单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 320 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-08 |
SRGS: sparse partial least squares-based recursive gene selection for gene regulatory network inference
2022-Nov-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-022-09020-7
PMID:36451086
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研究论文 | 本文介绍了一种基于稀疏偏最小二乘（SPLS）的递归基因选择方法SRGS，用于从批量或单细胞表达数据中推断基因调控网络（GRN） | SRGS通过递归选择和评分可能对目标基因有调控作用的基因，并通过对数据进行随机打乱和设置零值来提高处理含有缺失值的基因表达数据的鲁棒性 | NA | 开发更准确和稳健的基因调控网络建模方法，适用于单细胞表达数据 | 基因调控网络的推断 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏偏最小二乘（SPLS） | 基因表达数据 | 包括模拟的批量数据、模拟的单细胞数据（有无缺失值）和实验的单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-08-08 |
Next-generation proteomics of serum extracellular vesicles combined with single-cell RNA sequencing identifies MACROH2A1 associated with refractory COVID-19
2022-Nov-30, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-022-00243-5
PMID:36451245
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研究论文 | 本研究通过下一代血清细胞外囊泡蛋白质组学结合单细胞RNA测序，识别与难治性COVID-19相关的MACROH2A1蛋白 | 首次通过高覆盖度蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，发现MACROH2A1在难治性COVID-19病例中的表达显著升高，并与其疾病严重程度相关 | 研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性 | 识别难治性COVID-19的潜在血清生物标志物及其相关蛋白 | COVID-19患者和健康对照者的血清细胞外囊泡及外周血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 下一代蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、RNA | 12名COVID-19患者和4名健康对照者的血清细胞外囊泡，10名COVID-19患者和5名健康对照者的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2024-08-08 |
Loss of function of CMPK2 causes mitochondria deficiency and brain calcification
2022-Nov-29, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00475-2
PMID:36443312
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研究论文 | 本研究分析了两个脑钙化家族，发现CMPK2基因的双等位变异破坏了线粒体功能，导致脑钙化 | 首次识别CMPK2基因的双等位变异作为家族性脑钙化的新遗传因素，并阐明了CMPK2缺乏如何改变线粒体结构和功能 | NA | 探讨CMPK2基因变异与脑钙化的关系及其病理机制 | CMPK2基因、线粒体功能、脑钙化病理 | NA | 脑钙化 | 转录组分析、原位杂交、单细胞RNA测序 | NA | 基因、蛋白质 | 两个脑钙化家族的患者及Cmpk2敲除和敲入小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 124 | 2024-08-08 |
Combined single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to analyze the expression and role of TREM2 in bladder cancer
2022-Nov-29, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-022-01885-8
PMID:36445493
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了TREM2在膀胱癌中的表达、作用及分子机制 | 首次探讨了TREM2在膀胱癌中的表达和作用，并发现TREM2主要在肿瘤相关巨噬细胞和肿瘤上皮细胞中表达 | 研究主要集中在TREM2的表达和初步作用机制，未深入探讨其在膀胱癌中的具体分子途径和治疗应用 | 分析TREM2在膀胱癌中的表达、作用及其分子机制 | TREM2在膀胱癌中的表达和作用 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | NA | RNA序列 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-08-08 |
scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data
2022-11-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1109
PMID:36440766
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研究论文 | 提出了一种名为scAB的新型计算方法，该方法通过知识引导和图指导的矩阵分解模型，整合单细胞基因组数据与临床注释的批量测序数据，以检测具有临床意义的多种分辨率的细胞状态 | scAB能够提供粗粒度和细粒度的多分辨率视角，揭示以前单细胞基因组学无法观察到的与表型相关的细胞状态和预后标志 | NA | 旨在通过整合单细胞基因组学和批量测序数据，识别具有临床相关性的细胞亚群，并提高预后和治疗的准确性 | 癌症和间质细胞的单细胞RNA测序数据，以及黑色素瘤和胶质瘤的单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 矩阵分解模型 | 基因组数据 | 多个来自不同癌症类型的单细胞和批量数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 126 | 2024-08-08 |
Inflammation promotes resistance to immune checkpoint inhibitors in high microsatellite instability colorectal cancer
2022-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35096-6
PMID:36443332
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研究论文 | 本文研究了炎症条件对高微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-H CRC）患者对免疫检查点抑制剂（ICI）反应的影响 | 首次证实了炎症条件与MSI-H CRC对PD-1阻断反应不佳之间的关联，并提出了炎症条件和高中性粒细胞与淋巴细胞比率作为ICI反应不良的临床特征 | 研究样本量相对较小，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性 | 探讨炎症条件对MSI-H CRC患者对ICI反应的影响 | 高微卫星不稳定性的结直肠癌患者及其对免疫检查点抑制剂的反应 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据 | 62名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2024-08-08 |
Assessment of spatial transcriptomics for oncology discovery
