单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-23	Monocyte/Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing in Mice 2022-11-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200365 PMID:36426946	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术探索小鼠皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞的异质性和状态转换	首次使用单细胞RNA测序技术全面探索皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞的异质性和状态转换	研究仅限于C57BL/6小鼠模型，结果可能不适用于其他物种	深入了解皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞的异质性和功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的单核细胞/巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	2813个高质量细胞
22	2024-09-23	Multiomic analysis reveals conservation of cancer-associated fibroblast phenotypes across species and tissue of origin 2022-11-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.015 PMID:36270275	研究论文	本文通过多组学分析揭示了癌症相关成纤维细胞表型在不同物种和组织来源中的保守性	本文首次通过配对的染色质可及性和转录组分析，综合分析了癌症相关成纤维细胞的亚群，并识别出三种超群：稳态样、机械应答和免疫调节型成纤维细胞	NA	研究癌症相关成纤维细胞的异质性及其在不同物种和组织中的保守性	癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、染色质可及性分析	NA	转录组、蛋白质组	多个组织类型和物种的样本
23	2024-09-23	Cellular and molecular profiles of larval and adult Xenopus corneal epithelia resolved at the single-cell level 2022-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2022.08.007 PMID:36049533	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了青蛙角膜上皮细胞在幼体和成体阶段的细胞和分子特征	揭示了角膜发育和成熟过程中细胞多样性的增加以及转录组、基因调控网络和细胞间通讯动力学的显著变化，并识别出潜在的幼体和成体角膜上皮干细胞	NA	探索角膜上皮干细胞及其增殖后代在维持角膜透明度和稳态中的作用	青蛙幼体和成体角膜上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	幼体和成体青蛙角膜细胞
24	2024-09-23	Directed differentiation of human pluripotent stem cells into diverse organ-specific mesenchyme of the digestive and respiratory systems 2022-11, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-022-00733-3 PMID:35978039	研究论文	本文描述了一种将人类多能干细胞定向分化为消化和呼吸系统中多种器官特异性间充质的协议	利用单细胞转录组学揭示的小鼠前肠器官发生中的信号网络和分子标记，成功将人类多能干细胞分化为多种器官特异性间充质	目前主要集中在间充质的生成，尚未涉及复杂人体组织的工程化	开发一种将人类多能干细胞定向分化为消化和呼吸系统中多种器官特异性间充质的方法	人类多能干细胞及其分化产物	再生医学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞	4-7天的培养时间，不同类型的间充质细胞比例为60-90%纯度的肝隔膜横纹肌样细胞，70-80%纯度的肝样成纤维细胞，以及约35%的呼吸样、胃样或食管样间充质细胞
25	2024-09-17	Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing 2022-11-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34590-1 PMID:36371428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异	本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异	本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种	研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异	猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	133,454个猕猴视觉皮层细胞
26	2024-09-14	Single-Cell Transcriptomic Census of Endothelial Changes Induced by Matrix Stiffness and the Association with Atherosclerosis 2022-Nov-17, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202203069 PMID:36816792	研究论文	研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的影响及其与动脉粥样硬化的关联	首次在单细胞分辨率下研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的调控作用，并揭示了新的间充质-内皮反向转化轨迹	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的相互作用	探讨基质硬度对内皮细胞可塑性和动脉粥样硬化进展的影响	人冠状动脉内皮细胞及其在不同基质硬度下的转录特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人冠状动脉内皮细胞在生理和病理基质硬度下的培养样本
27	2024-09-13	CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth 2022-11-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200909 PMID:36239312	研究论文	研究揭示了CXCL12在肺血管内皮细胞异质性中的作用，并促进了远端血管的生长	首次通过单细胞RNA测序和基因本体分析，揭示了CXCL12在肺动脉内皮细胞中的表达及其在血管发育中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探讨胚胎发育过程中肺血管形成的分子和细胞机制	肺血管内皮细胞及其在胚胎发育中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了表达Cxcl12的转基因小鼠模型
28	2024-09-11	A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine 2022-11-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641 PMID:36384107	研究论文	研究了高脂饮食对小鼠肠道上皮细胞的快速适应性反应	首次使用生理指标和单细胞转录组学研究高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应	研究仅限于小鼠模型，未探讨其他物种的反应	探讨高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应	小鼠肠道上皮细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
29	2024-09-11	Podocalyxin-Like Protein 1 Regulates Pluripotency through the Cholesterol Biosynthesis Pathway 2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205451 PMID:36373710	研究论文	研究了膜蛋白podocalyxin-like蛋白1（PODXL）通过胆固醇生物合成途径调节多能性的机制	首次报道了膜蛋白PODXL调节从头胆固醇生物合成，并发现人类多能干细胞（hPSCs）对胆固醇耗竭比成纤维细胞更敏感	NA	揭示信号机制对扩展多能干细胞（EPSC）状态和原始多能性的关键作用，以理解胚胎发育	膜蛋白PODXL在扩展和原始多能性中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
30	2024-09-10	scGNN 2.0: a graph neural network tool for imputation and clustering of single-cell RNA-Seq data 2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac684 PMID:36250784	研究论文	本文介绍了scGNN 2.0，一个用于单细胞RNA-Seq数据插补和聚类的图神经网络工具	scGNN 2.0通过简化闭环架构显著提高了计算速度，并在细胞聚类和插补性能上有所提升	NA	改进单细胞RNA-Seq数据分析中的基因表达插补和细胞聚类方法	单细胞RNA-Seq数据	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	八个数据集
31	2024-09-10	CAMML with the Integration of Marker Proteins (ChIMP) 2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac674 PMID:36214642	研究论文	本文介绍了一种名为CAMML with the Integration of Marker Proteins (ChIMP)的方法，用于多标签细胞类型分类，结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq数据	ChIMP方法结合了CAMML的转录组数据评分和CITE-seq的蛋白质标记物测量，实现了多组学数据的细胞类型分类	NA	开发一种新的方法，用于更精确和保守地对联合scRNA-seq/CITE-seq数据进行细胞类型分类	单细胞RNA测序和CITE-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq	CAMML	基因表达和蛋白质丰度数据	NA
32	2024-09-10	Epigenetic and transcriptomic reprogramming in monocytes of severe COVID-19 patients reflects alterations in myeloid differentiation and the influence of inflammatory cytokines 2022-11-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01137-4 PMID:36443794	研究论文	研究了严重COVID-19患者中单核细胞的表观遗传和转录重编程，揭示了髓系分化和炎症细胞因子的影响	首次系统分析了严重COVID-19患者中单核细胞的DNA甲基化和转录组变化，并发现了与细菌性败血症和病毒感染相关的特定DNA甲基化改变	样本量相对较小，且仅限于严重COVID-19患者和健康对照组	探讨严重COVID-19患者中单核细胞的表观遗传和转录变化及其与免疫细胞相互作用的关系	严重COVID-19患者的外周血单核细胞	表观遗传学	COVID-19	DNA甲基化测序、单细胞转录组测序	NA	DNA甲基化数据、转录组数据	48名严重COVID-19患者和11名健康对照者的单核细胞
33	2024-09-10	Density-based detection of cell transition states to construct disparate and bifurcating trajectories 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac785 PMID:36124665	研究论文	本文介绍了一种基于密度的细胞过渡状态检测方法，用于构建复杂拓扑结构的细胞分化轨迹	该方法利用重叠概率分布识别细胞过渡状态，并通过基础拓扑引导的迭代拟合推断稳定轨迹	NA	开发一种能够准确推断复杂拓扑结构细胞分化轨迹的计算方法	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	SARS-CoV-2感染患者的血细胞样本
34	2024-09-10	Challenges and considerations for single-cell and spatially resolved transcriptomics sample collection during spaceflight 2022-11-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100325 PMID:36452864	研究论文	探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（SRT）在太空生物学中的重要性，并讨论在太空飞行中进行这些实验的设计挑战和考虑因素	强调了scRNA-seq和SRT在太空生物学中的新兴重要性，并提出了在太空环境中进行这些实验的设计挑战	目前太空飞行中的基因表达实验发展速度不及地球上的实验，且只有少数数据集使用了scRNA-seq和SRT	探讨scRNA-seq和SRT在太空生物学中的应用，并提出实验设计的挑战和考虑因素	单细胞RNA测序和空间转录组学在太空飞行中的应用	基因表达	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（SRT）	NA	基因表达数据	NA
35	2024-09-10	Glioma Stem Cells: Novel Data Obtained by Single-Cell Sequencing 2022-Nov-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232214224 PMID:36430704	综述	本文综述了胶质瘤干细胞的现代概念以及单细胞测序在研究胶质瘤细胞异质性方面的最新进展	本文强调了最近揭示的成人型弥漫性胶质瘤亚型细胞组成的变异，解释了早期胶质瘤干细胞研究中的不一致性，并为更有效的靶向治疗和基于细胞的胶质瘤免疫治疗提供了见解	NA	探讨胶质瘤干细胞的现代概念及单细胞测序在研究胶质瘤细胞异质性方面的进展	胶质瘤干细胞及胶质瘤细胞异质性	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	细胞	NA
36	2024-09-08	Spatially aware dimension reduction for spatial transcriptomics 2022-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34879-1 PMID:36418351	研究论文	本文开发了一种空间感知降维方法SpatialPCA，用于空间转录组数据的分析	SpatialPCA能够提取空间转录组数据中的低维表示，保留生物信号和空间相关结构	NA	开发一种新的方法来分析空间转录组数据，并应用于肿瘤微环境和大脑皮层的分析	空间转录组数据，特别是肿瘤微环境和大脑皮层的转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	PCA	转录组数据	NA
37	2024-09-08	NetREX-CF integrates incomplete transcription factor data with gene expression to reconstruct gene regulatory networks 2022-11-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04226-7 PMID:36418514	研究论文	本文介绍了一种名为NetREX-CF的方法，通过整合不完整的转录因子数据和基因表达数据来重建基因调控网络	NetREX-CF结合了协同过滤技术来解决先验知识的不完整性，并使用基于稀疏网络成分分析的生物学合理模型来处理基因表达数据	NA	解决基因调控网络重建中先验知识不完整的问题	酵母和果蝇Schneider 2细胞的基因调控网络	系统生物学	NA	RNA-Seq	协同过滤	基因表达数据	465个表达的转录因子
38	2024-09-08	Identification and Validation of UPF1 as a Novel Prognostic Biomarker in Renal Clear Cell Carcinoma 2022-11-20, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13112166 PMID:36421841	研究论文	研究探讨了UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	首次系统分析了UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响，并验证了其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义	UPF1在肾透明细胞癌中的表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	肾癌	RNA测序	NA	RNA	使用了来自TCGA、GEO和ArrayExpress数据库的bulk RNA测序数据以及肾透明细胞癌的单细胞测序数据
39	2024-09-08	How does the structure of data impact cell-cell similarity? Evaluating how structural properties influence the performance of proximity metrics in single cell RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac387 PMID:36151725	研究论文	本文探讨了数据结构如何影响细胞间相似性，并评估了结构属性对单细胞RNA测序数据中邻近度量性能的影响	开发了一个框架，深入评估了17种邻近度量在单细胞RNA测序数据核心结构属性方面的性能	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的生物数据	评估不同邻近度量在单细胞RNA测序数据中的性能，并探讨数据结构属性对其影响	单细胞RNA测序数据中的邻近度量和数据结构属性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
40	2024-09-08	Single cell sequencing maps skeletal muscle cellular diversity as disease severity increases in dystrophic mouse models 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105415 PMID:36388984	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了在杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，随着疾病严重程度增加，骨骼肌细胞的多样性变化	首次利用单细胞RNA测序技术探索了健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型中骨骼肌细胞群的差异	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	深入了解DMD疾病严重程度增加时骨骼肌细胞的异质性	健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型的骨骼肌细胞	数字病理学	肌肉萎缩症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康、肌营养不良和严重肌营养不良小鼠模型的骨骼肌样本