单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 327 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-08 |
A prognostic risk prediction model based on ferroptosis-related long non-coding RNAs in bladder cancer: A bulk RNA-seq research and scRNA-seq validation
2022-Dec-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000032558
PMID:36595859
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研究论文 | 本文构建了一个基于铁死亡相关长非编码RNA（lncRNAs）的膀胱癌（BC）预后风险模型，以指导临床预后并识别潜在的治疗靶点。 | 首次构建了基于铁死亡相关lncRNAs的膀胱癌预后风险模型，并通过单细胞转录组测序进行验证。 | 研究样本量较小，仅涉及4名患者，可能影响模型的泛化能力。 | 构建一个基于铁死亡相关lncRNAs的膀胱癌预后风险模型，以指导临床预后和识别潜在治疗靶点。 | 膀胱癌患者的预后风险评估及潜在治疗靶点的识别。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq | Cox回归和最小绝对收缩与选择算子回归分析 | 转录组数据 | 4名接受根治性膀胱切除术的膀胱癌患者样本 |
| 102 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Interactions between Endometrial Stromal Cells, Epithelial Cells, and Lymphocytes during Mouse Embryo Implantation
2022-Dec-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24010213
PMID:36613656
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠胚胎植入过程中子宫内膜间质细胞、上皮细胞和淋巴细胞之间的相互作用 | 首次通过单细胞转录组学分析了小鼠胚胎植入阶段子宫内膜间质细胞的亚型及其在胚胎植入中的作用 | NA | 探究小鼠胚胎植入过程中子宫内膜间质细胞在调节接受性子宫内膜微环境中的作用 | 小鼠子宫内膜间质细胞、上皮细胞和淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 怀孕4.5天和5.5天的小鼠子宫植入和非植入部位的样本 |
| 103 | 2024-08-08 |
Simulation-based inference of differentiation trajectories from RNA velocity fields
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100359
PMID:36590685
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cytopath的方法，利用单细胞RNA速度信息进行轨迹推断 | Cytopath通过定义马尔可夫链模型，模拟可能的分化轨迹并构建共识轨迹，能够重现研究中分化过程的拓扑和分子特征 | 文章未明确提及局限性 | 开发一种新的方法来推断细胞分化轨迹 | 单细胞RNA测序实验中的分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫链模型 | RNA速度数据 | 包括不同拓扑结构的分化轨迹，涉及单次快照和时间序列的单细胞RNA测序实验 |
| 104 | 2024-08-08 |
In vitro-derived medium spiny neurons recapitulate human striatal development and complexity at single-cell resolution
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100367
PMID:36590694
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研究论文 | 本文开发了一种协议，通过调节细胞接种密度和特定形态发生素的暴露，从人类多能干细胞（PSCs）中生成真实且功能性的D1和D2型纹状体中型棘神经元（MSNs），并在25天内实现高度可重复的神经分化。 | 该研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）展示了生成的细胞在细胞类型组成、基因表达和信号通路方面能够模拟自然发育过程中的细胞命运获取步骤，并通过调节中基质蛋白途径提高了MSNs的产量。 | NA | 旨在理解影响纹状体的疾病并为不同神经系统疾病提供细胞替代疗法。 | 人类纹状体中型棘神经元（MSNs）。 | 干细胞工程 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 105 | 2024-08-08 |
Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854
PMID:36595885
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研究论文 | 本文描述了一种优化的协议，用于从术后分离的输尿管组织中生成、冷冻保存和解冻单细胞悬液，以及用于10x Genomics Visium空间基因表达平台的冷冻保存人输尿管组织的优化协议 | 提供了用于单细胞RNA测序和空间转录组学的输尿管组织处理和冷冻保存的优化协议 | NA | 研究人输尿管组织的细胞异质性，使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术 | 人输尿管组织的细胞类型、信号网络和潜在的细胞间交叉对话 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 106 | 2024-08-08 |
Generation of iPSC-based human-mouse microglial brain chimeras to study senescence of human microglia
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101847
PMID:36595906
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研究论文 | 本文提供了一个逐步协议，用于生成基于人诱导多能干细胞（hiPSC）的微胶质鼠脑嵌合体，并详细说明了病理性tau的脑内注射和从嵌合鼠脑中磁性细胞分离人微胶质细胞以进行单细胞RNA测序的步骤 | 本文提供了一种新的方法，通过生成hiPSC-based微胶质鼠脑嵌合体，来研究人微胶质细胞的衰老过程，这在体内研究中提供了前所未有的机会 | NA | 研究人微胶质细胞的衰老过程 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）和微胶质鼠脑嵌合体 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 107 | 2024-08-08 |
An optimized protocol to identify keratinocyte subpopulations in vitro by single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101906
