单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-08	The memory B cell response to influenza vaccination is impaired in older persons 2022-11-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111613 PMID:36351385	研究论文	研究探讨了老年人接种流感疫苗后记忆B细胞反应的年龄相关性变化	首次通过单细胞RNA测序技术追踪流感疫苗接种后记忆B细胞的反应，并发现年轻人在接种后产生具有FcRL5“非典型”表型的记忆B细胞，而老年人的反应较弱	研究样本量较小，仅包括20名健康成年人	探讨年龄对流感疫苗接种后记忆B细胞反应的影响	记忆B细胞对流感疫苗的反应	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	20名健康成年人
42	2024-09-08	Deep autoencoder for interpretable tissue-adaptive deconvolution and cell-type-specific gene analysis 2022-11-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34550-9 PMID:36347853	研究论文	本文介绍了一种名为TAPE的深度学习方法，用于组织适应性解卷积和细胞类型特异性基因分析	TAPE通过连接批量RNA测序和单细胞RNA测序，实现了快速且精确的解卷积，并能预测细胞类型特异性基因表达	NA	开发一种新的深度学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据的解卷积精度和速度	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	机器学习	NA	RNA测序	深度自编码器	RNA测序数据	NA
43	2024-09-08	Single-cell technologies: From research to application 2022-Nov-08, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2022.100342 PMID:36353677	综述	本文综述了单细胞技术的发展及其在多个领域的应用，并展望了未来的研究方向	本文介绍了基于人工智能的大数据分析方法在单细胞研究中的应用，并探讨了空间转录组学和单细胞多组学的潜力	NA	综述单细胞技术的发展及其应用，并展望未来的研究方向	单细胞技术及其在肿瘤学、辅助生殖、胚胎发育和植物育种等领域的应用	生物信息学	NA	单细胞技术	NA	单细胞组学数据	NA
44	2024-09-08	Characterization of BCMA Expression in Circulating Rare Single Cells of Patients with Plasma Cell Neoplasms 2022-Nov-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232113427 PMID:36362214	研究论文	开发并验证了一种基于玻片的免疫荧光检测方法，用于检测和量化浆细胞肿瘤患者血液中表达BCMA的细胞	首次验证了BCMA在循环肿瘤细胞中的表达，并开发了一种无需富集的液体活检方法用于早期疾病检测和治疗反应监测	研究样本量较小，仅涉及9名患者	验证BCMA在循环肿瘤细胞中的表达，并开发一种新的检测方法用于早期疾病检测和治疗反应监测	浆细胞肿瘤患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	免疫荧光检测	NA	细胞	9名浆细胞肿瘤患者
45	2024-09-08	FastRNA: An efficient solution for PCA of single-cell RNA-sequencing data based on a batch-accounting count model 2022-11-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2022.09.008 PMID:36206757	研究论文	本文介绍了一种名为FastRNA的高效解决方案，用于基于批次和细胞大小因子计数模型的单细胞RNA测序数据的主成分分析	FastRNA方法在处理大规模数据时比其他基于计数的方法快两个数量级，比标准对数归一化快一个数量级，并且完全避免了在内存中形成大型密集残差矩阵	NA	开发一种高效的方法来处理单细胞RNA测序数据的主成分分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	PCA	计数数据	200万细胞
46	2024-09-08	Spatial Positioning and Matrix Programs of Cancer-Associated Fibroblasts Promote T-cell Exclusion in Human Lung Tumors 2022-11-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1714 PMID:36027053	研究论文	本文研究了癌症相关成纤维细胞（CAF）在人类肺肿瘤中促进T细胞排除的空间定位和基质程序	本文通过单细胞RNA测序结合多重成像技术，揭示了两种与T细胞排除相关的CAF亚群及其独特的分子程序	NA	探讨癌症相关成纤维细胞在肺肿瘤中促进T细胞排除的机制	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肺肿瘤中的空间定位和基质程序	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量肺肿瘤样本
47	2024-09-08	Progenitor Hierarchy of Chronic Myelomonocytic Leukemia Identifies Inflammatory Monocytic-Biased Trajectory Linked to Worse Outcomes 2022-11-02, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0217 PMID:36053528	研究论文	研究了慢性粒单核细胞白血病（CMML）中CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPC）的分化轨迹，发现单核细胞偏向轨迹与不良预后相关	首次使用单细胞RNA测序和高参数流式细胞术揭示了CMML中CD34+ HSPC的三种分化轨迹，并发现单核细胞偏向轨迹与不良预后相关	研究主要集中在CMML，未涵盖其他骨髓增生性肿瘤，且治疗策略的探索有限	揭示慢性粒单核细胞白血病中CD34+造血干细胞和祖细胞的分化轨迹及其与预后的关系	慢性粒单核细胞白血病（CMML）中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPC）	血液学	白血病	单细胞RNA测序、高参数流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量
48	2024-09-08	Molecular and anatomical characterization of parabrachial neurons and their axonal projections 2022-11-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81868 PMID:36317965	研究论文	本文研究了副神经节核神经元的分子和解剖特征及其轴突投射	首次提供了数十个副神经节核神经元亚群的分子身份、空间位置和投射模式的数据库	未明确说明不同行为如何由独特的信号分子或受体编码	探讨副神经节核神经元的多样性和其在不同行为中的作用	副神经节核神经元的亚群及其轴突投射	NA	NA	单细胞RNA测序、多重原位杂交	NA	分子数据、空间位置数据、投射模式数据	21个Cre驱动小鼠品系
49	2024-09-08	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular reprograming landscape of gliomas and lung cancer brain metastases 2022-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1101 PMID:36336787	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤和肺癌脑转移的细胞和分子重编程景观	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了胶质瘤和肺癌脑转移的肿瘤微环境异质性，并发现了与预后相关的特定细胞亚群和基因特征	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	揭示胶质瘤和肺癌脑转移的细胞和分子重编程特征，为开发针对脑转移的免疫治疗提供理论基础	胶质瘤和肺癌脑转移的肿瘤微环境细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	4个胶质瘤样本和10个肺癌脑转移样本
50	2024-09-08	Excessive IL-10 and IL-18 trigger hemophagocytic lymphohistiocytosis-like hyperinflammation and enhanced myelopoiesis 2022-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.06.017 PMID:35792218	研究论文	研究探讨了IL-10和IL-18在超炎症中的协同作用及其对噬血细胞性淋巴组织细胞增多症样超炎症和增强的髓系生成的影响	首次揭示了IL-10和IL-18共同升高足以驱动噬血细胞性淋巴组织细胞增多症样超炎症综合征，并通过IL-10阻断在HLH模型中显示出保护作用	NA	研究IL-10和IL-18在超炎症中的协同作用	噬血细胞性淋巴组织细胞增多症患者和转基因小鼠模型	NA	噬血细胞性淋巴组织细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	RNA	87名噬血细胞性淋巴组织细胞增多症患者和转基因小鼠模型
51	2024-09-07	speedingCARs: accelerating the engineering of CAR T cells by signaling domain shuffling and single-cell sequencing 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34141-8 PMID:36323661	研究论文	本文介绍了一种名为speedingCARs的方法，通过信号域重排和单细胞测序加速CAR T细胞工程	利用CRISPR-Cas9技术生成180种独特的CAR变体，并通过单细胞RNA测序和单细胞CAR测序进行高通量筛选，识别出具有肿瘤杀伤特性的变体	NA	扩展CAR信号域组合空间，为CAR T细胞的工程化提供工具	CAR T细胞及其信号域	生物工程	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 单细胞CAR测序	NA	基因组数据, 单细胞RNA数据	180种独特的CAR变体
52	2024-09-07	spliceJAC: transition genes and state-specific gene regulation from single-cell transcriptome data 2022-11, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202211176 PMID:36321549	研究论文	本文介绍了一种名为spliceJAC的方法，用于从单细胞转录组数据中量化多变量mRNA剪接，并构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络	spliceJAC方法通过利用未剪接和剪接的mRNA计数矩阵，构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络，并应用稳定性分析预测细胞状态转换中的关键驱动基因	NA	本文旨在从单细胞转录组数据中提取动态信息，以增进对细胞状态转换和基因间相互作用的理解	本文研究了胰腺内皮发育和A549肺癌细胞中的上皮-间质转化（EMT）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及胰腺内皮发育和A549肺癌细胞的单细胞转录组数据
53	2024-09-07	Cell therapy attenuates endothelial dysfunction in hypertensive rats with heart failure and preserved ejection fraction 2022-11-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00287.2022 PMID:36083797	研究论文	研究细胞疗法对高血压伴心力衰竭和保留射血分数大鼠的血管内皮功能障碍的影响	首次使用心脏球来源的细胞（CDCs）治疗高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠，发现其能减少炎症和纤维化，改善功能、结构和生存率	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证其疗效	验证炎症在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的作用，并测试细胞疗法的效果	高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序	NA	RNA	Dahl盐敏感大鼠，分为CDCs治疗组和对照组
