单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-08	Impacts of neoadjuvant chemoradiotherapy on the immune landscape of esophageal squamous cell carcinoma 2022-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104371 PMID:36434949	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新辅助化疗放疗对食管鳞状细胞癌免疫微环境的影响	首次全面描绘了新辅助化疗放疗相关的免疫变化，为理解食管鳞状细胞癌对新辅助化疗放疗的免疫机制提供了深入见解	NA	探究新辅助化疗放疗对食管鳞状细胞癌肿瘤免疫微环境的影响	食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗放疗前后的免疫微环境变化	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	8名男性患者的8个新辅助化疗放疗前样本和7个新辅助化疗放疗后样本
222	2024-08-08	Relative infectivity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in human alveolar cells 2022-Dec-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105571 PMID:36406862	研究论文	本文通过整合人肺泡类器官和单细胞转录组测序技术，评估了SARS-CoV-2变种（包括GR、Alpha、Delta和Omicron）对人类肺泡细胞的相对感染性	首次在多病毒共感染条件下测量了Omicron变种的相对感染性，并提供了新的实验程序用于监测新兴病毒变种	NA	比较不同SARS-CoV-2变种的感染性，为公共卫生提供关键信息	SARS-CoV-2的GR、Alpha、Delta和Omicron变种	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组	涉及四种高传染性SARS-CoV-2变种
223	2024-08-08	Somatic mutations of activating signalling, transcription factor, and tumour suppressor are a precondition for leukaemia transformation in myelodysplastic syndromes 2022-12, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.17613 PMID:36380727	研究论文	本文通过配对自控测序技术，包括靶向、全外显子和单细胞RNA测序，分析了72名从骨髓增生异常综合征（MDS）转变为急性髓系白血病（AML）的患者，以寻找与AML转化相关的突变（TRMs）。	首次通过配对自控测序技术，结合靶向、全外显子和单细胞RNA测序，系统地分析了MDS向AML转化过程中的相关突变。	研究仅限于一小部分基因，且样本量相对较小。	探究骨髓增生异常综合征向急性髓系白血病转化的生物学机制。	72名从骨髓增生异常综合征转变为急性髓系白血病的患者。	数字病理学	白血病	靶向测序、全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据	72名患者
224	2024-08-08	Glucagon-like Peptide-1 receptor Tie2+ cells are essential for the cardioprotective actions of liraglutide in mice with experimental myocardial infarction 2022-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101641 PMID:36396031	研究论文	本文研究了胰高血糖素样肽-1受体（GLP-1R）在心肌梗死小鼠模型中的心脏保护作用，特别是GLP-1R在Tie2+细胞中的表达及其对liraglutide治疗反应的影响	首次揭示了小鼠Tie2+内皮细胞GLP-1R作为GLP-1R激动剂心脏保护作用的关键靶点，并强调了心脏GLP-1R表达的物种特异性差异	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心脏中GLP-1R的作用机制	探讨GLP-1R在心肌梗死中的心脏保护作用及其在不同细胞类型中的表达	小鼠和人类心脏细胞中的GLP-1R表达及其在心肌梗死中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选，RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列数据	小鼠和人类心脏细胞样本
225	2024-08-08	Dual-Stream Subspace Clustering Network for revealing gene targets in Alzheimer's disease 2022-12, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106305 PMID:36401971	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络的新型基因聚类方法——双流子空间聚类网络（DS-SCNet），用于从大规模单细胞RNA-seq数据中准确识别重要基因簇	DS-SCNet能够在大规模单细胞RNA-seq数据中准确识别重要基因簇，并在模拟数据集上优于主流基因聚类方法	NA	揭示阿尔茨海默病中的基因靶点	单细胞RNA-seq数据中的基因簇	机器学习	阿尔茨海默病	scRNA-seq	CNN	基因表达数据	分析了包含10,850个基因的单细胞RNA-seq数据，来自6673个细胞
226	2024-08-08	Directly induced human retinal ganglion cells mimic fetal RGCs and are neuroprotective after transplantation in vivo 2022-12-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.011 PMID:36368332	研究论文	本文开发了一种快速协议，用于从人干细胞直接诱导视网膜神经节细胞（iRGC）的分化，并通过钙成像和单细胞RNA测序验证了其与胎儿视网膜神经节细胞的高度相似性，并展示了其在移植后的神经保护功能。	本文首次展示了直接诱导的人视网膜神经节细胞（iRGC）与胎儿视网膜神经节细胞的高度相似性，并证明了其在移植后的神经保护功能。	NA	开发一种新的视网膜神经节细胞替换疗法，以恢复青光眼和其他视神经病变患者的视力。	人干细胞直接诱导的视网膜神经节细胞（iRGC）及其在移植后的功能。	干细胞研究	视神经病变	钙成像，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
227	2024-08-08	Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05400-x PMID:36352227	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了189个肝癌样本，揭示了肝癌免疫微环境的不同亚型及其与临床相关性的联系	首次详细描述了肝癌免疫微环境的五种亚型，并揭示了肿瘤相关中性粒细胞在免疫抑制中的作用	NA	探究肝癌免疫微环境的异质性及其与临床相关性的联系	肝癌患者的免疫微环境和肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	189个样本，包括124名患者和8只小鼠
228	2024-08-08	Tissue-resident memory T cells: The key frontier in local synovitis memory of rheumatoid arthritis 2022-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2022.102950 PMID:36356551	研究论文	本文探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留记忆T细胞（T）在局部滑膜炎记忆中的作用	提出使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学技术来探索T细胞在时间和空间维度上的基因表达模式，以识别特定的治疗靶点	目前对滑膜T细胞的异质性了解不明确	研究T细胞在RA局部复发和器官受累中的作用，并探索新的治疗方法	组织驻留记忆T细胞（T）及其在RA中的作用	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明
229	2024-08-08	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	本文展示了利用图神经网络基于组织样本中的空间蛋白质分布来模拟肿瘤微环境，并将其建模为局部子图，以捕捉与不同临床结果相关的独特细胞相互作用	本文提出的图深度学习模型在预测患者结果方面比基于细胞类型局部组成的深度学习方法更为准确，并提供了关于肿瘤细胞和粒细胞空间分隔对患者预后影响的见解	NA	研究如何从多重免疫荧光成像的丰富数据集中识别和表征与疾病相关的微环境	人类头颈部和结直肠癌的组织样本	计算机视觉	头颈部癌, 结直肠癌	多重免疫荧光成像	图神经网络	图像	40-plex免疫荧光成像应用于人类头颈部和结直肠癌的组织样本
230	2024-08-08	A transient inflammatory response contributes to oxaliplatin neurotoxicity in mice 2022-Dec, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.51691 PMID:36369764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了背根神经节中小神经元和卫星胶质细胞的转录组，揭示了奥沙利铂引起的神经毒性与炎症反应的关系。	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了奥沙利铂神经毒性中炎症反应的分子机制，并提出了抗炎策略作为预防奥沙利铂引起的外周神经病变的新治疗方法。	NA	确定奥沙利铂神经毒性发展的确切分子机制，并寻找新的治疗靶点。	小鼠模型的背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞。	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
231	2024-08-08	Epigenomic landscape study reveals molecular subtypes and EBV-associated regulatory epigenome reprogramming in nasopharyngeal carcinoma 2022-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104357 PMID:36371985	研究论文	本研究通过整合全基因组亚硫酸氢盐测序、转座酶可及染色质测序、全外显子测序和单细胞RNA测序数据，探讨了EB病毒相关表观遗传失调在鼻咽癌中的作用	发现了EB病毒阳性鼻咽癌中一种新的全局低甲基化亚型，并识别了EB病毒特异性差异甲基化区域，这些区域与CTCF结合丢失相关	NA	揭示鼻咽癌中的表观遗传异质性，并探讨EB病毒感染与宿主因子在病毒相关表观遗传变化中的作用	鼻咽癌中的EB病毒相关表观遗传失调	数字病理学	鼻咽癌	全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）、转座酶可及染色质测序（ATAC-Seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因组数据、转录组数据	NA
232	2024-08-08	Single-cell mapping reveals dysregulation of immune cell populations and VISTA+ monocytes in myasthenia gravis 2022-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2022.109184 PMID:36372318	研究论文	本研究通过单细胞测序和流式细胞术分析了重症肌无力患者和健康对照者的免疫细胞组成和功能变化	首次揭示了重症肌无力患者中VISTA+单核细胞的增加以及多种免疫检查点的异常表达	研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	探究重症肌无力患者免疫细胞的异常调控及其潜在的生物标志物	重症肌无力患者和健康对照者的血液样本	免疫学	重症肌无力	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名未接受免疫抑制治疗的重症肌无力患者和10名性别及年龄匹配的健康对照者，以及外部验证队列中的38名重症肌无力患者和21名健康对照者
233	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing for traumatic spinal cord injury 2022-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202200943R PMID:36374259	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在创伤性脊髓损伤（tSCI）研究中的应用，分析了损伤后脊髓微环境的细胞和分子变化	利用scRNA-seq技术深入研究了tSCI后脊髓细胞类型的多样性和细胞间通讯的分子机制	NA	探索tSCI后脊髓微环境的细胞和分子变化，以及细胞间通讯的机制	创伤性脊髓损伤后的脊髓细胞和分子变化	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
