单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 320 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-03-28 |
m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation
2022-11-02, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021109895
PMID:35971838
|
研究论文 | 本研究探讨了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的作用 | 揭示了m6A修饰与染色质修饰复合物NuRD之间未被认识的联系 | 研究结果主要基于涡虫模型，在高等生物中的适用性需要进一步验证 | 探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的作用机制 | 涡虫干细胞(neoblasts) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过20,000个细胞 |
| 2 | 2025-03-28 |
Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair
2022-11, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-022-00919-5
PMID:36127466
|
研究论文 | 本研究探讨了JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的作用机制 | 首次揭示了JMJD3通过JAK1,3/STAT3信号通路调控糖尿病伤口巨噬细胞炎症反应的新机制，并发现STING基因在其中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证 | 探究糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 糖尿病伤口中的巨噬细胞 | 分子生物学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Jmjd3Lyz2基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠糖尿病伤口样本 |
| 3 | 2025-03-22 |
Ornithine decarboxylase supports ILC3 responses in infectious and autoimmune colitis through positive regulation of IL-22 transcription
2022-Nov-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2214900119
PMID:36279426
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研究论文 | 本文研究了第3组先天淋巴细胞（ILC3s）在感染性和自身免疫性结肠炎中通过正调控IL-22转录的机制 | 揭示了ILC3s通过多胺生物合成途径增强IL-22产生的新机制，并发现鸟氨酸脱羧酶（ODC1）在这一过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨ILC3s在感染性和自身免疫性结肠炎中的代谢适应及其对IL-22产生的影响 | 第3组先天淋巴细胞（ILC3s） | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序和代谢组学分析 | NA | RNA测序数据和代谢组数据 | 小鼠模型 |
| 4 | 2025-03-06 |
Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898
PMID:36007098
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究了CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤（TGCT）中的细胞相互作用 | 使用scRNA-seq技术首次在TGCT中识别出两种复发性肿瘤细胞群，并发现这些细胞与正常滑膜细胞高度相似，且不表达CSF1R | 样本量较小，仅分析了3个TGCT和2个骨巨细胞瘤（GCTB）样本 | 研究TGCT中肿瘤细胞与旁观者巨噬细胞之间的相互作用 | 腱鞘巨细胞瘤（TGCT）和骨巨细胞瘤（GCTB）样本 | 数字病理学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、长读长RNA测序、免疫荧光和免疫组化（IHC） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18,788个单细胞，来自3个TGCT和2个GCTB样本 |
| 5 | 2025-02-11 |
Here and there a trophoblast, a transcriptional evaluation of trophoblast cell models
2022-Nov-08, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04589-4
PMID:36346530
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综述 | 本文综述了人类滋养层细胞和干细胞（hTSCs）模型的转录组数据，评估了这些模型的实用性和适用性 | 整合了单细胞RNA测序数据集，以识别这些模型如何重现早期滋养层发育 | NA | 评估人类滋养层细胞和干细胞模型的转录组数据，以确定其在实际应用中的价值 | 人类滋养层细胞和干细胞模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6 | 2024-12-11 |
Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors
2022-11-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq7219
PMID:36417510
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研究论文 | 研究通过过表达特定的转录因子，在成年小鼠视网膜中重新编程Müller胶质细胞以再生类似神经节细胞的细胞 | 首次展示了通过靶向过表达发育性视网膜神经节细胞转录因子，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的能力 | 研究仅在成年小鼠视网膜中进行，尚未在其他物种或神经系统中验证 | 探索通过转录因子调控在成年哺乳动物视网膜中再生特定类型神经元的可能性 | 成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和神经节样细胞 | 神经科学 | NA | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序和电生理学 | NA | 单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据和电生理数据 | 成年小鼠视网膜样本 |
| 7 | 2024-12-06 |
APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes
2022-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05439-w
