单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 258 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-08 |
SLAMF7 modulates B cells and adaptive immunity to regulate susceptibility to CNS autoimmunity
2022-Oct-03, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-022-02594-9
PMID:36199066
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研究论文 | 研究探讨了SLAMF7基因在调节中枢神经系统（CNS）自身免疫和B细胞功能中的作用 | 发现了SLAMF7在CNS免疫调节和B细胞功能中的新角色，揭示了SLAMF7与多发性硬化症（MS）遗传关联的基础 | NA | 探究SLAMF7基因如何影响多发性硬化症的易感性和免疫功能 | SLAMF7基因、B细胞、T细胞和CNS免疫细胞 | NA | 多发性硬化症 | 光谱细胞仪、BioPlex分析、单细胞RNA测序 | NA | 免疫细胞数据 | WT和SLAMF7-/-小鼠模型，以及人类脑脊液（CSF）免疫细胞 |
| 162 | 2024-08-08 |
A model-based constrained deep learning clustering approach for spatially resolved single-cell data
2022-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276477.121
PMID:36198490
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Deep Spatially constrained Single-cell Clustering (DSSC)的深度学习方法，用于对空间解析单细胞RNA测序数据进行聚类 | DSSC是首个能够利用空间坐标和标记基因信息指导细胞/位点聚类的模型 | NA | 开发一种新的计算方法来充分利用空间解析单细胞RNA测序技术的潜力 | 空间解析单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 图形神经网络模型 | 深度嵌入聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 不同数据集，包括模拟数据和真实数据，涵盖多种细胞类型/组织结构和/或细胞类型/组织空间依赖性 |
| 163 | 2024-08-08 |
Revealing the heterogeneity of CD4+ T cells through single-cell transcriptomics
2022-10, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.08.010
PMID:36205449
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在分析CD4 T细胞表型和克隆型中的应用 | scRNA-seq能够从单个T细胞中获取配对的T细胞受体和转录组信息，并阐明CD4 T细胞与其环境中的其他细胞之间的相互作用 | scRNA-seq在分析CD4 T细胞时存在固有的挑战，尽管已有技术解决方案出现 | 探讨scRNA-seq在健康和疾病中对CD4 T细胞作用的进一步理解 | CD4 T细胞的表型和克隆型 | 基因表达研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单个细胞 |
| 164 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq keeps cells alive
2022-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01515-8
PMID:36207601
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-08-08 |
SLC7A5 is a lung adenocarcinoma-specific prognostic biomarker and participates in forming immunosuppressive tumor microenvironment
2022-Oct, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2022.e10866
PMID:36217463
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研究论文 | 研究确定了SLC7A5作为肺腺癌特异性预后氨基酸转运蛋白，并探讨了其在形成免疫抑制性肿瘤微环境中的作用 | 首次揭示SLC7A5在肺腺癌中的特异性预后价值及其在免疫抑制性肿瘤微环境形成中的作用 | NA | 探讨SLC7A5作为肺腺癌特异性预后生物标志物的潜力及其在肿瘤微环境中的作用 | SLC7A5在肺腺癌中的表达、预后价值及其对免疫细胞浸润和免疫治疗反应的影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 机器学习, 单细胞测序, 甲基化测序 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞测序数据 | NA |
| 166 | 2024-08-08 |
Comprehensive multi-omics single-cell data integration reveals greater heterogeneity in the human immune system
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105123
PMID:36185375
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研究论文 | 本文开发了一种名为SuPERR的新分析流程，用于提高多组学单细胞数据集中细胞类型识别的分辨率和准确性 | SuPERR流程能够更精确地去除细胞双联体，并通过整合细胞表面蛋白和免疫球蛋白转录本计数信息，防止细胞类型错误分类 | NA | 旨在深入理解人类免疫系统的多样性和异质性 | 人类免疫系统的细胞类型及其在不同组织和疾病背景下的多样性 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、蛋白质组学和细胞受体组库 | NA | 多组学数据 | NA |
| 167 | 2024-08-08 |
Multi-Omics Analysis Reveals the Unexpected Immune Regulatory Effects of Arsenene Nanosheets in Tumor Microenvironment
2022-Oct-12, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.2c10743
PMID:36166745
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研究论文 | 本研究探讨了砷烯纳米片在肿瘤微环境中的免疫调节作用及其机制 | 首次发现砷烯纳米片能够通过激活T细胞受体信号通路和抑制肿瘤细胞的DNA复制及TCA循环途径，重塑肿瘤微环境，增强抗肿瘤免疫反应 | NA | 揭示砷烯纳米片在肿瘤微环境中的免疫调节机制 | 砷烯纳米片及其在肿瘤微环境中的作用 | 纳米医学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析 | NA | 细胞 | 具体样本数量未提及 |
| 168 | 2024-08-08 |
Conservation at the uterine-placental interface
2022-10-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2210633119
PMID:36191208
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了早期和晚期妊娠阶段大鼠子宫-胎盘界面入侵滋养层细胞及其他细胞群体的转录组特征 | 发现大鼠入侵滋养层细胞的转录本在人类胎盘的入侵绒毛外滋养层细胞中具有保守性 | NA | 探究子宫-胎盘界面中滋养层细胞与母体细胞的相互作用及其对胎儿生长的影响 | 大鼠子宫-胎盘界面中的入侵滋养层细胞及其他细胞群体 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 早期（妊娠第15.5天）和晚期（妊娠第19.5天）的大鼠子宫-胎盘界面细胞样本 |
| 169 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing resolves the landscape of immune cells and regulatory mechanisms in HIV-infected immune non-responders
2022-10-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-05225-6
PMID:36195585
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）分析了来自HIV-1感染的免疫非应答者（INR）和应答者（IR）的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了INR中黏膜相关不变T细胞（MAIT）低表达及其与受损线粒体功能和凋亡信号相关的转录特征。 | 首次通过单细胞测序技术详细解析了HIV感染后免疫非应答者的免疫细胞图谱及其调控机制，特别是发现了MAIT细胞在INR中的功能障碍及其与线粒体功能的关系。 | 研究样本仅限于外周血单个核细胞，未涉及其他组织或器官的细胞，可能限制了对HIV感染后免疫重建失败机制的全面理解。 | 探究HIV感染后免疫非应答者免疫重建失败的机制。 | HIV-1感染的免疫非应答者（INR）和应答者（IR）的外周血单个核细胞（PBMCs）。 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 细胞 | 来自免疫非应答者（INR）和应答者（IR）的多个样本 |
| 170 | 2024-08-08 |
Multicellular immune dynamics implicate PIM1 as a potential therapeutic target for uveitis
2022-10-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33502-7
PMID:36195600
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU），揭示了疾病进展中的细胞组成和转录调控变化，并发现PIM1分子与疾病相关 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了葡萄膜炎中细胞动态变化，并识别出PIM1作为潜在治疗靶点 | NA | 探究葡萄膜炎的细胞动态和发病机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）和人类葡萄膜炎（VKH） | NA | 葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 171 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics tools allow for regional exploration of heterogeneous muscle pathology in the pre-clinical rabbit model of rotator cuff tear
2022-Oct-04, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-022-03326-8
PMID:36195913
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研究论文 | 本文评估了空间转录组技术在兔肩袖撕裂模型中探索异质性骨骼肌组织区域细胞活动的潜力和挑战 | 使用3' Visium空间转录组技术，能够在先前获取的组织中探索空间转录模式，并与底层组织学相关联 | 肌肉纤维过长，难以被单细胞液滴包围，且单核转录组学受肌肉纤维多核化的影响 | 评估空间转录组技术在理解异质性骨骼肌组织区域细胞活动中的潜力和挑战 | 兔肩袖撕裂模型的肌肉组织 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 3' Visium空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 健康对照组和手术后2周及16周的组织样本，以及储存超过6年的组织样本 |
| 172 | 2024-08-08 |
The heterogeneity of mammalian utricular cells over the course of development
2022-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1052
PMID:36178017
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了从新生期到成年期小鼠椭圆囊细胞的异质性，并追踪了新毛细胞的来源 | 发现新毛细胞主要通过Sox9+前体细胞分化产生，而非有丝分裂增殖 | NA | 探究哺乳动物椭圆囊细胞在发育过程中的命运及其特征 | 小鼠椭圆囊中的毛细胞和支持细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 包括新生期和成年期的小鼠椭圆囊样本，具体为P2、P7和P30的小鼠 |
| 173 | 2024-08-08 |
Cell Heterogeneity Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing Offers Potential Therapeutic Targets for Ischemic Stroke
2022-Oct-01, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2022.0212
PMID:36186129
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示缺血性中风中细胞异质性和潜在治疗靶点方面的应用 | 利用单细胞RNA测序技术无偏倚地确定高分辨率的细胞异质性，并识别细胞标记，揭示了细胞类型特异性基因表达模式中的主要脑簇以及细胞特异性亚簇及其在不同通路中的功能 | NA | 旨在启发新的研究，并为探索单细胞水平上缺血性中风的潜在病理机制和新型治疗策略提供方向 | 缺血性中风中的脑细胞和外周免疫细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 174 | 2024-08-08 |
Fast and interpretable consensus clustering via minipatch learning
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010577
PMID:36191044
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研究论文 | 本文提出了一种快速且可解释的共识聚类方法IMPACC，通过使用微小块（minipatches）学习来提高聚类的准确性、稳定性和计算效率 | IMPACC方法通过从观测和特征的微小子集中集成聚类共现，显著减少了计算时间，并开发了自适应采样方案以提高可靠性和解释性 | NA | 解决共识聚类在处理大规模生物信息学数据时的计算效率低下和缺乏解释性的问题 | 大规模生物信息学数据，如单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 共识聚类 | NA | 数据集 | 多种真实大规模生物信息学数据集 |
| 175 | 2024-08-08 |
CaSee: A lightning transfer-learning model directly used to discriminate cancer/normal cells from scRNA-seq
2022-10, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-022-02478-5
PMID:36192479
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研究论文 | 本研究开发了一种名为pan-Cancer Seeker（CaSee）的转移学习模型，用于直接从scRNA-seq表达矩阵中区分癌细胞和正常细胞 | CaSee是首个直接用于scRNA-seq表达矩阵中区分癌细胞和正常细胞的工具，相较于需要相应参考细胞的拷贝数变异（CNV）方法，具有更广泛的应用领域和更高的效率 | NA | 开发一种基于深度学习的泛癌细胞鉴别模型，以区分癌细胞和正常细胞 | scRNA-seq表达矩阵中的癌细胞和正常细胞 | 基因组学 | 癌症 | scRNA-seq | 转移学习模型 | 表达矩阵 | 在11个回顾性队列和1个独立数据集的多中心数据评估中展示了优异的性能 |
| 176 | 2024-08-08 |
Single-cell mapping of regenerative and fibrotic healing responses after musculoskeletal injury
2022-10-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.08.011
PMID:36150381
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术比较了再生性和纤维化愈合反应在肌肉骨骼损伤后的差异 | 研究发现纤维化的P2 DTA模型与异位骨化（HO）的转录相似度高于再生性的P3 DTA模型，表明基因表达与愈合结果的相关性大于与损伤类型或细胞来源的相关性 | NA | 指导未来伤口再生策略 | 肌肉骨骼损伤后的再生性和纤维化愈合反应 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及第三指节元素（P3）和第二指节元素（P2）的指尖截肢（DTA）模型以及异位骨化（HO）模型 |
| 177 | 2024-08-08 |
Highly sensitive single-cell chromatin accessibility assay and transcriptome coassay with METATAC
2022-10-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206450119
PMID:36161934
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研究论文 | 本文介绍了一种高灵敏度的单细胞染色质可及性检测方法METATAC及其与转录组共检测技术 | METATAC方法能够检测大量单细胞中的可及位点，并与自动化兼容，同时与高灵敏度单细胞RNA测序方法MALBAC-DT结合，开发了联合ATAC-RNA检测技术M2C-seq | NA | 提高单细胞染色质可及性和转录组检测的灵敏度和效率 | 单细胞染色质可及性和基因表达的关系 | 单细胞组学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 染色质可及性数据, 转录组数据 | 小鼠大脑皮层细胞, 早期小鼠胚胎细胞 |
| 178 | 2024-08-08 |
Single cell RNA-seq analysis identifies ferroptotic chondrocyte cluster and reveals TRPV1 as an anti-ferroptotic target in osteoarthritis
2022-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104258
PMID:36137413
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出铁死亡性软骨细胞簇，并揭示TRPV1作为抗铁死亡靶点在骨关节炎中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析识别出骨关节炎中铁死亡性软骨细胞簇，并发现TRPV1作为抗铁死亡的新靶点 | 研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨软骨细胞铁死亡在骨关节炎发病机制中的作用及其分子特征和潜在治疗靶点 | 骨关节炎患者的软骨细胞和软骨组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 17,638个软骨细胞 |
| 179 | 2024-08-08 |
Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing reveals tissue architecture in esophageal squamous cell carcinoma
2022-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104281
PMID:36162205
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研究论文 | 本研究通过整合基于微阵列的空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中的组织结构 | 首次通过多模态交叉分析整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，精确注释了肿瘤和间质区域的细胞组成 | 研究样本仅来自三位食管鳞状细胞癌患者，可能限制了结果的普遍性 | 揭示食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中不同细胞亚群的空间景观及其潜在的细胞间交流 | 食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 微阵列空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 三位食管鳞状细胞癌患者的组织样本 |
| 180 | 2024-08-08 |
Unique Cell Subpopulations and Disease Progression Markers in Canines with Atopic Dermatitis
2022-10-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200304
PMID:36165204
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，在犬类特应性皮炎模型中探索健康皮肤与特应性皮炎皮肤之间的分子和细胞差异 | 首次在犬类特应性皮炎模型中发现γδ T细胞的富集，以及特应性皮炎中显著的-阳性成纤维细胞亚群，这些可能与皮肤炎症有关 | NA | 揭示特应性皮炎在分子和细胞层面的差异，并寻找可能的疾病进展标志物 | 犬类特应性皮炎的皮肤细胞 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |