单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-08-08	sgcocaller and comapr: personalised haplotype assembly and comparative crossover map analysis using single-gamete sequencing data 2022-11-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac764 PMID:36107768	研究论文	本文介绍了用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点的软件工具sgcocaller，以及用于从单配子构建、可视化和比较个性化交叉景观的comapr	提出了sgcocaller和comapr工具，能够在高覆盖率数据集上生成无瑕的单体型结果，并且在低覆盖率单配子测序数据上表现优于现有方法	NA	开发高效的软件工具，用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点，并构建、可视化和比较个性化交叉景观	单配子DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	大量单配子样本
262	2024-08-08	Cell type markers indicate distinct contributions of decidual stromal cells and natural killer cells in preeclampsia 2022-11-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-22-0079 PMID:36111648	研究论文	本研究通过整合分析先兆子痫转录组和单细胞转录组数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在早期和晚期先兆子痫中的特定贡献	本研究结合了先兆子痫的转录组结果和单细胞测序数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在先兆子痫中的特定贡献，其中部分结果是出乎意料的	NA	研究先兆子痫中不同细胞类型的具体贡献	先兆子痫中的基质细胞和子宫自然杀伤细胞	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
263	2024-08-08	Survival prediction optimization of acute myeloid leukaemia based on T-cell function-related genes and plasma proteins 2022-11, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18453 PMID:36113865	研究论文	本研究基于T细胞功能相关基因和血浆蛋白，优化了急性髓系白血病（AML）患者的生存预测模型	本研究首次将T细胞功能相关基因特征纳入AML生存预测模型，并通过随机生存森林变量狩猎算法开发了八基因T细胞功能相关特征	NA	优化急性髓系白血病患者的生存预测模型	急性髓系白血病患者	数字病理学	白血病	RNA矩阵	随机生存森林	RNA序列	1611名AML患者的数据
264	2024-08-08	Cancer-associated fibroblasts-derived FMO2 as a biomarker of macrophage infiltration and prognosis in epithelial ovarian cancer 2022-11, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2022.09.003 PMID:36114029	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞衍生的FMO2作为上皮性卵巢癌中巨噬细胞浸润和预后标志物的角色	首次研究FMO2作为癌症相关成纤维细胞衍生的新型预后生物标志物在上皮性卵巢癌中的作用	研究主要基于现有数据库和独立队列的数据，可能需要更多临床样本验证	研究FMO2在上皮性卵巢癌中的作用及其与免疫成分的关联	上皮性卵巢癌样本中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	独立队列包含113个样本
265	2024-08-08	Deficiency of Irx5 protects mice from obesity and associated metabolic abnormalities 2022-11, International journal of obesity (2005) DOI:10.1038/s41366-022-01221-0 PMID:36115924	研究论文	本研究探讨了Irx5基因在调节肥胖及相关代谢异常中的作用	首次揭示了Irx5在能量稳态中的功能，并通过单细胞RNA测序分析了其在下丘脑中的作用	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类中验证Irx5的作用	解析Irx5在肥胖和代谢异常调节中的作用	Irx5基因敲除小鼠及其在高脂饮食挑战下的代谢表型	遗传学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Irx5KO小鼠模型
266	2024-08-08	Transcriptomic changes in autophagy-related genes are inversely correlated with inflammation and are associated with multiple sclerosis lesion pathology 2022-Nov, Brain, behavior, & immunity - health DOI:10.1016/j.bbih.2022.100510 PMID:36120103	研究论文	本文研究了自噬相关基因在多发性硬化症（MS）病变病理中的表达变化及其与炎症的关系	首次展示了自噬相关基因在MS急性期和混合活动/非活动性病变中的表达减少，并提出了mTORC1通路可能通过持续激活抑制自噬的假设	NA	探讨自噬在多发性硬化症不同阶段病理中的作用及其调控机制	自噬相关基因在多发性硬化症病变中的表达变化及其与炎症的关系	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型及人类MS脑组织样本
267	2024-08-08	Single-cell RNA analysis of chemokine expression in heterogeneous CD14+ monocytes with lipopolysaccharide-induced bone resorption 2022-11-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2022.113343 PMID:36088998	研究论文	研究探讨了脂多糖（LPS）诱导的骨吸收中，CD14+单核细胞的异质性及其在表达趋化因子中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了LPS处理后CD14+单核细胞的异质性及其在骨吸收过程中的趋化因子表达模式	研究主要基于体外实验和动物模型，可能与人体内实际情况存在差异	探究LPS诱导的骨吸收过程中CD14+单核细胞的响应机制	CD14+单核细胞及其在LPS处理后的反应	数字病理学	炎症性骨疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	从人外周血单个核细胞（PBMCs）中分离的CD14+单核细胞
