单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-07	Cancer immunotherapies transition endothelial cells into HEVs that generate TCF1+ T lymphocyte niches through a feed-forward loop 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.002 PMID:36423635	研究论文	本文通过单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱和功能性多重免疫分析，展示了抗血管生成免疫调节疗法如何通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导诱导后毛细血管静脉向炎症性高内皮小静脉（HEVs）的转分化	本文首次揭示了肿瘤HEVs通过淋巴毒素/淋巴毒素β受体信号传导促进肿瘤内淋巴细胞流入和形成允许性淋巴细胞微环境的新机制	本文未详细探讨肿瘤HEVs在不同类型癌症中的普遍性和具体作用机制	探讨肿瘤相关三级淋巴样结构（TA-TLLSs）的形成机制及其在免疫治疗中的作用	肿瘤内皮细胞、淋巴细胞及其相互作用	免疫学	癌症	单细胞转录组学、内皮细胞命运图谱、功能性多重免疫分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
82	2024-08-07	Single-cell analysis reveals nanosecond pulsed electric field ablation induced myeloid cells remodeling in pancreatic cancer 2022-Dec, Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.bioelechem.2022.108266 PMID:36179391	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了纳米秒脉冲电场（nsPEF）处理后胰腺癌小鼠模型中骨髓细胞的表型和功能变化	首次详细描述了nsPEF处理对胰腺癌中肿瘤浸润性骨髓细胞的重组作用	NA	探究nsPEF治疗对胰腺癌中骨髓细胞的影响及其对肿瘤免疫的调控作用	胰腺癌小鼠模型中的骨髓细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	Panc02胰腺癌小鼠模型
83	2024-08-07	IRF1 expression might be a biomarker of CD8+ T cell infiltration in cutaneous melanoma 2022-12, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2022.2141228 PMID:36300336	研究论文	本研究旨在探讨皮肤黑色素瘤中干扰素调节因子（IRF）基因的表达模式及其与CD8+ T细胞浸润的关联，以及在黑色素瘤和非黑色素瘤细胞中的潜在调控网络	发现IRF1表达与CD8+ T细胞浸润的强关联，并识别出四个关键的CpG位点可能调控IRF1的转录	NA	探索皮肤黑色素瘤中IRF基因的表达与CD8+ T细胞浸润的关系及其调控网络	皮肤黑色素瘤中的IRF基因表达及CD8+ T细胞浸润	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA Pan-Cancer、GTEx项目、Human Protein Atlas和Jerby-Arnon et al. 2018的数据集
84	2024-08-07	Manifold Interpolating Optimal-Transport Flows for Trajectory Inference 2022-Dec, Advances in neural information processing systems PMID:37397786	研究论文	本文介绍了一种名为Manifold Interpolating Optimal-Transport Flow (MIOFlow)的方法，用于从间断时间点采集的静态样本中学习随机连续的群体动态变化	MIOFlow结合了动态模型、流形学习和最优传输，通过训练神经常微分方程(Neural ODE)来插值静态群体快照，并受到带有流形地面距离的最优传输的惩罚。此外，通过在称为测地线自动编码器(GAE)的自动编码器的潜在空间中操作，确保流遵循几何结构	NA	开发一种新的方法来学习从静态样本中推断群体动态变化	群体动态变化	机器学习	NA	神经常微分方程(Neural ODE)	自动编码器	数据	模拟数据和scRNA-seq数据
85	2024-08-08	Assessment of Fibrinogen-like 2 (FGL2) in Human Chronic Kidney Disease through Transcriptomics Data Analysis 2022-12-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010089 PMID:36671474	研究论文	本研究通过转录组数据分析评估了纤维蛋白原样蛋白2（FGL2）在人类慢性肾脏疾病（CKD）中的表达及其与疾病结果的关联	首次在人类CKD中评估FGL2的表达，并探讨了其与肾脏纤维化和疾病进展的关系	研究主要基于转录组数据和免疫组织化学分析，可能需要进一步的体内实验验证	评估FGL2在人类CKD中的表达及其与疾病结果的关联	FGL2在CKD患者肾脏中的表达及其与疾病进展的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个独立的CKD队列（NEPTUNE和Innsbruck CKD队列）以及13个人类CKD转录组数据集
86	2024-08-08	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Molecular Characterization of the Immune Microenvironment in Acute Pancreatitis 2022-12-30, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010078 PMID:36671463	研究论文	本研究首次整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，揭示了急性胰腺炎（AP）中免疫微环境的分子特征	首次使用scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据展示AP中免疫细胞浸润的特征，并探索不同细胞类型的特定分子标记	NA	揭示急性胰腺炎中免疫微环境的分子特征和细胞间相互作用网络	急性胰腺炎中的免疫细胞浸润和细胞间通信网络	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
