单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 320 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
The neurons that restore walking after paralysis
2022-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05385-7
PMID:36352232
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研究论文 | 本文展示了通过在神经康复期间对腰椎脊髓进行时空经皮电刺激（EES），在九名慢性脊髓损伤患者中恢复行走能力 | 本文首次识别出在脊髓损伤后通过EES恢复行走所必需的特定神经元亚群，并展示了这些神经元在恢复行走中的关键作用 | NA | 旨在识别脊髓损伤后恢复行走所必需的神经元亚群 | 慢性脊髓损伤患者及小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单核RNA测序和空间转录组学 | NA | 分子数据 | 九名慢性脊髓损伤患者及小鼠模型 |
| 182 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Distinct Cardiac-Derived Stromal Cell Subpopulations
2022-Nov-01, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd9110374
PMID:36354773
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了新生儿和儿童来源的心脏基质细胞亚群，以优化基于心脏基质细胞的治疗并改善患者预后 | 首次使用单细胞RNA测序技术深入研究新生儿和儿童心脏基质细胞的亚群差异，并识别出与纤维化和免疫反应相关的基因上调 | 研究仅限于新生儿和儿童的心脏基质细胞样本，未来研究需扩展到更多年龄段和样本类型 | 旨在通过单细胞水平的研究，识别和表征心脏基质细胞亚型，以优化基于心脏基质细胞的治疗 | 新生儿和儿童的心脏基质细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4个新生儿心脏基质细胞样本和5个儿童心脏基质细胞样本 |
| 183 | 2024-08-08 |
A Case Series Exploration of Multi-Regional Expression Heterogeneity in Triple-Negative Breast Cancer Patients
2022-Nov-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232113322
PMID:36362107
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研究论文 | 本研究探索了三阴性乳腺癌患者中的多区域表达异质性，通过评估基因表达和影像学来源的多区域差异 | 开发了一种新的分析框架来解析和表征不同类型的变异性，并进行了贝叶斯变化点分析来评估和分类区域变异性 | 研究样本量有限，仅涉及10名三阴性乳腺癌患者 | 探索三阴性乳腺癌中的肿瘤内异质性及其对治疗抵抗的影响 | 三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | 贝叶斯变化点分析 | 基因表达数据和影像数据 | 10名三阴性乳腺癌患者，每个肿瘤2-4个区域 |
| 184 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis constructed the macrophage related gene-related signature in lung adenocarcinoma and verified by an independent cohort
2022-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110520
PMID:36372305
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和转录组分析构建了与巨噬细胞相关的基因特征，并在肺腺癌中进行了验证 | 首次基于巨噬细胞在肺腺癌中的不同免疫模式，构建了一个四基因的预后特征 | NA | 探索巨噬细胞与肺腺癌患者预后的关系，并构建预后特征 | 肺腺癌患者的巨噬细胞相关基因和免疫模式 | 数字病理学 | 肺腺癌 | sc-RNAseq, ssGSEA, CIBERSORT | NA | 基因表达数据 | 两个sc-RNAseq数据集，TCGA-LUAD队列，五个GEO-LUAD数据集和包含112个肺腺癌样本的独立队列 |
| 185 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing highlights the functional role of human endogenous retroviruses in gallbladder cancer
2022-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104319
PMID:36374772
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了人内源性逆转录病毒在胆囊癌中的功能作用 | 发现HERVs在胆囊癌中以细胞类型特异性的方式转录，并与不同的生物学效应相关，HERVH可能作为胆囊癌的早期诊断标志物 | NA | 探索HERVs在胆囊癌中的转录景观及其潜在功能影响 | 胆囊癌组织及其配对邻近组织中的HERVs | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 4名胆囊癌患者的肿瘤组织及其配对邻近组织 |
| 186 | 2024-08-08 |
BISC: accurate inference of transcriptional bursting kinetics from single-cell transcriptomic data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac464
PMID:36326081
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研究论文 | 本研究开发了一种名为BISC的贝叶斯方法，用于从单细胞转录组数据中准确推断转录爆发动力学参数 | BISC基于beta-gamma-Poisson模型，通过建模均值-方差依赖性，实现了从噪声数据中准确估计爆发参数，相比现有方法在低表达基因上表现出更高的准确性和可靠性 | NA | 探索单细胞转录组数据中的转录爆发动力学 | 单细胞转录组数据中的转录爆发参数 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 贝叶斯方法 | 单细胞转录组数据 | 包括小鼠胚胎细胞和成纤维细胞数据集、人类免疫细胞数据集和人类胰腺细胞数据集 |
| 187 | 2024-08-08 |
IReNA: Integrated regulatory network analysis of single-cell transcriptomes and chromatin accessibility profiles
2022-Nov-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105359
PMID:36325073
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研究论文 | 本文开发了集成调控网络分析（IReNA）方法，通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据进行网络推断和模块化分析 | IReNA方法能够更精确地识别已知调控因子，并优于现有方法 | NA | 开发一种新的方法来整合单细胞转录组和染色质可及性数据，以进行更精确的调控网络分析 | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 转录组和染色质可及性数据 | 使用公开数据集 |
| 188 | 2024-08-08 |
Cellular plasticity and immune microenvironment of malignant pleural effusion are associated with EGFR-TKI resistance in non-small-cell lung carcinoma
2022-Nov-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105358
PMID:36339256
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研究论文 | 本研究评估了非小细胞肺癌（NSCLC）相关恶性胸腔积液（MPE）在理解肿瘤异质性和识别EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗反应因素方面的诊断潜力 | 研究通过单细胞RNA测序分析，发现EGFR TKI耐药组中肺上皮前体样细胞和过渡效应T细胞、浆细胞样树突状细胞的富集 | NA | 探讨恶性胸腔积液中的细胞可塑性和免疫抑制微环境与EGFR突变非小细胞肺癌患者TKI反应的关系 | 非小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 9名非小细胞肺癌患者（5名耐药，4名敏感）的31,743个细胞 |
| 189 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq transcriptomic landscape of human and mouse islets and pathological alterations of diabetes
2022-Nov-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105366
PMID:36339258
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，分析了人鼠胰岛细胞的转录组图谱，并探讨了2型糖尿病的病理变化 | 首次详细描绘了胰岛细胞的完整细胞景观，并发现了2型糖尿病中β细胞的显著异质性和表达变化 | NA | 深入理解糖尿病的病理机制 | 人鼠胰岛细胞及2型糖尿病的病理变化 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 控制组和2型糖尿病小鼠的胰岛细胞 |
| 190 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals different signatures of mesenchymal stromal cell pluripotent-like and multipotent populations
2022-Nov-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105395
PMID:36339265
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了人骨髓间充质基质细胞中多能样和多能群体的不同基因表达特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术，详细比较了多能样Muse-MSCs和多能MSCs在基因表达上的差异，并进一步通过无监督聚类分析了这些细胞亚群的基因表达模式 | NA | 探究维持干细胞特性的必要属性 | 人骨髓间充质基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多能样Muse-MSCs和多能MSCs的多个样本 |
| 191 | 2024-08-08 |
Estrogen regulates divergent transcriptional and epigenetic cell states in breast cancer
2022-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac908
PMID:36318267
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研究论文 | 本研究系统地追踪了乳腺癌细胞系和类器官模型中雌激素反应在单细胞水平上的时间变化，并开发了一种计算工具（TITAN）来量化单细胞数据集中的信号梯度 | 本研究首次揭示了雌激素反应在单细胞水平上的异质性，并发现了由ER和FOXM1驱动的两种最显著的转录网络 | NA | 探讨雌激素在乳腺癌中的转录和表观遗传调控机制 | 乳腺癌细胞系和类器官模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 多个细胞系和类器官模型 |
| 192 | 2024-08-08 |
Here and there a trophoblast, a transcriptional evaluation of trophoblast cell models
2022-Nov-08, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04589-4
PMID:36346530
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review | 本文综述了人滋养层细胞和干细胞（hTSCs）的转录组学数据，评估了这些细胞模型的实用性和适用性，并探讨了它们在早期滋养层发育中的再现能力。 | 整合并评估了基于细胞的hTSC模型与体内样本的转录组数据，以及单细胞RNA测序数据集，以识别这些模型的效用和适用性。 | NA | 评估人滋养层细胞和干细胞模型的转录组学数据，并探讨其在早期滋养层发育中的应用。 | 人滋养层细胞和干细胞（hTSCs）及其在生殖、肿瘤和移植领域的潜在应用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 193 | 2024-08-08 |
Whole-brain comparison of rodent and human brains using spatial transcriptomics
2022-11-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.79418
PMID:36342372
|
研究论文 | 本文通过空间转录组学数据，比较了啮齿类和人类大脑的相似性 | 采用了一种新的监督机器学习方法来提高跨物种对应关系的分辨率 | NA | 改进啮齿类模型与人类大脑研究结果之间的翻译方法 | 啮齿类和人类大脑的神经解剖学组织 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | 监督机器学习 | 转录组数据 | 使用了公开可获得的脑部转录组数据集 |
| 194 | 2024-08-08 |
Rooting through single-cell sequencing in phloem pole cells
2022-11-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04180-4
PMID:36344596
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-08 |
GLI1+ cells are a source of repair-supportive mesenchymal cells (RSMCs) during airway epithelial regeneration
2022-Nov-05, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04599-2
PMID:36333491
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研究论文 | 本研究探讨了修复支持性间充质细胞（RSMCs）在气道上皮再生中的作用，特别是GLI1+细胞在其中的角色 | 首次报道了GLI1+细胞在气道上皮再生中作为RSMCs的来源，并通过遗传学方法证明了Fgf10在这些细胞中的关键作用 | 研究主要集中在实验室条件下，可能需要进一步的临床验证 | 探究GLI1+细胞在气道上皮再生中的作用及其机制 | GLI1+细胞和修复支持性间充质细胞（RSMCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自非损伤或损伤肺的GLI1+细胞 |
| 196 | 2024-08-08 |
Astrocytic dysfunction induced by ABCA1 deficiency causes optic neuropathy
2022-Nov-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq1081
PMID:36332025
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研究论文 | 本文研究了ABCA1缺乏导致视网膜星形胶质细胞功能障碍及其在老年小鼠中引起类似青光眼的视神经病变的作用 | 首次揭示了ABCA1在视网膜星形胶质细胞中的高表达及其缺乏导致视神经病变的新机制 | NA | 探讨ABCA1缺乏在视网膜星形胶质细胞中引起的功能障碍及其对视神经病变的影响 | ABCA1缺乏的视网膜星形胶质细胞及老年小鼠模型 | NA | 视神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老年Glia-KO小鼠 |
| 197 | 2024-08-08 |
Whole-embryonic identification of maternal microchimeric cell types in mouse using single-cell RNA sequencing
2022-11-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-20781-9
PMID:36333354
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，成功识别了小鼠胚胎中的母源微嵌合细胞类型 | 首次成功估计了单个小鼠胚胎中母源微嵌合细胞的细胞类型谱 | NA | 探究母源微嵌合细胞在不同胚胎中的细胞类型谱及其对胚胎发育的影响 | 小鼠胚胎中的母源微嵌合细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 26个小鼠胚胎 |
| 198 | 2024-08-08 |
Single cell profiling of CD45+ spinal cord cells reveals microglial and B cell heterogeneity and crosstalk following spinal cord injury
2022-Nov-04, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02627-3
PMID:36333772
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了脊髓损伤后脊髓中CD45+细胞的异质性和相互作用 | 揭示了脊髓损伤后微胶质细胞和B细胞的新型相互作用，为脊髓损伤修复提供了新的潜在治疗靶点 | NA | 探讨脊髓损伤后免疫细胞的响应及其在损伤修复中的作用 | 脊髓损伤后的CD45+细胞，包括微胶质细胞和B细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 来自未受伤和受伤的Swiss-webster小鼠的脊髓CD45+细胞，分别在损伤后3天、7天和60天采集 |
| 199 | 2024-08-08 |
JAK2V617F mutation drives vascular resident macrophages toward a pathogenic phenotype and promotes dissecting aortic aneurysm
2022-11-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34469-1
PMID:36329047
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研究论文 | 本研究探讨了JAK2V617F突变在主动脉疾病发展中的作用，发现该突变促使血管驻留巨噬细胞向病理性表型转变，并促进主动脉夹层动脉瘤的形成。 | 通过单细胞RNA测序、遗传修饰小鼠模型和药物治疗等方法，揭示了JAK2V617F突变在早期促进有害的主动脉壁重塑和晚期通过招募循环单核细胞促进主动脉夹层动脉瘤的机制。 | NA | 研究JAK2V617F突变在主动脉疾病发展中的作用及其机制。 | JAK2V617F突变、血管驻留巨噬细胞、主动脉疾病。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 包括患有骨髓增生性肿瘤的患者和遗传修饰小鼠模型。 |
| 200 | 2024-08-08 |
Trade-off between conservation of biological variation and batch effect removal in deep generative modeling for single-cell transcriptomics
2022-Nov-03, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-05003-3
PMID:36329399
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞转录组学中使用深度生成模型时，生物变异保留与批次效应去除之间的权衡问题 | 引入Pareto多任务学习（Pareto MTL）和互信息神经估计（MINE）来优化生物变异保留与批次效应去除之间的权衡 | NA | 提供生物变异保留与批次效应去除之间权衡的全局视图 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度生成模型 | 高维数据 | NA |