单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 259 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-03-28 |
Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636
PMID:36301997
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研究论文 | 介绍了一种名为Venus的高效计算方法，用于病毒检测和整合位点发现，适用于单细胞和批量RNA-seq数据 | 提出了一种新的计算流程Venus，能够在单细胞和批量RNA-seq数据中高效准确地检测病毒及其整合位点 | 未明确提及具体限制 | 开发一种高效准确的病毒检测和整合位点发现方法，以支持公共卫生和病毒病理学研究 | 病毒感染的细胞和组织，特别是HBV、HIV等病毒 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 包括HBV相关肝细胞癌、HIV感染接受抗逆转录病毒治疗的患者、HIV感染的神经系统患者和深度测序的T细胞 |
| 2 | 2025-03-21 |
Opposing roles of hepatic stellate cell subpopulations in hepatocarcinogenesis
2022-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05289-6
PMID:36198802
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研究论文 | 本文探讨了肝星状细胞（HSCs）在肝细胞癌（HCC）发生中的双重作用 | 揭示了HSCs亚群在肝细胞癌发生中的动态变化及其介导因子的双重功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究 | 研究肝星状细胞在肝细胞癌发生中的作用 | 肝星状细胞（HSCs）及其亚群 | 癌症研究 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 小鼠和人类HSC样本 |
| 3 | 2025-03-12 |
Severe COVID-19 is associated with fungal colonization of the nasopharynx and potent induction of IL-17 responses in the nasal epithelium
2022-Oct-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2022.10.25.22281528
PMID:36324802
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研究论文 | 本文探讨了严重COVID-19患者中真菌定植与鼻咽部IL-17反应增强的关联 | 通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重COVID-19患者中真菌定植与IL-17刺激的免疫特征之间的关系 | 研究样本量有限，且未涵盖所有COVID-19严重程度的患者 | 研究严重COVID-19患者中真菌定植的频率及其与特定免疫反应的关联 | 严重COVID-19患者 | 生物医学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 一组严重COVID-19患者 |
| 4 | 2025-03-08 |
Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data
2022-10, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01167-z
PMID:36050550
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞疾病相关性评分（scDRS）的方法，通过将单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多基因疾病风险在单细胞分辨率上联系起来，独立于注释的细胞类型 | scDRS方法能够在单细胞水平上识别与疾病相关的基因表达过量的细胞，且不依赖于现有的细胞类型标签，揭示了疾病相关细胞的亚群 | NA | 通过单细胞RNA测序数据，研究多基因疾病风险与单个细胞的关联 | 74种疾病/特征和31个组织/器官中的130万个单细胞基因表达谱 | 单细胞RNA测序 | 炎症性肠病、精神分裂症、甘油三酯水平相关疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 130万个单细胞基因表达谱 |
| 5 | 2025-02-11 |
CD34+ cell atlas of main organs implicates its impact on fibrosis
2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04606-6
PMID:36315271
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和遗传谱系追踪小鼠模型，研究了CD34+细胞在生理和病理条件下的异质性及其在血管生成和器官纤维化中的作用 | 揭示了CD34+细胞在血管生成和器官纤维化中的双重作用，特别是表达Pi16的CD34+细胞可能转化为肌成纤维细胞并参与器官纤维化 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨CD34+细胞在生理和病理条件下的身份和作用，特别是其在血管生成和器官纤维化中的角色 | CD34+细胞 | 单细胞RNA测序 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，遗传谱系追踪 | 遗传谱系追踪小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6 | 2025-02-11 |
Integrative insights and clinical applications of single-cell sequencing in cancer immunotherapy
2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04608-4
PMID:36316529
|
综述 | 本文综述了单细胞测序在癌症免疫治疗中的进展和应用 | 单细胞测序提供了单细胞水平的多维度细胞特征，揭示了肿瘤微环境的复杂性、肿瘤异质性的普遍性、细胞组成和细胞间相互作用、细胞谱系追踪以及肿瘤耐药机制 | 单细胞技术的临床转化尚未深入，特别是在免疫治疗中的应用 | 提高免疫治疗疗效，推动精准医学发展 | 癌症患者 | 数字病理 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组和多组学数据 | NA |
| 7 | 2025-02-09 |
SK3 in POMC neurons plays a sexually dimorphic role in energy and glucose homeostasis
2022-Oct-09, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00907-2
PMID:36210455