87	2024-08-08	GAGAM v1.2: An Improvement on Peak Labeling and Genomic Annotated Gene Activity Matrix Construction 2022-12-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes14010115 PMID:36672856	研究论文	本文介绍了GAGAM v1.2，一个改进版的基因组注释基因活性矩阵，旨在通过功能注释将峰值与基因关联，提高单细胞ATAC-seq数据的可解释性和信息量。	提出了一种改进的基因组注释基因活性矩阵（GAGAM）概念，通过标记峰值并将其与基因通过全基因组功能注释关联，使得不同数据集可比较，并能关联基因的可访问性和表达。	NA	改进基因活性矩阵的概念，使其能更好地处理和解释单细胞ATAC-seq数据，并能与单细胞RNA测序数据进行比较。	单细胞ATAC-seq数据的可解释性和信息量，以及与单细胞RNA测序数据的比较。	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	基因活性矩阵（GAM）	基因组数据	数千个细胞
88	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis of H5N1-HA-Stimulated Alpaca PBMCs 2022-12-28, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010060 PMID:36671445	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了H5N1病毒HA抗原刺激下的羊驼外周血单个核细胞的免疫反应	首次在单细胞水平上研究了羊驼外周血单个核细胞对H5N1病毒HA抗原的特异性免疫动态	NA	旨在了解羊驼对抗病毒的免疫系统，并促进在骆驼科动物中开发更有效的疫苗和抗体	羊驼外周血单个核细胞在H5N1病毒HA抗原刺激下的免疫反应	数字病理学	禽流感	单细胞测序技术（scRNA-seq）	NA	转录组	一个羊驼的外周血单个核细胞
89	2024-08-08	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Ovarian Development 2022-12-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13010047 PMID:36671432	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢发育中的应用	scRNA-seq技术在分析复杂组织中的单个细胞、分类细胞类型、表征单细胞、描绘细胞发育轨迹以及研究细胞间相互作用方面具有显著优势	NA	提高对卵巢细胞特征和发育的理解，从而识别卵巢相关疾病的新治疗靶点	卵巢中的不同细胞亚群及其发育过程和细胞间通信	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
90	2024-08-08	Development and validation of a prognostic model and gene co-expression networks for breast carcinoma based on scRNA-seq and bulk-seq data 2022-Dec, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-22-5684 PMID:36660733	研究论文	本文开发并验证了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序数据的前列腺癌预后模型和基因共表达网络	利用scRNA-seq技术研究复杂肿瘤微环境中的细胞变化，构建了单细胞分辨率的基因共表达网络，并开发了一个可靠的预测模型	NA	研究前列腺癌进展中的转录组学和基因共表达网络，并寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	前列腺癌的恶性上皮细胞和基因共表达网络	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox	基因表达数据	58个样本的scRNA-seq数据，超过300个已发表的转录组学数据集和31个CRISPR筛选数据集
91	2024-08-08	Integrative multi-omic analysis of radiation-induced skin injury reveals the alteration of fatty acid metabolism in early response of ionizing radiation 2022-Dec, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2023.01.001 PMID:36639278	研究论文	本研究通过综合多组学分析，探讨了电离辐射诱导的皮肤损伤早期反应中的分子事件及其机制	首次揭示了电离辐射早期反应中皮肤脂肪酸代谢的改变，并详细研究了ACADVL在脂肪酸代谢中的重要作用	NA	研究电离辐射对皮肤组织的早期分子反应及其机制	小鼠、大鼠的皮肤组织以及人类角质形成细胞和皮肤成纤维细胞	代谢组学	辐射损伤	液相色谱-质谱联用(LC-MS)、mRNA测序(mRNA-Seq)、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	代谢物、基因表达数据	涉及小鼠、大鼠、猴子以及人类样本
92	2024-08-08	Single-cell transcriptomics and network pharmacology reveal therapeutic targets of Jianpi Yiqi Bugan Yishen decoction in immune cell subsets of children with myasthenia gravis 2022-Dec, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-22-593 PMID:36643680	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和网络药理学方法，揭示了健脾益气补肝益肾汤在治疗儿童重症肌无力中的作用机制及其活性成分和潜在治疗靶点	本研究首次结合单细胞转录组学和网络药理学方法，探讨了健脾益气补肝益肾汤在儿童重症肌无力治疗中的作用机制和潜在靶点	NA	探索健脾益气补肝益肾汤治疗儿童重症肌无力的作用机制，并评估其活性成分和潜在治疗靶点	儿童重症肌无力的免疫细胞亚群及健脾益气补肝益肾汤的作用机制	数字病理学	神经肌肉疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	20只Lewis大鼠
93	2024-08-08	Correlation between oncogene integrator complex subunit 7 and a poor prognosis in lung adenocarcinoma 2022-Dec, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-22-1533 PMID:36647477	research paper	研究整合子复合体亚单位7（INTS7）在肺腺癌（LUAD）中的临床意义及其对细胞行为的影响	首次探讨了INTS7在肺腺癌中的表达与患者预后的关系，并验证了INTS7作为治疗靶点和预后标志物的潜力	研究主要基于公开数据集和细胞实验，未来需要更多临床样本验证	探讨INTS7在肺腺癌中的临床意义及其对细胞行为的影响	肺腺癌组织、细胞系及患者预后	digital pathology	lung cancer	单细胞测序	NA	RNA	包括33种癌症类型的数据集及肺腺癌细胞系
