单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-12	Single-cell spatial transcriptomics reveals a dynamic control of metabolic zonation and liver regeneration by endothelial cell Wnt2 and Wnt9b 2022-10-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100754 PMID:36220068	研究论文	研究揭示了内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的动态调控作用	首次明确内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的关键作用，并展示了Wnt激活剂作为急性肝衰竭再生疗法的潜力	NA	探讨Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的作用	内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的调控机制	NA	NA	单细胞分析	NA	基因表达数据	NA
2	2024-10-04	Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.161078 PMID:36066976	研究论文	研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化	研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制	探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化	肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像	NA	基因表达数据	NA
3	2024-09-30	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma 2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202203040 PMID:35986392	研究论文	使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征	研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症	探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路	宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能	数字病理学	宫颈癌	单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）	NA	基因表达数据	少量样本，具体数量未明确提及
4	2024-09-30	Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data 2022-Oct-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105163 PMID:36217547	研究论文	本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制	首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因	NA	揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制	小鼠T淋巴细胞的糖链表型	机器学习	NA	单细胞测序	深度学习模型	转录组数据和糖链数据	小鼠T淋巴细胞
5	2024-09-30	Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D 2022-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02774-z PMID:36253828	研究论文	本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪	提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差	NA	解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题	单细胞Hi-C数据	生物信息学	NA	单细胞Hi-C	深度生成模型	基因组数据	NA
6	2024-09-23	Loss of non-motor kinesin KIF26A causes congenital brain malformations via dysregulated neuronal migration and axonal growth as well as apoptosis 2022-10-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.09.011 PMID:36228617	研究论文	研究了非运动驱动蛋白KIF26A缺失导致先天性脑畸形的机制	首次揭示了KIF26A在脑发育中的功能，并解释了其在神经元迁移、轴突生长和凋亡中的作用	NA	探讨KIF26A缺失对脑发育的影响及其分子机制	KIF26A基因、先天性脑畸形患者、小鼠和人类iPSC衍生的类器官模型	NA	先天性脑畸形	单细胞RNA测序	NA	RNA	包含KIF26A功能缺失变异的患者队列、小鼠模型和人类iPSC衍生的类器官模型
7	2024-09-23	Systematic Comparison of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Models Identifies a Conserved Highly Plastic Basal Cell State 2022-Oct-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1742 PMID:35952360	研究论文	本文系统比较了胰腺导管腺癌模型，发现了一种高度可塑的基底细胞状态	揭示了在不同生长条件下胰腺导管腺癌细胞的异质性变化，并发现了一种高度可塑的基底细胞状态	NA	研究胰腺导管腺癌的细胞异质性和可塑性	胰腺导管腺癌细胞在不同生长条件下的异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞基因组学	NA	基因表达数据	涉及多种体外和体内生长条件下的胰腺导管腺癌细胞样本
8	2024-09-23	Opposing roles of hepatic stellate cell subpopulations in hepatocarcinogenesis 2022-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05289-6 PMID:36198802	研究论文	研究了肝星状细胞亚群在肝癌发生中的相反作用	揭示了肝星状细胞亚群在肝癌发生中的双重功能，并阐明了其在慢性肝病进展中的动态变化	NA	探讨肝星状细胞在肝癌发生中的作用及其机制	肝星状细胞及其亚群在肝癌发生中的功能	NA	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9	2024-09-17	Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01179-9 PMID:36138229	研究论文	本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响	首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制	研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小	探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应	DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	单细胞多组学测序	NA	基因型、转录组、甲基化组	少量DNMT3A R882突变个体
10	2024-09-16	Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis 2022-Oct, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00138-1 PMID:36970396	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，创建了高分辨率的空间解析转录组图谱，揭示了呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的发病机制	首次通过高分辨率的空间解析转录组图谱揭示了呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的复杂细胞表型和空间限制的细胞间相互作用	研究仅限于新生小鼠模型，结果的外推性有限	揭示呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的发病机制	新生小鼠心肌炎组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	感染后三个时间点收集的小鼠心脏样本
11	2024-09-15	TIST: Transcriptome and Histopathological Image Integrative Analysis for Spatial Transcriptomics 2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.012 PMID:36549467	研究论文	提出了一种名为TIST的新方法，通过整合转录组数据和组织病理学图像来分析空间转录组数据，以识别空间聚类并增强基因表达模式	TIST方法通过马尔可夫随机场（MRF）提取组织病理学特征，并将这些特征与转录组数据和位置信息整合，形成TIST-net网络，从而增强空间基因表达模式	NA	开发一种新的空间转录组数据分析方法，以减少技术噪声并提高分辨率	空间转录组数据和匹配的组织病理学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	马尔可夫随机场（MRF）	图像和转录组数据	32个真实样本
12	2024-09-15	Application of Deep Learning on Single-cell RNA Sequencing Data Analysis: A Review 2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.011 PMID:36528240	综述	本文综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用	深度学习能够从噪声大、异质性强和高维度的单细胞RNA测序数据中提取信息丰富且紧凑的特征，从而改进下游分析	当前深度学习方法在单细胞RNA测序数据分析中面临挑战，需要进一步改进算法	综述近期开发的深度学习技术在单细胞RNA测序数据分析中的应用，并探讨其相对于传统分析工具的优势	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
13	2024-09-13	CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells 2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac599 PMID:36063454	研究论文	本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响	CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解	现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响	揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响	高变异基因的细胞间表达变异性	生物信息学	NA	空间转录组	偏最小二乘回归	转录组数据	NA
14	2024-09-13	ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer 2022-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33521-4 PMID:36207295	研究论文	研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响	首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性	NA	探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响	ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15	2024-09-10	Randomized phase I trial of antigen-specific tolerizing immunotherapy with peptide/calcitriol liposomes in ACPA+ rheumatoid arthritis 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.160964 PMID:36278483	研究论文	本文探讨了DEN-181（包含胶原蛋白II259-273肽和NF-κB抑制剂1,25-二羟基胆钙化醇的脂质体）在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性、药代动力学和免疫学及临床效果	本文首次评估了DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性，并发现其能减少Cit-Vim特异性T细胞和ACPA VDG，增加CII特异性T细胞	本文为初步研究，样本量较小，且为单次剂量递增试验，需进一步研究以验证其长期效果和剂量效应	评估DEN-181在ACPA阳性类风湿性关节炎患者中的安全性和免疫调节活性	ACPA阳性类风湿性关节炎患者	NA	类风湿性关节炎	单细胞测序	NA	血液样本	17名HLA-DRB104:01+或01:01+ ACPA阳性类风湿性关节炎患者
16	2024-09-10	Uncovering the dynamic effects of DEX treatment on lung cancer by integrating bioinformatic inference and multiscale modeling of scRNA-seq and proteomics data 2022-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105999 PMID:35998480	研究论文	本研究通过整合生物信息学推断和多尺度建模，探讨了DEX治疗对肺癌的动态效应	创新性地结合了生物信息学和系统生物学方法，开发了多尺度模型来模拟DEX治疗对肺癌细胞的影响，并提供了一个名为BIMM的用户友好工具	NA	探讨DEX治疗对肺癌的动态效应及其潜在的临床应用	肺癌细胞A549在DEX治疗后的基因表达和蛋白质组学数据	生物信息学	肺癌	scRNA-seq, 蛋白质组学	多尺度模型	基因表达数据, 蛋白质数据	肺癌细胞A549的时间序列数据
17	2024-09-07	The Single-Cell Revelation of Thermogenic Adipose Tissue 2022-Oct-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2022.0092 PMID:36254709	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的应用	利用单细胞转录组学技术，揭示了产热脂肪组织的复杂细胞网络和组成动态	NA	总结和评估单细胞转录组学在理解产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的贡献	产热脂肪组织	NA	肥胖	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
18	2024-09-07	A missense variant in the nuclear localization signal of DKC1 causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome 2022-Oct-30, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00335-8 PMID:36309505	研究论文	本文报道了一个位于DKC1基因核定位信号区域的错义突变导致Hoyeraal-Hreidarsson综合征的病例	首次发现DKC1基因核定位信号区域的突变与Hoyeraal-Hreidarsson综合征相关，并提供了治疗方案	样本量较小，仅限于一个家庭的男性兄弟	研究DKC1基因突变在Hoyeraal-Hreidarsson综合征中的作用及潜在治疗方案	DKC1基因突变、Hoyeraal-Hreidarsson综合征患者及其诱导多能干细胞	NA	遗传性皮肤病	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞培养	NA	RNA	一个家庭的两位男性兄弟
19	2024-09-07	De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34271-z PMID:36310179	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据	Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	NA	揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程	批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习框架	RNA-seq数据	来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据
20	2024-09-07	Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34277-7 PMID:36310235	研究论文	本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应	scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测	NA	开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应	单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据	机器学习	癌症	RNA-seq	深度迁移学习框架	基因表达数据	六个scRNA-seq数据集