单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 259 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-10-04 |
Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney
2022-10-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161078
PMID:36066976
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研究论文 | 研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化 | 研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制 | 探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化 | 肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-09-30 |
Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203040
PMID:35986392
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研究论文 | 使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征 | 研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路 | 宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 基因表达数据 | 少量样本，具体数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-09-30 |
Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105163
PMID:36217547
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制 | 首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因 | NA | 揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制 | 小鼠T淋巴细胞的糖链表型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习模型 | 转录组数据和糖链数据 | 小鼠T淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-09-30 |
Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02774-z
PMID:36253828
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研究论文 | 本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪 | 提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差 | NA | 解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题 | 单细胞Hi-C数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C | 深度生成模型 | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-09-17 |
Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation
2022-10, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01179-9
PMID:36138229
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研究论文 | 本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响 | 首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制 | 研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小 | 探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应 | DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 基因型、转录组、甲基化组 | 少量DNMT3A R882突变个体 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-09-15 |
TIST: Transcriptome and Histopathological Image Integrative Analysis for Spatial Transcriptomics
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.012
PMID:36549467
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研究论文 | 提出了一种名为TIST的新方法，通过整合转录组数据和组织病理学图像来分析空间转录组数据，以识别空间聚类并增强基因表达模式 | TIST方法通过马尔可夫随机场（MRF）提取组织病理学特征，并将这些特征与转录组数据和位置信息整合，形成TIST-net网络，从而增强空间基因表达模式 | NA | 开发一种新的空间转录组数据分析方法，以减少技术噪声并提高分辨率 | 空间转录组数据和匹配的组织病理学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 马尔可夫随机场（MRF） | 图像和转录组数据 | 32个真实样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-09-15 |
Application of Deep Learning on Single-cell RNA Sequencing Data Analysis: A Review
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.011
PMID:36528240
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综述 | 本文综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 深度学习能够从噪声大、异质性强和高维度的单细胞RNA测序数据中提取信息丰富且紧凑的特征，从而改进下游分析 | 当前深度学习方法在单细胞RNA测序数据分析中面临挑战，需要进一步改进算法 | 综述近期开发的深度学习技术在单细胞RNA测序数据分析中的应用，并探讨其相对于传统分析工具的优势 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-09-13 |
CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells
2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac599
PMID:36063454
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研究论文 | 本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响 | CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解 | 现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响 | 揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响 | 高变异基因的细胞间表达变异性 | 生物信息学 | NA | 空间转录组 | 偏最小二乘回归 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-09-13 |
ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer
2022-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33521-4
PMID:36207295
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研究论文 | 研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响 | 首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性 | NA | 探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响 | ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-09-10 |
Randomized phase I trial of antigen-specific tolerizing immunotherapy with peptide/calcitriol liposomes in ACPA+ rheumatoid arthritis
2022-10-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.160964
PMID:36278483
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研究论文 | 本文探讨了DEN-181（包含胶原蛋白II259-273肽和NF-κB抑制剂1,25-二羟基胆钙化醇的脂质体）在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性、药代动力学和免疫学及临床效果 | 本文首次评估了DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性，并发现其能减少Cit-Vim特异性T细胞和ACPA VDG，增加CII特异性T细胞 | 本文为初步研究，样本量较小，且为单次剂量递增试验，需进一步研究以验证其长期效果和剂量效应 | 评估DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性 | ACPA阳性类风湿性关节炎患者 | NA | 类风湿性关节炎 | 单细胞测序 | NA | 血液样本 | 17名HLA-DRB1*04:01+或*01:01+ ACPA阳性类风湿性关节炎患者 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-09-10 |
Uncovering the dynamic effects of DEX treatment on lung cancer by integrating bioinformatic inference and multiscale modeling of scRNA-seq and proteomics data
2022-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105999
PMID:35998480
