单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 277 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-08 |
A deep matrix factorization based approach for single-cell RNA-seq data clustering
2022-09, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2022.06.010
PMID:35777719
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research paper | 本文介绍了一种基于深度矩阵分解的单细胞RNA测序数据聚类方法DeepCI | DeepCI使用两个自编码器来获取细胞嵌入和基因嵌入，能够同时学习细胞的低维表示和聚类，并通过细胞和基因嵌入的矩阵乘法恢复基因表达矩阵 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | autoencoder | 基因表达数据 | 多个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 242 | 2024-08-08 |
New insights from the single-cell level: Tumor associated macrophages heterogeneity and personalized therapy
2022-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2022.113343
PMID:35785706
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其在个性化治疗中的应用 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示TAMs的RNA表达谱，为TAMs相关研究提供更高效的检测方法和更准确的信息 | NA | 探讨肿瘤进展和药物干预的机制，为针对巨噬细胞的个性化治疗策略提供新视角 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA表达数据 | NA |
| 243 | 2024-08-08 |
The role of single-cell genomics in human genetics
2022-09, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmedgenet-2022-108588
PMID:35790352
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在人类遗传学中的应用及其在疾病检测、诊断和治疗中的潜力 | 单细胞测序技术能够以细胞分辨率检测遗传变异及其表型后果，保留细胞异质性，允许检测正常组织中的小病变亚群细胞 | 目前单细胞测序技术主要用于基础研究，临床应用仍面临实验和分析流程的挑战 | 旨在帮助临床医生理解和解释单细胞测序数据和分析，并探讨其在人类遗传学中的前沿应用 | 单细胞测序技术在人类遗传学中的应用，特别是非编码基因组的注释和单细胞测序数据在虚拟变异优先级中的应用 | 基因组学 | 遗传性疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 244 | 2024-08-08 |
Maternal exome analysis for the diagnosis of oocyte maturation defects and early embryonic developmental arrest
2022-09, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2022.05.009
PMID:35798635
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研究论文 | 本文通过全外显子测序分析，开发了一种方法来选择和分析因卵母细胞成熟障碍和胚胎早期发育停滞而导致不孕的女性 | 本文开发了一种统计方法来识别不孕的内表型，并通过全外显子测序和生物信息学分析，识别了与卵母细胞成熟障碍和胚胎早期发育停滞相关的新基因 | 本文的研究样本量较小，且仅限于特定医院的数据，可能影响结果的普遍性 | 开发一种方法来诊断因卵母细胞成熟障碍和胚胎早期发育停滞导致的不孕症 | 因卵母细胞成熟障碍和胚胎早期发育停滞导致不孕的女性 | NA | 不孕症 | 全外显子测序 | NA | 基因组数据 | 28名不孕女性 |
| 245 | 2024-08-08 |
Processing human skin samples for single-cell assays
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101470
PMID:35769924
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研究论文 | 本文描述了一种优化的协议，用于从6毫米皮肤穿刺活检中快速分离出可存活的细胞，并结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）来研究皮肤常驻和外周循环记忆及效应T细胞的转录组和克隆型 | 该协议基于Saluzzo等人（2021）的改进，提供了更快速的皮肤细胞分离方法 | NA | 研究皮肤常驻免疫细胞在感染、炎症和癌症中的作用 | 人类皮肤样本中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 细胞 | 6毫米皮肤穿刺活检样本 |
| 246 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Heterogeneity of Cell Communications between Schwann Cells and Fibroblasts within Vestibular Schwannoma Microenvironment
2022-09, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2022.06.006
PMID:35750260
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了前庭神经鞘瘤中的细胞组成和细胞间通信的异质性 | 首次揭示了前庭神经鞘瘤微环境中施万细胞和成纤维细胞之间通过整合素和生长因子信号的紧密细胞间通信 | NA | 探讨前庭神经鞘瘤肿瘤进展的细胞成分和机制 | 前庭神经鞘瘤样本中的施万细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 前庭神经鞘瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 临床手术分离的前庭神经鞘瘤样本 |
| 247 | 2024-08-08 |
A single-cell survey unveils cellular heterogeneity and sensitive responses in mouse cortices induced by oral exposure to triphenyl phosphate
2022-09, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-022-03301-6
PMID:35752650
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了三苯基磷酸酯（TPhP）对小鼠皮质细胞异质性和敏感反应的影响 | 首次揭示了TPhP暴露下神经发育毒性的特异性细胞过程，并发现神经发生障碍、血管屏障破坏和伴随的神经炎症是其敏感反应 | NA | 研究TPhP暴露对小鼠皮质细胞的影响及其机制 | 小鼠皮质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 共检测了17,229个细胞和26,338个基因 |
| 248 | 2024-08-08 |
Regulatory Programs of B-cell Activation and Germinal Center Reaction Allow B-ALL Escape from CD19 CAR T-cell Therapy
2022-09-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0626
PMID:35759797
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研究论文 | 本文研究了B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞如何通过减少CD19表达来逃避CD19 CAR T细胞疗法 | 首次揭示了B-ALL细胞通过转录重编程和生理性B细胞激活及生发中心反应维持低水平CD19表达的机制 | NA | 探讨B-ALL细胞逃避CD19 CAR T细胞疗法的机制 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞及CD19 CAR T细胞 | NA | 白血病 | 单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | RNA | NA |
| 249 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics identifies enriched gene expression and cell types in human liver fibrosis
2022-09, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.2001
PMID:35726350
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学结合单细胞RNA测序和基因解卷积分析，探索了纤维化肝脏区域中细胞类型的定位。 | 首次使用空间转录组学与单细胞RNA测序相结合的方法，精确地定位了纤维化肝脏中的细胞类型及其基因表达。 | 研究样本量较小，且仅限于特定类型的肝病患者。 | 评估纤维化肝脏区域是否特异性地富集某些细胞类型，并探索这些细胞类型的空间定位。 | 纤维化肝脏组织中的细胞类型及其基因表达。 | 数字病理学 | 肝病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 基因解卷积分析 | 基因表达数据 | 8例终末期肝病患者样本 |
| 250 | 2024-08-08 |
Isolation of Leydig cells from adult rat testes by magnetic-activated cell sorting protocol based on prolactin receptor expression
2022-09, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13211
PMID:35735181
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研究论文 | 本文介绍了一种基于催乳素受体表达的磁激活细胞分选方法，用于从成年大鼠睾丸中大量分离高纯度和活性的莱迪细胞。 | 本文提出了一种新的方法，通过磁激活细胞分选技术，基于催乳素受体表达，成功从成年大鼠睾丸中分离出高产量、高纯度和高活性的莱迪细胞。 | NA | 研究莱迪细胞的分离方法，以提高细胞的产量、纯度和活性，进而用于体外研究细胞的生理学、药理学和毒理学。 | 成年大鼠睾丸中的莱迪细胞。 | NA | NA | 磁激活细胞分选（MACS） | NA | 细胞 | 每个睾丸约10^6个细胞 |
| 251 | 2024-08-08 |
Clonality and timing of relapsing colorectal cancer metastasis revealed through whole-genome single-cell sequencing
2022-09-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2022.215767
PMID:35688262
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研究论文 | 本文通过全基因组单细胞测序技术揭示了复发性结直肠癌转移的克隆性和时间特征 | 利用单细胞全基因组测序数据分析了复发性肝转移瘤的进化历史，揭示了治疗诱导的种群瓶颈和先前分化的克隆系的存活 | 研究样本仅为单一患者，可能限制了结果的普遍性 | 旨在更好地理解复发性肿瘤病变的进化历史，以识别转移进展的空间和时间模式 | 复发性结直肠癌的转移瘤 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 全基因组单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 单一转移性结直肠癌患者 |
| 252 | 2024-08-08 |
Fangchinoline inhibits non-small cell lung cancer metastasis by reversing epithelial-mesenchymal transition and suppressing the cytosolic ROS-related Akt-mTOR signaling pathway
2022-09-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2022.215783
PMID:35700820
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研究论文 | 本文研究了防己碱通过逆转上皮-间质转化和抑制细胞质ROS相关的Akt-mTOR信号通路来抑制非小细胞肺癌转移的作用 | 防己碱通过直接靶向NOX4并促进其降解，从而减少细胞质ROS，抑制Akt-mTOR信号通路，显示出抑制非小细胞肺癌转移的新机制 | NA | 研究防己碱抑制非小细胞肺癌转移的机制 | 非小细胞肺癌细胞和动物模型 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 包括TCGA和香港队列的多个样本，以及小鼠模型 |
| 253 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis of liver reveals the enhanced entry and release abilities of human adenovirus F41, partially explaining acute hepatitis in children
2022-09, The Journal of infection
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.jinf.2022.06.007
PMID:35700865
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-08-08 |
Transcriptional profiling from whole embryos to single neuroblast lineages in Drosophila
2022-09, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2022.05.018
PMID:35660371
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析果蝇胚胎中的基因表达，以揭示不同细胞和组织类型在发育过程中的特征基因 | 首次对单个确定的神经母细胞系进行转录组分析，并发现了一个新的神经母细胞系特异性转录因子 | NA | 揭示构成每个器官的细胞类型‘部件清单’ | 果蝇胚胎中的不同细胞和组织类型 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 三个不同时间点的果蝇胚胎样本 |
| 255 | 2024-08-08 |
Identification of CD4+ T cells with T follicular helper cell characteristics in the pig
2022-09, Developmental and comparative immunology
IF:2.7Q1
DOI:10.1016/j.dci.2022.104462
PMID:35667468
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研究论文 | 本研究通过使用交叉反应抗体，首次在猪的淋巴组织和血液中鉴定出具有滤泡辅助T细胞特征的CD4+ T细胞 | 首次在猪中鉴定出具有滤泡辅助T细胞特征的CD4+ T细胞，并证实了它们对B细胞的帮助能力 | 由于缺乏特定物种的抗体，猪的滤泡辅助T细胞研究之前未得到详细研究 | 研究猪中具有滤泡辅助T细胞特征的CD4+ T细胞 | 猪的淋巴组织和血液中的CD4+ T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康猪的淋巴组织和血液样本 |
| 256 | 2024-08-08 |
Intermediary Role of Lung Alveolar Type 1 Cells in Epithelial Repair upon Sendai Virus Infection
2022-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0421OC
PMID:35679221
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研究论文 | 本研究探讨了肺泡类型1细胞（AT1细胞）在仙台病毒感染后肺上皮修复中的中介作用 | 首次揭示了AT1细胞在肺损伤修复中的重要作用，特别是在AT2细胞缺失区域的维持和修复中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 研究肺上皮在仙台病毒感染后的修复机制 | 肺泡类型1细胞（AT1细胞）及其在肺上皮修复中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 257 | 2024-08-08 |
scCODE: an R package for data-specific differentially expressed gene detection on single-cell RNA-sequencing data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac180
PMID:35598331
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scCODE的R包，用于在单细胞RNA测序数据中进行数据特异性的差异表达基因检测 | 提出了基于两个新指标的单细胞共识优化差异表达基因检测方法，能够自动优化每个实验单细胞RNA测序数据的差异表达基因检测 | 未明确说明基因过滤对差异表达方法性能的影响 | 旨在改进单细胞RNA测序数据中差异表达基因检测的方法 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 258 | 2024-08-08 |
Breaking through the Poisson Distribution: A compact high-efficiency droplet microfluidic system for single-bead encapsulation and digital immunoassay detection
2022-Sep-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2022.114384
PMID:35609455
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研究论文 | 本文提出了一种名为BOAD的微流控系统，通过结合鞘流、Dean涡流和压缩流道，实现了粒子的有序排列，从而突破了泊松分布对单粒子封装效率的限制 | BOAD系统首次实现了粒子的有序排列，并将单珠封装效率提高至86% | NA | 提高微流控系统中单粒子封装的效率 | 微流控系统中的单珠封装 | 微流控技术 | NA | 微流控技术 | NA | 微滴 | NA |
| 259 | 2024-08-08 |
Calcium-dependent transcriptional changes in human pancreatic islet cells reveal functional diversity in islet cell subtypes
2022-09, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-022-05718-1
PMID:35616696
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研究论文 | 本文研究了人类胰腺胰岛细胞在钙离子依赖性条件下转录变化，揭示了胰岛细胞亚型的功能多样性 | 首次尝试在所有胰岛细胞类型中分析钙离子调节的基因表达 | NA | 构建一个大规模的单细胞转录组数据集，以研究在诱导或抑制细胞内钙信号传导条件下的人类胰岛细胞 | 人类胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 68,650个细胞，其中59,373个表达INS、GCG、SST或PPY的内分泌细胞 |
| 260 | 2024-08-08 |
FIRM: Flexible integration of single-cell RNA-sequencing data for large-scale multi-tissue cell atlas datasets
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac167
PMID:35561293
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FIRM的重新缩放算法，用于跨多种组织类型、平台和实验批次准确整合单细胞RNA测序数据集 | FIRM算法能够准确混合共享的细胞类型身份，并保留原始结构，避免了过度校正，为下游探索和分析生成稳健的整合数据集 | NA | 开发一种算法以解决不同单细胞RNA测序技术平台和批次效应带来的数据整合难题 | 单细胞RNA测序数据集的整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大规模多组织细胞图谱数据集 |