单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	Patient-associated mutations in Drosophila Alk perturb neuronal differentiation and promote survival 2022-08-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.049591 PMID:35972154	研究论文	本文利用CRISPR/Cas9技术在果蝇中引入与人类肿瘤相关的人类ALK基因突变，研究这些突变对神经分化和生存的影响。	首次在果蝇模型中研究人类ALK激活突变对神经发育的影响，并发现这些突变通过减少细胞凋亡而不是增加细胞增殖来促进神经细胞的过度增生。	研究主要集中在果蝇模型中，可能需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。	研究ALK激活突变在神经发育中的作用及其对神经细胞生存的影响。	果蝇中的ALK基因突变及其对神经细胞分化和生存的影响。	遗传学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及果蝇的多个突变体样本
122	2024-08-08	Nonproductive exposure of PBMCs to SARS-CoV-2 induces cell-intrinsic innate immune responses 2022-08, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202210961 PMID:35975552	研究论文	研究分析了健康供者的外周血单个核细胞（PBMCs）在体外暴露于SARS-CoV和SARS-CoV-2后的易感性和表达谱	揭示了SARS-CoV-2特异性的JAK/STAT依赖性干扰素刺激基因（ISGs）的诱导，而非促炎细胞因子的产生	尚未明确这些细胞内在反应是由呼吸道有效感染细胞发出的信号触发，还是由与病毒颗粒的物理相互作用引起	探讨PBMCs在暴露于SARS-CoV-2后的细胞内在先天免疫反应	健康供者的外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	COVID-19	RT-PCR实验和单细胞RNA测序	NA	RNA	来自健康供者的外周血单个核细胞（PBMCs）
123	2024-08-08	Live-seq enables temporal transcriptomic recording of single cells 2022-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05046-9 PMID:35978187	研究论文	本文介绍了一种名为Live-seq的单细胞转录组分析方法，该方法在RNA提取过程中保持细胞活性，从而能够将细胞的基础转录组与其后续的分子或表型行为相结合。	Live-seq的创新之处在于它能够在不破坏细胞的情况下进行单细胞转录组分析，使得可以对同一细胞进行后续的分子或功能分析。	NA	开发一种新的单细胞转录组分析方法，以实现对细胞动态变化的实时记录。	单细胞转录组分析技术及其在细胞类型和状态分类中的应用。	单细胞生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个单细胞样本，包括巨噬细胞和脂肪间充质细胞
124	2024-08-08	Single-cell analysis reveals clonally expanded tumor-associated CD57+ CD8 T cells are enriched in the periphery of patients with metastatic urothelial cancer responding to PD-L1 blockade 2022-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2022-004759 PMID:35981786	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了在响应PD-L1阻断的转移性尿路上皮癌患者中，克隆扩增的肿瘤相关CD57+ CD8 T细胞在外周血中富集	首次在转移性尿路上皮癌患者中研究了新抗原特异性CD8 T细胞的表型，并发现CD57+ CD8 T细胞的高频率与对atezolizumab的响应相关	研究样本量相对较小，需要在更大规模的研究中验证这些发现	探究转移性尿路上皮癌患者中新抗原特异性CD8 T细胞的表型，并寻找atezolizumab治疗的预测生物标志物	转移性尿路上皮癌患者的外周CD8 T细胞	免疫学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq，T细胞受体（TCR）测序	NA	细胞	20名转移性尿路上皮癌患者，30名接受atezolizumab治疗的患者，40名接受化疗的患者，16名进行单细胞分析的患者
125	2024-08-08	Highly Variable Expression of Merozoite Surface Protein MSPDBL2 in Diverse Plasmodium falciparum Clinical Isolates and Transcriptome Scans for Correlating Genes 2022-08-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01948-22 PMID:35950755	研究论文	本研究分析了96个来自不同西非国家的临床分离株在第一培养周期中成熟裂殖子表面蛋白MSPDBL2的表达情况，并通过全转录组测序探讨了与MSPDBL2表达相关的基因	首次展示了MSPDBL2在自然感染中的表达频率模式，并发现与MSPDBL2阳性相关的基因主要与性发育有关，表明MSPDBL2阳性亚群与准备传播的性发育寄生虫经常同时存在	NA	研究疟原虫抗原性和发育变异，特别是受强烈平衡选择影响的单一位点编码的裂殖子表面蛋白	疟原虫裂殖子表面蛋白MSPDBL2的表达及其相关基因	NA	疟疾	免疫荧光显微镜，全转录组测序	NA	转录组数据	96个临床分离株
