单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-08	High-dimensional investigation of the cerebrospinal fluid to explore and monitor CNS immune responses 2022-08-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01097-9 PMID:35978442	研究论文	本文总结了通过单细胞转录组学研究中枢神经系统（CNS）边界区域如何增进我们对神经系统疾病的理解，以及新兴的多组学方法带来的机遇和挑战	介绍了单细胞转录组学和多组学方法在探索和监测中枢神经系统免疫反应中的应用	需要多中心合作创建单细胞图谱，并面临跨中心整合患者和数据模式的挑战	探索和监测中枢神经系统免疫反应	脑脊液（CSF）中的免疫细胞组成及其在神经系统疾病中的作用	数字病理学	神经系统疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
102	2024-08-08	Vaccine-associated enhanced respiratory pathology in COVID-19 hamsters after TH2-biased immunization 2022-08-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111214 PMID:35952673	研究论文	本研究评估了两种COVID-19疫苗在严重感染的仓鼠模型中的效果，发现T2偏向的疫苗引发了疫苗相关增强呼吸道疾病（VAERD），而T1偏向的疫苗则能保护动物	首次通过单细胞RNA测序揭示了VAERD是由过度刺激的巨噬细胞和T2细胞因子分泌的淋巴细胞共同作用引起的，并可能与抗体依赖性增强（ADE）有关	研究仅在仓鼠模型中进行，需要进一步在其他模型或人类中验证	探究COVID-19疫苗接种后可能引发的疫苗相关增强呼吸道疾病（VAERD）	COVID-19疫苗在仓鼠模型中的效果及可能引发的VAERD	疫苗学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	仓鼠模型中的肺部细胞
103	2024-08-08	Advances of cancer-associated fibroblasts in liver cancer 2022-Aug-16, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-022-00406-z PMID:35971182	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的最新研究进展	利用单细胞测序技术帮助更好地理解肝癌中CAFs的多样性	NA	更新关于CAFs在肝细胞癌（HCC）和胆管癌（CCA）中的知识，并探讨其在肝癌治疗中的新策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的作用及其多样性	NA	肝癌	单细胞测序技术	NA	NA	NA
104	2024-08-08	Expression profiles of respiratory V-ATPase and calprotectin in SARS-CoV-2 infection 2022-Aug-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-022-01158-3 PMID:35974012	研究论文	研究SARS-CoV-2感染中呼吸V-ATPase和钙卫蛋白的表达情况及其在病毒发病机制中的作用	首次详细探讨了SARS-CoV-2感染中细胞内/溶酶体pH值的变化及其对S蛋白切割的影响，并验证了V-ATPase和钙卫蛋白表达的增加	NA	探讨SARS-CoV-2感染中细胞微环境的变化及其在病毒发病机制中的作用	SARS-CoV-2感染中的V-ATPase和钙卫蛋白表达	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序, bulk-RNA测序, 蛋白质组学	NA	RNA, 蛋白质	包括A549细胞、肺组织和NHBE细胞等
105	2024-08-08	Primary cilia and SHH signaling impairments in human and mouse models of Parkinson's disease 2022-08-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32229-9 PMID:35974013	研究论文	本文通过多重单细胞转录组学分析，研究了散发性帕金森病（sPD）患者的人神经前体细胞（hNPCs）中与初级纤毛（PC）相关的基因表达变化，并探讨了初级纤毛缩短与Sonic Hedgehog（SHH）信号传导增加之间的关系。	首次揭示了初级纤毛缩短与SHH信号传导增加在散发性帕金森病中的作用，并提出了抑制过度活跃的SHH信号可能是一种潜在的神经保护疗法。	NA	探讨帕金森病中初级纤毛和SHH信号传导的病理机制，并寻找潜在的治疗方法。	散发性帕金森病患者的人神经前体细胞和PINK1缺陷的人类及小鼠模型。	NA	帕金森病	多重单细胞转录组学	NA	基因表达数据	来自散发性帕金森病患者的多个神经前体细胞样本
106	2024-08-08	Spatiotemporal single-cell regulatory atlas reveals neural crest lineage diversification and cellular function during tooth morphogenesis 2022-08-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32490-y PMID:35974052	研究论文	本文利用小鼠臼齿作为模型，通过单细胞转录组测序研究了迁移后颅神经嵴细胞的细胞命运多样化过程，揭示了其在牙齿形态发生中的作用和细胞功能。	本文首次揭示了颅神经嵴细胞在牙齿形态发生中的转录异质性景观，并定义了特定细胞域及其在不同臼齿间质组织中的贡献。	NA	研究颅神经嵴细胞在颅面发育中的细胞命运决定机制。	迁移后的颅神经嵴细胞及其在牙齿形态发生中的作用。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠臼齿样本
107	2024-08-08	Statistical evidence for the presence of trajectory in single-cell data 2022-Aug-16, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04875-9 PMID:35974302	研究论文	本文介绍了一种基于图统计的方法来识别单细胞数据中轨迹的存在	本文首次提出了一种方法来确定观测数据中是否存在轨迹，然后再进行轨迹推断	NA	评估轨迹推断中的不确定性，增进对生物系统动态的理解	单细胞数据中的轨迹存在性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图统计方法	单细胞数据	NA
108	2024-08-08	Single-cell genomic and transcriptomic landscapes of primary and metastatic colorectal cancer tumors 2022-08-16, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01093-z PMID:35974387	研究论文	研究了结直肠癌（CRC）患者的匹配邻近正常组织、原发肿瘤和转移瘤的基因组和转录组改变	揭示了PPAR信号通路在CRC肿瘤中的普遍和异常激活，以及通过单细胞RNA测序和单细胞靶向cDNA Sanger测序揭示了癌症细胞中关键点突变（KRAS和TP53）的存在与否对表型差异的影响	NA	深入了解驱动突变如何干扰癌症细胞在体内的转录组状态，并探索CRC的转移机制及潜在的诊断和治疗标志物	结直肠癌患者的匹配邻近正常组织、原发肿瘤和转移瘤	数字病理学	结直肠癌	全基因组测序（WGS）、多区域全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序、单细胞靶向cDNA Sanger测序	NA	基因组、外显子组、转录组	12名转移性结直肠癌患者（基因组84个，外显子组81个，单细胞9120个）
109	2024-08-08	Transcriptional heterogeneity and cell cycle regulation as central determinants of Primitive Endoderm priming 2022-08-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78967 PMID:35969041	研究论文	研究探讨了细胞周期调控和转录异质性在胚胎干细胞向原始内胚层分化过程中的作用	发现细胞周期调控的差异可以影响原始内胚层和外胚层样细胞的比例，并且FGF/ERK信号通路不仅影响干细胞的异质性，还影响细胞周期的继承	NA	探索细胞周期调控如何促进或抑制异质性和分化	小鼠胚胎干细胞在自我更新、启动和分化为原始内胚层过程中的细胞周期调控	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，时间流逝成像	NA	RNA序列	NA
110	2024-08-08	Molecular profiling of human non-small cell lung cancer by single-cell RNA-seq 2022-08-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01089-9 PMID:35962452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了非小细胞肺癌的分子异质性	首次在非小细胞肺癌中发现并验证了混合谱系肿瘤细胞的存在，并揭示了这些细胞与患者预后之间的关系	研究样本量相对较小，需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性	深入解析非小细胞肺癌的分子异质性，探索潜在的治疗策略	非小细胞肺癌患者的肿瘤组织和匹配的正常组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	7364个单细胞样本来自19名原发性肺癌患者和1名肺软骨瘤患者
111	2024-08-08	Metacells untangle large and complex single-cell transcriptome networks 2022-Aug-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04861-1 PMID:35963997	研究论文	本文开发了一个名为SuperCell的框架，用于将高度相似的单细胞合并成元细胞，并在元细胞级别进行标准的单细胞RNA测序数据分析	通过利用单细胞RNA测序数据中的冗余性，元细胞显著简化和加速了单细胞图谱的构建和解释	NA	开发和验证一个框架，以简化大规模和复杂单细胞转录组网络的分析	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	146万细胞来自COVID-19患者
112	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals the cell fate transitions of human dopaminergic progenitors derived from hESCs 2022-08-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-03104-7 PMID:35964138	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了从人胚胎干细胞衍生的多巴胺能前体细胞在分化过程中的细胞命运转变	本研究首次详细描述了多巴胺能分化轨迹及非多巴胺能细胞群体，并确定了关键的谱系分支点	NA	研究旨在优化帕金森病细胞疗法中多巴胺能前体细胞的制备和质量控制	人胚胎干细胞衍生的多巴胺能前体细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	不同时间点的分化细胞
113	2024-08-08	Signatures of recent activation identify a circulating T cell compartment containing tumor-specific antigen receptors with high avidity 2022-08-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abm2077 PMID:35960818	研究论文	研究探讨了肿瘤新抗原特异性T细胞在不同亲和力T细胞受体（TCR）下的命运和功能	发现具有高保护能力的肿瘤反应性TCR在外周血中循环时具有近期激活的特征	研究主要基于小鼠模型和少数黑色素瘤患者，可能需要更多临床数据验证	研究肿瘤特异性T细胞的TCR亲和力对其命运和功能的影响	肿瘤新抗原特异性T细胞及其TCR亲和力	免疫学	黑色素瘤	流式细胞术，单细胞测序，CRISPR-Cas9	NA	细胞	涉及小鼠和两名黑色素瘤患者
114	2024-08-08	Modeling SARS-CoV-2 and influenza infections and antiviral treatments in human lung epithelial tissue equivalents 2022-08-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03753-7 PMID:35962146	研究论文	本文描述了在人肺泡和气管支气管气液界面（ALI）组织模型中，SARS-CoV-2和流感A病毒（IAV）感染的细胞复杂性	通过单细胞RNA测序分析，揭示了SARS-CoV-2感染与体内相似的发现，包括抑制的IFN反应、增加的趋化因子诱导和未观察到的MHC I类呈现	NA	开发快速模型新兴病毒感染性和开发新抗病毒治疗的体外细胞测定平台	SARS-CoV-2和流感A病毒在人肺上皮组织等效物中的感染和抗病毒治疗	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
115	2024-08-08	ZC3H4 regulates infiltrating monocytes, attenuating pulmonary fibrosis through IL-10 2022-Aug-12, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-022-02134-2 PMID:35962397	研究论文	本研究探讨了ZC3H4通过调节IL-10分泌影响硅肺病中肺纤维化的机制	首次揭示了ZC3H4通过诱导自噬调节单核细胞分泌功能，进而抑制成纤维细胞功能，减少肺纤维化	NA	探索ZC3H4在硅肺病发展中的作用及其机制	单核细胞和成纤维细胞在硅肺病中的作用	NA	肺纤维化	单细胞测序、Western blotting、定量实时PCR、ELISA、细胞功能实验、CRISPR/Cas9系统	NA	细胞	25,002个细胞
116	2024-08-08	Evidence of pyroptosis and ferroptosis extensively involved in autoimmune diseases at the single-cell transcriptome level 2022-08-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03566-6 PMID:35962439	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，探讨了铁死亡和焦亡在多种自身免疫疾病中的作用	首次在单细胞转录组水平上全面分析了铁死亡和焦亡在自身免疫疾病中的作用，为新的治疗策略提供了新的视角	研究主要基于scRNA-seq数据和细胞系模型，可能需要更多体内实验验证	探讨铁死亡和焦亡在自身免疫疾病发病机制中的作用	多种代表性自身免疫疾病，包括银屑病、特应性皮炎、白癜风、多发性硬化症等	数字病理学	自身免疫疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	涉及多种自身免疫疾病的样本
117	2024-08-08	Transcriptomic Signature and Growth Factor Regulation of Castration-Tolerant Prostate Luminal Progenitor Cells 2022-Aug-03, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14153775 PMID:35954439	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和生物信息学方法，探讨了去势耐受性前列腺腔内祖细胞（LSC细胞）的转录组特征及其在前列腺癌中的作用	本研究首次提供了LSC细胞的15基因特征，并揭示了EGFR/ERBB4、IGF-1R和MET通路作为LSC细胞增殖和分化特性的自分泌/旁分泌调节因子	研究主要基于小鼠模型，对人类前列腺癌的直接应用需要进一步验证	评估LSC细胞在去势耐受性前列腺癌中的相关性及其在人类前列腺癌进展中的作用	去势耐受性前列腺腔内祖细胞（LSC细胞）及其在前列腺癌中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康和恶性小鼠前列腺中分离的LSC细胞
118	2024-08-08	Improved ClickTags enable live-cell barcoding for highly multiplexed single cell sequencing 2022-Aug-03, RSC chemical biology IF:4.2Q2 DOI:10.1039/d2cb00046f PMID:35975006	research paper	本文报道了一种新的协议，使用改进的ClickTags对活细胞进行条形码标记，以实现单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的样本多重化。	开发了一种新的协议，使用改进的ClickTags对活细胞进行条形码标记，而不影响其生理状态，实现了活细胞在scRNA-seq中的样本多重化。	当前的ClickTags仅在甲醇中有效标记固定样本，限制了其在活细胞中的应用。	开发一种新的方法，用于在单细胞RNA测序中对活细胞进行条形码标记，以实现样本多重化。	研究对象包括小鼠和人类的主要样本，以及多达16个样本的多重化和解多重化。	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	text	多达16个样本
119	2024-08-08	Profiling Microglia through Single-Cell RNA Sequencing over the Course of Development, Aging, and Disease 2022-08-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11152383 PMID:35954228	review	本文综述了通过单细胞RNA测序技术研究微胶质细胞在发育、衰老和疾病过程中的分子异质性	介绍了单细胞RNA测序技术在揭示微胶质细胞亚群分子和功能特征方面的应用	NA	探讨微胶质细胞在不同生命阶段和疾病状态下的分子异质性	微胶质细胞的分子异质性和功能特征	digital pathology	NA	scRNAseq	NA	RNA	NA
120	2024-08-08	CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq 2022-08, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202110663 PMID:35972065	研究论文	提出了一种名为CellRegMap的统计框架，用于利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据映射特定上下文调控变异	CellRegMap框架能够识别和表征已知eQTL变异在不同细胞上下文中的基因型-上下文交互作用，解决了现有方法依赖于先验定义的离散细胞类型的局限	NA	开发一种新的统计框架，以分析单细胞RNA测序数据中的遗传效应	单细胞RNA测序数据中的遗传效应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计模型	基因表达数据	数百个个体