单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 328 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors
2022-12-08, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-022-01585-1
PMID:36482488
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群，与ER阳性乳腺癌复发相关 | 发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群，并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性 | NA | 鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路 | ER阳性乳腺癌干细胞样细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系 |
| 182 | 2024-08-08 |
Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients
2022-12-07, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-022-02959-8
PMID:36476557
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研究论文 | 研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义 | 首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低，并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联 | NA | 探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用 | Sjögren's综合征患者的唾液腺 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光检测 | NA | RNA, 蛋白质 | 44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者 |
| 183 | 2024-08-08 |
Multiregional single-cell dissection of tumor and immune cells reveals stable lock-and-key features in liver cancer
2022-12-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35291-5
PMID:36476645
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研究论文 | 本研究通过多区域单细胞RNA测序分析，揭示了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的稳定分子网络特征 | 本研究首次通过大规模单细胞RNA测序数据，验证了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞间的关键配体-受体相互作用对，为治疗探索提供了新路径 | NA | 揭示肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的分子网络特征，为治疗探索提供新思路 | 肝癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 7名肝癌患者（4名肝细胞癌，3名肝内胆管癌），以及额外的542名肝细胞癌患者和12名肝内胆管癌患者 |
| 184 | 2024-08-08 |
Extracellular traps from activated vascular smooth muscle cells drive the progression of atherosclerosis
2022-12-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35330-1
PMID:36473863
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研究论文 | 本研究探讨了活化的血管平滑肌细胞（VSMCs）释放的细胞外DNA陷阱（ETs）在动脉粥样硬化进展中的作用 | 首次展示了通过AAV8介导的PCSK9突变过表达和Cl-amidine及DNase I处理抑制ETs，从而减轻动脉粥样硬化斑块形成 | NA | 研究CD68 VSMCs与ETs形成之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的功能 | CD68 VSMCs和ETs | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用了Myh11Pad4雄性小鼠模型 |
| 185 | 2024-08-08 |
Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2022-Dec-06, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-022-10305-z
PMID:36474171
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现内皮细胞（ECs）的标记基因，并结合传统的高通量RNA测序（bulk RNA-seq）构建胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后模型 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和传统RNA测序数据，构建了一个基于四个关键基因表达水平的GBM预后模型 | NA | 旨在发现内皮细胞的标记基因并构建胶质母细胞瘤患者的预后模型 | 内皮细胞的标记基因及胶质母细胞瘤患者的预后 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），高通量RNA测序（bulk RNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF）算法 | RNA序列数据 | 10个scRNA-seq和bulk RNA-seq数据样本 |
| 186 | 2024-08-08 |
Reconstruction of the gastric cancer microenvironment after neoadjuvant chemotherapy by longitudinal single-cell sequencing
2022-12-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03792-y
PMID:36474268
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者在接受新辅助化疗前后肿瘤微环境的变化 | 首次在分子水平上研究了胃癌新辅助化疗后肿瘤微环境的响应，揭示了治疗前后细胞类型和转录程序的变化 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 深入理解胃癌新辅助化疗的机制，并推动潜在优化治疗程序和新药的开发 | 胃癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 11名胃癌患者的14个样本，包括4个治疗前样本、4个治疗后样本和3对治疗前后配对样本 |
| 187 | 2024-08-08 |
Developmental trajectories of thalamic progenitors revealed by single-cell transcriptome profiling and Shh perturbation
2022-12-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111768
PMID:36476860
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和Shh扰动，揭示了丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用 | 首次应用纵向单细胞RNA测序和区域性Shh取消来绘制丘脑前体细胞的发展轨迹，揭示了丘脑复杂结构的早期胚胎脑发育机制 | NA | 揭示丘脑发育的关键原则，并提供由丘脑功能障碍引起的神经发育障碍的机制性见解 | 丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用 | NA | 婴儿帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 188 | 2024-08-08 |
Dental niche cells directly contribute to tooth reconstitution and morphogenesis
2022-12-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111737
PMID:36476878
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研究论文 | 本文通过双荧光模型追踪和分析从胚胎到新生阶段的牙细胞，揭示了牙胚发育中的关键细胞动态和牙器官发生的新机制 | 首次发现牙微环境细胞能直接再生牙乳头细胞，并通过与牙上皮相互作用促进牙齿重建 | NA | 探究牙器官发生的细胞基础和机制 | 牙细胞及其在牙齿发育中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 189 | 2024-08-08 |
Secuer: Ultrafast, scalable and accurate clustering of single-cell RNA-seq data
2022-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010753
PMID:36469543
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研究论文 | 介绍了一种名为Secuer的超快速、可扩展且准确的单细胞RNA测序数据聚类算法 | Secuer通过采用基于锚点的二分图表示算法，显著减少了运行时间和内存使用，同时在小型和中等基准数据集上实现了与竞争方法相当或更好的准确性 | NA | 开发一种更高效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 二分图聚类算法 | 基因表达数据 | 超过100万个细胞的数据集 |
| 190 | 2024-08-08 |
K27M in canonical and noncanonical H3 variants occurs in distinct oligodendroglial cell lineages in brain midline gliomas
2022-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01205-w
PMID:36471070
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研究论文 | 本文通过综合分析116个肿瘤样本，包括单细胞转录组和染色质可及性、3D染色质结构和表观基因组特征，揭示了K27M突变型胶质瘤在发育基因上的染色质配置与解剖学上不同的少突胶质细胞前体细胞（OPCs）一致 | 本文首次展示了K27M突变型胶质瘤在不同H3变体中的细胞起源差异，并揭示了这些差异与肿瘤发生中的特定脆弱性相关 | 本文未详细讨论K27M突变对其他类型细胞的影响，以及这些突变在不同环境下的具体作用机制 | 研究K27M突变在不同H3变体中的细胞起源差异及其对胶质瘤发展的影响 | K27M突变型胶质瘤及其在不同H3变体中的细胞起源 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞转录组、染色质可及性分析、3D染色质结构分析 | NA | 基因组数据 | 116个肿瘤样本 |
| 191 | 2024-08-08 |
A two-stage digestion of whole murine knee joints for single-cell RNA sequencing
2022-Dec, Osteoarthritis and cartilage open
DOI:10.1016/j.ocarto.2022.100321
PMID:36474787
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研究论文 | 本文介绍了一种两阶段消化协议，用于从整个小鼠膝关节中提取细胞进行单细胞RNA测序 | 开发了一种快速的两阶段消化协议，以克服在准备适用于单细胞RNA测序的细胞悬液时遇到的技术挑战 | NA | 研究关节病理学中整个膝关节细胞的单细胞RNA测序应用 | 小鼠膝关节中的细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个小鼠的膝关节 |
| 192 | 2024-08-08 |
[Research Progress of Single-cell Transcriptome Sequencing Technology in Physiological Hematopoiesis--Review]
2022-Dec, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi
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综述 | 本文综述了近年来大规模单细胞转录组测序技术在生理性造血领域的研究进展 | 单细胞转录组测序技术为研究者提供了一个独特的视角，使得绘制生物体造血发育的最详细细胞命运转变图成为可能 | 由于技术限制，难以追踪造血器官中单细胞的造血活动 | 探讨单细胞转录组测序技术在生理性造血领域的应用 | 生理性造血过程中的细胞分化路径 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组 | 大规模单细胞 |
| 193 | 2024-08-08 |
Evaluation of pulmonary single-cell identity specificity in scRNA-seq analysis
2022-12, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1132
PMID:36495131
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-08 |
ACAP1 Deficiency Predicts Inferior Immunotherapy Response in Solid Tumors
2022-Dec-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14235951
PMID:36497434
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研究论文 | 本研究探讨了ACAP1在淋巴细胞中的表达及其对免疫治疗反应的影响 | 首次全面分析了ACAP1在肿瘤浸润淋巴细胞中的表达及其对免疫治疗反应的影响 | NA | 研究ACAP1在淋巴细胞中的功能及其对免疫治疗反应的预测作用 | ACAP1在淋巴细胞中的表达及其对免疫治疗反应的影响 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA测序, 单细胞测序, 免疫治疗队列, 基因集富集分析(GSEA) | NA | 基因组数据 | 多个批量RNA测序数据集, 单细胞测序数据集, 免疫治疗队列 |
| 195 | 2024-08-08 |
Naïve B cells with low differentiation improve the immune reconstitution of HIV-infected patients
2022-Dec-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105559
PMID:36465118
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康对照组、HIV感染的免疫应答者和非应答者的B细胞受体（BCR）谱和B细胞亚型，发现幼稚B细胞和记忆B细胞的基因片段使用主导，且BCR谱的多样性在免疫非应答者中降低。 | 研究发现幼稚B细胞的低分化与良好的免疫状态相关，并揭示了B细胞周期中免疫特异性基因IgD细胞在免疫非应答者中的降解机制。 | NA | 理解HIV感染后B细胞介导的免疫反应在免疫重建中的作用 | HIV感染患者的B细胞亚型和BCR谱 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及健康对照组、HIV感染的免疫应答者和非应答者的外周血单个核细胞 |
| 196 | 2024-08-08 |
B cell expansion hinders the stroma-epithelium regenerative cross talk during mucosal healing
2022-12-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.11.002
PMID:36462502
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研究论文 | 本文通过纵向研究肠道损伤和再生过程中的免疫细胞组成，揭示了B细胞在黏膜愈合过程中的作用及其对上皮-间质细胞相互作用的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了B细胞在肠道黏膜愈合中的具体作用机制 | NA | 探究影响肠道再生的细胞机制，特别是在黏膜愈合过程中B细胞的作用 | 肠道黏膜愈合过程中的免疫细胞组成及B细胞的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
Robust Graph Regularized NMF with Dissimilarity and Similarity Constraints for ScRNA-seq Data Clustering
2022-Dec-12, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.2c01305
PMID:36459053
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序（ScRNA-seq）数据表示模型，称为具有不相似性和相似性约束的鲁棒图正则化非负矩阵分解（RGNMF-DS），用于ScRNA-seq数据聚类 | 采用互补的正则化器（相似和不相似正则化器）来指导矩阵分解，并构建图正则化器以发现ScRNA-seq数据中隐藏的局部几何结构，同时采用-范数来测量重建误差，从而提高模型对噪声的鲁棒性 | NA | 解决直接聚类ScRNA-seq数据时由于其高维度和噪声导致的性能不佳问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 多个ScRNA-seq数据集 |
| 198 | 2024-08-08 |
Interferon-dependent SLC14A1+ cancer-associated fibroblasts promote cancer stemness via WNT5A in bladder cancer
2022-12-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.005
PMID:36459995
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱癌患者样本，发现一种由干扰素信号诱导的、高表达尿素转运蛋白SLC14A1的癌症相关成纤维细胞亚群，该亚群通过WNT5A旁分泌途径促进膀胱癌细胞的干细胞特性 | 首次报道了SLC14A1+癌症相关成纤维细胞在膀胱癌中的作用及其通过WNT5A途径促进干细胞特性的机制 | NA | 探讨癌症相关成纤维细胞在膀胱癌治疗反应和患者预后中的作用 | 膀胱癌患者的癌症相关成纤维细胞及其对癌细胞干细胞特性的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 膀胱癌患者样本 |
| 199 | 2024-08-08 |
Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses
2022-Dec-05, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01064-3
PMID:36464714
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研究论文 | 本研究比较了半自动和手动封闭系统在人类姐妹卵子玻璃化中的存活率和转录组分析 | 本研究采用了半自动玻璃化系统，并使用单细胞RNA测序技术评估了两种技术的转录组后果 | 本研究仅在姐妹卵子中进行了比较，且转录组差异较小 | 评估半自动卵子玻璃化技术的效率及其对转录组的影响 | 人类姐妹卵子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 200 | 2024-08-08 |
Targeting HER3 or MEK overcomes acquired Trastuzumab resistance in HER2-positive gastric cancer-derived xenograft
2022-Dec-03, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-022-01259-z
PMID:36463209
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研究论文 | 本研究通过建立胃癌PDX模型，探讨了HER2阳性胃癌对Trastuzumab产生耐药性的机制，并验证了联合使用HER3靶向抗体或MEK抑制剂作为克服耐药性的策略。 | 首次通过单细胞转录组测序、蛋白质组学和基因组变异分析全面描绘了Trastuzumab耐药性的分子机制，并验证了联合治疗策略的有效性。 | 研究仅限于动物模型，尚未在临床试验中验证。 | 探讨HER2阳性胃癌对Trastuzumab产生耐药性的机制，并寻找克服耐药性的新策略。 | HER2阳性胃癌及其对Trastuzumab的耐药性。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 两个PDX模型（176P和176R） |