单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 320 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-07 |
spliceJAC: transition genes and state-specific gene regulation from single-cell transcriptome data
2022-11, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202211176
PMID:36321549
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研究论文 | 本文介绍了一种名为spliceJAC的方法，用于从单细胞转录组数据中量化多变量mRNA剪接，并构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络 | spliceJAC方法通过利用未剪接和剪接的mRNA计数矩阵，构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络，并应用稳定性分析预测细胞状态转换中的关键驱动基因 | NA | 本文旨在从单细胞转录组数据中提取动态信息，以增进对细胞状态转换和基因间相互作用的理解 | 本文研究了胰腺内皮发育和A549肺癌细胞中的上皮-间质转化（EMT） | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及胰腺内皮发育和A549肺癌细胞的单细胞转录组数据 |
| 62 | 2024-09-07 |
Cell therapy attenuates endothelial dysfunction in hypertensive rats with heart failure and preserved ejection fraction
2022-11-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00287.2022
PMID:36083797
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研究论文 | 研究细胞疗法对高血压伴心力衰竭和保留射血分数大鼠的血管内皮功能障碍的影响 | 首次使用心脏球来源的细胞（CDCs）治疗高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠，发现其能减少炎症和纤维化，改善功能、结构和生存率 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证其疗效 | 验证炎症在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的作用，并测试细胞疗法的效果 | 高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠 | 心血管疾病 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Dahl盐敏感大鼠，分为CDCs治疗组和对照组 |
| 63 | 2024-09-07 |
Patient-Derived Organoids from Colorectal Cancer with Paired Liver Metastasis Reveal Tumor Heterogeneity and Predict Response to Chemotherapy
2022-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202204097
PMID:36058001
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研究论文 | 本文构建了一个包含50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并分析了其多组学数据，揭示了肿瘤异质性并预测化疗反应 | 首次构建了结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并利用多组学数据全面分析了肿瘤异质性，预测了化疗反应和临床预后 | NA | 开发一种有效的方法来预测结直肠癌肝转移患者的化疗反应和术后预后 | 结直肠癌肝转移患者及其来源的类器官 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 多组学数据 | 50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官 |
| 64 | 2024-09-07 |
Epidermal growth factor induces a trophectoderm lineage transcriptome resembling that of human embryos during reconstruction of blastoids from extended pluripotent stem cells
2022-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13317
PMID:35880490
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研究论文 | 研究通过添加表皮生长因子（EGF）优化人类扩展多能干细胞（EPSC）向滋养层（TE）样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量 | 通过添加EGF，增强了EPSC向TE样细胞的分化，并使重建的胚泡更接近人类胚胎的转录组特征 | 研究规模较小，需要进一步验证和优化 | 优化人类扩展多能干细胞向滋养层样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量 | 人类扩展多能干细胞（EPSC）及其向滋养层（TE）样细胞的分化 | 干细胞生物学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 多个人类多能干细胞（hPSCs）和胚胎样本 |
| 65 | 2024-09-07 |
PlantPhoneDB: A manually curated pan-plant database of ligand-receptor pairs infers cell-cell communication
2022-11, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13893
PMID:35842742
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研究论文 | 本文开发了一个名为PlantPhoneDB的植物泛数据库，包含大量手动筛选的高可信度配体-受体对，用于推断细胞间通信 | 首次为植物物种提供了一个可靠的配体-受体相互作用数据库，并开发了相应的R包和可视化功能 | NA | 开发一个用于推断植物细胞间通信的配体-受体对数据库 | 植物细胞间的配体-受体对及其在细胞通信中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE121619数据集中的拟南芥热激根细胞样本 |
| 66 | 2024-09-07 |
Bioinformatics roadmap for therapy selection in cancer genomics
2022-11, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13286
PMID:35811332
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综述 | 本文综述了癌症基因组学中治疗选择的生物信息学方法 | 本文介绍了针对肿瘤异质性的不同类型（如肿瘤间异质性和肿瘤内异质性）的治疗选择策略，并讨论了这些策略如何整合到临床实践中 | NA | 探讨精准肿瘤学中基于生物信息学工具的治疗选择方法 | 肿瘤异质性及其对治疗选择的影响 | 生物信息学 | 癌症 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组变异数据、表达数据、多组学数据 | NA |
| 67 | 2024-09-01 |
Spatiotemporal transcriptome analysis reveals critical roles for mechano-sensing genes at the border zone in remodeling after myocardial infarction
2022-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00140-7
PMID:39195917
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研究论文 | 本研究通过综合分析空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）在小鼠心肌梗死模型中的应用，揭示了机械应力反应基因在心肌梗死后左心室重塑中的关键作用 | 本研究首次综合利用空间转录组学和snRNA-seq技术，揭示了机械感应基因在心肌梗死边界区域的作用，为理解心肌梗死后心室重塑的分子机制提供了新视角 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨心肌梗死后心室重塑的分子机制 | 心肌梗死后的心室重塑过程 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 小鼠心肌梗死模型 |
| 68 | 2024-08-31 |
Connecting past and present: single-cell lineage tracing
2022-11, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-022-00913-7
PMID:35441356
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review | 本文综述了单细胞谱系追踪技术的发展，主要特点，应用以及技术考虑和局限性 | 利用克隆分析和单细胞RNA测序技术，单细胞谱系追踪提供了新的机会来探究细胞状态和谱系历史 | 尽管上述策略已在动物发育和干细胞研究中得到证明，但实施这些方法仍需谨慎和努力 | 描绘细胞的历史、状态和命运是现代生物学的基本目标 | 单细胞的谱系追踪 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-08-07 |
Single-cell and spatial transcriptomics of the infarcted heart define the dynamic onset of the border zone in response to mechanical destabilization
2022-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00160-3
PMID:39086770
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研究论文 | 本文通过单细胞/核RNA测序、空间转录组学和多重RNA荧光原位杂交技术，重新定义了心肌梗死边界区（BZ）的细胞和分子机制。 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术详细描述了心肌梗死边界区的动态变化，并提出了‘邻居丢失’假说来解释其转录反应的机制。 | NA | 深入理解心肌梗死边界区的细胞和分子机制。 | 心肌梗死边界区的细胞和分子机制。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重RNA荧光原位杂交 | NA | 转录组数据 | NA |
| 70 | 2024-08-05 |
Mesenchymal cell replacement corrects thymic hypoplasia in murine models of 22q11.2 deletion syndrome
2022-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI160101
PMID:36136514
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研究论文 | 该文章探讨了在22q11.2缺失综合症小鼠模型中，间充质细胞替代如何纠正胸腺发育不良的机制。 | 发现间充质细胞是造成22q11.2缺失综合症小鼠模型中胸腺发育不良的原因，并通过正常间充质细胞替代进行纠正。 | 没有提到该研究的具体局限性 | 研究22q11.2缺失综合症导致的胸腺发育不良的分子基础及其纠正方法。 | 使用22q11.2缺失综合症的小鼠模型作为研究对象。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括小鼠模型的胚胎胸腺 |
| 71 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of senescent epithelia reveals targetable mechanisms promoting fibrosis
2022-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154124
PMID:36509292
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了促纤维化的可靶向机制。 | 首次使用单细胞RNA测序揭示了衰老上皮细胞在促进纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点。 | 研究主要集中在小鼠模型，具体在人类疾病中的机制需要进一步验证。 | 探讨衰老细胞如何影响器官纤维化和修复的机制。 | 研究对象包括小鼠模型和人类的肾脏与肝脏疾病。 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了2个小鼠模型及验证人类样本 |
| 72 | 2024-08-05 |
Estimation of tumor cell total mRNA expression in 15 cancer types predicts disease progression
2022-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01342-x
PMID:35697807
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研究论文 | 本文提出了一种从肿瘤样本中量化特定肿瘤总mRNA表达的方法 | 该研究开发了一种考虑转录物比例、纯度和倍性的新方法，以量化肿瘤特异性总mRNA表达 | 技术和分析挑战仍然存在，可能会影响大规模的全癌症总mRNA内容检查 | 研究总mRNA表达与肿瘤表型和临床结果之间的关系 | 6,590个患者肿瘤，涵盖15种癌症类型 | 数字病理学 | NA | bulk sequencing | NA | 转录组数据 | 6,590例患者肿瘤 |
| 73 | 2024-08-05 |
Cellular reprogramming with ATOH1, GFI1, and POU4F3 implicate epigenetic changes and cell-cell signaling as obstacles to hair cell regeneration in mature mammals
2022-11-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79712
PMID:36445327
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研究论文 | 该研究探讨了使用ATOH1、GFI1和POU4F3进行耳蜗再编程，以克服在成熟哺乳动物中毛细胞再生的障碍 | 揭示了老年动物毛细胞再编程的表观遗传障碍和细胞间信号传导的影响 | 只在特定的转录因子组合下进行了研究，未充分评估其他可能的因素 | 研究耳蜗中毛细胞特异性转录因子对听力恢复的影响 | 使用Cre诱导小鼠模型来比较不同转录因子的毛细胞再编程效果 | 数字病理学 | 听力损失 | scRNA-seq和ATAC-seq | NA | 细胞 | 新生小鼠与1周龄小鼠的比较 |
| 74 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies a paracrine interaction that may drive oncogenic notch signaling in human adenoid cystic carcinoma
2022-11-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111743
PMID:36450256
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析人类腮腺腺样囊性癌中的肿瘤细胞间相互作用 | 首次揭示了腺样囊性癌中肿瘤细胞表达的异质性及其在Notch信号通路中的潜在作用 | 研究仍缺乏对人类肿瘤中MYB和Notch信号的完整体内描述 | 探索腺样囊性癌的病理生理学及其细胞信号传递机制 | 腺样囊性癌的原发肿瘤及其匹配的局部复发样本 | 数字病理学 | 腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含有腺样囊性癌的多个样本及三个已发表患者组 |
| 75 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics demonstrates the role of CD4 T cells in effector CD8 T cell differentiation during chronic viral infection
2022-11-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111736
PMID:36450262
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学探讨了CD4 T细胞在慢性病毒感染中对效应CD8 T细胞分化的作用 | 揭示了在CD4细胞耗竭情况下，免疫调节CD4 T细胞相较于产生IL-21的Tfh细胞的数量占优，从而影响CD8 T细胞的应答 | 未详细探讨其他细胞类型在T细胞相互作用中可能的作用 | 研究CD4 T细胞异质性及其在慢性病毒感染中的功能 | CD4和CD8 T细胞及其在慢性病毒感染中的相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-05 |
TrkA+ Neurons Induce Pathologic Regeneration After Soft Tissue Trauma
2022-11-18, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szac073
PMID:36222619
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研究论文 | 本研究探讨了TrkA+神经元在软组织创伤后诱导病理再生的作用 | 首次发现NGF响应的TrkA表达神经在软组织创伤后的侵袭与异位骨形成相关 | 研究主要基于小鼠模型，临床适用性尚待验证 | 研究TraK信号调控对创伤后异位骨形成的影响 | 使用小鼠模型研究异位骨形成及相关神经元活动 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 影像，组织学 | 小鼠模型，具体样本量未定 |
| 77 | 2024-08-05 |
GATA4 Regulates Developing Endocardium Through Interaction With ETS1
2022-11-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.318102
PMID:36263775
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研究论文 | 本文研究GATA4转录因子在心脏发育中的作用及其与ETS1的相互作用 | 探索了GATA4如何在心肌细胞和心内膜细胞中选择性占据染色质的机制，并揭示了ETS1在GATA4调控内皮发育中的协同作用 | 研究主要集中在小鼠模型中，结果的转化性可能受限于物种差异 | 阐明GATA4如何通过与ETS1等非先导转录因子的相互作用来调控心内膜的发育 | 小鼠胚胎心脏中的心肌细胞和心内膜细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、荧光素酶报告实验 | 细胞系 | 基因组数据和转录组数据 | 使用了小鼠胚胎心脏细胞和稳定转染的NIH3T3细胞系 |
| 78 | 2024-08-05 |
A human STAT3 gain-of-function variant confers T cell dysregulation without predominant Treg dysfunction in mice
2022-11-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.162695
PMID:36136607
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研究论文 | 本研究探讨了一种人类STAT3增效变体在小鼠中引起T细胞失调的机制 | 首次使用载入小鼠模型研究STAT3 GOF综合症的病理机制，并发现Tregs并非疾病的主要驱动因素 | 研究主要基于小鼠模型，临床应用和治疗策略尚未确定 | 明确STAT3 GOF综合症的病理机制及其对T细胞调节的影响 | 开发了携带人类STAT3变体的小鼠模型并进行相关的单细胞RNA测序分析 | 数字病理学 | 自体免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | knock-in小鼠模型 | 细胞数据 | 使用STAT3 GOF患者的T细胞进行单细胞RNA测序，具体样本数量未说明 |
| 79 | 2024-08-05 |
PTEN directs developmental and metabolic signaling for innate-like T cell fate and tissue homeostasis
2022-11, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-01011-w
PMID:36302969
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研究论文 | 本文研究了PTEN在先天样T细胞生成和组织稳态中的作用 | 揭示了PTEN调控先天样T细胞发育与代谢信号传导的新机制 | 该研究未明确探讨PTEN在其他类型T细胞的作用 | 阐明PTEN在T细胞发育及组织稳态中的功能 | 研究了PTEN缺失对界面样IL-17产生T细胞的影响 | NA | 人类癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | PTEN缺失小鼠和PTEN杂合缺失小鼠的样本 |
| 80 | 2024-08-05 |
Nociceptor neurons affect cancer immunosurveillance
2022-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05374-w
PMID:36323780
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研究论文 | 本研究探讨了疼痛感知神经元对癌症免疫监视的影响 | 首次揭示了黑色素瘤细胞与痛觉神经元之间的相互作用及其对细胞免疫反应的影响 | 未能全面探索不同类型肿瘤对疼痛神经元的影响 | 研究痛觉神经元在肿瘤免疫监视中的作用 | 主要研究黑色素瘤细胞和肿瘤浸润的细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 生物样本 | 研究中使用了多种小鼠和黑色素瘤患者的活检样本 |