单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 277 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-05 |
Decoding the olfactory map through targeted transcriptomics links murine olfactory receptors to glomeruli
2022-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32267-3
PMID:36050313
|
研究论文 | 本研究探讨了小鼠嗅觉系统中嗅觉受体与嗅球小球之间的映射关系 | 采用了序列切片结合目标捕获富集测序的方法，成功克服了低丰度嗅觉受体表达的问题 | 过去低丰度的嗅觉受体表达限制了高通量映射的可能性 | 理解嗅觉受体如何映射到嗅球小球，以进一步探索嗅觉机制 | 小鼠的嗅觉受体及其在嗅球小球中的分布 | 数字病理学 | NA | 目标捕获富集测序 | NA | NA | 映射了86%的嗅觉受体 |
| 62 | 2024-08-05 |
Spatial profiling of early primate gastrulation in utero
2022-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04953-1
PMID:35709828
|
研究论文 | 这篇文章展示了早期猕猴胚胎在体内的胚胎层化过程 | 首次使用空间转录组学概念揭示早期猕猴胚胎的发育过程 | 研究仅限于猕猴胚胎，可能无法完全推及人类发育 | 探讨早期胚胎发育中细胞多样性和轴向模式形成的分子机制 | 猕猴胚胎及其相关的干细胞模型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 高斯过程回归模型 | 转录组数据 | 猕猴胚胎样本 |
| 63 | 2024-08-05 |
Detecting retinal neural and stromal cell classes and ganglion cell subtypes based on transcriptome data with deep transfer learning
2022-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac514
PMID:35876552
|
研究论文 | 本研究开发并评估了深度学习模型，通过单细胞RNA测序数据识别不同类型的视网膜细胞和视网膜神经节细胞亚型 | 使用深度域自适应模型，结合多种损失函数，以提高不同数据集间的准确性 | 研究中仅基于小鼠的视网膜细胞，可能无法推广到其他物种 | 旨在提高识别不同视网膜细胞类型及其亚型的准确性 | 采用不同小鼠来源的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | RNA数据 | 44,808个视网膜细胞和6,225个及35,699个视网膜神经节细胞 |
| 64 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling reveals intra-tumoral heterogeneity in human chordomas
2022-Sep, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-022-03152-1
PMID:35084549
|
研究论文 | 这项研究探讨了人类软骨瘤中的肿瘤异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了软骨瘤的转录组特征及其异质性 | 仅涉及6个软骨瘤样本，样本量较小 | 评估软骨瘤的肿瘤异质性并识别潜在的治疗靶点 | 六个软骨瘤样本和分析的33,737个细胞 | 数字病理 | 软骨瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 6个软骨瘤样本，分析了33,737个细胞 |
| 65 | 2024-08-07 |
Follicular Lymphoma Microenvironment Characteristics Associated with Tumor Cell Mutations and MHC Class II Expression
2022-09-06, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0075
PMID:35687817
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了滤泡性淋巴瘤（FL）的肿瘤微环境，并探讨了肿瘤细胞突变与主要组织相容性复合体II类（MHC II）表达之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了FL的肿瘤和免疫细胞群体，并揭示了MHC II表达与T细胞表型特征的关联 | NA | 研究FL的肿瘤微环境特征及其与肿瘤细胞突变和MHC II表达的关系 | 滤泡性淋巴瘤的肿瘤微环境和免疫细胞群体 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 66 | 2024-08-07 |
Early life stress exacerbates obesity in adult female mice via mineralocorticoid receptor-dependent increases in adipocyte triglyceride and glycerol content
2022-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2022.120718
PMID:35714704
|
研究论文 | 本研究探讨了早期生活压力通过矿物皮质激素受体依赖性增加脂肪细胞甘油三酯和甘油含量，加剧成年雌性小鼠肥胖的现象。 | 本研究首次揭示了早期生活压力通过矿物皮质激素受体影响脂肪细胞功能，加剧肥胖的具体机制。 | 研究主要集中在雌性小鼠上，未来研究可以扩展到雄性小鼠或其他动物模型，以验证结果的普遍性。 | 旨在理解母体分离和早期断奶对脂肪组织基本稳态功能的具体影响，并探究这种影响是否通过矿物皮质激素受体介导。 | 研究对象包括雌性小鼠的卵巢白色脂肪组织，以及分离的前脂肪细胞和成熟脂肪细胞。 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学数据，脂质组学数据 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 67 | 2024-08-07 |
Schwann cell precursors represent a neural crest-like state with biased multipotency
2022-09-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108780
PMID:35815410