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研究论文 | 本研究探讨了POMC神经元中SK3在能量和葡萄糖稳态中的性别二态性作用 | 揭示了SK3在POMC神经元中的性别二态性作用，特别是在能量和葡萄糖稳态方面，独立于体重控制 | 研究未完全阐明POMC神经元功能性别差异的机制 | 研究POMC神经元中SK3在能量和葡萄糖稳态中的性别二态性作用 | 小鼠的POMC神经元 | 神经科学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA-Seq, Cre-loxP策略 | NA | 基因表达数据 | 雄性及雌性小鼠 |
| 8 | 2025-02-02 |
Systematic Comparison of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Models Identifies a Conserved Highly Plastic Basal Cell State
2022-Oct-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1742
PMID:35952360
|
研究论文 | 本文通过单细胞基因组学方法，研究了胰腺导管腺癌（PDAC）在不同生长条件下的细胞异质性，发现了一种高度可塑性的基底细胞状态 | 揭示了PDAC中基底细胞状态的高度可塑性及其在促进肿瘤内异质性中的作用 | 研究主要依赖于体外和体内模型，可能无法完全反映人类PDAC的复杂性 | 理解PDAC中细胞多样性的机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）细胞 | 癌症研究 | 胰腺癌 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种体外和体内模型 |
| 9 | 2025-01-29 |
Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells
2022-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac002
PMID:39871934
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-10-12 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals a dynamic control of metabolic zonation and liver regeneration by endothelial cell Wnt2 and Wnt9b
2022-10-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100754
PMID:36220068
|
研究论文 | 研究揭示了内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的动态调控作用 | 首次明确内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的关键作用，并展示了Wnt激活剂作为急性肝衰竭再生疗法的潜力 | NA | 探讨Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的作用 | 内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的调控机制 | NA | NA | 单细胞分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11 | 2024-10-04 |
Resident macrophage subpopulations occupy distinct microenvironments in the kidney
2022-10-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.161078
PMID:36066976
|
研究论文 | 研究了肾脏中常驻巨噬细胞亚群在不同微环境中的分布及其在急性肾损伤后的变化 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术和免疫荧光成像技术，揭示了肾脏常驻巨噬细胞的7个不同亚群及其在急性肾损伤后的动态变化 | 研究仅限于急性肾损伤后的短期观察，未探讨长期影响及潜在机制 | 探讨肾脏常驻巨噬细胞在不同微环境中的功能异质性及其在急性肾损伤后的变化 | 肾脏常驻巨噬细胞及其在急性肾损伤后的动态变化 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12 | 2024-09-30 |
Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal the Immunological Microenvironment of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2022-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202203040
PMID:35986392
|
研究论文 | 使用单核RNA测序和空间转录组学技术研究宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了宫颈鳞状细胞癌中免疫抑制基因的表达模式及特定细胞群的分布特征 | 研究样本量较小，且仅限于宫颈鳞状细胞癌，结果可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境，为晚期宫颈癌的治疗提供新思路 | 宫颈鳞状细胞癌的免疫微环境及癌症相关成纤维细胞的功能 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq）和空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq） | NA | 基因表达数据 | 少量样本，具体数量未明确提及 |
| 13 | 2024-09-30 |
Deep learning explains the biology of branched glycans from single-cell sequencing data
2022-Oct-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105163
PMID:36217547
|
研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和深度学习模型，预测了小鼠T淋巴细胞的糖链表型，并揭示了糖链的生物学功能和调控机制 | 首次使用深度学习模型从转录组数据中预测细胞的糖链表型，并通过SHAP解释模型识别出高度预测性的基因 | NA | 揭示糖链在细胞水平上的功能和调控机制 | 小鼠T淋巴细胞的糖链表型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度学习模型 | 转录组数据和糖链数据 | 小鼠T淋巴细胞 |
| 14 | 2024-09-30 |
Normalization and de-noising of single-cell Hi-C data with BandNorm and scVI-3D
2022-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02774-z
PMID:36253828
|
研究论文 | 本文开发了BandNorm归一化方法和scVI-3D深度生成模型，用于单细胞Hi-C数据的归一化和去噪 | 提出了BandNorm和scVI-3D两种新方法，分别用于处理单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差 | NA | 解决单细胞Hi-C数据中的技术噪声和偏差问题 | 单细胞Hi-C数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞Hi-C | 深度生成模型 | 基因组数据 | NA |
| 15 | 2024-09-23 |
Loss of non-motor kinesin KIF26A causes congenital brain malformations via dysregulated neuronal migration and axonal growth as well as apoptosis
2022-10-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.09.011
PMID:36228617
|
研究论文 | 研究了非运动驱动蛋白KIF26A缺失导致先天性脑畸形的机制 | 首次揭示了KIF26A在脑发育中的功能，并解释了其在神经元迁移、轴突生长和凋亡中的作用 | NA | 探讨KIF26A缺失对脑发育的影响及其分子机制 | KIF26A基因、先天性脑畸形患者、小鼠和人类iPSC衍生的类器官模型 | NA | 先天性脑畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包含KIF26A功能缺失变异的患者队列、小鼠模型和人类iPSC衍生的类器官模型 |
| 16 | 2024-09-17 |
Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation
2022-10, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01179-9
PMID:36138229
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研究论文 | 本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响 | 首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制 | 研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小 | 探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应 | DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 基因型、转录组、甲基化组 | 少量DNMT3A R882突变个体 |
| 17 | 2024-09-16 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis
2022-Oct, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00138-1
PMID:36970396
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，创建了高分辨率的空间解析转录组图谱，揭示了呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的发病机制 | 首次通过高分辨率的空间解析转录组图谱揭示了呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的复杂细胞表型和空间限制的细胞间相互作用 | 研究仅限于新生小鼠模型，结果的外推性有限 | 揭示呼肠孤病毒诱导的新生小鼠心肌炎的发病机制 | 新生小鼠心肌炎组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 感染后三个时间点收集的小鼠心脏样本 |
| 18 | 2024-09-15 |
TIST: Transcriptome and Histopathological Image Integrative Analysis for Spatial Transcriptomics
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.012
PMID:36549467
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研究论文 | 提出了一种名为TIST的新方法，通过整合转录组数据和组织病理学图像来分析空间转录组数据，以识别空间聚类并增强基因表达模式 | TIST方法通过马尔可夫随机场（MRF）提取组织病理学特征，并将这些特征与转录组数据和位置信息整合，形成TIST-net网络，从而增强空间基因表达模式 | NA | 开发一种新的空间转录组数据分析方法，以减少技术噪声并提高分辨率 | 空间转录组数据和匹配的组织病理学图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 马尔可夫随机场（MRF） | 图像和转录组数据 | 32个真实样本 |
| 19 | 2024-09-15 |
Application of Deep Learning on Single-cell RNA Sequencing Data Analysis: A Review
2022-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.11.011
PMID:36528240
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综述 | 本文综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 深度学习能够从噪声大、异质性强和高维度的单细胞RNA测序数据中提取信息丰富且紧凑的特征，从而改进下游分析 | 当前深度学习方法在单细胞RNA测序数据分析中面临挑战，需要进一步改进算法 | 综述近期开发的深度学习技术在单细胞RNA测序数据分析中的应用，并探讨其相对于传统分析工具的优势 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA |
| 20 | 2024-09-13 |
CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells
2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac599
PMID:36063454
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研究论文 | 本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响 | CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解 | 现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响 | 揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响 | 高变异基因的细胞间表达变异性 | 生物信息学 | NA | 空间转录组 | 偏最小二乘回归 | 转录组数据 | NA |