单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-08	A Novel Transcriptome Approach to the Investigation of the Molecular Pathology of Vitreous and Retinal Detachment 2022-10-18, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes13101885 PMID:36292771	综述	本文综述了玻璃体和视网膜脱离的分子病理学研究，特别关注了层粘连蛋白细胞在玻璃体后脱离及其相关视网膜破裂中的作用和转录组特征	本文首次识别并讨论了层粘连蛋白细胞这一新型细胞群体在病理玻璃体后脱离中的显著存在，并探讨了使用空间转录组学技术来克服传统RNA测序局限性的潜力	本文考虑了批量RNA测序的局限性，并讨论了使用空间转录组学技术来解决这些问题的可能性	理解玻璃体后脱离相关视网膜撕裂的发病机制，为开发新型治疗靶点和预防性治疗提供基础	玻璃体后脱离及其相关的视网膜脱离和撕裂	数字病理学	眼科疾病	RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
102	2024-08-08	Identification of Prognostic Gene Signatures by Developing a scRNA-Seq-Based Integration Approach to Predict Recurrence and Chemotherapy Benefit in Stage II-III Colorectal Cancer 2022-Oct-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232012460 PMID:36293319	研究论文	本文提出了一种基于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）的整合方法，用于识别和构建结直肠癌（CRC）的预后基因签名，以预测复发和化疗效果	本文创新性地提出了一种基于单细胞RNA测序的预后生物标志物识别方法，能够有效预测辅助化疗的益处	NA	旨在为II-III期结直肠癌患者在临床治疗前预测辅助治疗的益处	II-III期结直肠癌患者的预后和辅助化疗效果	数字病理学	结直肠癌	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
103	2024-08-08	Development of Single-Cell Transcriptomics and Its Application in COVID-19 2022-10-16, Viruses DOI:10.3390/v14102271 PMID:36298825	综述	本文综述了单细胞转录组学在COVID-19研究中的应用，探讨了SARS-CoV-2引发的免疫反应差异，并提供了改进COVID-19诊断和治疗方案的见解	利用单细胞测序技术在识别个体细胞间差异表达基因方面具有显著优势，有助于深入理解各种生理和病理过程	NA	深入理解COVID-19的临床表现及其背后的分子机制	SARS-CoV-2引发的免疫反应差异及COVID-19的诊断和治疗	单细胞测序	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
104	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics of Endothelial Cells in Upper and Lower Human Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2022-10-14, Current oncology (Toronto, Ont.) DOI:10.3390/curroncol29100607 PMID:36290884	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人体食管鳞状细胞癌中上部和下部内皮细胞的转录组，以寻找新的抗血管生成治疗靶点	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了食管鳞状细胞癌中上部和下部内皮细胞的差异表达基因，并分析了这些基因在血管生成和细胞运动中的作用	研究结果需要进一步的临床试验验证，以确定所识别的靶基因在抗血管生成治疗中的实际效果	寻找食管鳞状细胞癌中新的抗血管生成治疗靶点	食管鳞状细胞癌中的上部和下部内皮细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
105	2024-08-08	Intercellular Communication Reveals Therapeutic Potential of Epithelial-Mesenchymal Transition in Triple-Negative Breast Cancer 2022-Oct-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12101478 PMID:36291687	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了五名三阴性乳腺癌患者的8938个细胞基因表达谱，探讨了上皮-间质转化在三阴性乳腺癌中的治疗潜力及其细胞间通讯机制	首次通过单细胞RNA测序详细描述了三阴性乳腺癌中的上皮-间质转化过程，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞通过CXCL-CXCR2信号支持恶性上皮细胞侵袭的新机制	研究样本仅限于五名三阴性乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性	探讨上皮-间质转化在三阴性乳腺癌中的治疗潜力及其细胞间通讯机制	三阴性乳腺癌患者的细胞基因表达谱	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8938个细胞基因表达谱，来自五名三阴性乳腺癌患者
106	2024-08-08	Increased CD4+CD8+ Double Positive T Cells during Hantaan Virus Infection 2022-10-13, Viruses DOI:10.3390/v14102243 PMID:36298798	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序数据分析了汉坦病毒感染引起的出血热伴肾综合征患者中双阳性T细胞的变化及其作用	首次发现汉坦病毒感染导致外周血中双阳性T细胞的积累，并表明这些细胞属于CD8T细胞系，具有类似细胞毒性T细胞的特征并发挥抗病毒作用	NA	探索汉坦病毒感染期间双阳性T细胞的动态变化及其在疾病中的作用	汉坦病毒感染引起的出血热伴肾综合征患者中的双阳性T细胞	NA	出血热伴肾综合征	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	HFRS患者
107	2024-08-08	A Novel Algorithm for Feature Selection Using Penalized Regression with Applications to Single-Cell RNA Sequencing Data 2022-Oct-12, Biology DOI:10.3390/biology11101495 PMID:36290397	研究论文	本文分析并比较了多种基于惩罚回归的方法在单细胞RNA测序数据中的特征选择性能，并提出了一种新的算法	提出了一种新的特征选择算法，该算法通过选择一小部分基因并应用稀疏组套索（SGL）方法来识别差异表达基因，无需特定领域的基因分组知识	NA	研究并改进单细胞RNA测序数据中的特征选择方法	单细胞RNA测序数据中的基因（特征）选择	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	惩罚回归方法（如稀疏组套索SGL、岭回归、套索回归等）	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
108	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Profiling in Inherited Retinal Degeneration Reveals Distinct Metabolic Pathways in Rod and Cone Photoreceptors 2022-Oct-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232012170 PMID:36293024	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在遗传性视网膜变性的背景下，系统地绘制了小鼠视网膜在单细胞水平上的转录变化图谱	本研究首次在单细胞水平上揭示了遗传性视网膜变性中杆状和锥状光感受器的特定代谢途径变化	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类	旨在系统地映射遗传性视网膜变性中发生的转录变化	遗传性视网膜变性中的小鼠视网膜细胞	数字病理学	遗传性视网膜变性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	43,979个单独细胞，分为20个不同的集群
109	2024-08-08	COVID-GWAB: A Web-Based Prediction of COVID-19 Host Genes via Network Boosting of Genome-Wide Association Data 2022-10-09, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom12101446 PMID:36291657	研究论文	本文介绍了COVID-GWAB，一个基于网络的工具，用于通过整合独立的功能信息来增强COVID-19患者的GWAS信号，并重新优先考虑候选宿主基因	通过整合分子相互作用等独立功能信息，增强弱关联信号，克服传统GWAS的统计能力限制	NA	研究影响COVID-19易感性和反应的宿主基因遗传因素	COVID-19患者的宿主基因	生物信息学	COVID-19	GWAS	NA	基因组数据	NA
110	2024-08-08	Global genome decompaction leads to stochastic activation of gene expression as a first step toward fate commitment in human hematopoietic cells 2022-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001849 PMID:36288293	研究论文	研究人类造血细胞在分化过程中基因表达激活的机制及其对命运承诺的影响	首次揭示了全局基因组解压缩作为命运承诺第一步的随机基因表达激活机制	研究主要集中在单个细胞层面，未涉及细胞群体层面的动态变化	理解人类造血细胞从多谱系预备状态建立和退出的机制	人类脐带血来源的CD34+细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和ATAC-seq	NA	基因组数据	未明确具体样本数量
111	2024-08-08	Single-cell transcriptomics in planaria: new tools allow new insights into cellular and evolutionary features 2022-10-31, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20210825 PMID:36281987	综述	本文综述了单细胞转录组学在淡水涡虫中的应用，以及这些新技术如何帮助我们深入理解细胞和进化特征	介绍了单细胞转录组学在淡水涡虫中的最新进展和应用，包括板式方法、纳米滴方法和原位条形码方法	NA	回顾单细胞转录组学在淡水涡虫中的应用，并展望未来的研究方向	淡水涡虫的细胞类型及其分化轨迹	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
112	2024-08-08	Treatment with an antigen-specific dual microparticle system reverses advanced multiple sclerosis in mice 2022-10-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2205417119 PMID:36256820	研究论文	本研究使用特定抗原的双尺寸微粒（dMP）治疗系统，成功逆转了小鼠晚期实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的后肢瘫痪	该治疗方法通过影响树突状细胞、巨噬细胞、B细胞和微胶质细胞中的MHC II抗原呈递途径，减少了中枢神经系统（CNS）的免疫细胞浸润、脱髓鞘和炎症细胞因子水平	当B细胞缺失时，治疗效果减弱，表明B细胞在此疗法中的重要作用	探索特定抗原疗法在治疗多发性硬化症等自身免疫性疾病中的应用	小鼠晚期实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠
113	2024-08-08	An asparagine metabolism-based classification reveals the metabolic and immune heterogeneity of hepatocellular carcinoma 2022-10-25, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-022-01380-z PMID:36284275	研究论文	本研究基于天冬酰胺代谢水平对肝细胞癌（HCC）患者进行分类，并探讨其代谢和免疫异质性	首次详细探讨了天冬酰胺代谢在HCC中的状态及其相关机制，并发现GOT2作为潜在的预后标志物和治疗靶点	NA	探讨肝细胞癌中天冬酰胺代谢的状态及其相关机制，并寻找潜在的预后标志物和治疗靶点	肝细胞癌患者及其天冬酰胺代谢水平	数字病理学	肝癌	共识聚类、最小绝对收缩与选择算子回归、基因本体论分析、京都基因与基因组百科全书分析、基因集富集分析、CIBERSORT算法、单细胞RNA测序	UMAP	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自三个队列的HCC样本
114	2024-08-08	Combining denoising of RNA-seq data and flux balance analysis for cluster analysis of single cells 2022-Oct-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04967-6 PMID:36284276	研究论文	本文研究了去噪策略在单细胞RNA测序数据预处理中的作用，并将其应用于代谢网络分析和单细胞聚类分析	首次探讨了去噪策略在整合单细胞RNA测序数据到代谢网络分析中的应用，并展示了去噪对恢复重要代谢特性的效果	NA	研究去噪策略在单细胞RNA测序数据预处理中的作用，并探讨其对代谢表型聚类分析的影响	单细胞RNA测序数据的去噪处理及其在代谢网络分析中的应用	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	三个公共单细胞RNA测序数据集
115	2024-08-08	A single-cell transcriptomic inventory of murine smooth muscle cells 2022-10-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.09.015 PMID:36283392	研究论文	本文通过深度单细胞RNA测序结合原位基因和蛋白表达分析，研究了小鼠心脏、主动脉、肺和结肠中平滑肌细胞的分子基础	首次揭示了血管、内脏和气道平滑肌细胞之间的高水平差异，以及弹性动脉和肌性动脉平滑肌细胞之间的细微差异	NA	探索平滑肌细胞在不同器官系统中的分子差异	小鼠的平滑肌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及心脏、主动脉、肺和结肠四个器官
116	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis highlights origin and pathological process of human endometrioid endometrial carcinoma 2022-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33982-7 PMID:36273006	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了正常子宫内膜、非典型子宫内膜增生和子宫内膜样子宫内膜癌的细胞，揭示了子宫内膜癌的起源和病理过程	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了子宫内膜样子宫内膜癌起源于子宫内膜上皮细胞而非基质细胞，并识别了LCN2+/SAA1/2+细胞作为子宫内膜癌变的一个特征性亚群	NA	阐明子宫内膜样子宫内膜癌发展过程中细胞群体的演变	正常子宫内膜、非典型子宫内膜增生和子宫内膜样子宫内膜癌的细胞	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
117	2024-08-08	Single-cell sequencing deconvolutes cellular responses to exercise in human skeletal muscle 2022-10-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04088-z PMID:36273106	研究论文	本文利用单细胞测序技术研究了人类骨骼肌在剧烈运动前后细胞组成和细胞类型特异性过程的变化	首次通过单细胞测序揭示了运动对骨骼肌细胞类型特异性适应机制的影响	NA	探究运动对人类骨骼肌细胞类型特异性适应机制的影响	人类骨骼肌细胞在运动前后的变化	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	15个细胞集群，来自6种不同的细胞群体
118	2024-08-08	Gossypetin ameliorates 5xFAD spatial learning and memory through enhanced phagocytosis against Aβ 2022-10-21, Alzheimer's research & therapy DOI:10.1186/s13195-022-01096-3 PMID:36271414	研究论文	研究探讨了gossypetin通过增强小胶质细胞对Aβ的吞噬作用，改善5xFAD小鼠的空间学习和记忆能力	gossypetin能够增强小胶质细胞对Aβ的吞噬活性，减少其胶质化，并增加MHC II+小胶质细胞群体	NA	探索gossypetin作为治疗阿尔茨海默病（AD）的新型潜在治疗候选药物	5xFAD AD模型小鼠	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	实验涉及5xFAD AD模型小鼠，进行了13周的gossypetin治疗
119	2024-08-08	scRNA-sequencing reveals subtype-specific transcriptomic perturbations in DRG neurons of PirtEGFPf mice in neuropathic pain condition 2022-10-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76063 PMID:36264609	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在神经病理性疼痛条件下，PirtEGFPf小鼠背根神经节（DRG）神经元的亚型特异性转录组扰动	首次揭示了神经病理性疼痛条件下DRG神经元的亚型特异性转录组变化，并发现了性别差异在转录组水平上的表现	研究仅限于特定的小鼠模型和特定的神经损伤模型，可能限制了结果的普遍性	探究神经病理性疼痛条件下DRG神经元的转录组变化，以期发现新的治疗靶点和优化神经病理性疼痛治疗	PirtEGFPf小鼠的背根神经节（DRG）神经元	数字病理学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及多个DRG神经元亚型和性别的小鼠样本
120	2024-08-08	Blood monocyte-derived CD169+ macrophages contribute to antitumor immunity against glioblastoma 2022-10-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34001-5 PMID:36266311	研究论文	本文研究了血液单核细胞来源的CD169+巨噬细胞在对抗胶质母细胞瘤（GBM）中的抗肿瘤免疫作用	本文首次鉴定了一种促进抗肿瘤微环境的CD169巨噬细胞亚群，并揭示了其通过产生促炎性趋化因子吸引T细胞和NK细胞的机制	NA	研究肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在胶质母细胞瘤免疫治疗中的作用	CD169+巨噬细胞及其在胶质母细胞瘤中的作用	NA	脑瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组	人类和小鼠的胶质瘤样本