单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 328 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional and functional analysis of dopaminergic neurons in organoid-like cultures derived from human fetal midbrain
2022-12-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200504
PMID:36305490
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人胚胎中脑多巴胺神经元在类器官培养中的转录和功能特征 | 首次在人类胚胎中脑发育关键期（6-11周）建立3D类器官培养系统，并证明其优于单层培养体系 | 研究仅基于胚胎组织，未涉及干细胞分化模型 | 指导帕金森病干细胞治疗和疾病建模 | 人胚胎中脑多巴胺神经元 | 单细胞组学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6-11周胚胎中脑组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 微滴式单细胞RNA测序平台 |
| 22 | 2025-10-06 |
Frequent aneuploidy in primary human T cells after CRISPR-Cas9 cleavage
2022-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01377-0
PMID:35773341
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究CRISPR-Cas9编辑后人原代T细胞中染色体异常的发生情况 | 首次在单细胞水平揭示CRISPR-Cas9编辑会导致人类原代T细胞频繁出现染色体非整倍性和染色体截断 | 研究仅观察了编辑后4天和11天的短期效应，缺乏长期随访数据 | 评估CRISPR-Cas9基因编辑在人类原代T细胞中引起的染色体异常 | 原代人类T细胞 | 基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 数字液滴PCR | NA | 基因表达数据, 染色体成像数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
Deconvolution analysis of cell-type expression from bulk tissues by integrating with single-cell expression reference
2022-12, Genetic epidemiology
IF:1.7Q3
DOI:10.1002/gepi.22494
PMID:35788983
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研究论文 | 开发固定效应和混合效应模型，利用单细胞RNA测序参考数据从批量组织样本中重构细胞类型表达分数 | 提出混合效应模型处理单细胞RNA测序数据中的异质性，并提供基因表达与细胞类型间协方差分数来测量相关性 | 未提及具体样本量限制或模型适用范围 | 开发从批量组织转录组数据中解析细胞类型组成和细胞类型特异性基因表达模式的方法 | 批量组织样本和单细胞RNA测序参考数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 固定效应模型，混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-07 |
Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics
2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA
PMID:36036918
|
研究论文 | 本文详述了一种用于冷冻保存小鼠或人肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特征的方法 | 开发了有效的远端肺组织上皮细胞冷冻保存方法，解决了远端气体交换区域功能上皮细胞类型长期保存的技术空白 | NA | 建立能够长期保存远端肺组织上皮细胞表型和功能特征的冷冻保存方法 | 小鼠和人肺组织中的远端肺上皮细胞，特别是肺泡2型细胞 | 细胞生物学 | 肺部疾病 | 流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-07 |
Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795
PMID:36325581
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研究论文 | 开发了一种结合细胞光标记和流式细胞分选技术来分离活单细胞同时保留空间信息的实验方案 | 提出PADME方法，通过光转换技术标记特定区域细胞，在单细胞分离过程中保留空间定位信息 | NA | 开发保留空间信息的单细胞分离技术 | 原发性乳腺肿瘤细胞 | 单细胞技术 | 乳腺癌 | 细胞光标记，FACS，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-07 |
Decoding liver fibrogenesis with single-cell technologies
2022-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac040
PMID:39872749
|
综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术如何改变对肝纤维化调控机制的理解 | 利用单细胞技术揭示肝纤维化过程中疾病相关细胞亚群、分子事件和细胞间相互作用的动态变化 | 尚未完全理解这些变化对肝纤维化的功能贡献，需要进一步研究将新知识转化为有效治疗方法 | 解析肝纤维化的细胞和分子机制 | 肝细胞、肝窦内皮细胞、肌成纤维细胞和巨噬细胞等肝脏细胞类型 | 单细胞组学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-07 |
Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk
2022-12-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2200086
PMID:36547387
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研究论文 | 本研究揭示了ATP柠檬酸裂解酶(Acly)通过调控乙酰辅酶A代谢和表观遗传交叉对话来影响骨髓分化的机制 | 首次证明Acly缺陷通过乙酰辅酶A剥夺和组蛋白乙酰化修饰改变，调控C/EBP转录因子家族活性，从而促进骨髓分化 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类系统中验证 | 探究Acly在造血过程中对骨髓分化的调控机制 | 小鼠谱系阴性、c-Kit富集的造血干细胞和祖细胞 | 表观遗传学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 小鼠造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 28 | 2024-12-15 |
HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs
2022-12, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2022.2031583
PMID:35166645
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研究论文 | 研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化 | 研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化 | 探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系 | HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译 | 分子生物学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-11-27 |
Ras drives malignancy through stem cell crosstalk with the microenvironment
2022-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05475-6
PMID:36450983
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研究论文 | 研究了RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的异常信号交流如何驱动恶性进展 | 揭示了癌症干细胞与微环境之间的动态交流如何促进从良性到恶性鳞状细胞癌的转变 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类癌症 | 探讨RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的信号交流如何驱动恶性进展 | 癌症干细胞与微环境之间的信号交流 | 癌症生物学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞转录组学、染色质景观分析、慢病毒报告基因和谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-11-19 |
scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac126
PMID:36691728
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布 | scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因 | NA | 开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-11-19 |
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad086
PMID:37848618
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异 | 发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应 | NA | 探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异 | 灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-11-19 |
Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad098
PMID:38000911
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute | 提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失表达值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-11-19 |
Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad091
PMID:37889009
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研究论文 | 介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具 | 开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-10-20 |
Correlated gene modules uncovered by high-precision single-cell transcriptomics
2022-12-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206938119
PMID:36508663
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研究论文 | 本文介绍了一种高精度单细胞转录组学方法，用于揭示基因表达的相关模块 | 提出了一种新的方法MALBAC-DT，通过测量单细胞中稳态基因表达波动的相关性，更准确地捕获相关基因模块 | NA | 通过高精度单细胞转录组学方法揭示基因表达的相关模块，提升对基因组功能的理解 | 单细胞基因表达相关性及其在功能和调控关系中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 同质细胞群体中的多个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-10-16 |
Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease
2022-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35233-1
PMID:36463283
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研究论文 | 本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测 | NA | 研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组技术 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-10-01 |
A method for low-coverage single-gamete sequence analysis demonstrates adherence to Mendel's first law across a large sample of human sperm
2022-12-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76383
PMID:36475543
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研究论文 | 开发了一种名为rhapsodi的方法，用于分析低覆盖率的单配子测序数据，并验证了人类精子样本中孟德尔第一定律的遵守情况 | 提出了rhapsodi方法，利用稀疏的配子基因型数据进行二倍体基因组分型、缺失基因型推断和减数分裂重组断点的发现 | 研究主要集中在人类精子样本，可能不适用于其他物种或组织类型 | 验证孟德尔分离定律在人类精子中的遵守情况，并开发新的方法来分析低覆盖率的单配子测序数据 | 人类精子样本中的基因型数据和减数分裂重组事件 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因型数据 | 41,189个精子细胞，来自25名捐赠者 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-09-30 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring
2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204849
PMID:36354175
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征 | 百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-09-30 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.12.13.520181
PMID:36561173
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研究论文 | 提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达 | CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题 | 未提及 | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-09-23 |
Elevating microglia TREM2 reduces amyloid seeding and suppresses disease-associated microglia
2022-12-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20212479
PMID:36107206
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研究论文 | 研究探讨了在阿尔茨海默病早期阶段通过增强TREM2信号来减少淀粉样蛋白沉积和神经元退化的效果 | 首次展示了TREM2在阿尔茨海默病不同阶段对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨TREM2在阿尔茨海默病不同阶段的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 小胶质细胞中的TREM2表达及其对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用微胶质细胞特异性诱导的小鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-09-23 |
Single-cell RNA-sequencing of retrieved human oocytes and eggs in clinical practice and for human ovarian cell atlasing
2022-12, Molecular reproduction and development
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/mrd.23648
PMID:36264989
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用 | 探讨了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞图谱构建和体外受精治疗中的应用 | 未提及 | 探讨单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用 | 人类卵巢细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未提及 | NA | NA | NA | NA |