单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-13	Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs 2022-12-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004 PMID:36473462	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和小RNA测序发现，体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）缺乏piRNA及其通路因子的完整表达	首次证明体外培养的mPGCLCs在分化早期阶段未能建立功能性piRNA通路，与体内E13.5及之后性原细胞的状态存在显著差异	研究仅针对特定分化时间点（第6天）的mPGCLCs，未涵盖更晚期的分化阶段或体内验证	探究体外分化的小鼠原始生殖细胞样细胞中piRNA通路的发育状态	小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、小RNA测序	NA	RNA测序数据、基因表达数据	多株第6天mPGCLC细胞系
2	2025-09-06	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	利用图神经网络分析组织样本中的空间蛋白质谱以表征肿瘤微环境	提出基于局部子图的图神经网络方法，捕捉与临床结果相关的独特细胞相互作用，相比基于细胞类型局部组成的深度学习方法显著提升预测准确性	NA	识别与癌症复发和患者生存相关的空间模式	人类头颈癌和结直肠癌组织样本	数字病理	癌症	40-plex免疫荧光成像	图神经网络（GNN）	空间蛋白质谱图像数据	NA
3	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）
4	2025-07-29	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	research paper	比较半自动与手动封闭系统在人卵母细胞玻璃化冷冻中的效果，包括存活率和转录组分析	首次评估半自动玻璃化冷冻系统在人卵母细胞冷冻中的效率，并通过单细胞RNA-seq技术分析转录组后果	研究中仅发现5个差异表达基因，且未观察到紧密的转录组特征	评估半自动与手动卵母细胞玻璃化冷冻技术的效率及转录组影响	人卵母细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
5	2025-07-23	Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment 2022-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019 PMID:36516855	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了健康脑老化和认知障碍期间脑脊液免疫系统的变化	揭示了单核细胞中脂质转运基因随年龄上调的现象，并在认知障碍患者中发现了脂质转运基因下调及CXCL16-CXCR6信号通路的异常	样本量较小，认知障碍患者仅14例，可能影响结果的普遍性	探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍期间的变化	45名54至82岁的认知正常受试者和14名认知障碍受试者的脑脊液样本	生物医学研究	认知障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	59名受试者（45名认知正常，14名认知障碍）
6	2025-07-21	Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice 2022-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159672 PMID:36519543	研究论文	本研究探讨了淋巴结中纤维网状细胞（FRCs）如何通过抗CD40L促进小鼠心脏移植耐受性	发现FRCs在抗CD40L诱导的移植耐受性中起关键作用，并开发了靶向淋巴结的纳米递送系统以增强抗CD40L效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究淋巴结在移植免疫耐受中的作用机制并开发新型免疫抑制策略	小鼠心脏移植模型和淋巴结微环境	移植免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序、纳米颗粒递送系统	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明数量的小鼠实验样本
7	2025-07-20	Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854 PMID:36595885	研究论文	本文描述了处理和冷冻保存人类输尿管组织以进行单细胞和空间转录组学测定的优化协议	优化了从输尿管组织生成、冷冻保存和解冻单细胞悬浮液的协议，以及用于空间基因表达平台的冷冻保存协议	需要参考其他文献以获取完整的协议执行细节	为单细胞RNA测序和空间转录组学提供优化的组织处理和冷冻保存方法	人类输尿管组织	生物医学工程	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
8	2025-07-20	Single-cell transcriptional profiling reveals heterogeneity and developmental trajectories of Ewing sarcoma 2022-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04073-3 PMID:35713707	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示尤文肉瘤的异质性和发育轨迹	首次在单细胞分辨率上预测尤文肉瘤肿瘤细胞的起源，并模拟神经嵴细胞谱系分化的过程	样本量较小（仅4个尤文肉瘤组织样本），可能影响结果的普遍性	探究尤文肉瘤的异质性、发育轨迹及其潜在治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤细胞	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序	K-最近邻算法, Monocle2包	RNA测序数据	4个尤文肉瘤肿瘤组织样本
9	2025-06-22	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本研究揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸变的新机制	发现了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路导致视网膜血管生长迟缓和动静脉畸形的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管内皮细胞	血管生物学	视网膜血管疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	三种不同基因敲除小鼠的视网膜组织
10	2025-06-04	Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05496-1 PMID:36517593	研究论文	该研究通过整合全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学和多重免疫荧光技术，分析了42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位，揭示了突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态	首次揭示了卵巢癌突变过程与解剖位置如何共同决定肿瘤微环境的免疫状态，并发现了不同突变类型肿瘤的免疫逃逸机制差异	样本量相对有限（42名患者），且仅针对治疗初治患者进行研究	评估突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态	42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位	数字病理学	卵巢癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	42名患者的160个肿瘤部位
11	2025-06-02	Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection 2022-12-20, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02446-22 PMID:36255240	research paper	该研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）如何利用caspase活性抑制cGAS DNA传感器，从而阻断I型干扰素（IFN）的抗病毒反应	发现了caspase活性在KSHV裂解复制过程中抑制cGAS的新机制，并通过单细胞RNA测序揭示了极少数IFN-β产生细胞介导的强效抗病毒状态	对caspase如何拮抗KSHV感染期间的IFN信号传导机制理解仍不充分	探究KSHV感染中caspase调节cGAS/STING通路及I型IFN信号的分子机制	卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）感染的细胞	病毒免疫学	卡波西肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
12	2025-05-03	Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA PMID:36036918	研究论文	本文详细介绍了一种用于冷冻保存小鼠或人类肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特性的方法	提出了一种新的冷冻保存方法，能够长期保存远端肺组织的上皮细胞，适用于下游肺细胞功能和分子表型分析	未提及该方法是否适用于其他类型的肺细胞或组织	开发一种有效的冷冻保存方法，以保持远端肺组织上皮细胞的表型和功能特性	人类和小鼠的远端肺组织上皮细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的远端肺组织
13	2025-03-16	Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795 PMID:36325581	研究论文	本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息	提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息	需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性	开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术	原发性乳腺肿瘤中的活单细胞	生物技术	乳腺癌	细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
14	2025-01-30	Decoding liver fibrogenesis with single-cell technologies 2022-Dec, Life medicine DOI:10.1093/lifemedi/lnac040 PMID:39872749	review	本文综述了单细胞RNA测序技术如何改变我们对肝纤维化调控机制的理解	利用单细胞RNA测序技术揭示了肝纤维化过程中疾病相关细胞亚群、分子事件和细胞间相互作用	需要进一步努力以全面理解这些变化对肝纤维化的功能贡献，并将新知识转化为有效的治疗方法	探讨单细胞RNA测序技术在肝纤维化研究中的应用	肝细胞、肝窦内皮细胞、肌成纤维细胞和巨噬细胞	生物信息学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
15	2025-01-16	Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk 2022-12-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2200086 PMID:36547387	研究论文	本研究探讨了ATP柠檬酸裂解酶（Acly）在造血过程中通过调节乙酰辅酶A和代谢-表观遗传交叉对话来增强髓系生成的作用	揭示了Acly通过调节乙酰辅酶A水平和表观遗传修饰来限制髓系分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Acly在造血过程中的作用及其对髓系分化的影响	小鼠的造血干细胞和祖细胞	代谢与表观遗传学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	小鼠的造血干细胞和祖细胞
16	2024-12-15	HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs 2022-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2022.2031583 PMID:35166645	研究论文	研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化	研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化	探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系	HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译	分子生物学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
17	2024-11-27	Ras drives malignancy through stem cell crosstalk with the microenvironment 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05475-6 PMID:36450983	研究论文	研究了RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的异常信号交流如何驱动恶性进展	揭示了癌症干细胞与微环境之间的动态交流如何促进从良性到恶性鳞状细胞癌的转变	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类癌症	探讨RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的信号交流如何驱动恶性进展	癌症干细胞与微环境之间的信号交流	癌症生物学	鳞状细胞癌	单细胞转录组学、染色质景观分析、慢病毒报告基因和谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
18	2024-11-19	scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac126 PMID:36691728	研究论文	本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布	scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因	NA	开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	NA
19	2024-11-19	Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad086 PMID:37848618	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异	发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应	NA	探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异	灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本
20	2024-11-19	Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad098 PMID:38000911	研究论文	本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute	提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	转录组数据	NA