单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-09-08	Understanding the aging hypothalamus, one cell at a time 2022-12, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2022.10.004 PMID:36272823	综述	本文综述了下丘脑功能对衰老的贡献，并强调了单细胞研究在理解下丘脑衰老及其在长寿中的作用方面的潜力	利用单细胞RNA测序等技术，颠覆了关于下丘脑细胞类型转录身份的假设，揭示了不同细胞类型随年龄的变化	NA	总结当前关于下丘脑功能对衰老贡献的知识，并探讨单细胞'组学技术在进一步理解下丘脑衰老及其在长寿中作用的方法	下丘脑的神经肽能神经元及其在衰老过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
62	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals differentiation between adaxial and abaxial mesophyll cells in Brassica rapa 2022-12, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13919 PMID:36039389	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
63	2024-09-06	AntiSplodge: a neural-network-based RNA-profile deconvolution pipeline designed for spatial transcriptomics 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac073 PMID:36225530	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的RNA表达谱反卷积管道AntiSplodge，用于空间转录组学研究	提出了一种简单、快速且直观的反卷积管道，利用合成空间转录组数据进行有效反卷积	NA	开发一种高效的反卷积工具，用于解析空间转录组数据中的细胞类型	人类心脏和小鼠大脑的空间转录组数据	空间转录组学	NA	RNA-seq	前馈神经网络	RNA表达谱	人类心脏和小鼠大脑的多个时间点样本
64	2024-08-29	Single-cell RNA sequencing unravels heterogeneity of skeletal progenitors and cell-cell interactions underlying the bone repair process 2022-Dec, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2022.05.001 PMID:35619947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼前体细胞在骨修复过程中的异质性和细胞间相互作用	首次在单细胞分辨率下描述了多潜能骨骼前体细胞及其分化方向，并识别了Ccl9信号通路作为骨再生的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	深入理解骨骼前体细胞在骨修复过程中的行为及其分子机制	骨骼前体细胞及其在骨修复中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用Sox9-CreERT2;R26R tdTomato小鼠模型进行线粒体追踪和单细胞RNA测序分析
65	2024-08-28	Pandemic influenza A (H1N1) virus causes abortive infection of primary human T cells 2022-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2022.2056523 PMID:35317717	研究论文	研究探讨了甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染及其对免疫反应的影响	通过单细胞转录组分析揭示了不同CD4 T和CD8 T细胞亚群对病毒感染的异质性及生物学反应	NA	探究甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染机制及其对免疫系统的影响	人类T细胞及其亚群	免疫学	流感	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多种CD4 T和CD8 T细胞亚群
66	2024-08-19	Diminished function of cytotoxic T- and NK- cells in severe alcohol-associated hepatitis 2022-Dec, Metabolism and target organ damage DOI:10.20517/mtod.2022.13 PMID:39148503	研究论文	本研究探讨了严重酒精相关肝炎（sAH）患者中细胞毒性T细胞和NK细胞的功能减退及其机制	首次使用单细胞RNA测序和多面板细胞内流式细胞术分析sAH患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了NK细胞和CD8 T细胞中关键受体的下调	样本量较小，仅为4例sAH患者和7-8例健康对照者	理解代谢性肝病患者免疫反应的机制，特别是sAH患者中细胞毒性细胞的功能减退	严重酒精相关肝炎患者的细胞毒性NK细胞和CD8 T细胞	免疫学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多面板细胞内流式细胞术	NA	RNA	4例sAH患者和7-8例健康对照者
