单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-10	Neuroendocrinology of the lung revealed by single-cell RNA sequencing 2022-12-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78216 PMID:36469459	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了肺部神经内分泌细胞的神经肽和肽激素基因的多样性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠和人类肺部神经内分泌细胞的神经肽和肽激素基因，揭示了这些细胞的复杂信号网络	研究仅限于小鼠和人类样本，且样本量较小	揭示肺部神经内分泌细胞的神经肽和肽激素基因的多样性及其功能	小鼠和人类的肺部神经内分泌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个肺部神经内分泌细胞
42	2024-09-10	Single-cell sequencing shows cellular heterogeneity of cutaneous lesions in lupus erythematosus 2022-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35209-1 PMID:36470882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了盘状红斑狼疮（DLE）和系统性红斑狼疮（SLE）患者皮肤病变中的细胞异质性	首次揭示了DLE和SLE患者皮肤病变中细胞类型的显著差异，并发现了可能的治疗靶点	NA	阐明盘状红斑狼疮（DLE）和系统性红斑狼疮（SLE）患者皮肤病变中的细胞异质性	DLE和SLE患者的皮肤病变以及健康对照者的皮肤组织	数字病理学	红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	DLE和SLE患者的皮肤病变以及健康对照者的皮肤组织
43	2024-09-10	Unbalanced Glutamine Partitioning between CD8T Cells and Cancer Cells Accompanied by Immune Cell Dysfunction in Hepatocellular Carcinoma 2022-Dec-04, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11233924 PMID:36497182	研究论文	研究了肝细胞癌中CD8T细胞和癌细胞之间谷氨酰胺代谢的不平衡及其对肿瘤免疫的影响	提出了一个新的工具来量化肿瘤细胞和CD8T细胞之间的谷氨酰胺分配，并通过破坏两者的谷氨酰胺代谢来增强免疫治疗效果	NA	探索CD8T细胞和癌细胞的谷氨酰胺代谢与肿瘤微环境中肿瘤免疫的关系	肝细胞癌患者中的CD8T细胞和癌细胞	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	TCGA队列中的肝细胞癌患者
44	2024-09-10	Data analysis guidelines for single-cell RNA-seq in biomedical studies and clinical applications 2022-12-02, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-022-00434-8 PMID:36461064	review	本文回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的工作流程，涵盖了原始数据处理、质量控制、基本数据分析和针对特定科学问题的高级数据分析	提供了在线软件和脚本库，支持scRNA-seq数据分析的实施	NA	总结当前scRNA-seq数据分析方法，并为研究人员提供资源支持	scRNA-seq数据分析方法及其在临床应用中的潜力	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
45	2024-09-10	Single-cell transcriptomics reveals distinct cell response between acute and chronic pulmonary infection of Pseudomonas aeruginosa 2022-Dec, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.193 PMID:36514779	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术揭示了在急性与慢性铜绿假单胞菌肺部感染中免疫细胞的不同反应	首次通过单细胞转录组学、多重免疫组织化学和流式细胞术构建了小鼠肺部在急性与慢性感染后的免疫细胞图谱，揭示了免疫细胞组成和细胞间相互作用在不同感染阶段的大规模变化	研究仅限于小鼠模型，结果的临床应用需进一步验证	探讨急性与慢性铜绿假单胞菌肺部感染中免疫微环境的变化，为抗菌治疗提供理论基础	小鼠肺部在急性与慢性铜绿假单胞菌感染后的免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠肺部样本
46	2024-09-10	Dissection of cellular and molecular mechanisms of aristolochic acid-induced hepatotoxicity via single-cell transcriptomics 2022-Dec, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbac023 PMID:36349141	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术揭示了马兜铃酸诱导的肝毒性的细胞和分子机制	首次建立了马兜铃酸I诱导的小鼠肝脏单细胞图谱，揭示了其在肝细胞和肝窦内皮细胞中的信号通路激活情况	NA	探讨马兜铃酸I诱导的肝毒性的细胞和分子机制	小鼠肝脏在马兜铃酸I作用下的单细胞转录组和蛋白质组变化	数字病理学	肝毒性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肝脏样本
47	2024-09-10	Single-cell RNA-seq reveals interferon-induced guanylate-binding proteins are linked with sarcopenia 2022-12, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13091 PMID:36162807	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白与肌肉减少症之间的关联	首次在单细胞水平上揭示了干扰素诱导的鸟苷酸结合蛋白家族基因在肌肉减少症中的显著上调，并提出了通过干扰素-GBP信号通路治疗肌肉减少症的新方向	研究主要基于小鼠模型和部分人类样本，需要进一步在更大规模的人类样本中验证	探讨肌肉减少症的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	肌肉减少症小鼠模型的胫骨前肌细胞和部分肌肉减少症患者的肌肉样本	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13612个单细胞转录组，5只肌肉减少症小鼠，40名肌肉减少症患者
48	2024-09-08	Understanding the aging hypothalamus, one cell at a time 2022-12, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2022.10.004 PMID:36272823	综述	本文综述了下丘脑功能对衰老的贡献，并强调了单细胞研究在理解下丘脑衰老及其在长寿中的作用方面的潜力	利用单细胞RNA测序等技术，颠覆了关于下丘脑细胞类型转录身份的假设，揭示了不同细胞类型随年龄的变化	NA	总结当前关于下丘脑功能对衰老贡献的知识，并探讨单细胞'组学技术在进一步理解下丘脑衰老及其在长寿中作用的方法	下丘脑的神经肽能神经元及其在衰老过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
49	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals differentiation between adaxial and abaxial mesophyll cells in Brassica rapa 2022-12, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13919 PMID:36039389	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
50	2024-09-06	AntiSplodge: a neural-network-based RNA-profile deconvolution pipeline designed for spatial transcriptomics 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac073 PMID:36225530	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的RNA表达谱反卷积管道AntiSplodge，用于空间转录组学研究	提出了一种简单、快速且直观的反卷积管道，利用合成空间转录组数据进行有效反卷积	NA	开发一种高效的反卷积工具，用于解析空间转录组数据中的细胞类型	人类心脏和小鼠大脑的空间转录组数据	空间转录组学	NA	RNA-seq	前馈神经网络	RNA表达谱	人类心脏和小鼠大脑的多个时间点样本
51	2024-08-29	Single-cell RNA sequencing unravels heterogeneity of skeletal progenitors and cell-cell interactions underlying the bone repair process 2022-Dec, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2022.05.001 PMID:35619947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼前体细胞在骨修复过程中的异质性和细胞间相互作用	首次在单细胞分辨率下描述了多潜能骨骼前体细胞及其分化方向，并识别了Ccl9信号通路作为骨再生的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	深入理解骨骼前体细胞在骨修复过程中的行为及其分子机制	骨骼前体细胞及其在骨修复中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用Sox9-CreERT2;R26R tdTomato小鼠模型进行线粒体追踪和单细胞RNA测序分析
52	2024-08-28	Pandemic influenza A (H1N1) virus causes abortive infection of primary human T cells 2022-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2022.2056523 PMID:35317717	研究论文	研究探讨了甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染及其对免疫反应的影响	通过单细胞转录组分析揭示了不同CD4 T和CD8 T细胞亚群对病毒感染的异质性及生物学反应	NA	探究甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染机制及其对免疫系统的影响	人类T细胞及其亚群	免疫学	流感	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多种CD4 T和CD8 T细胞亚群
53	2024-08-19	Diminished function of cytotoxic T- and NK- cells in severe alcohol-associated hepatitis 2022-Dec, Metabolism and target organ damage DOI:10.20517/mtod.2022.13 PMID:39148503	研究论文	本研究探讨了严重酒精相关肝炎（sAH）患者中细胞毒性T细胞和NK细胞的功能减退及其机制	首次使用单细胞RNA测序和多面板细胞内流式细胞术分析sAH患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了NK细胞和CD8 T细胞中关键受体的下调	样本量较小，仅为4例sAH患者和7-8例健康对照者	理解代谢性肝病患者免疫反应的机制，特别是sAH患者中细胞毒性细胞的功能减退	严重酒精相关肝炎患者的细胞毒性NK细胞和CD8 T细胞	免疫学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多面板细胞内流式细胞术	NA	RNA	4例sAH患者和7-8例健康对照者
54	2024-08-17	Quantification of extracellular proteins, protein complexes and mRNAs in single cells by proximity sequencing 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01684-z PMID:36456784	研究论文	本文介绍了近端测序（Prox-seq）技术，该技术能够在数千个单细胞中同时测量蛋白质、蛋白质复合物和mRNA	Prox-seq结合了近端连接 assay 和单细胞测序，能够从所有目标蛋白质的成对组合中测量蛋白质及其复合物，提供了平方级扩展的多重分析能力	NA	验证Prox-seq技术并分析其在不同细胞类型中的应用，探索蛋白质相互作用	T细胞、B细胞、人外周血单个核细胞、人巨噬细胞	生物技术	NA	近端测序（Prox-seq）	NA	蛋白质、蛋白质复合物、mRNA	数千个单细胞
55	2024-08-17	Unsupervised discovery of tissue architecture in multiplexed imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01657-2 PMID:36316562	研究论文	本文开发了一种名为UTAG的方法，用于在无监督的情况下识别和量化多重成像中的微解剖组织结构	UTAG方法能够结合细胞表型信息和细胞物理接近度，准确识别健康和疾病组织中的器官特异性微解剖域	NA	解决多重成像和空间转录组学中对组织高阶模式理解不足的问题	多重成像中的微解剖组织结构	数字病理学	NA	多重成像	NA	图像	多种健康和疾病状态的图像
56	2024-08-07	A molecular atlas of the human postmenopausal fallopian tube and ovary from single-cell RNA and ATAC sequencing 2022-12-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111838 PMID:36543131	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，构建了人类绝经后输卵管和卵巢的分子图谱	首次提供了绝经后输卵管和卵巢的单细胞转录组和染色质可及性图谱，揭示了不同细胞类型在基因表达和调控上的差异	NA	生成绝经后卵巢和输卵管的单细胞转录组和调控组学图谱，以增进对更年期妇科疾病的理解	绝经后的人类卵巢和输卵管	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组和染色质可及性数据	86,708个细胞用于scRNA-seq，59,830个细胞用于scATAC-seq
57	2024-08-05	Activated B cells suppress T-cell function through metabolic competition 2022-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-005644 PMID:36543374	研究论文	本研究揭示了活化B细胞的代谢活性对T细胞功能的抑制作用	首次揭示了活化B细胞的代谢活性对免疫调节及抗肿瘤T细胞反应的抑制作用	该研究可能未涵盖所有类型的肿瘤及B细胞的不同表现	探讨活化B细胞通过代谢竞争抑制T细胞功能的机制	活化B细胞及其对T细胞的影响	免疫学	黑色素瘤	质量细胞术和单细胞RNA测序	NA	临床样本	NA
58	2024-08-05	High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq 2022-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01361-8 PMID:35760914	研究论文	本文开发了VASA-seq技术，以检测单细胞中的整体转录组	VASA-seq能够捕获所有RNA分子的总转录组，克服了传统方法无法检测许多长非编码 RNA及非多腺苷酸化转录本的限制	本文未提到具体的限制因素	研究单细胞转录组，并分析不同发育阶段的RNA动态	在小鼠胚胎的胚胎发生和器官发生早期阶段研究超过30,000个单细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA数据	超过30,000个单细胞
59	2024-08-05	Cell types and molecular architecture of the Octopus bimaculoides visual system 2022-12-05, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.10.015 PMID:36318923	研究论文	该论文呈现了章鱼视觉系统的单细胞分子图谱	首次系统性描绘了章鱼视网膜的细胞类型及其分子特征	研究可能在未覆盖的细胞类型和功能连接性方面存在局限	探索章鱼视觉系统的细胞类型和分子架构	章鱼的视觉神经元及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，RNA原位杂交	NA	细胞	NA
60	2024-08-05	Single-cell sequencing: promises and challenges for human genetics 2022-Dec, Medizinische Genetik : Mitteilungsblatt des Berufsverbandes Medizinische Genetik e.V IF:0.8Q4 DOI:10.1515/medgen-2022-2156 PMID:38836091	综述	这篇文章描述了单细胞测序在人的遗传学中的现状及其应用	该技术承诺在宏观规模上功能性地注释人类基因组中的每个区域及其所有可能的变异	文章未具体提及单细胞测序的局限性	研究单细胞测序在人的遗传学中的作用和应用	讨论该技术如何应用于表征和监测疾病，开发人类细胞图谱，以及注释基因组	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA