单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 250 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals a senescence-associated IL-6/CCR6 axis driving radiodermatitis
2022-08-08, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.15252/emmm.202115653
PMID:35785521
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序分析受照射的皮肤细胞与基因敲除和分子抑制研究，揭示了衰老相关IL-6和IL-1信号以及IL-17上调和CCR6介导的免疫细胞迁移是放射性皮炎的关键驱动因素 | 首次揭示了衰老相关IL-6/CCR6轴在放射性皮炎中的作用，并证明了靶向治疗策略的有效性 | NA | 探究放射治疗引起的脱发和皮炎的分子和细胞基础 | 放射治疗引起的脱发和皮炎 | 数字病理学 | 放射性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及受照射的皮肤细胞、IL-6或IL-1R小鼠、CCR6小鼠等样本 |
| 182 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of the Circle of Willis in a Mouse Cerebral Aneurysm Model
2022-08, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.122.038776
PMID:35770669
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研究论文 | 本文首次对健康和动脉瘤小鼠Willis环的血管细胞进行了单细胞RNA测序分析，揭示了细胞谱系异质性和转录组特征的变化 | 首次全面分析了健康和动脉瘤小鼠Willis环血管细胞的谱系异质性和转录组变化 | NA | 研究Willis环在健康和动脉瘤状态下的细胞异质性和转录组特征 | 小鼠Willis环的血管细胞 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 超过3900个Willis环细胞样本 |
| 183 | 2024-08-08 |
Zedoarondiol inhibits atherosclerosis by regulating monocyte migration and adhesion via CXCL12/CXCR4 pathway
2022-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106328
PMID:35772647
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研究论文 | 本研究探讨了zedoarondiol通过调节CXCL12/CXCR4通路抑制单核细胞迁移和粘附，从而减轻动脉粥样硬化的效果 | 首次揭示了zedoarondiol通过调节CXCL12/CXCR4通路抑制单核细胞迁移和粘附，从而减轻动脉粥样硬化的机制 | NA | 探究zedoarondiol在动脉粥样硬化中的作用及其机制 | zedoarondiol对动脉粥样硬化斑块的影响及对单核细胞迁移和粘附的调节作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序分析（scRNA-seq） | NA | NA | apoE基因敲除小鼠 |
| 184 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing reveals the antifibrotic effects of YAP/TAZ in systemic sclerosis
2022-08, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2022.106257
PMID:35772663
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序技术探讨了YAP/TAZ在系统性硬化症中的抗纤维化作用及其机制 | 首次通过单细胞测序技术详细分析了YAP/TAZ信号通路在系统性硬化症患者纤维细胞中的表达差异，并验证了YAP/TAZ敲低对系统性硬化症小鼠模型的抗纤维化效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人体中验证YAP/TAZ的治疗潜力 | 探究YAP/TAZ在系统性硬化症中的作用机制及其作为治疗靶点的可能性 | 系统性硬化症患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 包括系统性硬化症患者和健康志愿者的样本，以及系统性硬化症小鼠模型 |
| 185 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing reveals CD133+CD44--originating evolution and novel stemness related variants in human colorectal cancer
2022-Aug, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104125
PMID:35785618
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研究论文 | 本文通过单细胞全外显子测序和批量细胞目标外显子测序，研究了人类结直肠癌起始细胞中的干细胞特异性体细胞变异或克隆进化 | 揭示了CD133+CD44-结直肠癌起始细胞可能是结直肠癌的原始来源，并发现了与干细胞特性相关的新变异基因 | NA | 高分辨率检测结直肠癌起始细胞的异质性 | 结直肠癌起始细胞、结直肠癌细胞和对照细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞全外显子测序（scWES）、目标外显子测序（TES） | NA | 基因组数据 | 从一名结直肠癌患者的组织中分离出单细胞，并对96个样本（20名患者）进行了验证 |
