单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 258 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptome profiling of normal human liver
2022-10-19, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01676-w
PMID:36261431
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术对正常人肝脏组织切片进行了详细研究，提供了肝脏分区在转录水平上的详细信息 | 本文首次提供了来自两个正常人肝脏捐赠者的6581个高质量spot，并对肝细胞进行了四个亚组的分类 | NA | 研究人类肝脏的空间细胞解剖结构，以解决肝脏疾病的细胞起源问题 | 正常人肝脏组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 两个正常人肝脏捐赠者的6581个高质量spot |
| 122 | 2024-08-08 |
scRNA-seq generates a molecular map of emerging cell subtypes after sciatic nerve injury in rats
2022-10-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03970-0
PMID:36261573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，生成了大鼠坐骨神经损伤后新兴细胞亚型的分子图谱 | 首次提供了高分辨率的转录组图谱，揭示了神经损伤后细胞异质性的详细分子特征 | NA | 开发针对外周神经损伤、病毒感染或代谢紊乱引起的神经痛的新疗法 | 大鼠坐骨神经损伤后的细胞亚型及其分子特征 | 数字病理学 | 神经痛 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过110,000个单个细胞 |
| 123 | 2024-08-08 |
Reprogramming of myeloid cells and their progenitors in patients with non-medullary thyroid carcinoma
2022-10-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33907-4
PMID:36257966
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和功能分析，探讨了非髓性甲状腺癌患者骨髓细胞及其前体细胞在治疗前后的转录和功能变化 | 首次展示了非髓性甲状腺癌患者骨髓细胞及其前体细胞在肿瘤浸润前的转录和功能变化，并揭示了治疗对其的影响 | NA | 研究非髓性甲状腺癌患者骨髓细胞及其前体细胞的转录和功能变化及其对治疗的反应 | 非髓性甲状腺癌患者的骨髓细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 124 | 2024-08-08 |
Dissecting the genetic and microenvironmental factors of gastric tumorigenesis in mice
2022-10-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111482
PMID:36261019
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研究论文 | 本研究通过基因编辑的小鼠胃类器官生成了一系列原发性胃癌模型，揭示了从异型增生到分化良好和分化不良胃癌的遗传驱动因素，并探讨了微环境在胃癌转移中的关键作用。 | 本研究首次通过基因编辑的小鼠胃类器官模型，详细解析了胃癌发生过程中的遗传和微环境因素，特别是揭示了特定细胞间相互作用在胃癌远端转移中的作用。 | 研究主要在小鼠模型中进行，其结果在人类胃癌中的适用性需要进一步验证。 | 探讨胃癌发生和进展的遗传和微环境机制。 | 小鼠胃癌模型及其遗传和微环境因素。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 一系列基因编辑的小鼠胃类器官 |
| 125 | 2024-08-08 |
Self-organizing in vitro mouse neural tube organoids mimic embryonic development
2022-10-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201052
PMID:36268933
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研究论文 | 本文报道了一种由单个小鼠胚胎干细胞衍生的自组织3D神经管类器官模型，该模型展示了与体内相似的组织结构、细胞类型组成和前后模式 | 首次实现了在哺乳动物模型中实时观察迁移的神经嵴细胞的吞噬作用 | NA | 研究早期神经发育过程中的关键形态发生和细胞类型衍生事件 | 小鼠胚胎干细胞衍生的3D神经管类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | 3D神经管类器官模型 | 细胞 | 单个小鼠胚胎干细胞 |
| 126 | 2024-08-08 |
Mapping the adult human esophagus in vivo and in vitro
2022-10-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200614
PMID:36278875
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研究论文 | 本文创建了成人食管细胞类型的图谱，并建立了用于研究稳态和损伤的体外食管组织生物库，同时使用成人食管图谱对体外模型进行了基准测试。 | 首次创建了成人食管的单细胞RNA测序参考图谱，并展示了体外培养模型可以用于模拟完整的食管上皮层。 | NA | 研究人类食管的发育、稳态和疾病。 | 成人食管的细胞类型和体外模型。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 55条患者来源的体外培养线 |
| 127 | 2024-08-08 |
Biopsy-based single-cell transcriptomics reveals MAIT cells as potential targets for controlling fibrosis-related liver inflammation due to chronic hepatitis-B infection
2022-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1073
PMID:36263680
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2024-08-08 |
Comparison and critical assessment of single-cell Hi-C protocols
2022-Oct, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2022.e11023
PMID:36281413
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研究论文 | 本文比较了两种常用的单细胞Hi-C协议，并分析了它们在效率、偏差、规模和成本上的差异 | 使用长读长测序技术分析Hi-C检测的分子产物，揭示了全基因组扩增步骤导致的伪影增多、覆盖偏差增大和噪声增加 | 仅比较了两种常用的单细胞Hi-C协议，未涵盖所有可用协议 | 评估不同单细胞Hi-C协议的优劣，为研究染色质结构提供指导 | 单细胞Hi-C协议的效率、偏差、规模和成本 | 基因组学 | NA | 长读长测序 | NA | 基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 129 | 2024-08-08 |
Deterministic programming of human pluripotent stem cells into microglia facilitates studying their role in health and disease
2022-10-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2123476119
PMID:36251998
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研究论文 | 本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）生成微胶质细胞（MGLs）的前向编程协议，并探讨了其在健康和疾病中的作用 | 通过短暂过表达PU.1和C/EBPβ，实现了从hPSCs到成熟微胶质细胞的同质群体生成，时间为16天 | NA | 研究微胶质细胞在健康和疾病中的作用 | 人类多能干细胞（hPSCs）生成的微胶质细胞（MGLs） | 细胞生物学 | 神经退行性疾病 | 前向编程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 130 | 2024-08-08 |
Disruption of proteostasis causes IRE1 mediated reprogramming of alveolar epithelial cells
2022-10-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2123187119
PMID:36252035
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研究论文 | 研究探讨了肺泡上皮细胞蛋白质量控制失调在慢性肺病中的作用，特别是通过IRE1介导的细胞重编程 | 首次发现肺泡上皮细胞在经历显著的内质网应激后，会失去其典型特征并发展出一种新的细胞状态，这种状态可以通过抑制IRE1α信号来减轻 | NA | 研究蛋白稳态失调如何导致肺泡上皮细胞重编程，并探讨其对肺纤维化的影响 | 肺泡上皮细胞（AEC2）和其蛋白质量控制 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用两个临床SP-C突变模型 |
| 131 | 2024-08-08 |
Online single-cell data integration through projecting heterogeneous datasets into a common cell-embedding space
2022-10-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33758-z
PMID:36253379
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCALEX的深度学习方法，该方法通过将细胞投影到一个批次不变的通用细胞嵌入空间中，实现了单细胞数据的在线集成 | SCALEX方法能够在不重新训练模型的情况下，以真正在线的方式集成单细胞数据，并且在处理具有部分重叠的数据集时，能够准确对齐相似的细胞群并保留真实的生物学差异 | NA | 开发一种新的计算工具，用于集成多样化的单细胞实验数据，并能够与基础数据集进行信息交叉引用 | 单细胞RNA测序、scRNA-seq、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）等多种模态的单细胞数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习方法 | 单细胞数据 | 涉及人类、小鼠和COVID-19患者的单细胞图谱，数据来源多样且随新数据不断增长 |
| 132 | 2024-08-08 |
Loss of CASZ1 tumor suppressor linked to oncogenic subversion of neuroblastoma core regulatory circuitry
2022-10-15, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-05314-6
PMID:36243768
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研究论文 | 本文研究了神经母细胞瘤中核心调控电路（CRC）的癌基因颠覆与肿瘤抑制因子CASZ1丢失之间的关系 | 首次揭示了CASZ1肿瘤抑制因子与神经母细胞瘤核心调控电路之间的负反馈调节机制 | NA | 探讨CASZ1肿瘤抑制因子在神经母细胞瘤中的作用及其与核心调控电路的关系 | 神经母细胞瘤中的CASZ1肿瘤抑制因子和核心调控电路 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq | NA | RNA序列 | NA |
| 133 | 2024-08-08 |
Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL
2022-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33681-3
PMID:36241645
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAPITAL的方法，用于通过树对齐比较单细胞轨迹，能够自动比较分支轨迹 | CAPITAL方法能够实现复杂伪时间轨迹的全局对齐，特别是在处理分支轨迹方面相较于现有工具的创新 | NA | 开发一种新的方法来对齐不同单细胞RNA-seq数据集中的复杂伪时间轨迹 | 单细胞RNA-seq数据集中的伪时间轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 树对齐 | 数据集 | 合成数据集和真实骨髓细胞数据集 |
| 134 | 2024-08-08 |
CellCallEXT: Analysis of Ligand-Receptor and Transcription Factor Activities in Cell-Cell Communication of Tumor Immune Microenvironment
2022-Oct-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194957
PMID:36230879
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研究论文 | 本文介绍了CellCallEXT工具，该工具通过整合配体-受体（L-R）和转录因子（TF）活动信息，分析肿瘤免疫微环境中的细胞间通信 | CellCallEXT扩展了CellCall的功能，能够处理两种条件的比较，并整合了Reactome数据库和L-R-TF信号传导及基因调控数据集 | CellCall受限于组织中基因表达的特异性，且无法直接处理两种条件的比较 | 开发和验证一种新的工具，用于分析基于单细胞RNA测序数据的疾病中细胞间通信 | 肿瘤和免疫细胞微环境中的细胞间通信及相关的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及来自腺苷脱氨酶2缺乏症患者的scRNA-seq数据 |
| 135 | 2024-08-08 |
Early Mechanisms of Chemoresistance in Retinoblastoma
2022-Oct-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194966
PMID:36230889
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研究论文 | 本文研究了视网膜母细胞瘤对卡铂化疗产生早期耐药的分子机制 | 利用单细胞下一代RNA测序和单细胞条形码技术，发现了卡铂诱导的快速转录组重编程与PI3K-AKT通路目标的上调有关 | NA | 探讨视网膜母细胞瘤对卡铂化疗早期耐药的分子机制 | 低代次的人类视网膜母细胞瘤细胞 | NA | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞下一代RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 136 | 2024-08-08 |
Single-Cell Identification of Melanoma Biomarkers in Circulating Tumor Cells
2022-Oct-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194921
PMID:36230844
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研究论文 | 本文探讨了循环肿瘤细胞（CTCs）作为黑色素瘤生物标志物的潜力，并介绍了一种可行的单细胞CTC分离和分析方法 | 提出了一种临床可行的单细胞CTC分离和分析方法，克服了以往的限制 | NA | 研究黑色素瘤CTCs作为生物标志物的潜力 | 黑色素瘤患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 来自黑色素瘤患者的循环肿瘤细胞 |
| 137 | 2024-08-08 |
Global Transcriptional and Epigenetic Reconfiguration during Chemical Reprogramming of Human Retinal Pigment Epithelial Cells into Photoreceptor-like Cells
2022-10-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11193146
PMID:36231108
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研究论文 | 本文通过使用小分子化合物直接将人胎儿视网膜色素上皮细胞重编程为化学诱导的类光感受器细胞，并进行了转录组和表观遗传学的多组学分析 | 首次展示了通过小分子化合物有效诱导视网膜色素上皮细胞转化为类光感受器细胞，并揭示了这一过程中的转录和表观遗传变化 | 当前的重编程效率仍然较低，且分子机制尚未完全阐明 | 探讨视网膜色素上皮细胞向类光感受器细胞重编程的分子机制，为视网膜退行性疾病的治疗提供新的细胞来源 | 人胎儿视网膜色素上皮细胞及其重编程后的类光感受器细胞 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | RNA测序、甲基化测序 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 涉及大量和单细胞样本 |
| 138 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Associations between Genes and Cellular Topology in Breast and Prostate Cancers
2022-Oct-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194856
PMID:36230778
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研究论文 | 本文通过空间转录组学分析，揭示了乳腺癌和前列腺癌中基因与细胞拓扑结构之间的关联 | 首次通过空间转录组学技术，探讨了细胞基因表达与其空间关系之间的联系 | NA | 研究乳腺癌和前列腺癌中基因表达与细胞空间关系之间的关联 | 乳腺癌和前列腺癌中的基因与细胞拓扑结构 | 数字病理学 | 乳腺癌, 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | 700个图像拓扑特征在乳腺癌和前列腺癌空间转录组样本中 |
| 139 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analyses reveal distinct gene expression signatures of severe COVID-19 in the presence of clonal hematopoiesis
2022-10, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00866-1
PMID:36229591
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了克隆性造血（CHIP）在严重COVID-19患者中通过特定的基因表达程序影响免疫反应的机制 | 首次揭示了CHIP突变通过改变染色质结构，增强IFN-γ介导的炎症反应，从而增加严重COVID-19的风险 | NA | 探究CHIP在严重COVID-19中的免疫学特征及基因表达调控机制 | 严重COVID-19患者的单细胞转录组及CHIP相关的基因表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 外周血单个核细胞样本 |
| 140 | 2024-08-08 |
Plap-1 lineage tracing and single-cell transcriptomics reveal cellular dynamics in the periodontal ligament
2022-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201203
PMID:36245218
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研究论文 | 本研究通过Plap-1谱系追踪和单细胞转录组学揭示了牙周韧带中的细胞动态 | 首次鉴定了牙周韧带特异性细胞外基质蛋白Plap-1，并通过遗传谱系追踪和单细胞图谱定义了牙周韧带中的多种细胞群体及其在组织稳态和修复中的作用 | NA | 阐明牙周韧带中各种细胞类型的特征及其谱系层次 | 牙周韧带中的细胞类型及其在组织稳态和修复中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |