单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-15	HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs 2022-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2022.2031583 PMID:35166645	研究论文	研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化	研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化	探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系	HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译	分子生物学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
2	2024-11-27	Ras drives malignancy through stem cell crosstalk with the microenvironment 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05475-6 PMID:36450983	研究论文	研究了RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的异常信号交流如何驱动恶性进展	揭示了癌症干细胞与微环境之间的动态交流如何促进从良性到恶性鳞状细胞癌的转变	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类癌症	探讨RAS激活后癌症干细胞与微环境之间的信号交流如何驱动恶性进展	癌症干细胞与微环境之间的信号交流	癌症生物学	鳞状细胞癌	单细胞转录组学、染色质景观分析、慢病毒报告基因和谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
3	2024-11-19	scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac126 PMID:36691728	研究论文	本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布	scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因	NA	开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	NA
4	2024-11-19	Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad086 PMID:37848618	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异	发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应	NA	探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异	灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本
5	2024-11-19	Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad098 PMID:38000911	研究论文	本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute	提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失表达值	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	转录组数据	NA
6	2024-11-19	Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis 2022-12-28, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giad091 PMID:37889009	研究论文	介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具	开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题	NA	开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7	2024-10-26	Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk 2022-12-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2200086 PMID:36547387	研究论文	研究探讨了ATP柠檬酸裂解酶（Acly）通过乙酰辅酶A和代谢-表观遗传交叉对话增强髓系造血的作用	首次揭示了Acly通过调节染色质可及性限制髓系分化的机制，并发现Acly缺乏通过改变C/EBP家族转录因子的表达和活性来促进髓系造血	研究主要在Mus musculus模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Acly在髓系造血中的作用及其机制	Acly在Mus musculus造血干细胞和祖细胞中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	来自Mus musculus的造血干细胞和祖细胞
8	2024-10-20	Correlated gene modules uncovered by high-precision single-cell transcriptomics 2022-12-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2206938119 PMID:36508663	研究论文	本文介绍了一种高精度单细胞转录组学方法，用于揭示基因表达的相关模块	提出了一种新的方法MALBAC-DT，通过测量单细胞中稳态基因表达波动的相关性，更准确地捕获相关基因模块	NA	通过高精度单细胞转录组学方法揭示基因表达的相关模块，提升对基因组功能的理解	单细胞基因表达相关性及其在功能和调控关系中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	同质细胞群体中的多个单细胞样本
9	2024-10-16	Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease 2022-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35233-1 PMID:36463283	研究论文	本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究	本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测	NA	研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究	研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组技术	图自编码器	图像和基因表达数据	NA
10	2024-10-01	A method for low-coverage single-gamete sequence analysis demonstrates adherence to Mendel's first law across a large sample of human sperm 2022-12-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76383 PMID:36475543	研究论文	开发了一种名为rhapsodi的方法，用于分析低覆盖率的单配子测序数据，并验证了人类精子样本中孟德尔第一定律的遵守情况	提出了rhapsodi方法，利用稀疏的配子基因型数据进行二倍体基因组分型、缺失基因型推断和减数分裂重组断点的发现	研究主要集中在人类精子样本，可能不适用于其他物种或组织类型	验证孟德尔分离定律在人类精子中的遵守情况，并开发新的方法来分析低覆盖率的单配子测序数据	人类精子样本中的基因型数据和减数分裂重组事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因型数据	41,189个精子细胞，来自25名捐赠者
11	2024-09-30	Single-Cell Transcriptomics Reveals Longevity Immune Remodeling Features Shared by Centenarians and Their Offspring 2022-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204849 PMID:36354175	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代共享的长寿免疫重塑特征	首次通过单细胞转录组分析揭示了百岁老人及其后代在免疫细胞群和功能上的共同特征	样本量较小，可能影响结果的普遍性	探究百岁老人及其后代共享的长寿相关免疫特征	百岁老人、百岁老人的后代及其配偶或邻居的外周血单核细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	共22个样本，包括7个百岁老人、6个百岁老人的后代和9个对照组
12	2024-09-30	Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data 2022-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.12.13.520181 PMID:36561173	研究论文	提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的基因共表达	CS-CORE方法在表达测量模型中明确考虑了测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在高测序深度变化和测量误差下的问题	未提及	开发一种新的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确推断特定细胞类型的基因共表达	单细胞RNA测序数据中的基因共表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的死后脑样本和血液样本
13	2024-09-23	Elevating microglia TREM2 reduces amyloid seeding and suppresses disease-associated microglia 2022-12-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20212479 PMID:36107206	研究论文	研究探讨了在阿尔茨海默病早期阶段通过增强TREM2信号来减少淀粉样蛋白沉积和神经元退化的效果	首次展示了TREM2在阿尔茨海默病不同阶段对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探讨TREM2在阿尔茨海默病不同阶段的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞中的TREM2表达及其对淀粉样蛋白沉积和疾病相关小胶质细胞的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用微胶质细胞特异性诱导的小鼠模型进行研究
14	2024-09-23	Single-cell RNA-sequencing of retrieved human oocytes and eggs in clinical practice and for human ovarian cell atlasing 2022-12, Molecular reproduction and development IF:2.7Q2 DOI:10.1002/mrd.23648 PMID:36264989	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用	探讨了单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞图谱构建和体外受精治疗中的应用	未提及	探讨单细胞RNA测序技术在人类卵巢细胞研究中的应用	人类卵巢细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未提及
15	2024-09-23	Context-specific regulation and function of mRNA alternative polyadenylation 2022-12, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-022-00507-5 PMID:35798852	综述	本文综述了mRNA选择性多聚腺苷酸化的特定调控机制及其功能	讨论了单细胞RNA测序和CRISPR-Cas技术在解析选择性3' UTR中的最新进展，并介绍了基于APA的RNA疗法	NA	探讨APA的动态精细调控机制及其在基因调控程序中的整合作用	mRNA选择性多聚腺苷酸化及其在细胞响应环境变化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas技术	NA	RNA	NA
16	2024-09-23	RS-FISH: precise, interactive, fast, and scalable FISH spot detection 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01669-y PMID:36396787	研究论文	本文介绍了一种名为RS-FISH的软件，用于在二维和三维显微镜图像中进行荧光原位杂交（FISH）点的精确检测	RS-FISH软件提供了交互式参数调整功能，并能通过分布式处理在台式机、集群或云端上扩展到大型数据集和图像体积	NA	开发一种准确、快速且用户友好的软件，用于在显微镜图像中检测FISH点	FISH点的检测	计算机视觉	NA	荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	NA
17	2024-09-23	Image-seq: spatially resolved single-cell sequencing guided by in situ and in vivo imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01673-2 PMID:36424441	研究论文	本文介绍了一种名为Image-seq的技术，该技术通过图像引导从特定空间位置分离细胞，并进行单细胞转录组测序，从而保留目标细胞的空间信息	Image-seq技术结合了空间信息和高度敏感的RNA测序结果，能够记录被分析细胞的时间和动态历史	NA	开发一种能够保留细胞空间信息并进行单细胞转录组测序的技术	骨髓和白血病细胞	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	图像	NA
18	2024-09-23	Combined MEK and STAT3 Inhibition Uncovers Stromal Plasticity by Enriching for Cancer-Associated Fibroblasts With Mesenchymal Stem Cell-Like Features to Overcome Immunotherapy Resistance in Pancreatic Cancer 2022-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2022.07.076 PMID:35948109	研究论文	研究探讨了联合使用MEK和STAT3抑制剂在胰腺癌中克服免疫治疗抵抗的作用	首次揭示了联合MEK和STAT3抑制剂通过改变癌症相关成纤维细胞的特性，克服胰腺癌的免疫治疗抵抗	研究主要基于小鼠模型和单一临床病例，需要更多临床试验验证	探讨联合MEK和STAT3抑制剂在胰腺癌中克服免疫治疗抵抗的机制	胰腺癌中的癌症相关成纤维细胞和免疫微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和单一临床病例
19	2024-09-15	Ovarian cancer mutational processes drive site-specific immune evasion 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05496-1 PMID:36517593	研究论文	研究分析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的突变过程如何驱动特定部位的免疫逃逸	整合了全基因组测序、单细胞RNA测序、数字病理学和多重免疫荧光技术，揭示了不同突变过程和肿瘤部位对肿瘤微环境免疫状态的影响	研究样本仅限于42名未经治疗的HGSOC患者，可能限制了结果的普适性	探讨突变过程和肿瘤部位如何影响高级别浆液性卵巢癌的免疫状态	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的肿瘤部位和突变过程	数字病理学	卵巢癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、数字病理学、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、病理图像、免疫荧光图像	42名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者，共160个肿瘤部位
20	2024-09-11	Clustering Deviation Index (CDI): a robust and accurate internal measure for evaluating scRNA-seq data clustering 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02825-5 PMID:36575517	研究论文	本文提出了一种新的聚类偏差指数（CDI），用于评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	CDI能够测量任何聚类标签集与观测到的单细胞数据之间的偏差，并通过模拟和实验验证了其选择最优聚类标签集的能力	NA	开发一种新的内部指标来评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据的聚类标签集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA