单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 277 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-17 |
Targeting Glutamine Metabolism to Enhance Immunoprevention of EGFR-Driven Lung Cancer
2022-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202105885
PMID:35861366
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研究论文 | 本文报道了一种口服活性谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，其在EGFR驱动的肺癌小鼠模型中显示出强大的抗癌效果，并与EGFR肽疫苗EVax联合使用时显著抑制肺癌发展 | JHU083通过抑制谷氨酰胺代谢，增加CD8 T细胞和CD4 Th1细胞的浸润，减少免疫抑制细胞，从而增强EVax的免疫预防效果 | NA | 研究谷氨酰胺代谢在EGFR驱动的肺癌免疫预防中的作用 | EGFR驱动的肺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠模型 |
| 42 | 2024-08-07 |
Transcriptional and Immune Landscape of Cardiac Sarcoidosis
2022-09-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320449
PMID:36111531
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并识别了其与其它炎症性心脏疾病的差异 | 本研究首次通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中免疫细胞的多样性和独特的分子特征 | NA | 阐明心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并区分其与其它炎症性心脏疾病的差异 | 心脏肉瘤病中的免疫细胞类型及其转录组景观 | 数字病理学 | 心脏肉瘤病 | 空间转录组学（GeoMx数字空间分析仪）和单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类心脏肉瘤病样本 |
| 43 | 2024-08-07 |
Brain cancer stem cells: resilience through adaptive plasticity and hierarchical heterogeneity
2022-09, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-022-00486-x
PMID:35710946
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综述 | 本文综述了脑癌干细胞如何通过适应性可塑性和层次异质性在脑肿瘤生态系统中维持其动态特性，并探讨了单细胞测序等技术进步如何帮助我们更好地理解这些机制以用于治疗目的 | 利用单细胞测序等技术深入探讨脑癌干细胞的生物机制，并探索这些机制如何被用于治疗 | NA | 探讨脑癌干细胞的生物机制及其在治疗中的应用潜力 | 脑癌干细胞及其在脑肿瘤中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 44 | 2024-08-05 |
Unsupervised cell functional annotation for single-cell RNA-seq
2022-Sep-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276609.122
PMID:35764397
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研究论文 | 本文章介绍了一种新的神经网络方法UNIFAN，用于对单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据进行细胞功能注释和聚类 | UNIFAN将细胞聚类和注释结合在一起，利用已知基因集来改善细胞类型分配，具有创新性 | 缺乏对不同细胞类型间复杂相互作用的深入分析 | 开发一种新的无监督方法来提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型分配准确性 | 人类和小鼠的单细胞RNA-seq数据集，来源于多个不同的器官 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 基因表达数据 | 多个不同器官的不同样本 |
| 45 | 2024-08-05 |
Celda: a Bayesian model to perform co-clustering of genes into modules and cells into subpopulations using single-cell RNA-seq data
2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac066
PMID:36110899
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研究论文 | 本文开发了一种名为Celda的新型贝叶斯模型，用于对单细胞RNA-seq数据中的基因和细胞进行共同聚类 | Celda能够量化每个基因对每个模块的概率贡献，并在其他常用流程中遗漏的细胞亚群中取得新的发现 | 未提及 | 揭示复杂组织的分子和细胞构建块，并表征转录程序及细胞异质性 | 使用单细胞RNA-seq数据进行基因和细胞的共同聚类分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 贝叶斯层次模型 | 基因表达数据 | 外周血单核细胞数据集 |
| 46 | 2024-08-05 |
Fundamental and practical approaches for single-cell ATAC-seq analysis
2022-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-022-00082-5
PMID:36313930
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综述 | 本文提供了关于单细胞ATAC-seq数据处理的实用指南，从质量评估到下游分析。 | 本文探讨了单细胞ATAC-seq在表观基因组分析中的应用及其对非编码变异功能的研究。 | 由于scATAC-seq数据的稀疏和噪声性质，处理数据需要不同的方法论和经验。 | 本研究旨在提供单细胞ATAC-seq数据处理的实用方法，以便于各种应用的研究。 | 研究对象包括单细胞水平测量的开放染色质区域及其在表观遗传调控中的作用。 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 47 | 2024-08-05 |
Spatial profiling of chromatin accessibility in mouse and human tissues
2022-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05094-1
PMID:35978191
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研究论文 | 本文描述了一种通过空间-ATAC-seq方法对组织切片进行空间分辨的染色质可及性分析 | 创新之处在于结合了原位Tn5转座化学和微流体确定性条形码，能够在细胞水平和基因组规模上捕捉组织的空间表观遗传信息 | NA | 研究目的在于改善对细胞身份、状态及命运决策的理解，尤其是与表观遗传基础相关的部分 | 研究对象包括小鼠和人类的脑组织以及扁桃体组织 | 空间生物学 | NA | 下一代测序 | NA | 组织切片 | 使用了小鼠胚胎和扁桃体组织样本 |
| 48 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing reveals activation of core transcription factors in PRC2-deficient malignant peripheral nerve sheath tumor
2022-09-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111363
PMID:36130486
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研究论文 | 本研究揭示了在PRC2缺失的恶性周围神经鞘瘤中核心转录因子的激活机制 | 通过单细胞测序与工程细胞结合，本研究首次揭示了PRC2缺失导致的肿瘤细胞转录程序改变与干细胞特征的关系 | 本研究未涉及PRC2缺失在其他类型肿瘤中的影响 | 阐明PRC2缺失的肿瘤发生机制 | 针对PRC2缺失的恶性周围神经鞘瘤细胞进行研究 | 数字病理学 | 恶性周围神经鞘瘤 | 单细胞测序 | NA | 临床样本 | NA |
| 49 | 2024-08-05 |
Systematic pan-cancer analysis identifies APOC1 as an immunological biomarker which regulates macrophage polarization and promotes tumor metastasis
2022-09, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106376
PMID:35914680
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研究论文 | 本文通过系统的全癌症分析发现APOC1是一个免疫生物标志物，调节巨噬细胞极化并促进肿瘤转移 | 阐明了APOC1在肿瘤免疫中的作用及其在肾细胞癌中异常表达的机制 | 研究主要集中于肾细胞癌，缺乏对其他癌种中APOC1作用的深入探讨 | 探讨APOC1在肿瘤免疫中的角色及其对巨噬细胞极化的影响 | APOC1在不同癌症中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 肿瘤组织和血清样本 | 涉及多种癌症的系统分析和肾细胞癌患者的样本 |
| 50 | 2024-08-05 |
Cell-type identity of the avian utricle
2022-09-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111432
PMID:36170825
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序鉴定了鸡内耳前庭器官中的不同感官毛细胞亚型特征基因 | 首次识别了鸡前庭器官的多种感官毛细胞亚型及其对应的标记基因 | 研究主要集中于鸡的前庭器官，结果可能不适用于其他物种 | 研究鸟类前庭器官中感官毛细胞的类型及其再生能力 | 鸡的前庭器官中感官毛细胞和支持细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 51 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome mapping identifies a local, innate B cell population driving chronic rejection after lung transplantation
2022-09-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.156648
PMID:36134664
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研究论文 | 本研究分析了肺移植后慢性排斥反应中细胞种群变化及其基因表达模式 | 首次识别了驱动肺移植后慢性排斥反应的局部固有B细胞群体及其在BOS中的作用 | 研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全代表人类情况 | 理解B细胞在慢性排斥反应中的作用及其异质性 | 肺移植小鼠模型及人类BOS病例 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了2个不同的人类BOS队列和小鼠模型 |
| 52 | 2024-08-05 |
Genome-wide DNA hypermethylation opposes healing in patients with chronic wounds by impairing epithelial-mesenchymal transition
2022-09-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI157279
PMID:35819852
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研究论文 | 本研究探讨了慢性创伤患者中全基因组DNA高甲基化如何通过影响上皮间充质转化阻碍创伤愈合 | 该研究首次通过全基因组甲基组分析揭示了慢性创伤边缘组织中高甲基化与上皮间充质转化之间的关系 | 研究主要集中于小鼠实验，可能存在物种间差异 | 研究创伤微环境中的表观遗传机制及其在慢性创伤愈合中的作用 | 慢性创伤患者的创伤边缘组织和小鼠模型 | 数字病理学 | NA | RNA-Seq，亚硫酸盐测序 | NA | 基因组数据 | 慢性创伤患者创伤边缘组织4,689个差异甲基化区域 |
| 53 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Molecular Features of Heterogeneity in the Murine Retinal Pigment Epithelium
2022-Sep-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810419
PMID:36142331
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研究论文 | 这篇文章通过单细胞RNA测序揭示了小鼠视网膜色素上皮细胞的分子异质性特征 | 首次通过单细胞RNA测序识别出视网膜色素上皮细胞的六种不同细胞群体，并探讨其发育过程中的代谢网络变化 | 只在两只年轻成年小鼠中进行了研究，样本量有限，可能无法完全代表其他小鼠或不同生理状态下的情况 | 研究视网膜色素上皮细胞的异质性及其在眼部发育和功能中的作用 | 主要研究小鼠视网膜色素上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2667和2846个视网膜色素上皮细胞 |
| 54 | 2024-08-05 |
Transcriptional and functional analyses of neoantigen-specific CD4 T cells during a profound response to anti-PD-L1 in metastatic Merkel cell carcinoma
2022-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005328
PMID:36252564
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研究论文 | 本研究探讨了在转移性梅克尔细胞癌中对抗PD-L1的显著反应期间，特异性针对新抗原的CD4 T细胞的转录和功能分析 | 这是首次报告梅克尔细胞癌中针对新抗原的特异性T细胞反应的研究 | 研究仅关注一名病毒阴性梅克尔细胞癌患者，样本量较小 | 本研究的目的在于分析特异性针对新抗原的CD4 T细胞的功能和转录特征 | 研究对象为一位中年女性梅克尔细胞癌患者及其血液中的T细胞 | 数字病理学 | 梅克尔细胞癌 | 全外显子测序（WES）、ELISpot、流式细胞术和单细胞RNA序列分析 | NA | 血液样本 | 1名患者 |
| 55 | 2024-08-05 |
Hippo signaling cofactor, WWTR1, at the crossroads of human trophoblast progenitor self-renewal and differentiation
2022-09-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2204069119
PMID:36037374
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研究论文 | 本文探讨了Hippo信号共因子WWTR1在人类滋养层前体自我更新和分化过程中的关键作用 | 揭示了WWTR1作为人类滋养层命运选择的主调控因子，并明确了其在自我更新和分化中的双重作用 | 对WWTR1在不同妊娠阶段的完全作用及其调控机制仍需进一步研究 | 揭示人类滋养层前体的自我更新与分化之间的分子机制 | 人类滋养层干细胞、初级滋养细胞和人类胎盘样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 多个胎盘样本，包括病理妊娠的胎盘 |
| 56 | 2024-08-05 |
Transcriptional profiling of mouse projection neurons with VECTORseq
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101625
PMID:36035788
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研究论文 | 本文介绍了一种新技术VECTORseq，用于小鼠投射神经元的转录组特征分析 | 开发了VECTORseq技术，可以同时在单个实验中标记多个神经元群体 | 未提及具体的研究限制 | 提高投射神经元转录组特征分析的通量 | 小鼠脑中的不同投射神经元 | 数字病理学 | NA | 病毒条形码传递 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 57 | 2024-08-05 |
Modular derivation of diverse, regionally discrete human posterior CNS neurons enables discovery of transcriptomic patterns
2022-09-30, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abn7430
PMID:36179024
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研究论文 | 本文建立了一种模块化的单层分化范式，用于衍生具有区域特异性的多样化人类后中枢神经系统神经元 | 创新性地使用调节D/V信号来导向不同类型的后中枢神经系统神经元，并利用单细胞RNA测序和计算管道发现区域特异性的转录标记 | 研究可能在hPSCs的来源以及特定神经元类型的功能验证方面存在局限 | 旨在通过衍生人类后中枢神经系统神经元来加深对人类神经发育和疾病的理解 | 研究对象为由人类多能干细胞衍生的后中枢神经系统神经元前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 58 | 2024-08-05 |
Dissociation and inDrops microfluidic encapsulation of human gut tissues for single-cell atlasing studies
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101570
PMID:35880121
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研究论文 | 本文详细介绍了人肠组织解离和在inDrops微流体平台上的单细胞RNA测序的步骤 | 创新点在于使用冷激活蛋白酶进行人肠组织解离，并在inDrops平台上进行单细胞封装 | 此方法的适用性尚需进一步验证，尤其是在不同类型的肠组织中 | 研究人肠组织的单细胞RNA测序，以帮助了解细胞的多样性和功能 | 人肠组织中的单个上皮细胞 | 数字病理 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了多种病变和炎症状态的组织样本 |
| 59 | 2024-08-05 |
Neurons burdened by DNA double-strand breaks incite microglia activation through antiviral-like signaling in neurodegeneration
2022-09-30, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abo4662
PMID:36170369
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研究论文 | 该文章研究了含有DNA双链断裂的神经元如何通过抗病毒信号激活小胶质细胞，从而影响与神经退行性变相关的神经炎症 | 首次揭示了含有双链断裂的神经元在疾病相关神经炎症机制中的新作用 | 研究的模型仅限于CK-p25小鼠，可能限制了结果的普适性 | 探索含有DNA双链断裂的神经元对神经炎症的影响 | CK-p25小鼠模型中的含有DNA双链断裂的神经元 | 数字病理学 | 老年痴呆症 | 单核、整体和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | CK-p25小鼠脑组织 |
| 60 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of immune cell transcriptome during HIV-1 infection and therapy
2022-09-29, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-022-00523-2
PMID:36175869
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研究论文 | 本研究对HIV-1感染和治疗期间免疫细胞转录组进行了单细胞分析 | 通过单细胞转录组测序，我们识别了HIV-1感染后免疫细胞中关键的分子通路和基因，揭示了HIV-1感染和疗法中的潜在治疗靶点 | 研究主要集中在特定的免疫细胞类型，可能无法全面反映所有免疫细胞的动态变化 | 理解HIV-1感染及其治疗过程中免疫细胞功能的变化 | 慢性未治疗HIV-1个体、接受ART的HIV-1感染者以及HIV-1阴性个体的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个HIV-1感染者和健康供体的免疫细胞样本 |