单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 259 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-07 |
scGWAS: landscape of trait-cell type associations by integrating single-cell transcriptomics-wide and genome-wide association studies
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02785-w
PMID:36253801
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGWAS的新方法，通过整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联 | scGWAS利用单细胞RNA测序数据，推断疾病相关基因在哪些细胞类型中表现，并构建细胞模块，暗示疾病特异性激活的不同过程 | scGWAS仅使用每种细胞类型的平均基因表达，并通过虚拟搜索过程构建模块分数的零分布，这可能限制了其对复杂数据模式的解析能力 | 开发一种新方法，整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联 | 单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 40个全基因组关联研究数据集（平均样本量约为154,000）和18个单细胞RNA测序数据集（总计108万细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-09-07 |
Telocytes regulate macrophages in periodontal disease
2022-10-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.72128
PMID:36193890
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研究论文 | 研究探讨了牙周组织中成纤维细胞（TCs）在调节巨噬细胞活性中的作用 | 首次揭示了成纤维细胞在牙周炎中通过HGF/Met信号通路调节巨噬细胞行为的机制 | 研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨成纤维细胞在牙周炎中对巨噬细胞的调节作用 | 成纤维细胞和巨噬细胞在牙周组织中的相互作用 | NA | 牙周病 | scRNA-seq和谱系追踪 | NA | 细胞数据 | 鼠类牙周组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-09-07 |
LRRC15 inhibits SARS-CoV-2 cellular entry in trans
2022-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001805
PMID:36228039
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研究论文 | 研究通过CRISPR激活筛选技术，发现LRRC15是SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子 | 首次发现LRRC15作为SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子，并揭示其在COVID-19患者病理纤维细胞中的表达 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证 | 识别和验证SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子 | LRRC15在SARS-CoV-2进入细胞中的作用及其在COVID-19患者中的表达 | NA | 呼吸系统疾病 | CRISPR激活筛选技术 | NA | RNA测序数据 | 人类肺部单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-09-06 |
Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer
2022-10-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009
PMID:36220074
|
研究论文 | 本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用 | 开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号 | NA | 研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响 | 胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 两个胰腺癌患者队列 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-09-06 |
Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression
2022-Oct-07, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194915
PMID:36230839
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研究论文 | 本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强 | 本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性 | 本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证 | 研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠和人类数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-09-06 |
Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia
2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-01167-9
PMID:36202780
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制 | 首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式 | 研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较 | 探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制 | ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-09-06 |
SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression
2022-10-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04020-5
PMID:36202992
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达 | SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性 | NA | 开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达 | 转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-09-06 |
Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer
2022-10-05, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1248
PMID:35849783
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析了胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的状态轨迹 | 首次通过单细胞转录组和T细胞受体分析，揭示了胰腺癌中TIL的20种细胞状态及其异质性分布 | 研究样本量有限，且仅限于胰腺导管腺癌（PDAC），可能无法完全代表所有胰腺癌类型 | 生成胰腺癌中T细胞亚群的参考框架，为未来的免疫治疗提供依据 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 80,000个T细胞，来自57个PDAC样本和22个未受累/正常样本 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-09-06 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer
2022-10-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-01150-4
PMID:36195615
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术分析了小细胞肺癌的肿瘤异质性 | 揭示了小细胞肺癌中恶性细胞的多样性状态，并发现了非神经内分泌肿瘤与免疫检查点抑制剂反应的关系 | 样本量相对较小，仅包括11名患者 | 深入理解小细胞肺癌的生物学特性，并为开发新的治疗方法提供基础 | 小细胞肺癌患者的原发肿瘤和匹配的正常邻近组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 约5000个单细胞，来自11名小细胞肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-09-06 |
Scalable workflow for characterization of cell-cell communication in COVID-19 patients
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010495
PMID:36197936
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研究论文 | 本文开发了一种可扩展的工作流程，用于识别COVID-19患者中不同疾病结果下细胞间的差异性相互作用 | 提出了一个通用且可扩展的工作流程，用于分析COVID-19患者中细胞间相互作用的差异 | 研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，可能无法完全代表所有COVID-19患者的细胞间相互作用 | 理解COVID-19患者中细胞间相互作用的模式，并探索这些模式与疾病严重程度的关系 | COVID-19患者的细胞间相互作用 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 211个个体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-09-06 |
Variant calling enhances the identification of cancer cells in single-cell RNA sequencing data
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010576
PMID:36191033
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研究论文 | 本文通过结合变异检测和潜在驱动变异的识别，扩展了现有方法，以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别 | 本文创新性地将变异检测引入单细胞RNA测序数据分析，以识别潜在的驱动变异，从而提高癌细胞的识别准确性 | 本文未详细讨论变异检测方法的具体局限性，以及在不同类型癌症样本中的适用性 | 本文旨在通过结合变异检测，扩展现有方法以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别 | 本文研究对象为单细胞RNA测序数据中的癌细胞和正常细胞 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-09-06 |
The Polar Fox Lagoon in Siberia harbours a community of Bathyarchaeota possessing the potential for peptide fermentation and acetogenesis
2022-Oct, Antonie van Leeuwenhoek
DOI:10.1007/s10482-022-01767-z
PMID:35947314
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研究论文 | 研究分析了西伯利亚北极狐泻湖沉积物中十九个Bathyarchaeota的草图基因组，揭示了这些古菌在低温缺氧环境中的代谢潜力 | 首次详细分析了北极狐泻湖沉积物中Bathyarchaeota的基因组，揭示了其潜在的肽发酵和乙酸生成能力 | 缺乏对这些古菌代谢途径的完整理解，特别是氢代谢和共生关系的证据不足 | 研究Bathyarchaeota在北极狐泻湖沉积物中的代谢潜力及其对温室气体排放的影响 | 北极狐泻湖沉积物中的Bathyarchaeota | NA | NA | 宏基因组学和单细胞测序 | NA | 基因组 | 十九个草图基因组 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-09-06 |
Fast and highly sensitive full-length single-cell RNA sequencing using FLASH-seq
2022-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01312-3
PMID:35637419
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研究论文 | 介绍了一种名为FLASH-seq的单细胞全长RNA测序方法，该方法比Smart-seq3具有更高的灵敏度和更短的操作时间 | FLASH-seq方法能够在约4.5小时内完成整个测序过程，易于自动化和小型化，减少资源消耗，并能使用独特分子标识符（UMIs）进行分子计数，同时减少链入侵伪影 | NA | 开发一种快速且高灵敏度的单细胞全长RNA测序方法 | 单细胞RNA测序方法的灵敏度和操作时间 | 基因测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-05 |
CTpathway: a CrossTalk-based pathway enrichment analysis method for cancer research
2022-10-13, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01119-6
PMID:36229842
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研究论文 | CTpathway是一种基于交叉通路的通路富集分析方法，适用于癌症研究 | CTpathway整合了路径交叉、分子相互作用和网络拓扑等关键路径特征，从而提供了一种新的PEA方法 | 现有的PEA方法未能充分整合必要的路径特征，导致许多风险路径未被调查 | 研究通路富集分析方法以识别癌症的风险路径 | 通过基因差异表达和交叉效应分析风险基因及其富集的风险路径 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | 基因表达谱 | 超过8300个表达谱覆盖十种癌症组织和血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-05 |
Anti-diabetic drug canagliflozin hinders skeletal muscle regeneration in mice
2022-Oct, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-022-00878-7
PMID:35217814
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研究论文 | 这篇文章探讨了抗糖尿病药物canagliflozin对小鼠骨骼肌再生的影响 | 首次揭示了canagliflozin在骨骼肌再生中的负面作用以及LARS2在肌肉干细胞中的关键角色 | 主要研究了小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 研究canagliflozin对小鼠缺血性下肢肌肉再生的影响 | 小鼠和C2C12肌母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 肌肉组织和细胞数据 | 小鼠模型和细胞实验的具体样本量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-05 |
High-resolution transcriptomics informs glial pathology in human temporal lobe epilepsy
2022-10-23, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-022-01453-1
PMID:36274170
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研究论文 | 本研究验证了一种从人类大脑皮层中同时分离神经元、星形胶质细胞和少突胶质前体细胞的方法，并研究了与颞叶癫痫相关的转录组特征 | 首次揭示了颞叶癫痫中特异性混合胶质亚群的存在，并表明其表达反应性星形胶质细胞和少突胶质细胞的特征 | 样本数量较小，可能影响结果的广泛适用性 | 研究癫痫中的神经元和胶质细胞之间的复杂相互作用及其转录组特征 | 从癫痫手术样本中分离的神经元和胶质细胞群体 | 数字病理学 | 癫痫 | RNA-seq，单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 包含四个额外的人类TLE样本和对照样本 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-05 |
Delineating the transcriptional landscape and clonal diversity of virus-specific CD4+ T cells during chronic viral infection
2022-10-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.80079
PMID:36255051
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研究论文 | 本文研究了慢性病毒感染过程中病毒特异性CD4 T细胞的转录景观和克隆多样性 | 识别了在感染高峰期形成的Th1、Tfh和记忆样T细胞亚群中多个转录明显不同的状态，包括一个新的具有细胞杀伤特征的Slamf7亚群 | 尚未充分研究细胞内因子如TCR使用对CD4 T细胞命运承诺的影响 | 探究慢性病毒感染中CD4 T细胞的转录特征及其克隆多样性 | 病毒特异性CD4 T细胞，孤立于慢性淋巴细胞脉络膜脑膜炎病毒感染的小鼠 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-05 |
Comprehensive Characterization of the Multiple Myeloma Immune Microenvironment Using Integrated scRNA-seq, CyTOF, and CITE-seq Analysis
2022-10, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0022
PMID:36969740
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研究论文 | 本文对多发性骨髓瘤的免疫微环境进行了全面表征 | 结合使用了单细胞RNA测序、质谱细胞术和CITE-seq分析，揭示了不同检测方法之间的一致性和差异性 | 缺乏对更多样本的分析，且结果需要在更大规模的项目中进一步验证 | 理解多发性骨髓瘤骨髓样本中免疫细胞的特征 | 来自18名患者的多发性骨髓瘤骨髓样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, CyTOF, CITE-seq | NA | RNA | 18名患者的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-05 |
Zebrafish neuromesodermal progenitors undergo a critical state transition in vivo
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105216
PMID:36274939
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研究论文 | 本文评估了斑马鱼神经中胚层祖细胞在脊肠和旁轴中胚层分化前的转变状态模型 | 本研究通过构建复合基因表达图谱，展示了细胞群体异质性在关键时间点的变化，为转变状态模型提供了支持 | 研究仅集中于斑马鱼，可能无法直接推广到其他物种 | 探讨神经中胚层祖细胞的基因表达变化与分化之间的关系 | 斑马鱼神经中胚层祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了一个18ss的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-05 |
Imputation of Human Primary Osteoblast Single Cell RNA-Seq Data Identified Three Novel Osteoblastic Subtypes
2022-10-31, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2710295
PMID:36336853
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研究论文 | 该文章主要探讨了人类原代成骨细胞的单细胞RNA测序数据，识别出了三种新的成骨细胞亚型 | 文章创新点在于通过impute方法发现了三种新的成骨细胞亚型，包括成骨细胞祖细胞和两种未确定的成骨细胞 | 研究可能受到样本类型和数量的限制，导致结果的普遍性尚待验证 | 研究的目的是深入了解人类成骨细胞的异质性及其潜在生物功能 | 研究对象为新鲜分离的人类成骨细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 新鲜分离的人类成骨细胞样本数据集 | NA | NA | NA | NA |