单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 277 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-08 |
FitDevo: accurate inference of single-cell developmental potential using sample-specific gene weight
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac293
PMID:35870444
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research paper | 本文介绍了一种名为FitDevo的新方法，用于通过scRNA-seq数据推断细胞发育潜力 | FitDevo通过生成样本特定基因权重（SSGW）并计算其与基因表达的相关性来推断发育潜力，这种方法结合了样本特定信息和从训练数据集中学习的基因权重 | NA | 量化发育潜力，以确定发育阶段并识别单细胞研究中的关键分子特征 | 单细胞发育潜力 | natural language processing | NA | scRNA-seq | generalized linear model | scRNA-seq data | 训练数据集涵盖了17个已发表的数据集，测试数据集包括28个现有数据集 |
| 222 | 2024-08-08 |
Benchmarking methods for detecting differential states between conditions from multi-subject single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac286
PMID:35880426
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研究论文 | 本文比较了18种方法在多受试者单细胞RNA测序数据中检测条件间差异状态的能力 | 本文首次全面比较了多种方法在多受试者单细胞RNA测序数据中检测差异状态的表现，发现伪批量方法和混合模型表现最佳 | 尽管朴素模型在敏感性上高于伪批量方法和混合模型，但它们存在较高的假阳性率 | 研究如何从多受试者单细胞RNA测序数据中准确检测条件间的差异状态 | 多受试者单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性差异状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多受试者 |
| 223 | 2024-08-08 |
CST6 suppresses osteolytic bone disease in multiple myeloma by blocking osteoclast differentiation
2022-09-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI159527
PMID:35881476
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研究论文 | 研究通过结合PET-CT和基因表达谱分析，揭示了CST6在多发性骨髓瘤中抑制溶骨性骨病的作用机制 | 首次揭示了CST6在多发性骨髓瘤中通过抑制破骨细胞分化和功能来抑制溶骨性骨病的作用 | NA | 探究CST6在多发性骨髓瘤中抑制溶骨性骨病的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138+细胞和破骨细胞分化 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | PET-CT, 基因表达谱分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质水平数据 | 512名新诊断的多发性骨髓瘤患者 |
| 224 | 2024-08-08 |
Delineating COVID-19 immunological features using single-cell RNA sequencing
2022-Sep-13, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2022.100289
PMID:35879967
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示COVID-19患者不同严重程度下的免疫特征中的应用和发现 | 利用单细胞RNA测序技术详细描绘了COVID-19患者的细胞异质性和免疫反应特征 | 讨论了当前研究中的局限性，并展望了未来的发展方向 | 理解COVID-19的发病机制和免疫反应，为开发治疗方案提供依据 | COVID-19患者的免疫特征和细胞异质性 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 超过80项原始COVID-19单细胞RNA测序研究和许多二次分析研究 |
| 225 | 2024-08-08 |
Perfluorooctanoic acid (PFOA) exposure affects early embryonic development and offspring oocyte quality via inducing mitochondrial dysfunction
2022-09, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2022.107413
PMID:35863238
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研究论文 | 研究探讨了全氟辛酸（PFOA）暴露对早期胚胎发育和后代卵母细胞质量的影响及其机制 | 首次揭示了PFOA暴露在妊娠期间对早期胚胎发育和后代的影响，并通过单细胞转录组分析阐明了PFOA引起的卵母细胞质量下降的机制 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探究PFOA暴露对早期胚胎发育和后代卵母细胞质量的影响及其潜在机制 | PFOA暴露对小鼠早期胚胎发育和后代卵母细胞质量的影响 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎和后代卵母细胞 |
| 226 | 2024-08-08 |
Identification of differently expressed mRNAs by peripheral blood mononuclear cells in Vogt-Koyanagi-Harada disease
2022-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2021.06.002
PMID:35873021
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研究论文 | 本研究通过mRNA测序分析了Vogt-Koyanagi-Harada病（VKH）患者外周血单个核细胞（PBMC）的转录表达模式 | 首次揭示了VKH患者PBMC中差异表达基因及其潜在的生物学功能和信号通路 | 研究样本量较小，且仅限于特定治疗前后的比较 | 揭示VKH病的细胞和分子发病机制，探索新的治疗应用 | VKH病患者的外周血单个核细胞 | NA | Vogt-Koyanagi-Harada病 | mRNA测序 | NA | mRNA | 21个样本，包括7名VKH患者治疗前、7名治疗后及7名健康对照 |
| 227 | 2024-08-08 |
Latitudinal and longitudinal regulation of tissue macrophages in inflammatory diseases
2022-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2021.06.007
PMID:35873033
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综述 | 本文综述了组织巨噬细胞在炎症疾病中的横向和纵向调控机制 | 利用尖端技术如命运图谱、单细胞转录组学、诱导多能干细胞平台和纳米治疗材料等，深化了对巨噬细胞生物学及其在疾病发病机制中作用的认识 | NA | 总结组织巨噬细胞在炎症疾病中横向和纵向调控的最新进展 | 组织巨噬细胞及其在炎症疾病中的调控机制 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 命运图谱、单细胞转录组学、诱导多能干细胞平台、纳米治疗材料 | NA | 转录组数据 | NA |
| 228 | 2024-08-08 |
Characterization of 2,2',4,4'-tetrabromodiphenyl ether (BDE47)-induced testicular toxicity via single-cell RNA-sequencing
2022-Sep, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbac016
PMID:35875604
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研究论文 | 本研究首次采用单细胞RNA测序技术分析了2,2',4,4'-四溴联苯醚（BDE47）诱导的小鼠青春前期睾丸毒性 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了BDE47诱导的睾丸毒性的分子细胞图谱，提供了对BDE47相关睾丸损伤机制的新见解 | NA | 探讨BDE47诱导的男性生殖毒性的分子机制 | BDE47诱导的小鼠青春前期睾丸毒性 | 数字病理学 | 男性生殖疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 76,859个细胞 |
| 229 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome reveals effects of semaglutide on non-cardiomyocytes of obese mice
2022-09-24, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.07.034
PMID:35843090
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学方法探讨了Semaglutide对肥胖小鼠非心肌细胞的分子机制及其对心脏保护作用的影响 | 发现Semaglutide通过降低Serpinh1和Pcolce的表达，延缓心脏纤维化，从而具有心脏保护作用 | NA | 研究Semaglutide对肥胖小鼠心脏纤维化的分子机制及其心脏保护作用 | 肥胖小鼠的非心肌细胞 | 数字病理学 | 肥胖症 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 15种非心肌细胞，其中大部分为成纤维细胞 |
| 230 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics prediction from histology jointly through Transformer and graph neural networks
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac297
PMID:35849101
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研究论文 | 本文开发了一种名为Hist2ST的深度学习模型，用于从组织学图像预测RNA-seq表达 | Hist2ST模型结合了Transformer和图神经网络模块，有效捕捉了2D视觉特征的内部关系和斑点间的空间依赖性 | NA | 旨在从相对容易且成本较低的组织学图像中预测基因表达 | 空间转录组学数据和组织学图像 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | Transformer和图神经网络 | 图像 | 在癌症和正常数据集上进行了综合测试 |
| 231 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Intratumoral Heterogeneity and Molecular Features of Ductal Carcinoma In Situ
2022-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0090
PMID:35852797
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，揭示了原位导管癌（DCIS）的肿瘤内异质性和分子特征 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了DCIS的转录异质性，并发现了与侵袭性表型相关的特定转录本 | NA | 探讨原位导管癌的生物学特征和肿瘤内异质性 | 原位导管癌（DCIS）及其侵袭性导管癌（IDC） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个DCIS和IDC样本的单细胞转录组数据 |
| 232 | 2024-08-08 |
Benchmarking computational methods for B-cell receptor reconstruction from single-cell RNA-seq data
2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac049
PMID:35855325
|
研究论文 | 评估六种现有方法从单细胞RNA测序数据中重建全长B细胞受体的能力 | 提出了选择最佳方法的指南，并验证了组装的B细胞受体在表达为单克隆抗体时能识别其预期目标 | 缺乏对影响性能的因素如测序深度、读长或体细胞超突变数量的全面评估 | 评估不同方法从单细胞RNA测序数据中重建全长B细胞受体的性能 | 六种现有方法和四种SMART-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 一个模拟数据集和三个实验SMART-seq数据集 |
| 233 | 2024-08-08 |
A systematic evaluation of the computational tools for ligand-receptor-based cell-cell interaction inference
2022-09-16, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac019
PMID:35822343
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研究论文 | 本文系统评估了用于推断基于配体-受体细胞间相互作用的计算工具 | 本文填补了关于当前基于配体-受体的细胞间相互作用预测工具在公共单细胞RNA测序数据集上的性能和运行结果的研究空白 | NA | 评估和比较用于预测基于配体-受体的细胞间相互作用的计算工具的性能 | 九种最新的基于配体-受体的细胞间相互作用预测计算工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA | 15个经过充分研究的scRNA-Seq样本，对应约10万个单细胞在不同实验条件下的数据 |
| 234 | 2024-08-08 |
Isolation of mouse ovarian follicles for single-cell RNA-seq and in vitro culture
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101537
PMID:35830306
|
研究论文 | 本文提供了一种结合单细胞基因组学和功能实验的方案，用于研究卵泡发育的逐步过程 | 该方案能够分离不同发育阶段的鼠卵巢卵泡，进行单细胞RNA测序和体外培养，从而解析和验证指导卵泡发育的关键分子事件 | NA | 研究卵泡发育的逐步过程 | 鼠卵巢卵泡 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 不同发育阶段的鼠卵巢卵泡 |
| 235 | 2024-08-08 |
Anti-GD2 Antibodies Conjugated to IL15 and IL21 Mediate Potent Antitumor Cytotoxicity against Neuroblastoma
2022-09-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0717
PMID:35802683
|
研究论文 | 本文研究了通过将IL15和IL21与hu14.18抗体结合，增强其对神经母细胞瘤的抗肿瘤细胞毒性作用 | 开发了两种新的免疫细胞因子（IC），通过将IL15和IL21与hu14.18抗体结合，提高了对神经母细胞瘤的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC） | NA | 比较hu14.18-IL15和-IL21与hu14.18-IL2在诱导神经母细胞瘤ADCC能力上的差异 | 神经母细胞瘤细胞系和移植瘤模型 | NA | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用了T细胞缺陷的小鼠和免疫活性小鼠进行实验 |
| 236 | 2024-08-08 |
Isolation of macrophages from mouse skin wounds for single-cell RNA sequencing
2022-Sep-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101488
PMID:35779263
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 237 | 2024-08-08 |
Physioxia-induced downregulation of Tet2 in hematopoietic stem cells contributes to enhanced self-renewal
2022-09-15, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022015499
PMID:35772013
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研究论文 | 研究探讨了生理性缺氧条件下，造血干细胞（HSCs）中Tet2下调对自我更新能力的影响及其分子机制 | 首次定义了Tet2在生理性缺氧条件下调控HSCs的分子程序 | NA | 探究生理性缺氧对HSCs自我更新和分化的影响及其分子机制 | 造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 238 | 2024-08-08 |
P2Y12 inhibitor clopidogrel inhibits renal fibrosis by blocking macrophage-to-myofibroblast transition
2022-09-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2022.06.019
PMID:35791881
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研究论文 | 研究P2Y12抑制剂氯吡格雷通过阻断巨噬细胞向肌成纤维细胞转化抑制肾脏纤维化的机制 | 首次揭示了P2Y12在慢性肾脏病中通过促进巨噬细胞向肌成纤维细胞转化介导肾脏纤维化的机制 | 研究主要在动物模型和小规模患者样本中进行，需要进一步在更大规模的人体研究中验证 | 探究P2Y12抑制剂氯吡格雷在慢性肾脏病中的抗纤维化机制 | 慢性肾脏病患者及单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠模型 | NA | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小规模患者样本及UUO小鼠模型 |
| 239 | 2024-08-08 |
Heterogeneous Development of β-Cell Populations in Diabetes-Resistant and -Susceptible Mice
2022-09-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-1030
PMID:35771990
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研究论文 | 研究了两种肥胖小鼠品系在糖尿病易感性不同的情况下，β细胞群的异质性发展 | 通过胰岛单细胞RNA测序，揭示了糖尿病抵抗和易感小鼠β细胞群在糖尿病饮食诱导下的不同发展模式 | 研究仅限于两种小鼠品系，且仅在特定饮食条件下进行 | 探讨β细胞在2型糖尿病中的损失机制 | 肥胖小鼠的胰岛β细胞 | NA | 2型糖尿病 | 胰岛单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 两种肥胖小鼠品系 |
| 240 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals the natural product Shi-Bi-Man promotes hair regeneration by activating the FGF pathway in dermal papilla cells
2022-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2022.154260
PMID:35777117
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研究论文 | 本研究探讨了中药补充剂Shi-Bi-Man（SBM）通过激活成纤维细胞生长因子（FGF）信号通路促进毛发生长的机制 | 首次通过单细胞转录组测序揭示SBM通过激活FGF信号通路促进毛发生长的机制 | NA | 寻找SBM中潜在的有效单体成分以促进毛发生长，并探索SBM促进毛发生长的机制 | SBM中的主要成分及其对毛发生长的影响 | NA | NA | UPLC/MS, UPLC/LTQ-Orbitrap-MS, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠 |