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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2024-09-11 |
Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics
2022-12-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02820-w
PMID:36575523
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物启发的数据驱动质量控制框架,用于单细胞转录组学中的科学发现 | 本文提出了一个无监督的自适应质量控制框架,能够在细胞类型层面进行灵活的数据驱动质量控制,同时保留关键的生物学见解和提高下游分析的效力 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的质量控制方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞质量控制 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种组织、细胞类型、技术、研究条件和物种的样本 |
22 | 2024-09-11 |
Diverse monogenic subforms of human spermatogenic failure
2022-12-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35661-z
PMID:36572685
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研究论文 | 本研究通过外显子测序分析了1000多例临床诊断为非阻塞性无精子症(NOA)的病例,发现了20%的病例存在可能的隐性孟德尔遗传原因,并进一步支持了21个基因在2072例病例和11,587例生育对照中的2阶段负担测试结果 | 本研究首次通过外显子测序和单细胞RNA测序数据的整合,揭示了非阻塞性无精子症的分子亚型及其在不同物种中的相似性,为男性不育的复杂遗传学提供了概念框架 | 本研究主要集中在非阻塞性无精子症的遗传基础分析,未涵盖其他类型的男性不育症 | 探讨非阻塞性无精子症的遗传基础,并为男性不育症的分类提供理论依据 | 非阻塞性无精子症病例及其相关基因 | 遗传学 | 男性不育症 | 外显子测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因数据、RNA数据 | 1000多例非阻塞性无精子症病例、2072例病例、11,587例生育对照 |
23 | 2024-09-11 |
Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization
2022-12-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04351-3
PMID:36572749
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析,揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化 | 首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化 | NA | 研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化 | 金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 基因表达数据 | 11,444个ohnolog对 |
24 | 2024-09-11 |
SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure
2022-12-19, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369
PMID:36590683
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法,用于识别具有空间变化相关结构的基因集 | SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异,这是现有方法无法实现的 | NA | 开发一种新的统计方法,用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构 | 空间转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
25 | 2024-09-11 |
Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes?
2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society
IF:3.0Q2
DOI:10.1210/jendso/bvac188
PMID:36578881
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研究论文 | 研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系 | 探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性,并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用 | 研究仅限于小鼠模型,且在单细胞水平上的相关性较弱 | 探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系 | 皮质类固醇受体(MR和GR)及其靶基因GILZ的mRNA表达 | NA | NA | 原位杂交 | NA | mRNA | 雄性小鼠 |
26 | 2024-09-11 |
DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning
2022-12-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac901
PMID:36250636
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架,用于在空间转录组学中识别空间域 | DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法,并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据 | NA | 开发一种准确且通用的深度学习框架,用于在空间转录组学中识别空间域 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 深度学习 | 深度学习框架 | 空间转录组数据 | 涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集 |
27 | 2024-09-10 |
Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment
2022-12-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02828-2
PMID:36550535
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量转录组测序数据,分析了胃癌肿瘤微环境中的关键特征 | 首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中非上皮细胞的类型和转录程序,揭示了与恶性转化相关的细胞类型 | 研究样本仅限于24名未经治疗的胃癌患者,可能无法完全代表所有胃癌病例 | 深入了解胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序,以识别新的潜在生物标志物 | 胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 24名未经治疗的胃癌患者,共96,623个非上皮细胞 |
28 | 2024-09-10 |
Single-cell transcriptome reveals dominant subgenome expression and transcriptional response to heat stress in Chinese cabbage
2022-12-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02834-4
PMID:36536447
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序分析了白菜叶在不同细胞类型中的转录组特征及其对高温胁迫的响应 | 首次在单细胞分辨率下分析了白菜叶的转录组特征,并揭示了不同亚基因组在不同细胞类型中的表达差异及高温胁迫下的转录响应 | NA | 研究白菜叶发育过程中的转录调控网络及其对高温胁迫的响应 | 白菜叶的单细胞转录组及其对高温胁迫的响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 30,000个单细胞 |
29 | 2024-09-10 |
Protocol to benchmark gene expression signature scoring techniques for single-cell RNA sequencing data in cancer
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101877
PMID:36595948
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研究论文 | 本文描述了在癌症单细胞RNA测序数据中基准测试基因表达特征评分技术的步骤 | 提出了在基因丢失不均匀的情况下基准测试单细胞RNA测序算法的方法 | NA | 基准测试单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术 | 癌症单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
30 | 2024-09-10 |
Single-Cell DNA Methylation Analysis in Cancer
2022-Dec-14, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14246171
PMID:36551655
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综述 | 本文探讨了单细胞DNA甲基化分析在癌症研究中的潜力及其对临床应用的影响 | 本文介绍了单细胞DNA甲基化分析技术,该技术能够揭示癌症细胞的异质性,识别亚群并追踪细胞谱系 | 本文指出了单细胞DNA甲基化测序技术面临的实验、生物信息学和实际挑战 | 探讨单细胞测序技术在理解癌症生物学中的潜力及其对临床应用的影响 | 癌症细胞的DNA甲基化模式 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞DNA甲基化测序 | NA | DNA甲基化数据 | NA |
31 | 2024-09-10 |
Microbiota-host crosstalk in the newborn and adult rumen at single-cell resolution
2022-12-14, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-022-01490-1
PMID:36514051
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研究论文 | 研究了新生和成年反刍动物瘤胃中微生物与宿主的相互作用,通过单细胞转录组学揭示了瘤胃组织的细胞组成和发育过程中的互惠共生关系 | 首次通过单细胞RNA测序构建了新生和成年反刍动物瘤胃上皮的全面细胞图谱,并揭示了瘤胃发育过程中微生物与宿主的相互作用 | NA | 研究瘤胃发育和功能,并探讨其对牛奶和肉类生产的影响 | 新生和成年反刍动物的瘤胃组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 49,689个高质量单细胞 |
32 | 2024-09-10 |
Spatial transcriptomics landscape of lesions from non-communicable inflammatory skin diseases
2022-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35319-w
PMID:36513651
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研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了非传染性炎症性皮肤疾病的病变特征 | 本文首次通过空间转录组学技术,分析了非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞浸润和细胞因子表达模式 | 样本量相对较小,仅包括31名患者 | 研究非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞和细胞因子表达模式 | 非传染性炎症性皮肤疾病的病变组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 31名患者的62,000个空间定义的人类皮肤转录组 |
33 | 2024-09-10 |
Identifying the critical state of complex biological systems by the directed-network rank score method
2022-12-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac707
PMID:36282843
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研究论文 | 本文提出了一种无模型的方法,即有向网络排名分数(DNRS),用于检测复杂生物系统中临界转变的早期预警信号 | 本文的创新点在于提出了一种新的计算方法DNRS,通过探索基因合作效应的动态变化来识别复杂生物系统中的临界点 | NA | 揭示复杂生物系统中临界转变的潜在机制 | 复杂生物系统中的临界点和转变状态 | 生物信息学 | NA | RNA测序(RNA-seq) | NA | 基因数据 | 包括模拟数据和六个真实数据集,其中包括三个胚胎发育的单细胞RNA测序数据集和三个肿瘤数据集 |
34 | 2024-09-10 |
Integrated Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unravels the Influences of SARS-CoV-2 Infections to Cancer Patients
2022-Dec-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232415698
PMID:36555339
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研究论文 | 本研究通过综合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示了SARS-CoV-2感染对癌症患者的影响 | 首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据,识别了COVID-19患者中与癌症相关的共同差异表达基因,并构建了多个分子网络以识别潜在的治疗靶点 | 研究主要基于已有的RNA测序数据,未进行体内或体外实验验证,因此结果的临床应用需进一步验证 | 揭示SARS-CoV-2感染对癌症患者的分子机制,并识别潜在的治疗靶点 | COVID-19患者中的癌症患者,特别是与急性呼吸窘迫综合征(ARDS)和肺纤维化(PF)相关的分子机制 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及COVID-19患者及其癌症状态的数据,具体样本数量未明确提及 |
35 | 2024-09-10 |
Spatial-ID: a cell typing method for spatially resolved transcriptomics via transfer learning and spatial embedding
2022-12-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35288-0
PMID:36496406
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研究论文 | 提出了一种基于迁移学习和空间嵌入的空间转录组细胞类型注释方法Spatial-ID | 结合了参考单细胞RNA-seq数据和空间转录组数据的空间信息,提高了细胞类型注释的准确性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间转录组数据的细胞类型注释精度 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 迁移学习 | 空间转录组数据 | 公开的空间转录组数据集和自收集的小鼠大脑半球数据集 |
36 | 2024-09-10 |
Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Inhibit Triple-Negative Breast Cancer Cell Stemness and Metastasis via an ALKBH5-Dependent Mechanism
2022-Dec-09, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14246059
PMID:36551544
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研究论文 | 研究探讨了骨髓间充质干细胞衍生的外泌体通过ALKBH5依赖的机制抑制三阴性乳腺癌细胞的干细胞特性和转移 | 首次揭示了ALKBH5在三阴性乳腺癌中的作用及其通过m6A修饰调控UBE2C和p53的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析和动物实验,缺乏临床数据验证 | 探讨ALKBH5在三阴性乳腺癌中的作用及其分子机制 | 三阴性乳腺癌细胞的干细胞特性和转移 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA表达数据 | 从TCGA和GEO数据库下载的RNA表达数据和单细胞RNA测序数据 |
37 | 2024-09-10 |
Single-cell profiles reveal tumor cell heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in Waldenström macroglobulinemia
2022-12-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03798-6
PMID:36494694
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研究论文 | 研究揭示了Waldenström巨球蛋白血症(WM)中肿瘤细胞的异质性和免疫抑制微环境 | 发现了两种新型恶性细胞亚群,CD19+CD3+和CD138+CD3+,并揭示了它们在WM发展中的潜在作用 | NA | 深入理解Waldenström巨球蛋白血症中肿瘤细胞的生物异质性和免疫抑制微环境 | Waldenström巨球蛋白血症中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
38 | 2024-09-10 |
Embryonic origins of adult pluripotent stem cells
2022-Dec-08, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.008
PMID:36493754
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研究论文 | 本文研究了成年多能干细胞(aPSCs)在胚胎发育过程中的形成机制 | 首次揭示了成年多能干细胞在胚胎发育中的形成机制,并识别出相关的分子轨迹 | 研究仅限于Hofstenia miamia这一特定物种,结果的普适性有待进一步验证 | 探讨成年多能干细胞在胚胎发育中的起源和形成机制 | 成年多能干细胞及其在胚胎发育中的起源 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及Hofstenia miamia的胚胎和成年多能干细胞 |
39 | 2024-09-10 |
Construction of transcriptome atlas of white yak hair follicle during anagen and catagen using single-cell RNA sequencing
2022-Dec-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-09003-8
PMID:36482306
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了白牦牛毛囊在生长期和退行期的转录组图谱 | 首次揭示了白牦牛毛囊从生长期到退行期不同细胞类型的基因表达变化规律 | 研究仅限于白牦牛的肩胛皮肤样本,未涵盖其他部位或其他品种的毛囊 | 探讨白牦牛毛囊在生长期和退行期的基因表达变化及其调控机制 | 白牦牛毛囊在生长期和退行期的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24,124个单细胞 |
40 | 2024-09-10 |
A Poisson reduced-rank regression model for association mapping in sequencing data
2022-Dec-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-05054-6
PMID:36482321
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研究论文 | 本文开发了一种基于泊松分布的降秩回归模型,用于在测序数据中进行关联映射 | 提出了一个基于泊松分布的降秩回归模型,以解决传统方法在处理单细胞RNA测序数据时的计算成本高和忽略基因表达相关性的问题 | NA | 解决传统方法在处理单细胞RNA测序数据时的计算成本高和忽略基因表达相关性的问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达与细胞特异性协变量之间的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 降秩回归模型 | 基因表达数据 | NA |