单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 259 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Mouse embryo model derived exclusively from embryonic stem cells undergoes neurulation and heart development
2022-10-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2022.08.013
PMID:36084657
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研究论文 | 开发了一种完全由胚胎干细胞构建的小鼠胚胎模型，能够实现神经管形成和心脏发育 | 首次通过转录因子介导的诱导，建立了能够重建着床后胚胎多能性ESC谱系和两个胚外谱系的统一模型 | 模型在某些方面与自然胚胎程序存在差异 | 开发能够更全面模拟小鼠胚胎发育的体外模型 | 小鼠胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
A cellular hierarchy in melanoma uncouples growth and metastasis
2022-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05242-7
PMID:36131018
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研究论文 | 本研究通过整合多种技术揭示了黑色素瘤中生长与转移由不同细胞群体支持的细胞层级模型 | 发现了黑色素瘤中生长能力与转移能力分别由不同细胞群体承担，且这些表型能力可通过特定微环境信号动态获得 | 研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤中的适用性需要进一步验证 | 探索黑色素瘤细胞状态多样性的起源以及生长与转移的细胞基础 | 黑色素瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学，空间转录组学，谱系追踪，定量建模 | 层级模型 | 单细胞基因表达数据，空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis
2022-Oct, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00138-1
PMID:36970396
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术，构建了新生小鼠病毒性心肌炎的高分辨率时空转录组图谱 | 首次创建了呼肠孤病毒诱导心肌炎的高分辨率时空转录组图谱，揭示了心肌炎区域和边界区的空间限制性基因表达模式 | 研究仅限于新生小鼠模型，未在人类样本中验证 | 揭示病毒性心肌炎的发病机制 | 新生小鼠心脏组织和肠道组织 | 空间转录组学 | 病毒性心肌炎 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 感染后三个时间点收集的小鼠心脏和肠道样本 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 24 | 2025-10-07 |
Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636
PMID:36301997
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研究论文 | 开发了一种名为Venus的高效计算方法，用于检测病毒感染并发现病毒整合位点 | 提出首个能够同时处理单细胞和批量组织RNA-seq数据的病毒检测与整合位点发现流程 | NA | 开发高效的病毒检测和整合位点发现计算方法 | 病毒感染的组织/细胞类型 | 生物信息学 | 病毒感染 | RNA-seq | 计算流程 | RNA-seq数据 | 多种病毒数据集（HBV-肝细胞癌、HIV感染等） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-10-07 |
Opposing roles of hepatic stellate cell subpopulations in hepatocarcinogenesis
2022-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05289-6
PMID:36198802
|
研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞不同亚群在肝癌发生中的双重作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定肝星状细胞亚群，并发现其从肝癌保护向促进的动态转换机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究肝星状细胞在肝细胞癌发生发展过程中的功能作用 | 肝星状细胞亚群及其与肝细胞的相互作用 | 单细胞生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，遗传消融技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类肝星状细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-07 |
Severe COVID-19 is associated with fungal colonization of the nasopharynx and potent induction of IL-17 responses in the nasal epithelium
2022-Oct-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2022.10.25.22281528
PMID:36324802
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现重症COVID-19与鼻咽部真菌定植及鼻腔上皮IL-17反应增强相关 | 首次在单细胞水平揭示重症COVID-19患者鼻咽部真菌定植与IL-17免疫应答的关联 | 样本量有限，真菌检测方法可能存在灵敏度限制 | 探讨COVID-19严重程度与呼吸道真菌定植及局部免疫应答的关系 | COVID-19患者的鼻咽部和气管样本 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 先前研究队列的子集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-07 |
CD34+ cell atlas of main organs implicates its impact on fibrosis
2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04606-6
PMID:36315271
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪揭示CD34+细胞在生理和病理条件下的异质性及其在血管生成和器官纤维化中的作用 | 首次系统描绘CD34+细胞在不同器官中的细胞图谱，并发现表达Pi16的CD34+细胞可转化为肌成纤维细胞参与器官纤维化 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明CD34+细胞在生理和病理条件下的身份和功能 | CD34+细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | 遗传谱系追踪小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-10-07 |
Integrative insights and clinical applications of single-cell sequencing in cancer immunotherapy
2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04608-4
PMID:36316529
|
综述 | 概述单细胞测序技术在癌症免疫治疗中的整合见解与临床应用进展 | 系统阐述单细胞测序如何揭示肿瘤微环境复杂性及推动个体化免疫治疗方案开发 | 单细胞技术的临床转化研究尚不深入，尤其在免疫治疗应用方面仍需突破 | 探讨单细胞测序技术对癌症免疫治疗的机制解析和临床指导价值 | 肿瘤微环境中的细胞异质性、细胞组成与相互作用、肿瘤耐药机制 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-07 |
SK3 in POMC neurons plays a sexually dimorphic role in energy and glucose homeostasis
2022-Oct-09, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00907-2
PMID:36210455
|
研究论文 | 本研究揭示了POMC神经元中SK3通道在能量和葡萄糖稳态中具有性别二态性作用 | 首次发现SK3在POMC神经元中对能量和葡萄糖稳态的调控存在性别差异，且与体重控制无关 | 研究仅限于小鼠模型，具体分子机制尚未完全阐明 | 探究POMC神经元中SK3通道在能量和葡萄糖稳态中的性别二态性作用 | 小鼠POMC神经元 | 神经科学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序,Cre-loxP基因敲除技术,电生理记录 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,电生理数据,行为学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-10-07 |
Systematic Comparison of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Models Identifies a Conserved Highly Plastic Basal Cell State
2022-Oct-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1742
PMID:35952360
|
研究论文 | 通过单细胞基因组学系统比较胰腺导管腺癌模型，发现了一个高度可塑性的保守基底细胞状态 | 首次系统比较不同生长条件下PDAC肿瘤细胞的异质性，发现原位移植能恢复肿瘤异质性并鉴定出具有上皮-间质基因共表达特征的高度可塑性基底细胞状态 | 研究主要基于模型系统，需要进一步验证在人类患者中的临床相关性 | 理解胰腺导管腺癌中细胞异质性和可塑性的机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤细胞 | 单细胞基因组学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种体外和体内生长条件下的PDAC模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells
2022-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac002
PMID:39871934
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析解析人多能干细胞来源的多谱系心脏类器官的发育过程 | 首次建立包含心肌细胞、内皮细胞和平滑肌细胞的多谱系心脏类器官模型，并揭示3D微环境促进心肌细胞成熟的分子机制 | 研究主要基于体外类器官模型，在体验证仅使用大鼠心肌梗死模型 | 探索人多能干细胞来源心脏类器官的发育机制及其在心脏修复中的应用 | 人诱导多能干细胞来源的多谱系心脏类器官 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2024-10-04 |
Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney
2022-10-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161078
PMID:36066976
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研究论文 | 研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化 | 研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制 | 探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化 | 肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-09-30 |
Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203040
PMID:35986392
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研究论文 | 使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征 | 研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路 | 宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 基因表达数据 | 少量样本，具体数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-09-30 |
Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105163
PMID:36217547
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制 | 首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因 | NA | 揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制 | 小鼠T淋巴细胞的糖链表型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习模型 | 转录组数据和糖链数据 | 小鼠T淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-09-30 |
Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02774-z
PMID:36253828
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研究论文 | 本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪 | 提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差 | NA | 解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题 | 单细胞Hi-C数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C | 深度生成模型 | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-09-17 |
Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation
2022-10, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01179-9
PMID:36138229
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研究论文 | 本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响 | 首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制 | 研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小 | 探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应 | DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 基因型、转录组、甲基化组 | 少量DNMT3A R882突变个体 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-09-15 |
TIST: Transcriptome and Histopathological Image Integrative Analysis for Spatial Transcriptomics
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.012
PMID:36549467
|
研究论文 | 提出了一种名为TIST的新方法，通过整合转录组数据和组织病理学图像来分析空间转录组数据，以识别空间聚类并增强基因表达模式 | TIST方法通过马尔可夫随机场（MRF）提取组织病理学特征，并将这些特征与转录组数据和位置信息整合，形成TIST-net网络，从而增强空间基因表达模式 | NA | 开发一种新的空间转录组数据分析方法，以减少技术噪声并提高分辨率 | 空间转录组数据和匹配的组织病理学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 马尔可夫随机场（MRF） | 图像和转录组数据 | 32个真实样本 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-09-15 |
Application of Deep Learning on Single-cell RNA Sequencing Data Analysis: A Review
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.011
PMID:36528240
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综述 | 本文综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 深度学习能够从噪声大、异质性强和高维度的单细胞RNA测序数据中提取信息丰富且紧凑的特征，从而改进下游分析 | 当前深度学习方法在单细胞RNA测序数据分析中面临挑战，需要进一步改进算法 | 综述近期开发的深度学习技术在单细胞RNA测序数据分析中的应用，并探讨其相对于传统分析工具的优势 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-09-13 |
CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells
2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac599
PMID:36063454
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研究论文 | 本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响 | CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解 | 现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响 | 揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响 | 高变异基因的细胞间表达变异性 | 生物信息学 | NA | 空间转录组 | 偏最小二乘回归 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-09-13 |
ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer
2022-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33521-4
PMID:36207295
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研究论文 | 研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响 | 首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性 | NA | 探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响 | ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |