单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-11-19	Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad091 PMID:37889009	研究论文	介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具	开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题	NA	开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22	2024-10-20	Correlated gene modules uncovered by high-precision single-cell transcriptomics 2022-12-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2206938119 PMID:36508663	研究论文	本文介绍了一种高精度单细胞转录组学方法，用于揭示基因表达的相关模块	提出了一种新的方法MALBAC-DT，通过测量单细胞中稳态基因表达波动的相关性，更准确地捕获相关基因模块	NA	通过高精度单细胞转录组学方法揭示基因表达的相关模块，提升对基因组功能的理解	单细胞基因表达相关性及其在功能和调控关系中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	同质细胞群体中的多个单细胞样本
23	2024-10-16	Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease 2022-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35233-1 PMID:36463283	研究论文	本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究	本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测	NA	研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究	研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组技术	图自编码器	图像和基因表达数据	NA
24	2024-10-01	A method for low-coverage single-gamete sequence analysis demonstrates adherence to Mendel's first law across a large sample of human sperm 2022-12-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76383 PMID:36475543	研究论文	开发了一种名为rhapsodi的方法，用于分析低覆盖率的单配子测序数据，并验证了人类精子样本中孟德尔第一定律的遵守情况	提出了rhapsodi方法，利用稀疏的配子基因型数据进行二倍体基因组分型、缺失基因型推断和减数分裂重组断点的发现	研究主要集中在人类精子样本，可能不适用于其他物种或组织类型	验证孟德尔分离定律在人类精子中的遵守情况，并开发新的方法来分析低覆盖率的单配子测序数据	人类精子样本中的基因型数据和减数分裂重组事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因型数据	41,189个精子细胞，来自25名捐赠者
25	2024-09-30	Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring 2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204849 PMID:36354175	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征	首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征	百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组
26	2024-09-30	Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data 2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.12.13.520181 PMID:36561173	研究论文	提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达	CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题	未提及	开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达	单细胞RNA测序数据中的基因共表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本
27	2024-09-23	Elevating microglia TREM2 reduces amyloid seeding and suppresses disease-associated microglia 2022-12-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20212479 PMID:36107206	研究论文	研究探讨了在阿尔茨海默病早期阶段通过增强TREM2信号来减少淀粉样蛋白沉积和神经元退化的效果	首次展示了TREM2在阿尔茨海默病不同阶段对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探讨TREM2在阿尔茨海默病不同阶段的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞中的TREM2表达及其对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用微胶质细胞特异性诱导的小鼠模型进行研究
28	2024-09-23	Single-cell RNA-sequencing of retrieved human oocytes and eggs in clinical practice and for human ovarian cell atlasing 2022-12, Molecular reproduction and development IF:2.7Q2 DOI:10.1002/mrd.23648 PMID:36264989	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用	探讨了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞图谱构建和体外受精治疗中的应用	未提及	探讨单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用	人类卵巢细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未提及
29	2024-09-23	Context-specific regulation and function of mRNA alternative polyadenylation 2022-12, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-022-00507-5 PMID:35798852	综述	本文综述了mRNA选择性多聚腺苷酸化的特定调控机制及其功能	讨论了单细胞RNA测序和CRISPR-Cas技术在解析选择性3' UTR中的最新进展，并介绍了基于APA的RNA疗法	NA	探讨APA的动态精细调控机制及其在基因调控程序中的整合作用	mRNA选择性多聚腺苷酸化及其在细胞响应环境变化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas技术	NA	RNA	NA
30	2024-09-23	RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01669-y PMID:36396787	研究论文	本文介绍了一种名为RS-FISH的软件，用于在二维和三维显微镜图像中进行荧光原位杂交（FISH）点的精确检测	RS-FISH软件提供了交互式参数调整功能，并能通过分布式处理在台式机、集群或云端上扩展到大型数据集和图像体积	NA	开发一种准确、快速且用户友好的软件，用于在显微镜图像中检测FISH点	FISH点的检测	计算机视觉	NA	荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	NA
31	2024-09-23	Image-seq: spatially resolved single-cell sequencing guided by in situ and in vivo imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01673-2 PMID:36424441	研究论文	本文介绍了一种名为Image-seq的技术，该技术通过图像引导从特定空间位置分离细胞，并进行单细胞转录组测序，从而保留目标细胞的空间信息	Image-seq技术结合了空间信息和高度敏感的RNA测序结果，能够记录被分析细胞的时间和动态历史	NA	开发一种能够保留细胞空间信息并进行单细胞转录组测序的技术	骨髓和白血病细胞	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	图像	NA
32	2024-09-23	Combined MEK and STAT3 Inhibition Uncovers Stromal Plasticity by Enriching for Cancer-Associated Fibroblasts With Mesenchymal Stem Cell-Like Features to Overcome Immunotherapy Resistance in Pancreatic Cancer 2022-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.07.076 PMID:35948109	研究论文	研究探讨了联合使用MEK和STAT3抑制剂在胰腺癌中克服免疫治疗抵抗的作用	首次揭示了联合MEK和STAT3抑制剂通过改变癌症相关成纤维细胞的特性，克服胰腺癌的免疫治疗抵抗	研究主要基于小鼠模型和单一临床病例，需要更多临床试验验证	探讨联合MEK和STAT3抑制剂在胰腺癌中克服免疫治疗抵抗的机制	胰腺癌中的癌症相关成纤维细胞和免疫微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和单一临床病例
33	2024-09-11	Clustering Deviation Index (CDI): a robust and accurate internal measure for evaluating scRNA-seq data clustering 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02825-5 PMID:36575517	研究论文	本文提出了一种新的聚类偏差指数（CDI），用于评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	CDI能够测量任何聚类标签集与观测到的单细胞数据之间的偏差，并通过模拟和实验验证了其选择最优聚类标签集的能力	NA	开发一种新的内部指标来评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据的聚类标签集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
34	2024-09-11	Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02820-w PMID:36575523	研究论文	本文提出了一种基于生物启发的数据驱动质量控制框架，用于单细胞转录组学中的科学发现	本文提出了一个无监督的自适应质量控制框架，能够在细胞类型层面进行灵活的数据驱动质量控制，同时保留关键的生物学见解和提高下游分析的效力	NA	改进单细胞RNA测序数据分析中的质量控制方法	单细胞RNA测序数据中的细胞质量控制	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织、细胞类型、技术、研究条件和物种的样本
35	2024-09-11	Diverse monogenic subforms of human spermatogenic failure 2022-12-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35661-z PMID:36572685	研究论文	本研究通过外显子测序分析了1000多例临床诊断为非阻塞性无精子症（NOA）的病例，发现了20%的病例存在可能的隐性孟德尔遗传原因，并进一步支持了21个基因在2072例病例和11,587例生育对照中的2阶段负担测试结果	本研究首次通过外显子测序和单细胞RNA测序数据的整合，揭示了非阻塞性无精子症的分子亚型及其在不同物种中的相似性，为男性不育的复杂遗传学提供了概念框架	本研究主要集中在非阻塞性无精子症的遗传基础分析，未涵盖其他类型的男性不育症	探讨非阻塞性无精子症的遗传基础，并为男性不育症的分类提供理论依据	非阻塞性无精子症病例及其相关基因	遗传学	男性不育症	外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据、RNA数据	1000多例非阻塞性无精子症病例、2072例病例、11,587例生育对照
36	2024-09-11	Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization 2022-12-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04351-3 PMID:36572749	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析，揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化	首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化	NA	研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化	金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	11,444个ohnolog对
37	2024-09-11	SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure 2022-12-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369 PMID:36590683	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法，用于识别具有空间变化相关结构的基因集	SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异，这是现有方法无法实现的	NA	开发一种新的统计方法，用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构	空间转录组数据中的基因集	生物信息学	皮肤鳞状细胞癌	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
38	2024-09-11	Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes? 2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society IF:3.0Q2 DOI:10.1210/jendso/bvac188 PMID:36578881	研究论文	研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性，并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用	研究仅限于小鼠模型，且在单细胞水平上的相关性较弱	探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	皮质类固醇受体（MR和GR）及其靶基因GILZ的mRNA表达	NA	NA	原位杂交	NA	mRNA	雄性小鼠
39	2024-09-11	DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning 2022-12-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac901 PMID:36250636	研究论文	本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法，并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据	NA	开发一种准确且通用的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据	机器学习	乳腺癌	深度学习	深度学习框架	空间转录组数据	涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集
40	2024-09-10	Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment 2022-12-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02828-2 PMID:36550535	研究论文	本文通过结合单细胞和批量转录组测序数据，分析了胃癌肿瘤微环境中的关键特征	首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中非上皮细胞的类型和转录程序，揭示了与恶性转化相关的细胞类型	研究样本仅限于24名未经治疗的胃癌患者，可能无法完全代表所有胃癌病例	深入了解胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序，以识别新的潜在生物标志物	胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序	数字病理学	胃癌	RNA测序	NA	转录组数据	24名未经治疗的胃癌患者，共96,623个非上皮细胞