单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 320 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 61 | 2024-09-08 |
Single cell sequencing maps skeletal muscle cellular diversity as disease severity increases in dystrophic mouse models
2022-Nov-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105415
PMID:36388984
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了在杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，随着疾病严重程度增加，骨骼肌细胞的多样性变化 | 首次利用单细胞RNA测序技术探索了健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型中骨骼肌细胞群的差异 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 深入了解DMD疾病严重程度增加时骨骼肌细胞的异质性 | 健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型的骨骼肌细胞 | 数字病理学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型的骨骼肌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-09-08 |
SpaceX: gene co-expression network estimation for spatial transcriptomics
2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac645
PMID:36179087
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研究论文 | 开发了一种用于空间转录组学的统计框架SpaceX，用于检测空间结构组织中的基因共表达模式 | 提出了SpaceX方法，结合空间泊松模型和高维因子模型，能够识别共享和集群特异性共表达网络，并提高了计算效率 | NA | 增强空间转录组技术在生物发现中的能力和潜力 | 空间结构组织中的基因共表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间泊松模型和高维因子模型 | 贝叶斯方法 | 转录组数据 | 小鼠下丘脑和人类乳腺癌的空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-09-08 |
Multi-omic analyses of changes in the tumor microenvironment of pancreatic adenocarcinoma following neoadjuvant treatment with anti-PD-1 therapy
2022-11-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.10.001
PMID:36306792
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研究论文 | 研究了抗PD-1疗法在新辅助治疗后胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的多组学变化 | 揭示了GVAX疫苗与nivolumab联合治疗后肿瘤微环境中的免疫调节机制，特别是T细胞和肿瘤相关中性粒细胞的变化 | 研究样本量较小，且仅限于特定的治疗组合 | 探讨抗PD-1疗法在新辅助治疗后胰腺导管腺癌中的免疫反应机制 | 胰腺导管腺癌患者在接受GVAX疫苗与nivolumab联合治疗前后的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析 | NA | RNA序列 | 前后的配对样本 | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-09-08 |
SRSF10 is essential for progenitor spermatogonia expansion by regulating alternative splicing
2022-Nov-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.78211
PMID:36355419
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研究论文 | 研究了SRSF10在调节选择性剪接中的作用，及其对精原细胞扩展和男性生育能力的影响 | 首次揭示了SRSF10在精原细胞扩展中的关键作用，并通过选择性剪接调控这一过程 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨选择性剪接在精子发生中的作用 | SRSF10基因及其在精原细胞扩展中的作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-09-08 |
Cellular Heterogeneity and Molecular Reprogramming of the Host Response during Influenza Acute Lung Injury
2022-11-09, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01246-22
PMID:36286482
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了流感病毒感染引起的急性肺损伤中宿主反应的细胞异质性和分子重编程 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了流感病毒感染引起的急性肺损伤中宿主反应的细胞异质性和分子重编程机制 | 尚未完全阐明流感病毒感染引起的急性肺损伤的病理免疫机制 | 探讨流感病毒感染引起的急性肺损伤中宿主反应的细胞和分子机制 | 流感病毒感染引起的急性肺损伤中的宿主反应 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-09-08 |
Deep autoencoder for interpretable tissue-adaptive deconvolution and cell-type-specific gene analysis
2022-11-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34550-9
PMID:36347853
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TAPE的深度学习方法，用于组织适应性解卷积和细胞类型特异性基因分析 | TAPE通过连接批量RNA测序和单细胞RNA测序，实现了快速且精确的解卷积，并能预测细胞类型特异性基因表达 | NA | 开发一种新的深度学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据的解卷积精度和速度 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA测序 | 深度自编码器 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-09-08 |
Single-cell technologies: From research to application
2022-Nov-08, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2022.100342
PMID:36353677
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综述 | 本文综述了单细胞技术的发展及其在多个领域的应用，并展望了未来的研究方向 | 本文介绍了基于人工智能的大数据分析方法在单细胞研究中的应用，并探讨了空间转录组学和单细胞多组学的潜力 | NA | 综述单细胞技术的发展及其应用，并展望未来的研究方向 | 单细胞技术及其在肿瘤学、辅助生殖、胚胎发育和植物育种等领域的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞技术 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-09-08 |
Characterization of BCMA Expression in Circulating Rare Single Cells of Patients with Plasma Cell Neoplasms
2022-Nov-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232113427
PMID:36362214
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研究论文 | 开发并验证了一种基于玻片的免疫荧光检测方法，用于检测和量化浆细胞肿瘤患者血液中表达BCMA的细胞 | 首次验证了BCMA在循环肿瘤细胞中的表达，并开发了一种无需富集的液体活检方法用于早期疾病检测和治疗反应监测 | 研究样本量较小，仅涉及9名患者 | 验证BCMA在循环肿瘤细胞中的表达，并开发一种新的检测方法用于早期疾病检测和治疗反应监测 | 浆细胞肿瘤患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 血液系统恶性肿瘤 | 免疫荧光检测 | NA | 细胞 | 9名浆细胞肿瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-09-08 |
FastRNA: An efficient solution for PCA of single-cell RNA-sequencing data based on a batch-accounting count model
2022-11-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2022.09.008
PMID:36206757
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastRNA的高效解决方案，用于基于批次和细胞大小因子计数模型的单细胞RNA测序数据的主成分分析 | FastRNA方法在处理大规模数据时比其他基于计数的方法快两个数量级，比标准对数归一化快一个数量级，并且完全避免了在内存中形成大型密集残差矩阵 | NA | 开发一种高效的方法来处理单细胞RNA测序数据的主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | PCA | 计数数据 | 200万细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-09-08 |
Spatial Positioning and Matrix Programs of Cancer-Associated Fibroblasts Promote T-cell Exclusion in Human Lung Tumors
2022-11-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1714
PMID:36027053
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研究论文 | 本文研究了癌症相关成纤维细胞（CAF）在人类肺肿瘤中促进T细胞排除的空间定位和基质程序 | 本文通过单细胞RNA测序结合多重成像技术，揭示了两种与T细胞排除相关的CAF亚群及其独特的分子程序 | NA | 探讨癌症相关成纤维细胞在肺肿瘤中促进T细胞排除的机制 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肺肿瘤中的空间定位和基质程序 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大量肺肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-09-08 |
Progenitor Hierarchy of Chronic Myelomonocytic Leukemia Identifies Inflammatory Monocytic-Biased Trajectory Linked to Worse Outcomes
2022-11-02, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0217
PMID:36053528
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研究论文 | 研究了慢性粒单核细胞白血病（CMML）中CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPC）的分化轨迹，发现单核细胞偏向轨迹与不良预后相关 | 首次使用单细胞RNA测序和高参数流式细胞术揭示了CMML中CD34+ HSPC的三种分化轨迹，并发现单核细胞偏向轨迹与不良预后相关 | 研究主要集中在CMML，未涵盖其他骨髓增生性肿瘤，且治疗策略的探索有限 | 揭示慢性粒单核细胞白血病中CD34+造血干细胞和祖细胞的分化轨迹及其与预后的关系 | 慢性粒单核细胞白血病（CMML）中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPC） | 血液学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、高参数流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-09-08 |
Molecular and anatomical characterization of parabrachial neurons and their axonal projections
2022-11-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81868
PMID:36317965
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研究论文 | 本文研究了副神经节核神经元的分子和解剖特征及其轴突投射 | 首次提供了数十个副神经节核神经元亚群的分子身份、空间位置和投射模式的数据库 | 未明确说明不同行为如何由独特的信号分子或受体编码 | 探讨副神经节核神经元的多样性和其在不同行为中的作用 | 副神经节核神经元的亚群及其轴突投射 | NA | NA | 单细胞RNA测序、多重原位杂交 | NA | 分子数据、空间位置数据、投射模式数据 | 21个Cre驱动小鼠品系 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-09-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular reprograming landscape of gliomas and lung cancer brain metastases
2022-11, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1101
PMID:36336787
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤和肺癌脑转移的细胞和分子重编程景观 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了胶质瘤和肺癌脑转移的肿瘤微环境异质性，并发现了与预后相关的特定细胞亚群和基因特征 | 研究样本量较小，可能影响结果的普适性 | 揭示胶质瘤和肺癌脑转移的细胞和分子重编程特征，为开发针对脑转移的免疫治疗提供理论基础 | 胶质瘤和肺癌脑转移的肿瘤微环境细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 4个胶质瘤样本和10个肺癌脑转移样本 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-09-07 |
speedingCARs: accelerating the engineering of CAR T cells by signaling domain shuffling and single-cell sequencing
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34141-8
PMID:36323661
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研究论文 | 本文介绍了一种名为speedingCARs的方法，通过信号域重排和单细胞测序加速CAR T细胞工程 | 利用CRISPR-Cas9技术生成180种独特的CAR变体，并通过单细胞RNA测序和单细胞CAR测序进行高通量筛选，识别出具有肿瘤杀伤特性的变体 | NA | 扩展CAR信号域组合空间，为CAR T细胞的工程化提供工具 | CAR T细胞及其信号域 | 生物工程 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 单细胞CAR测序 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA数据 | 180种独特的CAR变体 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-09-07 |
