单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 328 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-06-22 |
Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas
2022-12-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35262-w
PMID:36496409
|
研究论文 | 本研究揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸变的新机制 | 发现了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路导致视网膜血管生长迟缓和动静脉畸形的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证 | 探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制 | 小鼠视网膜血管内皮细胞 | 血管生物学 | 视网膜血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 三种不同基因敲除小鼠的视网膜组织 |
| 2 | 2025-06-04 |
Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion
2022-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05496-1
PMID:36517593
|
研究论文 | 该研究通过整合全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学和多重免疫荧光技术，分析了42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位，揭示了突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态 | 首次揭示了卵巢癌突变过程与解剖位置如何共同决定肿瘤微环境的免疫状态，并发现了不同突变类型肿瘤的免疫逃逸机制差异 | 样本量相对有限（42名患者），且仅针对治疗初治患者进行研究 | 评估突变过程和肿瘤解剖位置如何决定肿瘤微环境的免疫状态 | 42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者的160个肿瘤部位 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序、数字组织病理学、多重免疫荧光 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像数据 | 42名患者的160个肿瘤部位 |
| 3 | 2025-06-02 |
Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection
2022-12-20, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02446-22
PMID:36255240
|
research paper | 该研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）如何利用caspase活性抑制cGAS DNA传感器，从而阻断I型干扰素（IFN）的抗病毒反应 | 发现了caspase活性在KSHV裂解复制过程中抑制cGAS的新机制，并通过单细胞RNA测序揭示了极少数IFN-β产生细胞介导的强效抗病毒状态 | 对caspase如何拮抗KSHV感染期间的IFN信号传导机制理解仍不充分 | 探究KSHV感染中caspase调节cGAS/STING通路及I型IFN信号的分子机制 | 卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）感染的细胞 | 病毒免疫学 | 卡波西肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 4 | 2025-05-03 |
Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics
2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA
PMID:36036918
|
研究论文 | 本文详细介绍了一种用于冷冻保存小鼠或人类肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特性的方法 | 提出了一种新的冷冻保存方法，能够长期保存远端肺组织的上皮细胞，适用于下游肺细胞功能和分子表型分析 | 未提及该方法是否适用于其他类型的肺细胞或组织 | 开发一种有效的冷冻保存方法，以保持远端肺组织上皮细胞的表型和功能特性 | 人类和小鼠的远端肺组织上皮细胞 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的远端肺组织 |
| 5 | 2025-03-16 |
Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795
PMID:36325581
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研究论文 | 本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息 | 提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息 | 需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性 | 开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术 | 原发性乳腺肿瘤中的活单细胞 | 生物技术 | 乳腺癌 | 细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 6 | 2025-01-30 |
Decoding liver fibrogenesis with single-cell technologies
2022-Dec, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac040
PMID:39872749
|
review | 本文综述了单细胞RNA测序技术如何改变我们对肝纤维化调控机制的理解 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肝纤维化过程中疾病相关细胞亚群、分子事件和细胞间相互作用 | 需要进一步努力以全面理解这些变化对肝纤维化的功能贡献，并将新知识转化为有效的治疗方法 | 探讨单细胞RNA测序技术在肝纤维化研究中的应用 | 肝细胞、肝窦内皮细胞、肌成纤维细胞和巨噬细胞 | 生物信息学 | 肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 7 | 2025-01-16 |
Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk
2022-12-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2200086
PMID:36547387
|
研究论文 | 本研究探讨了ATP柠檬酸裂解酶（Acly）在造血过程中通过调节乙酰辅酶A和代谢-表观遗传交叉对话来增强髓系生成的作用 | 揭示了Acly通过调节乙酰辅酶A水平和表观遗传修饰来限制髓系分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 研究Acly在造血过程中的作用及其对髓系分化的影响 | 小鼠的造血干细胞和祖细胞 | 代谢与表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 小鼠的造血干细胞和祖细胞 |
| 8 | 2024-12-15 |
HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs
2022-12, Virulence
IF:5.5Q1
DOI:10.1080/21505594.2022.2031583
PMID:35166645
|
研究论文 | 研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化 | 研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化 | 探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系 | HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译 | 分子生物学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 9 | 2024-11-27 |
Ras drives malignancy through stem cell crosstalk with the microenvironment
2022-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05475-6
PMID:36450983
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研究论文 | 研究了RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的异常信号交流如何驱动恶性进展 | 揭示了癌症干细胞与微环境之间的动态交流如何促进从良性到恶性鳞状细胞癌的转变 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类癌症 | 探讨RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的信号交流如何驱动恶性进展 | 癌症干细胞与微环境之间的信号交流 | 癌症生物学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞转录组学、染色质景观分析、慢病毒报告基因和谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 10 | 2024-11-19 |
scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac126
PMID:36691728
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布 | scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因 | NA | 开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型 | 基因表达数据 | NA |
| 11 | 2024-11-19 |
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad086
PMID:37848618
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异 | 发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应 | NA | 探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异 | 灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本 |
| 12 | 2024-11-19 |
Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad098
PMID:38000911
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute | 提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失表达值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 13 | 2024-11-19 |
Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad091
PMID:37889009
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研究论文 | 介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具 | 开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 14 | 2024-10-20 |
Correlated gene modules uncovered by high-precision single-cell transcriptomics
2022-12-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206938119
PMID:36508663
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研究论文 | 本文介绍了一种高精度单细胞转录组学方法，用于揭示基因表达的相关模块 | 提出了一种新的方法MALBAC-DT，通过测量单细胞中稳态基因表达波动的相关性，更准确地捕获相关基因模块 | NA | 通过高精度单细胞转录组学方法揭示基因表达的相关模块，提升对基因组功能的理解 | 单细胞基因表达相关性及其在功能和调控关系中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 同质细胞群体中的多个单细胞样本 |
| 15 | 2024-10-16 |
Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease
2022-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35233-1
PMID:36463283
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研究论文 | 本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测 | NA | 研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组技术 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | NA |
| 16 | 2024-10-01 |
A method for low-coverage single-gamete sequence analysis demonstrates adherence to Mendel's first law across a large sample of human sperm
2022-12-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76383
PMID:36475543
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研究论文 | 开发了一种名为rhapsodi的方法，用于分析低覆盖率的单配子测序数据，并验证了人类精子样本中孟德尔第一定律的遵守情况 | 提出了rhapsodi方法，利用稀疏的配子基因型数据进行二倍体基因组分型、缺失基因型推断和减数分裂重组断点的发现 | 研究主要集中在人类精子样本，可能不适用于其他物种或组织类型 | 验证孟德尔分离定律在人类精子中的遵守情况，并开发新的方法来分析低覆盖率的单配子测序数据 | 人类精子样本中的基因型数据和减数分裂重组事件 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因型数据 | 41,189个精子细胞，来自25名捐赠者 |
| 17 | 2024-09-30 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring
2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204849
PMID:36354175
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征 | 百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组 |
| 18 | 2024-09-30 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.12.13.520181
PMID:36561173
|
研究论文 | 提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达 | CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题 | 未提及 | 开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本 |
| 19 | 2024-09-23 |
Elevating microglia TREM2 reduces amyloid seeding and suppresses disease-associated microglia
2022-12-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20212479
PMID:36107206
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研究论文 | 研究探讨了在阿尔茨海默病早期阶段通过增强TREM2信号来减少淀粉样蛋白沉积和神经元退化的效果 | 首次展示了TREM2在阿尔茨海默病不同阶段对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨TREM2在阿尔茨海默病不同阶段的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 小胶质细胞中的TREM2表达及其对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用微胶质细胞特异性诱导的小鼠模型进行研究 |
| 20 | 2024-09-23 |
Single-cell RNA-sequencing of retrieved human oocytes and eggs in clinical practice and for human ovarian cell atlasing
2022-12, Molecular reproduction and development
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/mrd.23648
PMID:36264989
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用 | 探讨了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞图谱构建和体外受精治疗中的应用 | 未提及 | 探讨单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用 | 人类卵巢细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未提及 |