理在AD进展中对小胶质细胞亚型的调控作用	小胶质细胞亚型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自展示Aβ和tau病理的小鼠的小胶质细胞亚型，以及来自人类额上回（SFG）和内嗅皮层（ERC）在不同Braak阶段的数据
133	2024-08-08	A Single-Cell Atlas of the Atherosclerotic Plaque in the Femoral Artery and the Heterogeneity in Macrophage Subtypes between Carotid and Femoral Atherosclerosis 2022-Dec-16, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd9120465 PMID:36547462	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了人股动脉粥样硬化斑块的细胞组成，并与颈动脉粥样硬化数据进行比较，揭示了股动脉和颈动脉在细胞水平上的异质性	首次通过单细胞测序技术绘制了股动脉粥样硬化斑块的单细胞图谱，并比较了股动脉和颈动脉在细胞组成上的差异	研究仅使用了一个股动脉样本，可能无法完全代表所有股动脉斑块的细胞组成	揭示股动脉粥样硬化斑块的细胞组成及其与颈动脉的异质性	人股动脉和颈动脉的粥样硬化斑块	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	一个股动脉样本和多个颈动脉样本
134	2024-08-08	The Impact of Stem/Progenitor Cells on Lymphangiogenesis in Vascular Disease 2022-12-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11244056 PMID:36552820	综述	本文综述了干细胞/祖细胞在淋巴管生成中的作用及其在血管疾病发展中的影响	利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入探讨了干细胞/祖细胞在淋巴管生成中的作用	NA	总结干细胞/祖细胞在淋巴血管生成中的多样性和整合，以及其在血管疾病发展中的影响，为未来研究提供合理指导	干细胞/祖细胞在淋巴管生成中的作用及其在血管疾病中的影响	NA	血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
135	2024-08-08	Integrated Analysis Revealed an Inflammatory Cancer-Associated Fibroblast-Based Subtypes with Promising Implications in Predicting the Prognosis and Immunotherapeutic Response of Bladder Cancer Patients 2022-Dec-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415970 PMID:36555612	研究论文	本研究通过整合分析揭示了与膀胱癌预后和免疫治疗反应相关的炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）亚型	开发了基于iCAFs的278个标记物的相关特征，并验证了其在预测膀胱癌患者预后和治疗反应中的稳健性	NA	研究iCAFs在膀胱癌中的功能角色及其对预后和免疫治疗反应的影响	膀胱癌患者的iCAFs及其相关分子亚型	数字病理学	膀胱癌	scRNA-seq	Seurat pipeline	RNA序列数据	519名膀胱癌患者的数据集
136	2024-08-08	Integrative Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unveils Novel Prognostic Biomarkers in Multiple Myeloma 2022-12-12, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12121855 PMID:36551283	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了多发性骨髓瘤（MM）的克隆进化特征并发现了新的预后标志物	首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据来识别MM中的新预后标志物，并揭示了细胞分化过程中的遗传异质性对MM预后的重要性	NA	探索多发性骨髓瘤的分子异质性及其对疾病生物学的影响，并寻找新的预后标志物	多发性骨髓瘤细胞的分化状态和预后标志物	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA序列数据	342个标记基因在两个具有不同分化状态的分支中被识别
137	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity in the Tumor Microenvironment between Young-Onset and Old-Onset Colorectal Cancer 2022-12-12, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12121860 PMID:36551288	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14个未经治疗的结直肠癌肿瘤样本，揭示了年轻发病型和老年发病型结直肠癌之间肿瘤微环境的异质性	首次详细比较了年轻发病型和老年发病型结直肠癌的肿瘤微环境差异，并揭示了恶性细胞在形成抑制性肿瘤免疫微环境中的重要作用	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性	探究年轻发病型和老年发病型结直肠癌之间肿瘤微环境的差异	年轻发病型和老年发病型结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	14个未经治疗的结直肠癌肿瘤样本
138	2024-08-08	Multiomics Analysis of a DNAH5-Mutated PCD Organoid Model Revealed the Key Role of the TGF-β/BMP and Notch Pathways in Epithelial Differentiation and the Immune Response in DNAH5-Mutated Patients 2022-12-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11244013 PMID:36552777	research paper	本文通过多组学分析和器官模型研究，揭示了DNAH5突变导致的原发性纤毛运动障碍（PCD）中TGF-β/BMP和Notch通路在表皮分化及免疫反应中的关键作用。	首次直接从DNAH5突变患者的支气管镜活检中建立了儿童PCD气道器官模型，并通过单细胞RNA测序和蛋白质组分析揭示了突变对纤毛功能和免疫反应的影响。	NA	研究DNAH5突变导致的PCD的遗传特征和发病机制。	DNAH5突变患者的气道器官模型及其纤毛功能和免疫反应。	digital pathology	primary ciliary dyskinesia	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和蛋白质组分析	NA	RNA和蛋白质	一个DNAH5突变患者的支气管镜活检样本
139	2024-08-08	Comparison of the Single-Cell Immune Landscape of Testudines from Different Habitats 2022-12-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11244023 PMID:36552787	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较了来自不同栖息地的龟类外周免疫细胞的组成、功能和分化轨迹	首次在龟类外周血液中识别出两种嗜碱性粒细胞亚型（GATA2-high-basophils和GATA2-low-basophils），并鉴定了特定类型的免疫细胞	NA	探究龟类对不同生态位免疫适应的机制	不同栖息地的龟类外周免疫细胞	生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多种龟类物种
140	2024-08-08	Activation of OSM-STAT3 Epigenetically Regulates Tumor-Promoting Transcriptional Programs in Cervical Cancer 2022-Dec-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246090 PMID:36551576	研究论文	本文研究了OSM-STAT3信号通路在宫颈癌中的表观遗传调控机制	首次揭示了OSM-STAT3轴通过表观遗传调控宫颈癌进展相关基因的机制	NA	探讨OSM-STAT3信号通路在宫颈癌中的表观遗传调控作用	宫颈癌	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq	NA	RNA, 染色质	三个独立的宫颈癌队列