单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	Understanding Mammalian Hair Follicle Ecosystems by Single-Cell RNA Sequencing 2022-Sep-14, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani12182409 PMID:36139270	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术在毛囊发育中主要细胞类型的研究进展，特别强调了单细胞技术发现的新毛囊亚群	利用单细胞RNA测序技术揭示了毛囊细胞的新亚群，提供了对毛囊功能的多样化见解	讨论了单细胞RNA测序观察中的问题及其当前解决方案	重新认识各种组织和器官，特别是毛囊的细胞异质性	毛囊及其细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
122	2024-08-08	Loss of Serpina1 in Mice Leads to Altered Gene Expression in Inflammatory and Metabolic Pathways 2022-Sep-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231810425 PMID:36142337	研究论文	研究Serpina1基因在老鼠中的缺失对炎症和代谢途径基因表达的影响	首次探讨了Serpina1基因敲除对老鼠肝脏中炎症、脂质代谢和胆固醇代谢相关基因表达的影响	研究仅限于老鼠模型，尚未在人类中验证	探讨Serpina1基因敲除对肝脏基因表达的影响及其在人类治疗中的潜在应用	Serpina1基因敲除的老鼠肝脏	NA	慢性肝病，慢性阻塞性肺病	RNA测序	NA	RNA	年龄和性别匹配的C57BL/6野生型和Serpina1敲除老鼠，年龄8至14周
123	2024-08-08	An Innovative Approach to Tissue Processing and Cell Sorting of Fixed Cells for Subsequent Single-Cell RNA Sequencing 2022-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231810233 PMID:36142141	研究论文	本文开发了一种新的组织处理和固定细胞分选方法，用于后续的单细胞RNA测序	提出了一种新的组织处理和细胞固定方法，该方法兼容FACS分选和后续的单细胞RNA测序，且不影响结果质量	目前处理、染色和保存新鲜细胞的方法非常有限，且需要昂贵的细胞分选设备	开发一种方法，允许细胞在固定和储存后进行FACS分选，用于单细胞RNA测序，而不影响结果质量	胰腺导管腺癌样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	使用小鼠胰腺癌模型Pan02进行评估
124	2024-08-08	Single-cell sequencing: A cutting edge tool in molecular medical research 2022-Sep, Medical journal, Armed Forces India DOI:10.1016/j.mjafi.2022.08.006 PMID:36147383	综述	本文综述了单细胞测序技术在分子医学研究中的应用及其对疾病相关细胞的时空分析	单细胞测序技术通过分析单个细胞而非整个组织，提供了更深入的时空分析，增强了数据的精确性	该技术产生大量数据，需要特定的处理和定制的生物信息学分析	阐明健康和疾病中的细胞间遗传、表观遗传、转录组和蛋白质组异质性	单细胞测序技术及其在医学研究中的应用	分子医学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列、RNA序列、miRNA、表观遗传修饰DNA或染色质DNA	大量单细胞
125	2024-08-08	[Clonal Evolution in the Tumor Microenvironment] 2022-Sep, Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy PMID:36156003	研究论文	本文探讨了肿瘤微环境中克隆进化的机制及其在癌症免疫治疗中的应用	利用单细胞测序技术分析肿瘤细胞和免疫细胞的克隆进化，以及新技术允许在保留组织位置信息的同时进行空间分析	NA	阐明肿瘤微环境中的克隆进化，以开发预测治疗效果的生物标志物和新型疗法	肿瘤细胞和免疫细胞的克隆进化	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用来自同一患者的治疗前和治疗后样本
126	2024-08-08	Malignant clonal evolution drives multiple myeloma cellular ecological diversity and microenvironment reprogramming 2022-09-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-022-01648-z PMID:36131282	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和单分子长读长基因组测序数据，构建了多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞生态景观，分析了恶性克隆演化模式及其对肿瘤微环境的影响	首次在单细胞水平上描述了多发性骨髓瘤的恶性克隆演化模式，并揭示了克隆演化与肿瘤微环境之间的交互关系	NA	探讨多发性骨髓瘤的恶性克隆演化及其对肿瘤微环境的影响，为个性化精准治疗策略提供理论依据	多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，单分子长读长基因组测序	NA	基因组数据	所有多发性骨髓瘤患者
127	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals cellular hierarchies and guides p-EMT-targeted trial in skull base chordoma 2022-Sep-20, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00459-2 PMID:36127333	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了颅底脊索瘤的细胞层次结构，并探索了新的治疗靶点	首次对颅底脊索瘤进行单细胞RNA测序，并发现了与放射抵抗性相关的干细胞样细胞簇和部分上皮-间质转化（p-EMT）相关的恶性细胞特征	研究样本仅包括三名颅底脊索瘤患者，临床试验的样本量较小	揭示颅底脊索瘤的细胞层次结构并探索新的治疗靶点	颅底脊索瘤的单细胞转录组	数字病理学	颅底脊索瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	90,691个单细胞样本，三名颅底脊索瘤患者参与临床试验