268	2024-08-08	The druggable transcription factor Fli-1 regulates T cell immunity and tolerance in graft-versus-host disease 2022-11-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI143950 PMID:36074578	研究论文	研究了转录因子Fli-1在移植物抗宿主病（GVHD）发病机制中的作用，并验证了Fli-1作为治疗靶点的潜力	首次揭示了Fli-1在调节T细胞免疫和耐受中的作用，并发现低剂量的喜树碱类药物可以作为有效的Fli-1抑制剂，减轻GVHD的严重程度	NA	探讨Fli-1在GVHD中的作用及作为治疗靶点的可能性	Fli-1在GVHD中的作用及治疗潜力	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
269	2024-08-08	Single-cell transcriptome study in forensic medicine: prospective applications 2022-Nov, International journal of legal medicine IF:2.2Q1 DOI:10.1007/s00414-022-02889-9 PMID:36083564	review	本文综述了单细胞转录组学在法医学中的应用前景	探讨了单细胞转录组学在法医学领域的潜在应用，为法医学研究提供了新的视角	目前该技术在法医学相关研究中尚未得到充分关注	旨在通过审查和回顾单细胞转录组学的最新发展和应用，探讨其在法医学研究中的未来方向	单细胞转录组学技术及其在法医学中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
270	2024-08-08	Decoding the associations between cell functional states in head and neck cancer based on single-cell transcriptome 2022-11, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2022.106110 PMID:36087501	研究论文	本研究基于单细胞转录组测序技术，系统识别了头颈鳞状细胞癌中的六种癌症相关状态及其关联模式	首次定义了头颈鳞状细胞癌中功能状态之间的关联模式，并发现这些模式与状态活性相关	NA	旨在理解癌症发病机制中癌细胞功能状态及其关联	头颈鳞状细胞癌中的癌细胞功能状态及其关联	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括免疫细胞和四个独立头颈鳞状细胞癌队列的单细胞RNA测序数据
271	2024-08-08	MSR1 characterized by chromatin accessibility mediates M2 macrophage polarization to promote gastric cancer progression 2022-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109217 PMID:36095948	研究论文	本文通过分析TCIA数据库和综合ATAC-seq、RNA-seq及单细胞RNA测序数据，研究了M2巨噬细胞在胃癌进展中的作用及机制	首次揭示了MSR1基因通过染色质可及性介导M2巨噬细胞极化，从而促进胃癌进展的机制	NA	探究M2巨噬细胞在胃癌进展中的作用及其潜在的肿瘤促进机制	胃癌样本中的M2巨噬细胞及其相关基因	数字病理学	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序	CIBERSORTx算法	基因表达数据	17,334个具有染色质可及性的基因，2,714个同时具有染色质可及性和差异表达的基因，171个与生存相关的差异表达基因
272	2024-08-08	Developmental regulation of epithelial cell cuboidal-to-squamous transition in Drosophila follicle cells 2022-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2022.09.001 PMID:36100084	研究论文	本研究探讨了果蝇卵泡细胞中上皮细胞从立方形到扁平形的转变过程及其调控机制	揭示了蜕皮激素和JAK/STAT信号通路在调控上皮细胞形态变化中的重要作用，并首次报道了蜕皮激素信号在上皮细胞重塑中的抑制作用	NA	研究上皮细胞形态转变的调控机制	果蝇卵泡细胞中的上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
273	2024-08-08	Plasma CD27, a Surrogate of the Intratumoral CD27-CD70 Interaction, Correlates with Immunotherapy Resistance in Renal Cell Carcinoma 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0905 PMID:36067339	研究论文	研究探讨了CD27和CD70在透明细胞肾细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次证明了sCD27作为T细胞功能障碍的替代标记物，是肾细胞癌免疫治疗抵抗的预测生物标志物	研究样本量有限，且仅限于透明细胞肾细胞癌患者	探究CD27-CD70相互作用对肾细胞癌免疫治疗抵抗的影响	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织和血浆中的sCD27水平	数字病理学	肾细胞癌	多重免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织、血浆	25名透明细胞肾细胞癌患者和81名接受免疫治疗的肾细胞癌患者
274	2024-08-08	Ewing Sarcoma and Osteosarcoma Have Distinct Immune Signatures and Intercellular Communication Networks 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1471 PMID:36074145	研究论文	本研究通过多重免疫荧光分析和单细胞RNA测序，探讨了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发与原发疾病中的免疫浸润特征及细胞间通讯网络	首次揭示了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发疾病中免疫浸润的增加，并发现了特定的免疫细胞亚群和细胞间通讯机制	NA	深入理解骨肉瘤的免疫生物学特性，为未来的免疫治疗提供理论基础	尤文肉瘤和骨肉瘤的免疫特征及细胞间通讯网络	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	来自配对血液和骨肉瘤肿瘤样本的免疫细胞
275	2024-08-08	Integrative multi-omics landscape of fluoxetine action across 27 brain regions reveals global increase in energy metabolism and region-specific chromatin remodelling 2022-Nov, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-022-01725-1 PMID:36056172	研究论文	本文通过综合多组学分析，研究了氟西汀在27个脑区的基因调控变化，揭示了能量代谢的全球性增加和区域特异性的染色质重塑	本文首次全面描述了氟西汀在多个脑区的分子景观，包括基因表达和染色质状态的区域特异性变化，并发现了与人类表型相关的表达变化	NA	研究氟西汀在多个脑区的分子机制及其对抑郁症和焦虑症的治疗潜力	氟西汀在27个脑区的基因表达和染色质状态变化	数字病理学	抑郁症	RNA-seq, H3K27ac ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据, 染色质状态数据	310个批量RNA-seq和H3K27ac ChIP-seq数据集, 20个单细胞RNA-seq数据集
276	2024-08-08	Single cell RNA-sequencing: A powerful yet still challenging technology to study cellular heterogeneity 2022-11, BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology IF:3.2Q1 DOI:10.1002/bies.202200084 PMID:36068142	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在研究细胞异质性中的应用及其挑战	scRNA-Seq技术提供了高分辨率的细胞程序动态图谱，有助于解答生物学基本问题及其功能和进化，并能探讨罕见细胞群体在疾病进展和治疗抵抗中的作用	需要强大的计算流程和可重复的实验协议以促进该技术在基础和临床研究中的广泛接受	探讨scRNA-Seq技术在理解复杂疾病如糖尿病、心血管疾病和癌症中的应用	单细胞RNA测序技术及其在生物医学研究中的应用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
277	2024-08-08	Transcriptomic Features in a Single Extracellular Vesicle via Single-Cell RNA Sequencing 2022-11, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202200881 PMID:36068167	研究论文	本研究使用10x Genomics平台，对来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体中的RNA货物进行了分析	首次在单个外泌体水平上提供了高吞吐量的转录组数据，并揭示了外泌体的异质性	NA	探索单个外泌体中的转录组特征和异质性	人K562和间充质干细胞的单个外泌体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	CB2算法	RNA	来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体
278	2024-08-08	Brainstem noradrenergic neurons: Identifying a hub at the intersection of cognition, motility, and skeletal muscle regulation 2022-11, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.13887 PMID:36073023	研究论文	本文探讨了脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的作用及其潜在的遗传和分子机制	通过遗传谱系追踪揭示了脑干去甲肾上腺素能神经元的显著异质性，并探讨了其在神经退行性疾病中的潜在作用	需要多学科复杂方法来验证假设，包括遗传追踪、特定电路标记、光遗传学和化学遗传学等	识别脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的关键节点，并探讨其在衰老和神经退行性疾病中的作用	脑干去甲肾上腺素能神经元及其在神经系统中的功能和潜在病理机制	神经科学	神经退行性疾病	遗传谱系追踪、光遗传学、化学遗传学、电生理学、单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	遗传数据、电生理数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
279	2024-08-08	Genomic Characteristics and Single-Cell Profiles After Immunotherapy in Fumarate Hydratase-Deficient Renal Cell Carcinoma 2022-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1279 PMID:36074152	研究论文	本研究分析了延胡索酸水合酶缺陷型肾细胞癌（FHRCC）的基因组特征和微环境，以及单细胞水平上免疫检查点抑制剂（ICI）治疗后的异质性反应原因	首次在单细胞水平上分析了FHRCC对ICI治疗的异质性反应，并探讨了免疫浸润与治疗反应的关系	ICI治疗无法逆转进展期疾病患者的CD8+ T细胞耗竭，需要额外的治疗策略	分析FHRCC的基因组特征和微环境，以及ICI治疗后的单细胞水平反应	延胡索酸水合酶缺陷型肾细胞癌（FHRCC）患者	数字病理学	肾细胞癌	全外显子测序、免疫组化染色分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、单细胞RNA序列数据	30名晚期FHRCC患者，4名接受ICI治疗的患者的单细胞RNA测序
280	2024-08-08	UNIFAN: A Tool for Unsupervised Single-Cell Clustering and Annotation 2022-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2022.0251 PMID:36036832	研究论文	UNIFAN 是一种用于单细胞 RNA 测序数据（scRNA-seq）的无监督细胞类型注释工具	UNIFAN 利用通路和生物过程信息进行细胞聚类和注释	NA	开发和介绍 UNIFAN 工具的安装和使用步骤	单细胞 RNA 测序数据	生物信息学	NA	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)	NA	表达数据	NA