单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-07	The spatiotemporal dynamics of microglia across the human lifespan 2022-09-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.07.015 PMID:35977545	研究论文	本文研究了人类一生中微胶质细胞在人脑中的时空动态变化	首次在人类大脑中详细分析了微胶质细胞的发育过程，填补了这一领域的知识空白	研究主要基于尸检组织，样本数量有限	探讨微胶质细胞在人类一生中的发育和动态变化	微胶质细胞在人脑中的时空动态	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	97个尸检组织样本
22	2024-09-06	Clinical and Prognostic Value of PPIA, SQSTM1, and CCL20 in Hepatocellular Carcinoma Patients by Single-Cell Transcriptome Analysis 2022-09-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11193078 PMID:36231045	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌患者中的临床和预后价值	本文首次通过单细胞转录组分析揭示了PPIA、SQSTM1和CCL20与肝细胞癌患者总体生存率的关联，并构建了一个高预测性和准确性的风险诺模图	本文未详细讨论单细胞转录组分析的技术局限性以及诺模图在实际临床应用中的验证情况	研究PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌中的临床和预后价值，并开发新的诊断标志物	肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	诺模图	转录组数据	涉及肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据
23	2024-09-06	Spatially specific mechanisms and functions of the plant circadian clock 2022-09-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiac236 PMID:35640123	综述	本文综述了植物昼夜节律钟的空间特异性机制和功能	利用单细胞时间流逝显微镜和单细胞RNA测序等新技术，揭示了植物昼夜节律钟在器官、组织和细胞类型中的高度特异性	NA	探讨植物昼夜节律钟的空间特异性功能及其对植物适应性的影响	植物的昼夜节律钟及其在不同器官、组织和细胞类型中的调控机制	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
24	2024-09-06	Transcriptomics and RNA-Based Therapeutics as Potential Approaches to Manage SARS-CoV-2 Infection 2022-Sep-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231911058 PMID:36232363	研究论文	本文探讨了转录组学和基于RNA的疗法在管理SARS-CoV-2感染中的潜在应用	本文介绍了转录组学方法在监测、检测、诊断和治疗SARS-CoV-2中的临床应用，并讨论了RNA疗法与SARS-CoV-2的关系	NA	探讨转录组学和基于RNA的疗法在管理SARS-CoV-2感染中的应用	SARS-CoV-2病毒及其感染过程	数字病理学	COVID-19	转录组学	NA	转录组数据	NA
25	2024-09-06	Comparative single-cell transcriptional atlases of Babesia species reveal conserved and species-specific expression profiles 2022-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001816 PMID:36137068	研究论文	本文比较了三种巴贝斯虫属物种的单细胞转录组图谱，揭示了保守和物种特异的表达谱	本文首次应用单细胞RNA测序技术对三种巴贝斯虫属物种进行研究，构建了伪同步的时间进程基因表达谱，并识别了协调表达的基因簇和物种特异的共表达网络	由于巴贝斯虫属寄生虫的同步化限制，无法获得精细的时间进程转录组资源	研究巴贝斯虫属寄生虫的无性血液感染阶段的复制周期进展和调控	巴贝斯虫属的三种物种（B. divergens, B. bovis, 和 B. bigemina）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图形模型	基因表达数据	三种巴贝斯虫属物种的单细胞样本
26	2024-09-06	Single-cell immune repertoire sequencing of B and T cells in murine models of infection and autoimmunity 2022-09, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-022-00180-w PMID:36028771	研究论文	本文研究了在小鼠感染和自身免疫模型中单细胞免疫组库中B细胞和T细胞的转录组和免疫组库信息	利用单细胞测序技术，同时获取了适应性免疫受体序列和转录组信息，揭示了克隆扩增、胚系基因使用和克隆趋同性与细胞表型之间的关系	NA	研究小鼠模型中感染和自身免疫状态下B细胞和T细胞的免疫组库和转录组信息	小鼠模型中的B细胞和T细胞，包括T滤泡辅助细胞、CD8+ T细胞和神经系统中的B细胞和T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	转录组数据和免疫组库数据	涉及多种小鼠模型中的B细胞和T细胞样本
27	2024-09-05	Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma 2022-Sep-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01110-1 PMID:36153593	研究论文	研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序，以及空间转录组学分析，探讨原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中的肿瘤内异质性和T细胞耗竭现象。	首次详细描述了PCNSL中恶性B细胞的转录和空间异质性，以及T细胞耗竭与恶性细胞的共定位现象。	研究受限于从中枢神经系统活检中获得的材料有限。	深入了解PCNSL的肿瘤内异质性和T细胞耗竭机制。	原发性中枢神经系统淋巴瘤的细胞和分子特征。	数字病理学	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、B细胞受体测序、空间转录组学	NA	细胞、RNA	活检材料、血液和脑脊液中的PCNSL细胞
28	2024-09-05	Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods 2022-Sep-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04774-z PMID:36131234	研究论文	本研究评估了六种著名机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能	首次系统评估了多种机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能，并比较了其在不同数据集间的稳定性	整体性能不如在scRNA-seq分析中的表现	评估机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能	单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型分类	机器学习	NA	scATAC-seq	SVM, NMC	scATAC-seq数据	4个公共scATAC-seq数据集，涉及不同组织、大小和技术
29	2024-09-05	Identification of spatially variable genes with graph cuts 2022-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33182-3 PMID:36123336	研究论文	本文介绍了一种基于图割优化隐马尔可夫随机场的方法scGCO，用于识别空间变异基因	scGCO方法在降低假阳性率和提高特异性方面表现更优，且在噪声存在时更稳健，运行时间和内存需求远低于现有方法	NA	开发一种高效的方法来分析具有位置信息的单细胞基因表达数据	空间变异基因	生物信息学	NA	图割优化隐马尔可夫随机场	NA	单细胞基因表达数据	NA
30	2024-09-05	Purkinje Cell Patterning-Insights from Single-Cell Sequencing 2022-09-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11182918 PMID:36139493	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，深入研究了小脑浦肯野细胞在发育和成熟过程中的分子多样性	利用单细胞RNA测序技术，提供了对小脑浦肯野细胞转录组的高分辨率分析，增进了对浦肯野细胞发育和功能的理解	NA	探讨浦肯野细胞在发育过程中的分子多样性及其对功能的影响	小脑浦肯野细胞的分子表型、生理特性及其在发育中的变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人类的小脑样本
31	2024-09-05	Single-cell analysis of menstrual endometrial tissues defines phenotypes associated with endometriosis 2022-09-15, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-022-02500-3 PMID:36104692	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了月经期子宫内膜组织，定义了与子宫内膜异位症相关的表型	首次使用单细胞RNA测序技术比较了子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜组织，发现了与子宫内膜异位症相关的独特细胞亚群	NA	旨在通过分析月经期子宫内膜组织，提供一种有效的子宫内膜异位症筛查工具	月经期子宫内膜组织，包括子宫内膜异位症患者和对照组	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	33名受试者，包括确诊的子宫内膜异位症患者、对照组和有慢性症状但未确诊的受试者
32	2024-09-05	Binary organization of epidermal basal domains highlights robustness to environmental exposure 2022-09-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021110488 PMID:35949182	研究论文	本文通过标记表达和单细胞转录组学研究了小鼠和人类皮肤中表皮基底层的分子和细胞状态，揭示了两种基底细胞分化路径，并发现了Sox6作为UV诱导的转录因子在表皮基底层的生理作用。	本文首次揭示了小鼠尾部和人体皮肤中表皮基底层的空间域组织与环境适应性的关系，并发现了Sox6在UV暴露下的新作用。	NA	阐明表皮基底层的分子和细胞状态，以及其在环境暴露下的适应性和鲁棒性。	小鼠和人类皮肤的表皮基底层。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类皮肤样本
33	2024-09-05	omicsGAT: Graph Attention Network for Cancer Subtype Analyses 2022-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms231810220 PMID:36142140	研究论文	本文介绍了一种名为omicsGAT的图注意力网络模型，用于整合基于图的学习和注意力机制，以分析RNA-seq数据，特别是在癌症亚型分析中的应用	omicsGAT模型通过多头部注意力机制，能够为特定样本的邻居分配不同的注意力系数，从而更有效地获取样本信息	NA	提高疾病表型预测、癌症患者分层和细胞聚类的准确性	乳腺癌和膀胱癌的RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集	生物信息学	癌症	RNA-seq	图注意力网络（GAT）	RNA-seq数据	涉及TCGA乳腺癌和膀胱癌的bulk RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集
34	2024-09-05	Single-Cell Profiling of the Immune Atlas of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Endometrial Carcinoma 2022-Sep-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14174311 PMID:36077846	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术分析，对子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行了免疫图谱绘制	首次鉴定出三种转录上不同的NK细胞亚群，并发现了CD103+ CD8+ T细胞的内在异质性	NA	旨在通过单细胞RNA测序等技术绘制I型子宫内膜癌中TILs的免疫图谱	子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、流式细胞术	NA	细胞	未具体说明样本数量
35	2024-09-05	Production and characterization of virus-free, CRISPR-CAR T cells capable of inducing solid tumor regression 2022-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004446 PMID:36382633	研究论文	本研究利用CRISPR/Cas9技术生产并表征了无病毒的CRISPR-CAR T细胞，这些细胞能够诱导实体瘤消退	本研究首次展示了利用无病毒的CRISPR/Cas9技术生产的CAR T细胞，这些细胞具有TRAC基因特异性整合CAR转基因、增强的转录和蛋白质特征以及低基础信号传导等特点	目前尚不清楚这种策略是否能影响实体瘤的治疗效果	研究旨在开发一种无病毒的CAR T细胞生产方法，以改善包括实体瘤在内的癌症治疗	研究对象为抗GD2 CAR T细胞及其在实体瘤治疗中的应用	生物技术	实体瘤	CRISPR/Cas9	CAR T细胞	基因组、转录组、蛋白质组和分泌组数据	NA
36	2024-09-04	miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data 2022-Sep-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104962 PMID:36060076	研究论文	介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达	miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性	NA	旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达	miRNA在细胞分辨率下的活性	生物信息学	胰腺癌, 肺癌	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型
37	2024-09-04	Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization 2022-Sep-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104900 PMID:36039299	研究论文	本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析	构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞	本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果	揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制	免疫后小鼠肺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	NA	转录组数据	免疫后小鼠肺细胞
38	2024-09-04	Identifying potential signatures for atherosclerosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative bioinformatics approaches and machine-learning strategies 2022-Sep, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-022-00289-y PMID:36061826	研究论文	本研究利用综合生物信息学方法和机器学习策略，在预测、预防和个性化医学背景下，识别动脉粥样硬化的潜在遗传标志物	首次报道DHRS9在动脉粥样硬化形成中的作用，并通过免疫机制揭示其致动脉粥样硬化的效应	NA	旨在识别动脉粥样硬化的关键遗传标志物，并探索其潜在的分子免疫机制	动脉粥样硬化的遗传标志物及其免疫细胞相关性	生物信息学	心血管疾病	基因表达综合数据库(GEO)、细胞类型识别(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	611个差异表达基因，包括361个上调基因和250个下调基因，以及人类和小鼠实验验证
39	2024-09-04	Vesalius: high-resolution in silico anatomization of spatial transcriptomic data using image analysis 2022-09, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202211080 PMID:36065846	research paper	本文开发了Vesalius工具，通过应用图像处理技术从空间转录组数据中解析组织解剖结构	Vesalius能够独特地检测由多种细胞类型组成的区域，并成功恢复了高分辨率空间转录组数据中的组织结构	NA	旨在通过空间转录组数据解析组织解剖结构，以深入理解细胞通信、发育和疾病	主要研究对象包括小鼠的大脑、胚胎、肝脏和结肠组织	digital pathology	NA	image processing technology	NA	spatial transcriptomics data	涉及小鼠大脑、胚胎、肝脏和结肠的高分辨率空间转录组数据
40	2024-08-18	Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge 2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac563 PMID:35980155	研究论文	本文介绍了一种名为Integrated and Robust Deconvolution (InteRD)的算法，用于从目标批量RNA测序数据中推断细胞类型比例	InteRD算法通过创新的惩罚回归和新的评估标准，能够有效整合来自多个单细胞RNA测序数据集的去卷积结果，并考虑额外的生物信息作为先验，从而校准基于参考的去卷积估计	NA	开发一种新的去卷积方法，以提高从批量RNA测序数据中推断细胞类型比例的准确性和鲁棒性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	惩罚回归	RNA测序数据	NA