单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-23	Context-specific regulation and function of mRNA alternative polyadenylation 2022-12, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-022-00507-5 PMID:35798852	综述	本文综述了mRNA选择性多聚腺苷酸化的特定调控机制及其功能	讨论了单细胞RNA测序和CRISPR-Cas技术在解析选择性3' UTR中的最新进展，并介绍了基于APA的RNA疗法	NA	探讨APA的动态精细调控机制及其在基因调控程序中的整合作用	mRNA选择性多聚腺苷酸化及其在细胞响应环境变化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas技术	NA	RNA	NA
22	2024-09-23	RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01669-y PMID:36396787	研究论文	本文介绍了一种名为RS-FISH的软件，用于在二维和三维显微镜图像中进行荧光原位杂交（FISH）点的精确检测	RS-FISH软件提供了交互式参数调整功能，并能通过分布式处理在台式机、集群或云端上扩展到大型数据集和图像体积	NA	开发一种准确、快速且用户友好的软件，用于在显微镜图像中检测FISH点	FISH点的检测	计算机视觉	NA	荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	NA
23	2024-09-23	Image-seq: spatially resolved single-cell sequencing guided by in situ and in vivo imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01673-2 PMID:36424441	研究论文	本文介绍了一种名为Image-seq的技术，该技术通过图像引导从特定空间位置分离细胞，并进行单细胞转录组测序，从而保留目标细胞的空间信息	Image-seq技术结合了空间信息和高度敏感的RNA测序结果，能够记录被分析细胞的时间和动态历史	NA	开发一种能够保留细胞空间信息并进行单细胞转录组测序的技术	骨髓和白血病细胞	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	图像	NA
24	2024-09-23	Combined MEK and STAT3 Inhibition Uncovers Stromal Plasticity by Enriching for Cancer-Associated Fibroblasts With Mesenchymal Stem Cell-Like Features to Overcome Immunotherapy Resistance in Pancreatic Cancer 2022-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.07.076 PMID:35948109	研究论文	研究探讨了联合使用MEK和STAT3抑制剂在胰腺癌中克服免疫治疗抵抗的作用	首次揭示了联合MEK和STAT3抑制剂通过改变癌症相关成纤维细胞的特性，克服胰腺癌的免疫治疗抵抗	研究主要基于小鼠模型和单一临床病例，需要更多临床试验验证	探讨联合MEK和STAT3抑制剂在胰腺癌中克服免疫治疗抵抗的机制	胰腺癌中的癌症相关成纤维细胞和免疫微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和单一临床病例
25	2024-09-11	Clustering Deviation Index (CDI): a robust and accurate internal measure for evaluating scRNA-seq data clustering 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02825-5 PMID:36575517	研究论文	本文提出了一种新的聚类偏差指数（CDI），用于评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	CDI能够测量任何聚类标签集与观测到的单细胞数据之间的偏差，并通过模拟和实验验证了其选择最优聚类标签集的能力	NA	开发一种新的内部指标来评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据的聚类标签集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26	2024-09-11	Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02820-w PMID:36575523	研究论文	本文提出了一种基于生物启发的数据驱动质量控制框架，用于单细胞转录组学中的科学发现	本文提出了一个无监督的自适应质量控制框架，能够在细胞类型层面进行灵活的数据驱动质量控制，同时保留关键的生物学见解和提高下游分析的效力	NA	改进单细胞RNA测序数据分析中的质量控制方法	单细胞RNA测序数据中的细胞质量控制	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织、细胞类型、技术、研究条件和物种的样本
27	2024-09-11	Diverse monogenic subforms of human spermatogenic failure 2022-12-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35661-z PMID:36572685	研究论文	本研究通过外显子测序分析了1000多例临床诊断为非阻塞性无精子症（NOA）的病例，发现了20%的病例存在可能的隐性孟德尔遗传原因，并进一步支持了21个基因在2072例病例和11,587例生育对照中的2阶段负担测试结果	本研究首次通过外显子测序和单细胞RNA测序数据的整合，揭示了非阻塞性无精子症的分子亚型及其在不同物种中的相似性，为男性不育的复杂遗传学提供了概念框架	本研究主要集中在非阻塞性无精子症的遗传基础分析，未涵盖其他类型的男性不育症	探讨非阻塞性无精子症的遗传基础，并为男性不育症的分类提供理论依据	非阻塞性无精子症病例及其相关基因	遗传学	男性不育症	外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据、RNA数据	1000多例非阻塞性无精子症病例、2072例病例、11,587例生育对照
28	2024-09-11	Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization 2022-12-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04351-3 PMID:36572749	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析，揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化	首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化	NA	研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化	金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	11,444个ohnolog对
29	2024-09-11	SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure 2022-12-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369 PMID:36590683	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法，用于识别具有空间变化相关结构的基因集	SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异，这是现有方法无法实现的	NA	开发一种新的统计方法，用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构	空间转录组数据中的基因集	生物信息学	皮肤鳞状细胞癌	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
30	2024-09-11	Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes? 2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society IF:3.0Q2 DOI:10.1210/jendso/bvac188 PMID:36578881	研究论文	研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性，并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用	研究仅限于小鼠模型，且在单细胞水平上的相关性较弱	探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	皮质类固醇受体（MR和GR）及其靶基因GILZ的mRNA表达	NA	NA	原位杂交	NA	mRNA	雄性小鼠
31	2024-09-11	DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning 2022-12-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac901 PMID:36250636	研究论文	本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法，并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据	NA	开发一种准确且通用的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据	机器学习	乳腺癌	深度学习	深度学习框架	空间转录组数据	涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集
32	2024-09-10	Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment 2022-12-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02828-2 PMID:36550535	研究论文	本文通过结合单细胞和批量转录组测序数据，分析了胃癌肿瘤微环境中的关键特征	首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中非上皮细胞的类型和转录程序，揭示了与恶性转化相关的细胞类型	研究样本仅限于24名未经治疗的胃癌患者，可能无法完全代表所有胃癌病例	深入了解胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序，以识别新的潜在生物标志物	胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序	数字病理学	胃癌	RNA测序	NA	转录组数据	24名未经治疗的胃癌患者，共96,623个非上皮细胞
33	2024-09-10	Single-cell transcriptome reveals dominant subgenome expression and transcriptional response to heat stress in Chinese cabbage 2022-12-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02834-4 PMID:36536447	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了白菜叶在不同细胞类型中的转录组特征及其对高温胁迫的响应	首次在单细胞分辨率下分析了白菜叶的转录组特征，并揭示了不同亚基因组在不同细胞类型中的表达差异及高温胁迫下的转录响应	NA	研究白菜叶发育过程中的转录调控网络及其对高温胁迫的响应	白菜叶的单细胞转录组及其对高温胁迫的响应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	30,000个单细胞
34	2024-09-10	Protocol to benchmark gene expression signature scoring techniques for single-cell RNA sequencing data in cancer 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101877 PMID:36595948	研究论文	本文描述了在癌症单细胞RNA测序数据中基准测试基因表达特征评分技术的步骤	提出了在基因丢失不均匀的情况下基准测试单细胞RNA测序算法的方法	NA	基准测试单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术	癌症单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
35	2024-09-10	Single-Cell DNA Methylation Analysis in Cancer 2022-Dec-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246171 PMID:36551655	综述	本文探讨了单细胞DNA甲基化分析在癌症研究中的潜力及其对临床应用的影响	本文介绍了单细胞DNA甲基化分析技术，该技术能够揭示癌症细胞的异质性，识别亚群并追踪细胞谱系	本文指出了单细胞DNA甲基化测序技术面临的实验、生物信息学和实际挑战	探讨单细胞测序技术在理解癌症生物学中的潜力及其对临床应用的影响	癌症细胞的DNA甲基化模式	数字病理学	癌症	单细胞DNA甲基化测序	NA	DNA甲基化数据	NA
36	2024-09-10	Microbiota-host crosstalk in the newborn and adult rumen at single-cell resolution 2022-12-14, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01490-1 PMID:36514051	研究论文	研究了新生和成年反刍动物瘤胃中微生物与宿主的相互作用，通过单细胞转录组学揭示了瘤胃组织的细胞组成和发育过程中的互惠共生关系	首次通过单细胞RNA测序构建了新生和成年反刍动物瘤胃上皮的全面细胞图谱，并揭示了瘤胃发育过程中微生物与宿主的相互作用	NA	研究瘤胃发育和功能，并探讨其对牛奶和肉类生产的影响	新生和成年反刍动物的瘤胃组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	49,689个高质量单细胞
37	2024-09-10	Spatial transcriptomics landscape of lesions from non-communicable inflammatory skin diseases 2022-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35319-w PMID:36513651	研究论文	本文通过空间转录组学研究了非传染性炎症性皮肤疾病的病变特征	本文首次通过空间转录组学技术，分析了非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞浸润和细胞因子表达模式	样本量相对较小，仅包括31名患者	研究非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞和细胞因子表达模式	非传染性炎症性皮肤疾病的病变组织	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	31名患者的62,000个空间定义的人类皮肤转录组
38	2024-09-10	Identifying the critical state of complex biological systems by the directed-network rank score method 2022-12-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac707 PMID:36282843	研究论文	本文提出了一种无模型的方法，即有向网络排名分数（DNRS），用于检测复杂生物系统中临界转变的早期预警信号	本文的创新点在于提出了一种新的计算方法DNRS，通过探索基因合作效应的动态变化来识别复杂生物系统中的临界点	NA	揭示复杂生物系统中临界转变的潜在机制	复杂生物系统中的临界点和转变状态	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	基因数据	包括模拟数据和六个真实数据集，其中包括三个胚胎发育的单细胞RNA测序数据集和三个肿瘤数据集
39	2024-09-10	Integrated Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unravels the Influences of SARS-CoV-2 Infections to Cancer Patients 2022-Dec-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415698 PMID:36555339	研究论文	本研究通过综合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了SARS-CoV-2感染对癌症患者的影响	首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了COVID-19患者中与癌症相关的共同差异表达基因，并构建了多个分子网络以识别潜在的治疗靶点	研究主要基于已有的RNA测序数据，未进行体内或体外实验验证，因此结果的临床应用需进一步验证	揭示SARS-CoV-2感染对癌症患者的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	COVID-19患者中的癌症患者，特别是与急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和肺纤维化（PF）相关的分子机制	生物信息学	呼吸系统疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19患者及其癌症状态的数据，具体样本数量未明确提及
40	2024-09-10	Spatial-ID: a cell typing method for spatially resolved transcriptomics via transfer learning and spatial embedding 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35288-0 PMID:36496406	研究论文	提出了一种基于迁移学习和空间嵌入的空间转录组细胞类型注释方法Spatial-ID	结合了参考单细胞RNA-seq数据和空间转录组数据的空间信息，提高了细胞类型注释的准确性	NA	开发一种新的方法来提高空间转录组数据的细胞类型注释精度	空间转录组数据中的细胞类型	空间转录组学	NA	空间转录组学	迁移学习	空间转录组数据	公开的空间转录组数据集和自收集的小鼠大脑半球数据集