单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-11	Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors 2022-11-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7219 PMID:36417510	研究论文	研究通过过表达特定的转录因子，在成年小鼠视网膜中重新编程Müller胶质细胞以再生类似神经节细胞的细胞	首次展示了通过靶向过表达发育性视网膜神经节细胞转录因子，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的能力	研究仅在成年小鼠视网膜中进行，尚未在其他物种或神经系统中验证	探索通过转录因子调控在成年哺乳动物视网膜中再生特定类型神经元的可能性	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和神经节样细胞	神经科学	NA	免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序和电生理学	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据和电生理数据	成年小鼠视网膜样本
2	2024-12-06	APOE4 impairs myelination via cholesterol dysregulation in oligodendrocytes 2022-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05439-w PMID:36385529	研究论文	研究探讨了APOE4基因对人类大脑的影响，特别是通过胆固醇稳态失调影响少突胶质细胞的髓鞘形成	首次通过单细胞转录组学分析揭示了APOE4对人类大脑所有细胞类型的广泛基因表达变化，并建立了APOE4、胆固醇、髓鞘形成和记忆之间的功能联系	研究主要基于死后人脑样本和诱导多能干细胞衍生的细胞，可能存在样本量和实验条件的限制	深入了解APOE4基因对人类大脑的影响，特别是其对髓鞘形成和记忆的影响，为阿尔茨海默病的治疗提供新的机会	APOE4基因携带者和非携带者的死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，以及靶向替换小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学分析，组织学和脂质组学分析	NA	基因表达数据，组织学和脂质组学数据	死后人脑样本，诱导多能干细胞衍生的细胞，靶向替换小鼠
3	2024-12-06	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	本研究通过CRISPR干扰筛选结合单细胞转录组学技术，系统研究了人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞在细胞因子诱导下的炎症反应机制	首次系统性地揭示了IL-6和干扰素信号通路在NF-κB激活下游驱动两种不同的炎症反应特征，并验证了这些特征在不同实验模型中的普遍性	研究主要基于体外模型和转基因小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	揭示星形胶质细胞在炎症反应中的分子调控机制，为开发针对性治疗策略提供理论基础	人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞及其在炎症反应中的分子调控机制	细胞生物学	神经退行性疾病	CRISPR干扰筛选、单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞和小鼠模型
4	2024-11-06	Network analysis between neuron dysfunction and neuroimmune response based on neural single-cell transcriptome of COVID-19 patients 2022-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106055 PMID:36137317	研究论文	研究基于COVID-19患者神经单细胞转录组数据，分析神经元功能障碍与神经免疫反应之间的网络关系	首次揭示了星形胶质细胞在COVID-19感染中的免疫相关因子表达，并分析了其与微胶质细胞和兴奋性神经元的相互作用	研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能实验验证	探讨COVID-19感染引起的神经元功能障碍与神经免疫反应之间的关系	COVID-19患者的内侧前额叶皮层单细胞数据	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	风险模型	RNA-seq和scRNA-seq数据	涉及COVID-19患者的外周血和多组织样本
5	2024-11-04	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计	NA	解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题	单细胞昼夜节律相位和转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
6	2024-11-02	Epigenetic Mechanisms of Brain Sexual Differentiation 2022-11-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a039099 PMID:35817509	review	本文讨论了围产期雌二醇信号如何组织啮齿动物大脑中的细胞和分子性别差异	本文介绍了最近发现的由雌激素受体α（ERα）激活的基因调控程序，展示了真正的表观遗传机制	NA	探讨早期激素信号对大脑的持久影响及其机制	啮齿动物大脑中的性别差异	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达	NA
7	2024-10-17	Macrophages in intestinal fibrosis and regression 2022-11, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2022.104614 PMID:36182587	综述	本文综述了肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用	基于最新进展的谱系追踪和单细胞测序技术，详细描述了肠道巨噬细胞的特征，并提出了针对巨噬细胞的潜在抗肠道纤维化疗法	NA	探讨肠道巨噬细胞在肠道纤维化和消退中的作用，并提出潜在的治疗策略	肠道巨噬细胞及其在肠道纤维化中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