| 186 | 2024-08-08 |
Shared Differential Expression-Based Distance Reflects Global Cell Type Relationships in Single-Cell RNA Sequencing Data
2022-08, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0652
PMID:35793527
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研究论文 | 本文修改了一种生物学驱动的距离度量SIDEseq，用于大规模单细胞RNA测序（scRNA seq）数据中细胞类型的聚合比较，并展示了该修改后的距离度量SIDEREF在模拟和真实数据中能更一致地保留细胞类型的全局关系 | 提出了修改后的距离度量SIDEREF，该度量在保留单细胞RNA测序数据的全局细胞类型关系方面优于常用的距离度量 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中细胞聚类的距离度量，以更好地反映细胞类型的全局关系 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及12种组织的单细胞RNA测序数据集 |
| 187 | 2024-08-08 |
Consensus draft of the native mouse podocyte-ome
2022-08-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00058.2022
PMID:35796460
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研究论文 | 本文通过整合批量RNA测序、批量蛋白质组学和单细胞转录组学数据，建立了一个关于小鼠足细胞组（podocyte-ome）的共识草图，并开发了一个名为“PodIdent”的网络应用程序，用于探索性分析和查询足细胞特征。 | 本文首次整合了多种组学技术（包括批量RNA测序、批量蛋白质组学和单细胞转录组学）的数据，为足细胞的分子特征提供了一个统一的定义，并开发了一个新的知识库应用程序“PodIdent”。 | 目前，不同组学技术和研究之间的数据整合还不够完善。 | 旨在建立一个关于小鼠足细胞组（podocyte-ome）的共识草图，并开发一个网络应用程序，以便于探索性分析和查询足细胞特征。 | 小鼠足细胞（podocyte）及其分子特征。 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 批量RNA测序、批量蛋白质组学、单细胞转录组学 | NA | RNA、蛋白质 | 三个公开可用的每种组学技术数据集 |
| 188 | 2024-08-08 |
Dissecting the process of human neutrophil lineage determination by using alpha-lipoic acid inducing neutrophil deficiency model
2022-08, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2022.102392
PMID:35797799
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研究论文 | 本研究利用α-硫辛酸诱导的中性粒细胞缺乏模型，探讨了人类中性粒细胞谱系决定的过程及其调控机制 | 发现了α-硫辛酸在调控中性粒细胞谱系特化中的新功能，并揭示了SF3B1-ELK轴在中性粒细胞前体细胞从CD371 CD115 GMPs向中性粒细胞前体细胞承诺过程中的作用 | NA | 阐明人类GMPs如何承诺为中性粒细胞前体细胞及其命运决定的调控机制 | 人类中性粒细胞谱系决定及其调控机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 189 | 2024-08-08 |
Machine-learning-optimized Cas12a barcoding enables the recovery of single-cell lineages and transcriptional profiles
2022-08-18, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2022.06.001
PMID:35752172
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DAISY的高容量Cas12a条形码系统，结合高通量筛选和机器学习优化条形码序列，用于恢复单细胞谱系和转录组信息 | DAISY条形码系统具有高容量和可靠性，能够在小尺寸下实现高效条形码生成，并成功应用于单细胞RNA测序 | NA | 开发一种高效的CRISPR-based条形码方法，以理解细胞谱系和转录组信息 | 人类黑色素瘤细胞的单细胞谱系和基因表达谱 | 机器学习 | NA | CRISPR-based条形码技术 | 机器学习模型 | 文本 | 约47,000个人类黑色素瘤细胞 |
| 190 | 2024-08-08 |
Transcriptional profiling reveals roles of intercellular Fgf9 signaling in astrocyte maturation and synaptic refinement during brainstem development
2022-08, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102176
PMID:35753346