67	2024-08-17	Quantification of extracellular proteins, protein complexes and mRNAs in single cells by proximity sequencing 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01684-z PMID:36456784	研究论文	本文介绍了近端测序（Prox-seq）技术，该技术能够在数千个单细胞中同时测量蛋白质、蛋白质复合物和mRNA	Prox-seq结合了近端连接 assay 和单细胞测序，能够从所有目标蛋白质的成对组合中测量蛋白质及其复合物，提供了平方级扩展的多重分析能力	NA	验证Prox-seq技术并分析其在不同细胞类型中的应用，探索蛋白质相互作用	T细胞、B细胞、人外周血单个核细胞、人巨噬细胞	生物技术	NA	近端测序（Prox-seq）	NA	蛋白质、蛋白质复合物、mRNA	数千个单细胞
68	2024-08-17	Unsupervised discovery of tissue architecture in multiplexed imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01657-2 PMID:36316562	研究论文	本文开发了一种名为UTAG的方法，用于在无监督的情况下识别和量化多重成像中的微解剖组织结构	UTAG方法能够结合细胞表型信息和细胞物理接近度，准确识别健康和疾病组织中的器官特异性微解剖域	NA	解决多重成像和空间转录组学中对组织高阶模式理解不足的问题	多重成像中的微解剖组织结构	数字病理学	NA	多重成像	NA	图像	多种健康和疾病状态的图像
69	2024-08-07	A molecular atlas of the human postmenopausal fallopian tube and ovary from single-cell RNA and ATAC sequencing 2022-12-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111838 PMID:36543131	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，构建了人类绝经后输卵管和卵巢的分子图谱	首次提供了绝经后输卵管和卵巢的单细胞转录组和染色质可及性图谱，揭示了不同细胞类型在基因表达和调控上的差异	NA	生成绝经后卵巢和输卵管的单细胞转录组和调控组学图谱，以增进对更年期妇科疾病的理解	绝经后的人类卵巢和输卵管	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组和染色质可及性数据	86,708个细胞用于scRNA-seq，59,830个细胞用于scATAC-seq
70	2024-08-05	Activated B cells suppress T-cell function through metabolic competition 2022-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-005644 PMID:36543374	研究论文	本研究揭示了活化B细胞的代谢活性对T细胞功能的抑制作用	首次揭示了活化B细胞的代谢活性对免疫调节及抗肿瘤T细胞反应的抑制作用	该研究可能未涵盖所有类型的肿瘤及B细胞的不同表现	探讨活化B细胞通过代谢竞争抑制T细胞功能的机制	活化B细胞及其对T细胞的影响	免疫学	黑色素瘤	质量细胞术和单细胞RNA测序	NA	临床样本	NA
71	2024-08-05	High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq 2022-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01361-8 PMID:35760914	研究论文	本文开发了VASA-seq技术，以检测单细胞中的整体转录组	VASA-seq能够捕获所有RNA分子的总转录组，克服了传统方法无法检测许多长非编码 RNA及非多腺苷酸化转录本的限制	本文未提到具体的限制因素	研究单细胞转录组，并分析不同发育阶段的RNA动态	在小鼠胚胎的胚胎发生和器官发生早期阶段研究超过30,000个单细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA数据	超过30,000个单细胞
72	2024-08-05	Cell types and molecular architecture of the Octopus bimaculoides visual system 2022-12-05, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.10.015 PMID:36318923	研究论文	该论文呈现了章鱼视觉系统的单细胞分子图谱	首次系统性描绘了章鱼视网膜的细胞类型及其分子特征	研究可能在未覆盖的细胞类型和功能连接性方面存在局限	探索章鱼视觉系统的细胞类型和分子架构	章鱼的视觉神经元及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，RNA原位杂交	NA	细胞	NA
73	2024-08-05	Single-cell sequencing: promises and challenges for human genetics 2022-Dec, Medizinische Genetik : Mitteilungsblatt des Berufsverbandes Medizinische Genetik e.V IF:0.8Q4 DOI:10.1515/medgen-2022-2156 PMID:38836091	综述	这篇文章描述了单细胞测序在人的遗传学中的现状及其应用	该技术承诺在宏观规模上功能性地注释人类基因组中的每个区域及其所有可能的变异	文章未具体提及单细胞测序的局限性	研究单细胞测序在人的遗传学中的作用和应用	讨论该技术如何应用于表征和监测疾病，开发人类细胞图谱，以及注释基因组	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
74	2024-08-05	The Vasculature in Pulmonary Fibrosis 2022-Dec, Current tissue microenvironment reports DOI:10.1007/s43152-022-00040-9 PMID:36712832	review	本文回顾了特发性肺纤维化（IPF）中血管的变化及其对纤维化病理生理的影响	此文通过单细胞RNA测序的进展，更好地表征了肺内皮细胞类型，并识别了IPF患者的血管变化	需要更多的研究来进一步定义这些血管变化的功能角色	研究血管在特发性肺纤维化中的作用及其变化	特发性肺纤维化患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	组织	涉及特发性肺纤维化患者的肺组织
75	2024-08-05	Multiplex immunofluorescence-guided laser capture microdissection for spatial transcriptomics of metastatic melanoma tissues 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101698 PMID:36149794	研究论文	本文描述了一种优化和简化的多重免疫荧光引导的激光捕获显微切割流程	这一流程能够基于细胞表型和组织定位收集个体细胞以进行转录组分析	该方法主要描述于黑色素瘤组织的应用，尽管也适用于其他类型的组织	研究该流程在转录组分析中的应用	研究对象包括CD3+ T细胞、CD14+单核细胞/巨噬细胞和黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	下一代RNA测序	NA	转录组	非解离的转移性黑色素瘤组织中的细胞
76	2024-08-05	LDL delivery of microbial small RNAs drives atherosclerosis through macrophage TLR8 2022-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-01030-7 PMID:36474072	研究论文	本研究表明微生物小RNA（msRNA）通过低密度脂蛋白（LDL）驱动促炎性巨噬细胞极化和细胞因子分泌。	确定了LDL-msRNA作为动脉粥样硬化相关炎症的诱因，揭示了LDL在胆固醇运输之外的其他功能。	NA	研究微生物小RNA在动脉粥样硬化中通过巨噬细胞TLR8的作用机制。	聚焦于巨噬细胞表型及其在动脉粥样硬化病理中的作用。	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	小鼠模型	NA	小鼠模型中的不同动脉粥样硬化模型
77	2024-08-05	Determination of the nanoparticle- and cell-specific toxicological mechanisms in 3D liver spheroids using scRNAseq analysis 2022-Dec, Nano today IF:13.2Q1 DOI:10.1016/j.nantod.2022.101652 PMID:36911538	研究论文	本研究探讨了纳米颗粒在3D肝脏类球体中对肝细胞的毒理学机制	使用单细胞RNA测序(scRNAseq)分析不同纳米材料对肝细胞和库普弗细胞的特异性毒性反应	未提及具体的局限性	研究纳米颗粒对肝细胞的影响及其毒理学机制	3D肝脏类球体中的肝细胞和库普弗细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	三种不同材料成分的体外3D肝脏类球体模型
78	2024-08-07	The challenges and opportunities of scRNA-seq in COVID-19 research and clinical translation 2022-12-15, Virology journal IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s12985-022-01923-x PMID:36522785	评论	本文讨论了单细胞RNA测序在COVID-19研究中的应用，以及其在加速基础研究和治疗开发方面的挑战和前景	单细胞RNA测序技术在COVID-19研究中提高了对疾病发病机制和免疫特性的理解	讨论了当前利用单细胞RNA测序技术的挑战和局限性	加速COVID-19和其他新兴传染病的基本研究和治疗开发	COVID-19和其他新兴传染病	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
79	2024-08-07	Protocol to obtain high-quality single-cell RNA-sequencing data from mouse liver cells using centrifugation 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101824 PMID:36386875	研究论文	本文介绍了一种使用离心法从鼠肝细胞中获取高质量单细胞RNA测序数据的方法	提出了一种新的离心法来获取可存活的肝细胞和非实质性肝细胞，以避免使用荧光激活细胞分选（FACS）导致的细胞死亡问题	NA	开发一种新的方法来获取高质量的肝细胞单细胞RNA测序数据	鼠肝细胞，特别是肝细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
80	2024-08-07	DeepVelo: Single-cell transcriptomic deep velocity field learning with neural ordinary differential equations 2022-Dec-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq3745 PMID:36449617	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的常微分方程模型DeepVelo，用于模拟单细胞转录组动力学	DeepVelo能够通过描述单细胞内连续时间的基因表达变化，来模拟复杂的转录组动力学	NA	研究单细胞转录组动力学，并探索细胞状态的不稳定性及发育驱动基因	单细胞基因表达数据和RNA速度	机器学习	NA	单细胞测序	神经网络	基因表达数据	使用来自不同测序平台的公共数据集