单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-08-08	A parameter-free deep embedded clustering method for single-cell RNA-seq data 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac172 PMID:35524494	研究论文	本文开发了一种无需预设聚类数量的深度嵌入聚类方法ADClust，用于单细胞RNA测序数据分析	ADClust方法无需预先设定聚类数量，通过预训练的自编码器获取低维表示，并使用统计测试合并相似的微聚类，实现了自动聚类	NA	开发一种自动的深度嵌入聚类方法，以准确地对单细胞RNA测序数据进行聚类分析	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	RNA测序数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
262	2024-08-08	Single-cell transcriptome highlights a multilayer regulatory network on an invasive trajectory within colorectal cancer progression 2022-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04020-2 PMID:35523976	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了结直肠癌进展中从癌症干细胞到侵袭细胞的逐步转变路径及其多层调控网络	本研究首次构建了从癌症干细胞到侵袭细胞的转变路径，并揭示了多层调控网络在获取侵袭特性中的关键作用	NA	探索结直肠癌进展中癌症干细胞向侵袭细胞转变的机制及其调控网络	结直肠癌中的癌症干细胞和侵袭细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	大量结直肠癌样本
263	2024-08-08	scESI: evolutionary sparse imputation for single-cell transcriptomes from nearest neighbor cells 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac144 PMID:35512331	研究论文	本文提出了一种名为scESI的进化稀疏插补算法，用于从最近邻细胞中插补单细胞转录组数据，以解决单细胞RNA测序中的普遍数据丢失问题	scESI算法基于细胞间的基因调控关系构建稀疏表示模型，并通过非支配排序遗传算法优化框架，迭代搜索全局最优解，学习Pareto最优的细胞间亲和矩阵	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据质量，减少数据噪声	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏表示模型	基因表达数据	NA
264	2024-08-08	A Markov random field model-based approach for differentially expressed gene detection from single-cell RNA-seq data 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac166 PMID:35514182	研究论文	本文介绍了一种基于马尔可夫随机场模型的新统计模型MARBLES，用于从单细胞RNA测序数据中检测跨条件的差异表达基因	MARBLES模型通过借用相似细胞类型的信息并利用细胞类型特异性伪批量计数来考虑样本水平变异性，从而比现有方法更有效地检测差异表达基因	NA	开发一种新的统计模型，用于从单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序	马尔可夫随机场模型	RNA测序数据	包括一个含有24,381个细胞和11,076个基因的小鼠数据集，以及一个含有76,212个细胞和15,891个基因的人类帕金森病数据集
265	2024-08-08	Exploring the R-ISS stage-specific regular networks in the progression of multiple myeloma at single-cell resolution 2022-09, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-021-2097-1 PMID:35437648	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了多发性骨髓瘤（MM）在修订国际分期系统（R-ISS）下的细胞异质性和规律网络	发现了新的分子、网络和交叉对话对，这些在不同R-ISS阶段的多发性骨髓瘤中具有显著意义	NA	旨在改善多发性骨髓瘤的治疗方法	多发性骨髓瘤患者及其细胞异质性	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名多发性骨髓瘤患者和22名其他患者的骨髓瘤细胞
266	2024-08-08	Glioblastoma scRNA-seq shows treatment-induced, immune-dependent increase in mesenchymal cancer cells and structural variants in distal neural stem cells 2022-09-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noac085 PMID:35416251	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序分析了新发和复发的胶质母细胞瘤及其邻近的侧脑室区，揭示了治疗诱导的免疫依赖性间质癌细胞增加和远端神经干细胞中的结构变异	发现了胶质母细胞瘤神经谱系的富集，免疫细胞和反应性星形胶质细胞在早期复发中的作用，以及远端神经干细胞中存在的染色体异常	NA	探究胶质母细胞瘤在治疗前后的细胞层次结构和肿瘤微环境的变化	新发和复发的胶质母细胞瘤及其邻近的侧脑室区	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
267	2024-08-08	The promising role of new molecular biomarkers in prostate cancer: from coding and non-coding genes to artificial intelligence approaches 2022-09, Prostate cancer and prostatic diseases IF:5.1Q1 DOI:10.1038/s41391-022-00537-2 PMID:35422101	综述	本文综述了通过转录组学、基因组学和人工智能发现新的分子生物标志物的最新进展，旨在改善前列腺癌患者的临床管理	文章介绍了新的分子标志物如mRNAs、microRNAs、lncRNAs和重复序列的搜索变化，以及人工智能在分析和理解测序数据中的应用	NA	提供关于通过转录组学、基因组学和人工智能发现新的分子生物标志物的最新进展的概述	前列腺癌的新分子标志物及其在诊断、预后和治疗预测中的应用	数字病理学	前列腺癌	RNA-Seq, 全基因组测序, 外显子测序, 空间转录组学	机器学习, 深度学习	基因组数据, 转录组数据	NA
268	2024-08-08	Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2022-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039 PMID:35430299	研究论文	本研究旨在解析接受抗PD-1免疫治疗的肝细胞癌患者中，免疫反应轨迹和免疫相关不良事件的机制	本研究识别了抗PD-1免疫检查点阻断治疗在肝细胞癌患者中的早期临床反应预测因子，并提供了这些免疫亚群在反应与毒性之间界面的免疫轨迹的机制见解	NA	解析肝细胞癌患者在接受抗PD-1免疫治疗时的免疫反应轨迹和免疫相关不良事件的机制	肝细胞癌患者在接受抗PD-1免疫治疗时的免疫反应和免疫相关不良事件	数字病理学	肝细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	血液样本、肿瘤活检	60份血液样本，32名患者（新加坡队列），29名患者（韩国独立队列），20份肿瘤活检
269	2024-08-08	Are batch effects still relevant in the age of big data? 2022-09, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2022.02.005 PMID:35282901	研究论文	本文探讨了在大数据时代批次效应（BEs）的相关性及其在新技术如单细胞RNA测序中的挑战	讨论了批次效应在传统数据集与新数据环境中的模型差异，并介绍了新的测量和缓解批次效应的方法	文章未明确指出具体的局限性	探讨批次效应在大数据时代的重要性及其管理复杂性	批次效应及其在生物技术数据分析中的影响	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	生物技术数据	NA
270	2024-08-08	Interrogation of RDEB Epidermal Allografts after BMT Reveals Coexpression of Collagen VII and Keratin 15 with Proinflammatory Immune Cells and Fibroblasts 2022-09, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2022.01.034 PMID:35304249	研究论文	研究探讨了接受骨髓移植后的隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）患者表皮同种异体移植后的细胞表型，发现表皮同种异体移植细胞共表达胶原蛋白VII和角蛋白15，并揭示了潜在的炎症和纤维化表型。	首次描述了RDEB皮肤中未在健康人皮肤中发现的一种肌成纤维细胞群体，并发现表达促纤维化基因POSTN的炎症性纤维细胞，这可能与RDEB中常见的致命并发症鳞状细胞癌的发展有关。	NA	旨在确定负责持久愈合和皮肤完整性的表皮同种异体移植细胞的表型。	隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）患者的表皮同种异体移植细胞。	NA	隐性营养不良性大疱性表皮松解症	单细胞RNA测序	NA	皮肤活检样本的RNA数据	NA
271	2024-08-08	Intratumoral heterogeneity of MYC drives medulloblastoma metastasis and angiogenesis 2022-09-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noac068 PMID:35307743	研究论文	本研究探讨了MYC驱动的髓母细胞瘤细胞与非MYC驱动的髓母细胞瘤细胞之间的克隆间交流，并评估了这种交流对肿瘤转移和血管生成的影响。	研究发现MYC驱动的细胞释放的乳酸脱氢酶A促进转移性播种和生长，而非MYC驱动的细胞分泌的dickkopf WNT信号通路抑制剂3促进肿瘤血管生成，通过药物和遗传抑制LDHA可以显著抑制肿瘤细胞迁移。	NA	研究MYC驱动的髓母细胞瘤细胞与非MYC驱动的髓母细胞瘤细胞之间的克隆间交流的相关性及其对肿瘤进展的影响。	髓母细胞瘤细胞的克隆间交流及其对肿瘤转移和血管生成的影响。	数字病理学	髓母细胞瘤	荧光原位杂交、单细胞转录组学、免疫组织化学、非靶向蛋白质组学、质谱法代谢物定量、HUVECs管形成试验、体内原位实验	NA	细胞	NA
272	2024-08-08	Deletion of CHD8 in cerebellar granule neuron progenitors leads to severe cerebellar hypoplasia, ataxia, and psychiatric behavior in mice 2022-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2022.02.011 PMID:35231638	研究论文	本研究通过建立不同的条件性敲除小鼠模型，探讨CHD8在小脑发育中的作用及其与神经精神障碍的关系	首次全面调查CHD8在小脑中的功能，并揭示了CHD8突变与神经精神障碍之间的潜在联系	NA	探讨CHD8在小脑发育中的作用及其与神经精神障碍的关系	小鼠的小脑发育和神经精神行为	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	不同条件性敲除小鼠模型
273	2024-08-08	Highly Regional Genes: graph-based gene selection for single-cell RNA-seq data 2022-09, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2022.01.004 PMID:35144027	研究论文	提出了一种名为HRG的新特征选择方法，用于在单细胞RNA-seq数据中选择显示区域表达模式的基因	HRG方法通过模仿人类在细胞二维可视化中的标记选择，能够找到具有区域表达模式的基因，提高了准确性和鲁棒性	NA	开发一种新的基因选择方法，以提高单细胞RNA-seq数据分析的准确性和鲁棒性	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
274	2024-08-08	Prestin and electromotility may serve multiple roles in cochlear outer hair cells 2022-09-15, Hearing research IF:2.5Q1 DOI:10.1016/j.heares.2021.108428 PMID:34987016	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了野生型、prestin敲除和499敲入小鼠的外毛细胞转录组，探讨了prestin及其电运动性在外毛细胞中的多重作用。	首次通过单细胞RNA测序揭示了prestin敲除小鼠外毛细胞中脂质代谢和细胞死亡途径的基因表达增加，以及499敲入小鼠中局部神经网络的变化。	scRNA-Seq转录组学和途径分析未能揭示与prestin敲除和499敲入小鼠外毛细胞损失相关的共同途径。	揭示引发外毛细胞死亡的分子途径，并探讨prestin及其电运动性在外毛细胞中的作用。	野生型、prestin敲除和499敲入小鼠的外毛细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	野生型、prestin敲除和499敲入小鼠的外毛细胞样本。
275	2024-08-08	Single-cell sequencing unveils distinct immune microenvironments with CCR6-CCL20 crosstalk in human chronic pancreatitis 2022-09, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2021-324546 PMID:34702715	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，分析了慢性胰腺炎患者胰腺组织中的免疫微环境，特别是CCR6-CCL20信号通路的作用	首次揭示了慢性胰腺炎中不同病因患者胰腺免疫细胞的独特特征和CCR6-CCL20轴的免疫对话	研究样本仅限于接受胰腺切除术的患者，可能无法完全代表所有慢性胰腺炎患者的情况	旨在通过单细胞测序技术揭示慢性胰腺炎中胰腺免疫反应的关键信号分子	慢性胰腺炎患者的胰腺免疫细胞	数字病理学	胰腺炎	单细胞测序	NA	转录组数据	包括不同病因的慢性胰腺炎患者和非慢性胰腺炎器官捐赠者的胰腺组织
276	2024-08-08	Biallelic variants in ZFP36L2 cause female infertility characterised by recurrent preimplantation embryo arrest 2022-Sep, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmedgenet-2021-107933 PMID:34611029	研究论文	本文通过全外显子测序和功能验证，发现双等位变异在ZFP36L2基因中与反复的植入前胚胎发育停滞相关	首次发现ZFP36L2基因的双等位变异与反复的植入前胚胎发育停滞有关，为这类不孕症提供了新的遗传诊断靶点	NA	探究反复植入前胚胎发育停滞的遗传原因	100名经历反复植入前胚胎发育停滞的不孕女性	NA	不孕症	全外显子测序, Sanger测序, 生物信息学分析, 体外功能分析, 单细胞RNA测序	NA	基因序列	100名不孕女性
277	2024-08-08	scRAE: Deterministic Regularized Autoencoders With Flexible Priors for Clustering Single-Cell Gene Expression Data 2022 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3098394 PMID:34288873	研究论文	本文提出了一种改进的正则化自编码器框架（scRAE），用于单细胞RNA测序数据的有效聚类	scRAE包含一个确定性的自编码器和一个灵活的可学习先验生成网络，共同训练，以在潜在空间中更好地权衡偏差和方差	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类中的统计和计算挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	正则化自编码器（RAE）	自编码器（AE）	基因表达数据	多个真实世界的单细胞基因表达数据集