单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-07-23	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	通过CRISPRi筛选和单细胞转录组学技术，研究人类iPSC衍生的星形胶质细胞中炎症反应状态的调控机制	首次在人类iPSC衍生的星形胶质细胞中应用CRISPR干扰筛选技术，结合单细胞转录组学，系统性地研究了炎症反应状态的分子机制	研究主要基于体外培养的星形胶质细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	阐明星形胶质细胞在不同炎症反应状态下的分子调控机制	人类iPSC衍生的星形胶质细胞	细胞生物学	阿尔茨海默病, 缺氧缺血性脑病	CRISPRi, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2	2025-07-21	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	提出了一种名为MuSiC2的迭代估计方法，用于在多临床条件下进行批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析	MuSiC2扩展了MuSiC方法，能够在批量RNA测序数据和单细胞RNA测序参考数据临床条件不同的情况下，更准确地估计细胞类型比例	需要至少一个临床条件与单细胞RNA测序参考数据不同，且依赖于参考数据的质量	提高在不同临床条件下批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析的准确性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	MuSiC2	RNA测序数据	两个批量RNA测序数据集（人类胰岛和人类视网膜）
3	2025-07-21	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo结合了昼夜节律的领域知识，并量化了相位估计的不确定性，相比现有方法提供了更准确的相位估计	未提及具体的数据集或实验验证范围	解决单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位推断的准确性和不确定性量化问题	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
4	2025-07-21	A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation 2022-Nov, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-022-00545-w PMID:36873621	研究论文	本文提出了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于整合CITE-seq和单细胞RNA-seq数据，预测细胞表面蛋白表达，并进行数据插补	sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据整合、蛋白表达预测和插补、预测和插补不确定性的量化，以及细胞类型标签从CITE-seq到scRNA-seq的转移	NA	克服CITE-seq和scRNA-seq数据整合中的计算挑战，提高数据利用率以揭示细胞群体异质性	CITE-seq和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	免疫相关疾病、流感和COVID-19	CITE-seq, scRNA-seq	深度学习	RNA和蛋白表达数据	多个数据集
5	2025-07-20	Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4 2022-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007 PMID:36347256	research paper	该研究通过小鼠遗传学和单细胞RNA测序技术，揭示了Bmp2和CXCL12/CXCR4信号在心脏发育和再生过程中对心内膜向冠状动脉分化的调控作用	发现了Bmp2和CXCL12/CXCR4信号在心脏发育和再生过程中的新作用，为心脏损伤后的血管再生提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索心脏发育和再生过程中心内膜向冠状动脉分化的分子机制	小鼠心内膜细胞和冠状动脉内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 小鼠遗传学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个发育阶段的小鼠心脏组织
6	2025-07-20	A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine 2022-11-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641 PMID:36384107	research paper	研究高脂饮食对肠道上皮细胞的快速适应反应	揭示了高脂饮食在短时间内对肠道上皮细胞的转录组和生理指标的快速影响	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探讨饮食改变对肠道上皮细胞的即时响应机制	小鼠肠道上皮细胞	生理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
7	2025-07-20	ClampFISH 2.0 enables rapid, scalable amplified RNA detection in situ 2022-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01653-6 PMID:36280724	research paper	介绍了一种名为clampFISH 2.0的新方法，用于原位快速、可扩展的RNA检测	采用倒置的padlock设计，能够高效检测多种RNA并同时指数级放大信号，同时减少了时间和成本	未明确提及具体限制	开发一种高效、低成本的原位RNA检测方法	RNA分子	分子生物学	NA	clampFISH 2.0	NA	RNA检测数据	超过100万个细胞
8	2025-06-22	mTORC1 links pathology in experimental models of Still's disease and macrophage activation syndrome 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34480-6 PMID:36443301	研究论文	该研究揭示了mTORC1在Still病和巨噬细胞活化综合征病理中的关键作用	首次证明mTORC1激活与Still病和巨噬细胞活化综合征的发病机制直接相关，并发现TSC1/TSC2表达下降与疾病活动性相关	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究mTORC1在Still病和巨噬细胞活化综合征发病机制中的作用	Still病患者和小鼠模型中的单核细胞/巨噬细胞	免疫学	Still病/巨噬细胞活化综合征	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas基因编辑	小鼠疾病模型	转录组数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未说明）
9	2025-06-14	Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors 2022-11-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7219 PMID:36417510	研究论文	研究通过转录因子重编程Müller胶质细胞，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的神经元	首次在成年哺乳动物视网膜中通过特定转录因子组合重编程Müller胶质细胞，再生出功能性的神经节样细胞	研究仅在成年小鼠模型中进行，尚未验证在人类或其他哺乳动物中的效果	探索通过转录因子重编程实现成年哺乳动物中枢神经系统神经元再生的可能性	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和再生的神经节样细胞	神经再生	青光眼	免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和电生理学	NA	基因表达数据、电生理数据	转基因小鼠模型
10	2025-05-14	Cell type-specific changes identified by single-cell transcriptomics in Alzheimer's disease 2022-11-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01136-5 PMID:36447241	综述	本文综述了单细胞转录组学在阿尔茨海默病研究中揭示的细胞类型特异性变化	整合了多项单细胞转录组学研究的主要发现，并将其置于阿尔茨海默病大规模组学研究的整体背景中	主要基于已有研究数据的整合分析，缺乏新的实验数据支持	探讨阿尔茨海默病中细胞类型组成和分子特征的改变	阿尔茨海默病患者与正常对照的死后人脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞/核RNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据	多项研究的人脑组织样本（具体数量未说明）
11	2025-03-28	m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021109895 PMID:35971838	研究论文	本研究探讨了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的作用	揭示了m6A修饰与染色质修饰复合物NuRD之间未被认识的联系	研究结果主要基于涡虫模型，在高等生物中的适用性需要进一步验证	探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的作用机制	涡虫干细胞(neoblasts)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过20,000个细胞
12	2025-03-28	Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair 2022-11, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00919-5 PMID:36127466	研究论文	本研究探讨了JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了JMJD3通过JAK1,3/STAT3信号通路调控糖尿病伤口巨噬细胞炎症反应的新机制，并发现STING基因在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证	探究糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	糖尿病伤口中的巨噬细胞	分子生物学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Jmjd3Lyz2基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠糖尿病伤口样本
13	2025-03-22	Ornithine decarboxylase supports ILC3 responses in infectious and autoimmune colitis through positive regulation of IL-22 transcription 2022-Nov-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2214900119 PMID:36279426	研究论文	本文研究了第3组先天淋巴细胞（ILC3s）在感染性和自身免疫性结肠炎中通过正调控IL-22转录的机制	揭示了ILC3s通过多胺生物合成途径增强IL-22产生的新机制，并发现鸟氨酸脱羧酶（ODC1）在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨ILC3s在感染性和自身免疫性结肠炎中的代谢适应及其对IL-22产生的影响	第3组先天淋巴细胞（ILC3s）	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序和代谢组学分析	NA	RNA测序数据和代谢组数据	小鼠模型
14	2025-03-06	Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898 PMID:36007098	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究了CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤（TGCT）中的细胞相互作用	使用scRNA-seq技术首次在TGCT中识别出两种复发性肿瘤细胞群，并发现这些细胞与正常滑膜细胞高度相似，且不表达CSF1R	样本量较小，仅分析了3个TGCT和2个骨巨细胞瘤（GCTB）样本	研究TGCT中肿瘤细胞与旁观者巨噬细胞之间的相互作用	腱鞘巨细胞瘤（TGCT）和骨巨细胞瘤（GCTB）样本	数字病理学	腱鞘巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、长读长RNA测序、免疫荧光和免疫组化（IHC）	NA	单细胞RNA测序数据	18,788个单细胞，来自3个TGCT和2个GCTB样本
15	2025-02-11	Here and there a trophoblast, a transcriptional evaluation of trophoblast cell models 2022-Nov-08, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04589-4 PMID:36346530	综述	本文综述了人类滋养层细胞和干细胞（hTSCs）模型的转录组数据，评估了这些模型的实用性和适用性	整合了单细胞RNA测序数据集，以识别这些模型如何重现早期滋养层发育	NA	评估人类滋养层细胞和干细胞模型的转录组数据，以确定其在实际应用中的价值	人类滋养层细胞和干细胞模型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
16	2024-12-06	APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes 2022-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05439-w PMID:36385529	研究论文	研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成	首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系	研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制	深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会	APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析	NA	基因表达数据，组织学和脂质组学数据	死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠
17	2024-11-06	Network analysis between neuron dysfunction and neuroimmune response based on neural single-cell transcriptome of COVID-19 patients 2022-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106055 PMID:36137317	研究论文	研究基于COVID-19患者神经单细胞转录组数据，分析神经元功能障碍与神经免疫反应之间的网络关系	首次揭示了星形胶质细胞在COVID-19感染中的免疫相关因子表达，并分析了其与微胶质细胞和兴奋性神经元的相互作用	研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验验证	探讨COVID-19感染引起的神经元功能障碍与神经免疫反应之间的关系	COVID-19患者的内侧前额叶皮层单细胞数据	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	风险模型	RNA-seq和scRNA-seq数据	涉及COVID-19患者的外周血和多组织样本
18	2024-11-02	Epigenetic Mechanisms of Brain Sexual Differentiation 2022-11-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a039099 PMID:35817509	review	本文讨论了围产期雌二醇信号如何组织啮齿动物大脑中的细胞和分子性别差异	本文介绍了最近发现的由雌激素受体α（ERα）激活的基因调控程序，展示了真正的表观遗传机制	NA	探讨早期激素信号对大脑的持久影响及其机制	啮齿动物大脑中的性别差异	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达	NA
19	2024-10-17	Macrophages in intestinal fibrosis and regression 2022-11, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2022.104614 PMID:36182587	综述	本文综述了肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用	基于最新进展的谱系追踪和单细胞测序技术，详细描述了肠道巨噬细胞的特征，并提出了针对巨噬细胞的潜在抗肠道纤维化疗法	NA	探讨肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用，并提出潜在的治疗策略	肠道巨噬细胞及其在肠道纤维化中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
20	2024-09-30	SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34867-5 PMID:36443314	研究论文	本文介绍了一种名为SOTIP的多任务分析方法，用于整合空间组学数据中的微环境及其相互关系，并进行空间异质性量化、空间域识别等下游任务	SOTIP方法创新地将微环境及其相互关系整合到一个统一的图中，能够进行多种下游分析任务，并揭示了空间异质性模式	NA	开发一种能够整合空间组学数据中微环境及其相互关系的多任务分析方法	小鼠大脑皮层和人类三阴性乳腺癌的空间转录组和蛋白质组数据	空间组学	三阴性乳腺癌	空间组学	图模型	空间组学数据	两个独立的小鼠大脑皮层空间转录组数据集和人类三阴性乳腺癌空间蛋白质组数据集