234	2024-08-08	Twist2-expressing cells reside in human skeletal muscle and are responsive to aging and resistance exercise training 2022-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201349RR PMID:36374263	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析和免疫荧光染色，证明了Twist2表达细胞在人体骨骼肌中的存在及其定位，并探讨了这些细胞对衰老和阻力训练的响应	首次在人体骨骼肌中发现Twist2表达细胞，并证实这些细胞与小鼠中的Twist2表达细胞在转录水平上高度相似	尚未完全阐明Twist2表达细胞的成肌潜能及其与肌肉质量或肌肉纤维横截面积的关系	探讨Twist2表达细胞在人体骨骼肌中的存在及其对衰老和阻力训练的响应	人体骨骼肌中的Twist2表达细胞及其对衰老和阻力训练的响应	NA	NA	单细胞RNA测序分析，免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像	年轻和老年人的骨骼肌活检样本，以及进行12周阻力训练的人体样本
235	2024-08-08	Multiplexed analysis of gene expression and chromatin accessibility of human umbilical cord blood using scRNA-Seq and scATAC-Seq 2022-12, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2022.10.013 PMID:36375296	研究论文	本研究利用scRNA-Seq和scATAC-Seq技术对人类脐带血细胞的基因表达和染色质可及性进行了无偏分析	首次全面揭示了脐带血细胞在不同孕周的基因表达和染色质可及性特征	NA	深入理解脐带血细胞的染色质景观和调控网络	人类脐带血细胞的基因表达和染色质可及性	数字病理学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	31至37孕周的脐带血细胞样本
236	2024-08-08	scSSA: A clustering method for single cell RNA-seq data based on semi-supervised autoencoder 2022-12, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2022.10.006 PMID:36377123	研究论文	本文提出了一种基于半监督自编码器的单细胞RNA测序数据聚类方法scSSA	scSSA结合了半监督自编码器、快速独立成分分析和高斯混合聚类，充分利用了现有的生物信息	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	半监督自编码器	基因表达数据	10个公共单细胞RNA测序数据集
237	2024-08-08	TREM2 knockdown improves the therapeutic effect of PD-1 blockade in hepatocellular carcinoma 2022-12-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.10.079 PMID:36332476	研究论文	研究通过使用自补体腺相关病毒（scAAV）在体内有效抑制肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的TREM2表达，发现TREM2敲低能抑制肝细胞癌的生长，并增强PD-1免疫检查点阻断疗法的效果	首次揭示了TREM2在肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的表达功能，并发现TREM2敲低能重塑TAMs为免疫刺激状态，增强PD-1阻断疗法的疗效	NA	探讨TREM2在肝细胞癌中的作用及其对PD-1阻断疗法效果的影响	肝细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用TREM2敲除小鼠和野生型小鼠进行比较研究
238	2024-08-08	Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795 PMID:36325581	研究论文	本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺癌肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息	提出了一种名为PADME的新方法，通过光转换区域来解剖微环境，从而在分离单细胞的同时保留其空间定位	NA	开发一种新的技术方法，用于在分离活单细胞的同时保留其空间信息	原发性乳腺癌肿瘤中的活单细胞	数字病理学	乳腺癌	荧光激活细胞分选（FACS）	NA	细胞	NA
239	2024-08-08	Rethinking the visceral innervation --- Peek into the emerging field of molecular dissection of neural signals 2022-12-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.09.011 PMID:36344152	研究论文	本文探讨了神经系统与内脏之间的交流，特别是内脏神经支配的细胞和分子特性，并介绍了单细胞RNA测序等新兴技术在神经科学中的应用	本文利用单细胞RNA测序等新兴技术，为解决内脏神经支配的未解之谜提供了强大的工具	NA	旨在基于最新的研究进展，深入理解神经系统在维持体内平衡中的整合作用	神经系统与内脏之间的交流及其细胞和分子特性	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
240	2024-08-08	Combined PD-L1 and TIM3 blockade improves expansion of fit human CD8+ antigen-specific T cells for adoptive immunotherapy 2022-Dec-08, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2022.09.016 PMID:36320412	研究论文	本文研究了通过结合PD-L1和TIM3阻断剂来改善人类CD8+抗原特异性T细胞的扩增，以用于过继免疫治疗	本文首次提出结合PD-L1和TIM3阻断剂来改善抗原特异性T细胞的扩增，而不引起T细胞功能障碍	研究主要集中在EBV和WT1抗原特异性CD8 T细胞上，可能不适用于所有类型的抗原特异性T细胞	旨在改善抗原特异性T细胞的扩增，以提高过继免疫治疗的效果	人类CD8+抗原特异性T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)和T细胞受体(TCR)谱分析	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及