单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-07	Single-cell profiling reveals distinct adaptive immune hallmarks in MDA5+ dermatomyositis with therapeutic implications 2022-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34145-4 PMID:36309526	研究论文	通过单细胞RNA测序、流式细胞术和多重免疫组化技术，研究了MDA5阳性皮肌炎患者的免疫特征，揭示了其与治疗相关的免疫标志	首次通过单细胞RNA测序等技术详细描述了MDA5阳性皮肌炎的免疫特征，并发现了与预后相关的免疫标志	研究样本仅限于一名患者，可能影响结果的普适性	揭示MDA5阳性皮肌炎的免疫病理特征，并为未来个性化治疗提供基础	MDA5阳性皮肌炎患者的周围B细胞、T细胞及受影响的肺组织	免疫学	皮肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化	NA	RNA	一名患者
22	2024-09-07	Smoking modulates different secretory subpopulations expressing SARS-CoV-2 entry genes in the nasal and bronchial airways 2022-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17832-6 PMID:36307504	研究论文	研究吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响	首次在大规模队列中比较鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因的表达差异，并揭示吸烟状态对这些基因表达的影响	研究仅限于鼻腔和支气管样本，未涵盖其他可能影响SARS-CoV-2感染的组织或器官	探讨吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响及其对疾病严重程度的可能影响	鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	793个鼻腔样本和1673个支气管样本
23	2024-09-07	The oncogenic fusion protein DNAJB1-PRKACA can be specifically targeted by peptide-based immunotherapy in fibrolamellar hepatocellular carcinoma 2022-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33746-3 PMID:36302754	研究论文	研究报道了针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的肽基免疫疗法的识别、特征和应用	首次报道了针对DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法，并展示了其在临床上的有效性	研究仅基于单一患者的数据，需要进一步的临床试验验证	探索针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法	DNAJB1-PRKACA融合蛋白及其衍生的新抗原	NA	肝细胞癌	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	单一患者
24	2024-09-07	ReadZS detects cell type-specific and developmentally regulated RNA processing programs in single-cell RNA-seq 2022-10-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02795-8 PMID:36284317	研究论文	本文介绍了一种名为ReadZS的无注释统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别受调控的RNA加工过程	ReadZS方法不依赖于预先存在的注释，避免了传统方法中对峰值调用启发式和细胞类型聚合测量的依赖	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性和发育调控的RNA加工程序	人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程中的RNA加工过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程的样本
25	2024-09-07	Evaluation of cell-cell interaction methods by integrating single-cell RNA sequencing data with spatial information 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02783-y PMID:36253792	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与空间信息，评估了16种细胞间相互作用方法	提出了利用空间距离分布来评估细胞间相互作用工具的新方法	研究主要基于模拟数据和少量真实数据，可能影响结果的普适性	评估现有的细胞间相互作用方法，并提出一种新的评估框架	16种细胞间相互作用方法的性能	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	NA	RNA测序数据	15个模拟数据集和5个真实数据集
26	2024-09-07	scGWAS: landscape of trait-cell type associations by integrating single-cell transcriptomics-wide and genome-wide association studies 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02785-w PMID:36253801	研究论文	本文介绍了一种名为scGWAS的新方法，通过整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	scGWAS利用单细胞RNA测序数据，推断疾病相关基因在哪些细胞类型中表现，并构建细胞模块，暗示疾病特异性激活的不同过程	scGWAS仅使用每种细胞类型的平均基因表达，并通过虚拟搜索过程构建模块分数的零分布，这可能限制了其对复杂数据模式的解析能力	开发一种新方法，整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	40个全基因组关联研究数据集（平均样本量约为154,000）和18个单细胞RNA测序数据集（总计108万细胞）
27	2024-09-07	Telocytes regulate macrophages in periodontal disease 2022-10-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72128 PMID:36193890	研究论文	研究探讨了牙周组织中成纤维细胞（TCs）在调节巨噬细胞活性中的作用	首次揭示了成纤维细胞在牙周炎中通过HGF/Met信号通路调节巨噬细胞行为的机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨成纤维细胞在牙周炎中对巨噬细胞的调节作用	成纤维细胞和巨噬细胞在牙周组织中的相互作用	NA	牙周病	scRNA-seq和谱系追踪	NA	细胞数据	鼠类牙周组织样本
28	2024-09-07	LRRC15 inhibits SARS-CoV-2 cellular entry in trans 2022-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001805 PMID:36228039	研究论文	研究通过CRISPR激活筛选技术，发现LRRC15是SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	首次发现LRRC15作为SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子，并揭示其在COVID-19患者病理纤维细胞中的表达	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	识别和验证SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	LRRC15在SARS-CoV-2进入细胞中的作用及其在COVID-19患者中的表达	NA	呼吸系统疾病	CRISPR激活筛选技术	NA	RNA测序数据	人类肺部单细胞RNA测序数据
29	2024-09-06	Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer 2022-10-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009 PMID:36220074	研究论文	本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用	开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号	NA	研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响	胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	两个胰腺癌患者队列
30	2024-09-06	Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression 2022-Oct-07, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14194915 PMID:36230839	研究论文	本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强	本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性	本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证	研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和人类数据集
31	2024-09-06	Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia 2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01167-9 PMID:36202780	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制	首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式	研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较	探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制	ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本
32	2024-09-06	SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression 2022-10-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04020-5 PMID:36202992	研究论文	本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达	SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性	NA	开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达	转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	多个数据集
33	2024-09-06	Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer 2022-10-05, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1248 PMID:35849783	研究论文	研究通过单细胞测序分析了胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的状态轨迹	首次通过单细胞转录组和T细胞受体分析，揭示了胰腺癌中TIL的20种细胞状态及其异质性分布	研究样本量有限，且仅限于胰腺导管腺癌（PDAC），可能无法完全代表所有胰腺癌类型	生成胰腺癌中T细胞亚群的参考框架，为未来的免疫治疗提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	80,000个T细胞，来自57个PDAC样本和22个未受累/正常样本
34	2024-09-06	Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer 2022-10-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01150-4 PMID:36195615	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了小细胞肺癌的肿瘤异质性	揭示了小细胞肺癌中恶性细胞的多样性状态，并发现了非神经内分泌肿瘤与免疫检查点抑制剂反应的关系	样本量相对较小，仅包括11名患者	深入理解小细胞肺癌的生物学特性，并为开发新的治疗方法提供基础	小细胞肺癌患者的原发肿瘤和匹配的正常邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约5000个单细胞，来自11名小细胞肺癌患者
35	2024-09-06	Scalable workflow for characterization of cell-cell communication in COVID-19 patients 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010495 PMID:36197936	研究论文	本文开发了一种可扩展的工作流程，用于识别COVID-19患者中不同疾病结果下细胞间的差异性相互作用	提出了一个通用且可扩展的工作流程，用于分析COVID-19患者中细胞间相互作用的差异	研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，可能无法完全代表所有COVID-19患者的细胞间相互作用	理解COVID-19患者中细胞间相互作用的模式，并探索这些模式与疾病严重程度的关系	COVID-19患者的细胞间相互作用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	211个个体样本
36	2024-09-06	Variant calling enhances the identification of cancer cells in single-cell RNA sequencing data 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010576 PMID:36191033	研究论文	本文通过结合变异检测和潜在驱动变异的识别，扩展了现有方法，以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别	本文创新性地将变异检测引入单细胞RNA测序数据分析，以识别潜在的驱动变异，从而提高癌细胞的识别准确性	本文未详细讨论变异检测方法的具体局限性，以及在不同类型癌症样本中的适用性	本文旨在通过结合变异检测，扩展现有方法以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别	本文研究对象为单细胞RNA测序数据中的癌细胞和正常细胞	基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
37	2024-09-06	The Polar Fox Lagoon in Siberia harbours a community of Bathyarchaeota possessing the potential for peptide fermentation and acetogenesis 2022-Oct, Antonie van Leeuwenhoek DOI:10.1007/s10482-022-01767-z PMID:35947314	研究论文	研究分析了西伯利亚北极狐泻湖沉积物中十九个Bathyarchaeota的草图基因组，揭示了这些古菌在低温缺氧环境中的代谢潜力	首次详细分析了北极狐泻湖沉积物中Bathyarchaeota的基因组，揭示了其潜在的肽发酵和乙酸生成能力	缺乏对这些古菌代谢途径的完整理解，特别是氢代谢和共生关系的证据不足	研究Bathyarchaeota在北极狐泻湖沉积物中的代谢潜力及其对温室气体排放的影响	北极狐泻湖沉积物中的Bathyarchaeota	NA	NA	宏基因组学和单细胞测序	NA	基因组	十九个草图基因组
38	2024-09-06	Fast and highly sensitive full-length single-cell RNA sequencing using FLASH-seq 2022-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01312-3 PMID:35637419	研究论文	介绍了一种名为FLASH-seq的单细胞全长RNA测序方法，该方法比Smart-seq3具有更高的灵敏度和更短的操作时间	FLASH-seq方法能够在约4.5小时内完成整个测序过程，易于自动化和小型化，减少资源消耗，并能使用独特分子标识符（UMIs）进行分子计数，同时减少链入侵伪影	NA	开发一种快速且高灵敏度的单细胞全长RNA测序方法	单细胞RNA测序方法的灵敏度和操作时间	基因测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
39	2024-08-05	CTpathway: a CrossTalk-based pathway enrichment analysis method for cancer research 2022-10-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01119-6 PMID:36229842	研究论文	CTpathway是一种基于交叉通路的通路富集分析方法，适用于癌症研究	CTpathway整合了路径交叉、分子相互作用和网络拓扑等关键路径特征，从而提供了一种新的PEA方法	现有的PEA方法未能充分整合必要的路径特征，导致许多风险路径未被调查	研究通路富集分析方法以识别癌症的风险路径	通过基因差异表达和交叉效应分析风险基因及其富集的风险路径	数字病理学	癌症	RNA-seq	NA	基因表达谱	超过8300个表达谱覆盖十种癌症组织和血液样本
40	2024-08-05	Anti-diabetic drug canagliflozin hinders skeletal muscle regeneration in mice 2022-Oct, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-022-00878-7 PMID:35217814	研究论文	这篇文章探讨了抗糖尿病药物canagliflozin对小鼠骨骼肌再生的影响	首次揭示了canagliflozin在骨骼肌再生中的负面作用以及LARS2在肌肉干细胞中的关键角色	主要研究了小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况	研究canagliflozin对小鼠缺血性下肢肌肉再生的影响	小鼠和C2C12肌母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	肌肉组织和细胞数据	小鼠模型和细胞实验的具体样本量未提及