单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 277 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
A statistical method to uncover gene expression changes in spatial transcriptomics
2022-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01576-2
PMID:36050491
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-08 |
Integrated single-cell transcriptomic analyses reveal that GPNMB-high macrophages promote PN-MES transition and impede T cell activation in GBM
2022-Sep, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104239
PMID:36054938
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞转录组数据，揭示了GPNMB高表达的巨噬细胞在胶质母细胞瘤中促进PN-MES转变并阻碍T细胞活化的作用 | 发现GPNMB高表达的巨噬细胞通过免疫细胞与肿瘤相互作用，在胶质母细胞瘤中起到关键作用，并阻碍T细胞的活化 | NA | 深入理解肿瘤微环境中的细胞间通信，以识别有潜力的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤中的单细胞转录组、批量转录组和空间单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及多种人类和小鼠研究的数据 |
| 183 | 2024-08-08 |
Novel skewed usage of B-cell receptors in COVID-19 patients with various clinical presentations
2022-09, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2022.08.006
PMID:36055412
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研究论文 | 本研究通过单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）分析了来自健康对照组、无症状患者和有症状COVID-19患者的PBMC样本，揭示了不同临床表现患者中B细胞受体的偏倚使用情况 | 发现了IGHV、IGLV和IGKV基因的偏倚使用，并识别了各组中特定的VDJ基因对和组合偏好，如IGKV3-7和IGKV2-24在无症状患者中富集，而IGHV3-13等在重症恢复患者中富集 | NA | 深入理解COVID-19患者的体液免疫反应，并开发针对SARS-CoV-2感染的新疫苗候选物和治疗性抗体 | COVID-19患者的B细胞受体使用情况 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 11名健康对照者，5名无症状患者和33名有症状COVID-19患者 |
| 184 | 2024-08-08 |
Zebrafish Danio rerio myotomal muscle structure and growth from a spatial transcriptomics perspective
2022-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110477
PMID:36058475
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研究论文 | 本研究采用空间转录组学方法，分析了斑马鱼肌肉的结构和生长特征 | 首次将空间转录组学应用于鱼类肌节肌肉结构和生长的研究 | NA | 探讨鱼类与哺乳动物在肌肉结构和生长特性上的差异 | 斑马鱼的肌节肌肉 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年和幼体斑马鱼的肌节肌肉样本 |
| 185 | 2024-08-08 |
Cutting edge technologies in chronic inflammation research
2022-09, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14648
PMID:36059185
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综述 | 本文是一篇关于炎症研究前沿技术的综述，特别关注皮肤和神经系统疾病 | 讨论了体外皮肤移植模型的价值，创新地使用动物模型，强调抗原经验和“野生”微生物群的作用，以及单细胞测序和原位转录组学（空间分析）提供的功能性细胞亚群、相互作用和可塑性的详细信息 | NA | 介绍和讨论炎症研究中的最新技术 | 皮肤和神经系统疾病 | NA | NA | 单细胞测序，原位转录组学，光谱流式细胞术，多重技术 | NA | 细胞 | NA |
| 186 | 2024-08-08 |
scWMC: weighted matrix completion-based imputation of scRNA-seq data via prior subspace information
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac570
PMID:35984287
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研究论文 | 本文提出了一种基于加权矩阵补全的scRNA-seq数据插补方法scWMC，通过利用先验子空间信息来提高插补精度 | 开发了一种新的正则化方法，利用不完美的先验信息来估计真实的潜在先验子空间，并将其嵌入到典型的基于低秩矩阵补全的框架中 | NA | 提高scRNA-seq数据中由于技术缺陷导致的基因表达值为零的插补精度 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 低秩矩阵补全 | 基因表达矩阵 | 模拟和真实scRNA-seq数据 |
| 187 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing reveals novel cellular heterogeneity in uterine leiomyomas
2022-09-30, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deac183
PMID:36001050
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术揭示了子宫平滑肌瘤组织中的细胞异质性 | 发现了子宫平滑肌瘤和子宫肌层中平滑肌细胞、成纤维细胞和内皮细胞的异质性，并首次在单细胞水平上比较了这些组织的转录组差异 | 研究主要集中在携带MED12变异的子宫平滑肌瘤，其他遗传重排的子宫平滑肌瘤可能在细胞组成和转录组特征上有所不同 | 探究子宫肌层和子宫平滑肌瘤的细胞组成及单细胞转录组差异 | 子宫平滑肌瘤和子宫肌层的细胞组成及转录组差异 | 数字病理学 | 子宫平滑肌瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从八名患者中共收集了五个子宫平滑肌瘤和五个子宫肌层样本 |
| 188 | 2024-08-08 |
Using human iPSC-derived kidney organoids to decipher SARS-CoV-2 pathology on single cell level
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101612
PMID:35983169
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研究论文 | 本文描述了一种用于单细胞RNA测序的SARS-CoV-2感染的人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的肾脏类器官的协议 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究SARS-CoV-2感染的iPSC衍生的肾脏类器官 | 该协议主要针对6孔Transwell格式培养的肾脏类器官，其他器官背景的类器官需要适应 | 揭示SARS-CoV-2感染后肾脏细胞的变化 | 人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个肾脏类器官样本 |
| 189 | 2024-08-08 |
Protocol to analyze antitumor immunity of orthotopic injection and spontaneous murine high-grade glioma models using flow cytometry and single-cell RNA sequencing
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101607
PMID:35990740
|
研究论文 | 本文描述了一种用于诱导自发脑肿瘤模型、从脑肿瘤微环境中分离单细胞并使用scRNA-seq和流式细胞术分析免疫反应的协议 | 提出了一种自发脑肿瘤模型，避免了传统骨钻和肿瘤细胞注射方法的不良影响 | 目前对脑肿瘤免疫的理解仍然不足 | 研究脑肿瘤的抗肿瘤免疫 | 自发脑肿瘤模型中的单细胞和免疫反应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | scRNA-seq和流式细胞术 | NA | 单细胞RNA序列数据和流式细胞术数据 | 未具体说明样本数量 |
| 190 | 2024-08-08 |
Migrating Type 2 Dendritic Cells Prime Mucosal Th17 Cells Specific to Small Intestinal Commensal Bacteria
2022-09-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200204
PMID:35995508
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研究论文 | 本文研究了小肠中特定共生细菌驱动的Th17细胞的早期激活过程，发现这一过程由表达Zbtb46的DC2细胞控制 | 首次揭示了DC2细胞在小肠共生细菌驱动的Th17细胞早期激活中的关键作用 | NA | 探讨小肠中共生细菌驱动的Th17细胞的早期激活机制 | 小肠中的DC2细胞和Th17细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用小鼠共生细菌实验模型进行研究 |
| 191 | 2024-08-08 |
Faecalibaculum rodentium remodels retinoic acid signaling to govern eosinophil-dependent intestinal epithelial homeostasis
2022-09-14, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2022.07.015
PMID:35985335
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研究论文 | 研究揭示了Faecalibaculum rodentium通过重塑视黄酸信号通路，调控依赖于嗜酸性粒细胞的肠道上皮稳态 | 首次阐明特定微生物成员通过改变上皮细胞周转率、隐窝增殖和主要组织相容性复合体II类表达，影响肠道上皮稳态 | NA | 探究微生物与肠道上皮细胞相互作用如何调节宿主生理，特别是在十二指肠中的作用 | 肠道上皮细胞和微生物Faecalibaculum rodentium | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 无菌（GF）和不同常规微生物群组成的十二指肠上皮细胞样本 |
| 192 | 2024-08-08 |
Human tau mutations in cerebral organoids induce a progressive dyshomeostasis of cholesterol
2022-09-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.07.011
PMID:35985329
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析携带V337M和R406W tau突变的人脑类器官（hCOs），发现胆固醇生物合成途径在星形胶质细胞中显著上调，表明胆固醇稳态失调可能是tau突变导致神经退行性变的早期事件 | 首次在携带tau突变的人脑类器官中揭示了胆固醇生物合成途径的早期变化，并证实了胆固醇稳态失调在tau突变相关神经退行性变中的作用 | NA | 探究tau突变在人脑类器官中引起的早期分子途径变化 | 携带V337M和R406W tau突变的人脑类器官 | 数字病理学 | 额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及携带V337M和R406W tau突变的人脑类器官及同基因对照组 |
| 193 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing uncovers the nuclear decoy lincRNA PIRAT as a regulator of systemic monocyte immunity during COVID-19
2022-09-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2120680119
PMID:35998224
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了在COVID-19期间，长非编码RNA PIRAT作为单核细胞中PU.1的主要反馈调节因子，调控警报素S100A8/A9的产生，这是COVID-19发病机制的关键驱动因素。 | 首次揭示了PIRAT作为核诱饵RNA，通过阻止PU.1与警报素启动子结合并促进其在幼稚单核细胞中与假基因结合，从而在COVID-19中发挥重要作用。 | NA | 研究长非编码RNA在SARS-CoV-2感染期间的系统免疫反应中的作用。 | 单核细胞中的长非编码RNA PIRAT及其在COVID-19中的作用。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 194 | 2024-08-08 |
Graph attention network for link prediction of gene regulations from single-cell RNA-sequencing data
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac559
PMID:35961023
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研究论文 | 本文提出了一种基于图注意力网络的GENELink方法，用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控网络中的潜在相互作用 | 利用图注意力网络处理单细胞RNA测序数据，提高了在低信噪比和dropout情况下的基因调控网络重建性能 | NA | 旨在从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的转录因子与目标基因之间的潜在相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 基因表达数据 | 七种单细胞RNA测序数据集，包括人类乳腺癌转移数据 |
| 195 | 2024-08-08 |
In search of a Drosophila core cellular network with single-cell transcriptome data
2022-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkac212
PMID:35976114
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据，构建了果蝇细胞类型特异性的基因共表达网络，以寻找跨细胞类型的核心细胞网络 | 本文首次通过基因共表达分析，揭示了果蝇中跨细胞类型的核心细胞网络，该网络由高度协调的基因组成，主要编码核糖体蛋白 | 本文发现的核心细胞网络仅占细胞类型特异性基因共表达网络的一小部分，表明其可能只涵盖了少数基本功能 | 探索多细胞生物中跨细胞类型的核心细胞网络 | 果蝇的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因共表达网络 | 转录组数据 | 涵盖多种细胞类型的单细胞转录组数据 |
| 196 | 2024-08-08 |
A CRISPRi/a platform in human iPSC-derived microglia uncovers regulators of disease states
2022-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01131-4
PMID:35953545
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研究论文 | 本文介绍了一种在人诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞中使用CRISPRi/a平台进行遗传扰动筛选的方法，以揭示神经系统疾病状态的调控因子 | 开发了一种高效的8天协议，用于生成基于六个转录因子诱导表达的微胶质样细胞，并在此系统中建立了可诱导的CRISPR干扰和激活 | NA | 系统地阐明遗传扰动对人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞功能后果 | 人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | CRISPRi/a | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
A Cuproptosis Activation Scoring model predicts neoplasm-immunity interactions and personalized treatments in glioma
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105924
PMID:35964468
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研究论文 | 本文通过分析大量肿瘤和单细胞转录组数据，构建了铜死亡活性评分（CuAS）模型，用于预测胶质瘤中的肿瘤-免疫相互作用和个性化治疗 | 首次系统探讨铜死亡在胶质瘤中的作用，并构建了基于铜死亡相关基因的活性评分模型，结合机器学习技术验证了评分的稳定性 | NA | 研究铜死亡在胶质瘤中的作用及其与肿瘤-免疫相互作用的关系，并探索潜在的治疗药物 | 胶质瘤及其与免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 机器学习 | NA | 转录组数据 | NA |
| 198 | 2024-08-08 |
Reprogramming barriers in bovine cells nuclear transfer revealed by single-cell RNA-seq analysis
2022-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17505
PMID:35971640
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析牛细胞核移植中的重编程障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛细胞核移植胚胎在基因表达和信号通路激活方面的异常 | 研究主要集中在基因表达和信号通路激活的异常，未涉及其他可能影响核移植效率的因素 | 揭示牛细胞核移植胚胎发育过程中的基因表达和信号通路激活的异常 | 牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体进行牛核移植 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 使用了牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体 |
| 199 | 2024-08-08 |
Protocol for profiling cell-centric assembled single-cell human transcriptome data in hECA
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101589
PMID:35942342
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研究论文 | 本文介绍了人类整体细胞图谱（hECA）的应用，包括通过网站进行“定量画像”探索、创建可定制的参考用于自动细胞类型注释以及使用逻辑条件的细胞排序 | hECA提供了一个统一的信息学框架和细胞中心组装的单细胞转录组数据，涵盖了1,093,299个标记的人类细胞 | NA | 介绍和应用hECA框架 | 人类单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 1,093,299个标记的人类细胞 |
| 200 | 2024-08-08 |
ASURAT: functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes
2022-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac541
PMID:35924984
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASURAT的计算工具，用于对单细胞转录组数据进行无监督聚类和功能注释 | ASURAT能够同时进行无监督聚类和功能注释，包括疾病、细胞类型、生物过程和信号通路活性，使用数据库衍生的功能术语中的基因相关图分解 | NA | 开发一种高效的工具，用于注释单个细胞并提高复杂和噪声转录组数据的生物学可解释性 | 单细胞转录组数据，包括人类外周血单个核细胞、小细胞肺癌和胰腺导管腺癌的空间转录组数据 | 生物信息学 | 肺癌，胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无监督聚类 | 转录组数据 | 涉及人类外周血单个核细胞、小细胞肺癌和胰腺导管腺癌的单细胞转录组数据 |