单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-07	A human fetal lung cell atlas uncovers proximal-distal gradients of differentiation and key regulators of epithelial fates 2022-Dec-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.005 PMID:36493756	research paper	本文通过结合单细胞RNA和ATAC测序、高通量空间转录组学和单细胞成像，呈现了一个人类胎儿肺发育的多组学细胞图谱。	本文识别了所有肺部细胞区室中先前未被表征的细胞状态，包括与人类小细胞肺癌相关的新型神经内分泌细胞亚型。	NA	揭示人类胎儿肺发育过程中的细胞分化梯度和关键调控因子。	人类胎儿肺部的上皮细胞、间质细胞、内皮细胞和红细胞/白细胞区室。	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序、ATAC测序、高通量空间转录组学	NA	细胞图谱数据	从5-22周的胎儿肺部样本
82	2024-08-07	The vascular phenotype of BPD: new basic science insights-new precision medicine approaches 2022-Dec-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-022-02428-7 PMID:36550351	研究论文	本文探讨了支气管肺发育不良（BPD）的血管表型，并提出了基于细胞和微小RNA的精准医疗方法	利用单细胞RNA测序技术深入研究了BPD-PH中发育性内皮细胞耗竭，并提出了基于外泌体和微小RNA的治疗策略	需要更多关于中断通路、干预时机和递送方式的研究	探索BPD中血管表型的分子机制，并开发新的治疗策略	BPD患儿的肺血管发育和肺动脉高压	生物医学	新生儿疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
83	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analyses: interference by the genes that encode the B-cell and T-cell receptors 2022-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac044 PMID:36473726	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中B细胞和T细胞受体编码基因对无监督聚类和下游分析的影响	首次系统分析了包含与排除B细胞和T细胞受体编码基因对单细胞RNA测序数据分析的影响	仅限于B细胞和T细胞的研究，未涉及其他细胞类型	探讨B细胞和T细胞受体编码基因在单细胞RNA测序中的作用	B细胞和T细胞	基因组学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
84	2024-08-07	Langerhans cells are essential components of the angiogenic niche during murine skin repair 2022-12-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.012 PMID:36493773	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的早期血管生成微环境，揭示朗格汉斯细胞在皮肤修复中的血管生成作用	首次揭示朗格汉斯细胞在皮肤修复中的血管生成作用，扩展了其在抗原呈递和T细胞免疫之外的功能	NA	研究朗格汉斯细胞在小鼠皮肤修复中的血管生成作用	小鼠皮肤伤口愈合过程中的朗格汉斯细胞和血管生成	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠皮肤伤口样本
85	2024-08-07	Notch-dependent cooperativity between myeloid lineages promotes Langerhans cell histiocytosis pathology 2022-12-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add3330 PMID:36525505	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和蛋白质分析技术，探讨了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）的病理机制，揭示了LCH细胞的异质性及其与正常单核吞噬细胞的区别	发现了LCH的两个主要谱系，即DC2和DC3/单核细胞样表型，并验证了它们在多个病理组织位点的存在；揭示了Notch依赖的DC2和DC3/单核细胞谱系之间的协同作用	未详细说明Notch依赖的协同作用的具体机制	探讨LCH的病理机制及其细胞来源	朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）及其细胞谱系	NA	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序，蛋白质分析，高含量成像	NA	RNA-seq数据，蛋白质数据	多个病理组织位点的样本
86	2024-08-07	Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.001 PMID:36423636	研究论文	研究通过分析超过270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，探索肾癌肿瘤内部及周围区域的细胞相互作用和微环境特征	首次通过单细胞RNA测序数据进行从头突变调用，推断基质细胞的克隆性并追踪髓系细胞的发育	NA	理解肿瘤行为与癌细胞及其多细胞相互作用的关系	肾癌患者的肿瘤核心、肿瘤-正常组织界面、周围正常组织及外周血的组织样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，来自12名患者
87	2024-08-07	Long read single cell RNA sequencing reveals the isoform diversity of Plasmodium vivax transcripts 2022-12, PLoS neglected tropical diseases IF:3.4Q1 DOI:10.1371/journal.pntd.0010991 PMID:36525464	研究论文	本研究利用Pacific Biosciences化学方法对单细胞寄生虫进行scRNA-seq库测序，以表征全长Plasmodium vivax转录本	首次使用长读长测序技术在单细胞水平上表征Plasmodium vivax的转录本多样性	NA	旨在揭示Plasmodium vivax转录本的异构体多样性	Plasmodium vivax转录本的异构体多样性	测序技术	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Pacific Biosciences（PacBio）化学	NA	转录组数据	多个单细胞寄生虫样本
88	2024-08-07	Human B-cell subset identification and changes in inflammatory diseases 2022-12-31, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxac104 PMID:36617261	综述	本文综述了人类血液中B细胞亚群的识别及其在炎症疾病中的变化	利用高维表型工具如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了先前被认为是均质的B细胞群体的异质性	关于B细胞亚群的识别和命名仍存在不确定性和研究间的差异	探讨人类血液中常见的B细胞亚群及其在炎症和自身免疫疾病中的频率和功能变化	人类血液中的B细胞亚群及其在炎症疾病中的变化	NA	炎症疾病	质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
89	2024-08-07	Titration of 124 antibodies using CITE-Seq on human PBMCs 2022-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-24371-7 PMID:36460735	研究论文	研究使用CITE-Seq技术在人外周血单个核细胞（PBMCs）上滴定124种抗体的最佳浓度	首次系统地评估了188种CITE-Seq抗体在PBMCs上的检测能力，并找到了最佳的染色浓度	研究仅限于人外周血单个核细胞，未涉及其他细胞类型	确定哪些CITE-Seq抗体能在PBMCs上检测到其抗原，并找到最佳的染色浓度	188种CITE-Seq抗体及其在PBMCs上的检测能力	单细胞测序	NA	CITE-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	人外周血单个核细胞（PBMCs）
90	2024-08-07	An extensive bioinformatics study on the role of mitochondrial solute carrier family 25 in PC and its mechanism behind affecting immune infiltration and tumor energy metabolism 2022-12-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03756-2 PMID:36514121	研究论文	本研究通过lasso方法构建了一个基于SLC25A成员的胰腺癌（PC）新型预后风险模型，并探讨了其在肿瘤免疫学和能量代谢中的作用	首次构建了基于SLC25A成员的胰腺癌预后风险模型，并揭示了SLC25A11、SLC25A29和SLC25A44在肿瘤能量代谢和免疫浸润中的作用	NA	探讨线粒体溶质载体家族25（SLC25A）成员在胰腺癌中的生物学作用及其影响免疫浸润和肿瘤能量代谢的机制	SLC25A成员在胰腺癌中的作用及其机制	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	lasso方法	基因表达数据	NA
91	2024-08-07	Cancer immunotherapies transition endothelial cells into HEVs that generate TCF1+ T lymphocyte niches through a feed-forward loop 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.002 PMID:36423635	研究论文	本文通过单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱和功能性多重免疫分析，展示了抗血管生成免疫调节疗法如何通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导诱导后毛细血管静脉向炎症性高内皮小静脉（HEVs）的转分化	本文首次揭示了肿瘤HEVs通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导促进肿瘤内淋巴细胞流入和形成允许性淋巴细胞微环境的新机制	本文未详细探讨肿瘤HEVs在不同类型癌症中的普遍性和具体作用机制	探讨肿瘤相关三级淋巴样结构（TA-TLLSs）的形成机制及其在免疫治疗中的作用	肿瘤内皮细胞、淋巴细胞及其相互作用	免疫学	癌症	单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱、功能性多重免疫分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
92	2024-08-07	Single-cell analysis reveals nanosecond pulsed electric field ablation induced myeloid cells remodeling in pancreatic cancer 2022-Dec, Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.bioelechem.2022.108266 PMID:36179391	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了纳米秒脉冲电场（nsPEF）处理后胰腺癌小鼠模型中骨髓细胞的表型和功能变化	首次详细描述了nsPEF处理对胰腺癌中肿瘤浸润性骨髓细胞的重组作用	NA	探究nsPEF治疗对胰腺癌中骨髓细胞的影响及其对肿瘤免疫的调控作用	胰腺癌小鼠模型中的骨髓细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	Panc02胰腺癌小鼠模型
93	2024-08-07	IRF1 expression might be a biomarker of CD8+ T cell infiltration in cutaneous melanoma 2022-12, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2022.2141228 PMID:36300336	研究论文	本研究旨在探讨皮肤黑色素瘤中干扰素调节因子（IRF）基因的表达模式及其与CD8+ T细胞浸润的关联，以及在黑色素瘤和非黑色素瘤细胞中的潜在调控网络	发现IRF1表达与CD8+ T细胞浸润的强关联，并识别出四个关键的CpG位点可能调控IRF1的转录	NA	探索皮肤黑色素瘤中IRF基因的表达与CD8+ T细胞浸润的关系及其调控网络	皮肤黑色素瘤中的IRF基因表达及CD8+ T细胞浸润	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA Pan-Cancer、GTEx项目、Human Protein Atlas和Jerby-Arnon et al. 2018的数据集
94	2024-08-07	Manifold Interpolating Optimal-Transport Flows for Trajectory Inference 2022-Dec, Advances in neural information processing systems PMID:37397786	研究论文	本文介绍了一种名为Manifold Interpolating Optimal-Transport Flow (MIOFlow)的方法，用于从间断时间点采集的静态样本中学习随机连续的群体动态变化	MIOFlow结合了动态模型、流形学习和最优传输，通过训练神经常微分方程(Neural ODE)来插值静态群体快照，并受到带有流形地面距离的最优传输的惩罚。此外，通过在称为测地线自动编码器(GAE)的自动编码器的潜在空间中操作，确保流遵循几何结构	NA	开发一种新的方法来学习从静态样本中推断群体动态变化	群体动态变化	机器学习	NA	神经常微分方程(Neural ODE)	自动编码器	数据	模拟数据和scRNA-seq数据
95	2024-08-08	Assessment of Fibrinogen-like 2 (FGL2) in Human Chronic Kidney Disease through Transcriptomics Data Analysis 2022-12-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010089 PMID:36671474	研究论文	本研究通过转录组数据分析评估了纤维蛋白原样蛋白2（FGL2）在人类慢性肾脏疾病（CKD）中的表达及其与疾病结果的关联	首次在人类CKD中评估FGL2的表达，并探讨了其与肾脏纤维化和疾病进展的关系	研究主要基于转录组数据和免疫组织化学分析，可能需要进一步的体内实验验证	评估FGL2在人类CKD中的表达及其与疾病结果的关联	FGL2在CKD患者肾脏中的表达及其与疾病进展的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个独立的CKD队列（NEPTUNE和Innsbruck CKD队列）以及13个人类CKD转录组数据集
96	2024-08-08	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Molecular Characterization of the Immune Microenvironment in Acute Pancreatitis 2022-12-30, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010078 PMID:36671463	研究论文	本研究首次整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，揭示了急性胰腺炎（AP）中免疫微环境的分子特征	首次使用scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据展示AP中免疫细胞浸润的特征，并探索不同细胞类型的特定分子标记	NA	揭示急性胰腺炎中免疫微环境的分子特征和细胞间相互作用网络	急性胰腺炎中的免疫细胞浸润和细胞间通信网络	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
97	2024-08-08	GAGAM v1.2: An Improvement on Peak Labeling and Genomic Annotated Gene Activity Matrix Construction 2022-12-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14010115 PMID:36672856	研究论文	本文介绍了GAGAM v1.2，一个改进版的基因组注释基因活性矩阵，旨在通过功能注释将峰值与基因关联，提高单细胞ATAC-seq数据的可解释性和信息量。	提出了一种改进的基因组注释基因活性矩阵（GAGAM）概念，通过标记峰值并将其与基因通过全基因组功能注释关联，使得不同数据集可比较，并能关联基因的可访问性和表达。	NA	改进基因活性矩阵的概念，使其能更好地处理和解释单细胞ATAC-seq数据，并能与单细胞RNA测序数据进行比较。	单细胞ATAC-seq数据的可解释性和信息量，以及与单细胞RNA测序数据的比较。	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	基因活性矩阵（GAM）	基因组数据	数千个细胞
98	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis of H5N1-HA-Stimulated Alpaca PBMCs 2022-12-28, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010060 PMID:36671445	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了H5N1病毒HA抗原刺激下的羊驼外周血单个核细胞的免疫反应	首次在单细胞水平上研究了羊驼外周血单个核细胞对H5N1病毒HA抗原的特异性免疫动态	NA	旨在了解羊驼对抗病毒的免疫系统，并促进在骆驼科动物中开发更有效的疫苗和抗体	羊驼外周血单个核细胞在H5N1病毒HA抗原刺激下的免疫反应	数字病理学	禽流感	单细胞测序技术（scRNA-seq）	NA	转录组	一个羊驼的外周血单个核细胞
99	2024-08-08	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Ovarian Development 2022-12-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010047 PMID:36671432	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢发育中的应用	scRNA-seq技术在分析复杂组织中的单个细胞、分类细胞类型、表征单细胞、描绘细胞发育轨迹以及研究细胞间相互作用方面具有显著优势	NA	提高对卵巢细胞特征和发育的理解，从而识别卵巢相关疾病的新治疗靶点	卵巢中的不同细胞亚群及其发育过程和细胞间通信	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
100	2024-08-08	Development and validation of a prognostic model and gene co-expression networks for breast carcinoma based on scRNA-seq and bulk-seq data 2022-Dec, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-22-5684 PMID:36660733	研究论文	本文开发并验证了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序数据的前列腺癌预后模型和基因共表达网络	利用scRNA-seq技术研究复杂肿瘤微环境中的细胞变化，构建了单细胞分辨率的基因共表达网络，并开发了一个可靠的预测模型	NA	研究前列腺癌进展中的转录组学和基因共表达网络，并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	前列腺癌的恶性上皮细胞和基因共表达网络	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox	基因表达数据	58个样本的scRNA-seq数据，超过300个已发表的转录组学数据集和31个CRISPR筛选数据集