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学推断和多尺度建模，探讨了DEX治疗对肺癌的动态效应 | 创新性地结合了生物信息学和系统生物学方法，开发了多尺度模型来模拟DEX治疗对肺癌细胞的影响，并提供了一个名为BIMM的用户友好工具 | NA | 探讨DEX治疗对肺癌的动态效应及其潜在的临床应用 | 肺癌细胞A549在DEX治疗后的基因表达和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | 肺癌 | scRNA-seq, 蛋白质组学 | 多尺度模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 肺癌细胞A549的时间序列数据 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-09-07 |
The Single-Cell Revelation of Thermogenic Adipose Tissue
2022-Oct-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2022.0092
PMID:36254709
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在揭示产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的应用 | 利用单细胞转录组学技术，揭示了产热脂肪组织的复杂细胞网络和组成动态 | NA | 总结和评估单细胞转录组学在理解产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的贡献 | 产热脂肪组织 | NA | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-09-07 |
A missense variant in the nuclear localization signal of DKC1 causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome
2022-Oct-30, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-022-00335-8
PMID:36309505
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研究论文 | 本文报道了一个位于DKC1基因核定位信号区域的错义突变导致Hoyeraal-Hreidarsson综合征的病例 | 首次发现DKC1基因核定位信号区域的突变与Hoyeraal-Hreidarsson综合征相关，并提供了治疗方案 | 样本量较小，仅限于一个家庭的男性兄弟 | 研究DKC1基因突变在Hoyeraal-Hreidarsson综合征中的作用及潜在治疗方案 | DKC1基因突变、Hoyeraal-Hreidarsson综合征患者及其诱导多能干细胞 | NA | 遗传性皮肤病 | 单细胞RNA测序、诱导多能干细胞培养 | NA | RNA | 一个家庭的两位男性兄弟 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-09-07 |
De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution
2022-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34271-z
PMID:36310179
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据 | Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性 | NA | 揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程 | 批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 深度学习框架 | RNA-seq数据 | 来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-09-07 |
Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data
2022-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34277-7
PMID:36310235
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应 | scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测 | NA | 开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应 | 单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq | 深度迁移学习框架 | 基因表达数据 | 六个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-09-07 |
Single-cell profiling reveals distinct adaptive immune hallmarks in MDA5+ dermatomyositis with therapeutic implications
2022-10-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34145-4
PMID:36309526
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、流式细胞术和多重免疫组化技术，研究了MDA5阳性皮肌炎患者的免疫特征，揭示了其与治疗相关的免疫标志 | 首次通过单细胞RNA测序等技术详细描述了MDA5阳性皮肌炎的免疫特征，并发现了与预后相关的免疫标志 | 研究样本仅限于一名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示MDA5阳性皮肌炎的免疫病理特征，并为未来个性化治疗提供基础 | MDA5阳性皮肌炎患者的周围B细胞、T细胞及受影响的肺组织 | 免疫学 | 皮肌炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化 | NA | RNA | 一名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-09-07 |
Smoking modulates different secretory subpopulations expressing SARS-CoV-2 entry genes in the nasal and bronchial airways
2022-10-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-17832-6
PMID:36307504
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研究论文 | 研究吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响 | 首次在大规模队列中比较鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因的表达差异，并揭示吸烟状态对这些基因表达的影响 | 研究仅限于鼻腔和支气管样本，未涵盖其他可能影响SARS-CoV-2感染的组织或器官 | 探讨吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响及其对疾病严重程度的可能影响 | 鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 793个鼻腔样本和1673个支气管样本 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-09-07 |
The oncogenic fusion protein DNAJB1-PRKACA can be specifically targeted by peptide-based immunotherapy in fibrolamellar hepatocellular carcinoma
2022-10-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33746-3
PMID:36302754
|
研究论文 | 研究报道了针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的肽基免疫疗法的识别、特征和应用 | 首次报道了针对DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法，并展示了其在临床上的有效性 | 研究仅基于单一患者的数据，需要进一步的临床试验验证 | 探索针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法 | DNAJB1-PRKACA融合蛋白及其衍生的新抗原 | NA | 肝细胞癌 | 质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、RNA | 单一患者 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-09-07 |
ReadZS detects cell type-specific and developmentally regulated RNA processing programs in single-cell RNA-seq
2022-10-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02795-8
PMID:36284317
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ReadZS的无注释统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别受调控的RNA加工过程 | ReadZS方法不依赖于预先存在的注释，避免了传统方法中对峰值调用启发式和细胞类型聚合测量的依赖 | NA | 开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性和发育调控的RNA加工程序 | 人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程中的RNA加工过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-09-07 |
Evaluation of cell-cell interaction methods by integrating single-cell RNA sequencing data with spatial information
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02783-y
PMID:36253792
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序数据与空间信息，评估了16种细胞间相互作用方法 | 提出了利用空间距离分布来评估细胞间相互作用工具的新方法 | 研究主要基于模拟数据和少量真实数据，可能影响结果的普适性 | 评估现有的细胞间相互作用方法，并提出一种新的评估框架 | 16种细胞间相互作用方法的性能 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST) | NA | RNA测序数据 | 15个模拟数据集和5个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |