单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-15	scAllele: A versatile tool for the detection and analysis of variants in scRNA-seq 2022-Sep-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn6398 PMID:36054357	研究论文	本文介绍了一种名为scAllele的工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测和分析变异	scAllele能够检测单核苷酸变异、插入、删除及其与剪接模式的等位基因连锁，并支持等位基因特异性剪接分析，这是其他方法不具备的独特功能	NA	开发一种能够从单细胞RNA测序数据中提取多层次信息并揭示新生物学见解的工具	单细胞RNA测序数据中的变异及其与剪接模式的关联	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2	2024-12-12	Single-cell transcriptomics identifies conserved regulators of neuroglandular lineages 2022-09-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111370 PMID:36130520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了刺胞动物Nematostella vectensis中神经和腺体细胞谱系的共同起源和调控机制	首次揭示了神经元、刺细胞和腺细胞来自一个共同的多能祖细胞，并发现了保守的转录因子SoxC在调控这些谱系中的关键作用	研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis，可能无法完全代表所有生物的神经和腺体细胞谱系	探讨神经元与其他分泌细胞类型的进化起源及其关系	刺胞动物Nematostella vectensis中的神经元、刺细胞和腺细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
3	2024-12-06	3D chromatin maps of the human pancreas reveal lineage-specific regulatory architecture of T2D risk 2022-09-06, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2022.08.014 PMID:36070683	研究论文	研究通过生成人类胰腺腺泡细胞、α细胞和β细胞的单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率Hi-C数据，揭示了T2D风险的细胞类型特异性调控架构	首次利用3D染色质组织图谱揭示了胰腺不同细胞类型在T2D风险中的特异性调控机制	研究主要集中在胰腺细胞类型，未涵盖其他可能影响T2D的细胞类型	理解糖尿病风险的细胞类型特异性调控架构	人类胰腺的腺泡细胞、α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、高分辨率Hi-C	NA	基因组数据	4,750个潜在的因果变异-目标基因对，涉及194个T2D GWAS信号
4	2024-11-17	Integrated identification of growth pattern and taxon of bacterium in gut microbiota via confocal fluorescence imaging-oriented single-cell sequencing 2022-Sep, mLife IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mlf2.12041 PMID:38818223	研究论文	本文提出了一种结合荧光探针标记、共聚焦成像和单细胞测序的综合策略，用于识别小鼠肠道微生物群中细菌的生长模式和分类	本文的创新点在于将荧光探针标记、共聚焦成像和单细胞测序相结合，实现了对肠道细菌生长模式和分类的集成识别	本文的局限性在于仅在小鼠肠道微生物群中进行了验证，尚未在其他复杂细菌系统中进行广泛应用	本文的研究目的是开发一种高通量的方法，用于直接研究肠道微生物群中细菌的体内活动和过程	本文的研究对象是小鼠肠道微生物群中的细菌	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	图像	小鼠肠道细菌
5	2024-11-09	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	研究揭示了JAG1-NOTCH4信号通路在动脉粥样硬化中的机械感应作用	首次探讨了Notch通路在感应血流紊乱中的潜在作用	NA	探讨动脉粥样硬化的发病机制	动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了猪、小鼠和人类冠状动脉内皮细胞样本
6	2024-11-06	Comparative analysis of transcriptome remodeling in plaque-associated and plaque-distant microglia during amyloid-β pathology progression in mice 2022-Sep-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02581-0 PMID:36153535	研究论文	本研究通过结合细胞特异性激光捕获显微切割和RNA测序分析，比较了在阿尔茨海默病小鼠模型中，与淀粉样β斑块相关的微胶质细胞（PAM）和远离斑块的微胶质细胞（PCM）在疾病不同阶段的转录组重塑情况	本研究首次直接比较了PAM和PCM在阿尔茨海默病进展中的转录组变化，揭示了微胶质细胞在疾病不同阶段的动态变化及其潜在功能	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨微胶质细胞在阿尔茨海默病进展中的不同作用及其转录组变化	与淀粉样β斑块相关的微胶质细胞（PAM）和远离斑块的微胶质细胞（PCM）	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型中的微胶质细胞样本
7	2024-09-30	Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics 2022-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01273-7 PMID:35501392	研究论文	本文介绍了一种基于条件自回归的解卷积方法（CARD），用于空间转录组学中的细胞类型解卷积	CARD方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的细胞类型特异性表达信息与细胞类型组成在组织位置间的相关性，能够提高解卷积的准确性，并能在没有scRNA-seq参考数据的情况下进行解卷积	NA	开发一种新的解卷积方法，以提高空间转录组学数据中细胞类型组成的准确性	空间转录组学数据中的细胞类型组成和基因表达水平	空间转录组学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件自回归模型	基因表达数据	四个数据集，包括一个胰腺癌数据集
8	2024-09-23	Impact of T-cell immunity on chemotherapy response in childhood acute lymphoblastic leukemia 2022-09-29, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2021014495 PMID:35675514	研究论文	本文研究了T细胞免疫对儿童急性淋巴细胞白血病化疗反应的影响	首次系统评估了T细胞免疫对Ph+ ALL治疗结果的影响，并揭示了T细胞免疫在抑制耐药白血病细胞生长中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和少量儿童样本，需要进一步的人体临床研究验证	探讨T细胞免疫在儿童急性淋巴细胞白血病化疗反应中的作用	T细胞免疫、Ph+ ALL、化疗反应	NA	白血病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	102名儿童
9	2024-09-23	DNMT3A mutations define a unique biological and prognostic subgroup associated with cytotoxic T cells in PTCL-NOS 2022-09-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2021015019 PMID:35639959	研究论文	研究探讨了DNMT3A突变在PTCL-NOS中的作用及其与细胞毒性T细胞的关系	首次发现DNMT3A突变在PTCL-TBX21中与细胞毒性T细胞基因特征的显著富集相关，并验证了其在免疫组化和基因表达层面的影响	研究主要集中在PTCL-TBX21和PTCL-GATA3亚型，其他PTCL亚型的研究较少	探讨DNMT3A突变在PTCL-NOS中的生物学意义及其对预后的影响	PTCL-NOS中的DNMT3A突变及其与细胞毒性T细胞的关系	数字病理学	淋巴瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	包括PTCL-TBX21和PTCL-GATA3亚型的多个病例，以及CD8+ T细胞系和原代CD3+ T细胞培养
10	2024-09-23	Single-cell analyses reveal early thymic progenitors and pre-B cells in zebrafish 2022-09-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20220038 PMID:35938989	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼骨髓和胸腺中的约70,000个细胞，揭示了斑马鱼免疫细胞发育的基因表达图谱	首次在斑马鱼中发现了早期胸腺祖细胞和前B细胞，并揭示了B细胞和T细胞的发育轨迹	NA	阐明斑马鱼淋巴细胞发育的关键方面，并探索其效应功能的广度	斑马鱼的免疫细胞发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约70,000个细胞
11	2024-09-23	Secretory Cells Are the Primary Source of pIgR in Small Airways 2022-09, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0548OC PMID:35687143	研究论文	研究探讨了慢性阻塞性肺疾病（COPD）小气道中分泌性IgA（SIgA）丢失的原因及其与pIgR表达的关系	首次在单细胞分辨率下定义和量化了人类气道中pIgR表达的细胞类型，并评估了中性粒细胞弹性蛋白酶和非类型细菌分泌的蛋白酶对SIgA降解的影响	研究主要集中在人类和小鼠模型上，可能无法完全代表所有COPD患者的复杂情况	探讨COPD小气道中SIgA丢失的原因及其与pIgR表达的关系	人类和小鼠的气道细胞，特别是分泌细胞和纤毛细胞	NA	慢性阻塞性肺疾病	RNA杂交、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的气道细胞样本
12	2024-09-23	Single-cell Transcriptomics Reveals Dynamic Role of Smooth Muscle Cells and Enrichment of Immune Cell Subsets in Human Abdominal Aortic Aneurysms 2022-09-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005551 PMID:35762613	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了平滑肌细胞和免疫细胞亚群在人类腹主动脉瘤中的动态作用	首次全面描述了人类腹主动脉瘤组织中的细胞景观，并通过单细胞RNA测序识别了17个代表8种细胞谱系的集群	NA	确定与腹主动脉瘤发展相关的细胞特异性基因表达谱	腹主动脉瘤组织和对照组织中的细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
13	2024-09-23	Diverse stem cells for periodontal tissue formation and regeneration 2022-09, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.23495 PMID:35916433	研究论文	本文探讨了牙周组织形成和再生中多种干细胞的作用	利用单细胞RNA测序分析揭示了牙周组织中细胞的异质性和细胞类型特异性标记，以及它们与牙囊中前体细胞的发育关系	NA	揭示牙周组织中间充质祖细胞的基本特性，为未来开发更有效的基于干细胞的牙周组织再生疗法提供新知识	牙周组织中的间充质干细胞（PDLSCs）及其在牙周再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
14	2024-09-23	Distinct cellular dynamics associated with response to CAR-T therapy for refractory B cell lymphoma 2022-09, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-01959-0 PMID:36097221	研究论文	研究了CAR-T疗法对难治性B细胞淋巴瘤患者的细胞动力学特征	揭示了不同CAR-T产品在治疗反应中的细胞动力学差异，并发现了CAR-T调节细胞在非应答者中的作用	仅分析了32名患者的样本，可能无法全面代表所有患者的情况	探讨CAR-T疗法在难治性B细胞淋巴瘤患者中的治疗反应机制	32名接受CAR-T治疗的难治性B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	105个治疗前后的外周血单核细胞样本和输注产品
15	2024-09-13	Functional inference of gene regulation using single-cell multi-omics 2022-Sep-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100166 PMID:36204155	研究论文	本文通过应用scATAC-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，研究了静息和刺激状态下的人类血液细胞的基因调控功能	开发了功能性基因调控推断框架（FigR），用于整合多组学数据，推断基因调控网络（GRN）并识别候选转录因子（TF）调控因子	NA	研究细胞在环境刺激下基因表达的协调控制	静息和刺激状态下的人类血液细胞	基因组学	NA	scATAC-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	功能性基因调控推断框架（FigR）	单细胞多组学数据	约91,000个单细胞
16	2024-09-11	Increased SARS-CoV-2 Infection, Protease, and Inflammatory Responses in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Primary Bronchial Epithelial Cells Defined with Single-Cell RNA Sequencing 2022-09-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202108-1901OC PMID:35549656	研究论文	研究了慢性阻塞性肺病（COPD）患者的原代支气管上皮细胞在SARS-CoV-2感染后的反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了COPD患者的支气管上皮细胞对SARS-CoV-2感染的更高易感性及其背后的机制	研究仅限于COPD患者的原代支气管上皮细胞，未涉及其他类型的细胞或组织	探讨COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性及其背后的分子机制	COPD患者的原代支气管上皮细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康受试者和COPD患者的原代支气管上皮细胞
17	2024-09-10	DestVI identifies continuums of cell types in spatial transcriptomics data 2022-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01272-8 PMID:35449415	研究论文	本文介绍了一种名为DestVI的方法，用于在空间转录组数据中识别细胞类型的连续变异	DestVI通过变分推断解卷积空间转录组数据，能够识别同一类型细胞内的转录组连续变异，优于现有方法	NA	开发一种新方法以在空间转录组数据中识别细胞类型的连续变异	空间转录组数据中的细胞类型连续变异	生物信息学	NA	空间转录组学	变分推断	转录组数据	感染的淋巴结和鼠肿瘤模型中的样本
18	2024-09-08	Single-cell genomics reveals population structures from in vitro evolutionary studies of Salmonella 2022-09, Microbial genomics IF:4.0Q2 DOI:10.1099/mgen.0.000871 PMID:36125951	研究论文	本文介绍了使用单细胞基因组学方法研究体外进化实验中沙门氏菌群体结构的方法	首次将单细胞方法应用于研究进化中的克隆微生物群体，并展示了其在抗生素压力下的抗性和多样性	NA	研究沙门氏菌在抗生素压力下的进化和群体结构	沙门氏菌的单细胞基因组	基因组学	NA	单细胞DNA测序	NA	基因组序列	多个单细胞样本
19	2024-09-07	Single-cell multi-omics of human preimplantation embryos shows susceptibility to glucocorticoids 2022-Sep-27, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276665.122 PMID:35948369	研究论文	研究了人类胚胎植入前暴露于糖皮质激素对单细胞多组学特征的影响	首次展示了人类胚胎第7天的单细胞转录组、甲基组和小RNA图谱，并揭示了糖皮质激素暴露对滋养层细胞系分子特征的重编程作用	研究仅限于第7天的胚胎，未涵盖整个植入前阶段	探讨糖皮质激素暴露对人类胚胎植入前发育的分子影响	人类胚胎植入前的单细胞转录组、甲基组和小RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	第7天的人类胚胎样本
20	2024-09-07	Gliotransmission of D-serine promotes thirst-directed behaviors in Drosophila 2022-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2022.07.038 PMID:35963239	研究论文	本文研究了果蝇在缺水条件下大脑中的分子和细胞适应性变化，特别是星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸促进饮水行为	首次揭示了星形胶质细胞通过释放D-丝氨酸在果蝇饮水行为中的作用，并发现D-丝氨酸通过结合神经元NMDA型谷氨酸受体来增强饮水行为	研究仅限于果蝇模型，尚未在其他物种中验证	探究缺水条件下果蝇大脑中的分子和细胞适应性变化及其对饮水行为的影响	果蝇在缺水条件下的星形胶质细胞及其释放的D-丝氨酸	神经科学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	缺水果蝇的脑细胞