94	2024-08-08	The Enrichment of Specific Hair Follicle-Associated Cell Populations in Plucked Hairs Offers an Opportunity to Study Gene Expression Underlying Hair Traits 2022-Dec-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24010561 PMID:36614000	研究论文	本研究通过比较马的拔毛和皮肤活检样本的RNA-seq结果，探讨了不同样本收集方法对特定细胞群基因表达的影响	首次比较了非侵入性的拔毛和侵入性的皮肤活检样本收集方法在细胞类型富集方面的差异	NA	探讨不同样本收集方法对特定细胞群基因表达的影响	马的拔毛和皮肤活检样本	基因表达研究	NA	RNA-seq	NA	RNA	NA
95	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Unveils the Dedifferentiation Mechanism of Lung Adenocarcinoma Stem Cells 2022-Dec-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24010482 PMID:36613925	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了肺腺癌干细胞的去分化机制	首次通过单细胞RNA测序技术探索肺腺癌干细胞的转录组特征，并识别出与去分化相关的关键转录因子和特定标记物	研究仅基于PC-9细胞系，可能需要进一步在更多样品中验证结果	揭示肺腺癌干细胞的特性及其分子机制，为开发新的治疗策略提供见解	肺腺癌干细胞（LCSCs）及其去分化机制	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	7320个肺腺癌干细胞
96	2024-08-08	Deciphering Tumour Microenvironment of Liver Cancer through Deconvolution of Bulk RNA-Seq Data with Single-Cell Atlas 2022-Dec-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15010153 PMID:36612149	研究论文	本研究通过使用单细胞RNA测序图谱对批量RNA测序数据进行反卷积，解析了肝癌的肿瘤微环境	利用反卷积算法处理批量RNA测序数据，减少了对单细胞RNA测序数据集的需求，从而降低了成本	NA	旨在理解肝癌的肿瘤微环境，为精准治疗提供依据	肝癌的肿瘤微环境及其细胞组成	数字病理学	肝癌	RNA测序	Cibersortx	RNA测序数据	使用了八个RNA测序和一个微阵列数据集
97	2024-08-08	SPOC domain-containing protein 1 regulates the proliferation and apoptosis of human spermatogonial stem cells through adenylate kinase 4 2022-Dec-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v14.i12.822 PMID:36619695	research paper	研究SPOC域包含蛋白1（SPOCD1）在人类精原干细胞（SSCs）增殖和凋亡中的作用及机制	首次揭示了SPOCD1通过调控腺苷酸激酶4（AK4）影响人类精原干细胞的增殖和凋亡	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨SPOCD1在人类精原干细胞增殖中的作用及其机制	人类精原干细胞（SSCs）	NA	male infertility	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	涉及非阻塞性无精症（NOA）患者的样本
98	2024-08-08	Human Placental Endothelial Cell and Trophoblast Heterogeneity and Differentiation Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2022-12-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12010087 PMID:36611882	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类胎盘中内皮细胞和滋养层细胞的异质性和分化	本研究首次提供了妊娠6至16周人类胎盘的高分辨率分子图谱，揭示了胎盘细胞的复杂性及其在早期妊娠中的转录网络和信号传导	NA	深入理解胎盘行为并改善妊娠结局	人类胎盘中的内皮细胞和滋养层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自11名正常妊娠患者的胎盘绒毛组织
99	2024-08-08	Transcriptomic Profiles of Normal Pituitary Cells and Pituitary Neuroendocrine Tumor Cells 2022-Dec-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15010110 PMID:36612109	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常垂体细胞和垂体神经内分泌肿瘤细胞的转录组特征	本文揭示了正常垂体发育过程中的转录因子表达模式，并比较了垂体神经内分泌肿瘤与正常垂体在转录因子表达上的异同	NA	旨在理解垂体神经内分泌肿瘤的综合多组学特征，以开发基于分子特征的治疗方法	正常垂体细胞和垂体神经内分泌肿瘤细胞	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
100	2024-08-08	Breast cancer combined prognostic model based on lactate metabolism genes 2022-Dec-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000032485 PMID:36595824	研究论文	研究乳酸代谢基因、乳酸代谢相关基因（LMRG）和免疫浸润细胞对乳腺癌预后的影响	提出了一个结合乳酸代谢相关基因和免疫浸润细胞的乳腺癌预后模型，该模型在多个验证队列中显示出0.7至0.8的曲线下面积，优于单一模型	NA	评估乳酸代谢相关基因和免疫浸润细胞在乳腺癌预后中的作用	乳酸代谢基因、乳酸代谢相关基因（LMRG）和免疫浸润细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、CIBERSORT方法	cox回归、最小绝对选择算子	基因数据	使用GSE20685数据集作为外部验证队列