单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 320 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-08 |
Molecular pathology of Usher 1B patient-derived retinal organoids at single cell resolution
2022-11-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.09.006
PMID:36240775
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研究论文 | 本研究分析了从Usher 1B患者诱导的多能干细胞生成的3D视网膜类器官，以单细胞分辨率揭示了MYO7A突变相关的视网膜色素变性的分子病理机制。 | 首次使用患者来源的视网膜类器官模型，揭示了Usher 1B相关视网膜色素变性的分子机制，特别是MYO7A在杆状光感受器和Müller胶质细胞中的表达及其对细胞死亡的防御机制。 | 研究仅限于单一患者来源的类器官，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。 | 揭示Usher 1B相关视网膜色素变性的分子病理机制，为开发治疗策略提供基础。 | 从Usher 1B患者诱导的多能干细胞生成的3D视网膜类器官。 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 单一患者来源的视网膜类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2024-08-08 |
CCR2 is expressed by tendon resident macrophage and T cells, while CCR2 deficiency impairs tendon healing via blunted involvement of tendon-resident and circulating monocytes/macrophages
2022-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201162R
PMID:36250393
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研究论文 | 本研究探讨了趋化因子受体2（CCR2）在肌腱愈合中的作用，特别是在肌腱驻留巨噬细胞和T细胞中的表达及其缺乏对肌腱愈合的影响 | 首次揭示了CCR2在成年稳态和愈合过程中在肌腱中的存在，并通过单细胞RNA测序确定了这些细胞为肌腱驻留巨噬细胞和T细胞 | NA | 阐明肌腱驻留与循环来源巨噬细胞的功能差异 | CCR2报告和敲除小鼠的肌腱愈合表型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | CCR2报告和敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 243 | 2024-08-08 |
Integrative transcriptome analysis reveals TEKT2 and PIAS2 involvement in diabetic nephropathy
2022-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200740RR
PMID:36251411
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研究论文 | 本文通过整合大量和单细胞转录组数据集，揭示了与糖尿病肾病（DN）发展相关的TEKT2和PIAS2基因的作用机制 | 首次通过整合大量和单细胞转录组数据，发现并验证了TEKT2和PIAS2基因在糖尿病肾病中的作用 | NA | 揭示糖尿病肾病的新机制，特别是在足细胞中的作用 | 糖尿病肾病患者和糖尿病小鼠的肾脏组织 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 4个肾小球和4个肾小管数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2024-08-08 |
SCOTv2: Single-Cell Multiomic Alignment with Disproportionate Cell-Type Representation
2022-Nov, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0270
PMID:36251763
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研究论文 | 本文介绍了SCOTv2方法，用于处理单细胞多组学数据中细胞类型不均衡的问题，通过使用不平衡的Gromov-Wasserstein最优传输进行单细胞对齐 | SCOTv2方法通过使用不平衡的Gromov-Wasserstein最优传输，有效处理了单细胞实验中细胞类型不均衡和样本大小差异的问题 | NA | 开发一种新的单细胞多组学数据对齐方法，以解决现有算法在非共测序单细胞实验中表现不佳的问题 | 单细胞多组学数据的对齐 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 最优传输 | 单细胞数据 | 五个非共测序数据集（模拟和真实世界） | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2024-08-08 |
GM-CSF-activated human dendritic cells promote type 1 T follicular helper cell polarization in a CD40-dependent manner
2022-11-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.260298
PMID:36254574
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和蛋白质验证，发现GM-CSF激活的人类树突状细胞能够促进幼稚CD4+ T细胞向Tfh1细胞分化 | 首次揭示了GM-CSF激活的树突状细胞通过CD40依赖性方式促进Tfh1细胞分化的细胞和分子机制 | NA | 探究人类Tfh1细胞分化的细胞和分子要求 | 人类血液中的CD1c+树突状细胞和幼稚CD4+ T细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及COVID-19轻症患者和潜伏性结核感染患者的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-08-08 |
scHiCPTR: unsupervised pseudotime inference through dual graph refinement for single-cell Hi-C data
2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac670
PMID:36205615
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研究论文 | 本文介绍了scHiCPTR，一种基于图的无监督流程，用于从单细胞Hi-C接触矩阵中推断伪时间 | scHiCPTR通过双图优化过程优化图结构，有助于减少噪声导致的虚假细胞连接，并确定全局发育方向性 | NA | 研究如何利用单细胞Hi-C接触矩阵构建伪时间路径，以沿着发育轨迹对细胞进行排序 | 单细胞Hi-C接触矩阵 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C技术 | 图模型 | 矩阵数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-08-08 |
Subclones of bone marrow CD34+ cells in acute myeloid leukemia at diagnosis confer responses of patients to induction chemotherapy
2022-11-15, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.34481
PMID:36197314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了新诊断急性髓系白血病（AML）患者骨髓CD34+细胞的异质性，并根据患者对诱导化疗的反应将其分为敏感组和耐药组 | 本研究首次揭示了CD34+细胞亚群与AML患者对诱导化疗反应的关系，并提供了预测患者反应的生物标志物 | NA | 研究AML患者骨髓CD34+细胞的异质性与对诱导化疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的骨髓CD34+细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新诊断的AML患者骨髓CD34+细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-08-08 |
Angiotensin-converting Enzyme-2 (ACE2) Expression in Pediatric Liver Disease
2022 Nov-Dec 01, Applied immunohistochemistry & molecular morphology : AIMM
IF:1.3Q3
DOI:10.1097/PAI.0000000000001068
PMID:36222506
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研究论文 | 本文研究了儿童免疫介导性肝病中血管紧张素转换酶2（ACE2）的表达情况 | 采用了新的方法学来评估ACE2在儿童肝病中的表达，并使用计算深度学习分割模型和空间转录组学进行分析 | 需要进一步研究ACE2在慢性疾病和急性感染中的作用 | 更好地理解ACE2在肝病中的存在及其在感染如COVID-19中的作用 | 儿童免疫介导性肝病中的ACE2表达 | NA | 肝病 | 免疫荧光染色、共聚焦显微镜、酶联免疫吸附试验、空间转录组学 | 深度学习模型 | 组织、血液 | 儿童和成人肝病及对照组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-08-08 |
dynDeepDRIM: a dynamic deep learning model to infer direct regulatory interactions using time-course single-cell gene expression data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac424
PMID:36168811
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研究论文 | 本文提出了一种名为dynDeepDRIM的深度学习模型，用于利用时间序列单细胞基因表达数据推断直接的基因调控相互作用 | dynDeepDRIM模型通过将基因对的联合表达视为图像，并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络，有效去除了传递性的转录因子-基因相互作用 | NA | 重建细胞类型特异性的基因调控网络 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | 时间序列数据 | 四个真实的时间序列单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-08-08 |
scSemiGAN: a single-cell semi-supervised annotation and dimensionality reduction framework based on generative adversarial network
2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac652
PMID:36193998
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络的单细胞半监督细胞类型注释和降维框架scSemiGAN | scSemiGAN能够同时进行深度潜在表示学习和细胞类型标签预测，统一了细胞类型注释与降维 | NA | 克服现有方法在单细胞RNA测序数据分析中无法统一细胞类型注释与降维的局限 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络 | 生成对抗网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多种模拟和真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-08-08 |
Interferon α facilitates anti-HBV cellular immune response in a B cell-dependent manner
2022-Nov, Antiviral research
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.antiviral.2022.105420
PMID:36165866
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研究论文 | 本研究探讨了B细胞在干扰素α（IFN-α）介导的抗乙型肝炎病毒（HBV）细胞免疫中的作用 | 揭示了B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的关键作用，特别是在抗原呈递和共刺激功能方面 | 研究主要基于B细胞缺陷小鼠模型和单细胞RNA测序，可能需要进一步的人体临床试验验证 | 阐明B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的作用机制 | B细胞在IFN-α治疗慢性乙型肝炎（CHB）患者中的作用 | NA | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | B细胞缺陷小鼠模型及IFN-α治疗的CHB患者 | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptomics-Based Identification of Molecular Markers for Nanomedicine Distribution in Tumor Tissue
2022-11, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202201091
PMID:36180396
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研究论文 | 本文开发了一种分子标记识别平台，通过整合纳米药物分布的显微荧光图像和空间转录组信息，探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 本文提出了一种新的方法，通过结合显微荧光图像和空间转录组信息，识别与纳米药物肿瘤摄取相关的分子标记 | NA | 探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 纳米药物在肿瘤组织中的分布 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals early heterogeneity during aging in yeast
2022-11, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13712
PMID:36181361
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对酵母衰老过程中的转录组变化进行了系统性和定量性的研究 | 发现了酵母衰老过程中细胞间转录变异性的增加，并揭示了与衰老相关的关键生物过程和细胞组分 | NA | 研究酵母衰老过程中的早期异质性 | 酵母细胞在不同年龄段的转录组变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个酵母细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-08-08 |
Muscle injury induces a transient senescence-like state that is required for myofiber growth during muscle regeneration
2022-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200289RR
PMID:36190443
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究了肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用 | 首次证明肌肉损伤后多种细胞类型（如巨噬细胞和纤维脂肪原细胞）会短暂表现出衰老特征，这些特征对于肌肉纤维的生长和再生至关重要 | NA | 探讨肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用 | 肌肉再生过程中的细胞衰老样状态 | NA | 肌肉疾病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | D2-mdx小鼠模型中的肌肉组织 | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-08-08 |
Competitive cleavage of SARS-CoV-2 spike protein and epithelial sodium channel by plasmin as a potential mechanism for COVID-19 infection
2022-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00152.2022
PMID:36193902
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶竞争性切割的机制，以及这对COVID-19感染的影响 | 首次揭示了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制，可能影响病毒的传播和水肿的消退 | NA | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制及其对COVID-19感染的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白、上皮钠通道、纤溶酶 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包括健康组、中度/重度COVID-19患者及SARS-CoV-2感染的气道/肺泡上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-08-08 |
Characterization of the evolution trajectory and immune profiling of new histologic patterns in lung adenocarcinoma
2022-11, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3455
PMID:36194517
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研究论文 | 本研究重新分析了TCGA-LUAD大型数据集，全面描绘了肺腺癌中不同组织学模式的基因组和转录组特征，并探讨了其分子进化机制和免疫微环境特征 | 首次识别出一种新的癌症相关成纤维细胞亚型，该亚型同时表达成纤维细胞激活蛋白-α和干扰素基因刺激因子，并揭示了FAP作为CAFs中STING的重要下游效应因子 | NA | 探讨肺腺癌中不同组织学模式的分子特征及其在原发肿瘤和淋巴结转移中的分子进化机制 | 肺腺癌中的组织学模式及其分子特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 大型TCGA-LUAD数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-08-08 |
Decoding brain memory formation by single-cell RNA sequencing
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac412
PMID:36156112
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术解码大脑记忆形成的研究进展 | 介绍了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在揭示记忆特异性基因表达动态变化及其调控网络中的应用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在理解记忆形成分子机制中的应用及面临的计算挑战 | 大脑中记忆形成的分子机制 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-08-08 |
SARA suppresses myofibroblast precursor transdifferentiation in fibrogenesis in a mouse model of scleroderma
2022-11-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.160977
PMID:36136606
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研究论文 | 本文研究了SARA在硬皮病小鼠模型中抑制肌成纤维细胞前体转分化的作用 | 首次揭示了SARA在硬皮病发病机制中与肌成纤维细胞前体和免疫细胞之间的新型交叉对话中的关键作用 | NA | 探讨SARA在硬皮病小鼠模型中抑制肌成纤维细胞前体转分化的机制 | SARA在PDGFR-β+周细胞和泛白细胞中的过表达对硬皮病皮肤纤维化的影响 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-08-08 |
Identification of the OA-related metabolism-related genes, corresponding transcription factors, relevant pathways, and specific bioactive small molecules
2022-Nov, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2022.109096
PMID:36152536
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研究论文 | 本研究旨在通过RNA测序数据分析，识别与骨关节炎（OA）相关的代谢相关基因、转录因子、相关通路及特定生物活性小分子 | 本研究通过综合分析RNA测序数据、基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析和基因集变异分析（GSVA），构建了转录因子、代谢相关基因和标志物的综合网络，并利用ChIP-seq和单细胞测序技术进一步验证了转录因子的调控作用 | NA | 识别与骨关节炎相关的代谢相关基因、转录因子、相关通路及特定生物活性小分子 | 关节软骨的代谢变化 | NA | 骨关节炎 | RNA测序, ChIP-seq, 单细胞测序 | NA | RNA测序数据 | 74个差异表达的代谢相关基因和38个转录因子 | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-08-08 |
Acute kidney injury biomarkers in the single-cell transcriptomic era
2022-11-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00079.2022
PMID:36154695
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组学技术在急性肾损伤（AKI）生物标志物研究中的应用 | 利用单细胞转录组学技术，能够详细分析尿液、血液或肾活检中的细胞，揭示传统生物标志物的细胞来源，捕捉患者异质性，定义与不同AKI亚型相关的细胞状态，并可能有助于预测治疗反应 | NA | 探索单细胞技术如何改变AKI的诊断方法，从单一生物标志物转向细胞特异性分子特征 | 急性肾损伤（AKI）的生物标志物 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |