单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 277 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-07 |
Gliotransmission of D-serine promotes thirst-directed behaviors in Drosophila
2022-09-26, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2022.07.038
PMID:35963239
|
研究论文 | 本文研究了果蝇在缺水条件下大脑中的分子和细胞适应性变化，特别是星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸促进饮水行为 | 首次揭示了星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸在果蝇饮水行为中的作用，并发现D-丝氨酸通过结合神经元NMDA型谷氨酸受体来增强饮水行为 | 研究仅限于果蝇模型，尚未在其他物种中验证 | 探究缺水条件下果蝇大脑中的分子和细胞适应性变化及其对饮水行为的影响 | 果蝇在缺水条件下的星形胶质细胞及其释放的D-丝氨酸 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 缺水果蝇的脑细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-09-06 |
Clinical and Prognostic Value of PPIA, SQSTM1, and CCL20 in Hepatocellular Carcinoma Patients by Single-Cell Transcriptome Analysis
2022-09-30, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11193078
PMID:36231045
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析研究了PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌患者中的临床和预后价值 | 本文首次通过单细胞转录组分析揭示了PPIA、SQSTM1和CCL20与肝细胞癌患者总体生存率的关联，并构建了一个高预测性和准确性的风险诺模图 | 本文未详细讨论单细胞转录组分析的技术局限性以及诺模图在实际临床应用中的验证情况 | 研究PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌中的临床和预后价值，并开发新的诊断标志物 | 肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 诺模图 | 转录组数据 | 涉及肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-09-06 |
Spatially specific mechanisms and functions of the plant circadian clock
2022-09-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiac236
PMID:35640123
|
综述 | 本文综述了植物昼夜节律钟的空间特异性机制和功能 | 利用单细胞时间流逝显微镜和单细胞RNA测序等新技术，揭示了植物昼夜节律钟在器官、组织和细胞类型中的高度特异性 | NA | 探讨植物昼夜节律钟的空间特异性功能及其对植物适应性的影响 | 植物的昼夜节律钟及其在不同器官、组织和细胞类型中的调控机制 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-09-06 |
Transcriptomics and RNA-Based Therapeutics as Potential Approaches to Manage SARS-CoV-2 Infection
2022-Sep-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231911058
PMID:36232363
|
研究论文 | 本文探讨了转录组学和基于RNA的疗法在管理SARS-CoV-2感染中的潜在应用 | 本文介绍了转录组学方法在监测、检测、诊断和治疗SARS-CoV-2中的临床应用，并讨论了RNA疗法与SARS-CoV-2的关系 | NA | 探讨转录组学和基于RNA的疗法在管理SARS-CoV-2感染中的应用 | SARS-CoV-2病毒及其感染过程 | 数字病理学 | COVID-19 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-09-06 |
Comparative single-cell transcriptional atlases of Babesia species reveal conserved and species-specific expression profiles
2022-09, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001816
PMID:36137068
|
研究论文 | 本文比较了三种巴贝斯虫属物种的单细胞转录组图谱，揭示了保守和物种特异的表达谱 | 本文首次应用单细胞RNA测序技术对三种巴贝斯虫属物种进行研究，构建了伪同步的时间进程基因表达谱，并识别了协调表达的基因簇和物种特异的共表达网络 | 由于巴贝斯虫属寄生虫的同步化限制，无法获得精细的时间进程转录组资源 | 研究巴贝斯虫属寄生虫的无性血液感染阶段的复制周期进展和调控 | 巴贝斯虫属的三种物种（B. divergens, B. bovis, 和 B. bigemina） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图形模型 | 基因表达数据 | 三种巴贝斯虫属物种的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-09-06 |
Single-cell immune repertoire sequencing of B and T cells in murine models of infection and autoimmunity
2022-09, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-022-00180-w
PMID:36028771
|
研究论文 | 本文研究了在小鼠感染和自身免疫模型中单细胞免疫组库中B细胞和T细胞的转录组和免疫组库信息 | 利用单细胞测序技术，同时获取了适应性免疫受体序列和转录组信息，揭示了克隆扩增、胚系基因使用和克隆趋同性与细胞表型之间的关系 | NA | 研究小鼠模型中感染和自身免疫状态下B细胞和T细胞的免疫组库和转录组信息 | 小鼠模型中的B细胞和T细胞，包括T滤泡辅助细胞、CD8+ T细胞和神经系统中的B细胞和T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据和免疫组库数据 | 涉及多种小鼠模型中的B细胞和T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-09-05 |
Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods
2022-Sep-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04774-z
PMID:36131234
|
研究论文 | 本研究评估了六种著名机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 首次系统评估了多种机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能，并比较了其在不同数据集间的稳定性 | 整体性能不如在scRNA-seq分析中的表现 | 评估机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | SVM, NMC | scATAC-seq数据 | 4个公共scATAC-seq数据集，涉及不同组织、大小和技术 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-09-05 |
Identification of spatially variable genes with graph cuts
2022-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33182-3
PMID:36123336
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于图割优化隐马尔可夫随机场的方法scGCO，用于识别空间变异基因 | scGCO方法在降低假阳性率和提高特异性方面表现更优，且在噪声存在时更稳健，运行时间和内存需求远低于现有方法 | NA | 开发一种高效的方法来分析具有位置信息的单细胞基因表达数据 | 空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 图割优化隐马尔可夫随机场 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-09-05 |
Purkinje Cell Patterning-Insights from Single-Cell Sequencing
2022-09-18, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11182918
PMID:36139493
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，深入研究了小脑浦肯野细胞在发育和成熟过程中的分子多样性 | 利用单细胞RNA测序技术，提供了对小脑浦肯野细胞转录组的高分辨率分析，增进了对浦肯野细胞发育和功能的理解 | NA | 探讨浦肯野细胞在发育过程中的分子多样性及其对功能的影响 | 小脑浦肯野细胞的分子表型、生理特性及其在发育中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类的小脑样本 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-09-05 |
Single-cell analysis of menstrual endometrial tissues defines phenotypes associated with endometriosis
2022-09-15, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-022-02500-3
PMID:36104692
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了月经期子宫内膜组织，定义了与子宫内膜异位症相关的表型 | 首次使用单细胞RNA测序技术比较了子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜组织，发现了与子宫内膜异位症相关的独特细胞亚群 | NA | 旨在通过分析月经期子宫内膜组织，提供一种有效的子宫内膜异位症筛查工具 | 月经期子宫内膜组织，包括子宫内膜异位症患者和对照组 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 33名受试者，包括确诊的子宫内膜异位症患者、对照组和有慢性症状但未确诊的受试者 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-09-05 |
Binary organization of epidermal basal domains highlights robustness to environmental exposure
2022-09-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110488
PMID:35949182
|
研究论文 | 本文通过标记表达和单细胞转录组学研究了小鼠和人类皮肤中表皮基底层的分子和细胞状态，揭示了两种基底细胞分化路径，并发现了Sox6作为UV诱导的转录因子在表皮基底层的生理作用。 | 本文首次揭示了小鼠尾部和人体皮肤中表皮基底层的空间域组织与环境适应性的关系，并发现了Sox6在UV暴露下的新作用。 | NA | 阐明表皮基底层的分子和细胞状态，以及其在环境暴露下的适应性和鲁棒性。 | 小鼠和人类皮肤的表皮基底层。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-09-05 |
omicsGAT: Graph Attention Network for Cancer Subtype Analyses
2022-Sep-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810220
PMID:36142140
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为omicsGAT的图注意力网络模型，用于整合基于图的学习和注意力机制，以分析RNA-seq数据，特别是在癌症亚型分析中的应用 | omicsGAT模型通过多头部注意力机制，能够为特定样本的邻居分配不同的注意力系数，从而更有效地获取样本信息 | NA | 提高疾病表型预测、癌症患者分层和细胞聚类的准确性 | 乳腺癌和膀胱癌的RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | 图注意力网络（GAT） | RNA-seq数据 | 涉及TCGA乳腺癌和膀胱癌的bulk RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-09-05 |
Single-Cell Profiling of the Immune Atlas of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Endometrial Carcinoma
2022-Sep-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14174311
PMID:36077846
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术分析，对子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行了免疫图谱绘制 | 首次鉴定出三种转录上不同的NK细胞亚群，并发现了CD103+ CD8+ T细胞的内在异质性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序等技术绘制I型子宫内膜癌中TILs的免疫图谱 | 子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-09-05 |
Production and characterization of virus-free, CRISPR-CAR T cells capable of inducing solid tumor regression
2022-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004446
PMID:36382633
|
研究论文 | 本研究利用CRISPR/Cas9技术生产并表征了无病毒的CRISPR-CAR T细胞，这些细胞能够诱导实体瘤消退 | 本研究首次展示了利用无病毒的CRISPR/Cas9技术生产的CAR T细胞，这些细胞具有TRAC基因特异性整合CAR转基因、增强的转录和蛋白质特征以及低基础信号传导等特点 | 目前尚不清楚这种策略是否能影响实体瘤的治疗效果 | 研究旨在开发一种无病毒的CAR T细胞生产方法，以改善包括实体瘤在内的癌症治疗 | 研究对象为抗GD2 CAR T细胞及其在实体瘤治疗中的应用 | 生物技术 | 实体瘤 | CRISPR/Cas9 | CAR T细胞 | 基因组、转录组、蛋白质组和分泌组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-09-04 |
miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104962
PMID:36060076
|
研究论文 | 介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达 | miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性 | NA | 旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达 | miRNA在细胞分辨率下的活性 | 生物信息学 | 胰腺癌, 肺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-09-04 |
Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104900
PMID:36039299
|
研究论文 | 本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析 | 构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞 | 本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果 | 揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制 | 免疫后小鼠肺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据 | 免疫后小鼠肺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-09-04 |
Identifying potential signatures for atherosclerosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative bioinformatics approaches and machine-learning strategies
2022-Sep, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-022-00289-y
PMID:36061826
|
研究论文 | 本研究利用综合生物信息学方法和机器学习策略，在预测、预防和个性化医学背景下，识别动脉粥样硬化的潜在遗传标志物 | 首次报道DHRS9在动脉粥样硬化形成中的作用，并通过免疫机制揭示其致动脉粥样硬化的效应 | NA | 旨在识别动脉粥样硬化的关键遗传标志物，并探索其潜在的分子免疫机制 | 动脉粥样硬化的遗传标志物及其免疫细胞相关性 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达综合数据库(GEO)、细胞类型识别(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 基因表达数据 | 611个差异表达基因，包括361个上调基因和250个下调基因，以及人类和小鼠实验验证 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-09-04 |
Vesalius: high-resolution in silico anatomization of spatial transcriptomic data using image analysis
2022-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202211080
PMID:36065846
|
research paper | 本文开发了Vesalius工具，通过应用图像处理技术从空间转录组数据中解析组织解剖结构 | Vesalius能够独特地检测由多种细胞类型组成的区域，并成功恢复了高分辨率空间转录组数据中的组织结构 | NA | 旨在通过空间转录组数据解析组织解剖结构，以深入理解细胞通信、发育和疾病 | 主要研究对象包括小鼠的大脑、胚胎、肝脏和结肠组织 | digital pathology | NA | image processing technology | NA | spatial transcriptomics data | 涉及小鼠大脑、胚胎、肝脏和结肠的高分辨率空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-17 |
Targeting Glutamine Metabolism to Enhance Immunoprevention of EGFR-Driven Lung Cancer
2022-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202105885
PMID:35861366
|
研究论文 | 本文报道了一种口服活性谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，其在EGFR驱动的肺癌小鼠模型中显示出强大的抗癌效果，并与EGFR肽疫苗EVax联合使用时显著抑制肺癌发展 | JHU083通过抑制谷氨酰胺代谢，增加CD8 T细胞和CD4 Th1细胞的浸润，减少免疫抑制细胞，从而增强EVax的免疫预防效果 | NA | 研究谷氨酰胺代谢在EGFR驱动的肺癌免疫预防中的作用 | EGFR驱动的肺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Transcriptional and Immune Landscape of Cardiac Sarcoidosis
2022-09-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.320449
PMID:36111531
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并识别了其与其它炎症性心脏疾病的差异 | 本研究首次通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了心脏肉瘤病中免疫细胞的多样性和独特的分子特征 | NA | 阐明心脏肉瘤病中的细胞和转录组景观，并区分其与其它炎症性心脏疾病的差异 | 心脏肉瘤病中的免疫细胞类型及其转录组景观 | 数字病理学 | 心脏肉瘤病 | 空间转录组学（GeoMx数字空间分析仪）和单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类心脏肉瘤病样本 | NA | NA | NA | NA |