单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-08	PPMS: A framework to Profile Primary MicroRNAs from Single-cell RNA-sequencing datasets 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac419 PMID:36209413	研究论文	本文介绍了一种名为PPMS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中分析初级微小RNA（pri-miRNA）	PPMS框架能够以细胞类型分辨率对pri-miRNA进行分析和定量，这是目前其他计算方法所不具备的	NA	开发一种新的计算方法，用于在单细胞水平上分析和定量pri-miRNA	pri-miRNA在不同细胞类型和细胞状态中的分布及其与细胞/读取序列数量的关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	计算框架	RNA序列数据	包括人类心脏的不同腔室、人类多能干细胞分化为心肌细胞以及感染了严重急性呼吸综合征冠状病毒2的hiPSCs衍生心肌细胞的公开单细胞RNA测序数据
242	2024-08-08	Subclones of bone marrow CD34+ cells in acute myeloid leukemia at diagnosis confer responses of patients to induction chemotherapy 2022-11-15, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.34481 PMID:36197314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新诊断急性髓系白血病（AML）患者骨髓CD34+细胞的异质性，并根据患者对诱导化疗的反应将其分为敏感组和耐药组	本研究首次揭示了CD34+细胞亚群与AML患者对诱导化疗反应的关系，并提供了预测患者反应的生物标志物	NA	研究AML患者骨髓CD34+细胞的异质性与对诱导化疗反应的关系	急性髓系白血病患者的骨髓CD34+细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	新诊断的AML患者骨髓CD34+细胞样本
243	2024-08-08	Angiotensin-converting Enzyme-2 (ACE2) Expression in Pediatric Liver Disease 2022 Nov-Dec 01, Applied immunohistochemistry & molecular morphology : AIMM IF:1.3Q3 DOI:10.1097/PAI.0000000000001068 PMID:36222506	研究论文	本文研究了儿童免疫介导性肝病中血管紧张素转换酶2（ACE2）的表达情况	采用了新的方法学来评估ACE2在儿童肝病中的表达，并使用计算深度学习分割模型和空间转录组学进行分析	需要进一步研究ACE2在慢性疾病和急性感染中的作用	更好地理解ACE2在肝病中的存在及其在感染如COVID-19中的作用	儿童免疫介导性肝病中的ACE2表达	NA	肝病	免疫荧光染色、共聚焦显微镜、酶联免疫吸附试验、空间转录组学	深度学习模型	组织、血液	儿童和成人肝病及对照组织样本
244	2024-08-08	dynDeepDRIM: a dynamic deep learning model to infer direct regulatory interactions using time-course single-cell gene expression data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac424 PMID:36168811	研究论文	本文提出了一种名为dynDeepDRIM的深度学习模型，用于利用时间序列单细胞基因表达数据推断直接的基因调控相互作用	dynDeepDRIM模型通过将基因对的联合表达视为图像，并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络，有效去除了传递性的转录因子-基因相互作用	NA	重建细胞类型特异性的基因调控网络	时间序列单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习模型	时间序列数据	四个真实的时间序列单细胞RNA测序数据集
245	2024-08-08	scSemiGAN: a single-cell semi-supervised annotation and dimensionality reduction framework based on generative adversarial network 2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac652 PMID:36193998	研究论文	本文提出了一种基于生成对抗网络的单细胞半监督细胞类型注释和降维框架scSemiGAN	scSemiGAN能够同时进行深度潜在表示学习和细胞类型标签预测，统一了细胞类型注释与降维	NA	克服现有方法在单细胞RNA测序数据分析中无法统一细胞类型注释与降维的局限	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	生成对抗网络	生成对抗网络	单细胞RNA测序数据	多种模拟和真实单细胞RNA测序数据集
246	2024-08-08	Interferon α facilitates anti-HBV cellular immune response in a B cell-dependent manner 2022-Nov, Antiviral research IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.antiviral.2022.105420 PMID:36165866	研究论文	本研究探讨了B细胞在干扰素α（IFN-α）介导的抗乙型肝炎病毒（HBV）细胞免疫中的作用	揭示了B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的关键作用，特别是在抗原呈递和共刺激功能方面	研究主要基于B细胞缺陷小鼠模型和单细胞RNA测序，可能需要进一步的人体临床试验验证	阐明B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的作用机制	B细胞在IFN-α治疗慢性乙型肝炎（CHB）患者中的作用	NA	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	血液样本	B细胞缺陷小鼠模型及IFN-α治疗的CHB患者
247	2024-08-08	Spatial Transcriptomics-Based Identification of Molecular Markers for Nanomedicine Distribution in Tumor Tissue 2022-11, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202201091 PMID:36180396	研究论文	本文开发了一种分子标记识别平台，通过整合纳米药物分布的显微荧光图像和空间转录组信息，探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选	本文提出了一种新的方法，通过结合显微荧光图像和空间转录组信息，识别与纳米药物肿瘤摄取相关的分子标记	NA	探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选	纳米药物在肿瘤组织中的分布	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	NA	图像	NA
248	2024-08-08	Single-cell RNA-seq reveals early heterogeneity during aging in yeast 2022-11, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13712 PMID:36181361	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对酵母衰老过程中的转录组变化进行了系统性和定量性的研究	发现了酵母衰老过程中细胞间转录变异性的增加，并揭示了与衰老相关的关键生物过程和细胞组分	NA	研究酵母衰老过程中的早期异质性	酵母细胞在不同年龄段的转录组变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个酵母细胞
249	2024-08-08	Muscle injury induces a transient senescence-like state that is required for myofiber growth during muscle regeneration 2022-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202200289RR PMID:36190443	研究论文	本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究了肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用	首次证明肌肉损伤后多种细胞类型（如巨噬细胞和纤维脂肪原细胞）会短暂表现出衰老特征，这些特征对于肌肉纤维的生长和再生至关重要	NA	探讨肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用	肌肉再生过程中的细胞衰老样状态	NA	肌肉疾病	空间转录组学，单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	D2-mdx小鼠模型中的肌肉组织
250	2024-08-08	Competitive cleavage of SARS-CoV-2 spike protein and epithelial sodium channel by plasmin as a potential mechanism for COVID-19 infection 2022-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00152.2022 PMID:36193902	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶竞争性切割的机制，以及这对COVID-19感染的影响	首次揭示了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制，可能影响病毒的传播和水肿的消退	NA	探讨SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制及其对COVID-19感染的影响	SARS-CoV-2刺突蛋白、上皮钠通道、纤溶酶	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括健康组、中度/重度COVID-19患者及SARS-CoV-2感染的气道/肺泡上皮细胞
251	2024-08-08	Characterization of the evolution trajectory and immune profiling of new histologic patterns in lung adenocarcinoma 2022-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3455 PMID:36194517	研究论文	本研究重新分析了TCGA-LUAD大型数据集，全面描绘了肺腺癌中不同组织学模式的基因组和转录组特征，并探讨了其分子进化机制和免疫微环境特征	首次识别出一种新的癌症相关成纤维细胞亚型，该亚型同时表达成纤维细胞激活蛋白-α和干扰素基因刺激因子，并揭示了FAP作为CAFs中STING的重要下游效应因子	NA	探讨肺腺癌中不同组织学模式的分子特征及其在原发肿瘤和淋巴结转移中的分子进化机制	肺腺癌中的组织学模式及其分子特征	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	基因组和转录组数据	大型TCGA-LUAD数据集
252	2024-08-08	Decoding brain memory formation by single-cell RNA sequencing 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac412 PMID:36156112	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术解码大脑记忆形成的研究进展	介绍了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在揭示记忆特异性基因表达动态变化及其调控网络中的应用	NA	探讨单细胞RNA测序技术在理解记忆形成分子机制中的应用及面临的计算挑战	大脑中记忆形成的分子机制	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
253	2024-08-08	SARA suppresses myofibroblast precursor transdifferentiation in fibrogenesis in a mouse model of scleroderma 2022-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.160977 PMID:36136606	研究论文	本文研究了SARA在硬皮病小鼠模型中抑制肌成纤维细胞前体转分化的作用	首次揭示了SARA在硬皮病发病机制中与肌成纤维细胞前体和免疫细胞之间的新型交叉对话中的关键作用	NA	探讨SARA在硬皮病小鼠模型中抑制肌成纤维细胞前体转分化的机制	SARA在PDGFR-β+周细胞和泛白细胞中的过表达对硬皮病皮肤纤维化的影响	数字病理学	硬皮病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
254	2024-08-08	Human Plasma Proteome During Normal Pregnancy 2022-11-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.2c00391 PMID:36154181	研究论文	本研究利用基于适配体的新平台，在91例正常妊娠的528份血浆样本中分析了7288种蛋白质	首次在正常妊娠期间对人类血浆蛋白质组进行了大规模分析，并展示了其对监测健康和疾病的潜在价值	NA	探索正常妊娠期间人类血浆蛋白质组的变化及其在监测健康和疾病中的应用	正常妊娠期间的人类血浆蛋白质组	NA	NA	适配体技术	机器学习	蛋白质组数据	528份血浆样本来自91例正常妊娠
255	2024-08-08	Identification of the OA-related metabolism-related genes, corresponding transcription factors, relevant pathways, and specific bioactive small molecules 2022-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109096 PMID:36152536	研究论文	本研究旨在通过RNA测序数据分析，识别与骨关节炎（OA）相关的代谢相关基因、转录因子、相关通路及特定生物活性小分子	本研究通过综合分析RNA测序数据、基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析和基因集变异分析（GSVA），构建了转录因子、代谢相关基因和标志物的综合网络，并利用ChIP-seq和单细胞测序技术进一步验证了转录因子的调控作用	NA	识别与骨关节炎相关的代谢相关基因、转录因子、相关通路及特定生物活性小分子	关节软骨的代谢变化	NA	骨关节炎	RNA测序, ChIP-seq, 单细胞测序	NA	RNA测序数据	74个差异表达的代谢相关基因和38个转录因子
256	2024-08-08	Acute kidney injury biomarkers in the single-cell transcriptomic era 2022-11-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00079.2022 PMID:36154695	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学技术在急性肾损伤（AKI）生物标志物研究中的应用	利用单细胞转录组学技术，能够详细分析尿液、血液或肾活检中的细胞，揭示传统生物标志物的细胞来源，捕捉患者异质性，定义与不同AKI亚型相关的细胞状态，并可能有助于预测治疗反应	NA	探索单细胞技术如何改变AKI的诊断方法，从单一生物标志物转向细胞特异性分子特征	急性肾损伤（AKI）的生物标志物	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
257	2024-08-08	Single-cell landscape analysis reveals distinct regression trajectories and novel prognostic biomarkers in primary neuroblastoma 2022-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2021.12.020 PMID:36157484	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了17个神经母细胞瘤临床样本和3个肾上腺周围组织，揭示了神经母细胞瘤的独特退化轨迹和新的预后生物标志物。	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了神经母细胞瘤的退化机制，并识别出新的预后标志物和潜在的治疗靶点。	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性和可靠性。	揭示神经母细胞瘤的退化机制，并寻找新的预后生物标志物和治疗靶点。	神经母细胞瘤的细胞组成、退化机制和预后标志物。	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	17个神经母细胞瘤临床样本和3个肾上腺周围组织
258	2024-08-08	DNA sensor-associated type I interferon signaling is increased in ulcerative colitis and induces JAK-dependent inflammatory cell death in colonic organoids 2022-11-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00104.2022 PMID:36165492	研究论文	本研究探讨了DNA传感器途径在溃疡性结肠炎（UC）发病机制中的作用，通过分析结肠黏膜活检组织中DNA传感器、炎症小体和I型干扰素（IFN）生物标志物基因的表达，并研究了I型IFN、IFN-γ和TNF-α对人类结肠类器官中基因表达、细胞因子产生和细胞死亡的影响。	本研究发现活动性UC患者结肠基因表达的细胞质DNA传感器、炎症小体、STING和I型IFN信号通路显著增加，I型IFN与TNF-α联合诱导了JAK依赖但NLRP3和炎症小体独立的结肠类器官炎症细胞死亡，这是一种与UC免疫病理相关的新型炎症细胞死亡表型。	NA	探讨DNA传感器途径在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及其对结肠类器官的影响。	结肠黏膜活检组织、人类结肠类器官。	免疫学	溃疡性结肠炎	RNA测序	NA	基因表达数据	控制组31例，非活动性UC 31例，活动性UC 33例，以及一个UC单细胞RNA-Seq数据集。
259	2024-08-08	Integrated analysis of multimodal single-cell data with structural similarity 2022-11-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac781 PMID:36130281	研究论文	本文提出了一种名为SAILERX的深度学习框架，用于高效、稳健和灵活地分析多模态单细胞数据	SAILERX框架采用变分自编码器和不变表示学习来校正测序过程中的技术噪声，并通过多模态数据对齐机制整合来自不同模态的信息，避免了硬对齐导致的噪声过拟合问题	NA	旨在解决多模态单细胞数据分析中的计算挑战，有效利用单细胞多组学信息来描绘细胞状态并识别有意义的信号	多模态单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞数据	NA
260	2024-08-08	Comparison of scRNA-seq data analysis method combinations 2022-11-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac027 PMID:36124658	研究论文	本文比较了不同组合的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，并评估了这些组合在提高分析效率和准确性方面的效果	提出了12种技术组合，每种组合包含一整套scRNA-seq数据分析流程，并通过实验验证了这些组合的有效性	NA	评估不同scRNA-seq数据分析方法组合的效果	scRNA-seq数据分析方法的组合	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用公开的scRNA-seq数据集Goolam，可在ArrayExpress数据库中获取，编号为E-MTAB-3321