128	2024-08-08	Combining single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells and exosomal transcriptome to reveal the cellular and genetic profiles in COPD 2022-Sep-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-022-02182-8 PMID:36127695	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和外泌体转录组测序，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者外周血单个核细胞（PBMCs）和外泌体的细胞及遗传特征	首次结合单细胞RNA测序和外泌体转录组测序，探讨了COPD患者外周免疫状态与外泌体之间的关系，并构建了竞争性内源RNA（ceRNA）和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	研究样本量较小，仅包括六名COPD患者和四名健康对照	探讨COPD患者外周免疫状态与外泌体之间的关系及其在疾病发展中的作用	COPD患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和外泌体	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序，外泌体转录组测序	NA	RNA	六名COPD患者和四名健康对照
129	2024-08-08	Single-cell and WGCNA uncover a prognostic model and potential oncogenes in colorectal cancer 2022-Sep-19, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-022-00175-x PMID:36117173	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）和批量转录组测序（bulk RNA-seq）数据构建了一个结直肠癌（CRC）的预后模型，并发现了潜在的新癌基因。	首次基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建了CRC的预后模型，并鉴定了四个先前未报告的新癌基因（MPZ, SCARA3, MPP2 和 PBXIP1）。	NA	开发新的CRC理解方法并构建预后模型。	结直肠癌（CRC）的预后和潜在治疗靶点。	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量转录组测序（bulk RNA-seq）	风险模型	基因表达数据	43,851个细胞
130	2024-08-08	Identification of immune and stromal cell infiltration-related gene signature for prognosis prediction in acute lymphoblastic leukemia 2022-09-19, Aging DOI:10.18632/aging.204292 PMID:36126190	研究论文	本研究针对急性淋巴细胞白血病（ALL），通过生物信息学分析构建了一个基于免疫/间质细胞浸润相关基因（ISCIRG）的预后预测模型	首次描述了基于ISCIRG的预后标志物，用于ALL的预后预测	NA	研究ISCIRGs在ALL中的作用及对患者临床护理的意义	急性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	白血病	RNA-seq	LASSO和多元Cox回归分析	RNA-seq数据	444名患者，包括437个批量和7个单细胞RNA-seq数据集
131	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveal cellular diversity of aortic valve and the immunomodulation by PPARγ during hyperlipidemia 2022-09-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33202-2 PMID:36115863	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析揭示了主动脉瓣的细胞多样性以及PPARγ在血脂异常中的免疫调节作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了血脂异常条件下主动脉瓣细胞的异质性及其表型变化，并发现PPARγ激活在保护主动脉瓣免受炎症中的作用	NA	探讨血脂异常与主动脉瓣炎症之间的关系，并研究PPARγ在其中的免疫调节作用	主动脉瓣的细胞多样性及PPARγ在血脂异常中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及血脂异常小鼠及非钙化的人类主动脉瓣样本
132	2024-08-08	Dendritic cell-derived IL-27 p28 regulates T cell program in pathogenicity and alleviates acute graft-versus-host disease 2022-09-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01147-z PMID:36109504	研究论文	本研究探讨了树突状细胞来源的IL-27 p28在急性移植物抗宿主病中的作用	首次揭示了IL-27 p28在调节Treg细胞功能和效应T细胞反应中的具体机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探究IL-27 p28在急性移植物抗宿主病中的作用及其机制	IL-27 p28在树突状细胞中的缺乏对T细胞功能的影响	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型及人类血清样本
133	2024-08-08	Clustering by measuring local direction centrality for data with heterogeneous density and weak connectivity 2022-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33136-9 PMID:36114209	研究论文	本文提出了一种基于局部方向中心性的边界搜索聚类算法（CDC），用于处理具有异质密度和弱连接性的数据	CDC算法采用基于K最近邻（KNNs）分布的密度无关度量方法，区分内部点和边界点，通过边界点生成封闭笼子来绑定内部点的连接，从而防止跨集群连接并分离弱连接的集群	NA	提高在数据具有异质密度和弱连接性情况下的聚类效果	复杂结构集群、单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据中的细胞类型、语音语料库中的说话者识别	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	数据集	NA
134	2024-08-08	SimBu: bias-aware simulation of bulk RNA-seq data with variable cell-type composition 2022-09-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac499 PMID:36124800	研究论文	本文介绍了SimBu，一个用于模拟具有可变细胞类型组成的批量RNA-seq数据的R包	SimBu能够模拟伪批量样本，并使用实验得出的或数据驱动的缩放因子来模拟细胞类型特异性mRNA偏差	目前没有用于生成伪批量RNA-seq数据的模拟软件	开发一个用户友好且灵活的工具，用于模拟现实的伪批量RNA-seq数据集，作为评估细胞类型解卷积方法的虚拟黄金标准	批量RNA-seq数据和细胞类型解卷积方法	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
135	2024-08-08	The Essential Role of the Choriocapillaris in Vision: Novel Insights from Imaging and Molecular Biology 2022-09-15, Annual review of vision science IF:5.0Q1 DOI:10.1146/annurev-vision-100820-085958 PMID:36108103	研究论文	本文探讨了脉络膜毛细血管在视觉中的重要作用，以及通过成像和分子生物学技术对其功能的新见解	利用单细胞RNA测序、活体成像和体外细胞模型等先进技术，深入研究了脉络膜及其在正常健康和年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	NA	旨在理解脉络膜毛细血管在正常视觉和年龄相关性黄斑变性中的作用	脉络膜毛细血管及其在视觉中的功能	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
136	2024-08-08	Liver group 2 innate lymphoid cells regulate blood glucose levels through IL-13 signaling and suppression of gluconeogenesis 2022-09-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33171-6 PMID:36109558	研究论文	本文研究了肝脏中的第2组先天淋巴细胞（ILC2）通过IL-13信号传导和抑制糖异生作用调节血糖水平	首次详细研究了肝脏ILC2在血糖水平调节中的代谢贡献	NA	探讨肝脏ILC2在血糖稳态中的作用及其分子机制	肝脏中的第2组先天淋巴细胞（ILC2）及其在血糖调节中的作用	NA	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	特定Hnf4a/G6pc高表达的初级肝细胞簇
137	2024-08-08	Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway 2022-09-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03941-5 PMID:36109592	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析胎儿睾丸间质细胞前体细胞，揭示了胸腺素β10（Tmsb10）在胎儿睾丸间质细胞分化中的作用及其分子机制	本研究首次揭示了Tmsb10通过抑制RAS/ERK通路促进胎儿睾丸间质细胞分化的机制，并展示了DHH和PDGF在这一过程中的协同作用	NA	探讨胎儿睾丸间质细胞分化的分子机制	胎儿睾丸间质细胞及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
138	2024-08-08	Reduced cell invasion may be a characteristic of placental defects in pregnant women of advanced maternal age at single-cell level 2022 Sept 15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2101024 PMID:36111571	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外穿透实验，探讨了高龄产妇胎盘中滋养细胞侵袭能力下降的机制	首次在高龄产妇胎盘中发现滋养细胞侵袭能力下降，并鉴定了与侵袭相关的差异表达基因SERPINE1	样本量较小，需要进一步扩大样本验证结果	探究高龄产妇胎盘缺陷的细胞机制	高龄产妇的胎盘组织和滋养细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了27,607个细胞，包括来自4名高龄产妇和对照组的胎盘组织，以及来自6名孕妇的滋养细胞
139	2024-08-08	Personalized neoantigen vaccine combined with PD-1 blockade increases CD8+ tissue-resident memory T-cell infiltration in preclinical hepatocellular carcinoma models 2022-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004389 PMID:36113894	研究论文	本研究探讨了个性化新抗原疫苗与PD-1阻断剂联合使用在肝细胞癌模型中增加CD8+组织驻留记忆T细胞浸润的效果及其机制	首次详细研究了个性化新抗原疫苗与PD-1阻断剂联合使用在肝细胞癌中的协同作用及其分子机制	NA	开发一种临床可用的联合治疗策略，并探索其在肝细胞癌中的潜在抗肿瘤机制	肝细胞癌模型中的免疫反应和协同机制	NA	肝细胞癌	新抗原筛选，单细胞RNA测序，四聚体流式细胞术，免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据，免疫荧光图像	使用小鼠原位肝细胞癌模型和患者来源的细胞进行研究
140	2024-08-08	SPROUT: spectral sparsification helps restore the spatial structure at single-cell resolution 2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac069 PMID:36128423	研究论文	本文开发了一个名为SPROUT的软件包，用于从转录组数据中重建单细胞分辨率的空间结构，通过减少伪配体-受体亲和力来实现	SPROUT通过部分相关性、光谱图稀疏化和空间坐标细化来减少细胞间亲和矩阵中的伪亲和力，并将估计的相互作用嵌入到低维空间中，以恢复细胞间结构	NA	重建单细胞分辨率的空间结构	单细胞转录组数据中的空间结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	光谱图稀疏化	转录组数据	在小鼠海马体和人类器官肿瘤微环境数据集中，形状Pearson相关性范围从0.91到0.97；在人类发育心脏数据集和肿瘤微环境数据集中，细胞类型接近相关性分别为0.68和0.89