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当前共找到 277 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-09-06 |
Single-cell immune repertoire sequencing of B and T cells in murine models of infection and autoimmunity
2022-09, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-022-00180-w
PMID:36028771
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研究论文 | 本文研究了在小鼠感染和自身免疫模型中单细胞免疫组库中B细胞和T细胞的转录组和免疫组库信息 | 利用单细胞测序技术，同时获取了适应性免疫受体序列和转录组信息，揭示了克隆扩增、胚系基因使用和克隆趋同性与细胞表型之间的关系 | NA | 研究小鼠模型中感染和自身免疫状态下B细胞和T细胞的免疫组库和转录组信息 | 小鼠模型中的B细胞和T细胞，包括T滤泡辅助细胞、CD8+ T细胞和神经系统中的B细胞和T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据和免疫组库数据 | 涉及多种小鼠模型中的B细胞和T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-09-05 |
Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods
2022-Sep-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04774-z
PMID:36131234
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研究论文 | 本研究评估了六种著名机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 首次系统评估了多种机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能，并比较了其在不同数据集间的稳定性 | 整体性能不如在scRNA-seq分析中的表现 | 评估机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | SVM, NMC | scATAC-seq数据 | 4个公共scATAC-seq数据集，涉及不同组织、大小和技术 | NA | NA | NA | NA |
| 63 | 2024-09-05 |
Identification of spatially variable genes with graph cuts
2022-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33182-3
PMID:36123336
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图割优化隐马尔可夫随机场的方法scGCO，用于识别空间变异基因 | scGCO方法在降低假阳性率和提高特异性方面表现更优，且在噪声存在时更稳健，运行时间和内存需求远低于现有方法 | NA | 开发一种高效的方法来分析具有位置信息的单细胞基因表达数据 | 空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 图割优化隐马尔可夫随机场 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2024-09-05 |
Purkinje Cell Patterning-Insights from Single-Cell Sequencing
2022-09-18, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11182918
PMID:36139493
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，深入研究了小脑浦肯野细胞在发育和成熟过程中的分子多样性 | 利用单细胞RNA测序技术，提供了对小脑浦肯野细胞转录组的高分辨率分析，增进了对浦肯野细胞发育和功能的理解 | NA | 探讨浦肯野细胞在发育过程中的分子多样性及其对功能的影响 | 小脑浦肯野细胞的分子表型、生理特性及其在发育中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类的小脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 65 | 2024-09-05 |
Single-cell analysis of menstrual endometrial tissues defines phenotypes associated with endometriosis
2022-09-15, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-022-02500-3
PMID:36104692
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了月经期子宫内膜组织，定义了与子宫内膜异位症相关的表型 | 首次使用单细胞RNA测序技术比较了子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜组织，发现了与子宫内膜异位症相关的独特细胞亚群 | NA | 旨在通过分析月经期子宫内膜组织，提供一种有效的子宫内膜异位症筛查工具 | 月经期子宫内膜组织，包括子宫内膜异位症患者和对照组 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 33名受试者，包括确诊的子宫内膜异位症患者、对照组和有慢性症状但未确诊的受试者 | NA | NA | NA | NA |
| 66 | 2024-09-05 |
Binary organization of epidermal basal domains highlights robustness to environmental exposure
2022-09-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110488
PMID:35949182
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研究论文 | 本文通过标记表达和单细胞转录组学研究了小鼠和人类皮肤中表皮基底层的分子和细胞状态，揭示了两种基底细胞分化路径，并发现了Sox6作为UV诱导的转录因子在表皮基底层的生理作用。 | 本文首次揭示了小鼠尾部和人体皮肤中表皮基底层的空间域组织与环境适应性的关系，并发现了Sox6在UV暴露下的新作用。 | NA | 阐明表皮基底层的分子和细胞状态，以及其在环境暴露下的适应性和鲁棒性。 | 小鼠和人类皮肤的表皮基底层。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 67 | 2024-09-05 |
omicsGAT: Graph Attention Network for Cancer Subtype Analyses
2022-Sep-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810220
PMID:36142140
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研究论文 | 本文介绍了一种名为omicsGAT的图注意力网络模型，用于整合基于图的学习和注意力机制，以分析RNA-seq数据，特别是在癌症亚型分析中的应用 | omicsGAT模型通过多头部注意力机制，能够为特定样本的邻居分配不同的注意力系数，从而更有效地获取样本信息 | NA | 提高疾病表型预测、癌症患者分层和细胞聚类的准确性 | 乳腺癌和膀胱癌的RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | 图注意力网络（GAT） | RNA-seq数据 | 涉及TCGA乳腺癌和膀胱癌的bulk RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 68 | 2024-09-05 |
Single-Cell Profiling of the Immune Atlas of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Endometrial Carcinoma
2022-Sep-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14174311
PMID:36077846
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术分析，对子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行了免疫图谱绘制 | 首次鉴定出三种转录上不同的NK细胞亚群，并发现了CD103+ CD8+ T细胞的内在异质性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序等技术绘制I型子宫内膜癌中TILs的免疫图谱 | 子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 69 | 2024-09-05 |
Production and characterization of virus-free, CRISPR-CAR T cells capable of inducing solid tumor regression
2022-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004446
PMID:36382633
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研究论文 | 本研究利用CRISPR/Cas9技术生产并表征了无病毒的CRISPR-CAR T细胞，这些细胞能够诱导实体瘤消退 | 本研究首次展示了利用无病毒的CRISPR/Cas9技术生产的CAR T细胞，这些细胞具有TRAC基因特异性整合CAR转基因、增强的转录和蛋白质特征以及低基础信号传导等特点 | 目前尚不清楚这种策略是否能影响实体瘤的治疗效果 | 研究旨在开发一种无病毒的CAR T细胞生产方法，以改善包括实体瘤在内的癌症治疗 | 研究对象为抗GD2 CAR T细胞及其在实体瘤治疗中的应用 | 生物技术 | 实体瘤 | CRISPR/Cas9 | CAR T细胞 | 基因组、转录组、蛋白质组和分泌组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 70 | 2024-09-04 |
miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104962
PMID:36060076
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研究论文 | 介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达 | miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性 | NA | 旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达 | miRNA在细胞分辨率下的活性 | 生物信息学 | 胰腺癌, 肺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-09-04 |
Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104900
PMID:36039299
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析 | 构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞 | 本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果 | 揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制 | 免疫后小鼠肺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据 | 免疫后小鼠肺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 72 | 2024-09-04 |
Identifying potential signatures for atherosclerosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative bioinformatics approaches and machine-learning strategies
2022-Sep, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-022-00289-y
PMID:36061826
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研究论文 | 本研究利用综合生物信息学方法和机器学习策略，在预测、预防和个性化医学背景下，识别动脉粥样硬化的潜在遗传标志物 | 首次报道DHRS9在动脉粥样硬化形成中的作用，并通过免疫机制揭示其致动脉粥样硬化的效应 | NA | 旨在识别动脉粥样硬化的关键遗传标志物，并探索其潜在的分子免疫机制 | 动脉粥样硬化的遗传标志物及其免疫细胞相关性 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达综合数据库(GEO)、细胞类型识别(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 基因表达数据 | 611个差异表达基因，包括361个上调基因和250个下调基因，以及人类和小鼠实验验证 | NA | NA | NA | NA |
| 73 | 2024-09-04 |
Vesalius: high-resolution in silico anatomization of spatial transcriptomic data using image analysis
2022-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202211080
PMID:36065846
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research paper | 本文开发了Vesalius工具，通过应用图像处理技术从空间转录组数据中解析组织解剖结构 | Vesalius能够独特地检测由多种细胞类型组成的区域，并成功恢复了高分辨率空间转录组数据中的组织结构 | NA | 旨在通过空间转录组数据解析组织解剖结构，以深入理解细胞通信、发育和疾病 | 主要研究对象包括小鼠的大脑、胚胎、肝脏和结肠组织 | digital pathology | NA | image processing technology | NA | spatial transcriptomics data | 涉及小鼠大脑、胚胎、肝脏和结肠的高分辨率空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-08-07 |
Transcriptional and Immune Landscape of Cardiac Sarcoidosis
2022-09-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320449
PMID:36111531
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并识别了其与其它炎症性心脏疾病的差异 | 本研究首次通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中免疫细胞的多样性和独特的分子特征 | NA | 阐明心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并区分其与其它炎症性心脏疾病的差异 | 心脏肉瘤病中的免疫细胞类型及其转录组景观 | 数字病理学 | 心脏肉瘤病 | 空间转录组学（GeoMx数字空间分析仪）和单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类心脏肉瘤病样本 | NA | NA | NA | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
Brain cancer stem cells: resilience through adaptive plasticity and hierarchical heterogeneity
2022-09, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-022-00486-x
PMID:35710946
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综述 | 本文综述了脑癌干细胞如何通过适应性可塑性和层次异质性在脑肿瘤生态系统中维持其动态特性，并探讨了单细胞测序等技术进步如何帮助我们更好地理解这些机制以用于治疗目的 | 利用单细胞测序等技术深入探讨脑癌干细胞的生物机制，并探索这些机制如何被用于治疗 | NA | 探讨脑癌干细胞的生物机制及其在治疗中的应用潜力 | 脑癌干细胞及其在脑肿瘤中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-05 |
Celda: a Bayesian model to perform co-clustering of genes into modules and cells into subpopulations using single-cell RNA-seq data
2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac066
PMID:36110899
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研究论文 | 本文开发了一种名为Celda的新型贝叶斯模型，用于对单细胞RNA-seq数据中的基因和细胞进行共同聚类 | Celda能够量化每个基因对每个模块的概率贡献，并在其他常用流程中遗漏的细胞亚群中取得新的发现 | 未提及 | 揭示复杂组织的分子和细胞构建块，并表征转录程序及细胞异质性 | 使用单细胞RNA-seq数据进行基因和细胞的共同聚类分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 贝叶斯层次模型 | 基因表达数据 | 外周血单核细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 77 | 2024-08-05 |
Fundamental and practical approaches for single-cell ATAC-seq analysis
2022-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-022-00082-5
PMID:36313930
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综述 | 本文提供了关于单细胞ATAC-seq数据处理的实用指南，从质量评估到下游分析。 | 本文探讨了单细胞ATAC-seq在表观基因组分析中的应用及其对非编码变异功能的研究。 | 由于scATAC-seq数据的稀疏和噪声性质，处理数据需要不同的方法论和经验。 | 本研究旨在提供单细胞ATAC-seq数据处理的实用方法，以便于各种应用的研究。 | 研究对象包括单细胞水平测量的开放染色质区域及其在表观遗传调控中的作用。 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 78 | 2024-08-05 |
Spatial profiling of chromatin accessibility in mouse and human tissues
2022-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05094-1
PMID:35978191
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研究论文 | 本文描述了一种通过空间-ATAC-seq方法对组织切片进行空间分辨的染色质可及性分析 | 创新之处在于结合了原位Tn5转座化学和微流体确定性条形码，能够在细胞水平和基因组规模上捕捉组织的空间表观遗传信息 | NA | 研究目的在于改善对细胞身份、状态及命运决策的理解，尤其是与表观遗传基础相关的部分 | 研究对象包括小鼠和人类的脑组织以及扁桃体组织 | 空间生物学 | NA | 下一代测序 | NA | 组织切片 | 使用了小鼠胚胎和扁桃体组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2024-08-05 |
Systematic pan-cancer analysis identifies APOC1 as an immunological biomarker which regulates macrophage polarization and promotes tumor metastasis
2022-09, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106376
PMID:35914680
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研究论文 | 本文通过系统的全癌症分析发现APOC1是一个免疫生物标志物，调节巨噬细胞极化并促进肿瘤转移 | 阐明了APOC1在肿瘤免疫中的作用及其在肾细胞癌中异常表达的机制 | 研究主要集中于肾细胞癌，缺乏对其他癌种中APOC1作用的深入探讨 | 探讨APOC1在肿瘤免疫中的角色及其对巨噬细胞极化的影响 | APOC1在不同癌症中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 肿瘤组织和血清样本 | 涉及多种癌症的系统分析和肾细胞癌患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
Cell-type identity of the avian utricle
2022-09-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111432
PMID:36170825
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序鉴定了鸡内耳前庭器官中的不同感官毛细胞亚型特征基因 | 首次识别了鸡前庭器官的多种感官毛细胞亚型及其对应的标记基因 | 研究主要集中于鸡的前庭器官，结果可能不适用于其他物种 | 研究鸟类前庭器官中感官毛细胞的类型及其再生能力 | 鸡的前庭器官中感官毛细胞和支持细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |