单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 250 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-08 |
Differential expression of single-cell RNA-seq data using Tweedie models
2022-08-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9430
PMID:35656596
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研究论文 | 本文提出使用Tweedie广义线性模型来建模跨平台单细胞RNA测序数据的技术变异性，并比较了其与现有差异表达方法的性能 | 本文提出了一种新的Tweedie广义线性模型和零膨胀Tweedie模型，用于建模单细胞RNA测序数据中的技术变异性和零膨胀现象 | NA | 研究如何更好地识别单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Tweedie广义线性模型 | 基因表达数据 | 使用了合成数据和已发表的基于板和液滴的单细胞RNA测序数据集 |
| 2 | 2024-12-08 |
A public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike
2022-08-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32232-0
PMID:35927266
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研究论文 | 研究了SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体起源和特性，特别是针对S蛋白S2亚基上的非中和表位的抗体 | 发现了一类针对SARS-CoV-2 S蛋白S2亚基上非中和表位的抗体，这些表位在疫苗使用的S蛋白从原生预融合状态转变时暴露 | NA | 理解SARS-CoV-2感染和疫苗接种引发的抗体的益处和潜在不足 | SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞的特征和起源 | NA | NA | 流式细胞术和单细胞测序 | NA | 细胞 | 未暴露个体的SARS-CoV-2 S蛋白反应性B细胞 |
| 3 | 2024-11-19 |
Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering
2022-08-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac075
PMID:35946989
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研究论文 | 提出了一种新的空间转录组数据聚类方法Stardust，通过空间感知模块化优化进行聚类，以提高空间转录组数据的分析效果 | Stardust方法能够灵活地结合空间和转录组信息进行聚类，并提供参数自动调整和无参数版本，动态调整空间信息的贡献 | 尚未明确空间信息与转录组信息结合对聚类结果的具体改进程度 | 改进空间转录组数据的聚类分析，提高后续下游分析的准确性 | 空间转录组数据中的数据点（spots）及其聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 使用了10x Genomics网站上的空间转录组数据集进行评估 |
| 4 | 2024-10-26 |
The Dynamic Role of Cardiac Macrophages in Aging and Disease
2022-08, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-022-01714-4
PMID:35595950
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综述 | 本文综述了心脏免疫景观在衰老、血流动力学应激和心肌损伤中的动态变化，重点介绍了心脏免疫细胞类型及其在心肌损伤后重塑细胞景观和促进组织重塑中的作用 | 通过单细胞转录组学和效应机制的阐明，提供了关于多种心脏疾病发病机制的新见解，并可能为治疗提供新的靶点 | NA | 探讨心脏免疫细胞在衰老和疾病中的动态作用及其在心脏病理中的机制 | 心脏巨噬细胞及其在心肌损伤后的功能 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 5 | 2024-10-26 |
Towards precision medicine in lymphoid malignancies
2022-08, Journal of internal medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1111/joim.13423
PMID:34875132
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综述 | 本文综述了淋巴恶性肿瘤中临床相关的诊断、预后和预测生物标志物，并讨论了综合分子分析的诊断方法如何为精准诊断/医学方法的实施铺平道路 | 讨论了单细胞测序和其他组学技术在解析淋巴恶性肿瘤克隆动态和进化中的应用 | NA | 探讨淋巴恶性肿瘤中的精准医学方法 | B细胞恶性肿瘤中的诊断、预后和预测生物标志物 | 数字病理 | 淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组和表观基因组数据 | NA |
| 6 | 2024-10-24 |
DETECTING MULTIPLE REPLICATING SIGNALS USING ADAPTIVE FILTERING PROCEDURES
2022-Aug, Annals of statistics
IF:3.2Q1
DOI:10.1214/21-aos2139
PMID:39421244
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研究论文 | 本文介绍了一种新的多重测试程序AdaFilter，用于检测多个研究中重复出现的信号 | AdaFilter通过自适应过滤不可能是PC零假设的候选者来提高检测能力，并证明在研究间数据独立的情况下可以控制FWER和FDR | 仅在研究间数据独立的情况下有效 | 开发一种新的多重测试方法，以提高在多个研究中检测重复信号的能力 | 在不同实验室、不同人群、不同时间等条件下重复出现的信号 | 生物信息学 | NA | 多重测试 | AdaFilter | 基因数据 | 涉及多个微阵列研究、单细胞RNA测序和GWAS研究 |
| 7 | 2024-10-16 |
CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging
2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC
PMID:35687485
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研究论文 | 研究探讨了CD38在促进肺纤维化中的作用及其对肺泡上皮细胞衰老的影响 | 首次揭示了CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用，并提出了通过靶向CD38作为治疗肺纤维化的新策略 | 研究主要集中在实验动物模型和体外实验，尚未在临床试验中验证其疗效 | 探讨CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗策略 | 肺泡上皮细胞（AEC）和CD38在肺纤维化中的作用 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术和Western blotting | NA | 基因表达数据 | 包括人类IPF肺组织和年轻及老年小鼠的肺纤维化模型 |
| 8 | 2024-09-23 |
Donor Macrophages Modulate Rejection After Heart Transplantation
2022-08-23, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究捐赠者巨噬细胞在心脏移植后调节排斥反应的作用 | 首次揭示了捐赠者巨噬细胞在心脏移植排斥反应中的关键作用，并提出了通过靶向MYD88信号通路来抑制排斥反应的新疗法 | 研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨捐赠者巨噬细胞在心脏移植后急性细胞排斥反应中的作用 | 捐赠者和受者的巨噬细胞及其在心脏移植后的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序、基因敲除、细胞消融 | NA | RNA | 老鼠模型中的心脏移植样本 |
| 9 | 2024-09-23 |
Droplet microfluidics for functional temporal analysis and cell recovery on demand using microvalves: application in immunotherapies for cancer
2022-08-23, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d2lc00435f
PMID:35904070
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于微阀的液滴微流控技术，用于实时功能分析和按需细胞回收，并应用于癌症免疫疗法 | 本文提出了一种自下而上的单细胞分析方法，通过微流控技术实现细胞的功能表型分析和后续的单细胞组学分析 | NA | 开发一种能够实时监测细胞毒性和空间协调性的微流控设备，并实现按需细胞回收，以应用于癌症免疫疗法 | 自然杀伤细胞（NK细胞）和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 微流控技术 | NA | 细胞 | 每个液滴包含一个自然杀伤细胞和一个肿瘤细胞 |
| 10 | 2024-09-23 |
Overlapping transcriptional programs promote survival and axonal regeneration of injured retinal ganglion cells
2022-08-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2022.06.002
PMID:35767994
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研究论文 | 研究分析了三种干预措施对视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经挤压（ONC）损伤后生存和轴突再生的转录程序的影响 | 通过单细胞转录组学分析，揭示了不同干预措施对RGCs生存和再生的基因表达模式，并发现过度表达与再生程序相关的基因可以增强生存和轴突再生 | 研究中使用的干预措施尚未达到临床应用的有效程度 | 揭示促进视网膜神经节细胞在损伤后生存和轴突再生的转录途径 | 视网膜神经节细胞（RGCs）及其在视神经挤压（ONC）损伤后的生存和轴突再生 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 46种视网膜神经节细胞类型 |
| 11 | 2024-09-23 |
Single-cell transcriptome analysis of regenerating RGCs reveals potent glaucoma neural repair genes
2022-08-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2022.06.022
PMID:35952672
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了再生视网膜神经节细胞（RGCs）中的青光眼神经修复基因 | 开发了一种策略，能够特异性地标记和纯化再生RGCs和存活RGCs，并发现了新的再生相关基因Anxa2，其在Pten缺失诱导的轴突再生中具有显著作用 | NA | 研究青光眼神经修复的潜在基因 | 再生视网膜神经节细胞（RGCs）和存活RGCs | 数字病理学 | 青光眼 | Smart-Seq2单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 来自Pten缺失小鼠的再生RGCs和存活RGCs |
| 12 | 2024-09-23 |
Data-Rich Spatial Profiling of Cancer Tissue: Astronomy Informs Pathology
2022-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3748
PMID:35522154
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研究论文 | 本文探讨了天文学中的大数据分析方法如何应用于癌症组织的空间特征分析，特别是通过多重免疫荧光（mIF）病理图像探索肿瘤微环境的组织结构 | 提出了AstroPath平台，该平台借鉴天文学的数据分析模式，用于生成和展示肿瘤免疫图谱，支持mIF免疫肿瘤生物标志物的开发 | NA | 研究天文学中的大数据分析方法如何应用于病理学，特别是肿瘤微环境的空间关系分析 | 癌症组织的空间关系，特别是肿瘤微环境的组织结构 | 数字病理学 | NA | 多重免疫荧光（mIF） | NA | 图像 | NA |
| 13 | 2024-09-23 |
Activation of Tumor-Cell STING Primes NK-Cell Therapy
2022-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0017
PMID:35678717
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研究论文 | 研究报告了恶性胸膜间皮瘤细胞中STING的表达及其对STING激动剂的反应，并探讨了STING激动剂与自然杀伤细胞（NK细胞）和嵌合抗原受体NK细胞（CAR-NK细胞）联合治疗的效果 | 揭示了STING激动剂在人类肿瘤样本中激活先天性和细胞免疫疗法的基本重要性，并支持将STING激动剂与NK和CAR-NK细胞疗法结合进行测试 | NA | 研究STING激动剂在人类肿瘤中的作用机制，并开发激活有效先天性抗肿瘤免疫的联合疗法 | 恶性胸膜间皮瘤细胞、STING激动剂、自然杀伤细胞（NK细胞）和嵌合抗原受体NK细胞（CAR-NK细胞） | 免疫学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者来源的器官型肿瘤球体 |
| 14 | 2024-09-23 |
Multiplexed LNP-mRNA vaccination against pathogenic coronavirus species
2022-08-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111160
PMID:35921835
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研究论文 | 本文开发了针对SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV的多重脂质纳米颗粒（LNP）-mRNA疫苗候选物，并在动物模型中测试了多重LNP-mRNA如何诱导有效的免疫反应 | 本文首次展示了多重LNP-mRNA疫苗在动物模型中对多种冠状病毒的有效免疫反应，并比较了同时和顺序接种的效果 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 开发针对多种冠状病毒的多重疫苗，并优化接种方案 | SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV | NA | NA | LNP-mRNA疫苗技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 动物模型 |
| 15 | 2024-09-19 |
Microenvironmental Landscape of Human Melanoma Brain Metastases in Response to Immune Checkpoint Inhibition
2022-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0870
PMID:35706413
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研究论文 | 研究了黑色素瘤脑转移瘤（MBM）在免疫检查点抑制剂（ICI）作用下的肿瘤微环境（TME）特征 | 首次对MBM的TME进行了单细胞RNA测序和T细胞受体克隆型分析，揭示了TME中髓系细胞的异质性和中性粒细胞的不同状态，以及这些特征与ICI反应的关系 | 样本量较小，仅收集了32个新鲜MBM样本 | 探讨MBM在ICI作用下的TME特征及其与ICI反应的关系 | 黑色素瘤脑转移瘤（MBM）的肿瘤微环境（TME）和T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 32个新鲜MBM样本 |
| 16 | 2024-09-13 |
Single-cell analysis of endometriosis reveals a coordinated transcriptional programme driving immunotolerance and angiogenesis across eutopic and ectopic tissues
2022-08, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00961-5
PMID:35864314
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研究论文 | 研究分析了子宫内膜异位症中单细胞转录组，揭示了驱动免疫耐受和血管生成的协调转录程序 | 首次在单细胞转录组水平上全面分析了子宫内膜异位症的微环境，识别了新的细胞亚群和功能 | 研究样本仅限于接受激素治疗的个体，可能限制了结果的普适性 | 揭示子宫内膜异位症的病理生理机制，为早期诊断和治疗提供新线索 | 子宫内膜异位症的腹膜和卵巢病变及其与正常子宫内膜的比较 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14名个体，共122,000个细胞 |
| 17 | 2024-09-05 |
Recent Advances in Monitoring Stem Cell Status and Differentiation Using Nano-Biosensing Technologies
2022-Aug-25, Nanomaterials (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/nano12172934
PMID:36079970
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综述 | 本文回顾了再生医学中使用各种干细胞的细胞疗法，并介绍了监测干细胞分化过程的最新技术进展 | 介绍了单细胞RNA测序和拉曼光谱等新技术，用于分析干细胞异质性和监测分化过程中的生化变化 | 单细胞RNA测序方法具有破坏性和扭曲性，且无法连续跟踪特定细胞的分化过程 | 综述干细胞工程中使用的分析方法，并展望纳米生物传感技术在原位监测干细胞状态和分化中的未来应用 | 干细胞及其分化过程 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序、拉曼光谱 | NA | 基因表达数据 | 单细胞级别 |
| 18 | 2024-09-05 |
A New Model Organism to Investigate Extraocular Photoreception: Opsin and Retinal Gene Expression in the Sea Urchin Paracentrotus lividus
2022-08-24, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11172636
PMID:36078045
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研究论文 | 本研究探讨了海胆发育阶段中的额外眼外光感受器细胞系统，并使用单细胞转录组学分析了成熟原基阶段的细胞类型家族，特别是光感受器细胞的复杂性。 | 首次在海胆中发现并详细描述了多种光感受器细胞类型及其基因表达模式，揭示了海胆作为研究额外眼外光感受的新模型生物的潜力。 | NA | 研究海胆中的额外眼外光感受器细胞系统，探索其在进化上的保守性和功能。 | 海胆发育阶段中的光感受器细胞及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学, qPCR, 原位杂交, 免疫组织化学分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2024-09-05 |
Practical Considerations for Single-Cell Genomics
2022-Aug, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.498
PMID:35926125
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研究论文 | 本文概述了单细胞基因组学的多种流行技术，并讨论了与研究设计、样本准备、质量控制和测序策略相关的常见问题 | 介绍了单细胞基因组学领域的新分子生物学技巧，这些技巧允许研究人员探索新的模式或将项目扩展到数百万个细胞 | 尽管技术迅速发展，但文章主要集中在单细胞RNA测序上，可能忽略了其他单细胞基因组学技术的讨论 | 帮助用户避免实验工作流程中的陷阱，并利用所选平台的优势 | 单细胞基因组学技术，包括RNA表达、DNA改变、蛋白质丰度、染色质可及性等的测量 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 数百万个细胞 |
| 20 | 2024-09-05 |
Deregulation of ceRNA Networks in Frontal Cortex and Choroid Plexus of Brain during SARS-CoV-2 Infection Aggravates Neurological Manifestations: An Insight from Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analyses
2022-08, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202101310
PMID:35661455
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研究论文 | 本研究通过分析SARS-CoV-2感染大脑前额叶皮质和脉络丛的批量和单细胞转录组数据，揭示了ceRNA网络失调对神经系统表现的影响 | 首次详细阐述了SARS-CoV-2感染大脑中特定细胞类型调控电路的失调情况，并追踪了可能的治疗性miRNAs | 研究主要集中在特定的lncRNA和miRNA的调控作用，可能忽略了其他潜在的调控因子 | 探讨SARS-CoV-2感染后神经系统表现的潜在机制并开发相应的治疗策略 | SARS-CoV-2感染的大脑前额叶皮质和脉络丛中的ceRNA网络 | 转录组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多种细胞类型的前额叶皮质和脉络丛样本 |