2022-11-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100340
PMID:36452860
|
研究论文 | 本文评估了空间转录组学在肿瘤学发现中的应用 | 利用空间转录组学技术，通过分析40个组织切片和80,024个捕获点，展示了肿瘤深度特征的捕获，并利用空间上下文识别细胞类型的相对位置 | NA | 评估空间转录组学在肿瘤学发现中的效用 | 肿瘤异质性及其对肿瘤学药物发现和开发的影响 | 数字病理学 | 胰腺腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 40个组织切片，80,024个捕获点 | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2024-08-08 |
Derivation of nociceptive sensory neurons from hiPSCs with early patterning and temporally controlled NEUROG2 overexpression
2022-11-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100341
PMID:36452863
|
研究论文 | 本研究介绍了一种混合分化方法，用于从人多能干细胞（hPSCs）中高效生产伤害感受性感觉神经元 | 本研究通过早期模式化和时间控制的NEUROG2过表达，优化了伤害感受性感觉神经元的生产方法 | NA | 开发一种高效的方法来生产伤害感受性感觉神经元，并提供一个工具来促进慢性疼痛研究 | 人多能干细胞（hPSCs）分化为伤害感受性感觉神经元 | 干细胞研究 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 129 | 2024-08-08 |
Multiset multicover methods for discriminative marker selection
2022-11-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100332
PMID:36452867
|
研究论文 | 本文提出了一种用于标记选择的表型覆盖（PC）问题定义及算法，旨在提高标记集的判别能力 | 定义了表型覆盖问题，并提出了改进标记集判别能力的算法 | 主要针对大型图谱规模数据集，对于少量非重叠标记集的数据可能不适用 | 提高标记选择的判别能力，以准确区分数据中的不同表型 | 标记选择方法及其在不同任务中的应用 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 高吞吐量数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of tumor immune microenvironment characteristics in colorectal cancer liver metastasis
2022-Nov, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-22-5270
PMID:36467341
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌原发灶与肝转移灶之间的细胞和分子异质性，并阐明同步肝转移中肿瘤微环境的特征 | 首次详细描述了结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的免疫抑制特征，并揭示了髓系细胞与其他细胞群体之间的相互作用 | 研究样本仅限于一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者，结果的普遍性有待进一步验证 | 阐明结直肠癌肝转移中肿瘤微环境的特征及其对疾病进展的影响 | 结直肠癌原发灶与肝转移灶的细胞和分子异质性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一例微卫星稳定型乙状结肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织 | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2024-08-08 |
Safety and tolerability of bosutinib in patients with amyotrophic lateral sclerosis (iDReAM study): A multicentre, open-label, dose-escalation phase 1 trial
2022-Nov, EClinicalMedicine
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.eclinm.2022.101707
PMID:36467452
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临床试验 | 本研究是一项多中心、开放标签、剂量递增的1期试验，评估了bosutinib在肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者中的安全性和耐受性。 | 这是首个针对ALS患者的Src/c-Abl抑制剂bosutinib的试验，通过iPSC技术重新定位药物，探索了bosutinib作为ALS分子靶向治疗候选药物的可能性。 | 本研究为开放标签试验，时间短且患者数量有限，需要进一步的临床试验验证。 | 评估bosutinib在ALS患者中的安全性和耐受性，并探索其疗效和潜在的生物标志物。 | 肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者。 | NA | 肌萎缩侧索硬化症 | iPSC技术，单细胞RNA测序 | NA | 血液样本，功能评分 | 20名患者，其中13名接受bosutinib治疗，12名纳入安全性和疗效分析。 | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2024-08-08 |
Single-cell characterization revealed hypoxia-induced metabolic reprogramming of gastric cancer
2022-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2022.e11866
PMID:36468095
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了胃癌中由缺氧诱导的代谢重编程 | 本研究首次在单细胞水平上描述了胃癌中缺氧诱导的代谢重编程，部分解决了传统测序技术对癌细胞代谢异质性认识不足的问题 | NA | 探索胃癌相关恶性细胞在单细胞分辨率下的分子特征 | 胃癌细胞的代谢重编程 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从Gene Expression Omnibus数据库收集的胃癌单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2024-08-08 |
CTLA-4 on thymic epithelial cells complements Aire for T cell central tolerance
2022-11-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2215474119
PMID:36409920
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研究论文 | 研究发现在髓质胸腺上皮细胞（mTECs）中表达的共抑制受体细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（CTLA-4）对T细胞中枢耐受的建立起到补充Aire因子的作用 | 发现CTLA-4在mTECs中的表达对T细胞中枢耐受的建立起到补充Aire因子的作用 | 研究中未发现CTLA-4缺失的胸腺上皮细胞小鼠有主要免疫缺陷，但存在轻微的炎症水平增加和部分Foxp3CD4调节T细胞生成缺陷 | 探讨CTLA-4在胸腺上皮细胞中对T细胞中枢耐受的作用 | 髓质胸腺上皮细胞（mTECs）和CTLA-4的表达 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | CTLA-4缺失的胸腺上皮细胞小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing data analysis reveals a highly correlated triphasic transcriptional response to SARS-CoV-2 infection
2022-11-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04253-4
PMID:36435849
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了SARS-CoV-2感染后的人支气管上皮细胞和结肠及回肠类器官的转录反应 | 揭示了SARS-CoV-2感染后转录反应的非线性模式，包括初始和最终的下调阶段以及中间的上调阶段 | NA | 研究SARS-CoV-2感染后的转录反应机制 | 人支气管上皮细胞和结肠及回肠类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2024-08-08 |
Identification of molecular classification and gene signature for predicting prognosis and immunotherapy response in HNSCC using cell differentiation trajectories
2022-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-24533-7
PMID:36437265
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研究论文 | 本文旨在探讨细胞分化轨迹在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的临床意义，通过共识聚类分析识别不同的分子亚型，并基于分化相关基因（DRGs）开发预测HNSCC患者预后的风险模型。 | 本文通过细胞分化轨迹识别了不同的分子亚型，并构建了一个基于差异表达预后DRGs的新型签名，能够预测患者的预后和免疫治疗反应。 | NA | 探索细胞分化轨迹在HNSCC中的临床意义，并开发预测患者预后和免疫治疗反应的分子分类和基因签名。 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者及其分子亚型和预后预测。 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），共识聚类分析，加权相关网络分析（WGCNA），Cox回归分析 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 136 | 2024-08-08 |
Bi-potential hPSC-derived Müllerian duct-like cells for full-thickness and functional endometrium regeneration
2022-Nov-23, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-022-00263-2
PMID:36418304
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研究论文 | 研究首次通过有效协议生成人多能干细胞衍生的Müllerian管样细胞，这些细胞能够分化为子宫内膜上皮和基质细胞，并在体内外重建全层子宫内膜 | 本研究首次生成了人多能干细胞衍生的Müllerian管样细胞，这些细胞具有双向分化潜能，能够重建全层子宫内膜，并显示出在体内修复子宫内膜结构和恢复妊娠功能的能力 | NA | 开发基于干细胞的组织再生策略，用于治疗严重的子宫内膜损伤 | 人多能干细胞衍生的Müllerian管样细胞及其在子宫内膜再生中的应用 | NA | 子宫内膜损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2024-08-08 |
Establishment of an ovarian cancer omentum metastasis-related prognostic model by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq
2022-Nov-23, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01059-0
PMID:36424614
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研究论文 | 本文通过综合分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，建立了一个与卵巢癌网膜转移相关的预后模型。 | 首次在单细胞水平上分析卵巢癌网膜转移，探索和理解细胞功能和遗传水平的网膜转移及预后。 | NA | 建立一个与卵巢癌网膜转移相关的预后模型，并分析这些基因在卵巢癌网膜转移中的潜在机制。 | 卵巢癌网膜转移的细胞类型、分化轨迹、肿瘤微环境及免疫浸润。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | LASSO, Cox回归 | 基因表达数据 | 9885个细胞来自6名患者，GSE132342数据集包含3769名患者，TCGA-OV数据集包含379名患者。 | NA | NA | NA | NA |
| 138 | 2024-08-08 |
How vascular smooth muscle cell phenotype switching contributes to vascular disease
2022-11-21, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-022-00993-2
PMID:36411459
|
综述 | 本文综述了血管平滑肌细胞（VSMCs）在血管疾病中的表型转换及其分子机制和功能角色 | 近年来，由于单细胞测序和细胞谱系追踪技术的快速发展，揭示了多种VSMCs表型在血管老化、动脉粥样硬化（AS）和主动脉瘤（AA）中的存在 | NA | 探讨VSMCs表型转换在血管老化、AS和AA中的分子机制及其贡献 | 血管平滑肌细胞的表型转换及其在血管疾病中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序、细胞谱系追踪 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 139 | 2024-08-08 |
Comprehensive Analysis of Cuproptosis-Related Genes in Prognosis and Immune Infiltration of Hepatocellular Carcinoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2022-Nov-21, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14225713
PMID:36428805
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研究论文 | 本研究通过大量和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于铜死亡相关基因（CRGs）的多基因签名模型，用于预测肝细胞癌（HCC）的预后和免疫浸润特征 | 首次综合分析了CRGs在HCC中的预后潜力和肿瘤免疫微环境（TIME）特征 | NA | 研究CRGs在HCC中的预后价值和免疫微环境特征 | 肝细胞癌（HCC）中的铜死亡相关基因（CRGs） | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | RNA测序数据 | 两个队列的数据用于验证 | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2024-08-08 |
The Molecular Signature of Human Testicular Peritubular Cells Revealed by Single-Cell Analysis
2022-11-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11223685
PMID:36429113
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了人类睾丸间质细胞的分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸间质细胞的分子特征，并识别了四种细胞状态，发现了一些未知功能，如产生视黄酸的能力 | 文中提到体外和体内表达基因的微小差异可能是由于细胞可塑性，但未深入探讨 | 定义和研究人类睾丸间质细胞的特征和功能 | 人类睾丸间质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从正常精子发生供体的睾丸样本中分离出的培养的人类睾丸间质细胞 | NA | NA | NA | NA |