单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-13	ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer 2022-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33521-4 PMID:36207295	研究论文	研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响	首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性	NA	探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响	ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22	2024-09-10	Randomized phase I trial of antigen-specific tolerizing immunotherapy with peptide/calcitriol liposomes in ACPA+ rheumatoid arthritis 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.160964 PMID:36278483	研究论文	本文探讨了DEN-181（包含胶原蛋白II259-273肽和NF-κB抑制剂1,25-二羟基胆钙化醇的脂质体）在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性、药代动力学和免疫学及临床效果	本文首次评估了DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性，并发现其能减少Cit-Vim特异性T细胞和ACPA VDG，增加CII特异性T细胞	本文为初步研究，样本量较小，且为单次剂量递增试验，需进一步研究以验证其长期效果和剂量效应	评估DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性	ACPA阳性类风湿性关节炎患者	NA	类风湿性关节炎	单细胞测序	NA	血液样本	17名HLA-DRB104:01+或01:01+ ACPA阳性类风湿性关节炎患者
23	2024-09-10	Uncovering the dynamic effects of DEX treatment on lung cancer by integrating bioinformatic inference and multiscale modeling of scRNA-seq and proteomics data 2022-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105999 PMID:35998480	研究论文	本研究通过整合生物信息学推断和多尺度建模，探讨了DEX治疗对肺癌的动态效应	创新性地结合了生物信息学和系统生物学方法，开发了多尺度模型来模拟DEX治疗对肺癌细胞的影响，并提供了一个名为BIMM的用户友好工具	NA	探讨DEX治疗对肺癌的动态效应及其潜在的临床应用	肺癌细胞A549在DEX治疗后的基因表达和蛋白质组学数据	生物信息学	肺癌	scRNA-seq, 蛋白质组学	多尺度模型	基因表达数据, 蛋白质数据	肺癌细胞A549的时间序列数据
24	2024-09-07	The Single-Cell Revelation of Thermogenic Adipose Tissue 2022-Oct-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2022.0092 PMID:36254709	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的应用	利用单细胞转录组学技术，揭示了产热脂肪组织的复杂细胞网络和组成动态	NA	总结和评估单细胞转录组学在理解产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的贡献	产热脂肪组织	NA	肥胖	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
25	2024-09-07	A missense variant in the nuclear localization signal of DKC1 causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome 2022-Oct-30, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00335-8 PMID:36309505	研究论文	本文报道了一个位于DKC1基因核定位信号区域的错义突变导致Hoyeraal-Hreidarsson综合征的病例	首次发现DKC1基因核定位信号区域的突变与Hoyeraal-Hreidarsson综合征相关，并提供了治疗方案	样本量较小，仅限于一个家庭的男性兄弟	研究DKC1基因突变在Hoyeraal-Hreidarsson综合征中的作用及潜在治疗方案	DKC1基因突变、Hoyeraal-Hreidarsson综合征患者及其诱导多能干细胞	NA	遗传性皮肤病	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞培养	NA	RNA	一个家庭的两位男性兄弟
26	2024-09-07	De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34271-z PMID:36310179	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据	Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	NA	揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程	批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习框架	RNA-seq数据	来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据
27	2024-09-07	Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34277-7 PMID:36310235	研究论文	本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应	scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测	NA	开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应	单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据	机器学习	癌症	RNA-seq	深度迁移学习框架	基因表达数据	六个scRNA-seq数据集
28	2024-09-07	Single-cell profiling reveals distinct adaptive immune hallmarks in MDA5+ dermatomyositis with therapeutic implications 2022-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34145-4 PMID:36309526	研究论文	通过单细胞RNA测序、流式细胞术和多重免疫组化技术，研究了MDA5阳性皮肌炎患者的免疫特征，揭示了其与治疗相关的免疫标志	首次通过单细胞RNA测序等技术详细描述了MDA5阳性皮肌炎的免疫特征，并发现了与预后相关的免疫标志	研究样本仅限于一名患者，可能影响结果的普适性	揭示MDA5阳性皮肌炎的免疫病理特征，并为未来个性化治疗提供基础	MDA5阳性皮肌炎患者的周围B细胞、T细胞及受影响的肺组织	免疫学	皮肌炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、多重免疫组化	NA	RNA	一名患者
29	2024-09-07	Smoking modulates different secretory subpopulations expressing SARS-CoV-2 entry genes in the nasal and bronchial airways 2022-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-17832-6 PMID:36307504	研究论文	研究吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响	首次在大规模队列中比较鼻腔和支气管样本中SARS-CoV-2进入基因的表达差异，并揭示吸烟状态对这些基因表达的影响	研究仅限于鼻腔和支气管样本，未涵盖其他可能影响SARS-CoV-2感染的组织或器官	探讨吸烟对鼻腔和支气管通道中SARS-CoV-2进入基因表达的影响及其对疾病严重程度的可能影响	鼻腔和支气管通道中的SARS-CoV-2进入基因表达	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	793个鼻腔样本和1673个支气管样本
30	2024-09-07	The oncogenic fusion protein DNAJB1-PRKACA can be specifically targeted by peptide-based immunotherapy in fibrolamellar hepatocellular carcinoma 2022-10-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33746-3 PMID:36302754	研究论文	研究报道了针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的肽基免疫疗法的识别、特征和应用	首次报道了针对DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法，并展示了其在临床上的有效性	研究仅基于单一患者的数据，需要进一步的临床试验验证	探索针对纤维板层肝细胞癌中DNAJB1-PRKACA融合蛋白的免疫疗法	DNAJB1-PRKACA融合蛋白及其衍生的新抗原	NA	肝细胞癌	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、RNA	单一患者
31	2024-09-07	ReadZS detects cell type-specific and developmentally regulated RNA processing programs in single-cell RNA-seq 2022-10-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02795-8 PMID:36284317	研究论文	本文介绍了一种名为ReadZS的无注释统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别受调控的RNA加工过程	ReadZS方法不依赖于预先存在的注释，避免了传统方法中对峰值调用启发式和细胞类型聚合测量的依赖	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性和发育调控的RNA加工程序	人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程中的RNA加工过程	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及人类肺部细胞和哺乳动物精子发生过程的样本
32	2024-09-07	Evaluation of cell-cell interaction methods by integrating single-cell RNA sequencing data with spatial information 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02783-y PMID:36253792	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与空间信息，评估了16种细胞间相互作用方法	提出了利用空间距离分布来评估细胞间相互作用工具的新方法	研究主要基于模拟数据和少量真实数据，可能影响结果的普适性	评估现有的细胞间相互作用方法，并提出一种新的评估框架	16种细胞间相互作用方法的性能	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	NA	RNA测序数据	15个模拟数据集和5个真实数据集
33	2024-09-07	scGWAS: landscape of trait-cell type associations by integrating single-cell transcriptomics-wide and genome-wide association studies 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02785-w PMID:36253801	研究论文	本文介绍了一种名为scGWAS的新方法，通过整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	scGWAS利用单细胞RNA测序数据，推断疾病相关基因在哪些细胞类型中表现，并构建细胞模块，暗示疾病特异性激活的不同过程	scGWAS仅使用每种细胞类型的平均基因表达，并通过虚拟搜索过程构建模块分数的零分布，这可能限制了其对复杂数据模式的解析能力	开发一种新方法，整合单细胞转录组学和全基因组关联研究，揭示复杂疾病中基因与细胞类型的关联	单细胞RNA测序数据和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	40个全基因组关联研究数据集（平均样本量约为154,000）和18个单细胞RNA测序数据集（总计108万细胞）
34	2024-09-07	Telocytes regulate macrophages in periodontal disease 2022-10-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72128 PMID:36193890	研究论文	研究探讨了牙周组织中成纤维细胞（TCs）在调节巨噬细胞活性中的作用	首次揭示了成纤维细胞在牙周炎中通过HGF/Met信号通路调节巨噬细胞行为的机制	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类中验证	探讨成纤维细胞在牙周炎中对巨噬细胞的调节作用	成纤维细胞和巨噬细胞在牙周组织中的相互作用	NA	牙周病	scRNA-seq和谱系追踪	NA	细胞数据	鼠类牙周组织样本
35	2024-09-07	LRRC15 inhibits SARS-CoV-2 cellular entry in trans 2022-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001805 PMID:36228039	研究论文	研究通过CRISPR激活筛选技术，发现LRRC15是SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	首次发现LRRC15作为SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子，并揭示其在COVID-19患者病理纤维细胞中的表达	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	识别和验证SARS-CoV-2进入细胞的抑制因子	LRRC15在SARS-CoV-2进入细胞中的作用及其在COVID-19患者中的表达	NA	呼吸系统疾病	CRISPR激活筛选技术	NA	RNA测序数据	人类肺部单细胞RNA测序数据
36	2024-09-06	Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer 2022-10-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009 PMID:36220074	研究论文	本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用	开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号	NA	研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响	胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	两个胰腺癌患者队列
37	2024-09-06	Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression 2022-Oct-07, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14194915 PMID:36230839	研究论文	本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强	本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性	本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证	研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和人类数据集
38	2024-09-06	Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia 2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01167-9 PMID:36202780	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制	首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式	研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较	探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制	ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本
39	2024-09-06	SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression 2022-10-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04020-5 PMID:36202992	研究论文	本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达	SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性	NA	开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达	转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	多个数据集
40	2024-09-06	Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer 2022-10-05, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1248 PMID:35849783	研究论文	研究通过单细胞测序分析了胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的状态轨迹	首次通过单细胞转录组和T细胞受体分析，揭示了胰腺癌中TIL的20种细胞状态及其异质性分布	研究样本量有限，且仅限于胰腺导管腺癌（PDAC），可能无法完全代表所有胰腺癌类型	生成胰腺癌中T细胞亚群的参考框架，为未来的免疫治疗提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	80,000个T细胞，来自57个PDAC样本和22个未受累/正常样本