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，研究了施万细胞前体（SCPs）与神经嵴细胞的转录特征，揭示了SCPs在神经嵴谱系中的多能性及其在不同解剖位置的分化倾向。 | 首次通过单细胞转录组学技术展示了SCPs与神经嵴细胞的相似转录特征，并利用CRISPR-Cas9技术验证了关键基因Sox8在SCPs分化中的作用。 | NA | 探讨施万细胞前体在神经嵴谱系中的多能性及其分化机制。 | 施万细胞前体（SCPs）及其在神经嵴谱系中的分化。 | NA | NA | 单细胞转录组学, CRISPR-Cas9 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 68 | 2024-08-07 |
Combined protein and transcript single-cell RNA sequencing in human peripheral blood mononuclear cells
2022-09-01, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-022-01382-4
PMID:36045343
|
研究论文 | 本文开发了一种结合蛋白质和转录组单细胞RNA测序（scRNA-seq）的方法，用于分析人外周血单个核细胞（PBMCs）。 | 该研究首次实现了在PBMCs中同时进行蛋白质和转录组的单细胞RNA测序，这种方法比传统的流式细胞术、质谱细胞术或仅转录组的scRNA-seq具有更高的分辨率。 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序方法，以提高临床研究中PBMCs分析的分辨率和应用范围。 | 人外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Seurat UMAPs 和 Louvain 聚类 | 细胞 | 31名参与者，共测序41,611个细胞 |
| 69 | 2024-08-07 |
SECANT: a biology-guided semi-supervised method for clustering, classification, and annotation of single-cell multi-omics
2022-Sep, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgac165
PMID:36157595
|
研究论文 | 本文开发了一种名为SECANT的生物学指导半监督方法，用于单细胞多组学数据的聚类、分类和注释 | SECANT的创新点包括使用表面蛋白数据中识别的可靠细胞类型标签作为细胞聚类的指导，为每个细胞群提供一般注释，利用具有不确定或缺失细胞类型标签的细胞提高性能，以及准确预测scRNA-seq数据的可靠细胞类型 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞多组学数据，特别是CITE-seq数据 | 单细胞多组学数据，特别是CITE-seq数据 | 生物信息学 | NA | CITE-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 多个组织的公共和内部数据集 |
| 70 | 2024-08-07 |
Establishment of the large-scale longitudinal multi-omics dataset in COVID-19 patients: data profile and biospecimen
2022-Sep, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:35996834
|
研究论文 | 本文建立了COVID-19患者的大规模纵向多组学数据集，并提供了数据概况和生物样本信息 | 本研究收集了300名COVID-19患者和120名健康对照的全面生物样本和纵向多组学数据，包括全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序等 | NA | 旨在帮助管理当前和未来的病毒介导的流行病，并促进对COVID-19感染中涉及的生物相互作用的理解 | COVID-19患者的生物样本和多组学数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序、批量TCR/BCR测序、细胞因子 profiling | NA | 生物样本和多组学数据 | 300名COVID-19患者和120名健康对照 |
| 71 | 2024-08-07 |
Imipridones affect tumor bioenergetics and promote cell lineage differentiation in diffuse midline gliomas
2022-09-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noac041
PMID:35157764
|
research paper | 研究伊米普利酮类药物对弥漫中线胶质瘤的肿瘤生物能量学和细胞谱系分化的影响 | 首次详细描述了ONC201及其衍生物ONC206在弥漫中线胶质瘤中的抗癌机制，包括对肿瘤细胞代谢和线粒体损伤的影响，以及诱导细胞谱系分化的能力 | NA | 探究伊米普利酮类药物ONC201和ONC206在弥漫中线胶质瘤中的抗癌机制 | 弥漫中线胶质瘤的细胞和动物模型，以及患者样本 | digital pathology | 脑癌 | Seahorse XF Cell Mito Stress Test, MitoSOX, TMRM assay, 电子显微镜成像, bulk和单细胞RNA-seq | NA | 细胞, 动物模型, 患者样本 | 体外模型18个, 体内模型包括小鼠和斑马鱼, 患者样本20个 |
| 72 | 2024-08-07 |
Archetype tasks link intratumoral heterogeneity to plasticity and cancer hallmarks in small cell lung cancer
2022-09-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2022.07.006
PMID:35981544
|
研究论文 | 本文通过原型分析模型，利用多任务进化理论重新构建小细胞肺癌（SCLC）表型异质性，探讨肿瘤内异质性与可塑性和癌症特征之间的关系 | 应用原型分析模型和多任务进化理论来理解SCLC的表型异质性和可塑性 | NA | 探讨小细胞肺癌肿瘤内异质性与可塑性和癌症特征之间的关系 | 小细胞肺癌（SCLC）的肿瘤内异质性和细胞状态 | 数字病理学 | 肺癌 | 原型分析 | NA | 转录组数据 | 细胞系和肿瘤样本 |
| 73 | 2024-08-07 |
Biological Misinterpretation of Transcriptional Signatures in Tumor Samples Can Unknowingly Undermine Mechanistic Understanding and Faithful Alignment with Preclinical Data
2022-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1102
PMID:35792866
|
研究论文 | 本文探讨了肿瘤样本中转录组特征的生物学误解可能无意中削弱对疾病机制的理解，并影响与临床前数据的准确对应 | 开发了ConfoundR资源，允许用户测试基因/特征在多种癌症数据集中受基质影响的程度 | 研究主要集中在结直肠癌，可能需要进一步研究其他癌症类型 | 评估广泛使用的基因表达特征（GES）在肿瘤组织中受基质成分影响的程度 | 结直肠癌样本及其基因表达特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 激光捕获显微切割、流式细胞术、单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多区域活检临床样本 |
| 74 | 2024-08-07 |
Transcriptional Heterogeneity of Cellular Senescence in Cancer
2022-Sep-30, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2022.0036
PMID:35983702
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析癌症细胞衰老相关基因表达异质性中的应用 | 利用scRNA-seq技术揭示了癌症细胞中衰老相关基因表达的多样性及其在肿瘤恶性转化中的作用 | NA | 探讨衰老细胞在肿瘤恶性转化中的作用及衰老相关基因在肿瘤微环境中的功能 | 癌症细胞及肿瘤微环境中的基质细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 75 | 2024-08-07 |
[Research advances on the role and mechanism of epidermal stem cells in skin wound repair]
2022-Sep-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi
|
综述 | 本文综述了表皮干细胞在皮肤自我更新、伤口修复和再上皮化过程中的作用及其机制 | 介绍了单细胞测序和基因敲除等新技术和新概念在揭示表皮干细胞新机制中的应用 | NA | 探讨表皮干细胞的增殖、分化和迁移机制，并结合干细胞异质性和细胞可塑性的研究，深入理解其生理功能 | 表皮干细胞及其在皮肤伤口修复中的应用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 76 | 2024-08-07 |
Multi-context genetic modeling of transcriptional regulation resolves novel disease loci
2022-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33212-0
PMID:36171194
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CONTENT的新方法，该方法利用多上下文表达研究中的个体内部相关性，通过跨上下文的错误发现校正提高功率，并生成上下文特定和上下文共享的表达成分。 | CONTENT方法通过利用跨上下文的相关结构，提高了遗传预测基因的数量，并在转录组关联研究中增加了位点-表型关联的发现数量。 | NA | 提高转录组关联研究（TWAS）的解释和发现与复杂性状相关基因的能力。 | 多组织和单细胞RNA-seq数据集。 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多组织和单细胞数据集，具体样本数量未详细说明。 |
| 77 | 2024-08-07 |
Cell type-specific inference of differential expression in spatial transcriptomics
2022-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01575-3
PMID:36050488
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为C-SIDE的统计方法，用于在空间转录组学中识别细胞类型特异性的差异表达基因 | C-SIDE方法考虑了其他细胞类型的定位，并能应用于多种情境，如病理、解剖区域、细胞间相互作用和细胞微环境 | NA | 开发一种新的统计方法，用于在空间转录组学中准确识别细胞类型特异性的差异表达基因 | 空间转录组学中的差异表达基因 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 使用了Slide-seq、MERFISH和Visium数据集进行模拟和验证实验 |
| 78 | 2024-08-07 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
|
研究论文 | 介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | HUNTRESS方法在处理大量细胞和突变数据时，运行时间呈线性增长，且在模拟和真实肿瘤测序数据中显示出比现有方法更快的速度和相当的或更好的准确性 | NA | 开发一种快速且准确的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | 单细胞测序数据中的肿瘤内异质性 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 计算方法 | 基因型矩阵 | NA |
| 79 | 2024-08-07 |
Singling out motor neurons in the age of single-cell transcriptomics
2022-09, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2022.03.016
PMID:35487823
|
research paper | 本文讨论了利用单细胞转录组学技术揭示成年动物运动神经元内在异质性的新兴技术及其对疾病和脊髓损伤的潜在影响 | 利用高吞吐量的单细胞转录组学技术，快速分离和分析运动神经元核，揭示了骨骼和自主神经系统的显著转录多样性 | NA | 定义成年运动系统中运动神经元的异质性，并探讨其对疾病和脊髓损伤的影响 | 运动神经元的异质性及其在健康和退化状态下的特性 | digital pathology | neuromuscular disease | single-cell transcriptomics | NA | transcriptomic data | NA |
| 80 | 2024-08-07 |
Inference on spatial heterogeneity in tumor microenvironment using spatial transcriptomics data
2022-Sep, Computational and systems oncology
DOI:10.1002/cso2.1043
PMID:36035873
|
研究论文 | 本文提出了一种基于网络图的空间统计模型框架，用于分析空间转录组数据，以揭示肿瘤微环境中的模块性和空间异质性 | 首次提出使用网络图的空间统计模型来量化肿瘤微环境中的空间异质性 | 研究仅限于胰腺导管腺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症 | 研究肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生长和癌症特征的影响 | 肿瘤微环境中的细胞类型和通路特征的空间分布 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 网络图 | 分子数据 | 胰腺导管腺癌样本 |