PMID:36595953
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研究论文 | 本文描述了一种从新生儿包皮来源的正常人表皮角质形成细胞原代培养物中分离单细胞的优化方案，并使用单细胞RNA测序分析角质形成细胞亚群 | 该研究优化了细胞培养条件，以诱导角质形成细胞分化标记的表达，并使用了Fluidigm C1系统和Takara SMART-Seq v4 Ultra及Illumina Nextera XT试剂盒进行cDNA文库制备和RNA测序 | NA | 开发一种优化的单细胞RNA测序分析方法，用于识别体外培养的角质形成细胞亚群 | 正常人表皮角质形成细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生儿包皮来源的正常人表皮角质形成细胞 |
| 108 | 2024-08-08 |
An optimized protocol for the isolation of rare stromal cell populations from the mouse spleen
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101923
PMID:36595952
|
研究论文 | 本文介绍了一种优化的协议，用于从小鼠脾脏中分离和分析稀有的基质细胞群体，包括纤维母细胞网状细胞、血管周围细胞和胶质细胞 | 提出了一个优化的消化和富集步骤协议，适用于后续通过流式细胞术或单细胞RNA测序分析脾脏基质细胞 | NA | 开发和优化从小鼠脾脏中分离稀有基质细胞群体的方法 | 小鼠脾脏中的稀有基质细胞群体 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 109 | 2024-08-08 |
Insights into osteoarthritis development from single-cell RNA sequencing of subchondral bone
2022-12, RMD open
IF:5.1Q1
DOI:10.1136/rmdopen-2022-002617
PMID:36598005
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 110 | 2024-08-08 |
Macrophage GSK3β-deficiency inhibits the progression of hepatocellular carcinoma and enhances the sensitivity of anti-PD1 immunotherapy
2022-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005655
PMID:36600662
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞中GSK3β缺乏对肝细胞癌进展的影响及其对PD-1免疫治疗的敏感性增强作用 | 首次揭示了巨噬细胞GSK3β缺乏通过抑制M2表型来抑制肝细胞癌的发展，并通过减少PD-L1泛素化来增强PD-1免疫治疗的敏感性 | NA | 研究GSK3β在肿瘤相关巨噬细胞中的生物学功能及其对肝细胞癌的影响 | GSK3β在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及对肝细胞癌的影响 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 基因表达综合数据库(GEO)、免疫荧光、Western blot、共免疫沉淀、质谱分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠模型 |
| 111 | 2024-08-08 |
scAVENGERS: a genotype-based deconvolution of individuals in multiplexed single-cell ATAC-seq data without reference genotypes
2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac095
PMID:36601579
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scAVENGERS的新软件，用于基于基因型的单细胞ATAC-seq数据解卷积，无需参考基因型 | scAVENGERS通过调用更多个体特异性生殖系变异并使用优化的混合模型来解决scATAC-seq数据中每个变异较低的读取覆盖率问题 | NA | 开发一种新的软件工具，用于处理和分析单细胞ATAC-seq数据 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 混合模型 | 基因组数据 | 三个合成多重单细胞ATAC-seq数据集，包括外周血单个核细胞和前额叶皮质组织 |
| 112 | 2024-08-08 |
Benchmarking full-length transcript single cell mRNA sequencing protocols
2022-Dec-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-09014-5
PMID:36581800
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研究论文 | 本文评估了四种基于板的全长转录单细胞mRNA测序协议的性能 | 首次对四种不同板基单细胞RNA测序协议进行性能评估，特别是针对高基因检测灵敏度、样本间重复性和最小操作时间 | 仅评估了四种特定的板基单细胞RNA测序协议，未涉及其他类型的测序技术 | 评估不同单细胞mRNA测序协议在临床应用中的性能 | 四种基于板的单细胞RNA测序协议 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 113 | 2024-08-08 |
Lack of evidence for increased transcriptional noise in aged tissues
2022-12-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80380
PMID:36576247
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研究论文 | 本文通过开发新的计算工具和分析方法，研究了衰老组织中转录噪音的变化，并发现转录噪音的增加并非衰老的普遍特征 | 开发了新的计算工具和方法来量化衰老相关的转录噪音，并分析了细胞类型特异性的转录噪音变化 | 研究仅限于分析已有的单细胞RNA测序数据集，可能未能涵盖所有类型的组织和细胞 | 探究衰老组织中转录噪音的变化是否为衰老的基本特征 | 衰老组织中的转录噪音变化及细胞类型特异性的转录噪音变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 七个衰老数据集 |
| 114 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing revealed the liver heterogeneity between egg-laying duck and ceased-laying duck
2022-Dec-28, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-09089-0
PMID:36577943
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了产蛋期和停蛋期鸭肝脏细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了产蛋期和停蛋期鸭肝脏细胞的异质性，并发现了与产蛋和停蛋相关的特定基因表达模式 | NA | 探究产蛋期和停蛋期鸭肝脏的分子机制 | 产蛋期和停蛋期鸭的肝脏细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约20,000个单细胞 |
| 115 | 2024-08-08 |
Dissecting the fate of Foxl2-expressing cells in fetal ovary using lineage tracing and single-cell transcriptomics
2022-Dec-27, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00492-1
PMID:36575161
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学分析了胎儿卵巢中表达Foxl2的细胞的命运 | 首次揭示了Foxl2表达细胞在XX性腺中具有多能性，并且theca-interstitial细胞来源于不同的前体细胞 | NA | 研究胎儿卵巢中表达Foxl2的细胞在性分化后的命运 | 胎儿卵巢中表达Foxl2的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 116 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis identifies murine heart molecular features at embryonic and neonatal stages
2022-12-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35691-7
PMID:36575170
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research paper | 本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了小鼠心脏在胚胎早期到新生儿晚期的转录特征 | 首次全面捕捉了小鼠心脏发育过程中各阶段的转录组变化，填补了以往研究的空白 | NA | 研究小鼠心脏在胚胎和新生儿阶段的分子特征 | 小鼠心脏的转录组特征 | digital pathology | NA | single-cell sequencing | NA | transcriptomic data | 涉及小鼠心脏从早期胚胎到晚期新生儿的多个阶段 |
| 117 | 2024-08-08 |
Non-negative low-rank representation based on dictionary learning for single-cell RNA-sequencing data analysis
2022-Dec-23, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-09027-0
PMID:36564711
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研究论文 | 本文提出了一种基于字典学习的非负低秩表示方法（DLNLRR），用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型识别 | DLNLRR方法能够在优化过程中更新字典，实现字典学习和低秩表示学习的同时进行，并且不依赖于谱聚类算法，可以直接基于低秩矩阵进行聚类 | NA | 有效且准确地从大量细胞混合物中识别细胞集群 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩表示 | 数据矩阵 | 大量真实单细胞数据集 |
| 118 | 2024-08-08 |
Identification of cellular heterogeneity and key signaling pathways associated with vascular remodeling and calcification in young and old primate aortas based on single-cell analysis
2022-12-23, Aging
DOI:10.18632/aging.204442
PMID:36566020
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析年轻和老年猴主动脉中血管内皮细胞和平滑肌细胞的异质性，并识别与血管重塑和钙化相关的关键信号通路 | 识别了与血管重塑和钙化相关的新型内皮细胞亚群，并分析了随年龄变化的细胞通讯及相关的信号通路 | NA | 旨在理解血管壁细胞异质性及细胞亚群间通讯变化在衰老过程中的作用，以预防与年龄相关的心血管疾病 | 年轻和老年猴的主动脉 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 年轻和老年猴的主动脉样本 |
| 119 | 2024-08-08 |
Distance covariance entropy reveals primed states and bifurcation dynamics in single-cell RNA-Seq data
2022-Dec-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105709
PMID:36578319
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DICE的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的表达协变熵模式，以揭示细胞命运转变中的启动状态和分支动态 | DICE方法能够仅使用单细胞RNA-Seq数据预测多能启动状态及其调控因子，并在后续验证中使用单细胞表观基因组数据 | NA | 研究细胞命运转变过程，特别是启动状态和分支动态 | 单细胞RNA-Seq数据中的细胞命运转变 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-Seq数据 | NA |
| 120 | 2024-08-08 |
Downregulation of the Protein C Signaling System Is Associated with COVID-19 Hypercoagulability-A Single-Cell Transcriptomics Analysis
2022-12-09, Viruses
DOI:10.3390/v14122753
PMID:36560757
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了COVID-19患者肝脏、外周血单个核细胞和鼻上皮中蛋白C信号系统的表达变化，发现蛋白C及其下游信号级联成分在COVID-19患者中下调，可能与COVID-19的高凝状态有关。 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了COVID-19患者中蛋白C信号系统的表达变化，揭示了蛋白C在COVID-19高凝状态中的潜在机制作用。 | 研究样本仅来自COVID-19 Cell Atlas数据库，可能存在样本选择偏倚；未详细说明数据分析的具体方法和统计学意义。 | 探索COVID-19相关凝血病中蛋白C信号网络的潜在表达变化。 | COVID-19患者的肝脏、外周血单个核细胞和鼻上皮。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | COVID-19患者和健康个体的单细胞RNA测序数据 |