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了脑干中斜方体内侧核（MNTB）细胞类型的转录组特征，并探讨了神经元-星形胶质细胞间Fgf9信号通路在星形胶质细胞成熟和突触细化中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了MNTB中主要细胞类型的转录组特征，并阐明了神经元-星形胶质细胞间Fgf9信号通路的功能 | NA | 研究神经元-星形胶质细胞间Fgf9信号通路在脑干发育中的作用 | 脑干中斜方体内侧核（MNTB）的细胞类型及其转录组特征 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 191 | 2024-08-08 |
The role of specialized cell cycles during erythroid lineage development: insights from single-cell RNA sequencing
2022-Aug, International journal of hematology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s12185-022-03406-9
PMID:35759181
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综述 | 本文综述了通过流式细胞术和单细胞RNA测序研究，对红细胞系发育中CFU-e到红细胞终末分化（ETD）过渡的调控机制的新见解 | 发现CFU-e/ETD过渡是一个快速依赖于S期的转录开关，且与细胞周期和S期重塑事件直接相关 | NA | 探讨红细胞系发育中细胞周期在CFU-e到ETD过渡中的调控作用 | 红细胞系发育中的CFU-e细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 192 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics identifies Col1a1 and Col1a2 as hub genes in obesity-induced cardiac fibrosis
2022-08-27, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.06.018
PMID:35714568
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，筛选肥胖诱导的心脏纤维化的关键标志物 | 首次通过单细胞转录组学技术识别出Col1a1和Col1a2作为肥胖诱导心脏纤维化的枢纽基因 | 研究仅在肥胖小鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 旨在早期检测和治疗肥胖相关的心脏疾病，以限制其进展 | 肥胖诱导的心脏纤维化及其关键标志物 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及15种不同细胞类型，包括纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞，共33个差异表达基因 |
| 193 | 2024-08-08 |
Accounting for Errors in Data Improves Divergence Time Estimates in Single-cell Cancer Evolution
2022-08-03, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msac143
PMID:35733333
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研究论文 | 本文提出了一种在单细胞癌症进化分析中考虑数据误差的方法，通过在成熟的贝叶斯框架BEAST2中引入错误和突变模型，提高了相对分歧时间和替代参数的准确性。 | 本文的创新点在于开发了一种能够在单细胞数据进化推断中考虑误差的贝叶斯框架，并展示了这种模型在提高分歧时间估计准确性方面的效果。 | NA | 研究目的是改进单细胞癌症进化分析中分歧时间的估计，通过考虑数据误差来提高分析的准确性。 | 研究对象包括单细胞DNA测序数据，特别是结直肠癌患者和健康患者的细胞进化历史。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 贝叶斯框架 | DNA序列数据 | 包括结直肠癌患者和健康患者的单细胞DNA测序数据 |
| 194 | 2024-08-08 |
Astrocyte ethanol exposure reveals persistent and defined calcium response subtypes and associated gene signatures
2022-08, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102147
PMID:35716779
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研究论文 | 本研究结合钙信号测量和基因表达分析，定义了乙醇诱导的星形胶质细胞亚型 | 首次揭示了乙醇诱导的星形胶质细胞钙响应的亚型及其相关的基因特征 | NA | 研究乙醇暴露下星形胶质细胞的功能及其对大脑生理和病理的影响 | 星形胶质细胞在乙醇暴露下的钙信号响应和基因表达 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 钙信号数据和基因表达数据 | 不同响应类型的星形胶质细胞 |
| 195 | 2024-08-08 |
Dichotomous Roles of Smooth Muscle Cell-Derived MCP1 (Monocyte Chemoattractant Protein 1) in Development of Atherosclerosis
2022-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.317882
PMID:35735018