126	2024-08-08	Decreased Microglia in Pax2 Mutant Mice Leads to Impaired Learning and Memory 2022-08-17, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.2c00352 PMID:35929805	研究论文	本研究使用 Pax2 基因杂合子敲除小鼠作为研究对象，通过行为测试、形态学和分子生物学方法以及单细胞转录组测序，观察 Pax2 基因缺失对学习和记忆能力及神经结构的影响。	本研究首次探讨了 Pax2 基因缺失对小鼠学习和记忆能力的影响，并通过单细胞转录组测序揭示了相关的细胞亚型和差异表达基因及信号通路。	研究仅限于 Pax2 基因杂合子敲除小鼠，未来研究可以扩展到其他基因变异或纯合子敲除小鼠，以更全面地理解 Pax2 基因在神经发育中的作用。	探讨 Pax2 基因缺失对小鼠学习和记忆能力的影响及其分子机制。	Pax2 基因杂合子敲除小鼠。	神经科学	神经退行性疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	Pax2 基因杂合子敲除小鼠
127	2024-08-08	DARPP32, a target of hyperactive mTORC1 in the retinal pigment epithelium 2022-08-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2207489119 PMID:35939707	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在视网膜色素上皮细胞中鉴定了mTORC1信号通路下游的一个蛋白DARPP-32，并探讨其在年龄相关性黄斑变性中的作用	首次发现DARPP-32作为mTORC1调控的新信号蛋白，可能参与年龄相关性黄斑变性中视网膜色素上皮细胞的退化	NA	研究mTORC1在年龄相关性黄斑变性中的作用及其下游蛋白DARPP-32的功能	视网膜色素上皮细胞和年龄相关性黄斑变性	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类AMD眼和动物模型
128	2024-08-08	The neuropeptide landscape of human prefrontal cortex 2022-08-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2123146119 PMID:35947618	研究论文	本文通过微切割和基于RNA测序及RNAscope方法，结合已发表的单细胞转录组学数据，研究了人前额叶皮层（hPFC）17个子区域和三个参考皮层的肽能系统分布	发现了hPFC中肽能景观的独特特征，包括紧密相邻且功能不同的子区域，以及特定的肽/递质相关特征	NA	探讨人前额叶皮层中肽能系统的分布及其在认知和情感过程中的作用	人前额叶皮层的17个子区域和三个参考皮层	NA	NA	RNA测序，RNAscope	NA	RNA	60种神经肽和60种神经肽受体在hPFC的至少一个子区域中表达
129	2024-08-08	Primary specification of blastocyst trophectoderm by scRNA-seq: New insights into embryo implantation 2022-Aug-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj3725 PMID:35947672	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类和小鼠胚胎植入期滋养层（TE）的发育及其与子宫内膜的相互作用	发现了极性和壁滋养层在胚胎从透明带孵化后的转录组差异，以及植入失败胚胎在能量产生、蛋白质代谢和18S rRNA甲基化途径的异常	NA	探索胚胎植入机制，如附着极的确定、胎母交流及植入失败的原因	人类和小鼠的胚胎植入期胚胎	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的胚胎植入期胚胎
130	2024-08-08	Th2 single-cell heterogeneity and clonal distribution at distant sites in helminth-infected mice 2022-08-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.74183 PMID:35950748	研究论文	本研究通过结合单细胞转录组和T细胞受体（TCR）克隆型分析，探讨了在寄生虫感染小鼠模型中，Th2细胞在肠系膜淋巴结和肺部的异质性和克隆分布	首次揭示了Th2细胞在不同器官中的表达谱和克隆相关性，以及干扰素信号在Th2细胞分化或多样化中的作用	NA	研究Th2细胞在寄生虫感染中的异质性和克隆分布	Th2细胞在肠系膜淋巴结和肺部的异质性和克隆分布	免疫学	寄生虫感染	单细胞转录组分析，T细胞受体（TCR）克隆型分析	NA	转录组数据	小鼠Th2细胞在肠系膜淋巴结和肺部的样本
131	2024-08-08	Adenoviral-based vaccine promotes neoantigen-specific CD8+ T cell stemness and tumor rejection 2022-08-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abo7604 PMID:35947675	研究论文	本文研究了腺病毒载体疫苗编码肿瘤新生抗原在结合抗程序性细胞死亡蛋白1（αPD-1）治疗时，如何增强CD8+ T细胞的干细胞样特性并促进肿瘤排斥	首次展示了腺病毒疫苗结合αPD-1治疗如何通过增加多功能的肿瘤新生抗原特异性CD8 T细胞数量和Tcf1干细胞样前体细胞的积累，从而提高免疫原性和抗肿瘤效果	研究主要在鼠模型中进行，尚未完全阐明其转化潜力	探讨腺病毒载体疫苗与αPD-1联合治疗在增强肿瘤新生抗原特异性CD8 T细胞免疫反应中的机制	腺病毒载体疫苗、αPD-1治疗、肿瘤新生抗原特异性CD8 T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA	包括12名转移性错配修复缺陷（dMMR）肿瘤患者
132	2024-08-08	Differentiation of crescent-forming kidney progenitor cells into podocytes attenuates severe glomerulonephritis in mice 2022-08-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abg3277 PMID:35947676	研究论文	研究通过诱导肾小球新月体形成的小鼠模型，探讨了使用panobinostat抑制组蛋白去乙酰化酶来减轻新月体性肾小球肾炎的效果及其机制	首次揭示了panobinostat通过诱导未成熟的壁上皮细胞分化为足细胞，从而恢复肾小球滤过屏障，并提供了单细胞RNA测序数据支持其在人类细胞中的效果	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨新月体性肾小球肾炎的发病机制及治疗策略	小鼠模型中的新月体性肾小球肾炎及人类肾祖细胞	NA	肾病	三维共聚焦显微镜、受激发射损耗超分辨率成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	涉及两种Pax2Cre报告小鼠模型及人类肾祖细胞的体外实验
133	2024-08-08	Dual ontogeny of disease-associated microglia and disease inflammatory macrophages in aging and neurodegeneration 2022-08-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.07.004 PMID:35931085	研究论文	本文通过生成小鼠大脑髓系scRNA-seq整合数据，系统地描绘了大脑巨噬细胞群体，并揭示了疾病相关小胶质细胞和疾病炎症巨噬细胞在衰老和神经退行性疾病中的双重起源	首次揭示了疾病相关小胶质细胞实际上包含两种在起源和功能上不同的细胞谱系，并提出了这两种不同群体在人脑中的保守性	NA	旨在阐明大脑巨噬细胞群体在不同环境下的表型、定位和功能，并识别治疗神经退行性疾病的细胞靶点	大脑巨噬细胞群体，包括实质小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和募集的单核细胞衍生细胞	数字病理学	神经退行性疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列	小鼠大脑髓系细胞
134	2024-08-08	Single-neuron models linking electrophysiology, morphology, and transcriptomics across cortical cell types 2022-08-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111176 PMID:35947954	研究论文	本文介绍了一种计算优化工作流程，用于生成9,200个带有主动传导的单神经元模型，这些模型基于230个体外电生理实验和从小鼠视觉皮层进行的形态重建。	本文展示了生成的模型能够稳健地代表单个实验和通过电生理学或转录组学定义的皮层细胞类型，这与当前的信念相反。	NA	建立跨细胞数据模式的对应关系，并探索因果关系。	单神经元模型，电生理学，形态学，转录组学。	神经科学	NA	计算优化	单神经元模型	电生理数据，形态数据，转录组数据	230个体外电生理实验，9,200个单神经元模型
135	2024-08-08	Scarf enables a highly memory-efficient analysis of large-scale single-cell genomics data 2022-08-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32097-3 PMID:35941103	research paper	本文介绍了一个名为Scarf的Python包，它能够高效地处理大规模单细胞基因组数据，即使在低成本设备上也能够进行分析	Scarf通过模块化设计和内存高效实现，使得在普通笔记本电脑上也能处理数百万细胞的数据	NA	开发一种能够在低成本设备上高效处理大规模单细胞基因组数据的工具	单细胞RNA-Seq和ATAC-Seq数据集	digital pathology	NA	单细胞RNA-Seq, ATAC-Seq	图基t-随机邻居嵌入, 层次聚类算法	基因组数据	数百万细胞
136	2024-08-08	GSDMD-dependent neutrophil extracellular traps promote macrophage-to-myofibroblast transition and renal fibrosis in obstructive nephropathy 2022-08-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05138-4 PMID:35941120	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在阻塞性肾病中促进肾纤维化的分子机制	首次揭示了GSDMD依赖的NETs通过促进巨噬细胞向肌成纤维细胞转化（MMT）参与肾纤维化的过程	NA	探究阻塞性肾病中肾纤维化的分子机制	中性粒细胞、巨噬细胞和肌成纤维细胞	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
137	2024-08-08	SMaSH: a scalable, general marker gene identification framework for single-cell RNA-sequencing 2022-Aug-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04860-2 PMID:35941549	研究论文	本文介绍了一种名为SMaSH的可扩展通用计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中提取关键标记基因，以表征高度特异性和特定细胞群	SMaSH框架在提取稳健且生物学上合理的标记基因方面优于现有计算方法，并能有效识别高度局部化的细胞区域	NA	开发一种新的方法来计算大型单细胞RNA测序数据集中的稳健标记基因	单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	跨越超过50种不同细胞类型的数十万细胞
138	2024-08-08	Precise reconstruction of the TME using bulk RNA-seq and a machine learning algorithm trained on artificial transcriptomes 2022-08-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.07.006 PMID:35944503	研究论文	本文介绍了一种基于决策树机器学习算法Kassandra，通过分析大量RNA-seq数据来精确重建肿瘤微环境（TME）	Kassandra算法通过使用超过9,400个组织和血液排序细胞RNA profiles构建的人工转录组进行训练，提高了TME重建的准确性和稳定性	NA	开发一种新的机器学习算法，用于精确重建肿瘤微环境并提高免疫治疗反应的预测能力	肿瘤微环境（TME）的细胞组成	机器学习	NA	RNA-seq	决策树	RNA profiles	超过9,400个组织和血液排序细胞RNA profiles，4,000个H&E切片和1,000个组织
139	2024-08-08	GREM1/PPP2R3A expression in heterogeneous fibroblasts initiates pulmonary fibrosis 2022-Aug-06, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-022-00860-0 PMID:35933397	研究论文	本研究通过使用硅尘建立小鼠肺病理变化模型，结合单细胞测序、空间转录组测序及细胞亚型标记物分析，识别了在肺纤维化早期病理阶段起重要作用的异质性成纤维细胞亚群，并发现GREM1/PPP2R3A表达在这些细胞中启动早期肺病理变化。	首次揭示了炎症-增殖性成纤维细胞在硅肺早期病理变化中的关键作用，并识别了GREM1/PPP2R3A通路作为潜在的治疗靶点。	NA	研究肺纤维化过程中异质性成纤维细胞的时空分布及其在疾病进展中的作用。	异质性成纤维细胞及其在肺纤维化中的作用。	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序，空间转录组测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
140	2024-08-08	Spatiotemporal dynamics of macrophage heterogeneity and a potential function of Trem2hi macrophages in infarcted hearts 2022-08-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32284-2 PMID:35933399	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，探讨了心肌梗死后小鼠模型中免疫细胞的时空动态变化及其在心衰治疗中的潜在作用	首次揭示了心肌梗死后不同阶段免疫细胞的组成变化，特别是Trem2高表达巨噬细胞的功能	需要进一步研究Trem2信号通路的调控因子以开发新的治疗策略	识别心肌梗死后炎症细胞的精确时间依赖性组成，为心衰治疗提供新的生物标志物和治疗方法	心肌梗死后小鼠模型中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型