单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-05	The Vasculature in Pulmonary Fibrosis 2022-Dec, Current tissue microenvironment reports DOI:10.1007/s43152-022-00040-9 PMID:36712832	review	本文回顾了特发性肺纤维化（IPF）中血管的变化及其对纤维化病理生理的影响	此文通过单细胞RNA测序的进展，更好地表征了肺内皮细胞类型，并识别了IPF患者的血管变化	需要更多的研究来进一步定义这些血管变化的功能角色	研究血管在特发性肺纤维化中的作用及其变化	特发性肺纤维化患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	组织	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织
62	2024-08-05	Multiplex immunofluorescence-guided laser capture microdissection for spatial transcriptomics of metastatic melanoma tissues 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101698 PMID:36149794	研究论文	本文描述了一种优化和简化的多重免疫荧光引导的激光捕获显微切割流程	这一流程能够基于细胞表型和组织定位收集个体细胞以进行转录组分析	该方法主要描述于黑色素瘤组织的应用，尽管也适用于其他类型的组织	研究该流程在转录组分析中的应用	研究对象包括CD3+ T细胞、CD14+单核细胞/巨噬细胞和黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	下一代RNA测序	NA	转录组	非解离的转移性黑色素瘤组织中的细胞
63	2024-08-05	LDL delivery of microbial small RNAs drives atherosclerosis through macrophage TLR8 2022-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-01030-7 PMID:36474072	研究论文	本研究表明微生物小RNA（msRNA）通过低密度脂蛋白（LDL）驱动促炎性巨噬细胞极化和细胞因子分泌。	确定了LDL-msRNA作为动脉粥样硬化相关炎症的诱因，揭示了LDL在胆固醇运输之外的其他功能。	NA	研究微生物小RNA在动脉粥样硬化中通过巨噬细胞TLR8的作用机制。	聚焦于巨噬细胞表型及其在动脉粥样硬化病理中的作用。	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	小鼠模型	NA	小鼠模型中的不同动脉粥样硬化模型
64	2024-08-05	Determination of the nanoparticle- and cell-specific toxicological mechanisms in 3D liver spheroids using scRNAseq analysis 2022-Dec, Nano today IF:13.2Q1 DOI:10.1016/j.nantod.2022.101652 PMID:36911538	研究论文	本研究探讨了纳米颗粒在3D肝脏类球体中对肝细胞的毒理学机制	使用单细胞RNA测序(scRNAseq)分析不同纳米材料对肝细胞和库普弗细胞的特异性毒性反应	未提及具体的局限性	研究纳米颗粒对肝细胞的影响及其毒理学机制	3D肝脏类球体中的肝细胞和库普弗细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	三种不同材料成分的体外3D肝脏类球体模型
65	2024-08-07	The challenges and opportunities of scRNA-seq in COVID-19 research and clinical translation 2022-12-15, Virology journal IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s12985-022-01923-x PMID:36522785	评论	本文讨论了单细胞RNA测序在COVID-19研究中的应用，以及其在加速基础研究和治疗开发方面的挑战和前景	单细胞RNA测序技术在COVID-19研究中提高了对疾病发病机制和免疫特性的理解	讨论了当前利用单细胞RNA测序技术的挑战和局限性	加速COVID-19和其他新兴传染病的基本研究和治疗开发	COVID-19和其他新兴传染病	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
66	2024-08-07	Protocol to obtain high-quality single-cell RNA-sequencing data from mouse liver cells using centrifugation 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101824 PMID:36386875	研究论文	本文介绍了一种使用离心法从鼠肝细胞中获取高质量单细胞RNA测序数据的方法	提出了一种新的离心法来获取可存活的肝细胞和非实质性肝细胞，以避免使用荧光激活细胞分选（FACS）导致的细胞死亡问题	NA	开发一种新的方法来获取高质量的肝细胞单细胞RNA测序数据	鼠肝细胞，特别是肝细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
67	2024-08-07	DeepVelo: Single-cell transcriptomic deep velocity field learning with neural ordinary differential equations 2022-Dec-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq3745 PMID:36449617	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的常微分方程模型DeepVelo，用于模拟单细胞转录组动力学	DeepVelo能够通过描述单细胞内连续时间的基因表达变化，来模拟复杂的转录组动力学	NA	研究单细胞转录组动力学，并探索细胞状态的不稳定性及发育驱动基因	单细胞基因表达数据和RNA速度	机器学习	NA	单细胞测序	神经网络	基因表达数据	使用来自不同测序平台的公共数据集
68	2024-08-07	A human fetal lung cell atlas uncovers proximal-distal gradients of differentiation and key regulators of epithelial fates 2022-Dec-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.005 PMID:36493756	research paper	本文通过结合单细胞RNA和ATAC测序、高通量空间转录组学和单细胞成像，呈现了一个人类胎儿肺发育的多组学细胞图谱。	本文识别了所有肺部细胞区室中先前未被表征的细胞状态，包括与人类小细胞肺癌相关的新型神经内分泌细胞亚型。	NA	揭示人类胎儿肺发育过程中的细胞分化梯度和关键调控因子。	人类胎儿肺部的上皮细胞、间质细胞、内皮细胞和红细胞/白细胞区室。	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序、ATAC测序、高通量空间转录组学	NA	细胞图谱数据	从5-22周的胎儿肺部样本
69	2024-08-07	The vascular phenotype of BPD: new basic science insights-new precision medicine approaches 2022-Dec-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-022-02428-7 PMID:36550351	研究论文	本文探讨了支气管肺发育不良（BPD）的血管表型，并提出了基于细胞和微小RNA的精准医疗方法	利用单细胞RNA测序技术深入研究了BPD-PH中发育性内皮细胞耗竭，并提出了基于外泌体和微小RNA的治疗策略	需要更多关于中断通路、干预时机和递送方式的研究	探索BPD中血管表型的分子机制，并开发新的治疗策略	BPD患儿的肺血管发育和肺动脉高压	生物医学	新生儿疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
70	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analyses: interference by the genes that encode the B-cell and T-cell receptors 2022-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac044 PMID:36473726	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中B细胞和T细胞受体编码基因对无监督聚类和下游分析的影响	首次系统分析了包含与排除B细胞和T细胞受体编码基因对单细胞RNA测序数据分析的影响	仅限于B细胞和T细胞的研究，未涉及其他细胞类型	探讨B细胞和T细胞受体编码基因在单细胞RNA测序中的作用	B细胞和T细胞	基因组学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
71	2024-08-07	Langerhans cells are essential components of the angiogenic niche during murine skin repair 2022-12-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.012 PMID:36493773	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的早期血管生成微环境，揭示朗格汉斯细胞在皮肤修复中的血管生成作用	首次揭示朗格汉斯细胞在皮肤修复中的血管生成作用，扩展了其在抗原呈递和T细胞免疫之外的功能	NA	研究朗格汉斯细胞在小鼠皮肤修复中的血管生成作用	小鼠皮肤伤口愈合过程中的朗格汉斯细胞和血管生成	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠皮肤伤口样本
72	2024-08-07	Notch-dependent cooperativity between myeloid lineages promotes Langerhans cell histiocytosis pathology 2022-12-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add3330 PMID:36525505	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和蛋白质分析技术，探讨了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）的病理机制，揭示了LCH细胞的异质性及其与正常单核吞噬细胞的区别	发现了LCH的两个主要谱系，即DC2和DC3/单核细胞样表型，并验证了它们在多个病理组织位点的存在；揭示了Notch依赖的DC2和DC3/单核细胞谱系之间的协同作用	未详细说明Notch依赖的协同作用的具体机制	探讨LCH的病理机制及其细胞来源	朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）及其细胞谱系	NA	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序，蛋白质分析，高含量成像	NA	RNA-seq数据，蛋白质数据	多个病理组织位点的样本
73	2024-08-07	Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice 2022-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159672 PMID:36519543	研究论文	研究纤维网状细胞（FRCs）在心脏移植小鼠模型中如何促进抗CD40L诱导的耐受性，并探讨淋巴结（LN）靶向纳米递送抗CD40L的效果。	首次证明FRCs在促进共刺激阻断中的关键作用，并展示了淋巴结靶向纳米递送抗CD40L的有效性。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证。	探讨FRCs在心脏移植中的作用及淋巴结靶向纳米递送抗CD40L的效果。	纤维网状细胞（FRCs）、淋巴结（LN）、心脏移植小鼠模型。	NA	NA	单细胞RNA测序、纳米颗粒（NPs）递送技术。	NA	RNA测序数据	小鼠心脏移植模型
74	2024-08-07	Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.001 PMID:36423636	研究论文	研究通过分析超过270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，探索肾癌肿瘤内部及周围区域的细胞相互作用和微环境特征	首次通过单细胞RNA测序数据进行从头突变调用，推断基质细胞的克隆性并追踪髓系细胞的发育	NA	理解肿瘤行为与癌细胞及其多细胞相互作用的关系	肾癌患者的肿瘤核心、肿瘤-正常组织界面、周围正常组织及外周血的组织样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，来自12名患者
75	2024-08-07	Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs 2022-12-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004 PMID:36473462	research paper	研究通过单细胞RNA测序和RT-qPCR分析，发现体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）中piRNA途径因子未完全表达，且未检测到piRNAs。	首次揭示了体外分化的mPGCLCs中piRNA途径因子表达的缺失，以及piRNAs的检测缺失。	研究仅限于第6天的mPGCLCs，未涉及更晚期的细胞状态。	探讨体外分化的mPGCLCs中piRNA途径的表达情况。	小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）及其piRNA途径。	NA	NA	单细胞RNA测序，RT-qPCR，小RNA测序	NA	RNA	多个第6天的mPGCLC细胞系
76	2024-08-07	Long read single cell RNA sequencing reveals the isoform diversity of Plasmodium vivax transcripts 2022-12, PLoS neglected tropical diseases IF:3.4Q1 DOI:10.1371/journal.pntd.0010991 PMID:36525464	研究论文	本研究利用Pacific Biosciences化学方法对单细胞寄生虫进行scRNA-seq库测序，以表征全长Plasmodium vivax转录本	首次使用长读长测序技术在单细胞水平上表征Plasmodium vivax的转录本多样性	NA	旨在揭示Plasmodium vivax转录本的异构体多样性	Plasmodium vivax转录本的异构体多样性	测序技术	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Pacific Biosciences（PacBio）化学	NA	转录组数据	多个单细胞寄生虫样本
77	2024-08-07	Human B-cell subset identification and changes in inflammatory diseases 2022-12-31, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxac104 PMID:36617261	综述	本文综述了人类血液中B细胞亚群的识别及其在炎症疾病中的变化	利用高维表型工具如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序揭示了先前被认为是均质的B细胞群体的异质性	关于B细胞亚群的识别和命名仍存在不确定性和研究间的差异	探讨人类血液中常见的B细胞亚群及其在炎症和自身免疫疾病中的频率和功能变化	人类血液中的B细胞亚群及其在炎症疾病中的变化	NA	炎症疾病	质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
78	2024-08-07	Titration of 124 antibodies using CITE-Seq on human PBMCs 2022-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-24371-7 PMID:36460735	研究论文	研究使用CITE-Seq技术在人外周血单个核细胞（PBMCs）上滴定124种抗体的最佳浓度	首次系统地评估了188种CITE-Seq抗体在PBMCs上的检测能力，并找到了最佳的染色浓度	研究仅限于人外周血单个核细胞，未涉及其他细胞类型	确定哪些CITE-Seq抗体能在PBMCs上检测到其抗原，并找到最佳的染色浓度	188种CITE-Seq抗体及其在PBMCs上的检测能力	单细胞测序	NA	CITE-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	人外周血单个核细胞（PBMCs）
79	2024-08-07	Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment 2022-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019 PMID:36516855	research paper	本文通过单细胞RNA测序研究了45名认知正常的54至82岁受试者的脑脊液（CSF）免疫变化，并对比了14名认知受损受试者的CSF免疫情况。	首次揭示了随着年龄增长和认知障碍，脑脊液中免疫系统的变化，特别是单核细胞中脂质运输基因的上调和下调，以及CXCL16-CXCR6信号通路在认知受损中的作用。	研究样本量相对较小，且仅限于特定年龄段和认知状态的受试者。	探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍中的变化。	脑脊液中的免疫系统及其在不同认知状态下的变化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	45名认知正常的受试者和14名认知受损的受试者
80	2024-08-07	An extensive bioinformatics study on the role of mitochondrial solute carrier family 25 in PC and its mechanism behind affecting immune infiltration and tumor energy metabolism 2022-12-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03756-2 PMID:36514121	研究论文	本研究通过lasso方法构建了一个基于SLC25A成员的胰腺癌（PC）新型预后风险模型，并探讨了其在肿瘤免疫学和能量代谢中的作用	首次构建了基于SLC25A成员的胰腺癌预后风险模型，并揭示了SLC25A11、SLC25A29和SLC25A44在肿瘤能量代谢和免疫浸润中的作用	NA	探讨线粒体溶质载体家族25（SLC25A）成员在胰腺癌中的生物学作用及其影响免疫浸润和肿瘤能量代谢的机制	SLC25A成员在胰腺癌中的作用及其机制	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	lasso方法	基因表达数据	NA