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研究论文 | 本研究探讨了平滑肌细胞衍生的MCP1在动脉粥样硬化发展中的双重作用 | 首次确定了Lgals3过渡型炎症性平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的功能 | NA | 探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化斑块稳定性中的作用机制 | 平滑肌细胞衍生的MCP1在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | NA | NA | NA | 使用平滑肌细胞系追踪小鼠和双系追踪系统进行研究 |
| 196 | 2024-08-08 |
Brain-wide bidirectional neuropeptide modulation of individual neuron classes regulates a developmental decision
2022-08-08, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2022.05.048
PMID:35679871
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研究论文 | 本文通过系统层面的研究，探讨了神经肽受体信号功能和细胞类型特异性分布在Caenorhabditis elegans发育决策中的作用 | 本文采用系统层面的方法，全面分析了神经肽受体突变体在诱导滞育进入表型中的功能，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了几乎所有神经元类群都表达至少一种与滞育进入相关的受体 | NA | 研究神经肽在Caenorhabditis elegans发育决策中的作用 | Caenorhabditis elegans的神经肽受体信号功能和细胞类型特异性分布 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 197 | 2024-08-08 |
scCNC: a method based on capsule network for clustering scRNA-seq data
2022-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac393
PMID:35699473
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研究论文 | 本文提出了一种基于胶囊网络的半监督聚类方法scCNC，用于scRNA-seq数据的聚类分析 | scCNC方法将领域知识整合到聚类步骤中，并提出了一种半监督贪婪迭代训练方法来训练整个网络 | NA | 提高scRNA-seq数据聚类性能并促进下游分析 | scRNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 胶囊网络 | 胶囊网络 | scRNA-seq数据 | 一些真实scRNA-seq数据集 |
| 198 | 2024-08-08 |
IsoLGs (Isolevuglandins) Drive Neutrophil Migration in Hypertension and Are Essential for the Formation of Neutrophil Extracellular Traps
2022-08, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究探讨了IsoLGs（异构月桂酸）在高血压中驱动中性粒细胞迁移和NET形成的作用 | 首次揭示了IsoLGs在高血压中对中性粒细胞迁移和NETosis的关键作用 | NA | 确定IsoLGs在高血压中对中性粒细胞迁移和NET形成的作用 | 小鼠和人类中性粒细胞 | NA | 高血压 | 单细胞测序、流式细胞术、免疫荧光和活细胞共聚焦显微镜 | NA | 细胞 | 小鼠和人类中性粒细胞 |
| 199 | 2024-08-08 |
The antioxidant enzyme Peroxiredoxin-1 controls stroke-associated microglia against acute ischemic stroke
2022-08, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2022.102347
PMID:35688114
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了缺血再灌注损伤后大脑中与卒中相关的新型微胶质细胞类型，并探讨了抗氧化酶Peroxiredoxin-1在其功能中的作用 | 首次鉴定出一种具有增强抗氧化功能的新型微胶质细胞类型，称为卒中相关微胶质细胞（SAM），并揭示了Peroxiredoxin-1在其抗氧化功能中的关键作用 | NA | 研究缺血再灌注损伤后大脑中微胶质细胞的新型类型及其在抗氧化防御中的作用 | 卒中相关微胶质细胞及其抗氧化酶Peroxiredoxin-1的表达和功能 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 200 | 2024-08-08 |
Thyrotropin-releasing hormone induces Ca2+ increase in a subset of vagal nodose ganglion neurons
2022-Aug, Neuropeptides
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.npep.2022.102261
PMID:35704969
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研究论文 | 本文通过原位杂交和免疫组织化学方法验证了甲状腺释放激素受体1（TRHR1）在迷走神经结状神经节（NG）神经元中的表达，并使用遗传编码的钙指示剂（GECI）显示甲状腺释放激素（TRH）在NG神经元中诱导钙增加 | 首次证明了TRHR1在NG神经元中具有功能活性，并揭示了TRH通过Gq途径激活NG神经元 | NA | 探讨甲状腺释放激素（TRH）在迷走神经结状神经节神经元中的功能活性及其信号传导途径 | 迷走神经结状神经节神经元 | NA | NA | 原位杂交、免疫组织化学、遗传编码的钙指示剂（GECI） | NA | 神经元信号 | NA |