单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 250 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-08 |
Dissecting the Heterogeneity of Human Thoracic Aortic Aneurysms Using Single-Cell Transcriptomics
2022-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.317484
PMID:35708028
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学技术在人类胸主动脉瘤和夹层研究中的应用及其面临的挑战 | 介绍了单细胞RNA测序技术在解析胸主动脉瘤和夹层复杂性方面的应用 | 目前尚无有效的治疗方法来预防或临床管理胸主动脉瘤和夹层，仅有的有效治疗是手术修复 | 理解胸主动脉瘤和夹层发病机制中的瘤内和瘤间异质性 | 人类胸主动脉瘤和夹层 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 202 | 2024-08-08 |
Cortical VIP+ Interneurons in the Upper and Deeper Layers Are Transcriptionally Distinct
2022-Aug, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-022-02040-8
PMID:35708842
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析了大脑皮层中VIP中间神经元在不同层次的转录组差异 | 揭示了VIP中间神经元在浅层和深层层次的转录组差异，并发现了可能的标记基因 | 研究主要集中在视觉皮层和运动皮层，其他脑区的研究较少 | 探讨同一类中间神经元在不同层次的分子差异 | 大脑皮层中的VIP中间神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 1175个高质量的VIP中间神经元 |
| 203 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tissue Architecture in Human High-Grade Serous Ovarian Cancer
2022-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0296
PMID:35675036
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类高级别浆液性卵巢癌的组织结构 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了高级别浆液性卵巢癌在早期和晚期的生态系统景观，并关注了其与肿瘤微环境的异质性 | NA | 研究高级别浆液性卵巢癌的异质性及其在肿瘤微环境中的特征 | 高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本及年龄匹配的非恶性卵巢样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者和5名年龄匹配的非恶性卵巢样本 |
| 204 | 2024-08-08 |
InterCellDB: A User-Defined Database for Inferring Intercellular Networks
2022-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202200045
PMID:35652265
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研究论文 | 本文介绍了InterCellDB平台，该平台允许用户自定义分析细胞间通信，结合scRNA-seq数据和蛋白质注释信息 | InterCellDB平台提供了一种新的可定制数据分析工具，用于解析与生物功能相关的基因表达中的细胞间通信 | NA | 开发一种新的平台，用于分析细胞间通信 | 细胞间通信和配体-受体对 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 两个独立的scRNA-seq数据集，分别来自人和小鼠 |
| 205 | 2024-08-08 |
Skeletal Stem/Progenitor Cells in Periosteum and Skeletal Muscle Share a Common Molecular Response to Bone Injury
2022-08, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4616
PMID:35652423
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研究论文 | 研究显示，骨再生过程中，来自骨膜和骨骼肌的骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）在骨折修复期间比骨髓基质细胞更有效地参与软骨内骨化 | 首次揭示了骨膜和骨骼肌中的SSPCs在骨折后共同激活的分子机制，并发现BMP信号传导在此过程中的关键作用 | NA | 探讨骨骼干细胞/祖细胞在骨再生过程中的分子响应和功能 | 骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）及其在骨膜和骨骼肌中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNAseq） | NA | RNA | NA |
| 206 | 2024-08-08 |
Detection of cell-cell interactions via photocatalytic cell tagging
2022-08, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-022-01044-0
PMID:35654846
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研究论文 | 本文介绍了利用光催化细胞标记技术（PhoTag）来研究细胞间相互作用的方法 | 引入了光催化细胞标记技术（PhoTag），结合单域抗体和光活化黄素基辅因子，实现了对细胞间相互作用的高分辨率分析 | NA | 开发一种新技术来研究疾病环境中免疫细胞间的相互作用 | 免疫细胞间的相互作用，特别是抗原呈递细胞与T细胞系统中的PD-1/PD-L1轴 | 生物技术 | NA | 光催化细胞标记技术（PhoTag） | NA | 细胞 | 外周血单个核细胞和Raji PD-L1 B细胞 |
| 207 | 2024-08-08 |
Single cell- and spatial 'Omics revolutionize physiology
2022-08, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.13848
PMID:35656634
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综述 | 本文综述了单细胞多组学和空间转录组学技术在生理学研究中的应用 | 介绍了单细胞和空间转录组学技术在胚胎发育、肿瘤免疫学等领域的最新进展 | 讨论了这些技术的优势和局限性 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在生理学研究中的应用 | 胚胎发育、肿瘤免疫学、复杂组织的细胞组成和功能等 | 生物技术 | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 208 | 2024-08-08 |
Future directions for precision oncology in prostate cancer
2022-08, The Prostate
DOI:10.1002/pros.24354
PMID:35657153
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综述 | 本文综述了前列腺癌精准肿瘤学未来的发展方向，重点讨论了临床基因组检测、肿瘤异质性、分子特征及新技术在前列腺癌精准治疗中的应用 | 探讨了全基因组测序、转录组分析、表观遗传分析和单细胞RNA测序等扩展组织技术以及基于血液的细胞游离DNA、循环肿瘤细胞和外泌体等技术在前列腺癌精准医学中的潜在应用 | 目前前列腺癌中可操作的基因组改变总体发生率较低，且对肿瘤异质性和共存改变对治疗反应和结果的影响理解有限 | 探讨前列腺癌精准肿瘤学测试的未来实施和技术进步 | 前列腺癌患者及肿瘤分子特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 全基因组测序、转录组分析、表观遗传分析、单细胞RNA测序、细胞游离DNA、循环肿瘤细胞、外泌体 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞RNA数据、细胞游离DNA、循环肿瘤细胞、外泌体 | NA |
| 209 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals pro-fibrotic PLA2G7high macrophages in pulmonary fibrosis
2022-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106286
PMID:35662628
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研究论文 | 本研究通过综合分析肺部单细胞和批量RNA测序数据，揭示了在肺纤维化中高度表达PLA2G7的特定巨噬细胞亚群及其在纤维化过程中的作用 | 首次发现并验证了PLA2G7在肺纤维化中的特定巨噬细胞亚群，并揭示了其在纤维母细胞向肌纤维母细胞转化中的作用机制 | NA | 探讨肺纤维化中特定巨噬细胞亚群的作用及其分子机制 | 肺纤维化患者的肺部单细胞和批量RNA测序数据，以及bleomycin诱导的小鼠肺纤维化模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 涉及肺纤维化患者和小鼠模型的肺部样本 |
| 210 | 2024-08-08 |
Hepatobiliary Tumor Organoids Reveal HLA Class I Neoantigen Landscape and Antitumoral Activity of Neoantigen Peptide Enhanced with Immune Checkpoint Inhibitors
2022-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202105810
PMID:35665491
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研究论文 | 本研究通过分析肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官（27对）的neoantigen-peptides的免疫原性潜力，利用全基因组测序（WGS）基于HLA-I类算法的Score工具，揭示了肝胆肿瘤的HLA-I类新抗原景观及新抗原肽增强的抗肿瘤活性与免疫检查点抑制剂的联合作用 | 开发了一个平台来评估T细胞对新抗原的反应，用于新抗原筛选 | NA | 研究肝胆肿瘤的HLA-I类新抗原景观，并探索新抗原肽在个性化免疫治疗中的应用 | 肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官的新抗原肽 | 数字病理学 | 肝胆肿瘤 | 全基因组测序（WGS），RNA-seq，单细胞RNA-seq，质谱 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 27对肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官 |
| 211 | 2024-08-08 |
Inference of cell state transitions and cell fate plasticity from single-cell with MARGARET
2022-08-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac412
PMID:35639499
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研究论文 | 本文介绍了MARGARET方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断细胞状态转换和细胞命运可塑性 | MARGARET使用深度无监督度量学习和图划分方法，基于一种新的连接性度量，重建复杂的轨迹拓扑结构，自动检测终端细胞状态，并推广了复杂拓扑中命运可塑性的量化 | NA | 开发一种新的方法来准确重建细胞状态流形和细胞命运可塑性，特别是在复杂拓扑结构中 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞状态转换和细胞命运可塑性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 包括合成和真实数据集，以及包含约百万个细胞的大规模scRNA-seq数据集 |
| 212 | 2024-08-08 |
KIF2C affects sperm cell differentiation in patients with Klinefelter syndrome, as revealed by RNA-Seq and scRNA-Seq data
2022-08, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.13446
PMID:35622500
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研究论文 | 本研究利用RNA测序和单细胞RNA测序数据，分析了Klinefelter综合征患者与正常人群的转录组差异，以识别与Klinefelter综合征发生相关的基因生物标志物。 | 首次发现KIF2C基因在Klinefelter综合征患者的精子细胞分化和发育中起关键作用。 | 研究仅基于公开数据库中的数据，未进行体内实验验证。 | 揭示Klinefelter综合征的分子机制。 | Klinefelter综合征患者的精子细胞分化和发育。 | 基因组学 | 生殖系统疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 700个差异表达基因 |
| 213 | 2024-08-08 |
Single cell versus single nucleus: transcriptome differences in the murine kidney after ischemia-reperfusion injury
2022-08-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00453.2021
PMID:35635323
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研究论文 | 本文系统评估了单细胞RNA测序（scRNAseq）和单核RNA测序（snRNAseq）在小鼠肾脏缺血再灌注损伤后转录组分析中的差异 | 首次系统比较了scRNAseq和snRNAseq在研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤后细胞类型发现中的方法学差异 | 研究仅限于小鼠肾脏组织，且未探讨两种技术在其他器官或疾病中的应用 | 探讨单细胞和单核RNA测序技术在研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤后的差异 | 小鼠肾脏组织在缺血再灌注损伤后的细胞类型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和单核RNA测序（snRNAseq） | NA | 转录组数据 | 包括对照组肾脏组织和轻度（17分钟夹闭时间）及重度（27分钟夹闭时间）单侧短暂缺血后1周的肾脏组织 |
| 214 | 2024-08-08 |
Cellular responses in the FGF10-mediated improvement of hindlimb regenerative capacity in Xenopus laevis revealed by single-cell transcriptomics
2022-Aug, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12795
PMID:35642106
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序探索了FGF10处理后非洲爪蟾后肢芽的细胞反应，以改善其再生能力 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析FGF10处理后的非洲爪蟾后肢芽细胞，发现了新的steap4表达细胞簇和其他细胞类型的基因表达差异 | NA | 研究FGF10如何通过细胞反应改善非洲爪蟾后肢的再生能力 | 非洲爪蟾后肢芽的细胞反应 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 215 | 2024-08-08 |
Mogroside V ameliorates the oxidative stress-induced meiotic defects in porcine oocytes in vitro
2022-08, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.)
DOI:10.1016/j.reprotox.2022.05.008
PMID:35597324
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研究论文 | 研究探讨了Mogroside V（MV）如何改善由氧化应激引起的猪卵母细胞减数分裂缺陷 | 首次揭示了MV通过恢复线粒体完整性来减轻氧化应激引起的减数分裂缺陷的机制 | NA | 探索MV改善氧化应激引起的猪卵母细胞减数分裂缺陷的机制 | 猪卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 216 | 2024-08-08 |
Reprogramming of Hepatic Metabolism and Microenvironment in Nonalcoholic Steatohepatitis
2022-08-22, Annual review of nutrition
IF:12.6Q1
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综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及其严重形式非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的最新研究进展，特别是遗传、表观遗传和饮食因素以及代谢功能障碍在其他组织中的作用，以及单细胞RNA测序揭示的肝脏细胞异质性和微环境重编程的分子细节。 | 单细胞RNA测序技术揭示了肝脏细胞异质性和微环境的分子细节，为理解NASH的发病机制提供了新的视角。 | NA | 探讨NAFLD/NASH的病理生理机制及潜在的治疗机会。 | 非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及其严重形式非酒精性脂肪性肝炎（NASH）。 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 217 | 2024-08-08 |
Distinct disease-specific Tfh cell populations in 2 different fibrotic diseases: IgG4-related disease and Kimura disease
2022-08, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.03.034
PMID:35568079
|
研究论文 | 本文研究了两种不同纤维化疾病中特定Tfh细胞亚群的特征，包括IgG4相关疾病和Kimura病。 | 发现了IgG4相关疾病患者受累器官中浸润的IL-10+LAG3+ Tfh细胞的新亚群，以及Kimura病患者中IL-13+ Tfh细胞和类型2免疫细胞的浸润。 | NA | 旨在识别次级和三级淋巴器官中表达IL-10或IL-13的疾病特异性Tfh细胞亚群，以识别两种不同类型纤维化疾病的不同细胞驱动因子。 | B细胞、Tfh细胞和浸润的类型2细胞在Kimura病或IgG4相关疾病患者病变组织中的特征。 | 免疫学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、原位测序和多色免疫荧光分析 | NA | 组织样本 | Kimura病和IgG4相关疾病患者的病变组织样本 |
| 218 | 2024-08-08 |
Reconstructing physical cell interaction networks from single-cell data using Neighbor-seq
2022-08-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac333
PMID:35536255
|
research paper | 本文开发了一种名为Neighbor-seq的方法，用于从大规模并行单细胞测序数据中识别和注释直接细胞间相互作用的结构及其相关的配体-受体信号传导 | Neighbor-seq方法能够准确识别多种组织类型（如小肠上皮、终末呼吸道和脾白髓）的微解剖特征，并捕捉胰腺和皮肤肿瘤中癌症-免疫-基质细胞通信的不同拓扑结构 | NA | 研究细胞间相互作用在健康和疾病中的器官级细胞互作组 | 细胞间相互作用及其相关的配体-受体信号传导 | digital pathology | NA | Neighbor-seq | NA | single-cell sequencing data | 多种组织类型（如小肠上皮、终末呼吸道和脾白髓）及胰腺和皮肤肿瘤 |
| 219 | 2024-08-08 |
Cell type identification in spatial transcriptomics data can be improved by leveraging cell-type-informative paired tissue images using a Bayesian probabilistic model
2022-08-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac320
PMID:35536287
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的计算方法，通过整合空间转录组数据与细胞类型信息丰富的配对组织图像，来提高组织细胞类型组成的推断 | 提出了一种贝叶斯概率模型，能够结合空间转录组数据和配对组织图像，显著提高细胞类型识别的准确性 | 该方法依赖于能够获取信息丰富的配对组织图像的空间转录组技术 | 提高空间转录组数据中细胞类型识别的准确性 | 空间转录组数据和配对组织图像 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | 贝叶斯概率模型 | 图像和基因表达数据 | 涉及小鼠脑组织和乳腺癌组织样本 |
| 220 | 2024-08-08 |
Sequential Single-Cell Transcriptional and Protein Marker Profiling Reveals TIGIT as a Marker of CD19 CAR-T Cell Dysfunction in Patients with Non-Hodgkin Lymphoma
2022-08-05, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1586
PMID:35554512
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和蛋白质表面标记分析，揭示了CD19 CAR-T细胞在非霍奇金淋巴瘤患者中的功能障碍，并发现TIGIT表达是一个重要的生物标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质表面标记分析，揭示了CD19 CAR-T细胞在患者体内的变化，并验证了TIGIT阻断对CAR-T细胞抗肿瘤功能的改善作用。 | NA | 揭示CD19 CAR-T细胞在非霍奇金淋巴瘤患者中的功能障碍及其生物标志物。 | CD19 CAR-T细胞在非霍奇金淋巴瘤患者中的功能状态和生物标志物。 | 数字病理学 | 非霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个非霍奇金淋巴瘤患者的CAR-T细胞样本 |