spliceJAC: transition genes and state-specific gene regulation from single-cell transcriptome data
2022-11, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202211176
PMID:36321549
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spliceJAC的方法，用于从单细胞转录组数据中量化多变量mRNA剪接，并构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络 | spliceJAC方法通过利用未剪接和剪接的mRNA计数矩阵，构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络，并应用稳定性分析预测细胞状态转换中的关键驱动基因 | NA | 本文旨在从单细胞转录组数据中提取动态信息，以增进对细胞状态转换和基因间相互作用的理解 | 本文研究了胰腺内皮发育和A549肺癌细胞中的上皮-间质转化（EMT） | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及胰腺内皮发育和A549肺癌细胞的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-09-07 |
Cell therapy attenuates endothelial dysfunction in hypertensive rats with heart failure and preserved ejection fraction
2022-11-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00287.2022
PMID:36083797
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研究论文 | 研究细胞疗法对高血压伴心力衰竭和保留射血分数大鼠的血管内皮功能障碍的影响 | 首次使用心脏球来源的细胞（CDCs）治疗高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠，发现其能减少炎症和纤维化，改善功能、结构和生存率 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证其疗效 | 验证炎症在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的作用，并测试细胞疗法的效果 | 高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠 | 心血管疾病 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Dahl盐敏感大鼠，分为CDCs治疗组和对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-09-07 |
Patient-Derived Organoids from Colorectal Cancer with Paired Liver Metastasis Reveal Tumor Heterogeneity and Predict Response to Chemotherapy
2022-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204097
PMID:36058001
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研究论文 | 本文构建了一个包含50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并分析了其多组学数据，揭示了肿瘤异质性并预测化疗反应 | 首次构建了结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并利用多组学数据全面分析了肿瘤异质性，预测了化疗反应和临床预后 | NA | 开发一种有效的方法来预测结直肠癌肝转移患者的化疗反应和术后预后 | 结直肠癌肝转移患者及其来源的类器官 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 多组学数据 | 50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-09-07 |
Epidermal growth factor induces a trophectoderm lineage transcriptome resembling that of human embryos during reconstruction of blastoids from extended pluripotent stem cells
2022-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13317
PMID:35880490
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研究论文 | 研究通过添加表皮生长因子（EGF）优化人类扩展多能干细胞（EPSC）向滋养层（TE）样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量 | 通过添加EGF，增强了EPSC向TE样细胞的分化，并使重建的胚泡更接近人类胚胎的转录组特征 | 研究规模较小，需要进一步验证和优化 | 优化人类扩展多能干细胞向滋养层样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量 | 人类扩展多能干细胞（EPSC）及其向滋养层（TE）样细胞的分化 | 干细胞生物学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 多个人类多能干细胞（hPSCs）和胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-09-07 |
PlantPhoneDB: A manually curated pan-plant database of ligand-receptor pairs infers cell-cell communication
2022-11, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13893
PMID:35842742
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研究论文 | 本文开发了一个名为PlantPhoneDB的植物泛数据库，包含大量手动筛选的高可信度配体-受体对，用于推断细胞间通信 | 首次为植物物种提供了一个可靠的配体-受体相互作用数据库，并开发了相应的R包和可视化功能 | NA | 开发一个用于推断植物细胞间通信的配体-受体对数据库 | 植物细胞间的配体-受体对及其在细胞通信中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE121619数据集中的拟南芥热激根细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-09-07 |
Bioinformatics roadmap for therapy selection in cancer genomics
2022-11, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13286
PMID:35811332
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综述 | 本文综述了癌症基因组学中治疗选择的生物信息学方法 | 本文介绍了针对肿瘤异质性的不同类型（如肿瘤间异质性和肿瘤内异质性）的治疗选择策略，并讨论了这些策略如何整合到临床实践中 | NA | 探讨精准肿瘤学中基于生物信息学工具的治疗选择方法 | 肿瘤异质性及其对治疗选择的影响 | 生物信息学 | 癌症 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组变异数据、表达数据、多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |