单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 277 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-08 |
In search of a Drosophila core cellular network with single-cell transcriptome data
2022-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkac212
PMID:35976114
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据，构建了果蝇细胞类型特异性的基因共表达网络，以寻找跨细胞类型的核心细胞网络 | 本文首次通过基因共表达分析，揭示了果蝇中跨细胞类型的核心细胞网络，该网络由高度协调的基因组成，主要编码核糖体蛋白 | 本文发现的核心细胞网络仅占细胞类型特异性基因共表达网络的一小部分，表明其可能只涵盖了少数基本功能 | 探索多细胞生物中跨细胞类型的核心细胞网络 | 果蝇的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因共表达网络 | 转录组数据 | 涵盖多种细胞类型的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-08-08 |
A CRISPRi/a platform in human iPSC-derived microglia uncovers regulators of disease states
2022-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01131-4
PMID:35953545
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研究论文 | 本文介绍了一种在人诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞中使用CRISPRi/a平台进行遗传扰动筛选的方法，以揭示神经系统疾病状态的调控因子 | 开发了一种高效的8天协议，用于生成基于六个转录因子诱导表达的微胶质样细胞，并在此系统中建立了可诱导的CRISPR干扰和激活 | NA | 系统地阐明遗传扰动对人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞功能后果 | 人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | CRISPRi/a | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-08-08 |
A Cuproptosis Activation Scoring model predicts neoplasm-immunity interactions and personalized treatments in glioma
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105924
PMID:35964468
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研究论文 | 本文通过分析大量肿瘤和单细胞转录组数据，构建了铜死亡活性评分（CuAS）模型，用于预测胶质瘤中的肿瘤-免疫相互作用和个性化治疗 | 首次系统探讨铜死亡在胶质瘤中的作用，并构建了基于铜死亡相关基因的活性评分模型，结合机器学习技术验证了评分的稳定性 | NA | 研究铜死亡在胶质瘤中的作用及其与肿瘤-免疫相互作用的关系，并探索潜在的治疗药物 | 胶质瘤及其与免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 机器学习 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-08-08 |
Reprogramming barriers in bovine cells nuclear transfer revealed by single-cell RNA-seq analysis
2022-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17505
PMID:35971640
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析牛细胞核移植中的重编程障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛细胞核移植胚胎在基因表达和信号通路激活方面的异常 | 研究主要集中在基因表达和信号通路激活的异常，未涉及其他可能影响核移植效率的因素 | 揭示牛细胞核移植胚胎发育过程中的基因表达和信号通路激活的异常 | 牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体进行牛核移植 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 使用了牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体 | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-08-08 |
Protocol for profiling cell-centric assembled single-cell human transcriptome data in hECA
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101589
PMID:35942342
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研究论文 | 本文介绍了人类整体细胞图谱（hECA）的应用，包括通过网站进行“定量画像”探索、创建可定制的参考用于自动细胞类型注释以及使用逻辑条件的细胞排序 | hECA提供了一个统一的信息学框架和细胞中心组装的单细胞转录组数据，涵盖了1,093,299个标记的人类细胞 | NA | 介绍和应用hECA框架 | 人类单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 1,093,299个标记的人类细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-08-08 |
ASURAT: functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes
2022-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac541
PMID:35924984
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASURAT的计算工具，用于对单细胞转录组数据进行无监督聚类和功能注释 | ASURAT能够同时进行无监督聚类和功能注释，包括疾病、细胞类型、生物过程和信号通路活性，使用数据库衍生的功能术语中的基因相关图分解 | NA | 开发一种高效的工具，用于注释单个细胞并提高复杂和噪声转录组数据的生物学可解释性 | 单细胞转录组数据，包括人类外周血单个核细胞、小细胞肺癌和胰腺导管腺癌的空间转录组数据 | 生物信息学 | 肺癌，胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无监督聚类 | 转录组数据 | 涉及人类外周血单个核细胞、小细胞肺癌和胰腺导管腺癌的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-08-08 |
Exclusive generation of rat spermatozoa in sterile mice utilizing blastocyst complementation with pluripotent stem cells
2022-09-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.07.005
PMID:35931077
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研究论文 | 本研究通过将多能干细胞注射到携带Tsc22d3基因突变的胚胎中，成功在成年嵌合体中补充了雄性生殖细胞，并详细描述了这一方法在异种生殖细胞生产中的应用 | 首次报道了通过胚胎互补技术在嵌合体中生成仅由多能干细胞衍生的功能性精子细胞，并使用单细胞RNA测序技术解析了嵌合体睾丸中的精子发生过程 | NA | 开发一种在体内生成异种生殖细胞的方法，并探讨其在转基因大鼠研究或濒危动物保护中的应用 | 大鼠的精子细胞 | 干细胞生物学 | NA | 胚胎互补技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了携带Tsc22d3基因突变的小鼠胚胎和鼠胚胎干细胞进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-08-08 |
Single cell gene expression profiling of nasal ciliated cells reveals distinctive biological processes related to epigenetic mechanisms in patients with severe COVID-19
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105895
PMID:35926268
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了鼻纤毛细胞的基因表达，揭示了与COVID-19严重患者中表观遗传机制相关的独特生物学过程 | 发现轻中度COVID-19患者与健康对照组相比，基因表达特征上调与线粒体功能、错误折叠蛋白和膜通透性相关；重度COVID-19患者与轻中度疾病相比，表观遗传机制下调 | NA | 探索COVID-19患者中与细胞调控程序相关的分子过程，包括由表观遗传机制介导的基因激活或抑制 | 鼻咽上皮细胞的基因表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 12,725个鼻纤毛细胞样本，包括13个健康对照组、13个轻中度COVID-19患者和14个重度COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-08 |
Drug resistance in NSCLC is associated with tumor micro-environment
2022-Sep, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2022.100680
PMID:35926330
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序数据分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）化疗耐药性与肿瘤微环境（TME）之间的关系 | 首次成功利用单细胞转录组测序数据识别耐药和敏感簇，并建立了比例风险模型来发现影响预后的基因 | 研究主要基于GSE149383数据集，可能需要更多数据集验证结果 | 探讨非小细胞肺癌化疗耐药性与肿瘤微环境之间的关系 | 非小细胞肺癌的化疗耐药性及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | 比例风险模型 | 转录组数据 | GSE149383数据集中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-08-08 |
New insights into macrophage subsets in atherosclerosis
2022-09, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-022-02224-0
PMID:35930063
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化中识别巨噬细胞亚群及其在斑块病变发病机制中的潜在作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化斑块病变中多个巨噬细胞亚群的存在及其基因表达水平和功能的显著差异 | NA | 探讨动脉粥样硬化中不同类型巨噬细胞及其相关分子机制，并识别这些巨噬细胞类型在斑块病变发病机制中的潜在作用 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群及其在斑块病变发展、稳定和消退中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-08 |
The current status of gene expression profilings in COVID-19 patients
2022-Sep, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.104
PMID:35942159
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研究论文 | 本文综述了COVID-19患者中基因表达谱的研究现状，特别是通过RNA测序（RNA-seq）技术进行的研究 | 首次系统性地回顾了COVID-19患者中使用RNA-seq技术生成的基因表达数据，并探讨了其在理解疾病机制和长期影响中的应用 | 尽管积累了大量OMICS数据，但对COVID-19疾病机制的理解仍不充分 | 旨在通过分析COVID-19患者的RNA-seq数据，深入理解疾病机制和长期影响 | COVID-19患者的各种样本类型，包括全血、血浆、外周血单个核细胞（PBMCs）、白细胞、淋巴细胞、单核细胞、T细胞、鼻拭子和尸检样本 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 108项研究的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-08-08 |
Differential requirement for DICER1 activity during the development of mitral and tricuspid valves
2022-09-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.259783
PMID:35946425
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研究论文 | 本研究通过在心脏发育期间特异性失活内皮细胞中的Dicer1，发现Dicer1缺失导致先天性二尖瓣狭窄和反流，而对其他瓣膜无影响，揭示了miRNA介导的基因调控是调节二尖瓣和三尖瓣发育的新型分子机制。 | 首次揭示miRNA介导的基因调控在二尖瓣和三尖瓣发育中的差异性作用。 | NA | 探究二尖瓣和三尖瓣发育中的差异性调控机制。 | 二尖瓣和三尖瓣的发育过程及调控机制。 | NA | 先天性心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-08-08 |
GLOBE: a contrastive learning-based framework for integrating single-cell transcriptome datasets
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac311
PMID:35901449
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的单细胞转录组数据集整合框架GLOBE，该框架通过定义自适应平移变换和使用硬度感知与一致性感知的损失函数来去除批次效应，并支持多样化的下游分析 | GLOBE框架通过自适应平移变换和硬度感知与一致性感知的损失函数，提高了批次效应去除的稳定性和表示对齐的一致性 | NA | 开发一种改进的基于对比学习的批次效应校正框架，以整合来自多个来源的单细胞转录组数据集 | 单细胞转录组数据集的批次效应去除 | 生物信息学 | NA | 对比学习 | 对比学习框架 | 转录组数据 | 广泛的数据集，包括两个发育中的小鼠新皮质数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-08 |
GE-Impute: graph embedding-based imputation for single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac313
PMID:35901457
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研究论文 | 提出了一种基于图嵌入的神经网络模型GE-Impute，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | GE-Impute通过学习每个细胞的神经图表示并重建细胞间相似性网络，从而更准确地填补缺失值 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的可靠性和生物学解释性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图嵌入神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-08-08 |
Learning discriminative and structural samples for rare cell types with deep generative model
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac317
PMID:35914950
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研究论文 | 本文提出了一种新的深度生成模型scLDS2，用于利用少量细胞样本准确估计不同细胞的分布，通过对抗学习区分稀有和非稀有细胞类型 | scLDS2模型通过生成稀疏的假样本并学习细胞间的关系，增强了样本的可解释性，并将细胞类型的识别问题转化为分类问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型识别的挑战 | 稀有细胞类型的识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度生成模型 | 基因表达数据 | 20个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-08 |
SECEDO: SNV-based subclone detection using ultra-low coverage single-cell DNA sequencing
2022-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac510
PMID:35900151
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单核苷酸变异（SNV）的超低覆盖率单细胞DNA测序数据进行亚克隆检测的新方法SECEDO | SECEDO利用贝叶斯过滤方法和读取重叠与相位技术，有效地对肿瘤细胞进行聚类，相较于现有技术，在超低覆盖率数据上显著提高了SNV检测的敏感性和准确性 | NA | 开发一种新的方法来基于SNV对肿瘤细胞进行聚类，以更全面地了解肿瘤内异质性 | 肿瘤细胞的亚克隆结构 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞DNA测序 | 贝叶斯过滤方法 | DNA序列数据 | 合成数据集包含7250个细胞和八个肿瘤亚克隆，真实数据集每个包含约2000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-08 |
Lysosomal acid lipase, CSF1R, and PD-L1 determine functions of CD11c+ myeloid-derived suppressor cells
2022-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.156623
PMID:35917184
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研究论文 | 研究探讨了溶酶体酸性脂肪酶（LAL）、集落刺激因子1受体（CSF1R）和程序性死亡配体1（PD-L1）在CD11c+髓源性抑制细胞中的作用 | 通过单细胞RNA测序和药理学阻断方法，揭示了LAL缺陷小鼠中CD11c+细胞的代谢转变及其对T细胞抑制和肿瘤生长的影响 | NA | 探究LAL、CSF1R和PD-L1在CD11c+髓源性抑制细胞功能中的作用及其对免疫抑制和肿瘤生长的影响 | CD11c+髓源性抑制细胞、LAL缺陷小鼠、非小细胞肺癌患者 | NA | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | LAL缺陷小鼠和非小细胞肺癌患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-08 |
Function of normal oral mucosa revealed by single-cell RNA sequencing
2022-09, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.30307
PMID:35894175
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了正常口腔黏膜细胞的功能和相互作用 | 首次通过单细胞转录组测序技术绘制了正常口腔黏膜细胞的全面图谱，并发现了具有高表达主要组织相容性复合体II类分子的上皮细胞亚群、CD8 GZMK T细胞亚群和两种活化的巨噬细胞 | NA | 探讨正常口腔黏膜细胞的功能和相互作用 | 正常口腔黏膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 26,398个细胞来自三例正常口腔黏膜 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-08 |
Schwann cell precursors: a hub of neural crest development
2022-09-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2022111955
PMID:35894449
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研究论文 | 本文通过综合单细胞RNA测序分析，揭示了施万细胞前体（SCPs）与神经嵴细胞（NCCs）之间的临时“枢纽”状态，这种状态在SCPs和NCCs中普遍存在 | 发现了SCPs与晚期迁移的NCCs之间显著的相似性，并提出了这种状态在成年组织再生和肿瘤发生中的潜在作用 | SCPs的异质性和发育潜能仍不完全清楚 | 探讨SCPs在神经嵴发育中的作用及其潜在的生物学意义 | 施万细胞前体（SCPs）及其在神经嵴发育中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-08 |
Circular RNAs: novel regulators of resistance to systemic treatments in breast cancer
2022-Sep, Neoplasma
IF:2.0Q3
DOI:10.4149/neo_2022_220611N619
PMID:35900318
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综述 | 本文综述了循环RNA（circRNAs）在乳腺癌系统治疗耐药性中的作用机制 | 探讨了circRNAs作为乳腺癌耐药性的主要调节因子的作用，并提出了circRNAs作为潜在的生物标志物和治疗靶点的可能性 | 目前关于circRNAs在乳腺癌耐药性中作用的研究报告较少 | 探讨circRNAs在乳腺癌系统治疗耐药性中的作用机制，以改善乳腺癌患者的预后 | 乳腺癌的系统治疗耐药性及其相关机制 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 下一代测序 | NA | 细胞 | 涉及乳腺癌患者的循环肿瘤细胞和肿瘤活检样本 | NA | NA | NA | NA |