54	2024-09-07	Patient-Derived Organoids from Colorectal Cancer with Paired Liver Metastasis Reveal Tumor Heterogeneity and Predict Response to Chemotherapy 2022-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204097 PMID:36058001	研究论文	本文构建了一个包含50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并分析了其多组学数据，揭示了肿瘤异质性并预测化疗反应	首次构建了结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并利用多组学数据全面分析了肿瘤异质性，预测了化疗反应和临床预后	NA	开发一种有效的方法来预测结直肠癌肝转移患者的化疗反应和术后预后	结直肠癌肝转移患者及其来源的类器官	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	多组学数据	50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官
55	2024-09-07	Epidermal growth factor induces a trophectoderm lineage transcriptome resembling that of human embryos during reconstruction of blastoids from extended pluripotent stem cells 2022-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13317 PMID:35880490	研究论文	研究通过添加表皮生长因子（EGF）优化人类扩展多能干细胞（EPSC）向滋养层（TE）样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	通过添加EGF，增强了EPSC向TE样细胞的分化，并使重建的胚泡更接近人类胚胎的转录组特征	研究规模较小，需要进一步验证和优化	优化人类扩展多能干细胞向滋养层样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	人类扩展多能干细胞（EPSC）及其向滋养层（TE）样细胞的分化	干细胞生物学	NA	RNA测序	NA	RNA	多个人类多能干细胞（hPSCs）和胚胎样本
56	2024-09-07	PlantPhoneDB: A manually curated pan-plant database of ligand-receptor pairs infers cell-cell communication 2022-11, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13893 PMID:35842742	研究论文	本文开发了一个名为PlantPhoneDB的植物泛数据库，包含大量手动筛选的高可信度配体-受体对，用于推断细胞间通信	首次为植物物种提供了一个可靠的配体-受体相互作用数据库，并开发了相应的R包和可视化功能	NA	开发一个用于推断植物细胞间通信的配体-受体对数据库	植物细胞间的配体-受体对及其在细胞通信中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE121619数据集中的拟南芥热激根细胞样本
57	2024-09-07	Bioinformatics roadmap for therapy selection in cancer genomics 2022-11, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13286 PMID:35811332	综述	本文综述了癌症基因组学中治疗选择的生物信息学方法	本文介绍了针对肿瘤异质性的不同类型（如肿瘤间异质性和肿瘤内异质性）的治疗选择策略，并讨论了这些策略如何整合到临床实践中	NA	探讨精准肿瘤学中基于生物信息学工具的治疗选择方法	肿瘤异质性及其对治疗选择的影响	生物信息学	癌症	下一代测序（NGS）	NA	基因组变异数据、表达数据、多组学数据	NA
58	2024-09-01	Spatiotemporal transcriptome analysis reveals critical roles for mechano-sensing genes at the border zone in remodeling after myocardial infarction 2022-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00140-7 PMID:39195917	研究论文	本研究通过综合分析空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）在小鼠心肌梗死模型中的应用，揭示了机械应力反应基因在心肌梗死后左心室重塑中的关键作用	本研究首次综合利用空间转录组学和snRNA-seq技术，揭示了机械感应基因在心肌梗死边界区域的作用，为理解心肌梗死后心室重塑的分子机制提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨心肌梗死后心室重塑的分子机制	心肌梗死后的心室重塑过程	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠心肌梗死模型
59	2024-08-31	Connecting past and present: single-cell lineage tracing 2022-11, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-022-00913-7 PMID:35441356	review	本文综述了单细胞谱系追踪技术的发展，主要特点，应用以及技术考虑和局限性	利用克隆分析和单细胞RNA测序技术，单细胞谱系追踪提供了新的机会来探究细胞状态和谱系历史	尽管上述策略已在动物发育和干细胞研究中得到证明，但实施这些方法仍需谨慎和努力	描绘细胞的历史、状态和命运是现代生物学的基本目标	单细胞的谱系追踪	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
60	2024-08-12	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	本文提出了一种名为MuSiC2的迭代估计程序，用于在多临床条件下对bulk RNA-seq数据进行细胞类型反卷积分析	MuSiC2是MuSiC的扩展，能够在单细胞参考与bulk样本临床条件不同时，提高细胞类型比例估计的准确性	现有的细胞类型反卷积方法通常需要与bulk RNA-seq数据临床条件相匹配的单细胞RNA-seq数据作为参考，这在疾病样本中获取较为困难	旨在解决在不同临床条件下，使用单细胞RNA-seq参考数据进行bulk RNA-seq数据反卷积时可能导致的细胞类型比例估计偏差问题	研究对象包括来自人类胰腺胰岛和视网膜的两个bulk RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	MuSiC2	RNA-seq数据	涉及两个bulk RNA-seq数据集，一个来自人类胰腺胰岛，另一个来自人类视网膜