PMID:36385529
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研究论文 | 研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系 | 研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制 | 深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会 | APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析 | NA | 基因表达数据，组织学和脂质组学数据 | 死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠 |
| 8 | 2024-12-06 |
CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states
2022-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01180-9
PMID:36303069
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研究论文 | 本研究通过CRISPR干扰筛选结合单细胞转录组学技术，系统研究了人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞在细胞因子诱导下的炎症反应机制 | 首次系统性地揭示了IL-6和干扰素信号通路在NF-κB激活下游驱动两种不同的炎症反应特征，并验证了这些特征在不同实验模型中的普遍性 | 研究主要基于体外模型和转基因小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证 | 揭示星形胶质细胞在炎症反应中的分子调控机制，为开发针对性治疗策略提供理论基础 | 人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞及其在炎症反应中的分子调控机制 | 细胞生物学 | 神经退行性疾病 | CRISPR干扰筛选、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞和小鼠模型 |
| 9 | 2024-11-06 |
Network analysis between neuron dysfunction and neuroimmune response based on neural single-cell transcriptome of COVID-19 patients
2022-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106055
PMID:36137317
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研究论文 | 研究基于COVID-19患者神经单细胞转录组数据，分析神经元功能障碍与神经免疫反应之间的网络关系 | 首次揭示了星形胶质细胞在COVID-19感染中的免疫相关因子表达，并分析了其与微胶质细胞和兴奋性神经元的相互作用 | 研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验验证 | 探讨COVID-19感染引起的神经元功能障碍与神经免疫反应之间的关系 | COVID-19患者的内侧前额叶皮层单细胞数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | RNA-seq和scRNA-seq数据 | 涉及COVID-19患者的外周血和多组织样本 |
| 10 | 2024-11-04 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计 | NA | 解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题 | 单细胞昼夜节律相位和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 转录组数据 | NA |
| 11 | 2024-11-02 |
Epigenetic Mechanisms of Brain Sexual Differentiation
2022-11-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a039099
PMID:35817509
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review | 本文讨论了围产期雌二醇信号如何组织啮齿动物大脑中的细胞和分子性别差异 | 本文介绍了最近发现的由雌激素受体α（ERα）激活的基因调控程序，展示了真正的表观遗传机制 | NA | 探讨早期激素信号对大脑的持久影响及其机制 | 啮齿动物大脑中的性别差异 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达 | NA |
| 12 | 2024-10-17 |
Macrophages in intestinal fibrosis and regression
2022-11, Cellular immunology
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cellimm.2022.104614
PMID:36182587
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综述 | 本文综述了肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用 | 基于最新进展的谱系追踪和单细胞测序技术，详细描述了肠道巨噬细胞的特征，并提出了针对巨噬细胞的潜在抗肠道纤维化疗法 | NA | 探讨肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用，并提出潜在的治疗策略 | 肠道巨噬细胞及其在肠道纤维化中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-09-30 |
SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data
2022-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34867-5
PMID:36443314
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SOTIP的多任务分析方法，用于整合空间组学数据中的微环境及其相互关系，并进行空间异质性量化、空间域识别等下游任务 | SOTIP方法创新地将微环境及其相互关系整合到一个统一的图中，能够进行多种下游分析任务，并揭示了空间异质性模式 | NA | 开发一种能够整合空间组学数据中微环境及其相互关系的多任务分析方法 | 小鼠大脑皮层和人类三阴性乳腺癌的空间转录组和蛋白质组数据 | 空间组学 | 三阴性乳腺癌 | 空间组学 | 图模型 | 空间组学数据 | 两个独立的小鼠大脑皮层空间转录组数据集和人类三阴性乳腺癌空间蛋白质组数据集 |
| 14 | 2024-09-28 |
Integrating Single-Cell Transcriptome and Network Analysis to Characterize the Therapeutic Response of Chronic Myeloid Leukemia
2022-Nov-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms232214335
PMID:36430822
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组和网络分析，研究了慢性髓性白血病（CML）对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗的反应机制 | 本文首次结合单细胞RNA测序和转录调控网络分析，揭示了CML干细胞对TKI治疗的不同反应机制，并识别了新的治疗反应基因标记 | 本文主要集中在CML干细胞的研究，未涵盖其他类型的白血病细胞 | 研究CML患者对TKI治疗的反应机制，识别新的治疗反应基因标记 | CML干细胞及其对TKI治疗的反应 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | CML患者的干细胞样本 |
| 15 | 2024-09-25 |
A prebiotic diet modulates microglial states and motor deficits in α-synuclein overexpressing mice
2022-11-08, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81453
PMID:36346385
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研究论文 | 研究了富含纤维的饮食对α-突触核蛋白过度表达小鼠的微胶质细胞功能和运动障碍的影响 | 揭示了饮食与运动症状在微胶质细胞依赖性交互作用中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨富含纤维的饮食对帕金森病样症状和病理的影响 | α-突触核蛋白过度表达的小鼠 | NA | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | α-突触核蛋白过度表达的小鼠和野生型小鼠 |
| 16 | 2024-09-23 |
Targeted Assessment of Mucosal Immune Gene Expression Predicts Clinical Outcomes in Children with Ulcerative Colitis
2022-Nov-23, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjac075
PMID:35665804
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研究论文 | 本文研究了靶向基因表达面板在预测儿童溃疡性结肠炎临床结果中的应用 | 首次使用靶向基因表达面板预测儿童溃疡性结肠炎的临床结果，并探讨了预测基因在发病机制中的潜在作用 | 研究样本仅限于新诊断的儿童溃疡性结肠炎患者，且结果主要基于52周的随访数据 | 确定靶向基因表达面板是否能预测儿童溃疡性结肠炎的临床结果，并探讨预测基因的潜在致病作用 | 313例新诊断的儿童溃疡性结肠炎患者的直肠RNA样本 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 实时PCR微流体阵列，RNA测序 | NA | RNA | 313例新诊断的儿童溃疡性结肠炎患者的直肠RNA样本 |
| 17 | 2024-09-23 |
Systematic single-cell pathway analysis to characterize early T cell activation
2022-11-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111697
PMID:36417885
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞通路分析的统计框架，并通过scRNA-seq数据展示了其在早期T细胞激活中的应用 | 开发了一种敏感且无分布假设的多样本分布测试统计框架，并将其应用于单细胞通路分析 | NA | 开发和验证一种新的单细胞通路分析工具，并揭示T细胞激活过程中的调控机制 | T细胞及其在早期激活过程中的通路活动 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个组织的T细胞样本 |
| 18 | 2024-09-23 |
Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4
2022-11-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007
PMID:36347256
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研究论文 | 本文研究了心脏发育和再生过程中Bmp2和Cxcl12/Cxcr4在心内膜向冠状动脉分化中的顺序作用 | 通过使用小鼠遗传学和单细胞RNA测序，确定了心内膜血管生成调控因子，并精确评估了CXCL12/CXCR4信号通路的作用 | NA | 揭示心内膜血管生成的分子机制，并寻找促进心脏损伤后血管再生的潜在治疗靶点 | 心内膜细胞、冠状动脉内皮细胞、Bmp2和Cxcl12/Cxcr4信号通路 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 19 | 2024-09-23 |
Ischemic Stroke Impacts the Gut Microbiome, Ileal Epithelial and Immune Homeostasis
2022-Nov-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105437
PMID:36388972
|
研究论文 | 本文研究了缺血性中风对肠道微生物群、回肠上皮细胞和免疫稳态的影响 | 首次揭示了中风通过炎症机制影响回肠上皮细胞的分子和代谢途径 | NA | 探讨缺血性中风对肠道微生物群和回肠上皮细胞的影响及其分子机制 | 肠道微生物群、回肠上皮细胞、免疫细胞 | NA | 中风 | 多组学方法、单细胞RNA测序 | NA | 转录组、代谢组 | NA |
| 20 | 2024-09-23 |
Transcriptional Profiling of Phagocytic Leukocytes and Microglia Reveals a Critical Role for Reactive Oxygen Species in Biofilm Containment during Staphylococcus aureus Craniotomy Infection
2022-11-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200503
PMID:36426943
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研究论文 | 研究探讨了在金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中，吞噬性白细胞和微胶质细胞的转录谱，并揭示了活性氧在生物膜控制中的关键作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了吞噬性和非吞噬性细胞的转录特征，并发现活性氧在控制金黄色葡萄球菌生物膜中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中吞噬性白细胞和微胶质细胞的转录特征及其在生物膜控制中的作用 | 吞噬性白细胞、微胶质细胞、金黄色葡萄球菌 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型，包括NADPH氧化酶2敲除小鼠和野生型小鼠 |