8	2024-09-30	SOTIP is a versatile method for microenvironment modeling with spatial omics data 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34867-5 PMID:36443314	研究论文	本文介绍了一种名为SOTIP的多任务分析方法，用于整合空间组学数据中的微环境及其相互关系，并进行空间异质性量化、空间域识别等下游任务	SOTIP方法创新地将微环境及其相互关系整合到一个统一的图中，能够进行多种下游分析任务，并揭示了空间异质性模式	NA	开发一种能够整合空间组学数据中微环境及其相互关系的多任务分析方法	小鼠大脑皮层和人类三阴性乳腺癌的空间转录组和蛋白质组数据	空间组学	三阴性乳腺癌	空间组学	图模型	空间组学数据	两个独立的小鼠大脑皮层空间转录组数据集和人类三阴性乳腺癌空间蛋白质组数据集
9	2024-09-28	Integrating Single-Cell Transcriptome and Network Analysis to Characterize the Therapeutic Response of Chronic Myeloid Leukemia 2022-Nov-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232214335 PMID:36430822	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和网络分析，研究了慢性髓性白血病（CML）对酪氨酸激酶抑制剂（TKI）治疗的反应机制	本文首次结合单细胞RNA测序和转录调控网络分析，揭示了CML干细胞对TKI治疗的不同反应机制，并识别了新的治疗反应基因标记	本文主要集中在CML干细胞的研究，未涵盖其他类型的白血病细胞	研究CML患者对TKI治疗的反应机制，识别新的治疗反应基因标记	CML干细胞及其对TKI治疗的反应	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	CML患者的干细胞样本
10	2024-09-25	A prebiotic diet modulates microglial states and motor deficits in α-synuclein overexpressing mice 2022-11-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81453 PMID:36346385	研究论文	研究了富含纤维的饮食对α-突触核蛋白过度表达小鼠的微胶质细胞功能和运动障碍的影响	揭示了饮食与运动症状在微胶质细胞依赖性交互作用中的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨富含纤维的饮食对帕金森病样症状和病理的影响	α-突触核蛋白过度表达的小鼠	NA	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA	α-突触核蛋白过度表达的小鼠和野生型小鼠
11	2024-09-23	Targeted Assessment of Mucosal Immune Gene Expression Predicts Clinical Outcomes in Children with Ulcerative Colitis 2022-Nov-23, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjac075 PMID:35665804	研究论文	本文研究了靶向基因表达面板在预测儿童溃疡性结肠炎临床结果中的应用	首次使用靶向基因表达面板预测儿童溃疡性结肠炎的临床结果，并探讨了预测基因在发病机制中的潜在作用	研究样本仅限于新诊断的儿童溃疡性结肠炎患者，且结果主要基于52周的随访数据	确定靶向基因表达面板是否能预测儿童溃疡性结肠炎的临床结果，并探讨预测基因的潜在致病作用	313例新诊断的儿童溃疡性结肠炎患者的直肠RNA样本	数字病理学	消化系统疾病	实时PCR微流体阵列，RNA测序	NA	RNA	313例新诊断的儿童溃疡性结肠炎患者的直肠RNA样本
12	2024-09-23	Systematic single-cell pathway analysis to characterize early T cell activation 2022-11-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111697 PMID:36417885	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞通路分析的统计框架，并通过scRNA-seq数据展示了其在早期T细胞激活中的应用	开发了一种敏感且无分布假设的多样本分布测试统计框架，并将其应用于单细胞通路分析	NA	开发和验证一种新的单细胞通路分析工具，并揭示T细胞激活过程中的调控机制	T细胞及其在早期激活过程中的通路活动	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个组织的T细胞样本
13	2024-09-23	Endocardium-to-coronary artery differentiation during heart development and regeneration involves sequential roles of Bmp2 and Cxcl12/Cxcr4 2022-11-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.10.007 PMID:36347256	研究论文	本文研究了心脏发育和再生过程中Bmp2和Cxcl12/Cxcr4在心内膜向冠状动脉分化中的顺序作用	通过使用小鼠遗传学和单细胞RNA测序，确定了心内膜血管生成调控因子，并精确评估了CXCL12/CXCR4信号通路的作用	NA	揭示心内膜血管生成的分子机制，并寻找促进心脏损伤后血管再生的潜在治疗靶点	心内膜细胞、冠状动脉内皮细胞、Bmp2和Cxcl12/Cxcr4信号通路	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
14	2024-09-23	Ischemic Stroke Impacts the Gut Microbiome, Ileal Epithelial and Immune Homeostasis 2022-Nov-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105437 PMID:36388972	研究论文	本文研究了缺血性中风对肠道微生物群、回肠上皮细胞和免疫稳态的影响	首次揭示了中风通过炎症机制影响回肠上皮细胞的分子和代谢途径	NA	探讨缺血性中风对肠道微生物群和回肠上皮细胞的影响及其分子机制	肠道微生物群、回肠上皮细胞、免疫细胞	NA	中风	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	转录组、代谢组	NA
15	2024-09-23	Transcriptional Profiling of Phagocytic Leukocytes and Microglia Reveals a Critical Role for Reactive Oxygen Species in Biofilm Containment during Staphylococcus aureus Craniotomy Infection 2022-11-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200503 PMID:36426943	研究论文	研究探讨了在金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中，吞噬性白细胞和微胶质细胞的转录谱，并揭示了活性氧在生物膜控制中的关键作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析了吞噬性和非吞噬性细胞的转录特征，并发现活性氧在控制金黄色葡萄球菌生物膜中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中吞噬性白细胞和微胶质细胞的转录特征及其在生物膜控制中的作用	吞噬性白细胞、微胶质细胞、金黄色葡萄球菌	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型，包括NADPH氧化酶2敲除小鼠和野生型小鼠
16	2024-09-23	Monocyte/Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing in Mice 2022-11-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200365 PMID:36426946	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术探索小鼠皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞的异质性和状态转换	首次使用单细胞RNA测序技术全面探索皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞的异质性和状态转换	研究仅限于C57BL/6小鼠模型，结果可能不适用于其他物种	深入了解皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞的异质性和功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的单核细胞/巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	2813个高质量细胞
17	2024-09-23	Multiomic analysis reveals conservation of cancer-associated fibroblast phenotypes across species and tissue of origin 2022-11-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.015 PMID:36270275	研究论文	本文通过多组学分析揭示了癌症相关成纤维细胞表型在不同物种和组织来源中的保守性	本文首次通过配对的染色质可及性和转录组分析，综合分析了癌症相关成纤维细胞的亚群，并识别出三种超群：稳态样、机械应答和免疫调节型成纤维细胞	NA	研究癌症相关成纤维细胞的异质性及其在不同物种和组织中的保守性	癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、染色质可及性分析	NA	转录组、蛋白质组	多个组织类型和物种的样本
18	2024-09-23	Cellular and molecular profiles of larval and adult Xenopus corneal epithelia resolved at the single-cell level 2022-11, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2022.08.007 PMID:36049533	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了青蛙角膜上皮细胞在幼体和成体阶段的细胞和分子特征	揭示了角膜发育和成熟过程中细胞多样性的增加以及转录组、基因调控网络和细胞间通讯动力学的显著变化，并识别出潜在的幼体和成体角膜上皮干细胞	NA	探索角膜上皮干细胞及其增殖后代在维持角膜透明度和稳态中的作用	青蛙幼体和成体角膜上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	幼体和成体青蛙角膜细胞
19	2024-09-23	Directed differentiation of human pluripotent stem cells into diverse organ-specific mesenchyme of the digestive and respiratory systems 2022-11, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-022-00733-3 PMID:35978039	研究论文	本文描述了一种将人类多能干细胞定向分化为消化和呼吸系统中多种器官特异性间充质的协议	利用单细胞转录组学揭示的小鼠前肠器官发生中的信号网络和分子标记，成功将人类多能干细胞分化为多种器官特异性间充质	目前主要集中在间充质的生成，尚未涉及复杂人体组织的工程化	开发一种将人类多能干细胞定向分化为消化和呼吸系统中多种器官特异性间充质的方法	人类多能干细胞及其分化产物	再生医学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞	4-7天的培养时间，不同类型的间充质细胞比例为60-90%纯度的肝隔膜横纹肌样细胞，70-80%纯度的肝样成纤维细胞，以及约35%的呼吸样、胃样或食管样间充质细胞
20	2024-09-17	Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing 2022-11-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34590-1 PMID:36371428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异	本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异	本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种	研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异	猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	133,454个猕猴视觉皮层细胞